sas - analytics, business intelligence and data management ... · tentative plan for...

31
Tentative Plan for Standardization of Output for Statistical Analysis Outcomes using XML Masashi Takeyasu Kiyoshi Saburomaru Medical & Pharmaceutical Solution Center CAC Corporation SAS

Upload: vanhuong

Post on 08-Nov-2018

216 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

������������������������� � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � �Tentative Plan for Standardization of Output for

Statistical Analysis Outcomes using XML

Masashi TakeyasuKiyoshi Saburomaru

Medical & Pharmaceutical Solution Center ����CAC Corporation

��SAS� � � � �

2

��������������������������������

�� �� � � � � �

���������� ���������� ���������� ���������� ���������� ���������� ���������� ����������

����������������

�� � � � � �

�A��

��� � �

�B��

��� � �

��� � �

� � � � ���� � ���� � ���� � ���� �

�� � � � �

� � �

3

��������� � � � � ���������� � � � � ���������� � � � � ���������� � � � � ���������� � � � � ���������� � � � � ���������� � � � � ���������� � � � � �

�A��

��� � �

�B��

��� � � ��� � �

� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � � � � � �� � � �� � � �� � � �

� �� � � � � � � �

SAS � � � � �

��� � �

��� � �

��� � �

4

� � � �� �� � � �� �� � � �� �� � � �� �� � � �� �� � � �� �� � � �� �� � � �� �

XMLXML��������ExtensibleExtensible MarkupMarkup LanguageLanguage��������

5

������������������������������������������������

SAS������������������������

� � � � � � � � � � � � � � � �

� � ��� � �� � ��� � �� � ��� � �� � ��� � �� � �� � �� � �� � �

� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

6

� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �

�� � � � � � A �

�� � � � � � B �

2����

� � � � ! " # $� � � � ! " # $� � � � ! " # $� � � � ! " # $

7

� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �

� � % & � � ' # $� � % & � � ' # $� � % & � � ' # $� � % & � � ' # $

( ) *( ) *( ) *( ) *

��

��

8

SASSAS � � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &

DDE����Dynamic Data Exchange������ � � � � � A �

� � � � � !

" # $ %� � & ' (

� � ) * + � !

, � $ %� - . /

� � )0 � 1 2 � , 3 4

56 7 8 9 : ; < �� � => ? @ A B C D A E F @ G E H H A E I J F K A @ L M C ? N A ? �O P Q K R S P T U K V I =H C W C E X B Y @ @ X =G A W E Z C G A ? B > [ =Z @ C B N \ “ ”]> ? @ A E F @ G E H G H E H @ D \ ^ U _ ^ F =` Y W E a H E b P [ Y ` E � A F E c A ? d M W E e A ? d M W =

P Y B =

9

SASSAS � � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &� � � ! " # $ �% &

DDE����Dynamic Data Exchange������ � � � � � B �

� � � � � !

" # $ %� � & ' (

� � ) * + � !

, � $ %� - . /

� � )0 � 1 2 � , 3 4

56 7 8 9 : ; < f � � => ? @ A B C D A E F @ G E H H A E I J F K A @ L M C ? N A ? Z O P g K R S P h U Q K V I =H C W C E X B Y @ @ X =G A W E Z C G A ? B > [ =Z @ C B N \ “ ”]> ? @ A E F @ G E H G H E H @ D \ ^ U _ ^ F =` Y W E a H E b P [ Y ` E � W Y H i � ? W A E � A F E c A ? d M W E e A ? d M W =` Y W E Z @ C B N E Z @ C B N E � C > A W i E �d A E Z @ C B N E Z @ C B N =

P Y B =

10

� � � � � � � � � � � �' (� � � � � � � � � � � �' (� � � � � � � � � � � �' (� � � � � � � � � � � �' (� � � � � � � � � � � �' (� � � � � � � � � � � �' (� � � � � � � � � � � �' (� � � � � � � � � � � �' (

! " #$ % & � ' ( )

! " # * + , - .

' � / 0 12 3 4 5! " 6 7 , - .

8 9 0 1! " : ; <

+ , - � + , - � + , - � + , - �

= > ? 9

��� � � ��� � �

��� � �@ A ?B C D E

11

������������������������������������������������

SAS������������������������

� � � � � � � � � � � � � � � �

� � ��� � �� � ��� � �� � ��� � �� � ��� � �� � �� � �� � �� � �

� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

12

XMLXML " )" )" )" )" )" )" )" )

����������� �������

� � �� � � � � �� � � � ! " # $ %

& ' ( )

� * + , - � . / 0 � � �� 1 2 3 4 5 6� � ��7 . SAS� � �8 9 # �� � �� � �: ; < = > ? @

13

XMLXML��������������������������������������������������������

���������������������������

���������������������������

CSV����Comma Separated Values����

F,�G ) H � I , J K L M N O P D EQ R S 3 , - . P T U V ; W X �Y Z U [ \ ] ^ P _ ? W ` a b cd e ^ M f g h i Z - . �

����������������������������� !"#����$

�%� &'$

��('$

�(�� )$����*(�� )$

��$����*�$

���+�$�����*��+�$

��!�$�����������*�!�$

��+�$����*�+�$

�,�$����*,�$

�����+�$�����*����+�$

�,$����*,$

����$�����*���$

�*�('$

��('$

�(�� )$� ��*(�� )$

��$���*�$

���+�$����*��+�$

��!�$����������*�!�$

��+�$����*�+�$

�,�$�������*,�$

�����+�$������*����+�$

�,$�����*,$

����$����*���$

�*�('$

�*%� &'$

XML����Extensible Markup Language����

FY � I j k l m . n o ? p q r [s t ^ M X � Y W \ ] u v d w x[ y z , { . �

< � �� �� �� � >

14

� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

������������������������������������������������������������������������

� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �

����������������

� � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � �� � � � � � � � � � � � �

� � � � ! " � � �� � � � ! " � � �� � � � ! " � � �� � � � ! " � � �� � � � ! " � � �� � � � ! " � � �� � � � ! " � � �� � � � ! " � � �

����������������

����������������������������������������������������������������

��������MailMail########FTPFTP$$$$$$$$HTTPHTTP% & ' � ( ) *% & ' � ( ) *% & ' � ( ) *% & ' � ( ) *% & ' � ( ) *% & ' � ( ) *% & ' � ( ) *% & ' � ( ) *

� ��� ��� ��� ��

XMLXML � � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �

� � �� � �� � �� � �� � �� � �� � �� � � OSOS � � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

15

������������������������������������������������

SAS � � � � � � � � � � � � � � � �

� � � � � �� � � � � �� � � � � �� � � � � �

� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � �� � �� � �� � �

� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

16

�� � � � � ��� � � � � ��� � � � � ��� � � � � ��� � � � � ��� � � � � ��� � � � � ��� � � � � �

�����

� � � � �

�XML � �� � � � � � � � � �

�XML� � � � � �� � � � � � � � � � �

17

��������������������������������������������������������

� � � �� �� ��� � � � �� � �� ��

�� ��� ��� �� � �� � �

�� �� �"! � �# � �� � �

�� �$ % �& �'� �

� �� �( $) *+ � � �, � �

-/. 021 3. 4� �� �5� �6

� �� �78 9 : :;� � � , � � � � �

.� �� �<= >? � � �@

.� �� �A8 BCDEF � GH �,

IJ KIJ LM NIJ O

�PQSR PTUV R WPXTY U Q ZV [ Z XV3' + �+'. TV

�W \R YT [V R VW TTY W P Z T T Z T T-] �^''.V P

�P [R WT PQSR TQ \TY [ [ ZV U ZV [3] �^''.V X

�[ QSR UTU [R [W PTY W Q ZV Q Z T [-' + �+'.V Q

�W [R UTU Y R QX WTY [V ZV P ZV T-' + �''.V T

� � �� ��� � �� � �# � �� � �'� �+ � � �, � �� �6� � � , � � � � �? � � �@EF � GH �,

� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

� � � �� � � �� � � �� � � �

BaseInfoBaseInfo�� � � � � � � ��� � � � � � � ��� � � � � � � ��� � � � � � � ��� � � � � � � ��� � � � � � � ��� � � � � � � ��� � � � � � � �

18

� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �

/* � ! " # $ % & ' ( ' � ) * � + ,� ! " # $ % & ' ( ' � ) * � + ,� ! " # $ % & ' ( ' � ) * � + ,� ! " # $ % & ' ( ' � ) * � + , */%macro OutputMeans(dataset, vVar);

proc univariate data=&dataset. noprint;class group;var &vVar.;output out=&vVar. N=n MEAN=mean STD=std MIN=min

MAX=max MEDIAN=medianQ1=q1 Q3=q3;

run;%mend OutputMeans;

19

� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

/*----. / $ % & ' ( ' � ) * � + ,. / $ % & ' ( ' � ) * � + ,. / $ % & ' ( ' � ) * � + ,. / $ % & ' ( ' � ) * � + , */%macro MacroTtests(dataset, vVar);

ods output Statistics=_Stats Ttests=_Ttests Equality=_Equality;proc ttest data=&dataset.;

class group;var &vVar.;

run;ods output close;

/* P 0 � 1 20 � 1 20 � 1 20 � 1 2 */data t_&vVar.;

merge _Ttests _Equality;by Variable;if ProbF>0.05 and Variances="Unequal" then delete;if ProbF=<0.05 and Variances="Equal" then delete;keep Variances tValue DF Probt;

run;%mend MacroTtests;

20

� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

/*Group � 3 4 5� 3 4 5� 3 4 5� 3 4 5 */proc sort data=Baseinfo out=wk_Base; by group; run;

/* � ! " # � 1 2� ! " # � 1 2� ! " # � 1 2� ! " # � 1 2 */%OutputMeans(wk_Base, Weight); %OutputMeans(wk_Base, Height); %OutputMeans(wk_Base, Age);

/*t . /. /. /. / */%MacroTtests(wk_Base, Weight); %MacroTtests(wk_Base, Height);%MacroTtests(wk_Base, Age);

21

� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �

� � � � � � � ! " #� � � � � � � ! " #� � � � � � � ! " #� � � � � � � ! " #� � � � � � � ! " #� � � � � � � ! " #� � � � � � � ! " #� � � � � � � ! " #

22

XMLXML � � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �� � � �

/*XML 2 6 7 % & ' ( ' � ) * � + ,2 6 7 % & ' ( ' � ) * � + ,2 6 7 % & ' ( ' � ) * � + ,2 6 7 % & ' ( ' � ) * � + , */%macro OutputXML (inlib, file, Dataset);

libname Trans xml "&file." xmltype=generic encoding='UTF-8'; proc copy in=&inlib. out=Trans;

select &Dataset.;run;

%mend OutputXML;

SAS�������� �

�� � � � �

� � � � � ���UTF-8�

! " # ! " # ! " # ! " #

23

XMLXML � � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

/*XML 2 62 62 62 6 */%OutputXML(work, C:¥TEMP¥Weight.xml, Weight); *��������������������������������;%OutputXML(work, C:¥TEMP¥t_Weight.xml, t_Weight); *������������ � � � � ;%OutputXML(work, C:¥TEMP¥Height.xml, Height); * � ������� ������� ������� ������;%OutputXML(work, C:¥TEMP¥t_Height.xml, t_Height); * � �� �� �� � � � � � ;%OutputXML(work, C:¥TEMP¥Age.xml, Age); * � � ������� � ������� � ������� � ������;%OutputXML(work, C:¥TEMP¥t_Age.xml, t_Age); * � � �� � �� � �� � � � � � � ;

�SAS libname � � � � �� � � � ! " � � # $ � % & ' � ( ) " * � �SAS������� + , - � � ' � . / 0

24

XMLXML � � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �� � � � �

����������������������������� !"#����$

�%� &'$

��('$

�(�� )$����*(�� )$

��$����*�$

���+�$�����*��+�$

��!�$�����������*�!�$

��+�$����*�+�$

�,�$����*,�$

�����+�$�����*����+�$

�,$����*,$

����$�����*���$

�*�('$

��('$

�(�� )$� ��*(�� )$

��$���*�$

���+�$����*��+�$

��!�$����������*�!�$

��+�$����*�+�$

�,�$�������*,�$

�����+�$������*����+�$

�,$�����*,$

����$����*���$

�*�('$

�*%� &'$

8 9 � � ! " # �8 9 � � ! " # �8 9 � � ! " # �8 9 � � ! " # �8 9 � � ! " # �8 9 � � ! " # �8 9 � � ! " # �8 9 � � ! " # �XMLXML : ; < = �: ; < = �: ; < = �: ; < = �: ; < = �: ; < = �: ; < = �: ; < = �

25

� � � � � � �� � �� � � � � � �� � �� � � � � � �� � �� � � � � � �� � �� � � � � � �� � �� � � � � � �� � �� � � � � � �� � �� � � � � � �� � �

$ % & ' ($ % & ' ($ % & ' ($ % & ' ($ % & ' ($ % & ' ($ % & ' ($ % & ' ( .. ) � () � () � () � () � () � () � () � (

26

XMLXML���� � � ����� � � ����� � � ����� � � ����� � � ����� � � ����� � � ����� � � �

�age.xml�t_age.xml�height.xml�t_height.xml�weight.xml�t_weight.xml�baseinfo.xml

� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � �� � � � � � � � ��� � � ���� � � ���� � � ���� � � ���� � � ���� � � ���� � � ���� � � � XMLXML

��������������������������������

27

XMLXML���� � � ����� � � ����� � � ����� � � ����� � � ����� � � ����� � � ����� � � �

��������

��������

������������

* �* �* �* �

28

� � ! � � �" # �� � ! � � �" # �� � ! � � �" # �� � ! � � �" # �� � ! � � �" # �� � ! � � �" # �� � ! � � �" # �� � ! � � �" # �

29

������������������������

�XML�������SAS� � � � � ���� � � � � ��� � � � � � � � � � � ! " �# $ %

� � & ' � ( ) * �+ , - , . / � � XML�0' 1 � 2 3 4 ���5 6 7 � . / 8 # $

� 9 : �� � ; < 7 = > ? SAS� � � �. / �@ A �B ����# $ %

30

� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � CDISCCDISC�� ��� ��� ��� ��� ��� ��� ��� ��������������������������������� � �� �� �� �� �� �� �� � XMLXML

XMLXMLXML

CDISCCDISC

++++++++SDTM/ODMSDTM/ODM,,,,,,,,

XMLXMLXML

� � � � � � � � � � � � � � � �

- . / � 0 - . / � 0 - . / � 0 - . / � 0 - . / � 0 - . / � 0 - . / � 0 - . / � 0 Word����HTML����

PDF� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �

����������� ������������ ������������ ������������ �

/ � 0 1 2 3 � 4 5 6 7/ � 0 1 2 3 � 4 5 6 7/ � 0 1 2 3 � 4 5 6 7/ � 0 1 2 3 � 4 5 6 7 8 9 : ; � < ) =8 9 : ; � < ) =8 9 : ; � < ) =8 9 : ; � < ) =

�������� � �� �� �� �

� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � �� � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � � ����� � � �� � �� �� � � �� � �� �� � � �� � �� �� � � �� � �� �

� � �� � �� � �� � � ����

> ? @ A B C D ? E> ? @ A B C D ? E> ? @ A B C D ? E> ? @ A B C D ? E � � � �� � �� �� � � �� � �� �� � � �� � �� �� � � �� � �� �

���������������� � � � � � �� � � � � �� � � � � �� � � � � �