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Evaluation collective 2009Restitution CS GAP & SPE
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Plan de la présentation
- Rappels du contexte- Bilan synthétique 2002-2008- Projet- Réponse au comité de visite
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Identité de l’unité- Unité pluridisciplinaire, rattachée à 2 départements de recherche : GAP & SPE- Taille moyenne : 35 agents permanents, dont 3 CR et 6 ingénieurs
Missions- Produire des connaissances dans le cadre d’une agriculture à moindres intrants- Accompagner le développement et le transfert au bénéfice des partenaires de l’agriculture
Champs disciplinaires- Physiologie, Génétique, Pathologie, Nématologie, Entomologie, Epidémiologie
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Objectifs collectifs
- Maîtriser la dynamique des interactions génotypes-bioagresseurs dans les systèmes de culture de diversification
- Gérer les ressources biologiques pour adapter les plantes cultivées aux contraintes du milieu
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Contexte- Un fort potentiel pour les cultures de diversification (maraîchères, vivrières)- Des ressources biologiques originales - Des pressions parasitaires fortes, en évolution- Une situation d’archipel aggravant les risques d’introductions accidentellesForts enjeux de protection intégrée contre les ravageurs des cultures
Objectifs scientifiques- Comprendre les mécanismes épidémiologiques et génétiques des interactions plantes/bioagresseurs /facteurs abiotiques systèmes de culture innovants - Comprendre la diversité des plantes cultivées et leurs bioagresseurs/auxiliaires conservation/valorisation
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Historique
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Historique
1993Fusion 4 unités(patho, zoo, physio, génétique)
1999Démarche projet d’unité
Nb de programmes
2001Evaluation4 thèmes Ressources phytogénétiques Adaptation contraintes abiotiques Résistance bioagresseurs Epidémiologie, PIC
ConstatDéparts annoncés, capacité d’encadrement restreinte, manque de compétitivité
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Historique
Recadrage- Boucler certains programmes en cours- Trouver des stratégies d’alliance pour monter des projets fédérateurs (CIRAD, INRA URAPC)
2002 2003 2005
Animation, construction- Thème systèmes de culture (URAPC, CIRAD)- Thème ressources biologiques (CIRAD)
2006
Démarrage des 2 projets- Financements communs- Organisations se mettent en place
2008
Finaliser le rapprochement ?Associer l’UAG
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Traduction en projets de recherche
Modèles d’étude
- Diversité et adaptation des maïs Caraïbes- Interactions Bemisia/Bégomovirus/Plantes maraîchères - Diversité des Ignames américaines- Ecologie des nématodes entomopathogènes
… 2006-2008
- Interactions Ignames/Bioagresseurs/Facteurs du milieu- CRB Plantes tropicales / Ignames
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Bilan des programmes à ‘boucler’Diversité et adaptation des Maïs tropicauxOrganisation de la diversité, bases génétiques R noctuelles, adaptation sols acides recadrage, valorisation diversité (GAP) acidité (INCO) et nutrition minérale (APC) clos, ressources documentées & transférées CRB, réjuvénation UE
Diversité igname D. trifida et son cortège de virusComplément collections, organisation de la diversité plante + virus 100 accessions + Guyane, découverte formes sauvages 2n, autotétraploïdie cultivées prévalence badnavirus, phylogénie Caulimovirus développement marqueurs microsats, analyses AFLP clos, exploitation envisagée
Interactions Bemisia/bégomovirus/plantes maraîchèresGénétique des résistances melon/tomate, facteurs-clé vecteur et épidémies QTL melon (GAFL), R récessive tomate (CIRAD 3P), modèle épidémio et dyn (NRI, APC) clos, toujours attente forte sur tomate aux Antilles
Connaissance et gestion des nématodes entomopathogènesCaractériser les symbioses, structuration spatiale et temporelle des populations nématodes et bactéries caractérisés, avancées en systématique (EMII) développé microsats sur H. indica conçu et évalué méthodes de lutte biologique clos en 2010
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Résultats marquants
Projet intégré Ignames
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Rappel des titres…
• Nécessité de fédérer les forces INRA-CIRAD et URPV-URAPC Co-construction de 2 projets autour des Systèmes de culture à base d’ignames, à moindres intrants et d’un CRB Plantes tropicales (démarrage 2006)
• Pourquoi les Ignames ?- Créneau scientifique (espèces peu étudiées)- Espèces d’importance alimentaire & culturelle pour beaucoup de pays tropicaux, grande diversité des modes de production - Intensification récente… problèmes phytosanitaires et agronomiques - Collections de longue date en Guadeloupe
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Objet de recherche central…
• L’igname D. alata & son anthracnose- Maladie fongique des parties aériennes- Présente sur 4 continents- Forte diversité de l’agent causal Colletotrichum gloeosporioides (formes sexuées et asexuées)- Candidats pour la protection intégrée en SdC… sources de résistance, mélanges variétaux, manipulation de l’architecture de la plante, maîtrise des apports organiques et minéraux…- Difficultés d’expérimentation… besoin d’outils (phénotypage, génotypage, modélisation épidémiologique, de l’architecture, du fonctionnement de la plante)… pour envisager et évaluer de nouveaux SdC
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Résultats marquantsProjet intégré Ignames
• Animation URAPC-URPV-UE et avec les départements Mise en route de programmes plus ou moins partagés sur les thèmes du Diagnostic agronomique, de l’Ecophysiologie et Interactions Ignames/Bioagresseurs/facteurs du milieu
• Animation du CRB Plantes tropicales- Ateliers méthodologiques bases de données et qualité- Conception et mise en ligne d’un système d’information partagé - Démarches partagées avec productions animales et santé humaine… généré flux financiers et reconnaissance collectivités régionales
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Résultats marquants
• Analyse génétique des résistances- Créer des résistances durables
• Diversité du pathogène- Connaître la structuration des populations
- Développer des outils pour caractérisation de la collection de souches & évaluer l’impact des résistances / durabilité
• Epidémiologie & modélisation- Proposer et évaluer des méthodes de PIC
Projet intégré Ignames Interactions Igname / anthracnose
GAP (GenHort, GAFL), CIRAD (Mtp), réseau Epiarch, SPE (Bio3P)
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Résultats marquants
• Standardiser méthode quantitative- Plants in vitro sevrés
Projet intégré Ignames Interactions Igname / anthracnoseAnalyse génétique des résistances
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Résultats marquants
• Standardiser méthode quantitative- Plants in vitro sevrés
• Relations hôte-bioagresseur- 60 clones x 3 souches
- Résistances spécifiques et aspécifiques
- R totales mais surtout quantitatives
Projet intégré Ignames Interactions Igname / anthracnoseAnalyse génétique des résistances
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Résultats marquants
• Standardiser méthode quantitative- Plants in vitro sevrés
• Relations hôte-bioagresseur- 60 clones x 3 souches
- Résistances spécifiques et aspécifiques
- R totales mais surtout quantitatives
Projet intégré Ignames Interactions Igname / anthracnoseAnalyse génétique des résistances
0
5
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R MR MS S
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gén
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(%
)
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Résultats marquants
• Standardiser méthode quantitative- Plants in vitro sevrés
• Relations hôte-bioagresseur- 60 clones x 3 souches
- Résistances spécifiques et aspécifiques
- R totales mais surtout quantitatives
• Cartographie QTL- Parents 2n / 2 souches, 184 hybrides F1- Hérédité polygénique
Projet intégré Ignames Interactions Igname / anthracnoseAnalyse génétique des résistances
0
10
20
30
40
50
60
70
80
HR R MR MS S HS
Fré
qu
en
ce
de
gé
no
typ
es
(%
)
172224
Femelle
Femelle
Mâle
Mâle
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Résultats marquantsProjet intégré Ignames Interactions Igname / anthracnoseAnalyse génétique des résistances
0
1
2
3
4
5
0 50 100
Map (cM)
LO
D
E12/M49-230,0
E38/M49-618,7E20/M54-3823,7E22/M48-3526,9
E11/M49-4034,3E12/M67-1436,4E22/M49-2940,9E12/M49-3444,7E14/M61-846,0E11/M49-4147,5E14/M61-951,5E20/M50-756,5E20/M54-761,4E20/M54-1264,4E22/M48-3367,8E22/M48-5472,5E20/M54-29b76,2E12/M67-1678,7E22/M48-4484,7E20/M49-3087,5E20/M50-4389,9
E15/M49-7496,7
E20/M54-16104,6E22/M48-45108,6
Cg-7
Cg-8
0
1
2
3
4
5
0 50 120
Map (cM)
LO
D
E41/M60-50,0
E22/M48-5918,7
E22/M48-5820,3E32/M60-1927,8E32/M62-333,3E41/M59-1136,6E12/M49-3943,0E35/M50-2148,8E20/M50-352,1E20/M59-1555,6E32/M47-1560,7E15/M49-5962,7E20/M50-2064,3E35/M52-1568,5E12/M49-2869,5E20/M50-3373,2E32/M62-1078,5E38/M48-883,7E32/M62-286,0
E20/M54-989,2E14/M61-3093,8E15/M55-198,0E15/M49-26103,9E15/M49-56108,3E11/M58-24110,5
E20/M47-12121,7
Cg-1
Cg-6
0
1
2
3
4
5
0 50 90
Map (cM)
LO
D
E22/M48-20,0
E22/M48-1119,6
E12/M49-4929,1
E32/M60-1135,1
E20/M59-743,2E20/M54-1546,4E35/M50-1951,9E20/M49-2453,5E38/M49-1258,0E41/M60-1262,9E11/M58-2567,7E22/M58-1070,4
E35/M50-2276,6E32/M47-2279,7
E20/M54-4386,2
Cg-2
- Couverture 82%, 20 groupes de liaison, 10 QTL
![Page 21: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/21.jpg)
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Résultats marquants
• Comprendre les facteurs-clés du développement des épidémies- Climat, cycle épidémique, facteurs manipulables
• Développer des modèles- Proposer et évaluer des méthodes de protection- Coupler avec les modèles de fonctionnement de la plante, et les modèles de SdC
Projet intégré Ignames Modélisation épidémiologie anthracnose
![Page 22: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/22.jpg)
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Projet intégré ignames
Hôtes alternatifsRésidus de culture
infectés
Conidiospores potentielles
Conidiospores déposées sur plantes
Taille et structure génétique des pop. du
champignon
Tubercules infectés
Développement épidémique, production d’inoculum secondaire
Modélisation Epidémies
Température
Humectation
Pluie
Vent
Climat
Gestion parcellaire
Gestion des résidus
Distribution régionale spatio-temporelle des
parcelles
Date de plantation
Assainissement
Densité de plantation
Mélanges végétaux
Résistances variétales
Architecture
Facteurs manipulables
![Page 23: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/23.jpg)
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Projet intégré ignames
Hôtes alternatifsRésidus de culture
infectés
Conidiospores potentielles
Conidiospores déposées sur plantes
Taille et structure génétique des pop. du
champignon
Tubercules infectés
Développement épidémique, production d’inoculum secondaire
Modélisation Epidémies
Température
Humectation
Pluie
Vent
Climat
Gestion parcellaire
Gestion des résidus
Distribution régionale spatio-temporelle des
parcelles
Date de plantation
Assainissement
Densité de plantation
Mélanges végétaux
Résistances variétales
Architecture
Facteurs manipulables
![Page 24: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/24.jpg)
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Résultats marquantsCRB Ignames
• Un millier d’accessions conservées- 500 accessions CRB (D. trifida, D. alata, D. cay-rot)- 500 accessions collection de travail D. alata- in vitro et au champ pour la caractérisation agro-morphologique- Caractérisation moléculaire avec marqueurs développés par le CIRAD Mtp
• Développement d’un système d’informations- Données agro, morpho, moléculaires, juridiques, biblio et lots expérimentaux- Interfaçage site web, commun avec le CIRAD
![Page 25: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/25.jpg)
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![Page 26: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/26.jpg)
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Résultats marquantsCRB Ignames
• Indexation et assainissement - Près de 100% des accessions hébergent au moins une famille de virus- Standardisation détection et thermothérapie avec (CIRAD Mtp BGPI). Méthode lourde.- Questions de recherche sur badnavirus, intégration dans le génome.
fourniture matériel limitée
• Développement du partenariat - Participation aux réseaux Caraïbe et Amérique latine- Reconnaissance GCDT
![Page 27: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/27.jpg)
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Et le transfert des résultats ? • Projets d’appui au développement en partenariat
(Chambres, groupements, CIRAD…) - Evaluations multi-locales d’hybrides prometteurs- Conception & évaluation de procédés de lutte biologique- Définition de cahiers des charges pour les semences issues de vitroculture…
• Difficulté de passer aux étapes effectives de transfert- Étroitesse des marchés : industriels de la semence peu intéressés- Méthodologie de montage des projets de transfert compliquée (diversité des acteurs)- Difficulté de trouver des porteurs de projets ayant une capacité d’auto-financement
![Page 28: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/28.jpg)
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• Groupe de travail offre et demande de transfertConduite d’un projet de conception d’un système d’information Internet sur les produits potentiellement transférables du Centre. - Utilisateurs = partenaires professionnels, collectivités, INRA...- Pour chaque produit : filière, type de produit, enjeux, niveau actuel de transfert, contractualisations échues ou en cours…- Documentation technique et scientifique téléchargeable
… Vitrine des travaux du Centre, qui peut générer la co-construction de projets de transfert
… Capitalisation documentaire, traçabilité, mémoire
![Page 29: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/29.jpg)
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Bilan globalForces et faiblesses Remarques
Taux de publication encore faible
Participation à l’enseignement supérieur réduite, pas de thèses encadrées
Engagement dans le nouveau Master Ecotrop, co-encadrement
‘Queues de programme’ menées à terme, en transférant et valorisant
Se donner les moyens d’aller au bout des processus de transfert
Expérience de la pluridisciplinarité
Capacité à mobiliser des financements Diversifier les sources (plus de FSE après 2013)
Animation mise en place sur les approches disciplinaires et systémiques
Veiller à développer l’animation inter-thèmes
.. et ressources biologiques avec le CIRAD
Le projet s’essouffle, problème de gouvernance
Thématiques décloisonnées, organisations améliorées
A poursuivre pour la fusion
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Le projet Fusion URPV et URAPC début 2010 Projet d’unité commun (scientifique & organisation)
Contexte• Enjeux ‘classiques Protection intégrée & valorisation des
ressources biologiques’• Sols tropicaux : faible disponibilité en nutriments, pollutions
durables• SDC diversifiés, • Couverts morcelés, pluri-spécifiques, hétérogènes• Grande diversité des acteurs et des pratiques• Espèces cultivées aux propriétés mal connues• Territoires de petite taille, avec forte demande sociétale sur
autonomie alimentaire et diminution de la dépendance énergétique
Double nécessité de limiter les atteintes à l’environnement, et augmenter les niveaux de production vivrière
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Le projet Fusion URPV et URAPC début 2010 Projet d’unité commun (scientifique & organisation)
Contexte• 54 permanents (9 ch, 11 ingénieurs, 34 TA)• 2009 : 1 CR SAE2 (économie de l’adoption) 1 IE EA
(informatique & modélisation)• 3 implantations
Elaboration & évaluation de SdC innovants basées sur
• Valorisation ressources et interactions biologiques• Démarche agro-écologique pour l’accès aux ressources du
milieu physique et la protection intégrée• Diagnostic de l’existant, mise au point d’innovations, prise
en compte de l’adoption
Stratégie qui combine démarches analytiques et systémiques
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Le projet
3 axes de recherche• DA & Élaboration de SdC innovants• Fonctionnement agro-écologique sols - plantes• Interactions plante / bioagresseurs / facteurs du milieu
Objets d’étude• Ignames, anthracnose, MO / nutriments / polluants du
sol, plantes de service, microfaune/flore du sol• Actions sur Sdc Bananiers, en continuité des travaux
engagés Le CRB en appui aux thématiques du projet
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Discipline
Corps
Plante Bio-agresseurs
Milieu physique Système agricole
Génome Physio Ecophysio Epidémio Bioclimato Science du sol
Agro-écologie
Agron systémiqu
Adoption
CR-DR J
s
SG FB
J
s
YMC
HOL IdB X
IE DP V
V
FC
JLD
0.5 ETP
CRB : 1 IE FG
Palette disciplinaire sur les ignames
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Élaboration de Sdc innovants1.Diagnostic agronomique (caractériser
les pratiques, élaborer un référentiel, évaluer les performances, élaborer des indicateurs de durabilité)
2. Concevoir de nouveaux systèmes (prototypage, modélisation)
3. Aborder l’économie de l’adoption
Fonctionnement du sol Importance de la MO du sol, en relation avec les
ptés physiques et chimiques1. Rôle des mycorhizes (biodisponibilité N et P)
UAG2. Rôle des vers de terre (ptés physiques,
nutrition, nématofaune) UAG
Fonctionnement de la planteModèle écophysio adapté à l’igname (T &
photopériode), sur une variété de D. alata1. Autres génotypes/espèces CIRAD2. Autres modules pour paramétrer le modèle
(maladie, absorption et accès aux nutriments…)
Interactions plante-BA-milieu1. Diversité du pathogène2. Génétique et composantes de la
résistance3. Modélisation épidémies (climat,
architecture, pratiques culturales)
CRB 1. Poursuivre objectifs ‘classiques’2. Proposer des génotypes contrastés pour des études de processus3. Développer le phénotypage pour traits intéressants les SI UE4.Poursuivre le rapprochement INRA CIRAD (autres espèces que l’igname)
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Élaboration de Sdc innovants1.Diagnostic agronomique (caractériser
les pratiques, élaborer un référentiel, évaluer les performances, élaborer des indicateurs de durabilité) EA
2. Concevoir de nouveaux systèmes (prototypage, modélisation) UE
3. Evaluer a priori les possibilités d’adoption par les acteurs INRA SAE2
Etude des mécanismes dans les sols et les plantes
1. Rôle des plantes de service pour la fourniture hydro-minérale et azotée
2. Rôle des mycorhizes (biodisponibilité N et P) UAG3. Rôle des vers de terre (ptés physiques,
biodisponibilité N et P, nématofaune) UAG4. Chlordécone : absorption et stockage dans la
plante INRA EA Toulouse
Fonctionnement de la planteModèle écophysio adapté à l’igname (T &
photopériode), sur une variété de D. alata1. Autres génotypes/espèces CIRAD Bénin2. Paramétrage du modèle (stress hydrique,
absorption des nutriments et des polluants, maladies, interactions avec PDS…)
Interactions plante-BA-milieu1. Génétique ignames et pathogène
(valider QTL champ, mettre au point des critères d’évaluation de caractères agromorphologiques, caractériser les composantes de la résistance)
2.Modélisation épidémies (climat, architecture, pratiques culturales)
3.Évaluation des résistances face au pathogène, déploiement CIRAD Ban
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Élaboration de Sdc innovantsEtude des mécanismes dans les
sols et les plantes
Fonctionnement de la planteInteractions plante-BA-milieu
CRB 1. Poursuivre objectifs ‘classiques’ CIRAD - International2. Proposer des génotypes contrastés pour les études de processus3. Développer le phénotypage pour traits intéressants les SI UE - IGEC4.Poursuivre le rapprochement INRA CIRAD (autres espèces que l’igname)
![Page 37: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/37.jpg)
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Synergies avec le CIRAD- Commande 2 DG rapprochement INRA CIRAD : analyses sur le CRB, Biodiversité/Génétique & Agroécologie- Multiplicité des centres de décision qui freine une programmation intégrée
Arrêt programme trifida- Analyse diversité : dernières publis en cours de rédaction- Evaluation ressources : se heurte au problème d’assainissement
CRB à intégrer à des actions de recherche- Adossement aux thèmes du projet pluri-disciplinaires- ANR Cryoconservation (coord. F. Engelmann) recherche méthodo- Réflexion sur badnavirus avec le CIRAD (P.-Y. Teycheney) émergence nouvelles questions
Réponse au comité
![Page 38: UR Productions Végétales Evaluation collective 2009 Restitution CS GAP & SPE](https://reader035.vdocuments.us/reader035/viewer/2022062808/568154fc550346895dc2e83e/html5/thumbnails/38.jpg)
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Projet - scientifique- Stratégie globale à mieux définir Définition d’un projet à 4 ans, appui Départements pour mieux expliciter les besoins scientifiques en pathologie et génétique
Projet - organisation- Appropriation par les TA à renforcer- Défi pour la réorganisation des RH (incluant problématique CIRAD)- Réduire le nombre d’équipes de recherche : compromis à trouver (interdisciplinarité 1 équipe, nombre de disciplines n équipes)
Réponse au comité
Management unité fusionnée- DU : i) porteur du projet scientifique, ii) interface Centre, iii) axe Interactions- Appui nécessaire sur GRH, Interface GAP & SPE, CRB PT, Transfert
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Merci…Merci…