Работа с программой The Swiss-PdbViewer

Работу выполнила студентка 5курса гр. ФФ07-14СПочебыт Н.П.

Начало работы

Загрузка файлов

Меню File содержит следующие команды:

Open PDB File

Open mmcif File

Open MOL File

Import

Загрузка некоординатных файлов

Open Text File

Run Script

Open Surface

Open ElectrostaticPotential Map

Open ElectronDensity Map

Сохранение данных

Layer

Project

Save SelectedResidues

mmcif

молекулярные координаты

Сохранение данныхнекоординатные файлы

Surface

ElectrostaticPotential

Sequence (FASTA)

Alignment

Ramachandran PlotValues

Сохранение данныхизображения

Image

Stereo Image

POV3 Scene

Mega POV scene

Закрытие программы The Swiss-PdbViewer

Discard

Close, Close All Layers

Exit

Основные команды The Swiss-PdbViewer

2. Перевод, масштабирование и вращение молекул

1. Центрирование молекул

Работа с инструментами

3. Измерение расстояний между атомами

4. Измерение углов связей

5. Измерение двухгранных углов

6. Выявление групп и атомов

7. Отображение / выбор группы в радиусе взятого атома

8. Центрированный вид подобранного атома

Работа с меню

Edit меню

Rename CurrentLayer

Rename SelectedHETATMs

Fix AtomsNomenclature

Select меню1. Основной выбор

All

None

Inverse Selection

Visible groups

Pick on screen

Extend to other layers

Groups with same color as

2. Выбор групп по типу

Ala (A) [...] Val (V)

G, A, T, C, U

HETATM

Solvent

SS-bonds

3. Выбор групп по свойствам

Basic

Acidic

Polar

non-Polar

4. Выбор групп по вторичной структуре

Helices

Strands

Coils

non-TRANS aa

aa with Phi/Psi out of Core Regions

aa with Phi/Psi out of Allowed Regions

5. Выбор групп по относительным ссылки

aa identical to ref

aa similar to ref.

aa matching ref. structure

6. Выбор групп по расстоянию

Neighbors of selected aa

Groups close to another chain

Groups close to another layer

7. Выбор групп по структурным критериям

Accessible aa

aa Making Clashes

aa Making Clashes with Backbone

Sidechains lacking Proper H-bonds

Reconstructed amino-acids

Display меню

1. Команда Views

Save

Reset

Delete

2. Настройки стиля

Group Name

Atom Name

Atom Type

Atom Charge

Atom Code(GROMOS 96)

Color меню

1. Первый блок

By CPK

By Type

By RMS

By B-Factor

By SecondaryStructure

By SecondaryStruct. Success.

2. Второй блок

By Selection

By Layer

By Chain

3. Третий блок

By Alignment Diversity

By Accessibility

By Threading Energy

By Force Field Energy

By Protein Problems

4. Четвертый блок

By Other Color

By Backbone, Sidechain, Ribbon, Surface, Label Color

Специальные команды

Просмотр файлов PDB

Навигация в текстовых файлах Ctrl +

Помощь

Использование панели управления

Панель управления

Изменение активного слоя

Отображение поверхностей

VDW ::v

Accessible ::a

Molecular ::m

User ::u

Окраска молекулы

Col В+S

Col B

Col S

Col R

Col L

Col U

Просмотр / перемещение слоя

Использование окна об информации слоев

Настройка изображения слоев

vis mov axis CA O H

Hbnd Hdst Side HOH cyc