2.genoma procariotico y eucariotico
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ORGANIZACIÓN DE GENOMA PROCARIOTA Y EUCARIOTA
Especies Tamaño del genoma (Mb)
Numero de genes
Eucariotas•Arabidopsis thaliana
•Caenorhabditis elegans
•Drosophila melanogaster
•Homo sapiens
•Sacharomyces cerevisiae
125
97
180
3200
12.1
25 500
19 000
13 600
35 000
5 800
Bacteria•Escherichia coli
•Mycoplasma genitalium
•Streptococcus pneumoniae
•Vibrio cholerae
4.64
0.58
2.16
4.65
4 400
500
2300
4 100
Ejemplo de tamaño de genomas: nuclear
Compartimento Dimensiones Acido nucleico
Longitud
Virus mosaico tabaco
0.008 x 0.3 m RNAss 2 m
Adenovirus 0.07 m diámetro
DNAds 11 m
Fago T4 0.065 x 0.1 m DNAds 55 m
E. coli 1.7 x 0.65 m DNAds 1.3 mm
Mitocondria (humana)
3.0 x 0.5 m Aprox. 10 copias DNAds
50 m
Núcleo (humano) 6 m diámetro 46 copias DNAds
1.8 mts
DNA Cromosomal
–No hay porcesamiento del ARNm
–La transcripción está ligada a la traducción.
–DNA circular cerrado
–Superenrrollado.
Una de las características comunes de la organización del material genético es su alto grado de compactación: masa compacta que ocupa un espacio bien delimitado.
El genoma humano tiene unas 3.000 megabases (1-2m) y un núcleo ocupa unas 6µm.
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Empaquetamiento del DNAEmpaquetamiento del DNA
Empaquetamiento del DNAEmpaquetamiento del DNA
Composición del Cromosoma(Cromatina)
Proteínas : básicas -> histonas
ácidas -> no histonas (~30%)
DNA
RNA (1%)
Tasa de empaquetamiento: 1:50.000-100.000 21
Doble hélice
Nucleosoma (Octámero de Histonas)
Solenoide (Histona H1)
HistonaNº
residuosPm
Contenido en moles % de
Lys/Arg ModificaciónV. cambio
evolutivoLys Arg
H1 213 21.000 27,7 1,4 19,78 Fosforilación 4
H2A 129 13.900 10,9 9,3 1,17Fosforilación,
acetilación1
H2B 125 13.774 15,2 6,1 2,49Fosforilación,
acetilación1
H3 135 15.273 9,6 13,3 0,72
Acetilación,
metilación
fosforilación
0,1
H4 102 11.236 10,8 13,7 0,79
Acetilación,
metilación
fosforilación
0,06
ORGANIZACIÓN DEL MATERIAL HEREDITARIO
• SECUENCIAS:
• ÚNICAS,• REPETIDAS, • MODERADAMENTE REPETIDAS Y • ALTAMENTE REPETIDAS
Human genome
3200 Mb
Intergenic DNA2000 Mb
OtherIntergenicRegions600 Mb
Genes48 Mb
Genes and gene-relatedSequences 1200 Mb
RelatedSequences
1152 Mb
pseudogenesGene
fragments
InterspersedRepeats1400 Mb
Microsatellites90 Mb
Introns,UTRs
Various510 Mb
SINEs420 Mb
LINEs640 Mb
LTR elements250 Mb
DNA transposons90 Mb
Organización del genoma humano
37.5%
UTR= untraslated regions
LTR= Long terminal repeats
DNA de copia simple/única/no repetitivo
La proporcion depende de los organismos:
Procariotes = 100%
Eucariotas inferiores = 80%
Animales superiores = 50-70%
5% secuencia de genes
5% secuencia de control
RNA no codificante
Proteinas celulares
Control de la expresion de genes
Pseudogenes y otras secuencias relacionadas:
Convencional pseudogenes
Pseudogene procesado
Genes truncados
Fragmento de genes
DNA repetitivo
Son secuencias de DNA que aparecen en copias multiples
e.g. costituyen entre 40 y 50% del genoma total humano
Las secuencias repetidas “unidades de repetición” tienen tamaños diversos y cada una se encuentra de forma idéntica o casi idéntica muchas veces en el genoma.
El número de copias de la unidad de repetición varia desde unos cientos o miles (DNA moderadamente repetitivo) hasta cientos de miles (DNA altamente repetido).
La distribución puede ser en forma dispersa por todo el genoma o en forma agrupada.
Familias multigenicas de genes dispersos
Estos son localizados de forma dispersa por el genoma, a menudo en cromosomas distintos
Son genes que codifican proteínas de funciones diversas: enzimáticas, reguladoras, de almacenamiento, estruturales, etc.
E.g. la familia de aldolasa comprende 3 genes funcionales y 2 pseudogenes, repartidos en 5 cromosomas.
Los genes de actina forma otra familia con 4 genes y al menos 16 pseudogenes.
2. DNA repetitivo codificante disperso
DNA repetitivo no codificante
Representa entre 20-40% del DNA genómico total
Se divide en dos categorias:
moderadamente repetitivo (se ubica en forma dispersa)
altamente repetitivo (es agrupado)
1. DNA altamente repetitivo y agrupado: satelite
Esta formado por unidades pequeño tamaño (2-50 pb) repetidas en tandem en miles y un millon de veces, con lo que el bloque abarca cientops de Kb o incluso varias Mb.
Ubicación en las regiones heterocromátidas
Ricas A-T
2. DNA moderadamente repetido y disperso
Este tipo de DNA se distribuye a lo largo del cromosomas
Numero de repeticiones no muy elevado 100 - 10000
a. Bloques dispersos de repeticiones en tandem:
DNA minisatelite
Formado por repeticiones de 10-65 pb regrupadas en tandem formando bloques relativamente grandes, de cientos a miles de repeticones
Repartidos en todo el genoma
Ricas en G-C
DNA microsatelite
Unidad de repetición es menor a 7pb, se presentan agrupadas en tandem en bloques de hasta 50 repeticiones
Dispersa en todo el genoma
Alto polimorfismo
b. Repeticiones dispersas
Secuencias SINE (Short Interspersed Nuclear Elements- Elementos nucleares dispersos cortos)
Secuenias LINE (Long Interspersed Nuclear Elements- Elementos nucleares dispersos largos)
LTR (long terminal repeats)
DNA transposon