AULA 2 – Genoma – Estrutura e Análise

•BLUMENTHAL T., EVANS D., LINK C. D., GUFFANTI A., LAWSON D., THIERRY-MIEG J., THIERRY-MIEG D., CHIUK W. L., DUKE K., KIRALY M. & KIM S.K. (2002) A global analysis of Caenorhabditis elegans operons. Nature 417, 851-854.

•DURET L. (2000) tRNA gene number and codon usage in the C. elegans genome are co-adapted for optimal translation of highly expressed genes. TIG 16, 287-289.

•REBOUL J. e cols. (2003) C. elegans ORFeome version 1.1: experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression. Nature Genetics 34, 35-41.

Os cromossomos de C. elegans são multicêntricos

Imunofluorescência com anticorpos que reconhecem proteínas centroméricas

C. elegans H. sapiens D. melanogaster

Henikoff e cols. Science 293, 1098-1102, 2001

Sternberg, Cell 105, 173-176, 2001

Informação genômica e pós-genômica

Comparação de genomas

Permitem responder diferentes perguntas Hardison, PLoS Biol 1, 156-160, 2003

Comparação entre genes de C. briggsae e C. elegans que codificam proteínas

Stein e cols., PLoS Biol. 1, 166-192, 2003

Mudanças rápidas no genoma e conservação física nos nematóides

blocos de genes cuja ordem é conservada

troca silenciosa de bases

perda e ganho de introns

reorganização do genoma

Blaxter, Nature 426, 395-396, 2003

Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001

Uma janela do Intronerator

Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001

RNAi

Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001

Perfis de expressão gênica a partir de experimentos de "microarray"

Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001

Perfil de expressão de mcm-5

ref = RNA extraído de hermafroditas de diferentes estágios misturados

Comparação de adultos selvagens (wt) e mutantes sem linhagem germinativa (glp-4) e entre mutantes que só produzem espermatozóides [fem-1(gf)] e só ovócitos [fem-3(lf)]

Perfil de expressão de mcm-5

Outro exemplo de "microarray" para estudar expressão

Reinke, Nature Genet.(suppl) 32, 541-546, 2002

Clo

nage

m "

gate

way

" do

OR

Feo

ma

Reboul et cols. Nature Genet. 2003

OCE (ORF cloning eficiency)

Reboul et cols. Nature Genet. 2003

Operons em C. elegans

von Mering & Boork, Nature 417, 797-798, 2002

O primeiro operon identificado em C. elegans

Blumenthal & Gleason, Nature Rev. Genet. 4, 110-118, 2003

Classes funcionais

Classes funcionaisTipos de proteínas

Classes de operons em C. elegans

Blumenthal & Gleason, Nature Rev. Genet. 4, 110-118, 2003

Freqüência de aminoácidos e tRNAs isoaceptores

Duret, TIG 16, 287-289, 2000