Structuri supersecundare

Motivul

Michael Rossmann

βββ

3-fosfoglicerat-dehidrohgenaza (leaga NAD)

https://proteopedia.org/

>1000 proteine / motiv Michael Rossmann

Structura butoi TIM Structura butoi TIM (rotatie 90 de grade)

Structuri supersecundare

proteine /

8 lanţuri paralele ()

- conexiune – ext. butoiului

TIM - triozfosfat izomeraza

N

C

1 2 3 4

1,2 2,3 3,4

N

C

1 24 3

1,2

3,4

Structura butoi Structura deschisa

Structuri supersecundare

Carboxipeptidaza (Zn)

(proteină deschisă)

N C

1 234

N C

1 23 4

Motivul cheii grecesti

Nuclează stafilococica

www.slideshare.net

Motivul ruladei

Motivul

Structura proteinei umane

care leaga retinolul

Concavalina A

(fasole)

www3.nd.edu

-cristalin

(in cristalin)

www.slideshare.net

Motivul proteine care interactioneaza

cu ADN-ul)

www.studyblue.com

Motivul -intoarcere-

www.quora.com

Determinarea structurii tertiare

Functia

proteinelor

Specificitatea

enzimelor

Structura

tertiara

Structura

primara

Structura

3DDifractie

raze XRMN

Determinarea structurii proteinelor prin difractie cu raze X:

1. Cristalizarea proteinei

2. Imprastierea radiatiei X de catre planurile cristalului

3. Din diagrama de difractie este modelata harta densitatii electronice

4. Contruirea unui model de proteina pe baza densitatii electronice

Difractia cu raze X

Harta densitatii electronice a complexului

Proteina talomera-ADN

Cristalografie cu raze XHarta tridimensionala

de densitate electronica

Difractia cu raze X

Harta de densitate electronica a moleculelor

unghi de refractie mic Rezolutie modesta (5-6 Å)Forma

generala

Spoturi cu unghi

de refractie mai mareRezolutie medie (3,5 Å)

Traseu lant

polipetidic

Spoturi cu unghi

de refractie mai mareRezolutie medie (3 Å)

Catena

laterala

Spoturi cu unghi

de refractie mai mareRezolutie buna (2,5 Å) Determinarea

pozitiei atomilor

±0,4 Å

Spoturi cu unghi

de refractie mai mare

cristal omogenRezolutie mare (1,9 Å) Pozitia atomilor

±0,2 Å

Harta densitatii electronice

Structura primara

Legaturi

amidice

Resturi din

catena laterala

Structura tridimensionala

Structura quasistatica

rotatii vibratii

Harta de densitate electronica a moleculelor

Determinarea structurii in solutie

Stingerea fluorescentei

Schimb izotopic (H-D)

RMN

Structuri

flexibile

Dicroism circular

in solutie

pubs.rsc.orgwww.isa.au.dk

Structura 3D

a proteinelor

Modele teoretice

Mecanisme de reactie

Similaritati structurale (functionale)

Motivul Rossman Caseta de legare

a nucleotidelor

alcool dehidrogenazalactate dehidrogenaza

Motiv

Rossman

Structura cuaternara

Marianayagam,, N. J. et al., TRENDS in

Biochemical Sciences, 29 (11), 2004

Interactiuni dintre monomeri

Aldolaza KDPG

trimer

Determinarea structurii cuaternare

Structura cuaternara

pubs.rsc.org

Complexul aldolaze KDPG-piruvat

situsul activ (Allard et al., PNAS, 98 (7), 3679, 2001)

Interactiuni dintre monomeri

Determinarea structurii cuaternare

Structura cuaternara

Neuramidaza

Tetramer

(Influenza virus)

Air, G.M.-Influenza Other Respi Viruses. 2012 Jul; 6(4): 245–256.

Interactiuni dintre monomeri

Determinarea structurii cuaternare

Structura cuaternara

Agregarea insulinei intarzie preluarea

acesteia in circulatieInsulina hexamer

http://watcut.uwaterloo.ca/webnotes/Pharmacology/

Interactiuni dintre monomeri

Determinarea structurii cuaternare

Structura cuaternara

UDP-glucoz pirofosforilaza (UGP): a) octamer; b) interactiuni

intre 2 subunitati; c) interactiuni dintre gruparile functionale

Nivele de organizare a structurii proteinelor

Primara

Secundara

Super-secundara

Tertiara

Cuaternara