surveillance de la covid-19 dans les eaux usées à ottawa
TRANSCRIPT
Faculté de génie | Faculty of Engineering
Surveillance de la COVID-19 dans les eaux usées à Ottawa et Gatineau
Elisabeth Mercier; Patrick M. D’Aoust; Dr. Robert Delatolla, PhD; Alex MacKenzie, MD, PhD
Faculté de génie | Faculty of Engineering
Qui sommes nous?
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Faculté de génie | Faculty of Engineering
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Station d’épuration des eaux usées
STEP/SEEU DE GATINEAU
STEP/SEEU DE OTTAWA
Réseau d’égouts combiné
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Précipitation
Infiltration Flux IndustrielCommercialRésidentiel
Approvisionnement d’eau
Échantillonnage
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Faculté de génie | Faculty of Engineering
Flux de travail
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Détection
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Ammorces et sondes PCR
Séquence Référence
2019-nCoV_N1 forward primer (IDT) GAC CCC AAA ATC AGC GAA AT (CDC, 2020)
2019-nCoV_N1 reverse primer (IDT) TCT GGT TAC TGC CAG TTG AAT CTG (CDC, 2020)
2019-nCoV_N1 probe (IDT) 6-FAM-ACC CCG CAT/ZEN/ TAC GTT TGG TGG ACC-IOWA BLACK FQ (CDC, 2020)
2019-nCoV_N2 forward primer (IDT) TTA CAA ACA TTG GCC GCA AA (CDC, 2020)
2019-nCoV_N2 reverse primer (IDT) GCG CGA CAT TCC GAA GAA (CDC, 2020)
2019-nCoV_N2 probe (IDT) 6-FAM-ACA ATT TGC/ZEN/CCC CAG CGC TTC AG-IOWA BLACK FQ (CDC, 2020)
2019-nCoV_N3 forward primer (IDT) GGG AGC CTT GAA TAC ACC AAA A (CDC, 2020)
2019-nCoV_N3 reverse primer (IDT) TGT AGC ACG ATT GCA GCA TTG (CDC, 2020)
2019-nCoV_N3 probe (IDT) 6-FAM/AYC ACA TTG/ZEN/GCA CCC GCA ATC CTG-IOWA BLACK FQ (CDC, 2020)
Sarbeco_E forward primer (IDT) ACA GGT ACG TTA ATA GTT AAT AGC GT (Corman et al., 2020)
Sarbeco_E reverse primer (IDT) ATA TTG CAG CAG TAC GCA CAC A (Corman et al., 2020)
Sarbeco_E probe (IDT) 6-FAM-ACA CTA GCC ATC CTT ACT GCG CTT CG-IOWA BLACK FQ
(Corman et al., 2020)
Bacteroides 16S forward primer (HF183) (ABI) ATC ATG AGT TCA CAT GTC CG (Bernhard and
Field, 2000) Bacteroides 16S reverse primer (BacR287) (ABI) CTT CCT CTC AGA ACC CCT ATC C (Green et al.,
2014) Bacteroides 16S probe (BacP234) (ABI) 6-FAM/CTA ATG GAA CGC ATC CC-MGB (Green et al.,
2014)
PMMV forward primer (ABI) GAG TGG TTT GAC CTT AAC GTT GA (Lee et al., 2018)
PMMV reverse primer (ABI) TTG TCG GTT GCA ATG CAA GT (Lee et al., 2018)
PMMV probe (ABI) 6-FAM-CCT ACC GAA GCA AAT G-MGB (Lee et al., 2018)
VSV forward primer (ABI) ATA AGA TAC CGG GCT TGC AC This study
VSV reverse primer (ABI) ACA AAG ACA TGC CCG ACA C This study
VSV probe (ABI) 6-FAM-CCA TGT TGT ATT TGG ACC C-MGB This study
Eukaryotic 18S rRNA primers and probe (ThermoFisher) Proprietary (ThermoFisher Assay ID: Hs03003631_g1) N/A
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% D
étec
tion
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Ottawa
Gatineau
Faculté de génie | Faculty of Engineering
Normalisation
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Ottawa
Donnée en temps réel - Ottawa
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• Nos données sont transmises chaque matin à Santé Publique Ottawa.
• Le signal est 10 foisplus haut qu’en juin.
• Le signal est 2 fois plus haut qu’en septembre.
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30-May06-Jun 13-Jun 20-Jun 27-Jun 04-Jul 11-Jul 18-Jul 25-Jul 01-Aug08-Aug15-Aug22-Aug29-Aug05-Sep12-Sep19-Sep26-Sep 03-Oct 10-Oct0.00E+00
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Ottawa SARS-CoV-2 viral signal in wastewater @ ROPEC's primary sludge Non-Normalized copies (Copies SARS-CoV-2/well)
Avg. viral signal (Copies/copies PMMoV) Daily new cases N1 raw copies N2 raw copies PMMoV Ct
PMMoV Ct
Donnée en temps réel - Ottawa
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• Nos données sont transmises chaque matin à Santé Publique Ottawa.
• Le signal est 10 foisplus haut qu’en juin.
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Ottawa SARS-CoV-2 viral signal in wastewater @ ROPEC's primary sludge Normalized copies (Copies SARS-CoV-2/copies PMMV)
5-data point mid-point moving average Daily new cases
Donnée en temps réel - Ottawa
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• Les données sont partager avec le public au 613covid.ca.
Prochaine étape - Ottawa
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Merci
• CHEO: Alex MacKenzie, Tyson Graber, Jian Jun Jia, Nafisa Neault, Aiman Baig, Stephen Baird, Jason Berman, Alex Munter, Kevin Keohane
• uOttawa: Robert Delatolla, Patrick D’Aoust, Danika Montpetit, Doug Manuel, Daniel Figeys, Janice Mayne, Marc Andre Langlois
• ActivSignal: Ilya Alexandrov, Malcolm MacKenzie
• Ottawa Public Health: Monir Taha, Cam McDermaid
• City of Ottawa: Tammy Rose, Pawel Szulc
• City of Gatineau: Fabien Hollard
• Canadian Water Network: Bernadette Conant (CEO), Mark Servos (University of Waterloo), Mike McKay (University of Windsor), Dominic Frigon (University of McGill) Peter Vanrolleghem (University Laval), Sarah Dorner (Polytechnique Montréal)
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