vega zz tutorial - encaixe molecular com vega zz e fred

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02/10/13 VEGA ZZ tutorial - encaixe Molecular com VEGA ZZ e Fred www.msg.ucsf.edu/local/programs/Vega/pages/tu_docking.htm 1/8 Acoplagem molecular com VEGA ZZ e Fred 1 Introdução 2 O que você precisa 3 FTase de download 4 preparação Protein 5 Criação dos arquivos de entrada para NAMD 6 Execute o NAMD minimização 7 Protein refinamento 8 Ligand construir e busca conformacional 9 Definição do encaixe região 10 Molecular encaixe 11 Análise dos resultados de ancoragem 12 Dicas & Carrapatos 1 Introdução VEGA ZZ, Fred e NAMD são ferramentas muito eficientes para realizar uma análise de acoplamento molecular completa. Este tutorial explica em detalhes como foi realizado o encaixe entre a enzima farnesiltransferase (FTase) e um conjunto de inibidores conforme publicado no jornal: Bolchi C., Pallavicini M., C. Rusconi, Diomede L., Ferri N., Corsini A ., Fumagalli L., Pedretti A., Vistoli G., Valoti E., "inibidores peptidomimético de farnesiltransferase com alta atividade in vitro e potência celular significativa", Bioorg. Med. Chem. Chem. Lett., 17 (22), 6192-6 (2007). 2 O que é que você precisa VEGA ZZ versão 2.2.0 ou superior ( clique aqui para a configuração do software). ISIS / Draw (gratuito para download para uso sem fins lucrativos acadêmico Elsevier MDL site). Fred (livre disponível para uso sem fins lucrativos acadêmico openeye Softwares científicos ). NAMD para Windows ( clique aqui para baixá-lo, clique aqui para instalá-lo). A estrutura de cristal da FTase humana complexada com o difosfato de farnesilo (FPP) e o inibidor peptidomimético L739, 750. disponível em Protein Data Bank (PDB ID 1JCQ). 3. FTase de download Você pode baixar o complexo FTase ( 1JCQ estrutura) usando a interface Web PDB ou a ferramenta integrada no VEGA ZZ: Comece VEGA ZZ e selecionar o File -> PDB Download item de menu. Coloque 1JCQ no Id PDB campo e clique em download . No final de download, a estrutura da proteína será mostrado na área de trabalho (para mais informações, clique aqui ). Normalizar as coordenadas, a fim de converter a proteína na origem do eixo cartesiano ( Edit -> Coordenadas -> Normalizar ). Salve a molécula ( File -> Save As ), com o 1JCQ nome do arquivo. É fortemente recomendado o uso do formato de arquivo IFF / RIFF porque é capaz de manter o número máximo de informação (por exemplo, tipos de átomos, os encargos, as ordens de obrigações, etc.) 4 preparação Proteína O íon de zinco deve ser não aderente a todos os átomos, a fim de atribuir os tipos de átomos corretas. Isso resulta ligado ao grupo tiolato da L739, 750, para o ASP 297 B carboxilato, à CYS 299 tiolato grupo B, ao nitrogênio do anel NE2 da HIS 362 B. Para remover os títulos errados, siga estes passos: Para facilitar esta operação, você deve selecionar os resíduos ao redor do íon zinco: selecione o zinco ( View -> Selecionar ->

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www.msg.ucsf.edu/local/programs/Vega/pages/tu_docking.htm 1/8

Acoplagem molecular com VEGA ZZ e Fred

1 Introdução 2 O que você precisa

3 FTase de download 4 preparação Protein 5 Criação dos arquivos de entrada para NAMD 6 Execute o NAMD minimização

7 Protein refinamento 8 Ligand construir e busca conformacional 9 Definição do encaixe região

10 Molecular encaixe 11 Análise dos resultados de ancoragem 12 Dicas & Carrapatos

1 Introdução

VEGA ZZ, Fred e NAMD são ferramentas muito eficientes para realizar uma análise de acoplamento molecular completa. Este tutorial

explica em detalhes como foi realizado o encaixe entre a enzima farnesiltransferase (FTase) e um conjunto de inibidores conformepublicado no jornal: Bolchi C., Pallavicini M., C. Rusconi, Diomede L., Ferri N., Corsini A ., Fumagalli L., Pedretti A., Vistoli G., Valoti

E., "inibidores peptidomimético de farnesiltransferase com alta atividade in vitro e potência celular significativa", Bioorg. Med. Chem.Chem. Lett., 17 (22), 6192-6 (2007).

2 O que é que você precisa

VEGA ZZ versão 2.2.0 ou superior ( clique aqui para a configuração do software).ISIS / Draw (gratuito para download para uso sem fins lucrativos acadêmico Elsevier MDL site).

Fred (livre disponível para uso sem fins lucrativos acadêmico openeye Softwares científicos ).NAMD para Windows ( clique aqui para baixá-lo, clique aqui para instalá-lo).

A estrutura de cristal da FTase humana complexada com o difosfato de farnesilo (FPP) e o inibidor peptidomimético L739, 750.disponível em Protein Data Bank (PDB ID 1JCQ).

3. FTase de download

Você pode baixar o complexo FTase ( 1JCQ estrutura) usando a interface Web PDB ou a ferramenta integrada no VEGA ZZ:

Comece VEGA ZZ e selecionar o File -> PDB Download item de menu.Coloque 1JCQ no Id PDB campo e clique em download . No final de download, a estrutura da proteína será mostrado na áreade trabalho (para mais informações, clique aqui ).Normalizar as coordenadas, a fim de converter a proteína na origem do eixo cartesiano ( Edit -> Coordenadas -> Normalizar

).Salve a molécula ( File -> Save As ), com o 1JCQ nome do arquivo. É fortemente recomendado o uso do formato de arquivoIFF / RIFF porque é capaz de manter o número máximo de informação (por exemplo, tipos de átomos, os encargos, as ordensde obrigações, etc.)

4 preparação Proteína

O íon de zinco deve ser não aderente a todos os átomos, a fim de atribuir os tipos de átomos corretas. Isso resulta ligado ao grupotiolato da L739, 750, para o ASP 297 B carboxilato, à CYS 299 tiolato grupo B, ao nitrogênio do anel NE2 da HIS 362 B. Pararemover os títulos errados, siga estes passos:

Para facilitar esta operação, você deve selecionar os resíduos ao redor do íon zinco: selecione o zinco ( View -> Selecionar ->

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Custom ), clicando ZN * no Atom coluna eo + botão. Escolha o Proximity tab, clique no zinco na janela principal, seleccione

Resíduos no que box, Atom da Cerca de caixa e normal na Seleção caixa. Coloque 3 como Radius e clique no botão + botão.Os resíduos num 3 esfera centrada na concentração de zinco será mostrado.

No menu principal, selecione Editar -> Excluir -> Bonds e escolher uma ligação no quê? caixa. Na janelaprincipal, clique nos pares de átomos de cada título para apagar (quatro pares). Finalmente, feche a caixa dediálogo.Adicione os hidrogênios ( Edit -> Add -> hidrogênios ), a seleção de proteína no tipo de molécula caixa para permitir uma

verificação extra para a hibridização, átomo de Resíduos final na posição de hidrogênios caixa e verifique Use IUPAC átomode nomenclatura . Finalmente, clique em Adicionar para colocar os hidrogênios. As mensagens de advertência será exibida noconsole de informar que alguns átomos têm uma geometria incomum ea verificação extra corrigiu os tipos de átomos.

Adicionando os hidrogénios, os grupos tiolato de L739, 750 e o CIS 299 B será protonado, mas elas devem ser sem hidrogénios:

Mostrar os resíduos em torno do zinco tal como explicado acima.

No menu principal, selecione Editar -> Excluir -> Atom e clique na janela principal nos hidrogênios ligados aos dois enxofre.Eles serão removidos. O grupo amínico secundária da L739, 750 é protonado, e assim por clique sobre um hidrogénio ligado a ele. Clique em OK parafechar a janela de diálogo.

A carbonila de ambos os resíduos C-terminais ( HIS 367 A e 424 B GLU ) são em forma aldeído e deve ser editado para carboxilato:

Selecione Exibir -> Selecionar -> Custom , escolha o Atoms guia, clique no reset botão para esvaziar a Seleção string, cliqueem HIS, 367 e A nos resíduos, número e Cadeia colunas, escolha normal na Seleção de caixa e, finalmente, clique no + botão.

A HIS 367 A serão mostradas.No menu principal, escolha Editar -> Alterar -> Atom / resíduos / cadeia , clique sobre a hidrogênio aldeídico.No Elemento campo da edição janela, mudar H para Ó e pressione o Aplicar botão.Repita a mesma operação para o GLU 424 B.Feche a Editar janela.

A sacarose e o etilo são zoom para o local de ligação e por isso podem ser eliminados:

Editar -> Excluir -> Resíduos , clique em ACY 3002 e pressione o Remover botão.Repita o mesmo procedimento para a SUC 3010 resíduo.

Selecionar todos os átomos ( View -> Selecionar -> Todos ) e remova as etiquetas ( View -> átomo Etiqueta -> Off .) A fim de otimizar a estrutura de cristal do complexo, será realizada uma minimização de energia, usando a CHARMM22_LIG campo de

força e mantendo o esqueleto da proteína fixada. O CHARMM22_LIG contém mais parâmetros do que o padrãoCHARMM22_PROT para proteínas.

Corrigir os tipos de átomos e os encargos ( Calcular -.> Carga & Pot ), verificação do campo de força e Encargos eselecionando CHARMM22_LIG e Gasteiger . Clique no Fix botão. A carga total é de -25.

Antes da minimização de energia, os constrangimentos átomo deve ser aplicada. Queremos corrigir a coluna vertebral proteica e o ião dezinco, de modo a evitar demasiadas modificações na estrutura experimental.

Selecione o backbone proteína ( View -> Selecionar -> Backbone ).Selecione o íon zinco, mostrando a janela de seleção ( View -> Selecionar -> Custom ), clicar no reset botão, selecionar ZN *no Atom coluna, a escolha de aditivos na seleção caixa e clicando no + botão.

No menu principal, escolha Editar -> Coordenadas -> Restrições , selecione Fix no modo de caixa e visíveis átomos naSeleção caixa. Finalmente, clique em Apply botão. Os átomos fixos serão pintadas em azul e os átomos livres no verde.Feche a opção Restrições janela e substituir a molécula como 1JCQ.iff em formato IFF.

5 Criação dos arquivos de entrada para NAMD

NAMD requer alguns arquivos: o PDB eo arquivo PSF da molécula, um ou mais arquivos de parâmetros e um arquivo de comando quedefine a condição do cálculo.

Salve a molécula em PDB 2.2 formato ( Arquivo -> Salvar Como ... ) com o 1JCQ.pdb nome do arquivo, desmarcandoConectividade e verificar restrições na Opções caixa. Desta forma, a ligação não será guardado e os constrangimentos átomoserão incluídos na coluna B do PDB.Criar a matriz topológica salvar a molécula no PSF X-PLOR formato ( 1JCQ.psf nome do arquivo). Opcionalmente, é possível

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verificar se todos os parâmetros de campo de força estão disponíveis, selecionar o nome do campo de força no campo paramForce. caixa. O CHARMM22_LIG campo de força foi utilizada no tipo de atribuição átomo e por isso você deve selecionar omesmo campo de força.

Cópia no diretório onde são colocados os 1JCQ.pdb e 1JCQ.psf arquivos, os par_all22_na.inp , par_all22_prot.inp epar_all22_vega.inp arquivos de parâmetros que estão no ... \ VEGA ZZ \ Data \ Parameters diretório. O par_all22_na.inp epar_all22_vega.inp são necessários, pois contém os parâmetros para os ligantes.Com um editor de texto (ex. bloco de notas) criar o arquivo de entrada com os seguintes comandos (copiar e colá-los):

numsteps 50000minimização emdielétrico 1.0

Coordenadas 1JCQ.pdboutputname 1JCQoutputEnergies 5000binaryoutput nãoDCDFreq 5000restartFreq 5000

estrutura 1JCQ.psfparaTypeCharmm emparâmetros par_all22_na.inpparâmetros par_all22_prot.inpparâmetros par_all22_vega.inpexcluir scaled1-41-1.0 4scalingligarswitchdist 8.0corte de 12,0pairlistdist 13,5margem de 0,0stepspercycle 20

fixedAtoms sobrefixedAtomsCol B

Salve o arquivo com o 1JCQ_min.namd nome. Esse arquivo permite realizar um 50000 passos conjugado gradientes deminimização, salvando a saída (coordenadas e reinicie arquivos) a cada 5000 iterações. Para mais informações sobre osparâmetros, consulte o Guia do Usuário NAMD .

6 Execute a minimização NAMD

Abra o console VEGA ( Iniciar -> VEGA ZZ -> VEGA consola ).Vá para dentro do seu diretório de trabalho com o cd de comando.No tipo de console:

namd2 1JCQ_min.namd> 1JCQ_min.out

Se você tiver mais de um processador instalado, você pode acelerar o cálculo especificando o número total de CPUs:

namd2 + p2 1JCQ_min.namd> 1JCQ_min.out

Neste caso, o PC tem duas CPUs e ambos são utilizados para o cálculo ( + p2 opção). O dual core (por exemplo, AthlonX2, Pentium D, Core 2 Duo, etc) eo Pentium 4 com hyperthreading deve utilizar a opção p2 +.

No final do cálculo dois processos foram produzidos: o 1JCQ.dcd (ficheiro trajectória) eo 1JCQ.out . O primeiro é um arquivo binárioque não pode ser aberto com um editor de texto. Ele contém as coordenadas átomo de cada quadro salvos (10 frames, porque umquadro a cada 5000 foi salvo). O segundo é um arquivos de texto contendo as mensagens de saída gerados por NAMD e asinformações de energia. Precisamos salvar a estrutura de energia mais baixo:

Abra o 1JCQ.dcd arquivo com VEGA ZZ ( File -> Open ). Para abrir uma trajetória DCD um arquivo molécula é necessária(por exemplo, em formato PDB ou IFF), com o mesmo nome. Você não deve ter nenhum problema porque você tem a1JCQ.dcd eo 1JCQ.iff arquivo no mesmo diretório. A molécula será mostrada ea análise da trajetória de diálogo será aberta.Se você salvou o 1JCQ.out arquivo, o gráfico da energia botão estará ativo. Clicando nele, você pode ver o comportamento deenergia durante o cálculo. A energia vai para baixo como você deve esperar por uma minimização.Clicando no último botão na análise Trajetória janela, o menor conformação de energia é selecionada (veja a área de trabalho).

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Salve o melhor conformação ( File -> Save As ) em formato IFF ( 1JCQ_min.iff ).

7 Protein requinte

A proteína não está pronto para o encaixe, pois os ligantes (FPP e L739, 750), já está dentro e deve ser removido para criar espaçosuficiente no sítio ativo para encaixar os novos ligantes. A fim de ampliar um pouco a cavidade, as moléculas de água co-cristalização

incluídos em uma esfera de 8 de raio centrada nas coordenadas de íons de zinco, será removido (1006, 1165, 1252, 1425,1674, 1676, 1677,1678 , 1680, 1684, 1686), porque num ambiente biológico, um ligando poderia substituir umamolécula de água e, a acoplagem molecular é impossível simular.

Cor da molécula por átomo ( View -> Color -> por átomo )Seleccionar os resíduos dentro de uma esfera de 8 raio centrado no ião de zinco ( ver acima ).Editar -> Excluir -> Resíduo , verifique Mantenha a janela aberta , clique duas vezes sobre FPP e 739 na lista de resíduos.Remova todas as moléculas de água visíveis clicando sobre eles na janela principal.Exibir todos os átomos ( View -> Selecionar -> Todos )Salve a molécula ( 1QBQ_dock ) em IFF / RIFF e PDB 2,2 formatos. O arquivo PDB é exigido por Fred para realizar oencaixe.

A proteína está agora pronta para o encaixe.

8 Ligand construção e busca conformacional

Nesta seção será explicado como um ligante ( composto 4 ) relatou no jornal foi construído e como foi realizada a análiseconformacional. Esta etapa é necessária para o software de ancoragem de considerar a flexibilidade porque ambos ligando ligando e deproteína são mantidos rígida.

Criar um espaço de trabalho vazio em VEGA ZZ ( File -> New ).Comece ISIS / Draw, selecionando Edit -> ISIS / sorteio .Desenhe o seguinte molécula:

No menu principal do ISIS / Draw, selecionar VEGA ZZ -> Enviar a VEGA . A molécula será enviado a Vega ZZ eautomaticamente convertido de 2D para 3D.

Verificar ambos os centros quirais, porque a conversão não é capaz de fixar-los: a primeira, no interior do anel pyridodioxane,deve ser de R , a qual (de carbono alfa do grupo metionina) deve ser S .Se os dois centros estão errados ( S, R ), você pode alterá-los invertendo a Z coordenadas átomo ( Edit -> Coordenadas ->Invert Z ). Este procedimento permite obter o enantiómero.Se apenas um centro quiral é errado, trocar dois títulos selecionando Editar -> Alterar -> troca de títulos e clique dois átomosligados ao centro quiral.

A análise conformacional subseqüente será realizada pela AMMP aplicação das SP4 parâmetros de campo de força que são atribuídosdinamicamente a partir dos tipos de ligação (simples, parcial duplo, duplos e triplos). Por esta razão, a ordem de ligação deve ser

corretamente atribuído, mas olhando a estrutura do ligando você pode ver que o grupo carboxilato metionina tem dois átomos deoxigênio ligados por ligações simples e duplas em vez de duas ligações duplas parciais.

No menu principal, selecione Editar -> Alterar -> James Bond Tipo, escolha uma ligação e duplo parcial em ? Wath e tipode Bond caixas.Clique no carboxilato de carbono e um de oxigênio. Repita a operação para a segunda oxigénio.Clique na Feito botão no Bonds janela.

Nesta etapa, a estrutura ligante precisa de uma minimização de energia, a fim de refinar a estrutura 3D. A atribuição de custos e

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potenciais não é necessária porque foi feito automaticamente durante a conversão em 3D.

Selecione Calcular -> AMMP -> Minimização , na minimização AMMP janela, clique no padrão botão, mudar Toler para0,01 e Conjugado gradientes como algoritmo de minimização. Para iniciar o cálculo, pressione o botão Run botão. Aminimização irão convergir na poucos passos porque a estrutura anteriormente foi optimizado pela conversão 3D.Remova as etiquetas de átomos ( View -> átomo Etiqueta -> Off ).Salve a molécula em IFF / RIFF formato ligand4.iff .

Agora vamos fazer a busca conformacional baseado no algoritmo de salto Boltzman porque a pesquisa sistemática é muito caro emtermos de tempo, devido aos nove torções flexíveis da molécula.

Abra a busca conformacional AMMP janela de diálogo ( Calculate -> AMMP -> busca conformacional ) e pressione opadrão botão.Na parâmetros Pesquisa caixa, selecione Boltzman salto como método , coloque 5000 Passos , 60 graus como torção RMSDe 2000 K como temperatura ( Temp. ).Verifique Minimizar todas as conformações , coloque 300 degraus e 0,01 Toler .

Você deve definir os ângulos de torção que serão alterados durante a análise conformacional:

Pressione o botão Editar torção no botão parâmetros Pesquisa caixa: as ferramentas de seleção será mostrada.Nessa janela de diálogo, selecione Editar -> Todos os torções flexíveis : os ângulos de torção flexíveis são automaticamentedetectados e mostrados na janela principal.Clique em Concluído para confirmar as torções.

Verifique Trajetória e Energia para salvar todas as 5.000 conformações no compound4.dcd arquivo ea energia de cadaconformação no compound4.ene arquivo.Para iniciar o cálculo, clique em Executar botão.

A abordagem salto Boltzmann gera as conformações aleatoriamente sem verificar se eles são semelhantes. Por esta razão, a análise decluster deve ser realizada:

No menu principal, selecione Calcular -> Análise .Na análise da trajetória da janela, clique no botão Abrir, selecione e abra o compound4.dcd arquivo.Selecione o Cluster aba, escolha Torsion RMSD no Método caixa, verifique Poupe energia , desmarque átomos ativos apenase colocar 90 graus no RMSD campo.Pressione o botão OK botão e salvar a nova trajetória como compound4_clust em Mol2 vários modelo de formato (esteformato é exigido por Fred).O novo arquivo trajetória irá conter cerca de 50 conformações, o melhor um para cada cluster.Vá para o diretório que contém o arquivo e renomeá-se de compound4_clust.ml2 para compound4_clust.mol2 .

ATENÇÃO:Devido à natureza estocástica da abordagem salto de Boltzmann, executando dois tipos de análise conformacional da mesma molécula,pode-se obter resultados diferentes (por exemplo, número de pólos diferente).

9 Definição da região de encaixe

Como explicado acima, o estudo de encaixe serão realizadas por Fred OpenEye. Este software requer um arquivo especial chamado

caixa definindo a região do espaço FTase em que o ligante será encaixado. Assumimos que o ligando, desenvolvido como antagonista,pode ocupar a bolsa catalítica na qual o FPP e L739, 750 são colocados na estrutura de cristal. Por esta razão, a caixa pode serdefinido por FPP, L739, 750 átomos e os iões de zinco (conhecida por desempenhar um papel importante na catálise). Para incrementaras possibilidades de encaixe, a caixa será ampliada de 8 em todos X, Y, Z dimensões (veja a próxima seção).

Limpar o espaço de trabalho atual, selecionando Arquivo -> Novo .

Abra o 1JCQ_min.iff arquivo ( File -> Open ).

Usando a seleção Atom ferramenta ( View -> Selecionar -> Custom ), selecione o íon zinco, escolhendo o Atoms

guia, pressionando o reset botão, clicando ZN * no Atom coluna, escolhendo normal na Seleção caixa e,

finalmente, clique no + botão .

Pressione o botão reset botão, selecione 739 na Resíduo coluna, escolha de aditivos na seleção caixa e clique

no botão + botão.

Repetir o passo anterior seleccionando FPP no resíduo da coluna.

Remova os átomos invisíveis ( Edit -> Remover -> átomos invisíveis ).

Salve a molécula como caixa em Mol2 formato de arquivo.

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Vá para o diretório que contém o arquivo e renomeá-se de box.ml2 para box.mol2 .

10 encaixe Molecular

Para executar o encaixe, você deve ter os seguintes arquivos no mesmo diretório:

O nome do arquivo Descrição

1JCQ_dock.pdb FTase estrutura refinada sem os ligandos co-cristalizadas (FPP e L739, 750) e as moléculas de água nointerior de uma esfera de 8 raio centrado no ião zinco.

box.mol2 Átomos subconjunto definindo a região de FTase no qual o ligando vai ser encaixada.

compound4_clust.mol2 Conformações ligando usado para simular a sua flexibilidade.

AVISO:Você deve ter o diretório de instalação OpenEye no caminho de procura de outra forma você deve digitar o caminho completo paraexecutar Fred.

Abra o prompt de comando.Altere o diretório atual para a pasta que contém os arquivos de encaixe ( cd de comando).Digite este comando e pressione Enter:

Fred2-pro 1JCQ_dock.pdb-box box.mol2-addbox 8 dbase compound4_clust.mol2-oformat mol2 -Conftest nenhum prefixo 1JCQ-compound4-refinar lig_mmff

em que:

Opção Argumento Descrição

-Pro 1JCQ_dock.pdb O nome do arquivo da estrutura de destino no qual o ligante será encaixado.

-Box box.mol2O nome do arquivo do arquivo caixa que define a região de destino no qual oligante será encaixado.

-Addbox 8 Expandir o tamanho da caixa de 8 para cada dimensão.

-Dbase compound4_clust.mol2Banco de dados contendo todas as estruturas / conformações que seráencaixado.

-Oformat mol2 Salvar as estruturas ancorados em mol2 arquivos de vários modelos.

-ConftestnenhumDesativar a verificação de banco de dados para encontrar estruturas

redundantes. Se você não especificar esta opção, uma conformação só estáencaixado.

-Prefix 1JCQ-compound4 Prefixo usado nomear os arquivos de saída.

-Refinar MMFF Minimizar cada complexo utilizando o campo de força MMFF.

Para uma descrição da teoria Fred e para uma descrição mais exaustiva dos parâmetros de comando, consulte adocumentação do software.

Aguardar o fim do cálculo.

Fred gera um * _docked.mol2 e _scores.txt * arquivo para cada função de pontuação:

Arquivo Contagem

1JCQ-compound4_chemgauss2_docked.mol21JCQ-compound4_chemgauss2_scores.txt

ChemGauss 2 Texto original

The Threshold field allow to number of selected residues.

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1JCQ-compound4_chemscore_docked.mol21JCQ-compound4_chemscore_scores.txt

ChemScore

1JCQ-compound4_consensus_docked.mol21JCQ-compound4_consensus_scores.txt

Consenso. Esta não é uma função de pontuação real, porque é o resumo de todasas funções de pontuação. O Consenso de um composto / conformação é calculadacomo a soma de posição de classificação de cada função pontuação na lista depontuação (ChemGauss 2 + ChemScore Plp + + + ScreenScore ShapeGauss). Aprimeira molécula na lista de consenso é o melhor global ancorada considerandotodos os métodos de pontuação.

1JCQ-compound4_plp_docked.mol21JCQ-compound4_plp_scores.txt

Plp

1JCQ-compound4_screenscore_docked.mol21JCQ-compound4_screenscore_scores.txt

ScreenScore

1JCQ-compound4_shapegauss_docked.mol21JCQ-compound4_shapegauss_scores.txt

ShapeGauss

Os arquivos contêm. Mol2 o ligante posa com a mesma ordem dos arquivos txt. Pontuação correspondente a partir do melhor para opior complexa.

11 Análise dos resultados de encaixe

A análise dos resultados de encaixe será realizada pela VEGA ZZ. Como primeiro passo, você precisa escolher o encaixe pose e àmontagem do complexo porque os mol2 arquivos contém o ligante só que sem a estrutura FTase.

Como um exemplo, queremos analisar o melhor complexo classificado pela pontuação consenso.Em VEGA ZZ, abra o 1JCQ_dock.iff arquivo.Em uma nova área de trabalho abrir o 1JCQ-compound4_consensus_docked.mol2 (clique em Novo espaço de trabalho namolécula colocando janela).Na janela de análise de trajetória, você pode selecionar a pose movendo o controle deslizante ou digitando o número representar

no número do quadro de campo. A melhor consenso pose é o primeiro, e por isso você deve selecioná-lo.

Para colocar o ligante dentro da estrutura FTase você deve copiar e colar.

No menu principal, selecione Editar -> Copiar .Alterar o espaço de trabalho atual clicando no 1 JCQ_dock etiqueta na parte inferior da área de exibição 3D.Escolha Editar -> Colar : o ligando vai ser inserido na estrutura da proteína.

A visão é um pouco caótico, porque todos os átomos são mostradas. Para simplificar, você pode selecionar os resíduos mais perto doligante:

Mostrar o ligante, selecionando View -> Selecionar -> Molecule , clique na última molécula na lista da Seleção molécula (s)janela, pressione o botão Select botão.Selecione Exibir -> Selecionar -> Custom , escolha a proximidade guia, clique em um átomo ligante na janela principal,seleccione Resíduos no que box, Molecule no Cerca de caixa e normal na Seleção caixa. Coloque 4 como Radius e clique nobotão + botão: os resíduos com uma distância inferior a 4 serão mostrados.Olhar e encontrar as melhores resíduos interação.

Outra possibilidade de análise, é a utilização da Vega ZZ Avaliação da interacção de ferramenta, que exige que osencargos atómicas e o campo de força CVFF atribuído correctamente:

Corrigir as cargas atômicas ( Gasteiger ) e os tipos de átomos ( CVFF ), conforme explicado na preparaçãoproteína seção.Escolha do ligando, tal como explicado acima.No menu principal, selecione Calcular -> Interações.

Clique em um átomo de um ligante para colocar o que no Resíduo / ligante de campo.

Altere a constante dielétrica 20 , a fim de não superestimar as interações eletrostáticas. Lembre-se que aconstante dentro de uma proteína dielétrico é desconhecido e por isso pode possível que você precisa de mais

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testes para ajustar o valor.

Um bom valor é de 3 %, o que significa que osresíduos que contribuem mais do que 3%, no cálculo da energia de interacção são apresentados.

No Visualization caixa, verifique Ligante , Melhores resíduos , resíduos Pior e água .

Na Cor caixa, verifique Ligand por átomo e energia por resíduo .

Pressionando o Evaluate botão, o melhor (atraente, ciano ) e os piores (repulsivo, vermelho resíduos) sãomostrados e no console, são relatadas as energias de interação para cada resíduo (em primeiro lugar osatrativos).

12 Dicas & Truques

Você deve repetir a análise da interação mais vezes ajustar os parâmetros para obter uma visão bastante clara.Lembre-se que salvar o complexo no IFF / RIFF formato, a seleção átomo, as cores são mantidas e astransformações mundiais (rotação, translação e escala). Isso é útil para salvar a visão atual.Repita a análise por mais de uma pose (geralmente cerca de cinco) porque não é certo que o primeiroclassificado pose é o melhor também.Repita a análise de mais de uma função de pontuação. Isso é necessário na primeira acoplagem, a fim deescolher a função mais sensata para o seu problema específico.Se você tem um número razoável de ligantes), para minimizar os complexos com NAMD usando o mesmoprocedimento explicado nos 5 e 6 seções deste tutorial.Você poderia considerar a possibilidade de aplicar restrições de átomos durante a minimização de preservarparcialmente a estrutura de cristal, mas se você quiser todos os átomos livres para se mover, lembre-se deapagar as duas últimas linhas do arquivo de entrada NAMD.

O Limiar de campo permitem número de resíduos selecionados.