r本体とパッケージのインストール macintosh -...

2015.04.03版 1

R本体とパッケージのインストールMacintosh版

東京大学・大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム

門田幸二（かどた こうじ）kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp

http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/

R本体は最新のリリース版、Rパッケージは「必要最小限プラスアルファ」の推奨インストール手順を示します。

R本体のインストール

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R本体は最新版（リリース版）のインストールが基本です。

R本体のインストール

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右下のページで、下のほうに移動すると*.pkgがみられます。

②

R本体のインストール

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R-3.X.Y-marvericks.pkgをクリック

R本体のインストール

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「ダウンロード」フォルダ中にあるインストーラを実行

②

①

②

R本体のインストール

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基本は、言われるがままに「続ける」を押す。

R本体のインストール

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基本は、言われるがままに「続ける」を押す。

R本体のインストール

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「同意する」を押す。

R本体のインストール

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「インストール」を押す。

R本体のインストール

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「インストール」を押す。

①

②

R本体のインストール

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これでR本体のインストールは完了です

PC環境設定

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ファイルの拡張子を明示させる作業です

PC環境設定

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「すべてのファイル名拡張子を表示」にチェックが入っていることを確認。

①

②

Rの起動

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「アプリケーション」 - 「R.app」を起動

Rの起動

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起動直後の状態です

Rの終了

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通常のソフトウェアと同様、左上の赤丸ボタンを押せばよい。

Rの終了

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「ワークスペースのイメージファイルを保存しますか?」というダイアログが出るが、最初のうちは「保存しない」でよい。（間違って「保存」を押してしまっても.Rapp.historyというドットから始まる隠しファイルが作成されるだけなので特に問題はない。ユーザ名kadotaの環境では、/Users/kadota/.Rapp.historyにイメージファイルが自動作成される。尚、隠しファイルは通常は表示されない。

Rパッケージのインストール

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「必要最小限プラスアルファ」の推奨インストール手順を示します。

Rパッケージのインストール1

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R本体を起動

Rパッケージのインストール2

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CRANから提供されているパッケージのインストールを行います。枠内のコードを全選択し、右クリックでコピーしたところ。

Rパッケージのインストール2

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Rコンソール画面上でペースト

Rパッケージのインストール2

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ペースト直後の状態。「リターンキー」を押す。

Rパッケージのインストール2

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①

②

どこからダウンロードするかを聞かれているので、①近いところを指定して、②OKボタンを押す。

Rパッケージのインストール2

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パッケージのインストールがスタートします。東大有線LAN環境では、数分程度で起動直後と同じコマンド入力待ち状態(>)になります。

Rパッケージのインストール3

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Bioconductorから提供されているパッケージのインストールを行います。約2時間かかります。コンピュータがスリープ状態にならないようにしておきましょう。

Rパッケージのインストール3

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枠内を全選択し、右クリックでコピーしたところ。

Rパッケージのインストール3

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Rコンソール画面でペースト直後の状態。「リターンキー」を押す。

Rパッケージのインストール3

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インストール途中経過の状態（左上）と終了後の状態（右下）

Rパッケージのインストール4

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Bioconductorから提供されているパッケージのうち、一つ一つのサイズが大きいゲノム配列パッケージ群のインストールを行います。R本体は、一旦終了して再起動してもいいし、前のスライドの続きからやってもよい。約1時間。

Rパッケージのインストール4

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インストール途中経過（左上）と、終了後の状態（右下）。

パッケージインストール確認

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パッケージが正しくインストールされているかを確認します。まず、Biostringsというパッケージの読み込みができるかどうかを調べるべく、「library(Biostrings)」と打ってリターンキーを押す。

パッケージインストール確認

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こんな感じでエラーメッセージが出ていなければOK。

パッケージインストール確認

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カーソルが黒矢印部分にあることを確認。キーボードの上矢印キーを1回押すと、直前に打ち込んだコマンドが表示される。もう一度リターンキーを押して実行すると、何のメッセージも表示されなくなる。これもエラーが出ていないのでOK。

パッケージインストール確認

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カーソルの位置に注意して、キーボードの上矢印キーを1回押して直前に打ち込んだコマンドを利用するなどして、次のShortReadパッケージの確認を行う。

パッケージインストール確認

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ShortReadパッケージの読み込みも、エラーメッセージが出ていないことからうまくいっていることがわかる。

パッケージインストール確認

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スペルミスに注意

パッケージインストール確認

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最後にTCCパッケージのインストール確認。これはうまくいった場合の成功例。

エラー遭遇例と対処法

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これはTCCパッケージが要求している「RcppArmadilloパッケージがないからだめ!」と文句を言われている例です。

エラー遭遇例と対処法

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基本的な対処法は、文句を言われたパッケージのみ、個別にインストールすることです。

エラー遭遇例と対処法

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ここでの目的は、RcppArmadilloパッケージの個別インストール。①既存のR;コードをテンプレートとして利用すべくコピー。②任意のテキストエディタにペーストして、パッケージ名部分のみ変更します。

①

②

エラー遭遇例と対処法

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ここではMac付属の「テキストエディット」にペーストして、パッケージ名部分のみ変更します。二重クォーテーション(“”)部分が勝手に変更されます。これが原因でエラーが出ることはわかっていますが、とりあえずRコンソール画面上でペーストしてリターン。

エラー遭遇例と対処法

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正しい二重クォーテーションに手動で変更したのち、再度コピペ。

エラー遭遇例と対処法

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今度はエラーメッセージを吐かずにインストールがうまくいっている。

エラー遭遇例と対処法

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もう一度「library(TCC)」と打ち込んで確認。さきほどこけたRcppArmadilloのところでつまづくことなくTCCパッケージのロードに成功していることがわかる。

エディタに注意

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二重クォーテーション問題を避けるべく、R付属のエディタを利用するのが無難だと思います。

エディタに注意

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R付属のエディタだと、該当部分を変更しても二重クォーテーションが不変であることがわかります。

余談

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インストールされたRパッケージたちは、「パッケージとデータ – パッケージマネージャ」で眺めることができます。

余談

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パッケージ群の実体は、R本体のバージョンが3.1.Yの場合は、「/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library」

にあります。