bioinformatica dr. giuseppe pigola – [email protected]
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Banche dati biologiche e sistemi di interrogazione;
Allineamento e ricerca di similarità in DB; Gene Prediction e Backtranslation; Predizione della struttura secondaria; Microarray e Data Mining; Predizione di Target di miRNA; Linguaggi PERL e PHP; Network Biologiche; Algoritmi per la classificazione;
Bioinformatica2
Piano
Banche dati Biologiche: GenBank - (NCBI – National Center for Biotechnology Information -
1982);
EMBL - (EMBL – European Molecular Biology Laboratory - 1980);
DDBJ - (DNA Database of Japan - 1986);
Sistemi di Interrogazione: Entrez (Sviluppato da NCBI); SRS (Sviluppato da EMBL);
Altre Banche Dati (con relativi sistemi di interrogazione on
line): Swissprot / Uniprot; PIR – Protein Information resource;
Bioinformatica3
Banche Dati
Banche dati specializzate: PDB: Banca dati di riferimento per i dati strutturali 3D di proteine;
OMIM: Contiene informazioni sui geni umani e sulle patologie ad ereditarietà genetica nell'uomo;
SNP – Single Nucleotide Polymorphism (integrato in NCBI): Banca dati di mutazioni;
GEO Gene Expression Omnibus (integrato in NCBI): Database di dataset e espressioni geniche provenienti da esperimenti di microarray;
Genome (Integrato in NCBI): Browser genomico; UCSC Genome Browser: Browser genomico; ENSEMBL: Browser Genomico; GO Gene Ontologies: Vocabolario unificato per la descrizione
di tutte le funzioni dei geni e dei prodotti genici in generale;
Bioinformatica4
Banche Dati
Banche dati specializzate: BioSystems – Pathways (Integrato in NCBI); KEGG Pathway Database; Pathway Commons; mirBase: microRNA Database; TarBase: microRNA Database; Mirò: Dati riguardanti target di miRNA predetti o validati
corredati anche da informazioni su processi, funzioni e malattie; EST: Espressed Sequence Tag.
Bioinformatica5
Banche Dati
Matrici Dot-Plot: DotLet;
Allineamento Pairwise: Matrici di score; EMBOSS; BLAST; FASTA;
Allineamento Multiplo: CLUSTAW; T-COFFEE; ANTICLUSTAL; MUSCLE; PROBCONS;
Bioinformatica6
Allineamento e ricerca di similarità in DB
Catene di Markov, Distribuzioni Stazionarie, Hasting Metropolis, Gibbs Sampling, applicazioni;
Hidden Markov Models;
GenScan;
EasyBack;
Bioinformatica7
Gene prediction e backtranslation
MFOLD;
Bioinformatica8
Predizione della struttura secondaria
Introduzione ai microarray;
Tecniche di Data Mining;
Bioinformatica9
Microarray
miRanda;
miRiam: Scansiona sequenze mRNA alla ricerca di binding site per miRNA. Utilizza proprietà termodinamiche ed empiriche;
Bioinformatica10
Predizione di target per miRNA
Linguaggio PERL (bioperl);
Linguaggio PHP (in breve);
Entrez-Utilities;
Bioinformatica11
Linguaggi
Cytoscape: Visualizzazione e analisi di network biologiche;
NetMatch: Ricerca di strutture in una network;
Mirscape: Annotazione di network biologiche con miRNA, processi, funzioni;
Bioinformatica12
Network Biologiche
Support Vector Machine (SVM);
Bioinformatica13
Classificazione
Prova Orale: Un esercizio pratico al PC (Banche Dati, BLAST,
allineamenti, Tool vari); Una domanda di carattere biologico; Una domanda di carattere informatico;
Progetti (uno tra questi): Seminario su una pubblicazione bioinformatica; Realizzazione di un software per la
Bioinformatica (argomento di ricerca o implementativo);
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Modalità di Esame