infections urinaires chez la femme non hospitalise
TRANSCRIPT
JAONASY Gitano
INFECTIONS URINAIRES CHEZ LA FEMME NON HOSPITALISE :
INCIDENCE ET SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
Thèse pour l’obtention du Diplôme d’Etat de Docteur en Médecine
UNIVERSITE D’ANTANANARIVO
FACULTE DE MEDECINE
Année : 2016 N° :8809
INFECTIONS URINAIRES CHEZ LA FEMME NON HOSPITALISE :
INCIDENCE ET SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES.
THESE
Présentée et soutenue publiquement le 01 février 2016
à Antananarivo
Par
Monsieur JAONASY Gitano
Né le 29 octobre 1988 à Antalaha
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR EN MEDECINE (Diplôme d’Etat)
Directeur de thèse : Professeur RASAMINDRAKOTROKA Andry
MEMBRES DU JURY
Président : Professeur RASAMINDRAKOTROKA Andry
Juges : Professeur RAKOTO ALSON Olivat
Professeur RAKOTOTIANA Auberlin
Rapporteur : Docteur ANDRIANARIVELO Andry Maharo
DEDICACES
DEDICACES :
Je dédie cette thèse :
A DIEU :
Merci Dieu miséricorde et miséricordieux, <<
Quand je t’ai appelé, tu m’as
répondu, tu m’as rempli de courage et de force.>>
Psaume.138:13.
A mes parents :
Merci pour votre présence, votre soutien, et votre amour tout au long de mes
études et de ma vie. En ce jour, je vous témoigne toute ma gratitude et mes affections.
Je vous aime.
A ma sœur Frida :
Merci pour tes conseils, ton soutien. Merci d’être toujours là pour moi.
A tous mes amis :
Merci pour votre amitié sincère, ce fut un plaisir de partager tous ces bons
moments avec vous, et ceux à venir!
A ma famille, A toutes personnes qui de près ou de loin m’ont aidé par leurs
encouragements, je vous remercie.
A NOTRE MAITRE DIRECTEUR ET PRESIDENT DE THESE
Monsieur le Docteur RASAMINDRAKOTROKA Andry
Professeur Titulaire d’Enseignements Supérieur et de Recherche en Immunologie à la
Faculté de Médecine d’Antananarivo.
Ancien Ministre de la Santé.
«Vous nous avez bien reçu ; Vous nous faites un grand honneur en acceptant la
présidence de cette thèse.
Veuillez recevoir ici l’expression de nos profonds respects avec nos admirations».
A NOS MAITRES ET HONORABLES JUGES DE THESE
Madame le Professeur RAKOTO ALSON Olivat
Professeur Titulaire d’Enseignement Supérieur et de Recherche en Hématologie à la
Faculté de Médecine d’Antananarivo.
Chef de l’UPFR d’Hématologie au CHU-JRA d’Antananarivo.
Chef de département de biologie à la Faculté de médecine d’Antananarivo.
Monsieur le Professeur Rakototiana Auberlin
Professeur d’Enseignement Supérieur et de Recherche en Urologie Andrologie à la
Faculté de Médecine d’Antananarivo.
«Veillez trouver ici nos remerciements les plus sincères pour avoir accepter de juger
notre travail et d’avoir consacrer une part de votre temps précieux, malgré toutes vos
responsabilités»
A NOTRE RAPPORTEUR DE THESE
Monsieur le Docteur ANDRIANARIVELO Andry Maharo
Médecin Biologiste
Ancien chef de travaux en Bactério Virologie
«Nous vous remercions infiniment d’avoir accepté de rapporter et de défendre cette
thèse. Vous n’avez pas ménagé vos temps ni vos efforts malgré vos lourdes tâches et
vos occupations. Veuillez trouver ici notre reconnaissance et notre profond respect».
A NOTRE MAITRE ET DOYEN DE LA FACULTE DE MEDECINE
D’ANTANANARIVO
Monsieur le Professeur ANDRIAMANARIVO Mamy Lalatiana
«Nos hautes considérations et profonds respects».
A TOUS NOS MAITRES DE LA FACULTE DE MEDECINE
D’ANTANANARIVO.
A TOUS LES MEDECINS ET ENCADREURS DE STAGES HOSPITALIERS
«Pour les précieux enseignements et encadrements. Toutes nos gratitudes et nos
profonds respects».
A TOUS LES PERSONNELS ADMINISTRATIFS ET TECHNIQUES DE LA
FACULTE DE MEDECINE D’ANTANANARIVO.
«Nos profonds remerciements».
SOMMAIRE
SOMMAIRE
Pages
INTRODUCTION…………………………………………………………………... 1
Première partie : RAPPELS
1. RAPPELS SUR L’INFECTION URINAIRE…………………………………... 3
1. DEFINITION………………………………………………………………... 3
2. EPIDEMIOLOGIE………………………………………………………...... 3
3. RAPPEL ANATOMO-PHYSIOLOGIQUE………………………………... 3
3.1. Appareil urinaire…………………………………………………....... 3
3.2. Germes responsables………………………………........................... 6
4. PHYSIOPATHOLOGIE…………………………………………….............. 6
4.1. Mode de contamination…………………………………………….... 6
4.2. Facteur pathogène…………………………………………………..... 6
4.3. Facteur favorisants et facteurs de risques……………........................ 7
5. CLINIQUE………………………………………………………………….. 7
5.1. Présentation générale……………………………………………….... 7
5.2. Particularités………………………………………………………..... 8
6. MOYEN DIAGNOSTIC…………………………………………………..... 10
6.1. La BU (bandelette urinaire)………………………………………...... 10
6.2. L’ECBU (examen cytobactériologique des urines)………………….. 10
Deuxième partie : METHODES ET RESULTATS
II.METHODES ET RESULTATS…………………………………………………. 17
1. METHODES……………………………………………………………….... 17
1.1. Cadre de travail……………………………………………………..... 17
1.2. Type d’étude………………………………………………………..... 18
1.3. Période d’étude……………………………………………………..... 18
1.4. population étudiée………………………………………………........ 18
1.5. Echantillonnage et taille d’échantillonnage………………………..... 19
1.6. Méthode de recueil de dossier………………………………….......... 19
1.7. Traitement des échantillons………………………………………...... 19
1.8. Variables………………………………………………………........... 23
1.9. Analyse statistique…………………………………………………… 23
1.10. Limites…………………………………………………………….... 23
1.11. Considération éthique…………………………………………......... 24
2. RESULTATS…………………………………………………….................. 25
2.1. Les demandes d’examen cytobactériologique des urines…………..... 25
2.2. Répartition des prélèvements reçus selon l’âge…………………….... 26
2.3. Données concernant les renseignements cliniques………………..... 28
2.4. Répartition des données selon les germes isolés…………………...... 30
2.5. Répartition des données concernant les résultats des antibiogrammes 32
Troisième partie : DISCUSSION
III.DISCUSSION………………………………………………............................... 37
1. Les examens cytobactériologiques des urines……………………………..... 38
2. Répartition des ECBU selon l’âge…………………………………………... 41
3. Répartition des cas selon les renseignements cliniques…………………...... 42
4. Répartition des cas selon les germes isolés……………………………….... 43
5. Répartition des cas selon les résultats des antibiogrammes………………… 45
CONCLUSION……………………………………………………………………… 50
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
LISTE DES TABLEAUX
Pages
Tableau I : Distribution des échantillons reçus selon l’âge ……………...... 26
Tableau II : Répartition des échantillons reçus selon les renseignements
cliniques ……………………………………………………….
28
Tableau III : Répartition des cas d’infections urinaires selon les
renseignements cliniques ……………………………………...
29
Tableau IV : Répartition des souches isolées ……………………………….. 30
Tableau V : Répartition des souches isolées selon l’âge …………………... 31
Tableau VI : Répartition des germes testés …………………………………. 32
Tableau VII : Profil de sensibilité des souches d’Escherichia coli ………….. 33
Tableau VIII : Profil de sensibilité des autres souches d’entérobactéries
isolées ………………………………………………………….
34
Tableau IX : Profil de sensibilité des Staphylococcus aureus isolées ……… 35
Tableau X : Profil de sensibilité de souche de Streptococcus sp isolée …… 36
LISTE DES FIGURES
Pages
Figure 1 : Appareil génito-urinaire féminin……………………………………… 5
Figure 2 : Processus simplifié d’identification des bactéries…………………….. 22
Figure 3 : Répartition des cas d’infection urinaire selon l’âge…………………… 27
LISTE DES ABREVIATIONS
BAAR : Bacille Acido-Alcoolo-Résistant
BU : Bandelette Urinaire
CASFM : Comité de l’Antibiogramme-Société Française de Microbiologie
CHU-JRA : Centre Hospitalier Universitaire Joseph Ravoahangy Andrianavalona
CHU-JRB : Centre Hospitalier Universitaire Joseph Raseta Befelatanana
CHUMET : Centre Hospitalier Universitaire Mère-Enfant Tsaralalàna
CIVD : Coagulopathie Intra-Veineuse Disséminée
CLED : Cystine Lactose Electrolysis Defficient
CMI : Concentration Minimale Inhibitrice
C1G : Céphalosporine de 1ère
Génération
C2G : Céphalosporine de 2ème
Génération
C3G : Céphalosporine de 3ème
Génération
DGU : Dénombrement des Germes dans les Urines
ECBU : Examen Cyto-Bactériologique des Urines
EML : Expertise Médico-Légale
IU : Infection Urinaire
LCR : Liquide Céphalo-Rachidien
PLP : Protéine Liant la Pénicilline
SARM : Staphylococcus aureus Méticillino-Résistant
SCN : Staphylocoque à Coagulase Négative
UFC : Unité Formant Colonies
UPFR : Unité Para clinique de Formation et de Recherche
UPFRM : Unité Para clinique et de Formation et de Recherche en Microbiologie
INTRODUCTION
1
INTRODUCTION
L’infection urinaire est l’infection bactérienne la plus fréquente, tant en milieu
hospitalier qu’en milieu extrahospitalier. Elle est retrouvée plus souvent chez la femme
que chez l’homme avec un ratio de 8/1, 50 à 60% des femmes auront au moins un
épisode d’infection urinaire (IU) dans sa vie, 1/3 auront au moins un symptôme d’IU
nécessitant un traitement antibiotique avant l’âge de 24 ans [1].
L’infection urinaire peut toucher n’importe qu’elle partie de l’arbre urinaire. En
dehors des signes cliniques présents lors de l’infection, la confirmation du diagnostic
repose sur l’examen cytobactériologique des urines dans les conditions rigoureuses de
sa réalisation, mais le test de dépistage à la bandelette urinaire (BU) reste un examen de
choix, vu la réalisation et le coût de l’ECBU que la majorité des patients n’arrivent pas à
y accéder.
L’antibiothérapie est la base du traitement de cette infection, et son
administration de manière empirique est le plus souvent adoptée par les médecins. Ces
dernières années, les échecs des traitements probabilistes et la résistance bactérienne
aux antibiotiques ne cessent de s’accroitre. Cette situation complique la prise en charge
des infections urinaires mais aussi augmente la possibilité de propagation des souches
multirésistantes. La connaissance de ces mécanismes de résistance est nécessaire et
permet de réévaluer les protocoles de traitement probabiliste. La molécule prescrite doit
cibler l’E coli puisque c’est l’espèce bactérienne le plus fréquemment isoler jusqu’à ce
jour (plus de 80%) [2,3].
Cette population représente toujours une partie importante des ECBU réalisés
dans les laboratoires. Ces ECBU concernent donc le plus souvent des cystites
compliquées ou survenant chez des femmes présentant un terrain particulier.
Les infections urinaires communautaires de la femme représentent plus de la
moitié des infections urinaires communautaires diagnostiquées en pratique de ville
devant celles des hommes et des enfants qui constituent le quart restant [4].
Afin d’actualiser les connaissances concernant les infections urinaires
communautaires chez la femme ainsi que la sensibilité des germes retrouvés aux
antibiotiques, nous avons mené une étude rétrospective s’étalant sur 2 ans.
2
Ce travail se propose comme objectifs de décrire l’incidence des infections
urinaires chez la femme non hospitalisée, d’étudier la répartition des bactéries
responsables de ces infections urinaires et enfin, d’évaluer la sensibilité des germes
retrouvés aux antibiotiques rencontrées à l’UPFR Microbiologie du CHU-JRA
Antananarivo afin de permettre une meilleure approche thérapeutique.
Notre étude se divise en trois parties :
- la première partie se rapporte aux rappels théoriques sur l’infection urinaire,
- la deuxième partie développe les matériels et méthode,
- et la troisième partie est réservée aux discussions
I. PREMIERE PARTIE : RAPPELS THEORIQUES
3
I. RAPPELS SUR L’INFECTION URINAIRE
1. DEFINITION
L'infection urinaire est une prolifération microbienne accompagnée d'une
réaction inflammatoire touchant n'importe quel point de l'appareil urinaire : le rein, la
vessie, l'urètre ou prostate chez l'homme. Dans la pratique, elle est caractérisée par la
présence d’une bactérie en grand nombre supérieure à 105 germes/ml dans les voies
urinaires ou dans le parenchyme rénal ou prostatique et qui sont détectées dans les
urines [2, 5,6].
L'infection urinaire peut toucher le haut appareil urinaire (pyélonéphrite), et le
bas appareil urinaire (cystite, urétrite, prostatite chez l’homme) mais l'infection urinaire
asymptomatique est fréquente, et on parle de bactériurie asymptomatique.
2. EPIDEMIOLOGIE
L'infection des voies urinaires est une pathologie très fréquente, elle constitue la
première cause d'infection bactérienne aigue dans le monde, motivant 10% de
consultation par an, et dans les pays développés, c’est la première cause de sepsis à
Gram négatif [7]. On estime que près de 50% des femmes auront au moins une infection
urinaire dans leur vie, surtout au début du période d'activité sexuelle, pendant la
grossesse et après la ménopause, dont la tranche d’âge la plus touchée est de 20 à 30
ans. Par contre, elle est beaucoup plus rare chez l'homme et relativement rare chez les
enfants [8].
3. RAPPELS ANATOMO-PHYSIOLOGIQUE
3.1. Appareil urinaire
L'appareil urinaire est constitué par : le rein, la vessie et les canaux excréteurs
(calices, bassinets, uretères, urètre).
Le rein
4
C'est un organe pair, situé de part et d’autre de la colonne vertébrale, en arrière
du péritoine, à la hauteur des dernières cotes. Chacun mesure 12 cm de long, 6 cm de
large et 3 cm d'épaisseur, pèse 150 grammes et a la forme d'un haricot. Ils sont reliés
aux gros vaisseaux (aorte abdominale et veine cave inferieur) par une artère et une
veine, qui forment les pédicules rénaux. Les voies d’excrétions du rein commencent
dans le sinus rénal par les petits calices, qui se réunissent pour former les grands calices,
à leur tour aboutissent à la formation du bassinet.
Son rôle principal est l'élaboration de l'urine et permet de maintenir l’équilibre
intérieur de l'organisme en équilibrant les entrées et les sorties d'eau, des électrolytes
(chlore, potassium, sodium, bicarbonate,...), de l'azote et permet d'éliminer de multiples
autres substances toxiques ou médicamenteuses [9].
L'uretère
Ce sont les deux conduits qui transportent l'urine des bassinets vers la vessie.
Les uretères sont des tubes musculaires qui poussent l'urine par des mouvements
péristaltiques. Chez l’adulte, ils mesurent habituellement entre 25 à 35 cm de long [9].
La vessie
La vessie est l'organe du système urinaire dont la fonction est de recevoir l'urine
terminale produite par les reins puis de la conserver avant son évacuation au cours de la
miction. L'urine arrive dans la vessie par les uretères, et émise via l'urètre.
Chez la femme, elle est placée au-dessus du plancher pelvien, en avant de
l’utérus et du vagin (figure 1) [9].
L'urètre
L'urètre est le canal de sortie de la vessie.
Chez la femme, l'urètre est court environ 3,7cm, pour un diamètre environ 6 mm
et débouche sur la vulve entre le clitoris et l'ouverture du vagin par le méat urinaire [9].
5
Figure 1: Appareil génito-urinaire féminin
Source : Larousse Médicale: appareil urinaire
6
3.2. Germes responsables
De nombreux micro-organismes peuvent être responsables de l’infection
urinaire, mais les bacilles à Gram négatif sont de loin les plus courants. Et le réservoir
bactérien des infections urinaires est le tube digestif du fait de la proximité entre
l'appareil digestif et l'appareil urinaire.
Par ordre de fréquence, ces microorganismes sont : Escherichia coli (75-85%),
Proteus mirabilis (5-10%), Staphylococcus saprophyticus (10-15%), Klebsiella spp,
Pseudomonas, et les Entérocoques [10].
4. PHYSIOPATHOLOGIE
4.1. Mode de contamination
L'urine est physiologiquement stérile mais constitue un bon milieu de culture des
bactéries après sa colonisation. Il existe trois modes de contamination des urines :
rétrograde, hématogène, et iatrogène.
Le mode de contamination rétrograde est le plus fréquent, il est lié à la
colonisation de l'urètre par des bactéries normalement présentes dans le colon et le
périnée.
Le mode de contamination hématogène est beaucoup plus rare, il est susceptible
de survenir lors de bactériémie à staphylocoque responsable d’abcès rénaux multiples,
de candidose généralisée, ou dans le cadre de la tuberculose.
Le mode de contamination iatrogène est lié à toute manœuvre urologique
(cystoscopie, sondage, chirurgie,…) susceptible d'introduire des germes dans les urines.
Ce sont généralement des bactéries hospitalières [11].
4.2. Facteur pathogène
L'arbre urinaire est normalement stérile hormis les derniers centimètres de
l'urètre contaminés par la flore digestive, la flore cutanée, la flore génitale chez la
femme. Le flux permanent de l'urine et le sphincter vésico-urétéral protège le rein
7
contre l'invasion des bactéries. Le tube digestif est le réservoir habituel des germes
retrouvés dans les infections urinaires. L'infection urinaire survient en cas d'anomalie
fonctionnelle ou organique de l'appareil urinaire, de stase urinaire ou de reflux vers
l'amont ainsi qu’à la virulence de certains germes.
L'infection urinaire commence par la colonisation du tube digestif par une
souche uropathogène, puis elle gagne l'aire periurétral, remonte le long de la vessie, le
long de l'uretère vers le rein [12-13].
4.3. Facteurs favorisants et facteurs de risque
Chez la femme, d’une part, le méat urinaire et l’anus sont très proches, et d’autre
part, l’urètre est très court : les germes intestinaux remontent facilement dans la vessie
et s’y développent.
Les facteurs hygiéno-diététiques (le coït, constipation, insuffisance de
diurèse,…), les facteurs généraux (immunodépression, diabète, ménopause,
grossesse,…), les facteurs locaux (les obstacles organiques ou fonctionnels sur les voies
excrétrices responsable de stase, les reflux vésico-urétéraux, les uropathies obstructive
ou malformative) sont également à l'origine d'une infection urinaire [11,14].
5. CLINIQUE
5.1. Présentation générale
On distingue classiquement :
Selon sa localisation, une infection urinaire basse témoigne une atteinte
vésicale (cystite), souvent d'origine bactérienne et le mode de contamination est
toujours ascendant. Et une infection haute témoignant l'atteinte du parenchyme rénal,
qui est potentiellement grave (pyélonéphrite, abcès rénal,…)[15].
Selon sa gravité, une infection urinaire simple est une infection urinaire
haute ou basse survenant chez une femme pré-ménopausée, sans facteur de risque, non
8
enceinte. Une infection urinaire compliquée est une infection urinaire survenant en
présence de facteur de risque, qui peut être physiologique, pathologique, ou mécanique
(âge avancé, grossesse, immunodépression, diabète, anomalie des voies excrétrices,
calcul, sondage vésical à demeure,…), et une infection urinaire récidivante ou
récurrente se traduit par 4 épisodes par année, généralement c'est une nouvelle infection
avec un germe différent [11].
5.1.1. Signes en faveur d'une cystite :
Ces signes comprennent : une douleur sus-pubienne, une pollakiurie, des urines
troubles, des brûlures mictionnelles, une hématurie, une sensation de dysurie quelque
fois, avec une fièvre qui ne dépasse 38°C [11].
5.1.2. Signes en faveur d'une atteinte parenchymateuse et d'une pyélonéphrite
Ces signes associent : une fièvre supérieure à 38,5°C, avec frissons, une douleur
lombaire vive (irradiant vers le bas, spontanée ou provoquée par la palpation et la
percussion de la fosse lombaire), des signes de cystite et parfois accompagné de trouble
digestif (nausée, vomissement, diarrhée) [11].
5.2. Particularités
5.2.1. Infection urinaire chez la femme
a- La cystite
La cystite est une infection fréquente, c’est l’apanage de la femme jeune et âgée,
car chez l’homme, elle est pratiquement toujours associée à une prostatite.
Le signe positif comprend : une douleur sus pubienne, une brulure mictionnelle,
une pollakiurie, une hématurie, et les signes négatifs sont très importants pour le
diagnostic : il n'y a pas de fièvre supérieure à 38°C, et absence de douleur lombaire. Il
est important de distinguer une cystite unique de la cystite récidivante qui est
9
caractérisée par la survenue de plus de 4 cystites par an et la dernière inférieure à 3
mois, souvent due à un traitement mal adapté, à un foyer méconnu de pyélonéphrite, ou
une malformation de l'appareil urinaire [11].
b- La pyélonéphrite aigue
La pyélonéphrite est une inflammation microbienne du bassinet associée à
l'envahissement de l’interstitium par des trainées suppuratives. Cependant il est
important de distinguer, d'une part une pyélonéphrite simple ou primitive, sans lésion
urologique, sans facteur favorisant et sans signe de gravité. Et d'autre part une
pyélonéphrite compliquée ou secondaire, consécutive à une uropathie ou obstacle, avec
signe de gravité (hypotension, AEG, hypothermie), et facteur favorisant (grossesse,
infection urinaire datant de moins de 3 mois, diabète, immunodépression,…).
Le tableau clinique peut cependant être très voisin, qui est caractérisé par
l'apparition brutale de fièvre supérieure à 38,5°C, violentes frissons, et douleur lombo-
abdominale vive unilatérale accompagnée de nausée et vomissement.
L'évolution d'une pyélonéphrite aigue simple est bénigne sous antibiothérapie
bien adaptée, avec disparition de la fièvre et de la douleur en 3 à 4 jours, les urines sont
stériles en quelques heures, par contre une pyélonéphrite aigue compliquée peut aboutir
à : un abcès rénal, un phlegmon péri-rénale, un pyonéphrose, une septicémie à germes
Gram négatifs, avec risque de choc, de CIVD, et d'anurie [11, 16-18].
5.2.2. Infections urinaires et grossesse
La grossesse est un état physiologique d'immunodépression acquise, ce qui
favorise l'infection urinaire.
Elles sont caractérisées par la fréquence de la bactériurie asymptomatique. Cette
affection est potentiellement grave car elle favorise l'apparition de la pyélonéphrite
10
gravidique qui s'accompagne d'un risque d'accouchement prématuré (l'infection et la
fièvre entraine la contraction utérine) [8, 17].
6. MOYENS DE DIAGNOSTIC :
Il existe deux examens essentiels pour affirmer une infection urinaire.
6.1. La bandelette urinaire (BU)
La BU permet de détecter les infections urinaires asymptomatiques, et surtout
d'orienter le diagnostic d'infection urinaire. Ces bandelettes réactives détectent l'estérase
leucocytaire qui témoigne la présence de leucocyte et les nitrites qui témoignent de la
présence de bactérie capable de transformer le nitrate en nitrite (pourvue de nitrite
réductase), essentiellement l’entérobactérie. En revanche les cocci à Gram positif et les
bactéries à Gram négatif aérobies strictes n'en possèdent pas.
Le test de BU peut être pris en défaut en cas d'urine acide, d'urine ayant séjourné
moins de 4 heures dans la vessie, une infection urinaire sans leucocyte (diabétique), une
protéinurie supérieure à 3g par ml, ou d'urine trop diluée, en cas de faible inoculum
bactérien et en cas de bactérie dépourvue de nitrite réductase.
Les bandelettes réactives ont une sensibilité de 90% et une spécificité de 70%.
Un résultat négatif est habituellement suffisant pour exclure une infection urinaire, sauf
si les symptômes cliniques sont très évocateurs. Par contre un résultat de bandelette
positif doit être confirmé par un ECBU, sauf en cas de cystite aigue simple chez la
femme. La bandelette urinaire est un test de dépistage mais pas de diagnostic [19,20].
6.2. L’examen cytobactériologique des urines (ECBU)
L'ECBU est indiqué dans toutes les situations d'infection urinaire, à l' exception
des cystites aigues simples d'évolution favorable. Il autorise le diagnostic de certitude
d’une infection urinaire, isole le microorganisme responsable et permet de déterminer la
sensibilité de la ou des bactéries aux antibiotiques à l’antibiogramme [21,22]
11
La réalisation et l'interprétation de cet examen est difficile. Elle se repose sur
quelques étapes et principes simples mais fondamentaux, ceci depuis la condition de
prélèvement des urines jusqu' à son interprétation.
6.2.1. Prélèvement d’urine
C’est une étape primordiale qui conditionne la qualité des résultats. Il peut se
dérouler au laboratoire ou à domicile, l’essentiel étant de bien expliquer aux patients les
conditions à respecter.
Le recueil d’urine doit se faire dans des conditions d’asepsie rigoureuse, car
l’urine vésicale et sus vésicale sont stériles en absence d’infection, il n’en est pas de
même pour la portion distale de l’urètre, le méat urinaire et le périnée, où l’on retrouve
des flores commensales pouvant contaminer les urines lors du recueil.
Prélèvement d’urine chez un adulte non sondé coopératif : l’urine est
recueillie aux mieux le matin, avant toute antibiothérapie ou 48 heures après l’arrêt de
celle-ci, et après toilette soigneuse à l’eau et au savon ou à un antiseptique comme le
dakin, suivie d’un rinçage au sérum physiologique ou à l’eau afin que des traces de
savon ou d’antiseptiques ne soient pas entrainées par le jet d’urine.
- Chez la femme
Le recueille d’urine se fait après avoir nettoyé les petites lèvres, les grandes
lèvres et la vulve, en cas de pertes vaginales, même banales, mettre une protection
vaginale. Ensuite, la patiente élimine le premier jet urinaire (10 à 50 ml) afin de laver
l’urètre antérieur et de le débarrasser de sa flore commensale; et elle recueille le milieu
de la miction (2ème
jet) dans un pot stérile.
- Chez la femme (si miction impossible)
Le sondage vésical doit demeurer exceptionnel (handicap neurologique,
articulaire).
Geste particulier : La ponction sus-pubienne est alternative peu utilisée (en cas
de miction impossible).
12
Le prélèvement par cathétérisme permet de séparer l’urine du rein droite et du
rein gauche [21,22].
6.2.2. Conservation et transport des urines
Les urines recueillies dans un récipient stérile doivent être ensemencées dans les
20 minutes. Elles ne doivent jamais être conservées plus de 2 heures à température
ambiante ou à défaut conservées à +4°C pour une durée maximale de 24 heures. Des
milieux de transport contenant de l’acide borique permettent de conserver les urines
pendant 48 heures
. Ces délais maxima et ces températures incluent les conditions de transport du
prélèvement qu’il est donc important de bien contrôler; Il faut donc noter l’heure du
prélèvement [23].
6.2.3. Examen de l’urine
Il doit être immédiat et commence par l’aspect macroscopique.
Aspect macroscopique : l’urine normale est claire, d’aspect jaune citrin, tandis
que l’urine infectée peut être trouble, ictérique, hématique, d’odeur nauséabonde. Et on
note parfois la présence de sédiments : blanchâtres (phosphates), rouge brique (acide
urique), rose (urates) [22].
Examen microscopique à l’état frais : après avoir bien homogénéisé
l’échantillon, on dénombre les leucocytes et les hématies en rapportant au ml.
A l’état normal, l’urine est très pauvre en éléments cellulaires : environ 103
hématies et
moins de 104
leucocytes/ml, quelques cellules de desquamation de la muqueuse. On
peut aussi trouver des cylindres hyalins et des cristaux.
- La leucocyturie : en cas d’infection urinaire, les leucocytes sont
pratiquement toujours rencontrés en grand nombre (≥104
leucocytes/ml), car dans ce
type d’infection, la multiplication bactérienne s’accompagne d’une mise en œuvre des
13
défenses immunitaires, d’où une réaction cellulaire, qui dans son aspect le plus intense,
se traduit par une leucocyturie très importante, la pyurie. Il convient d’interpréter
prudemment une leucocyturie négative (< 103 leucocyte/ml) ou faiblement positive,
notamment chez les patients dont les défenses immunitaires sont affaiblies (femme
enceinte, nouveau-né moins de 3 mois) [22].
- Les micro-organismes : on notera la présence de bactéries, de levures, de
Trichomonas. Un œil exercé voit des bactéries à partir d’une numération comprise entre
20000 et 30000 bactéries/ml.
On réalise alors une coloration de Gram sur un culot de centrifugation et on
précise la morphologie et le Gram de la bactérie.
Examen direct après la coloration de Gram : c’est une étape capitale pour le
diagnostic rapide. Il permet de retrouver et de quantifier une leucocyturie éventuelle et
de reconnaître une bactériurie. L’examen direct doit être fait systématiquement et réalisé
en moins d’une heure [24].
Présence de bactérie à la coloration Gram : en pratique, la présence de
bactéries à l’examen direct après coloration de Gram dans les urines homogénéisées non
centrifugée et examinée au fort grossissement (fois 100) correspond à une bactériurie
supérieure à 105
UFC (unité formant colonie) par millilitre. La coloration de Gram a un
intérêt majeur car elle peut orienter d’emblée le traitement antibiotique en montrant par
exemple des cocci à Gram positif en chaînette, suggérant la possibilité d’une infection
urinaire à entérocoque. La coloration de Gram permet en plus d’objectiver la présence
de cellules épithéliales qui lorsqu’elles sont présentes en grande quantité signifient un
prélèvement de mauvaise qualité et qui a été contaminé par la flore péri urétrale [25].
Lorsque les bactéries sont observées de façon abondante à l’examen direct sans
que la culture ne pousse pas en 24 heures, on peut évoquer la présence de bactéries qui
ne pousse pas sur les milieux usuels comme les Corynébactéries, les Lactobacilles,
Haemophilus ou une infection urinaire décapitée par une prise préalable d’antibiotique
[24].
Culture de l’urine : elle comporte simultanément la numération du germe et de
son isolement.
14
Ensemencement : l’urine est ensemencée sur un milieu(x) solide(s) que l’on
incube en atmosphère aérobie. En routine il n’y a pas de recherche de bactérie anaérobie
dans les urines. Les géloses sont observées après 18 heures à 24 heures d’incubation,
puis jetées.
Dénombrement des bactéries : l’évaluation de la bactérie peut s’opérer.
- Soit par culture : un volume défini d’urine est ensemencé sur des milieux
de culture appropriés. Après incubation à +37°C, les microorganismes forment des
colonies qui sont dénombrées et leurs quantités sont ramenées en ml d’urine.
- Soit par ensemencement d’un dispositif particulier appelé «lame
immergée» ou Uricult®. Il s’agit en fait d’une lame de plastique revêtue sur chaque
face de milieu de culture, en général, un milieu «tout germe» et un milieu sélectif des
bacilles à Gram négatif. La quantité des microorganismes présents dans l’urine est
estimée visuellement par comparaison du nombre de colonie obtenue à une gamme
schématique de concentration microbienne (<103 à > 10
7 germes/ml) [22].
Résultat des cultures : Les germes responsables de l’infection urinaire sont
dominés par les entérobactéries (les bacilles à Gram négatif du tube digestif) dont
l’Escherichia coli occupe le premier rang dans les infections urinaires d’origine
communautaire ainsi qu’hospitalière. Viennent ensuite, en ville : Klebsiella et Protéus
mirabilis ; à l’hôpital : Entérobacter, Serratia, Citrobacter et quelques bacilles à Gram
négatif provenant de l’environnement [22].
Parmi les cocci à Gram positif, on retrouve surtout Staphylococcus
saprophyticus, Staphylocoque à coagulase négative reconnu comme le deuxième agent
responsable d’infection urinaire chez la femme jeune. Fait remarquable, Staphylococcus
aureus est assez rarement isolé et toujours dans un contexte de bactériémie. Les
entérocoques et le streptocoque du groupe B (commensal des voies genito-urinaires)
peuvent aussi être à l’origine d’infections urinaires du fait de leur rôle commensale et de
leur présence fréquente dans les urines contaminées.
Interprétation de l’ECBU : les résultats de l’ECBU doivent être interprétés
dans chaque cas en fonction du patient, des renseignements cliniques, de l’examen
15
direct de l’urine, du caractère mono- ou polymicrobienne des cultures et de la nature du
germe.
- Leucocyturie >104 et bactériurie >10
5 :
. Une bactérie isolée est égale à une infection urinaire.
. Deux bactéries isolées en quantités égales sans prédominance : s’assurer
des conditions de recueil et de transport, le patient est-il sondé? Existe-t-il une fistule
colo-vésicale? Si doute, refaire l’ECBU et si on obtient des résultats identiques, alors,
c’est une infection urinaire à deux germes.
- Leucocyturie >104 et bactériurie 10
4-10
5 :
Une bactérie isolée : la bactériurie peut être faible en cas de prostatite, de cystite
débutante, d’infection à Pseudomonas aeroginosa ou à Staphylococcus dont les colonies
s’agglomèrent et sont sous estimées en nombre, de prélèvement effectué moins de 3
heures après la miction (chez les nourrissons surtout), de diurèse abondant ou présence
d’une sonde urinaire (écoulement continue d’urine), dans tous ces cas, c’est une
infection urinaire probable.
Et deux bactéries isolées sans prédominance, refaire l’ECBU.
- Leucocyturie >104et bactériurie ≤10
3 :
Si le patient a pris des antibiotiques : éradication de la bactérie et disparition
lente des leucocytes.
Si les patients n’ont pas pris des antibiotiques : mauvais recueil, diurèse
abondante, infections génitales, anomalie urologique, néphrite interstitielle aigue ou
chronique, infection à germes de culture difficile en particulier tuberculose.
- Leucocyturie <104 et bactériurie ≤10
3 : pas d’infection urinaire.
- Leucocyturie < 104 et bactériurie ≥ 10
5 :
S’interroger sur les conditions de recueil (délai de 3 heures) et de transport :
quand la bactériurie est ≥ 105, que l’on isole plus d’une bactérie, et surtout s’il n’y a pas
leucocyturie associée, il faut considérer que le recueil et/ou le transport ont été
16
défectueux et refaire l’ECBU. Il faut suspecter une IU sur sonde, plus rarement une
fistule colo-vésicale, si les résultats restent identiques.
Il faut considérer les signes ou les données cliniques (IU débutante, patient
transplanté ou immunodéprimé, fièvre, diabète, grossesse).
Il se voit dans 20% des ECBU (cystites et pyélonéphrites) : l’absence d’obstacle
à l’écoulement d’urine et la multiplication prépondérante du germe dans l’urine [22].
Antibiogramme :
L’antibiogramme est un test qui permet de déterminer le profil de sensibilité
d’une bactérie vis-à-vis des différentes molécules d’antibiotiques. Il existe plusieurs
techniques pour le réaliser, mais elles ont toutes un objectif d’évaluer la concentration
minimale inhibitrice (CMI : concentration de l’antibiotique la plus faible pour laquelle
la croissance bactérienne est inhibée) de divers antibiotiques sur une souche isolée.
La mesure de la CMI permet de déterminer si une souche est sensible ou
résistante à l’antibiotique testé.
Définition des catégories cliniques selon la CASFM 2008 : trois catégories
cliniques ont été retenues pour l'interprétation des tests de sensibilité in vitro : Sensible
(S), Résistant (R) et Intermédiaire (I).
• Les souches catégorisées S sont celles pour lesquelles la probabilité de succès
thérapeutique est forte.
• Les souches catégorisées R sont celles pour lesquelles il existe une forte
probabilité d'échec thérapeutique quels que soient le type de traitement et la dose
d'antibiotique utilisée.
• Les souches catégorisées I sont celles pour lesquelles le succès thérapeutique
est imprévisible. Ces souches forment un ensemble hétérogène pour lequel les résultats
obtenus in vitro ne sont pas prédictifs d'un succès thérapeutique [26,27].
II. DEUXIEME PARTIE : METHODES ET RESULTATS
17
II. METHODES ET RESULTATS
1. METHODES
Notre travail consiste en l’étude des résultats des examens cytobactériologiques
des urines chez la femme non hospitalisé effectués à l’Unité Paraclinique de Formation
et de Recherche (UPFR) en Microbiologie du Centre Hospitalier Universitaire Joseph
Ravoahangy Andrianavalona (CHU-JRA) Antananarivo.
1.1. Cadre de travail :
Notre étude a été réalisée à l’UPFR Microbiologie, qui compte parmi les 6
UPFR (Microbiologie, Biochimie, Immunologie, Hématologie, Parasitologie-Cytologie,
Anatomo-pathologie) du département laboratoire CHU-JRA.
Les activités de l’UPFRM concernent :
- L’examen cytobactériologique des urines (ECBU),
- L’examen cytobactériologique du LCR,
- L’examen cytobactériologique du crachat (ECBC),
- L’examen bactériologique des frottis cervico-vaginal et urétral,
- L’examen bactériologique de liquide de ponction (pleurale, ascite, articulaire,
douglas, ou autres),
- L’examen bactériologique de pus,
- L’hémoculture,
- La coproculture,
- L’examen bactériologique des matériels,
- L’antibiogramme et,
- La recherche de BAAR,
- Et des activités pédagogiques et de recherche :
Formation des étudiants en Médecine et des élèves de l’Institut de Formation
des Paramédicaux (Filières Généraliste et Technicien de Laboratoire),
Réalisation de thèse de Doctorat en Médecine ou de Mémoire de Spécialité.
18
L’UPFRM reçoit des demandes d’analyses provenant des services cliniques : du
CHU-JRA, du CHU-JRB, du CHUMET, et des centres hospitaliers des environs
d’Antananarivo, ainsi que des demandes d’analyses à titre externe émanant des
praticiens publics et privés, et des cas référés des autres régions de Madagascar.
La fiche de demande d’analyse et le flacon pour le recueil des échantillons sont
fournis et mis à la disposition uniquement par l’UPFRM aux différents services
hospitaliers et extrahospitaliers.
Le prélèvement des patients est effectué au centre de prélèvement du laboratoire
destiné à les recevoir, sous respect des conditions préalables indiquées la veille.
1.2. Type d’étude
Il s’agit d’une étude rétrospective, descriptive.
1.3. Période d’étude
Notre étude a été effectuée pendant une période de 2 ans allant de Novembre
2012 à Octobre 2014.
1.4. Population étudiée
1.4.1. Critères d’inclusion
Toutes les demandes d’analyse cytobactériologique des urines des patientes non
hospitalisées ont été incluses (Femme ≥18ans).
1.4.2. Critères d’exclusion
Les dossiers incomplets ont été exclus (identité incomplet, absence de
renseignement clinique, antibiogramme incomplet).
19
1.5.Échantillonnage et taille d’échantillonnage
Notre mode d’échantillonnage était de type exhaustif.
1.6. Méthode de recueil des dossiers
Nous avons fait le dépouillement à partir du registre de l’UPFRM. Le médecin
prescripteur envoie une demande d’examens cytobactériologiques des urines au
laboratoire.
Cette demande d’examen comporte :
- identité du malade,
- renseignement clinique,
- date et heure de prélèvement,
- date et heure d’arrivée au laboratoire,
- provenance,
- le traitement éventuel entrepris et la date de dernière prise de médicament.
1.7. Traitement des échantillons
Concernant le prélèvement, l’objectif est de recueillir l’urine vésicale,
normalement stérile, en évitant sa contamination lors de la miction par la flore
commensale qui colonise l’urètre et la région périnéale.
La famille du malade vient au laboratoire pour récupérer le tube de prélèvement
et c’est à lui de récupérer la quantité d’urine nécessaire à l’examen, cependant c’est plus
difficile de l’obtenir chez l’enfant par rapport à l’adulte.
Pour les petites filles, on recueille les urines à l’aide d’un collecteur stérile
(poche à urine). Le prélèvement utilisant une poche à urine est la technique la plus
utilisée chez les enfants qui ne peuvent pas uriner à la demande. Il expose à une
contamination par la flore commensale du tube digestif (les entérobactéries) qui est
présente de façon habituelle sur la vulve. La poche adhésive doit être enlevée dès
l’émission des urines, et ne doit pas rester en place plus d’une heure. Une technique
20
rigoureuse de désinfection et un temps de pose bref réduisent le risque de contamination
mais ne l’excluent pas, si bien que l’intérêt de ce type de prélèvement soit remis en
cause.
Le prélèvement d’urine en milieu de jet est une technique non invasive. La
désinfection soigneuse de la vulve réduit considérablement le risque de contamination
par la flore péri-urétrale lors de la miction. C’est la technique à utiliser chez les
patientes ayant une miction à la demande.
Pour la conservation des urines : l’idéal, est de recueillir les urines dans un
récipient stérile et doivent être ensemencées dans les 20 minutes. Elles ne doivent
jamais être conservées plus de 3 heures à température ambiante ou, à défaut, conservées
à +4°C pour une durée maximale de 24 heures. Des milieux de transport contenant de
l’acide borique permettent de conserver les urines à température ambiante pendant 48
heures. Ces délais maximaux et ces températures incluent les conditions de transport du
prélèvement qui est donc important de bien contrôler. Il faut donc noter l’heure du
recueil.
Quand l’échantillon arrive au laboratoire, on vérifie sa conformité : la fiche de
renseignement doit être bien remplie et l’échantillon bien conditionné.
Ensuite on procède à l’enregistrement, dans le cahier de palliasse, des
paramètres suivants :
- l’identité du malade,
- flacon de prélèvement conforme ou non,
- date et heure de prélèvement,
- date et heure d’arrivée au laboratoire,
- examen demandé,
- provenance (nom du service hospitalier ou externe),
- renseignement clinique.
Pour la manipulation, l’UPFRM effectue l’analyse bactériologique, aérobie et/ou
anaérobie, de tous les échantillons conformes arrivés au laboratoire. Concernant
l’examen cytobactériologique des urines proprement dit, les différentes étapes sont
détaillées comme suit :
Premier jour
21
- Pour éviter toute souillure, l’ensemencement (ou culture) est effectué en premier
lieu, maximum 3 heures après le recueil de l’échantillon. Au-delà l’échantillon doit être
conservé au réfrigérateur à + 4°C. Le milieu utilisé est un milieu à double face de type
URILINE® (la première est composée de milieu de type CLED servant au
dénombrement des germes dans les urines, et l’autre milieu Mac Conkey servant à
l’isolement des bactéries) ou le milieu CLED seulement ou le milieu BCP (Bromocrésol
Pourpre). La technique utilisée est l’immersion.
L’incubation se fait à 37°C pendant 18 à 24 heures.
- L’examen macroscopique précise l’aspect de l’urine.
- Dix millilitres d’urines sont ensuite centrifugés à 2500 tours/minutes pendant 10
minutes. Il faut rejeter le surnageant et il faut analyser le culot dans une cellule
énumératrice à usage unique type KOVA Slide®. On a aussi utilisé la cellule de
Malassez. Ceci permet de :
*compter le nombre de leucocytes et hématies dans l’urine,
*détecter la présence de cellules rénales, de cellules épithéliales vésicales, de
cylindres, de cristaux, de parasites et d’éléments lévuriformes.
*mettre en évidence la présence de bactéries mobiles.
- sur une lame porte objet, on confectionne un frottis qui sera coloré par la
coloration de Gram avec les réactifs RAL®. L’examen microscopique à l’objectif
x100 permet de mettre en évidence le type de flore présente: monomorphe ou
polymorphe.
- Puis, il faut noter tous les résultats dans le cahier de paillasse.
Deuxième jour :
- On procède à la lecture de l’urine ensemencée le jour précédent. On lit d’abord la
face CLED pour le dénombrement des germes, la méthode consiste à comparer la
densité des colonies sur une échelle préétablie.
Ensuite, on examine la morphologie des différentes colonies et on note si c’est
monomorphe ou non.
- Puis on lance le processus d’identification de la bactérie à partir des colonies qui
ont poussé sur milieu de Mac Conkey, selon l’arbre décisionnelle montré par la
figure 2.
22
COLORATION DE GRAM
Bacille à Gram négatif Cocci à Gram positif
Test oxydase Test catalase
Négatif Positif Négatif Positif
Entérobactérie Non entérobactérie Streptocoque Staphylocoque
Galerie
d’identification
Pasteur
Si besoin API®
Pseudomonas Test esculine
Négatif Positif
Groupage Entérocoque
au latex
PastorexStrep®
Typage au latex
PastorexStap-Plus®
pour Staphylococcus
aureus
Figure 2: Processus simplifié d’identification des bactéries.
Troisième jour
- On procède à la lecture des résultats de l’identification (identification d’espèce)
montrée par la figure 2.
23
- Puis on lance l’antibiogramme sur gélose Mueller Hinton, Selon la méthode de
Kirby Bauer, c’est-à-dire méthode de diffusion sur gélose avec des disques
d’antibiogramme de 6 millimètres de diamètre.
L’antibiogramme est réalisé uniquement sur demande du Médecin prescripteur.
Les antibiotiques testés sont l’amoxicilline, l’association amoxicilline + acide
clavulanique, l’oxacilline, la ticarcilline, l’association ticarcilline + acide clavulanique,
la gentamicine, l’érythromycine, la pristinamycine, le chloramphénicol, la tétracycline,
les céphalosporines de première, deuxième et troisième génération (C1G, C2G, C3G),
l’acide fusidique, le cotrimoxazole, la nitrofurane, la colistine, et l’amikacine.
1.8. Variables
Les variables retenus et étudiés ont été :
Variables cliniques :
- L’âge des patientes,
- Les renseignements cliniques,
Variables biologiques :
- Les souches retrouvées après culture bactériologique,
- Les résultats de l’antibiogramme.
1.9. Analyse statistique
L’analyse et la gestion des données ont été faites avec le logiciel epi info 6.04.
Pour la comparaison des pourcentages, le test de chi2
de Fisher a été utilisé avec
un seuil de signification de 0.05.
1.10. Limites
Notre étude présente des limites. D’abord, son caractère monocentrique rend
difficile l’extrapolation des résultats. Ensuite, la taille de l’échantillon est très limitée
rendant l’interprétation des résultats difficile. Enfin, il ressort de notre étude
24
l’insuffisance des disques d’antibiotiques pour la réalisation des antibiogrammes
concernant certaines classes d’antibiotiques. Ce qui handicape sérieusement
l’interprétation des sensibilités des antibiotiques.
1.11. Considération étique
La confidentialité des patientes a été respectée et aucune information révélant leur
identité n’a été presente dans cette étude.
Les informations recueillies ont été utilisées dans un but purement scientifique et
dans l’intérêt des patientes et n’ont pas servis à d’autres fins.
25
2. RESULTATS
2.1. Les demandes d’examen cytobactériologiques des urines
Durant ces 2 ans mois, l’UPFRM a reçu 313 demandes d’examens
cytobactériologiques des urines des femmes provenant de l’extérieur (non
hospitalisées).
Tous les dossiers ont été retenus.
Parmi ces patientes, 45 (14,37%) faisaient une infection urinaire avec une
leucocyturie et une bactériurie significatives.
Dans notre étude, nous avions observé aussi 15 cas de leucocyturie significative
sans bactériurie et 23 cas de bactériurie significative sans leucocyturie.
26
2.2. Répartition des prélèvements reçus selon l'âge :
Tableau I : Distribution des échantillons reçus selon l’âge
Age Effectif Fréquence(%)
[18-25[ 20 6,38
[26-30[ 6 1,91
[31-35[ 30 9,58
[36-40[ 13 4,15
[41-45[ 26 8,30
[46-50[ 22 7,02
[51-55[ 34 10,86
[56-60[ 79 25,23
[61-65[ 67 21,40
[66 et plus[ 16 5,11
Total 313 100
Le Tableau I montre la répartition des prélèvements selon les différentes
catégories d’âge.
L’âge médian de nos patientes était de 61.5 ans avec des extrêmes de 18 à 87
ans.
La demande d’ECBU concerne surtout les patientes de 56 à 60 ans (25,23%).
27
Figure 3 : Répartition des cas d’infection urinaire selon l’âge
La figure 3 montre la répartition des cas d’infections urinaires selon les
différentes catégories d’âge.
Sur les 45 patientes infectées, l’âge médian des patientes infectées étaient de 50
ans.
Il n’y avait pas de différence significative entre l’âge et les patientes infectées
(p>0.05).
La tranche d’âge de 61 à 65 ans constituait le plus grand nombre de patientes
atteintes d’infections urinaires (31,11%).
4
3
2
5
3
2 2
3
14
7
0
2
4
6
8
10
12
14
16
REPARTITION DES CAS D'INFECTIONS
URINAIRES SELON L'AGE Frequence
Age
28
2.3. Données concernant les renseignements cliniques.
Tableau II : Répartition des échantillons reçus selon les renseignements cliniques
Signes cliniques Effectifs des
Echantillons Fréquences(%)
Bilan de santé 52 16,61
Suivi de grossesse 37 11,82
Dysurie 36 11,50
Douleur abdominale 36 11,50
Infection urinaire 34 10,86
Douleur pelvienne 23 7,34
Leucorrhée 22 7,02
Brûlure mictionnelle 21 6,70
Fièvre 20 6,38
Pollakiurie 18 5,75
EML 13 4,15
Hématurie 12 3,83
Contrôle 11 3,51
Colique néphrétique 8 2,55
Leucocyturie 8 2,55
Calcul rénale 5 1,59
HTA 5 1,59
Stagnation pondérale 4 1,27
Visite d'embauche 2 0,63
TOTAL 313 100
29
Le tableau II montre la répartition des échantillons reçus selon les
renseignements cliniques.
La plupart des médecins prescrivaient l’ECBU pour un bilan de santé (16,61%),
puis le suivi de grossesse (11,82%) et la dysurie (11,50%).
Tableau III : Répartition des cas d’infections urinaires selon les renseignements
cliniques.
Signes cliniques Effectif des
infections urinaires Fréquence(%)
Dysurie 8 17,77
Hématurie 7 15,55
Bilan de santé 6 13,33
Infection Urinaire 4 8,88
Contrôle 3 6,66
Douleur pelvienne 3 6,66
Fièvre 3 6,66
Leucorrhée 3 6,66
Pollakiurie 2 4,44
Suivi de grossesse 2 4,44
Brûlure mictionnelle 1 2,22
Calcul rénale 1 2,22
Colique néphrétique 1 2,22
Douleur abdominale 1 2,22
Total 45 100
Le tableau III nous montre la répartition des infections urinaires selon les
renseignements cliniques, dont la plupart des patientes infectées présentaient des
dysuries et des hématuries.
Parmi les 45 patientes infectées, 53,33% présentaient des signes urinaires et
46,66% d’autres signes.
30
Il n’y avait pas de différence significative entre les signes présentés et les
patientes infectées (p>0,05).
2.4. Répartition des données selon les germes isolés
Tableau IV : Répartition des souches isolées
Germes Effectifs Fréquences (%)
Escherichia coli 23 51,11
Klebsiella pneumoniae 5 11,11
SCN* 5 11,11
Enterobacter gergoviae 2 4,44
Enterobacter aerogenes 2 4,44
Staphylococcus aureus 2 4,44
Streptococcus spp 2 4,44
Trichomonas vaginalis 2 4,44
Candida albicans 1 2.44
Klebsiella oxytoca 1 2.44
TOTAL 45 100
SCN* : Staphylocoque à coagulase négative
Le tableau IV nous montre la répartition des souches isolées responsables des 45
cas d’infections urinaires.
Parmi ces germes, Escherichia coli était le plus fréquemment isolé (51,11%)
suivi du Klebsiella pneumoniae (11,11) et du SCN (11,11%). (Une nette prédominance
d’entérobactérie (Eschrichia coli, Enterobacter aerogenes, Enterobacter gergoviae,
Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae) soit 73,54 %)
Nous avions retrouvé un cas d’infection urinaire à Candida albicans et 2
patientes infectées par Trichomonas vaginalis.
Nous n’avions pas retrouvé une association de germe.
31
Il n’y avait pas de différence significative entre les cas d’infections urinaires et
les germes retrouvés (p>0,05).
Tableau V : Répartition des souches isolées selon l’âge
Age
Germes [18-23 [ [24-29[ [30-35 [ [36-41[
[42et
plus
Candida albicans 0 0 0 1 0
Escherichia coli 0 1 0 5 17
Enterobacter aerogenes 0 0 0 1 1
Enterobacter gergoviae 0 0 0 0 2
Klebsiella oxytoca 0 0 0 0 1
Klebsiella pneumoniae 0 1 0 1 3
SCN* 1 1 0 1 2
Staphylococcus aureus 0 0 0 1 1
Streptococcus pyogenes 0 0 0 0 1
Trichomonas vaginalis 0 0 0 1 1
Le tableau V nous montre la répartition des germes isolés selon l’âge.
Escherichia coli se voyait surtout chez les femmes de plus de 35 ans.
Il n’y avait pas de différence significative entre l’âge des patientes infectées et
les microorganismes retrouvés.
32
2.5. Répartition des données concernant les résultats des antibiogrammes
Parmi les 45 cas positifs d’examens cytobactériologiques des urines chez les
femmes non hospitalisées, 34 ont fait l’objet d’une demande d’antibiogramme (Tableau
VI).
Tableau VI : Répartition des germes testés
Tous Escherichia coli retrouvés ont été testées.
Germes Effectifs testés Effectifs total
Candida albicans 0 1
Escherichia coli 23 23
Enterobacter aerogenes 2 2
Enterobacter gergoviae 2 2
Klebsiella oxytoca 1 1
Klebsiella pneumoniae 3 5
SCN 0 5
Staphylococcus aureus 2 2
Streptococcus sp 1 2
Trichomonas vaginalis 0 2
Total 34 45
33
Tableau VII : Profil de sensibilité des souches d’Escherichia coli
Le tableau VII montre le profil de sensibilité des souches d’Escherichia coli
isolées aux antibiotiques.
Presque toutes les souches ont été résistantes à l’amoxicilline, à la tétracycline et
à la cotrimoxazole.
Quelques antibiotiques comme la colistine et les aminosides conservaient une
sensibilité élevée vis-à-vis des Escherichia coli testées.
Antibiotiques Sensibles Intermédiaires Résistants
Amoxicilline - 1 22
Amoxicilline + acide clavulanique 2 1 20
C1G 2 - 21
C2G 22 - 1
C3G 22 - 1
Ciprofloxacine 7 - 16
Nitrofurane 21 - 2
Cotrimoxazole 1 1 21
Colistine 23 - -
Ticarcilline 7 - 16
Ticarcilline + Acide clavulanique 10 - 13
Amikacine 23 - -
Gentamicine 21 - 2
Tétracycline 2 - 21
34
TableauxVIII : Profil de sensibilité des autres souches d’entérobactéries isolées
Antibiotiques Sensibles Intermédiaires Résistants
Amoxicilline 0 0 7
Amoxicilline + acide clavulanique 2 0 5
C1G 2 0 5
C2G 5 0 2
C3G 6 0 1
Ciprofloxacine 7 0 0
Nitrofurane 2 0 5
Cotrimoxazole 1 0 6
Colistine 7 0 0
Ticarcilline 5 0 2
Ticarcilline + Acide clavulanique 6 0 1
Amikacine 2 0 5
Gentamicine 6 1 0
Tétracycline 0 0 7
Le tableau VIII montre le profil de sensibilité des autres souches
d’entérobactéries isolées aux antibiotiques (Enterobacter aerogenes, Enterobacter
gergoviae, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae).
Presque toutes les souches ont été résistantes à l’amoxicilline, à la tétracycline et
à la cotrimoxazole.
La colistine, les aminosides, la ciprofloxacine, et le C3G conservaient une
sensibilité remarquable vis-à-vis des souches des autres entérobactéries testées.
35
Tableau IX : Profil de sensibilité des Staphylococcus aureus isolées
Antibiotiques Sensibles Intermédiaires Résistants
Amoxicilline 0 0 2
Amoxicilline + acide clavulanique 1 0 1
C1G 0 0 2
C2G 2 0 0
C3G 2 0 0
Oxacilline 2 0 0
Lincomycine 2 0 0
Pristinamycine 2 0 0
Ciprofloxacine 2 0 0
Nitrofurane 2 0 0
Erythromycine 1 1 0
Cotrimoxazole 0 0 2
Acide fusidique 2 0 0
Ticarcilline 2 0 0
Ticarcilline +Acide clavulanique 2 0 0
Gentamicine 2 0 0
Tétracycline 0 0 2
Le tableau IX montre le profil de sensibilité des souches de Staphylococcus
aureus isolées aux antibiotiques.
Presque toutes les souches ont été résistantes à l’amoxicilline, à la tétracycline,
aux cotrimoxazoles et aux C1G.
Les autres antibiotiques marchaient encore très bien contre les souches de
Staphylococcus aureus d’origine communautaire.
36
Tableau X : Profil de sensibilité de souche de Streptococcus sp isolée
Antibiotiques Sensibles Intermédiaires Résistants
Amoxicilline 0 0 1
Amox + acide clavulanique 1 0 0
C1G 1 0 0
C2G 1 0 0
C3G 1 0 0
Oxacilline 1 0 0
Lincomycine 1 0 0
Pristinamycine 1 0 0
Ciprofloxacine 1 0 0
Cotrimoxazole 0 0 1
Erythromycine 0 0 1
Acide fusidique 1 0 0
Gentamicine 1 0 0
Tétracycline 0 0 1
Le tableau X montre le profil de sensibilité de souche de Streptococccus sp
isolée aux antibiotiques.
La souche de Streptococccus sp testée a été résistante à l’amoxicilline, à la
tétracycline et à la cotrimoxazole et à l’érythromycine.
III. TROISIEME PARTIE : DISCUSSION
37
III. DISCUSSION
Notre étude consiste à décrire et à analyser les infections urinaires chez la
femme non hospitalisée observées à l’UPFR Microbiologies CHU-JRA.
Elle nous a permis de mettre en exergue l’importance des examens cliniques et
des investigations paracliniques pour la prise en charge des patientes présentant une
infection urinaire et la valeur de cet examen pour les cliniciens dans la prise en charge
diagnostique et thérapeutique de leurs patientes.
L’ECBU est un examen courant et pratiqué quotidiennement par les cliniciens
car il représente le tiers des demandes d’examens bactériologiques reçues à l’UPFRM.
Cela pourrait refléter la prévalence des infections urinaires au cours des divers
syndromes infectieux auxquels les cliniciens ont à faire face.
L’étude des infections urinaires communautaires chez la femme s’avère être
d’une nécessité indéniable car elle est très fréquente puisqu’on estime que 50% des
femmes auraient au moins une infection urinaire dans leur vie [8].
Dans notre étude, seul 45 examens sur 313 s’avèrent positif, soit 14,37% de tous
les examens, autrement dit un examen sur cinq est positif.
Vu le faible nombre des cas d’infections urinaires confirmés dans notre étude et
la prévalence basse constatée par d’autres études antérieures, il sera avantageux pour les
patients et les médecins praticiens d’utiliser d’abord le test rapide à la bandelette
urinaire. Ce test est avantageux sur deux points essentiels: coût et rapidité d’obtention
des résultats.
Bien que l’ECBU constitue l’unique preuve d’une infection urinaire, des auteurs
ont montré dans leurs travaux l’intérêt de l’emploi de la bandelette urinaire dans le
diagnostic d’infection urinaire [28,29].
Néanmoins, l’utilisation de ce test rapide à la bandelette réactive doit tenir
compte que seulement quelques espèces bactériennes réduisent le nitrate en nitrite.
Devant une infection urinaire probable, c'est-à-dire une leucocyturie et présence
de nitrite à la bandelette, un ECBU doit être réalisé pour mettre en évidence une
éventuelle existence de bactérie dans les urines à l’examen direct, la coloration de
Gram, la culture et l’identification de germe.
38
La culture permet aussi en même temps de compter le nombre de bactéries dans
les urines : le dénombrement des germes dans les urines ou DGU qui constitue un
critère de définition d’une infection urinaire.
La symptomatologie atypique et les complications redoutables de l’infection
urinaire imposent aux patientes et aux praticiens de respecter et de faire respecter les
mesures suivantes :
- nettoyage de la région génitale avant et après le rapport sexuel pendant 5
minutes
- éviter les partenaires sexuels multiples,
- éviter les crèmes et huile vaginal, déodorant spray et savon (altère la flore
vaginal)
- choix d’une alternative de contraception autre qu’un spermicide
- vidange vésicale post-coïtale
- pour avoir de mictions régulières, il faut boire suffisamment de boisson
- éviter les sous-vêtements synthétiques
- organiser des séances d’information, d’éducation et de communication (IEC) à
l’endroit de la population sur l’existence de l’infection urinaire comme affection
de santé publique fréquente, surtout pour toute femme en âge de procréer.
1. Les examens cytobactériologiques des urines
A la lumière de cette étude, nous avons dégagé quelques lignes de conduite à
adopter concernant les infections urinaires communautaires chez la femme.
L’étude des cas observés au laboratoire revêt une très grande importance en vue
de l’amélioration de la prise en charge diagnostique et thérapeutique des patientes.
En pathologie uro-génitale, l’examen cytobactériologique des urines constitue
l’unique preuve d’une infection urinaire, nous avons mis en exergue quelques lignes de
conduite à adopter.
Durant ces 24 mois, l’UPFR Microbiologies du CHU-JRA a reçu 313 demandes
d’examens cytobactériologiques des urines des femmes non hospitalisées.
Sur ces 313 patientes qui ont fait un ECBU, 45 faisaient une infection urinaire
avec leucocyturie et bactériurie significatives, et dans cette population d’étude, le
39
pourcentage des patientes qui présentaient une infection urinaire était de l’ordre de
14,37%.
Les bactéries et les cellules de l’inflammation se retrouvent dans les urines qui
sont normalement stériles et témoignent alors d’un processus infectieux.
On peut dire que les médecins prescrivent l’ECBU d’une manière abusive, et
cela pourrait nuire à toute la population du fait du coût de l’analyse, vu la faiblesse du
pouvoir d’achat des malgaches.
Dans notre étude, nous avions observé aussi 15 cas de leucocyturie significative
sans bactériurie et 23 cas de bactériurie significative sans leucocyturie.
Ces deux faits ne sont pas du tout négligeable ni imputable aux cas d’infections
urinaires observées.
La leucocyturie sans bactériurie se présente dans le cas où la patiente a pris de
l’antibiotique dans les 48 heures avant le prélèvement. Dans cette condition, les
bactéries ont du mal à se multiplier lors de la culture donnant un résultat négatif.
Ce cas peut aussi s’observer au cours de la tuberculose ou d’une infection urinaire à
Mycobactérium tuberculosis [30].
Dans notre étude, la cause de cette leucocyturie sans bactériurie n’est pas
connue. La recherche de bacille acido-alcoolo-résistant n’est effectuée dans le
laboratoire que sur demande formulée par le médecin traitant.
Etant donné qu’il y a une très forte liaison entre la leucocyturie et la bactériurie,
il serait préférable d’effectuer la recherche de bacille acido-alcoolo-résistant devant
toute situation où la leucocyturie est significative.
Une cystite avec leucocyturie significative sans bactériurie peut être aussi due à
une cause virale. La présentation clinique est bruyante et le diagnostic repose sur la
notion d’une leucocyturie aseptique et d’un épaississement de la paroi vésicale.
L’évolution est spontanément favorable en quelques jours mais une échographie de
contrôle à distance reste indispensable pour ne pas négliger une autre pathologie [31].
Concernant la bactériurie, la quantité de bactéries présentes dans les urines est
largement dépendante des méthodes de prélèvement et de conservation des urines, le
recueil par collecteur d'urines (poche à urine) expose à un nombre important de fausses
bactériuries pouvant dépasser les seuils de bactériurie habituellement considérés comme
significatifs.
40
La leucocyturie peut être retardée de 24 heures ou absente au cours
d’authentique infection urinaire quand l’ECBU est effectué précocement (la
leucocyturie pouvant être retardé de quelques heures), chez certaines patientes
neutropéniques.
Si les urines ne sont pas traitées, les leucocytes peuvent s’altérer et se lyser [30].
Une pyurie même importante n’est pas spécifique d’une infection urinaire, en
effet il existe de nombreuses autres causes pouvant être à l’origine d’une leucocyturie
(vulvo-vaginite, tuberculose). Elle peut aussi traduire une infection urinaire décapitée.
Une bactériurie sans leucocyturie doit faire évoquer par ordre de fréquence une
souillure, une colonisation urinaire, et une infection urinaire débutante [32].
Un deuxième ECBU pratiqué le lendemain dans des conditions techniques rigoureuses
permet le plus souvent de trancher.
L’absence de leucocyturie et bactériurie à l’examen direct des urines a une
excellente valeur prédictive négative, proche de 100% pour exclure une infection
urinaire [33].
Cette difficulté d’interprétation des résultats des ECBU expose à deux types de
conséquences : un diagnostic par excès, erreur la plus fréquente souvent liée à des
conditions de prélèvement inadéquates ou à une mauvaise interprétation des résultats, et
entraîne la prescription de traitement antibiotique superflue ainsi que la demande
d'examen d'imagerie inutile parfois invasif et douloureux.
L'examen cytobactériologique des urines impose des techniques de prélèvement
rigoureux, des conditions de conservation et de réalisation précises ainsi qu'une
interprétation critique des résultats [2].
Ainsi, la réalisation et l'interprétation de l’ECBU est difficile, elle se repose sur
quelques étapes et principes simples mais fondamentaux, ceci depuis la condition de
prélèvement des urines jusqu' à son interprétation. Il autorise le diagnostic de certitude
d’une infection urinaire, isole le microorganisme responsable et permet de déterminer la
sensibilité de la ou des bactéries aux antibiotique à l’antibiogramme [22].
Nous pouvons aussi suggérer à tous les médecins et délégués médicaux, qui
collaborent étroitement avec ces médecins en matière de santé, la vulgarisation et
l’utilisation des tests rapides biochimiques à la bandelette dans la prise en charge
diagnostique des patients dans leur cabinet médical. L’utilisation de cette bandelette
41
permet d’exclure une infection urinaire, à condition d’avoir bien respecté tous les
précautions à prendre : prélèvements aseptiques, respect des délais de péremption et des
conditions de conservation, exécution à la lettre du mode d’emploi indiqué par le
fabriquant.
2. Répartition des ECBU selon l’âge
Concernant la répartition des prélèvements reçus par rapport à l’âge, nos
échantillons venaient des patientes âgées de 18 ans à 87 ans.
Dans notre étude, 21,40 % des patientes appartenaient à la tranche d’âge 61 à 65
ans. La fréquence des infections urinaires est très importante à cette catégorie d’âge
(34,04%), elles faisaient deux fois voire 7 fois plus d’infections urinaires que les autres.
L’infection urinaire communautaire constitue l’infection la plus fréquente chez
la femme dans cette catégorie d’âge. Cette prévalence élevée est liée aux conditions de
vie comme l’alitement (surtout femme âgée) et aux pathologies intriquées se comportant
comme un facteur de comorbidité. D’autres facteurs comme la diminution du pH de la
muqueuse vésicale, l’état de trophicité vaginale, la ménopause, la constipation fréquente
jouent un rôle important dans la survenue de ces infections urinaires [34].
Dans notre étude, l’âge moyen des patientes infectées étaient de 50 ans, il a
légèrement augmenté comparer aux études antérieures effectuées par Emilisoa N et
Randrianasolo B, puis celle Raeliarisoa S 10 ans auparavant, qui avaient trouvé
respectivement 42,50 ans, 39,92 ans et 38,08 ans [29, 35, 36].
Cette tendance peut s’expliquer par la fragilité et l’instabilité de la condition de
vie des Malgaches, à ne citer que l’insuffisance de prise en charge diagnostique et
thérapeutique des maladies pouvant être à l’origine des infections urinaires, mais aussi
la méconnaissance des infections urinaires surtout sur la prévention, vue que l’infection
urinaire touche volontairement les femmes.
En association avec les arguments cités ci-dessus, cette prévalence viendrait
aussi des conditions anatomiques dont la contamination par les germes intestinaux ou
génitaux de voisinage peut se faire facilement. La contiguïté du tube digestif terminal et
de l’appareil urogénital dans l’aire périnéale et la brièveté de l’urètre féminin, ont été
42
toujours notées dans beaucoup de publications pour justifier la forte prédominance de
l’infection urinaire chez la femme [18].
Cette variation de la distribution des cas d’infection urinaire selon l’âge n’est pas
significative (p>0,05). Elle suit la distribution des échantillons reçus dans leur totalité.
3. Répartition de cas selon les renseignements cliniques
Concernant les renseignements cliniques, les indications de demande d’ECBU
ont été dominées par les signes urinaires malgré la multiplicité des signes présentés par
les patientes.
Parmi les patientes ayant eu une infection urinaire, 53,33% ont présenté des
signes urinaires, et 46,66% ont présenté d’autres signes. Ce qui ont amené peut être les
praticiens à appuyer leur hypothèse diagnostique, vu le nombre élevé du demande
d’analyse.
Cette étude nous permet de mettre en évidence l’importance de l’ECBU
systématique devant les signes urinaires, mais aussi devant les autres signes (dont les
syndromes infectieux, le suivi de grossesse) qui sont des signes révélateurs d’infections
urinaires et qui ne sont pas négligeables pour la prise en charge diagnostique de ces
patientes.
Il n’y a pas de différence significative entre les signes présentés et les patientes
infectées (p >0,05).
Il est à noter que l’infection urinaire peut être asymptomatique, atypique ou
polymorphe.
Néanmoins, dans la pratique quotidienne des praticiens malgaches, comme
d’autre pays en développement, ils rencontrent de nombreuses difficultés, ne serait ce
que l’accès au test rapide à la bandelette urinaire pour le dépistage rapide et efficace des
infections urinaires. En outre, devant un syndrome infectieux, en Afrique où le
paludisme est endémique, les praticiens perdent le réflexe de réaliser en premier le test
de dépistage rapide ou l’ECBU au profit de la goutte épaisse. Tous ceci vont retarder la
prise en charge thérapeutique d’une infection urinaire aboutissant ainsi à des éventuelles
complications.
43
Des auteurs ont même affirmé que 40 % des infections urinaires sont
asymptomatiques ou méconnues et traitées comme des infections respiratoires, ou
digestives [19, 28].
Cette pauvreté sémiologique s’explique par la faible virulence des germes en
cause, ces germes n’étant virulents ni pour l’arbre urinaire ni pour le parenchyme rénal.
Les circonstances de découverte de l’infection urinaire asymptomatique ou
atypique sont variables. Elle peut être diagnostiquée par un examen cytobactériologique
des urines prescrit pour des signes cliniques extrêmement frustes, souvent sans rapport
avec l’infection elle-même.
La présence de fièvre n’est pas constante, son absence n’exclut donc pas le
diagnostic d’une infection urinaire.
En effet, outre devant les signes urinaires proprement dit, devant les signes
infectieux sans foyer d’appel, tout médecin doit faire effectuer un bilan infectieux
complet pour orienter le diagnostic et pour mieux prendre en charge le patient.
4. Répartition des cas selon les germes isolés
Le recours au laboratoire de Microbiologie est toujours nécessaire devant toute
suspicion d’infection urinaire. Les résultats de la culture sont indispensables pour
l’identification des espèces responsables de la maladie.
L’arbre urinaire est normalement stérile, hormis l’urètre distal qui est contaminé
par la flore génitale (Lactobacilles chez la femme), la flore digestive (entérobactéries,
streptocoques, anaérobies, entérocoques), la flore cutanée (Staphylocoques à coagulase
négative, corynébactéries) [37].
Chez tous les sujets en bonne santé, une flore saprophyte, à faible pouvoir
pathogène, est présente à des concentrations importantes dans certains sites. Cet
équilibre écologique représente un des maillons essentiels de la défense antibactérienne,
en empêchant le développement de germes à haut niveau pathogène.
Une modification de flore provient d’une exposition inhabituelle à des germes
pathogènes et du déficit immunitaire du patient. L’infection est le résultat de
l’interaction entre l’hôte et son agent [25].
44
D’après le tableau VI, les 45 souches isolées ayant provoquées les infections
urinaires appartiennent à 10 espèces, les entérobactéries représentaient 73,54% de ces
dernieres.
Selon la littérature, les bacilles à Gram négatif sont responsables des infections
urinaires quelque soit son origine communautaire ou nosocomiale, avec une
prépondérance significative des entérobactéries. Cela est en rapport avec la
physiopathologie des infections urinaires par la contamination via la voie ascendante
après la colonisation de la région périnéale, la cavité vaginale et la partie distale de
l’urètre par la flore digestive.
Les résultats de notre étude concordent aux études faites par plusieurs auteurs,
dont l’équipe de Ben Arab, Talibi Y et Randriamanantany ZA avec respectivement
94%, 88.20% et 80% [38-41].
E. coli était le germe le plus fréquemment rencontré (51,11%), suivi de K.
pneumoniae (11,11%), et des SCN (11,11%).
Dans le cas des Malgaches en particulier, cette fréquence d’isolement
d’Escherichia coli a légèrement changé depuis l’étude de Johannès H. Son étude a
donné comme fréquence 27,5% d’Escherichia coli qui suit la tendance observée dans la
littérature [42-44].
Il est important de relever que Escherichia coli, Enterobacter gergoviae et
Proteus mirabilis sont parmi les espèces les plus fréquemment isolées, et qui sont
réputées plus contagieuses dans le tractus urinaire selon la littérature. Ceci est en rapport
avec la physiopathologie de l’infection urinaire [38].
Il est important de noter que le mode de contamination au cours de l’infection
urinaire est en général ascendant, en outre il existe une forte colonisation du périnée par
les entérobactéries d’origine digestive, surtout l’Escherichia coli. A cela s’ajoutent des
facteurs spécifiques d’uropathogénicité.
E. coli possède des adhésines (adh. P1S, adh. Afa M), capables de lier la bactérie
à l’épithélium urinaire et d’empêcher son élimination par les vidanges vésicales. Et il
possède plusieurs sérotypes, jouant ainsi un rôle important dans le pouvoir pathogène de
cette bactérie.
45
La virulence bactérienne est également un facteur important car certaines
souches d’E. Coli possèdent des facteurs spécifiques de virulence, leur conférant en
particulier une capacité d’adhésion urothéliale.
La fréquence d’E. Coli isolée dans notre étude soit 51,11% a légèrement
augmenté comparer aux études antérieures, dont celui d’Emilisoa N. et Randrianasolo B
qui ont trouvé respectivement 45,78% et 26,37% [35, 36].
Escherichia coli possède aussi plusieurs sérotypes. Cette sérotypie joue un rôle
important dans le pouvoir pathogène de cette bactérie en matière d’infection urinaire,
plus particulièrement dans les cystites et pyélonéphrites de l’adulte.
D’autres familles de bactéries méritent aussi d’être notées :
- K. pneumoniae : nous les avions isolés 5 fois, ce qui représente une
fréquence de 11,11%. Elle a augmenté comparer à des études antérieures dont celui de
Raeliarisoa S (3,92%) et Randrianasolo B. (2,19%) [29,36].
- Les SCN ont été isolées 5 fois qui représentent une fréquence de
11,11%. Parmi les SCN, Staphylococcus saprophyticus est responsable d’infection
urinaire et il est le plus souvent isolé chez la jeune femme [4], qui a été retrouvé dans
notre étude chez les patientes de 18 à 42 ans. Une étude multicentrique européenne de
grande ampleur (240 centres) sur les infections urinaires communautaires de la femme
retrouve S. saprophyticus dans 4,6 % des cas chez les femmes de 18 à 50 ans contre 1%
dans la tranche d’âge 51–65 ans [45].
- S. aureus sont rarement impliqués dans les infections urinaires
communautaires dans notre étude (4,44%).
- T. vaginalis est aussi retrouvé avec une fréquence de 4,44%. Ils sont
rarement impliqués dans les infections urinaires.
Il n’y avait pas de différence significative entre les germes retrouvés et la
présence d’infection urinaire.
5. Répartition de cas selon les résultats des antibiogrammes
Il est à noter que la réalisation de l’antibiogramme n’est pas systématique au
laboratoire, mais elle dépend d’une éventuelle prescription du médecin traitant.
46
Sur les 45 demandes d’ECBU reçu au laboratoire, nous avons constaté que seuls
34 ont fait l’objet d’une demande d’antibiogramme, soit 73,91%.
Nous pensons que ce chiffre est très faible. Cela pourrait venir du fait que les
médecins traitants veulent épargner le cout élevé de l’analyse, vu la faiblesse du pouvoir
d’achat des malgaches en ce moment, mais elle pourrait aussi être due à la négligence
de la part des médecins. Car tout ECBU positif doit bénéficier d’un antibiogramme.
Nous avons testé 23 souches d’Escherichia coli, 7 souches d’Entérobactéries, 2
souches de S. aureus et une souche de Streptococcus sp.
Les différentes familles d’antibiotiques ne sont pas utilisées de la même façon
pour chaque souche testée. Cela du fait de la sensibilité ou de la résistance naturelle de
chaque espèce bactérienne.
Concernant les souches d’Escherichia coli testées (tableau IX), nous avons
constaté que presque dans tous les cas (22 cas), ce germe a acquis une résistance à
l’amoxicilline. Le mécanisme de résistance est de type production de bêta lactamase.
Cette résistance est acquise après une prescription de bêtalactamine d’une manière
inadéquate c’est-à-dire dose inadéquate ou insuffisamment longtemps et aussi du fait de
la vente libre de ces médicaments même à l’épicerie.
Les taux de résistance relativement élevés au cotrimoxazole et aux
aminopénicillines limitent fortement leur intérêt en traitement probabiliste des
infections urinaires communautaires.
Même l’association amoxicilline + acide clavulanique ne marche plus (20 cas).
Contrairement aux études effectuées auparavant, celle de Randrianasolo B et celle
d’Emilisoa H, qui ont trouvé que l’association amoxicilline + acide clavulanique
marchait encore très bien [35, 36].
Nous avons noté aussi une résistance dans plus de la moitié des cas à
la ciprofloxacine, à la ticarcilline et à la ticarcilline + acide clavulanique. L’évolution
des résistances aux fluoroquinolones (ciprofloxacines) doit donc être particulièrement
surveillée car bon nombre de médecin prescrit les fluoroquinolones en première
intention en cas d’infection urinaire.
Le C1G, le cotrimoxazole et la tétracycline ne sont plus actif contre E. coli.
Les autres molécules : C2G, C3G, nitrofurane, colistine, gentamicine et
amikacine restent encore sensibles à ce germe dans la plupart des cas.
47
Concernant les autres souches d’entérobactérie testées (tableau X), nous avons
constaté qu’ils sont presque résistants à l’amoxicilline, même associé à l’acide
clavulanique, au cotrimoxazole, au C1G et aux cyclines tandis que la céphalosporine du
deuxième et troisième génération, la ciprofloxacine, la colistine, et la gentamicine
restent encore sensibles.
Concernant les souches de Staphylococcus aureus testées (tableau XI), nous
avons constaté que parmi ces deux souches, les molécules telles que l’oxacilline, la
lincomycine, la pristinamycine, le ciprofloxacine, l’acide fusidique et la gentamicine
marchent encore.
Les souches sensibles à l’oxacilline sont appelées des souches métiS ou SASM
(S. aureus sensible à la méticilline) qu’on voit surtout chez les souches d’origine
communautaire.
Alors que chez les souches d’origine nosocomiale, l’oxacilline pourrait ne plus
marcher. Le mécanisme de résistance dans ce cas est la modification de la cible par
élaboration d’une protéine liant la pénicilline (PLP) mutée (PLP2) qui induit une
résistance à la méticilline (SARM : Staphylococcus Aureus Méticillino-Resistant), à
toute les bêta lactamines et fréquemment aux autres familles d’antibiotiques [19].
Tandis que l’amoxicilline, le C1G, la tétracycline et le cotrimoxazole ne
marchent plus contre S. aureus.
S. aureus a acquis une résistance à l’amoxicilline. Dans ce cas, le mécanisme de
résistance est la sécrétion de bêta lactamases qui induit une résistance aux pénicillines
G, A, et aux carbopénicillines [19].
Quant à la souche de Streptococcus sp testée (tableau XII), elle est résistante à
l’amoxicilline, aucotrimoxazole, et à la tétracycline et à l’érythromycine.
Mais elle reste sensible à l’association amoxicilline + acide clavulanique, aux
céphalosporines de la première, deuxième et troisième génération, à l’oxacilline, à
l’acide fusidique, à la ciprofloxacine, à la pristinamycine et au lincomycine.
Presque la totalité des souches testées sont résistantes aux tétracyclines. Ces
résistances sont acquises après une prescription de cycline d’une manière inadéquate
c'est-à-dire dose insuffisante et insuffisamment longtemps.
L’examen cytobactériologique des urines incluant l’antibiogramme permet la
surveillance épidémiologique d’une éventuelle résistance acquise des différentes
48
souches existantes. Nous pensons que l’antibiogramme devrait être demandé et pratiqué
systématiquement. Pour que cela soit possible, vu le pouvoir d’achat de la masse
populaire malgache actuellement, une mesure particulière devrait être prise comme la
création d’une caisse d’allocation subventionnée par l’état qui prendra en charge, en
totalité ou tout au moins en partie, la réalisation des examens complémentaires qui
serviront à une surveillance épidémiologique.
Néanmoins pour l’antibiogramme, il faut inciter les praticiens à prescrire un
antibiogramme après échec du traitement antibiotique, malgré les problèmes qu’on a
cité ci-dessus, au lieu de prescrire d’autres familles d’antibiotiques qui exposent à des
effets néfastes (récidive, résistance bactérienne, complications) plutôt qu’à la guérison
escompté, entrainant ainsi une dépense considérable à la prise en charge thérapeutique
de nos patientes. Même si cela reste superflu vu notre situation économique
actuellement.
Une subvention du Ministère de la Santé sur le coût des examens réalisés a tous
les laboratoires publiques (CHU-JRA Antananarivo) pourra mener à une meilleure prise
en charge de toute la population et à la surveillance de la résistance des souches aux
antibiotiques qui doivent être continue et systématique. Cette surveillance sera basée sur
une politique consensuelle de prescription des antibiotiques, et des études prospectives
plus élargies des infections urinaires chez la femme.
En perspective, des études élargies sur la prévalence des infections urinaires
communautaires chez la femme dans tout Madagascar doivent être effectuées pour
permettre d’avoir des données épidémiologique.
Nous proposons quelques suggestions concernant la prise en charge
thérapeutique des patientes. Nous pensons que la pratique de l’antibiothérapie
probabiliste est d’autant plus dangereuse quand on utilise des antibiotiques à large
spectre, puisque si la molécule utilisée n’est pas bien adaptée, on aura une sélection de
bactéries multi résistantes.
Mais pour le traitement d’une infection urinaire simple de l’adulte, le
fosfomycine trométamol (MONURIL Adulte 3g) en dose unique est la molécule la plus
intéressante en théorie en raison de : sa bonne tolérance, très peu de résistance acquise,
bon coefficient d’efficacité clinique et microbiologique, bonne observance, effet
négligeable sur le microbiote [1].
49
Pour le traitement d’attaque, du fait de l’évolution permanente de la résistance
bactérienne, dans notre étude deux familles d’antibiotiques peuvent être utilisées en
première intention, avant les résultats de l’antibiogramme : les céphalosporines de la
troisième génération, la gentamicine.
Ces antibiotiques restent encore actifs sur la quasi-totalité des germes qu’on a
isolés, dont la durée du traitement est de 10 à 14 jours.
L’antibioprophylaxie est principalement indiquée dans les infections urinaires
récidivantes chez la femme. Elle ne doit être proposée qu’aux femmes ayant au moins
un épisode par mois, et après constatation d’un ECBU prè-thérapeutique négatif, ou
après 3 épisodes d’infection urinaire durant les 12 mois précédant [43, 46].
Concernant les principes de cette antibioprophylaxie, idéalement, les
antibiotiques proposés devraient être actifs sur E.coli, principale bactérie causant
d’infections urinaires récidivantes, être administrables par voie orale et bien tolérés,
avoir une élimination prédominante par voie urinaire, être différents de ceux qui sont
proposés en traitement curatif (risque de résistance), avoir un effet écologique minimal
sur la flore digestive.
Différents antibiotiques ont été proposés pour l’antibioprophylaxie des
infections urinaires : la nitrofurantoïne, différentes bêtalactamines, l’acide nalidixique.
La nitrofurantoïne est la molécule la plus étudiée et probablement la plus
intéressante en théorie pour les raisons suivantes : fortes concentrations urinaires,
faibles concentrations fécales, non utilisée en curatif [47].
En effet, la flore digestive est le principal réservoir des bactéries cause
d’infection urinaire, elle est quantitativement très importante et c’est sur elle que
s’exerce essentiellement la pression de sélection des antibiotiques.
L’antibioprophylaxie réduit la fréquence des épisodes de cystite récidivante en
complément du traitement des facteurs de risque de l’infection: le rapport sexuel,
utilisation de diaphragme, contraception orale, spermicide (pour les femmes pré-
ménopause); Les facteurs urodynamiques d’incontinence, urine résiduelle, cystocèle,
carence oestrogénique (pour les femmes post ménopause) [1].
CONCLUSION
50
CONCLUSION
Associés à la clinique, les examens de laboratoire constituent un outil
indispensable à la prise en charge diagnostique et thérapeutique des patients. Ces
examens pourront nous fournir de précieuses données dont l’exploitation constitue déjà
une contribution à une éventuelle amélioration du système de santé.
Notre travail consiste en l’étude rétrospective descriptive et analytique de 313
résultats d’examens cytobactériologiques des urines effectués à l’Unité Paraclinique de
Formations et de Recherches en Microbiologie, du CHU-JRA Antananarivo
de Novembre 2012 à Décembre 2014.
Quarante-cinq patientes (14%) font une infection urinaire communautaire.
L’infection urinaire communautaire touche toutes les catégories d’âge mais plus
fréquente chez les femmes plus de 42 ans.
Concernant les germes, E. Coli est le germe le plus fréquemment rencontré, suivi
de K. pneumoniae, et de SCN. Ces espèces ont acquis une certaine résistance face aux
plusieurs molécules, notamment les béta-lactamines, le cotrimoxazole et la tétracycline.
Ceci du fait de l’automédication des patients, de la disponibilité très facile des
antibiotiques auprès de la pharmacie, et d’une éventuelle prescription inadéquate des
médecins traitants, le plus souvent par faute de donnée microbiologique.
L’augmentation de la résistance aux antibiotiques doit conduire à renforcer la
surveillance dans notre pays et les bonnes pratiques en matière d’antibiothérapie dans la
communauté. Les études épidémiologiques menées dans les laboratoires dans toute l’île
sont ainsi susceptible de contribuer à l’adaptation des stratégies thérapeutiques en
pratique de ville dans le cadre de l’infection urinaire communautaire.
Tout le sens critique et la collaboration clinicien-bactériologiste sont nécessaires
pour aboutir au diagnostic microbiologique des infections urinaires, afin d’améliorer la
prise en charge, d’approfondir notre connaissance et d’apporter aux patients les soins les
plus adaptés.
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VELIRANO
« Eto anatrehan’Andriamanitra Andriananahary, eto anoloan’ireo mpampianatra
ahy, sy ireo mpiara-mianatra tamiko eto amin’ity toeram-pianarana ity, ary eo
anoloan’ny sarin’i HYPOCRATE,
Dia manome toky sy mianiana aho, fa hanaja lalandava ny fitsipika hitandrovana
ny voninahitra sy ny fahamarinana eo am-panantotosana ny raharaham-pitsaboana.
Hotsaboiko maimaimpoana ireo ory ary tsy hitaky saran’asa mihoatra noho ny
rariny aho, tsy hiray tetika maizina na oviana na oviana ary na amin’iza na amin’iza aho
mba ahazoana mizara aminy ny karama mety ho azo.
Raha tafiditra an-tranon’olona aho dia tsy hahita izay zava-miseho ao ny masoko
ka tànako ho ahy samirery ireo tsiambaratelo aboraka amiko ary ny asako tsy avelako
hatao fitaovana hanatontosana zavatra mamoafady na hanamorana famitan-keloka.
Tsy ekeko ho efitra hanelanelana ny adidiko amin’ny olona tsaboiko ny anton-
javatra ara-pinoana,ara-pirenena, ara-pirazanana, ara-pirehana ary ara-tsaranga.
Hajaiko tanteraka ny ain’olombelona na dia vao notorontoronina aza, ary tsy
hahazo mampiasa ny fahalalako ho enti-manohitra ny lalàn’ny maha-olona aho na dia
vozonana aza.
Manaja sy mankasitraka ireo mpampianatra ahy aho ka hampita amin’ny
taranany ny fahaizana noraisiko tamin’izy ireo.
Ho toavin’ny mpiara-belona anie aho raha mahatanteraka ny velirano nataoko.
Ho rakotry ny henatra sy ho rabirabian’ireo mpitsabo namako kosa aho raha mivadika
amin’izany »
PERMIS D’IMPRIMER
LU ET APPROUVE
Le Directeur de thèse
Signé : Professeur RASAMINDRAKOTROKA Andry
VU ET PERMIS D’IMPRIMER
Le Doyen de la Faculté de Médecine d’Antananarivo
Signé : Professeur ANDRIAMANARIVO Mamy Lalatiana
Name and first Name : JAONASY Gitano
Title of thesis : « URINARY INFECTIONS IN WOMEN NOT HOSPITALIZED :
IMPACT AND SENSITIVITY TO ANTIBIOTICS»
Heading : Biology
Number of pages : 50 Number of tables : 10
Number of figures : 3 Number of bibliographical references : 47
SUMMARY
Introduction : Urinary tract infections in the hospitalized woman not represent more
than half of Community urinary infections diagnosed in general practice. This work
proposes as objectives to describe the frequency of urinary tract infections in the
hospitalized woman not to study the distribution of bacteria and to evaluate the
sensitivity of germs found antibiotic encountered in UPFR Microbiology CHU - JRA to
Antananarivo allow a better therapeutic approach.
Methods : This is a retrospective descriptive study carried out for a period of 24
months from November 2012 to October 2014. The selected variables studied were age
, clinical information, found strains, and results susceptibility testing.
Results : During these 24 months , the UPFRM received 313 requests
cytobacteriological urinalysis non hospitalized women. 45 patients ( 14.37% ) were
urinary tract infection with leucocyturia and significant bacteriuria . The age group 61 to
65 is the largest number of violations of UTI patients ( 34.04 %). Most infected patients
have dysuria and hematuria . Escherichia coli is the most frequently isolated germ (
51.06 %) followed by Klebsiella pneumoniae ( 11.11% ) and SNA ( 11.11% ) .
Conclusions : Almost all strains of Escherichia coli were resistant to amoxicillin ,
tetracycline and cotrimoxazoles while colistin , amikacin , and gentamicin retain a
remarkable sensitivity .
Keywords : CHU-JRA - Community UTI - impact - sensitivity – woman.
Director of thesis : Professor RASAMINDRAKOTROKA Andry
Reporter of thesis : Docteur ANDRIANARIVELO Andry Maharo
Address of author : CU bloc 71 C1 Ambohipo Antananarivo 101
Nom et Prénom : JAONASY Gitano
Titre de la thèse : « INFECTIONS URINAIRES CHEZ LA FEMME NON
HOSPITALISE : INCIDENCE ET SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES»
Rubrique : Biologie
Nombre de pages : 50 Nombre de tableaux : 10
Nombre de figures : 3 Nombre de références bibliographiques : 47
RESUME
Introduction : Les infections urinaires chez la femme non hospitalisé représentent plus
de la moitié des infections urinaires communautaire diagnostiquées en pratique de ville.
Ce travail se propose comme objectifs de décrire la fréquence des infections urinaires
chez la femme non hospitalisé, d’étudier la répartition des bactéries responsables et
d’évaluer la sensibilité des germes retrouvés aux antibiotiques rencontrées à l’UPFR
Microbiologie du CHU-JRA Antananarivo afin de permettre une meilleure approche
thérapeutique.
Méthode : Il s’agit d’une étude rétrospective et descriptive effectuée pendant une
période de 24 mois allant de Novembre 2012 à Octobre 2014. Les variables retenus et
étudiés ont été l’âge, les renseignements cliniques, les souches retrouvées, et les
résultats de l’antibiogramme.
Résultat : Durant ces 24 Mois, l’UPFRM a reçu 313 demandes d’examens
cytobactériologiques des urines des femmes non hospitalisées. 45 patientes (14,37%)
faisaient une infection urinaire avec une leucocyturie et une bactériurie significatives.
La tranche d’âge de 61 à 65 ans constitue le plus grand nombre de patientes atteintes
d’infections urinaires (34,04%). La plupart des patientes infectées présentent des
dysuries et des hématuries. Escherichia coli est le germe le plus fréquemment isolé
(51,06%) suivi du Klebsiella pneumoniae (11,11%) et du SCN (11,11%).
Conclusion : Presque toutes les souches d’Escherichia coli ont été résistantes à
l’amoxicilline, à la tétracycline et aux cotrimoxazoles alors que la colistine, l’amikacine
et la gentamicine conservent une sensibilité remarquable.
Mots clé : CHU-JRA- femme- incidence- infection urinaire communautaire- sensibilité.
Directeur de thèse : Professeur RASAMINDRAKOTROKA Andry.
Rapporteur de thèse : Docteur ANDRIANARIVELO Andry Maharo.
Adresse de l’auteur : CU bloc 71 C1 Ambohipo Antananarivo 101.