UvA-DARE is a service provided by the library of the University of Amsterdam (http://dare.uva.nl)

UvA-DARE (Digital Academic Repository)

The microbiome and its therapeutic potential in inflammatory bowel diseases

Rossen, N.G.M.

Link to publication

Citation for published version (APA):Rossen, N. G. M. (2016). The microbiome and its therapeutic potential in inflammatory bowel diseases.

General rightsIt is not permitted to download or to forward/distribute the text or part of it without the consent of the author(s) and/or copyright holder(s),other than for strictly personal, individual use, unless the work is under an open content license (like Creative Commons).

Disclaimer/Complaints regulationsIf you believe that digital publication of certain material infringes any of your rights or (privacy) interests, please let the Library know, statingyour reasons. In case of a legitimate complaint, the Library will make the material inaccessible and/or remove it from the website. Please Askthe Library: https://uba.uva.nl/en/contact, or a letter to: Library of the University of Amsterdam, Secretariat, Singel 425, 1012 WP Amsterdam,The Netherlands. You will be contacted as soon as possible.

Download date: 17 Mar 2021

197

CONTRIBUTING AUTHORS

Bart ADepartment of Medical Microbiology, Parasitology Section, Academic Medical Cen-ter, Amsterdam, The Netherlands

Bennebroek FDepartment of Clinical Methods & Public Health, Academic Medical Center, Amster-dam, The Netherlands

Boonstra KDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

van den Brande JHMDepartment of Gastroenterology & Hepatology, Tergooi, Hilversum and Blaricum, The Netherlands

van den Brink GRDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

MacDonald JKDivision of Gastroenterology, Robarts Clinical Trials, Robarts Research Institute, The University of Western Ontario, London, Canada and Amsterdam, Ontario, Canada

Duflou ADepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

Fuentes SLaboratory of Microbiology, Wageningen University, Wageningen, the Netherlands

van Gool TDepartment of Medical Microbiology, Parasitology Section, Academic Medical Cen-ter, Amsterdam, The Netherlands

198

Addendum

de Groof EJDepartment of Surgery, Academic Medical Center, Amsterdam, the Netherlands

de Groot PFDepartment of Vascular Medicine, Academic Medical Center, Amsterdam, The Neth-erlands

D’Haens GRAMDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

Hageman IDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

Hartman JHALaboratory of Microbiology, Wageningen University, Wageningen, the Netherlands

Heilig HGLaboratory of Microbiology, Wageningen University, Wageningen, the Netherlands

Huuskonen LDepartments of Bacteriology and Immunology and Veterinary Biosciences, Univer-sity of Helsinki, Helsinki, Finland

Karregat EPMDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

Kingma PJDepartment of Gastroenterology & Hepatology, Tergooi, Hilversum and Blaricum, The Netherlands

Kootte RDepartment of Vascular Medicine, Academic Medical Center, Amsterdam, The Neth-erlands

199

Contributing authors

Löwenberg MDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

Mallant-Hent RCDepartment of Gastroenterology & Hepatology, Flevohospital, Almere, The Nether-lands

Mathus-Vliegen EMHDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

Mundt MWDepartment of Gastroenterology & Hepatology, Flevohospital, Almere, The Nether-lands

Naber AHJDepartment of Gastroenterology & Hepatology, Tergooi, Hilversum and Blaricum, The Netherlands

van Nood EDepartment of Internal Medicine, Academic Medical Center, Amsterdam, The Neth-erlands

Ponsioen CYDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

van Rhijn BDDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

van der Spek MJDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

Tijssen JGPDepartment of Cardiology, Academic Medical Center, Amsterdam, The Netherlands

200

Addendum

Verhaar NDepartment of Medical Microbiology, Parasitology Section, Academic Medical Cen-ter, Amsterdam, The Netherlands

de Vos WMDepartments of Bacteriology and Immunology and Veterinary Biosciences, Univer-sity of Helsinki, Helsinki, FinlandLaboratory of Microbiology, Wageningen University, Wageningen, the Netherlands

de Vries EMGDepartment of Gastroenterology and Hepatology, Academic Medical Center Amster-dam, the Netherlands

Zoetendal EGLaboratory of Microbiology, Wageningen University, Wageningen, the Netherlands

201

LIST OF PUBLICATIONS

Rossen NG, Fuentes S, Boonstra K, D’Haens GR, Heilig HG, Zoetendal EG, de Vos WM, Ponsioen CY. The mucosa-associated microbiota of PSC patients is character-ized by low diversity and low abundance of Uncultured Clostridiales II.Journal of Crohn’s and Colitis. 2015; Apr;9(4):342-8

Rossen NG, Bart A, Verhaar N, van Nood E, Kootte R, de Groot PF, D’Haens GR, Ponsioen CY, van Gool T. Low prevalence of Blastocystis sp. in active ulcerative colitis patients.European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 2015 May;34(5):1039-44

Rossen NG, MacDonald JK, de Vries EM, D’Haens GR, de Vos WM, Zoetendal EG, Ponsioen CY. Fecal microbiota transplantation as novel therapy in gastroenterology: A systematic review.World Journal of Gastroenterology. 2015 May 7;21(17):5359-71

Rossen NG, Fuentes S, van der Spek MJ, Tijssen JG, Hartman JH, Duflou A, Löwen-berg M, van den Brink GR, Mathus-Vliegen EM, de Vos WM, Zoetendal EG, D’Haens GR, Ponsioen CY. Findings from a randomized controlled trial of fecal transplantation for patients with ulcerative colitis.Gastroenterology. 2015 Jul;149(1):110-118

Reply.Ponsioen CY, Zoetendal EG, Rossen NG, Fuentes S, de Vos WM.Gastroenterology 2015 Nov 23 [Epub ahead of print]

203

PhD PORTFOLIO

Name PhD student: NGM RossenPhD period: october 2010 - december 2014PhD supervisors: Dr CY Ponsioen, Prof dr GRAM D’Haens and dr E Zoetendal

PhD training Year ECTS*

Courses 2011-2014

Practical biostatistics 1.1

DNA Technology 2.1

Advanced Topics in Clinical Epidemiology 0.9

Systematic Reviews 0.7

Good Clinical Practice 0.9

Specific courses, seminars and masterclasses

Masterclass Prof. dr. Martin Blaser, AMC 2014 0.2

Host-Microbe Interaction in the Intestinal Tract, Kiel, Germany 2011 1.0

Weekly department seminars Gastroenterology and Hepatology 2010-2015 4

Gutclub meetings 2010-2014 1.6

Presentations and conferences

European Crohn’s and Colitis Organisation, Barcelona, Spain (oral presentation) 2015 0.5

Nederlandse Vereniging voor Gastro-enterologie, Veldhoven, the Netherlands (oral presentation)

2011-2015 2

Digestive Disease Week, Chicago, USA (oral presentation, 2 poster presentations)

2014 1.5

Falk symposium, Paris, France (poster presentation) 2014 0.5

European Association for the Study of the Liver, London, England (poster presentation)

2014 0.5

United European Gastroenterology Week, Vienna, Austria 2014 0.75

European Crohn’s and Colitis Organisation, Copenhagen, Denmark (2 poster presentations)

2014 1.0

European Society of Gastroenterology and Endoscopy Nurses and Associates, Berlin, Germany (invited presentation)

2013 0.5

Falk symposium, Stuttgart, Germany 2013 0.5

European Crohn´s and Colitis Organisation, Vienna, Austria 2013 0.75

Digestive Disease Week, San Diego, USA (poster presentation) 2012 0.5

Voorjaarscongres Verpleegkundigen & Verzorgenden Nederland Maag Darm Lever (V&VN MDL), Veldhoven, the Netherlands (invited presentation)

2012 0.5

United European Gastroenterology Week, Amsterdam, the Netherlands (poster presentation)

2012 0.5

Host-Microbe Interaction in the Intestinal Tract, Kiel, Germany (2 poster presentations)

2011 1.0

204

Addendum

Teaching, lecturing

Patient association ‘Crohn en Colitis Ulcerosa Vereniging Nederland’ (CCUVN), Apeldoorn, the Netherlands

2014 0.5

Lecture for pharmaceutical representatives 2012-2014 3.0

Tutoring 2nd year medical students (science course) 2011-2014 3

Teaching biomedical students 2014 1

Lecturing on medical research, CCUVN, patient federation, Alkmaar, the Netherlands

2011 0.5

Student coaching

L. Philipszoon, protected biopsies in IBD 2014 1.0

E. Beerman, microbiota in Crohn’s disease 2014 1.0

P. van Hamersveld, microbiota in Crohn’s disease 2014 1.0

N. Baldewpersad, Quality of life after Fecal Microbiota Transplantation 2013 1.0

I. Hageman, epidemiology of IBD 2013 1.0

K. Kremer, epidemiology of IBD 2012 1.0

E. Karregat, epidemiology of IBD 2011 1.0

Other

Reviewer, Animated Atlas of Crohn’s disease & ulcerative colitis 2011 0.5

* European Credit Transfer System

205

CURRICULUM vITAE

Noortje Rossen was born in Bemmel on the 8th of December 1983. She grew up in the same village with her parents and two sisters. She finished her secondary school at Stedelijk Gymnasium in Nijmegen. She moved to Amsterdam in 2002 to receive her medical training at the University of Amsterdam - Academic Medical Center (AMC) -. During her training, she did a scientific internship in Blantyre, Malawi and an internship tropical medicine in Same, Tanzania. After graduation, she started her first job in internal medicine at the Kennemer Gasthuis in Haarlem. By the end of 2010, she started her PhD project on the role of the microbiome in inflammatory bowel diseases at the AMC, in cooperation with Wageningen Research Center under supervision of Cyriel Ponsioen, Geert D’Haens and Erwin Zoetendal. On the first of January 2015, she started her training in Gastroenterology at the VU Medical Center with a two-year residency at the Department of Internal Medicine in the Medical Center in Alkmaar.

207

DANK!

Dit proefschrift is het resultaat geweest van een samenwerking met velen van wie ik enkelen in het bijzonder wil bedanken:

Alle patiënten die bereid waren hun kwetsbaarheid, ervaringen, bloed, weefsels en visie op wetenschappelijke ontwikkelingen met mij te delen, met name de patiënten met colitis ulcerosa die deelnamen aan een experimentele behandeling in het kader van de TURN trial. Ik heb ontzettend veel van jullie geleerd.

Alle donoren die elke fecestransplantatie weer mogelijk maakten, presteren onder druk is een gave.

Opponenten: Prof. drs. J.W.F.M. Bartelsman, Prof. dr. G.R. van den Brink, Prof. dr. M. Nieuwdorp, Prof. dr. J. Raes en Prof. dr. B.J.M. Witteman, hartelijk dank voor het beoordelen van mijn proefschrift en de bereidheid plaats te nemen in mijn promo-tiecommissie.Dr. Ponsioen, Cyriel: onder leiding van jou begon ik aan een nieuw onderzoeksgebied binnen de chronische darmziekten. Met bewondering ben ik tijdens mijn promotie getuige geweest van je tomeloze inzet en brede interesse voor de wetenschap en het vakgebied, nooit zonder het belang van patiënten uit het oog te verliezen. Daar-naast liet je me vrij een zelfstandig onderzoeker te worden, dank voor je vertrouwen.Prof. D’Haens, Geert: jij arriveerde iets later in het AMC dan ik en nam moeiteloos de rol van promotor op je. Jouw doelgerichtheid en enthousiasme voor de IBD heeft me enorm geïnspireerd, zo ook je organisatietalent. Dank dat je mijn promotor wilde zijn.Dr. Zoetendal, Erwin: weg van de drukte in het AMC lukte het ons vanuit het mi-crobiologielab in Wageningen met afstand naar onze patiënten, de fecesmonsters en weefsels te kijken. Van jou leerde ik op een systematische manier analyses te verrichten en artikelen te schrijven met goede papers tot gevolg, dank daarvoor.Dr. Fuentes, Susana: I admire the way you’ve been working on many different projects without any loss of detail. It was fun to work together!Prof. de Vos, beste Willem: dank voor je kritische noot, de prettige samenwerking en de vloeiende organisatie vanuit Wageningen en Helsinki.

Mijn paranimfen Kirsten en Marieke, dit moet een gouden combinatie zijn om mij bij te staan op het podium. Kirst, jij was er vanaf het begin van mijn promotie bij. Dank voor je oprechte interesse, steun en lol die we samen hebben. Marieke, jij bent er altijd als ik het even niet meer weet, en gelukkig ook als ik het wel weet… Ik heb het

208

Addendum

volste vertrouwen in jou als paranimf – om die reden zelfs twee vermeldingen in mijn dankwoord – Dank dat jullie naast me staan!

Lokale onderzoekers uit TerGooi en het Flevoziekenhuis: Paul Kingma, Ton Naber, Jan van den Brande, Rosalie Mallant en Marco Mundt, en ook de studenten uit het AMC: dank voor de samenwerking in het grote IBD cohort.

Iedereen die betrokken was bij de TURN trial:Lieve IBD-verpleegkundigen: Mirjam, Florien, Suzan en Maria, zonder jullie was deze trial onuitvoerbaar. Tom van Gool, Aldert Bart, Nienke Verhaar, Hans Zaaijer, Janke Schinkel, Caroline Visser: dank voor alles rondom de patiënt en donorscreening. Jan Tijssen en Jan van der Meer, dank voor de statistische hulp en het bewaken van de veiligheid van de behandeling. Endoscopieverpleegkundigen, assistentes en sterili-satiemedewerkers: Ann, Hedwig, Saskia, Lydia, Berna, Jolanda, Max, John, Marion en Ria: dank voor het inbrengen van alle sondes, het begeleiden van patiënten in de trial en andere bezigheden. Els, Anne, Pieter en Ruud: het was fijn mijn fascinatie voor poep en alle dilemma’s rondom fecestransplantatie met jullie te kunnen delen waar dat voor anderen soms wat ver ging…

Lieve collega’s: Tessa, Thomas, Koen, Charlotte, Fraukje, Bram, Joep, Sascha, Hannah, Hanke, Joline en Liesbeth, promoveren met jullie was 1 groot avontuur!

Claire, Floor, Annemarie en andere lieve vrienden: fijn dat jullie er voor me zijn. Gordana: you made my thesis art! Rinie: je bent de allerliefste moeder. Papa en Monique: veel dank voor jullie betrokkenheid en steun. Zusjes: het is fijn tussen jullie in, ik zou niet weten wat ik zonder jullie moest.

NR 2016