PERCORSO  IN  BIOFISICA  

Filoni  di  ricerca:    Fisica  del  Ripiegamento  delle  Proteine    (conta=o  G.  Tiana)  Cristallografia  a  raggi  X  (conta=o  M.Milani,  dip.  di  Biologia)  Interazione  tra  superfici  nanostru=urate  e  biomolecole(conta=o  P.  Milani)  CineIca  e  transizioni  di  fase  in  pepIdi  e  nucleoIdi  (conta=o  T.  Bellini)    

Fisica  del  ripiegamento  delle  proteine      

RNA

protein

ribosome

native state (N)

ms - s

logZ = limn→0

Zn − 1

n

Dinamica  molecolare  

Meccanica  staIsIca  di    biomolecole  

Disegno  di  farmaci  inibitori  di    proteine  virali  

Some  publicaIons:    G.  Tiana,  R.  A.  Broglia,  H.  E.  Roman,  E.  Vigezzi  and  E.  Shakhnovich,  Folding  and  Misfolding  of  Designed  Protein-­‐like  Folding  and  Misfolding  of  Designed  Protein-­‐like  Chains  with  MutaIons  J.  Chem.  Phys  108  (1998)  757    G.  Tiana,  B.  E.  Shakhnovich,  N.  Dokholyan  and  E.  I.  Shakhnovich,  Imprint  of  evoluIon  on  protein  structures  Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA  101  (2004)  2846    R.  A.  Broglia,  D.  Provasi,  F.  Vasile  ,  G.  O=olina,  R.  Longhi  and  G.  Tiana,  A  folding  inhibitor  of  the  HIV-­‐1  Protease  Proteins  62  (2006)  928    

Conta=o:  Guido  Tiana  (Iana@mi.infn.it)  

Calcoli  numerici   EsperimenI  biofisici  

Elicasi di flavivirus, struttura funzione, inibizione e dinamica

Struttura (cristallografia a raggi X), analisi rapporto struttura funzione, inibizione (farmaci antivirali), dinamica molecolare per caratterizzare la funzione, analisi sperimentale con differenti tecniche biofisiche (FRET, SAXS...) e biochimiche

Cristallografia a raggi X mario.milani@unimi.it

h=p://digilander.libero.it/mario.milani/teaching.html  

!

I" F(h,k, l) 2

!

"(x,y,z) =1V h,k,l# F(h,k,l)exp $2%i(hx + ky + lz)[ ]

densità elettronica = struttura della proteina  

Argomenti di tesi

Inibizione basata sulla struttura della RNA polimerasi di calicivirus

Struttura + tecniche biochimiche e biofisiche per l’identificazione e la caratterizzazione di inibitori (farmaci antivirali) di RNA polimerasi

Studio strutturale e inibizione di proteine coinvolte nell’apoptosi per la terapia antitumorale

Struttura (cristallografia a raggi X) + SAXS (Small Angle X-ray scattering) per la caratterizzazione di complessi proteici di proteine che regolano l’apoptosi. Studio di inibitori per lo sviluppo di nuovi farmaci anticancro

RecogniIon  of  Smac-­‐mimeIc  compounds  by  the  BIR  domain  of  cIAP1.  Cossu  F,  et  al.,  Milani  M.  Protein  Sci.  2010.  19,  2418-­‐29.  

Flaviviral  methyltransferase/RNA  interacIon:  structural  basis  for  enzyme  inhibiIon.  Milani  M  et  al.,  &  Bolognesi  M.  AnIviral  Res.  2009,  83,  28-­‐34.  

Crystal  structure  and  acIvity  of  Kunjin  virus  NS3  helicase;  protease  and  helicase  domain  assembly  in  the  full  length  NS3  protein.  Mastrangelo  E,  Milani  M,  et  al.,  &  Bolognesi  M.  J  Mol  Biol.  2007,  372,  444-­‐55.  

cristalli di proteine  

Referenti: Prof. Paolo Milani - paolo.milani@mi.infn.it Dott.ssa Cristina Lenardi - cristina.lenardi@unimi.it Dott. Alessandro Podestà - alessandro.podesta@mi.infn.it

Laboratorio  di  Geg  Molecolari  e  Materiali  Nanocristallini  DiparImento  di  Fisica  e  C.I.MA.I.NA,  UniMI  

 

Studio  delle  interazioni  tra  superfici  nanostru:urate  e  biomolecole  (DNA,  proteine)  mediante  tecniche  di  indagine  alla  nanoscala  

Proprietà  configurazionali  e  stru=urali  di  DNA,  proteine  e  loro  complessi  

Alcune  temaEche  di  ricerca  e  possibili  argomenE  di  tesi  magistrali  (e  di  do:orato)  

Aggregazione  anomala  di  proteine  

Studio  di  meccanismi  di  adesione  di  proteine  su  superfici  nanostru=urate