vre for regional interdisciplinary communities in ... fileduke përdorur metodat kompjuterike dhe...
TRANSCRIPT
![Page 1: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/1.jpg)
VRE for regional Interdisciplinary
communities in Southeast Europe and
the Eastern Mediterranean
Sistemet paralele në Shkencat e Jetës
Ilir HUSHI
MSc. Inxhinieri Informatike
Universiteti Politektinik i Tiranës
The VI-SEEM project initiative is co-funded by the European Commission under the H2020 Research Infrastructures contract no. 675121
![Page 2: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/2.jpg)
Avancimet në infrastrukturën kompjuterike në dekadat e fundit kanë mundësuar zhvillimin e analizimit të të dhënave biologjike për sasi të mëdha të dhënash dhe llogaritjet biologjike si metodologjinë kyçe në kërkimet shkencore.
Përdorimi i kompjuterave në biologji ka mundësuar kuptim më mirë të aspekteve mekanike të shëndetit dhe sëmundjeve, si dhe kanë përshpejtuar zhvillimin e terapive të ndryshme.
Në këtë projekt, kërkimet e komunitetit në zhvillimet e shkencave të jetës është zgjedhur për shkak të rolit kryesor në arritjen e përmirsimit të jetës në zonën në SEEM.
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 2
![Page 3: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/3.jpg)
Një ndërmarrje e tillë kërkon përdorim të burimeve kompjuterike për:
a) prodhimin e të dhënave
b) analizimin e të dhënave
c) ruajtja e tyre
d) vizualizimi
Sasi të mëdha të dhënash nevojiten të ruhen dhe të jenë në dispozicion të kërkuesve për proçesim në qendrat e proçesimit.
Shpejtësi dhe infrastrukturë e besueshme e rrjetit është e rëndësishme për lëvizjen e sasive të mëdha të të dhënave nga arkivat e të dhënave në qendrat proçesuese dhe gjithashtu transferimi i rezultateve të simulimeve në godita e zhvilluese për proçesim të mëtejshëm dhe përvetsimin e rezultateve.
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 3
![Page 4: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/4.jpg)
Në termat e infrastrukturës kompjuterike, modeli dhe shërbimet që kërkohet të përdoret nga grupet e kërkuese: Kapacitet
Aftësi llogaritëse
Ndarjen e burimeve kompjuterike
Shembuj: NAMD
NWCHEM
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 4
Sisteme Paralele
SHKALLËZUESHMËRI
DERI NË QINDRA E
MIJËRA “CORE”
![Page 5: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/5.jpg)
Për vendosjen në punë të këtyre software-ve nevojiten: Grid : HPC Clusters: IBMs BlueGene
Cloud IaaS
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 5
![Page 6: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/6.jpg)
DISA APLIKIME TË SISTEMEVE PARALELE
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 6
![Page 7: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/7.jpg)
Studimi i Molekulës dinamike të Proteinave, membranës së proteinave dhe modelit te membranës biologjike
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 7
Këto tre bio-molekula janë përgjegjëse për përçimin e sinjaleve dhe janë të rëndësishme si target për ilaçet.
Për të dizenjuar në mënyrë më efiçente ilaçet dhe për shpërdarjen në organizëm, kërkohet një kuptim më i mirë bashkëveprimeve fiziko-kimike që mbështjellin membranën dhe proteinat.
![Page 8: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/8.jpg)
Simulimi i llogaritjeve të ADN dhe ARN
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 8
Ndikimi i vetive termodinamike të çiftit ADN/ ADN dhe ARN/ADN në transkriptimit dhe proçesimin e ARN.
Sasia e madhe e llogaritjeve të qëndrueshmërisë së çiftit ADN/ADN dhe ARN/ADN së të gjithë gjenomës së organizmave eukarjotë dhe krahasimin e qëndrueshmërisë me shkallën e transkriptimin dhe proçesimin e ARN
Këto llogaritje kërkojnë High-Performance Computing dhe infrastruktura të mëdha të të dhënave
![Page 9: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/9.jpg)
Dizenjimin e ilaçeve
Duke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të detajuar në nivel molekular bashkëveprimet të ligandeve (molekulave që lidhen së bashku): bashkëveprimin e proteinave dhe më pas interpretimin e rezultateve eksperimentale në detaje.
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 9
![Page 10: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/10.jpg)
Proçesimi i imazheve për aplikimet Biologjike
Eksperimente të cilat kryhen në nivele mikroskopike të qelizave të gjallesave, të cila gjenerojnë imazhe me disa dhjetra GB për eksperiment.
Imazhet e gjeneruara kërkojnë proçesim intensiv të tyre, si: Regjistrimin
Korrigjim të gabimeve
Renderim të vëllimit
Renderim të sipërfaqes
Detektim të objekteve
Matje të formave gjeometrike
Gjurmim automatik të objekteve lëvizëse të qelizave në 3 dimensione
Etj.
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 10
![Page 11: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/11.jpg)
Analizimi i sekuencës së të dhënave të ADN-së
Fokusohet në teknikat për diagnostikimet, menaxhimin dhe trajtimin e pacientëve me disa sëmundje të rralla dhe të zakonshme (fibrozë cistike, mangësi të antitripsia Alpha-1, sëmundjet kardiovaskulare, si dhe disa lloje të kancerit)
Qëllimi i përgjithshëm është që të identifikohen rrugët e mekanizmave të sëmundjeve dhe dhënien e diagnozëz së duhur pacientëve, vlerësimin e rrezikut për zhvillimin e sëmundjeve dhe terapi efikase.
Grupi i kërkimeve shkencore ofron hulumtime të specializuara gjenetike, në këtë fushë me rritje të shpejtë, të diagnozës jo-invazive të paralindjes dhe në analizën gjenetike të fetusit.
Të dhënat e gjeneruara përdoren për zbulimin e medikamenteve dhe zhvillimin e testeve të reja për zbulimin e anomalive gjenetike.
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 11
![Page 12: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/12.jpg)
Analizimi i të dhënave Synchrotron-e
SESAME është gjenerata e tretë e burimeve sinkrotron të dritës që prodhojnë pulses shumë intensive të dritës/ rrezeve X, me gjatësi valë dhe intensitetin që lejojnë studime të hollësishme të objekteve që variojnë në madhësi nga qelizat e njeriut, viruset e deri në nivel atomesh, me një saktësi që nuk është e mundur me mjete të tjera.
Të dhënat e gjeneruara nga SESAME kanë nevojë për infrastrukturat të mëdha kompjuterike për t'u analizuar.
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 12
![Page 13: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/13.jpg)
<Event> – <Place> <Date (DD-Month-YYYY)> 13
SESAME
Lab
![Page 14: VRE for regional Interdisciplinary communities in ... fileDuke përdorur metodat kompjuterike dhe modelimin 3D të proteinave, ne jemi në gjendje të vëzhgojmë në mënyrë të](https://reader030.vdocuments.us/reader030/viewer/2022040423/5e186945643f7a174f6189d2/html5/thumbnails/14.jpg)
JU FALEMINDERIT
VI-SEEM – UPT 13-04-2017 14