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1.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

1.2 Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

2 Hierarchical Index 3

2.1 Class Hierarchy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

3 Class Index 11

3.1 Class List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

4 File Index 17

4.1 File List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17

5 Class Documentation 21

5.1 RbtNM::AndCriteria< Criteria1, Criteria2 > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . . 21

5.2 CharmmType Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

5.3 Rbt::CyclicAtom Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

5.4 EvaluateVisitor Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

5.5 RbtPolarSF::f1prms Struct Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

5.6 FilterAddExp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

5.7 FilterAndExp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

5.8 FilterDivExp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

5.9 FilterExpExp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

5.10 FilterIfExp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

5.11 FilterLogExp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

5.12 FilterMulExp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

5.13 FilterSubExp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

5.14 FilterVbleExp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

5.15 Rbt::GenomeCmp_Score Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

5.16 RbtCavityGridSF::HeavyAtomFactory Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

5.17 HHS_Solvation Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

5.18 RbtTriposAtomType::info Struct Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

5.19 Rbt::InitHHS Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

5.20 Rbt::InteractionCenterCmp Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

5.21 Rbt::InvertSelectAtom Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30

5.22 Rbt::isAtom_12Connected Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30

5.23 Rbt::isAtom_13Connected Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30

5.24 Rbt::isAtom_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

5.25 Rbt::isAtomAnionic Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

5.26 Rbt::isAtomBridgehead Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

5.27 Rbt::isAtomCationic Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32

5.28 Rbt::isAtomCharged Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32

5.29 Rbt::isAtomCyclic Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

5.30 Rbt::isAtomEnabled Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

Generated by Doxygen

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5.31 Rbt::isAtomExtended Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

5.32 Rbt::isAtomGuanidiniumCarbon Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

5.33 Rbt::isAtomHBondAcceptor Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

5.34 Rbt::isAtomHBondDonor Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

5.35 Rbt::isAtomicNo_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

5.36 Rbt::isAtomId_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

5.37 RbtDockingSite::isAtomInRange Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

5.38 Rbt::isAtomInsideCuboid Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

5.39 Rbt::isAtomInsideSphere Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

5.40 Rbt::isAtomIonic Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

5.41 Rbt::isAtomLipophilic Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

5.42 Rbt::isAtomMetal Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38

5.43 Rbt::isAtomName_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38

5.44 Rbt::isAtomNearCoordList Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

5.45 Rbt::isAtomNegCharged Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

5.46 Rbt::isAtomPlanar Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

5.47 Rbt::isAtomPosCharged Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

5.48 Rbt::isAtomPtr_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

5.49 Rbt::isAtomRNA Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

5.50 Rbt::isAtomSelected Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

5.51 Rbt::isBond_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

5.52 Rbt::isBondAmide Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

5.53 Rbt::isBondCyclic Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

5.54 Rbt::isBondPtr_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

5.55 Rbt::isBondRotatable Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

5.56 Rbt::isBondSelected Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

5.57 Rbt::isBondToNH3 Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

5.58 Rbt::isBondToOH Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

5.59 Rbt::isCavityNearCoord Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

5.60 Rbt::isCoordinationNumber_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

5.61 Rbt::isFFType_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

5.62 Rbt::isGenome_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

5.63 Rbt::isHHSSelected Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

5.64 Rbt::isHHSType_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

5.65 Rbt::isHybridState_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

5.66 Rbt::isInteractionCenterSelected Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

5.67 Rbt::isInteractionD_lt Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

5.68 Rbt::isPiAtom Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

5.69 Rbt::isSegmentName_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

5.70 Rbt::isSubunitId_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

5.71 Rbt::isSubunitName_eq Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

5.72 RbtNM::IterationCriterion Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50


iii

5.73 OccupancyTest Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

5.74 Rbt::OverlapHHS Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

5.75 Rbt::OverlapVariableHHS Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

5.76 Rbt::PartitionHHS Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

5.77 PrettyPrintVisitor Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

5.78 PrintVisitor Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

5.79 RbtDihedral::prms Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

5.80 RbtAlignTransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

5.81 Rbt::RbtAnn_Cmp_AtomId2 Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

5.82 RbtAnnotation Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

5.83 RbtAnnotationHandler Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

5.84 RbtAromIdxSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

5.85 RbtAssert Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56

5.86 RbtAtom Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

5.87 Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomicNo Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59

5.88 Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomId Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59

5.89 Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomName Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59

5.90 Rbt::RbtAtomPtrCmp_Ptr Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59

5.91 RbtBadArgument Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

5.92 RbtBadReceptorFile Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60

5.93 RbtBaseBiMolTransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

5.94 RbtBaseFileSink Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

5.95 RbtBaseFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

5.96 RbtBaseGrid Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

5.97 RbtBaseIdxSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65

5.98 RbtBaseInterSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66

5.99 RbtBaseIntraSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67

5.100 RbtBaseMolecularDataSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

5.101 RbtBaseMolecularFileSink Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

5.102 RbtBaseMolecularFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69

5.103 RbtBaseObject Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

5.104 RbtBaseSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72

5.105 RbtBaseTransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73

5.106 RbtBaseUniMolTransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74

5.107 RbtBiMolWorkSpace Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75

5.108 RbtBond Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

5.109 Rbt::RbtBondPCmp_BondId Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

5.110 RbtCavity Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77

5.111 RbtCavityFillSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77

5.112 RbtCavityGridSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78

5.113 Rbt::RbtCavityPtrCmp_Distance Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79

5.114 Rbt::RbtCavityPtrCmp_Volume Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79


iv

5.115 RbtCellContext Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79

5.116 RbtCellTokenIter Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80

5.117 RbtCharmmDataSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

5.118 RbtCharmmTypesFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

5.119 RbtChrom Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

5.120 RbtChromDihedralElement Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82

5.121 RbtChromDihedralRefData Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

5.122 RbtChromElement Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84

5.123 RbtChromFactory Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85

5.124 RbtChromOccupancyElement Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86

5.125 RbtChromOccupancyRefData Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87

5.126 RbtChromPositionElement Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87

5.127 RbtChromPositionRefData Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

5.128 RbtChromTest Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89

5.129 RbtCommands Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90

5.130 RbtConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90

5.131 RbtConstSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92

5.132 RbtContext Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92

5.133 RbtCoord Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93

5.134 RbtCrdFileSink Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94

5.135 RbtCrdFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95

5.136 RbtCSVFileSink Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95

5.137 RbtDihedral Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96

5.138 RbtDihedralIntraSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96

5.139 RbtDihedralSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97

5.140 RbtDihedralTargetSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

5.141 RbtDirectorySource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

5.141.1 Detailed Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

5.142 RbtDirIsNotAccessible Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

5.143 RbtDockingError Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100

5.144 RbtDockingSite Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100

5.145 RbtElementData Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101

5.146 RbtElementFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101

5.147 RbtEnvNotDefined Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102

5.148 RbtError Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102

5.149 RbtEuler Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103

5.150 RbtFFTGrid Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104

5.151 RbtFFTPeak Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105

5.152 RbtFileError Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105

5.153 RbtFileMissingParameter Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106

5.154 RbtFileParseError Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106

5.155 RbtFileReadError Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107


v

5.156 RbtFileWriteError Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107

5.157 RbtFilter Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108

5.158 RbtFilterExpression Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109

5.159 RbtFilterExpressionVisitor Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110

5.160 RbtFlexAtomFactory Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110

5.161 RbtFlexData Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111

5.162 RbtFlexDataVisitor Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111

5.163 RbtGATransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112

5.164 RbtGenome Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113

5.165 RbtHBAConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113

5.166 RbtHBDConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114

5.167 RbtHeavyConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114

5.168 RbtHHSType Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115

5.169 RbtHydroAliphaticConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116

5.170 RbtHydroAromaticConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116

5.171 RbtHydroConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117

5.172 RbtInteractionCenter Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117

5.173 RbtInteractionGrid Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118

5.174 RbtInteractionGridTemplate< T > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119

5.175 RbtInteractionGridTemplatePtr< T > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120

5.176 RbtInteractionNode< T > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120

5.177 RbtInteractionNodeList< T > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120

5.178 RbtInteractionNodeListMap< T > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121

5.179 RbtInteractionNodeListMapConstIter< T > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . 121

5.180 RbtInteractionNodeListMapIter< T > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121

5.181 RbtInvalidRequest Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122

5.182 RbtLigandError Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122

5.183 RbtLigandFlexData Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123

5.184 RbtLigandSiteMapper Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124

5.185 RbtMCStats Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124

5.186 RbtMdlFileSink Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125

5.187 RbtMdlFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126

5.188 RbtModel Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126

5.189 RbtModelError Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128

5.190 RbtModelMutator Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129

5.191 RbtMOEGrid Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129

5.192 RbtMOEGridPoint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130

5.193 RbtMOEGridShape Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130

5.194 RbtMOL2FileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130

5.195 RbtMOL2Substructure Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131

5.196 RbtNegChargeConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131

5.197 RbtNmrRestraintFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132


vi

5.198 RbtNmrSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133

5.199 RbtNoeEndAtoms Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133

5.200 RbtNoeEndNames Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134

5.201 RbtNoeRestraintAtoms Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134

5.202 RbtNoeRestraintNames Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135

5.203 RbtNoFileInDir Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135

5.204 RbtNonBondedGrid Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135

5.205 RbtNonBondedHHSGrid Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136

5.206 RbtNullTransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137

5.207 RbtObserver Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138

5.208 RbtParameterFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139

5.209 RbtParamHandler Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139

5.210 RbtParser Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140

5.211 RbtPdbFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140

5.212 RbtPharmaSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141

5.213 RbtPlane Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142

5.214 RbtPMFDirSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142

5.215 RbtPMFGridSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143

5.216 RbtPMFIdxSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144


5.216.2 Constructor & Destructor Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

5.216.2.1 RbtPMFIdxSF() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

5.216.2.2 ∼RbtPMFIdxSF() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

5.216.3 Member Function Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

5.216.3.1 GetLinearCloseRangeValue() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

5.216.3.2 RawScore() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

5.216.3.3 SetupLigand() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

5.216.3.4 SetupReceptor() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146

5.216.3.5 SetupScore() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146

5.216.3.6 Update() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146

5.216.4 Member Data Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146

5.216.4.1 _CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146

5.216.4.2 _PMFDIR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146

5.217 RbtPMFValue Struct Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147


5.218 RbtPolarIdxSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147

5.219 RbtPolarIntraSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148

5.220 RbtPolarSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149

5.221 RbtPopulation Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150

5.222 RbtPosChargeConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151

5.223 RbtPrincipalAxes Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151

5.224 RbtPRMFactory Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152


vii

5.225 RbtPseudoAtom Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152

5.226 RbtPsfFileSink Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153

5.227 RbtPsfFileSource Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153

5.228 RbtQuat Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154

5.229 RbtRand Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155

5.230 RbtRandLigTransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155

5.231 RbtRandPopTransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156

5.232 RbtRealGrid Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157

5.233 RbtReceptorFlexData Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158

5.234 RbtRequest Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159

5.235 RbtRequestHandler Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159

5.236 RbtRingAromaticConstraint Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160

5.237 RbtRotSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160

5.238 RbtSAIdxSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161

5.239 RbtSetupPMFSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162


5.239.1.1 GetPMFfor_lC() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163

5.240 RbtSetupPolarSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163

5.241 RbtSetupSASF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164

5.242 RbtSFAgg Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165

5.243 RbtSFDisableRequest Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166

5.244 RbtSFEnableRequest Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166

5.245 RbtSFFactory Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167

5.246 RbtSFPartitionRequest Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167

5.247 RbtSFSetParamRequest Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167

5.248 RbtSimAnnTransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168

5.249 RbtSimpleSolvationParameters Struct Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169

5.250 RbtSimplexCostFunction Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169

5.251 RbtSimplexTransform Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170

5.252 RbtSiteMapper Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171

5.253 RbtSiteMapperFactory Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171

5.254 RbtSolventFlexData Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172

5.255 RbtSphereSiteMapper Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172

5.256 RbtStdRestraintAtoms Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173

5.257 RbtStdRestraintNames Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173

5.258 RbtStringContext Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174

5.259 RbtStringTokenIter Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174

5.260 RbtStringTooLong Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175

5.261 RbtSubject Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175

5.262 RbtTetherSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176

5.263 RbtToken Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177

5.264 RbtTokenIter Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177


viii

5.265 RbtTransformAgg Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178

5.266 RbtTransformFactory Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179

5.267 RbtTriposAtomType Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179

5.268 RbtVariant Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180

5.269 RbtVble Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180

5.270 RbtVdwGridSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181

5.271 RbtVdwIdxSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182

5.272 RbtVdwIntraSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183

5.273 RbtVdwSF Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184

5.274 RbtWorkSpace Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185

5.275 RbtNM::RelativeValueCriterion< DataType > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . 186

5.276 Rbt::RestoreHHS Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186

5.277 Rbt::RotateAtomUsingQuat Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186

5.278 Rbt::RotateAtomUsingQuatIfSelected Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187

5.279 Rbt::SaveHHS Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187

5.280 SearchTest Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187

5.281 Rbt::SelectAtom Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188

5.282 Rbt::SelectFlexAtoms Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188

5.283 Rbt::SelectInteractionCenter Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188

5.284 RbtNM::Simplex< DataType, ParameterType, Function, Criterion > Class Template Reference . . 188



5.284.2.1 GetBestParameters() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189

5.284.2.2 GetBestValue() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189

5.285 Singleton< singleton_type > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189

5.286 SmartPtr< T > Class Template Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190

5.287 RbtNM::State< DataType, ParameterType > Struct Template Reference . . . . . . . . . . . . . . 190


5.288 Rbt::TranslateAtom Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191

5.289 Rbt::TranslateAtomIfSelected Class Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191

6 File Documentation 193

6.1 RbtCSVFileSink.h File Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193

6.1.1 Detailed Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193

Index 195


Chapter 1

Main Page

Figure 1.1 RxDock logo

1.1 Introduction

RxDock is a fast and versatile open-source docking program that can be used to dock small molecules againstproteins and nucleic acids. It is designed for high-throughput virtual screening (HTVS) campaigns and bindingmode prediction studies.

RxDock is mainly written in C++ and accessory scripts and programs are written in C++, Perl or Python languages.

1.2 Documentation

This documentation describes the code that makes up RxDock, a part of which is the application programminginterface (API).

This documentation does not describe the use of RxDock's command-line interface (CLI), the preparation of theinput files, or the post-processing options available for the output files. For usage instructions, please see theGetting started guide, the User guide, and the Reference manual.

While intended for developers, this documentation also does not describe how to format the code, customize thebuild system, use the version control software, write the documentation and tests for the code, or test the codechanges using existing tests. These topics are, among others, covered in the Developer guide.

2 Main Page


Chapter 2

Hierarchical Index

2.1 Class Hierarchy

This inheritance list is sorted roughly, but not completely, alphabetically:

RbtNM::AndCriteria< Criteria1, Criteria2 > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21binary_function

Rbt::isAtom_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31Rbt::isAtomId_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35Rbt::isAtomPtr_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40Rbt::isGenome_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

CharmmType . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21std::vector< T >::const_iterator

RbtInteractionNodeListMapConstIter< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121Rbt::CyclicAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22RbtPolarSF::f1prms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22Rbt::GenomeCmp_Score . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27HHS_Solvation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28RbtTriposAtomType::info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29Rbt::InitHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29Rbt::InteractionCenterCmp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29Rbt::InvertSelectAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30RbtNM::IterationCriterion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50iterator

RbtInteractionNodeListMapIter< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121Rbt::OverlapHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51Rbt::OverlapVariableHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51Rbt::PartitionHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51RbtDihedral::prms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53Rbt::RbtAnn_Cmp_AtomId2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54RbtAnnotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54RbtAnnotationHandler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

RbtAromIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55RbtPMFIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144RbtPolarSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149

RbtPolarIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147RbtPolarIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148

RbtSAIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161RbtVdwSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184

RbtVdwIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182

4 Hierarchical Index

RbtVdwIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183

RbtAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

RbtPseudoAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152

Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomicNo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomId . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomName . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59Rbt::RbtAtomPtrCmp_Ptr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59RbtBaseFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

RbtBaseMolecularFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68RbtCrdFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94RbtCSVFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95RbtMdlFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125RbtPsfFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153

RbtBaseFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

RbtBaseMolecularFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69RbtCrdFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95RbtMdlFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126RbtMOL2FileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130RbtPdbFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140RbtPsfFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153

RbtCharmmTypesFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81RbtElementFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101RbtNmrRestraintFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132RbtParameterFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139

RbtBaseGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

RbtInteractionGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118RbtInteractionGridTemplate< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119RbtNonBondedGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135RbtNonBondedHHSGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136RbtRealGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157

RbtFFTGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104

RbtBaseMolecularDataSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

RbtBaseMolecularFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69

RbtBond . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76Rbt::RbtBondPCmp_BondId . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76RbtBondUnaryPredicate

Rbt::isBond_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41Rbt::isBondAmide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42Rbt::isBondCyclic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42Rbt::isBondPtr_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43Rbt::isBondRotatable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43Rbt::isBondSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43Rbt::isBondToNH3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44Rbt::isBondToOH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

RbtCavity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77Rbt::RbtCavityPtrCmp_Distance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79Rbt::RbtCavityPtrCmp_Volume . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79RbtCharmmDataSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81RbtChromDihedralRefData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83RbtChromElement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84

RbtChrom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81RbtChromDihedralElement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82RbtChromOccupancyElement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86RbtChromPositionElement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87

RbtChromOccupancyRefData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87RbtChromPositionRefData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88


2.1 Class Hierarchy 5

RbtCommands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90RbtConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90

RbtHBAConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113RbtHBDConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114RbtHeavyConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114RbtHydroAliphaticConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116RbtHydroAromaticConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116RbtHydroConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117RbtNegChargeConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131RbtPosChargeConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151RbtRingAromaticConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160

RbtContext . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92

RbtCellContext . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79RbtStringContext . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174

RbtCoord . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93RbtDihedral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96RbtDirectorySource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

RbtPMFDirSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142

RbtDockingSite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100RbtElementData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101RbtError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102

RbtAssert . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56RbtBadArgument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60RbtBadReceptorFile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60RbtDockingError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100RbtFileError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105

RbtDirIsNotAccessible . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99RbtEnvNotDefined . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102RbtFileMissingParameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106RbtFileParseError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106RbtFileReadError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107RbtFileWriteError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107RbtNoFileInDir . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135RbtStringTooLong . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175

RbtInvalidRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122RbtLigandError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122RbtModelError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128

RbtEuler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103RbtFFTPeak . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105RbtFilterExpression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109

FilterAddExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23FilterAndExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23FilterDivExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24FilterExpExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24FilterIfExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25FilterLogExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25FilterMulExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26FilterSubExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26FilterVbleExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

RbtFilterExpressionVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110

EvaluateVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22PrettyPrintVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52PrintVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

RbtFlexDataVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111

RbtCavityGridSF::HeavyAtomFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28RbtChromFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85



RbtFlexAtomFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110

RbtGenome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113RbtHHSType . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115RbtInteractionCenter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117RbtInteractionNode< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120RbtMCStats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124RbtModel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126RbtModelMutator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129RbtMOEGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129RbtMOEGridPoint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130RbtMOEGridShape . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130RbtMOL2Substructure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131RbtNoeEndAtoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133RbtNoeEndNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134RbtNoeRestraintAtoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134RbtNoeRestraintNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135RbtObserver . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138

RbtBaseObject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71RbtBaseSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72

RbtBaseIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65RbtAromIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55RbtNmrSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133RbtPMFIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144RbtPolarIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147RbtSAIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161RbtVdwIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182

RbtBaseInterSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66RbtAromIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55RbtCavityFillSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77RbtCavityGridSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78RbtConstSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92RbtDihedralTargetSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98RbtNmrSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133RbtPharmaSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141RbtPMFGridSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143RbtPMFIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144RbtPolarIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147RbtRotSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160RbtSAIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161RbtSetupPMFSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162RbtSetupPolarSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163RbtSetupSASF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164RbtTetherSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176RbtVdwGridSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181RbtVdwIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182

RbtBaseIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67RbtDihedralIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96RbtPolarIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148RbtVdwIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183

RbtDihedralSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97RbtDihedralIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96RbtDihedralTargetSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

RbtPolarSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149RbtSFAgg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165RbtVdwSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184

RbtBaseTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73RbtBaseBiMolTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61



RbtAlignTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53RbtGATransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112RbtRandPopTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156RbtSimAnnTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168RbtSimplexTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170

RbtBaseUniMolTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74RbtRandLigTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155

RbtNullTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137RbtTransformAgg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178

RbtFilter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108RbtSiteMapper . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171

RbtLigandSiteMapper . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124RbtSphereSiteMapper . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172

RbtParamHandler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139

RbtBaseObject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71RbtFlexData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111

RbtLigandFlexData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123RbtSolventFlexData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172

RbtReceptorFlexData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158RbtWorkSpace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185

RbtBiMolWorkSpace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75

RbtParser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140RbtPlane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142RbtPMFValue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147RbtPopulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150RbtPrincipalAxes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151RbtPRMFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152RbtQuat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154RbtRand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155RbtRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159

RbtSFDisableRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166RbtSFEnableRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166RbtSFPartitionRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167RbtSFSetParamRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167

RbtRequestHandler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159

RbtBaseObject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

RbtSFFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167RbtSimpleSolvationParameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169RbtSimplexCostFunction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169RbtSiteMapperFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171RbtStdRestraintAtoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173RbtStdRestraintNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173RbtSubject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175

RbtWorkSpace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185

RbtToken . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177RbtTokenIter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177

RbtCellTokenIter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80RbtStringTokenIter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174

RbtTransformFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179RbtTriposAtomType . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179RbtVariant . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180RbtVble . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180RbtNM::RelativeValueCriterion< DataType > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186Rbt::RestoreHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186Rbt::RotateAtomUsingQuat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186Rbt::RotateAtomUsingQuatIfSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187



Rbt::SaveHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187Rbt::SelectAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188Rbt::SelectFlexAtoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188Rbt::SelectInteractionCenter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188RbtNM::Simplex< DataType, ParameterType, Function, Criterion > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188Singleton< singleton_type > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189SmartPtr< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtAtom > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtBaseMolecularFileSink > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtBiMolWorkSpace > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtCharmmDataSource > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtChromDihedralRefData > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtChromElement > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtChromOccupancyRefData > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtChromPositionRefData > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtContext > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtDockingSite > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtElementFileSource > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtFFTGrid > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtFilter > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtFilterExpression > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtInteractionGrid > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtInteractionGridTemplate< T > > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190

RbtInteractionGridTemplatePtr< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120

SmartPtr< RbtMCStats > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtModel > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtModelMutator > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtNonBondedGrid > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtNonBondedHHSGrid > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtParameterFileSource > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtPopulation > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtRealGrid > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtRequest > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtSFAgg > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< RbtToken > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190SmartPtr< std::istream > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190RbtNM::State< DataType, ParameterType > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190Test

OccupancyTest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50RbtChromTest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89SearchTest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187

Rbt::TranslateAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191Rbt::TranslateAtomIfSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191unary_function

Rbt::isAtom_12Connected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30Rbt::isAtom_13Connected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30Rbt::isAtomAnionic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31Rbt::isAtomBridgehead . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31Rbt::isAtomCationic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32Rbt::isAtomCharged . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32Rbt::isAtomCyclic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33Rbt::isAtomEnabled . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33Rbt::isAtomExtended . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33Rbt::isAtomGuanidiniumCarbon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34Rbt::isAtomHBondAcceptor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34Rbt::isAtomHBondDonor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35Rbt::isAtomicNo_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35Rbt::isAtomInsideCuboid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36



Rbt::isAtomInsideSphere . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37Rbt::isAtomIonic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37Rbt::isAtomLipophilic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37Rbt::isAtomMetal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38Rbt::isAtomName_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38Rbt::isAtomNearCoordList . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39Rbt::isAtomNegCharged . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39Rbt::isAtomPlanar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39Rbt::isAtomPosCharged . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40Rbt::isAtomRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41Rbt::isAtomSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41Rbt::isCavityNearCoord . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45Rbt::isCoordinationNumber_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45Rbt::isFFType_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46Rbt::isHHSSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46Rbt::isHHSType_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47Rbt::isHybridState_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47Rbt::isInteractionCenterSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48Rbt::isInteractionD_lt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48Rbt::isPiAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48Rbt::isSegmentName_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49Rbt::isSubunitId_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49Rbt::isSubunitName_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50RbtDockingSite::isAtomInRange . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

std::vector< T >RbtInteractionNodeList< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120RbtInteractionNodeListMap< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121


Chapter 3

Class Index

3.1 Class List

Here are the classes, structs, unions and interfaces with brief descriptions:

RbtNM::AndCriteria< Criteria1, Criteria2 > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21CharmmType . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21Rbt::CyclicAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22EvaluateVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22RbtPolarSF::f1prms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22FilterAddExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23FilterAndExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23FilterDivExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24FilterExpExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24FilterIfExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25FilterLogExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25FilterMulExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26FilterSubExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26FilterVbleExp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27Rbt::GenomeCmp_Score . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27RbtCavityGridSF::HeavyAtomFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28HHS_Solvation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28RbtTriposAtomType::info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29Rbt::InitHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29Rbt::InteractionCenterCmp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29Rbt::InvertSelectAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30Rbt::isAtom_12Connected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30Rbt::isAtom_13Connected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30Rbt::isAtom_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31Rbt::isAtomAnionic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31Rbt::isAtomBridgehead . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31Rbt::isAtomCationic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32Rbt::isAtomCharged . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32Rbt::isAtomCyclic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33Rbt::isAtomEnabled . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33Rbt::isAtomExtended . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33Rbt::isAtomGuanidiniumCarbon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34Rbt::isAtomHBondAcceptor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34Rbt::isAtomHBondDonor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35Rbt::isAtomicNo_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

12 Class Index

Rbt::isAtomId_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35RbtDockingSite::isAtomInRange . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36Rbt::isAtomInsideCuboid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36Rbt::isAtomInsideSphere . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37Rbt::isAtomIonic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37Rbt::isAtomLipophilic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37Rbt::isAtomMetal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38Rbt::isAtomName_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38Rbt::isAtomNearCoordList . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39Rbt::isAtomNegCharged . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39Rbt::isAtomPlanar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39Rbt::isAtomPosCharged . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40Rbt::isAtomPtr_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40Rbt::isAtomRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41Rbt::isAtomSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41Rbt::isBond_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41Rbt::isBondAmide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42Rbt::isBondCyclic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42Rbt::isBondPtr_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43Rbt::isBondRotatable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43Rbt::isBondSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43Rbt::isBondToNH3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44Rbt::isBondToOH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44Rbt::isCavityNearCoord . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45Rbt::isCoordinationNumber_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45Rbt::isFFType_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46Rbt::isGenome_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46Rbt::isHHSSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46Rbt::isHHSType_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47Rbt::isHybridState_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47Rbt::isInteractionCenterSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48Rbt::isInteractionD_lt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48Rbt::isPiAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48Rbt::isSegmentName_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49Rbt::isSubunitId_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49Rbt::isSubunitName_eq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50RbtNM::IterationCriterion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50OccupancyTest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50Rbt::OverlapHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51Rbt::OverlapVariableHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51Rbt::PartitionHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51PrettyPrintVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52PrintVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52RbtDihedral::prms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53RbtAlignTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53Rbt::RbtAnn_Cmp_AtomId2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54RbtAnnotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54RbtAnnotationHandler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55RbtAromIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55RbtAssert . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56RbtAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomicNo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomId . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomName . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59Rbt::RbtAtomPtrCmp_Ptr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59RbtBadArgument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60RbtBadReceptorFile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60RbtBaseBiMolTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61


3.1 Class List 13

RbtBaseFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61RbtBaseFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62RbtBaseGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63RbtBaseIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65RbtBaseInterSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66RbtBaseIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67RbtBaseMolecularDataSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68RbtBaseMolecularFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68RbtBaseMolecularFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69RbtBaseObject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71RbtBaseSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72RbtBaseTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73RbtBaseUniMolTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74RbtBiMolWorkSpace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75RbtBond . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76Rbt::RbtBondPCmp_BondId . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76RbtCavity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77RbtCavityFillSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77RbtCavityGridSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78Rbt::RbtCavityPtrCmp_Distance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79Rbt::RbtCavityPtrCmp_Volume . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79RbtCellContext . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79RbtCellTokenIter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80RbtCharmmDataSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81RbtCharmmTypesFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81RbtChrom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81RbtChromDihedralElement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82RbtChromDihedralRefData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83RbtChromElement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84RbtChromFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85RbtChromOccupancyElement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86RbtChromOccupancyRefData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87RbtChromPositionElement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87RbtChromPositionRefData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88RbtChromTest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89RbtCommands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90RbtConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90RbtConstSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92RbtContext . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92RbtCoord . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93RbtCrdFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94RbtCrdFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95RbtCSVFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95RbtDihedral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96RbtDihedralIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96RbtDihedralSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97RbtDihedralTargetSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98RbtDirectorySource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98RbtDirIsNotAccessible . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99RbtDockingError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100RbtDockingSite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100RbtElementData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101RbtElementFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101RbtEnvNotDefined . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102RbtError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102RbtEuler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103RbtFFTGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104RbtFFTPeak . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105


14 Class Index

RbtFileError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105RbtFileMissingParameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106RbtFileParseError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106RbtFileReadError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107RbtFileWriteError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107RbtFilter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108RbtFilterExpression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109RbtFilterExpressionVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110RbtFlexAtomFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110RbtFlexData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111RbtFlexDataVisitor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111RbtGATransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112RbtGenome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113RbtHBAConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113RbtHBDConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114RbtHeavyConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114RbtHHSType . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115RbtHydroAliphaticConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116RbtHydroAromaticConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116RbtHydroConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117RbtInteractionCenter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117RbtInteractionGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118RbtInteractionGridTemplate< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119RbtInteractionGridTemplatePtr< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120RbtInteractionNode< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120RbtInteractionNodeList< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120RbtInteractionNodeListMap< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121RbtInteractionNodeListMapConstIter< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121RbtInteractionNodeListMapIter< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121RbtInvalidRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122RbtLigandError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122RbtLigandFlexData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123RbtLigandSiteMapper . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124RbtMCStats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124RbtMdlFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125RbtMdlFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126RbtModel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126RbtModelError . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128RbtModelMutator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129RbtMOEGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129RbtMOEGridPoint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130RbtMOEGridShape . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130RbtMOL2FileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130RbtMOL2Substructure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131RbtNegChargeConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131RbtNmrRestraintFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132RbtNmrSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133RbtNoeEndAtoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133RbtNoeEndNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134RbtNoeRestraintAtoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134RbtNoeRestraintNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135RbtNoFileInDir . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135RbtNonBondedGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135RbtNonBondedHHSGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136RbtNullTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137RbtObserver . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138RbtParameterFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139RbtParamHandler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139


3.1 Class List 15

RbtParser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140RbtPdbFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140RbtPharmaSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141RbtPlane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142RbtPMFDirSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142RbtPMFGridSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143RbtPMFIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144RbtPMFValue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147RbtPolarIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147RbtPolarIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148RbtPolarSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149RbtPopulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150RbtPosChargeConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151RbtPrincipalAxes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151RbtPRMFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152RbtPseudoAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152RbtPsfFileSink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153RbtPsfFileSource . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153RbtQuat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154RbtRand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155RbtRandLigTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155RbtRandPopTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156RbtRealGrid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157RbtReceptorFlexData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158RbtRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159RbtRequestHandler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159RbtRingAromaticConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160RbtRotSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160RbtSAIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161RbtSetupPMFSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162RbtSetupPolarSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163RbtSetupSASF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164RbtSFAgg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165RbtSFDisableRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166RbtSFEnableRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166RbtSFFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167RbtSFPartitionRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167RbtSFSetParamRequest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167RbtSimAnnTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168RbtSimpleSolvationParameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169RbtSimplexCostFunction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169RbtSimplexTransform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170RbtSiteMapper . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171RbtSiteMapperFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171RbtSolventFlexData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172RbtSphereSiteMapper . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172RbtStdRestraintAtoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173RbtStdRestraintNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173RbtStringContext . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174RbtStringTokenIter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174RbtStringTooLong . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175RbtSubject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175RbtTetherSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176RbtToken . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177RbtTokenIter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177RbtTransformAgg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178RbtTransformFactory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179RbtTriposAtomType . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179


16 Class Index

RbtVariant . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180RbtVble . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180RbtVdwGridSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181RbtVdwIdxSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182RbtVdwIntraSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183RbtVdwSF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184RbtWorkSpace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185RbtNM::RelativeValueCriterion< DataType > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186Rbt::RestoreHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186Rbt::RotateAtomUsingQuat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186Rbt::RotateAtomUsingQuatIfSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187Rbt::SaveHHS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187SearchTest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187Rbt::SelectAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188Rbt::SelectFlexAtoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188Rbt::SelectInteractionCenter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188RbtNM::Simplex< DataType, ParameterType, Function, Criterion > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188Singleton< singleton_type > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189SmartPtr< T > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190RbtNM::State< DataType, ParameterType > . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190Rbt::TranslateAtom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191Rbt::TranslateAtomIfSelected . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191


Chapter 4

File Index

4.1 File List

Here is a list of all documented files with brief descriptions:

OccupancyTest.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??Rbt.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtAlignTransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtAnnotation.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtAnnotationHandler.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtAromIdxSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtAtom.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtAtomFuncs.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseBiMolTransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseFileSink.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseGrid.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseIdxSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseInterSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseIntraSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseMolecularDataSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseMolecularFileSink.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseMolecularFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseObject.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseTransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBaseUniMolTransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBiMolWorkSpace.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtBond.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCavity.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCavityFillSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCavityGridSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCellTokenIter.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCharmmDataSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCharmmTypesFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtChrom.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtChromDihedralElement.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtChromDihedralRefData.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtChromElement.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtChromFactory.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??

18 File Index

RbtChromOccupancyElement.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtChromOccupancyRefData.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtChromPositionElement.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtChromPositionRefData.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtChromTest.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCommands.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtConfig.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtConstraint.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtConstSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtContext.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCoord.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCrdFileSink.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCrdFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtCSVFileSink.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193RbtDebug.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtDihedralIntraSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtDihedralSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtDihedralTargetSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtDirectorySource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtDockingError.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtDockingSite.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtElementFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtError.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtEuler.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtFFTGrid.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtFileError.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtFilter.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtFilterExpression.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtFilterExpressionVisitor.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtFlexAtomFactory.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtFlexData.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtFlexDataVisitor.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtGATransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtGenome.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtInteractionGrid.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtInteractionTemplate.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtLigandError.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtLigandFlexData.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtLigandSiteMapper.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtMdlFileSink.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtMdlFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtModel.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtModelError.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtModelMutator.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtMOEGrid.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtMOL2FileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtNMCriteria.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtNmrRestraintFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtNmrSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtNMSimplex.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtNMState.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtNoeRestraint.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtNonBondedGrid.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtNonBondedHHSGrid.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtNullTransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtObserver.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtParameterFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtParamHandler.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??


4.1 File List 19

RbtParser.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPdbFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPharmaSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPlane.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPMF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPMFDirSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPMFGridSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPMFIdxSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPolarIdxSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPolarIntraSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPolarSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPopulation.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPrincipalAxes.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPRMFactory.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPseudoAtom.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPsfFileSink.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtPsfFileSource.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtQuat.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtRand.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtRandLigTransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtRandPopTransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtRealGrid.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtReceptorFlexData.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtRequest.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtRequestHandler.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtResources.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtRotSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSAIdxSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSATypes.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSetupPMFSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSetupPolarSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSetupSASF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSFAgg.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSFFactory.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSFRequest.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSimAnnTransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSimplexCostFunction.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSimplexTransform.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSiteMapper.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSiteMapperFactory.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSmartPointer.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSmarts.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSolventFlexData.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSphereSiteMapper.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtStringTokenIter.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtSubject.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtTetherSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtToken.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtTokenIter.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtTransformAgg.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtTransformFactory.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtTriposAtomType.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtVariant.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtVble.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtVdwGridSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtVdwIdxSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtVdwIntraSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??RbtVdwSF.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??


20 File Index

RbtWorkSpace.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??SearchTest.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??Singleton.h . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ??


Chapter 5

Class Documentation

5.1 RbtNM::AndCriteria< Criteria1, Criteria2 > Class TemplateReference

Public Member Functions

• AndCriteria (const Criteria1 &criteria1, const Criteria2 &criteria2)

• template<class State >

bool operator() (const State &state)

The documentation for this class was generated from the following file:

• RbtNMCriteria.h

5.2 CharmmType Class Reference

Public Attributes

• int nAtomType• std::string strAtomType• double mass• std::string element• std::string comment


• RbtCharmmTypesFileSource.h

22 Class Documentation

5.3 Rbt::CyclicAtom Class Reference


• CyclicAtom (bool bb)• void operator() (RbtAtom ∗pAtom)


• RbtAtom.h

5.4 EvaluateVisitor Class Reference

Inheritance diagram for EvaluateVisitor:

EvaluateVisitor

RbtFilterExpressionVisitor


• EvaluateVisitor (RbtContextPtr)• virtual void VisitVbleExp (FilterVbleExp ∗)• virtual void VisitAddExp (FilterAddExp ∗)• virtual void VisitSubExp (FilterSubExp ∗)• virtual void VisitMulExp (FilterMulExp ∗)• virtual void VisitDivExp (FilterDivExp ∗)• virtual void VisitAndExp (FilterAndExp ∗)• virtual void VisitLogExp (FilterLogExp ∗)• virtual void VisitExpExp (FilterExpExp ∗)• virtual void VisitIfExp (FilterIfExp ∗)


• RbtFilterExpressionVisitor.h

5.5 RbtPolarSF::f1prms Struct Reference


• f1prms (double R, double DMin, double DMax)


5.6 FilterAddExp Class Reference 23

Public Attributes

• double R0• double DRMin• double DRMax• double slope

The documentation for this struct was generated from the following file:

• RbtPolarSF.h

5.6 FilterAddExp Class Reference

Inheritance diagram for FilterAddExp:

FilterAddExp

RbtFilterExpression


• FilterAddExp (RbtFilterExpressionPtr, RbtFilterExpressionPtr)• void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &visitor)• void Print ()• virtual int GetNOps ()• RbtFilterExpressionPtr GetOp (int i)

Additional Inherited Members


• RbtFilterExpression.h

5.7 FilterAndExp Class Reference

Inheritance diagram for FilterAndExp:

FilterAndExp

RbtFilterExpression




• FilterAndExp (RbtFilterExpressionPtr, RbtFilterExpressionPtr)• void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &visitor)• void Print ()• virtual int GetNOps ()• RbtFilterExpressionPtr GetOp (int i)




5.8 FilterDivExp Class Reference

Inheritance diagram for FilterDivExp:

FilterDivExp

RbtFilterExpression


• FilterDivExp (RbtFilterExpressionPtr, RbtFilterExpressionPtr)• void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &visitor)• void Print ()• virtual int GetNOps ()• RbtFilterExpressionPtr GetOp (int i)




5.9 FilterExpExp Class Reference

Inheritance diagram for FilterExpExp:

FilterExpExp

RbtFilterExpression


5.10 FilterIfExp Class Reference 25


• FilterExpExp (RbtFilterExpressionPtr)• void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &visitor)• void Print ()• virtual int GetNOps ()• RbtFilterExpressionPtr GetOp (int i)




5.10 FilterIfExp Class Reference

Inheritance diagram for FilterIfExp:

FilterIfExp

RbtFilterExpression


• FilterIfExp (RbtFilterExpressionPtr, RbtFilterExpressionPtr, RbtFilterExpressionPtr)• void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &visitor)• void Print ()• virtual int GetNOps ()• RbtFilterExpressionPtr GetOp (int i)




5.11 FilterLogExp Class Reference

Inheritance diagram for FilterLogExp:

FilterLogExp

RbtFilterExpression




• FilterLogExp (RbtFilterExpressionPtr)• void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &visitor)• void Print ()• virtual int GetNOps ()• RbtFilterExpressionPtr GetOp (int i)




5.12 FilterMulExp Class Reference

Inheritance diagram for FilterMulExp:

FilterMulExp

RbtFilterExpression


• FilterMulExp (RbtFilterExpressionPtr, RbtFilterExpressionPtr)• void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &visitor)• void Print ()• virtual int GetNOps ()• RbtFilterExpressionPtr GetOp (int i)




5.13 FilterSubExp Class Reference

Inheritance diagram for FilterSubExp:

FilterSubExp

RbtFilterExpression


5.14 FilterVbleExp Class Reference 27


• FilterSubExp (RbtFilterExpressionPtr, RbtFilterExpressionPtr)• void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &visitor)• void Print ()• virtual int GetNOps ()• RbtFilterExpressionPtr GetOp (int i)




5.14 FilterVbleExp Class Reference

Inheritance diagram for FilterVbleExp:

FilterVbleExp

RbtFilterExpression


• FilterVbleExp (const RbtVble &)• void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &visitor)• void Print ()• int GetNOps ()• const RbtVble & GetVble () const• RbtFilterExpressionPtr GetOp (int i)




5.15 Rbt::GenomeCmp_Score Class Reference


• bool operator() (const RbtGenome ∗pG1, const RbtGenome ∗pG2) const


• RbtGenome.h



5.16 RbtCavityGridSF::HeavyAtomFactory Class Reference

Inheritance diagram for RbtCavityGridSF::HeavyAtomFactory:

RbtCavityGridSF::HeavyAtomFactory

RbtFlexDataVisitor


• HeavyAtomFactory (RbtModelList modelList)• virtual void VisitReceptorFlexData (RbtReceptorFlexData ∗)• virtual void VisitLigandFlexData (RbtLigandFlexData ∗)• virtual void VisitSolventFlexData (RbtSolventFlexData ∗)• RbtAtomRList GetAtomList () const


• RbtCavityGridSF.h

5.17 HHS_Solvation Class Reference


• HHS_Solvation (RbtHHSType::eType t, RbtAtom ∗a, double p=1.0, double r=1.0, double s=0.0)• double GetA_i (void) const• double GetS_i (void) const• double GetP_i (void) const• double GetR_i (void) const• double GetSigma (void) const• RbtHHSType::eType GetHHSType () const• RbtAtom ∗ GetAtom () const• double GetArea () const• double GetEnergy () const• void Init ()• void Save ()• void Restore ()• void Overlap (HHS_Solvation ∗h, double p_ij)• const std::vector< HHS_Solvation ∗ > & GetVariable () const• int GetNumVariable () const• void AddVariable (HHS_Solvation ∗anAtom)• void OverlapVariable ()• void OverlapVariableEnabledOnly ()• void Partition (double d=0.0)


5.18 RbtTriposAtomType::info Struct Reference 29

Static Public Attributes

• static const double r_s• static const double d_s• static const double Pij_12• static const double Pij_13• static const double Pij_14


• RbtSATypes.h

5.18 RbtTriposAtomType::info Struct Reference


• info (const std::string &n, int a, int h)

Public Attributes

• std::string name• int atomicNo• int hybrid


• RbtTriposAtomType.h

5.19 Rbt::InitHHS Class Reference


• void operator() (HHS_Solvation ∗pHHS)


• RbtSATypes.h

5.20 Rbt::InteractionCenterCmp Class Reference


• bool operator() (const RbtInteractionCenter ∗pIC1, const RbtInteractionCenter ∗pIC2) const


• RbtInteractionGrid.h



5.21 Rbt::InvertSelectAtom Class Reference


• void operator() (RbtAtom ∗pAtom)


• RbtAtom.h

5.22 Rbt::isAtom_12Connected Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtom_12Connected:

Rbt::isAtom_12Connected

std::unary_function< RbtAtom *, bool >


• isAtom_12Connected (RbtAtom ∗spAtom)• bool operator() (RbtAtom ∗spAtom2) const


• RbtAtom.h

5.23 Rbt::isAtom_13Connected Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtom_13Connected:

Rbt::isAtom_13Connected



• isAtom_13Connected (RbtAtom ∗pAtom)• bool operator() (RbtAtom ∗pAtom2) const


• RbtAtom.h


5.24 Rbt::isAtom_eq Class Reference 31

5.24 Rbt::isAtom_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtom_eq:

Rbt::isAtom_eq

std::binary_function< RbtAtom *, RbtAtom *, bool >


• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom1, const RbtAtom ∗pAtom2) const


• RbtAtom.h

5.25 Rbt::isAtomAnionic Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomAnionic:

Rbt::isAtomAnionic



• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.26 Rbt::isAtomBridgehead Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomBridgehead:

Rbt::isAtomBridgehead







• RbtAtom.h

5.27 Rbt::isAtomCationic Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomCationic:

Rbt::isAtomCationic





• RbtAtom.h

5.28 Rbt::isAtomCharged Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomCharged:

Rbt::isAtomCharged





• RbtAtom.h


5.29 Rbt::isAtomCyclic Class Reference 33

5.29 Rbt::isAtomCyclic Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomCyclic:

Rbt::isAtomCyclic





• RbtAtom.h

5.30 Rbt::isAtomEnabled Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomEnabled:

Rbt::isAtomEnabled



• bool operator() (RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.31 Rbt::isAtomExtended Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomExtended:

Rbt::isAtomExtended







• RbtAtom.h

5.32 Rbt::isAtomGuanidiniumCarbon Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomGuanidiniumCarbon:

Rbt::isAtomGuanidiniumCarbon





• RbtAtom.h

5.33 Rbt::isAtomHBondAcceptor Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomHBondAcceptor:

Rbt::isAtomHBondAcceptor



• RBTDLL_EXPORT bool operator() (const RbtAtom ∗) const


• RbtAtom.h


5.34 Rbt::isAtomHBondDonor Class Reference 35

5.34 Rbt::isAtomHBondDonor Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomHBondDonor:

Rbt::isAtomHBondDonor





• RbtAtom.h

5.35 Rbt::isAtomicNo_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomicNo_eq:

Rbt::isAtomicNo_eq



• isAtomicNo_eq (int nn)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.36 Rbt::isAtomId_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomId_eq:

Rbt::isAtomId_eq

std::binary_function< RbtAtom *, RbtAtom *, bool >






• RbtAtom.h

5.37 RbtDockingSite::isAtomInRange Class Reference

Inheritance diagram for RbtDockingSite::isAtomInRange:

RbtDockingSite::isAtomInRange

std::unary_function< RbtAtomPtr, bool >


• isAtomInRange (RbtRealGrid ∗pGrid, double minDist, double maxDist)• bool operator() (RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtDockingSite.h

5.38 Rbt::isAtomInsideCuboid Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomInsideCuboid:

Rbt::isAtomInsideCuboid



• isAtomInsideCuboid (const RbtCoord &ccmin, const RbtCoord &ccmax)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h


5.39 Rbt::isAtomInsideSphere Class Reference 37

5.39 Rbt::isAtomInsideSphere Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomInsideSphere:

Rbt::isAtomInsideSphere



• isAtomInsideSphere (const RbtCoord &cc, double rr)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.40 Rbt::isAtomIonic Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomIonic:

Rbt::isAtomIonic





• RbtAtom.h

5.41 Rbt::isAtomLipophilic Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomLipophilic:

Rbt::isAtomLipophilic





• RBTDLL_EXPORT bool operator() (RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.42 Rbt::isAtomMetal Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomMetal:

Rbt::isAtomMetal



• RBTDLL_EXPORT bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.43 Rbt::isAtomName_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomName_eq:

Rbt::isAtomName_eq



• isAtomName_eq (std::string ss)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h


5.44 Rbt::isAtomNearCoordList Class Reference 39

5.44 Rbt::isAtomNearCoordList Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomNearCoordList:

Rbt::isAtomNearCoordList



• isAtomNearCoordList (const RbtCoordList &ccl, double rr)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.45 Rbt::isAtomNegCharged Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomNegCharged:

Rbt::isAtomNegCharged





• RbtAtom.h

5.46 Rbt::isAtomPlanar Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomPlanar:

Rbt::isAtomPlanar





• bool operator() (const RbtAtom ∗) const


• RbtAtom.h

5.47 Rbt::isAtomPosCharged Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomPosCharged:

Rbt::isAtomPosCharged





• RbtAtom.h

5.48 Rbt::isAtomPtr_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomPtr_eq:

Rbt::isAtomPtr_eq

std::binary_function< const RbtAtom *, const RbtAtom *, bool >




• RbtAtom.h


5.49 Rbt::isAtomRNA Class Reference 41

5.49 Rbt::isAtomRNA Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomRNA:

Rbt::isAtomRNA



• bool operator() (const RbtAtom ∗) const


• RbtAtom.h

5.50 Rbt::isAtomSelected Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isAtomSelected:

Rbt::isAtomSelected





• RbtAtom.h

5.51 Rbt::isBond_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isBond_eq:

Rbt::isBond_eq

RbtBondUnaryPredicate




• isBond_eq (RbtBond ∗pp)• bool operator() (RbtBond ∗pBond) const


• RbtBond.h

5.52 Rbt::isBondAmide Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isBondAmide:

Rbt::isBondAmide



• RBTDLL_EXPORT bool operator() (RbtBond ∗) const


• RbtBond.h

5.53 Rbt::isBondCyclic Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isBondCyclic:

Rbt::isBondCyclic



• bool operator() (RbtBond ∗pBond) const


• RbtBond.h


5.54 Rbt::isBondPtr_eq Class Reference 43

5.54 Rbt::isBondPtr_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isBondPtr_eq:

Rbt::isBondPtr_eq



• isBondPtr_eq (RbtBond ∗pp)• bool operator() (RbtBond ∗pBond) const


• RbtBond.h

5.55 Rbt::isBondRotatable Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isBondRotatable:

Rbt::isBondRotatable





• RbtBond.h

5.56 Rbt::isBondSelected Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isBondSelected:

Rbt::isBondSelected





• bool operator() (RbtBond ∗pBond) const


• RbtBond.h

5.57 Rbt::isBondToNH3 Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isBondToNH3:

Rbt::isBondToNH3





• RbtBond.h

5.58 Rbt::isBondToOH Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isBondToOH:

Rbt::isBondToOH



• RBTDLL_EXPORT bool operator() (RbtBond ∗pBond) const


• RbtBond.h


5.59 Rbt::isCavityNearCoord Class Reference 45

5.59 Rbt::isCavityNearCoord Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isCavityNearCoord:

Rbt::isCavityNearCoord

std::unary_function< RbtCavityPtr, bool >


• isCavityNearCoord (const RbtCoord &cc, double rr)

• bool operator() (RbtCavityPtr spCavity) const


• RbtCavity.h

5.60 Rbt::isCoordinationNumber_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isCoordinationNumber_eq:

Rbt::isCoordinationNumber_eq



• isCoordinationNumber_eq (unsigned int nn)

• isCoordinationNumber_eq (unsigned int nn, int nAt)

• isCoordinationNumber_eq (unsigned int nn, std::string strType)

• isCoordinationNumber_eq (unsigned int nn, RbtAtom::eHybridState eState)



• RbtAtom.h



5.61 Rbt::isFFType_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isFFType_eq:

Rbt::isFFType_eq



• isFFType_eq (std::string ss)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.62 Rbt::isGenome_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isGenome_eq:

Rbt::isGenome_eq

std::binary_function< RbtGenome *, RbtGenome *, bool >


• isGenome_eq (double threshold)• bool operator() (const RbtGenome ∗pG1, const RbtGenome ∗pG2) const


• RbtGenome.h

5.63 Rbt::isHHSSelected Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isHHSSelected:

Rbt::isHHSSelected

std::unary_function< HHS_Solvation *, bool >


5.64 Rbt::isHHSType_eq Class Reference 47


• bool operator() (const HHS_Solvation ∗pHHS) const


• RbtSATypes.h

5.64 Rbt::isHHSType_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isHHSType_eq:

Rbt::isHHSType_eq

std::unary_function< HHS_Solvation *, bool >


• isHHSType_eq (RbtHHSType::eType tt)• bool operator() (const HHS_Solvation ∗pHHS) const


• RbtSATypes.h

5.65 Rbt::isHybridState_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isHybridState_eq:

Rbt::isHybridState_eq



• isHybridState_eq (RbtAtom::eHybridState ee)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h



5.66 Rbt::isInteractionCenterSelected Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isInteractionCenterSelected:

Rbt::isInteractionCenterSelected

std::unary_function< RbtInteractionCenter *, bool >


• bool operator() (const RbtInteractionCenter ∗pIC) const



5.67 Rbt::isInteractionD_lt Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isInteractionD_lt:

Rbt::isInteractionD_lt

std::unary_function< RbtInteractionCenter *, bool >


• isInteractionD_lt (const RbtInteractionCenter ∗pIC1, double dd)• bool operator() (const RbtInteractionCenter ∗pIC2) const



5.68 Rbt::isPiAtom Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isPiAtom:

Rbt::isPiAtom



5.69 Rbt::isSegmentName_eq Class Reference 49




• RbtAtom.h

5.69 Rbt::isSegmentName_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isSegmentName_eq:

Rbt::isSegmentName_eq



• isSegmentName_eq (std::string ss)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.70 Rbt::isSubunitId_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isSubunitId_eq:

Rbt::isSubunitId_eq



• isSubunitId_eq (std::string ss)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h



5.71 Rbt::isSubunitName_eq Class Reference

Inheritance diagram for Rbt::isSubunitName_eq:

Rbt::isSubunitName_eq



• isSubunitName_eq (std::string ss)• bool operator() (const RbtAtom ∗pAtom) const


• RbtAtom.h

5.72 RbtNM::IterationCriterion Class Reference


• IterationCriterion (long max_iterations)• template<class State >



• RbtNMCriteria.h

5.73 OccupancyTest Class Reference

Inheritance diagram for OccupancyTest:

OccupancyTest

Test

Protected Member Functions

• void SetUp () override• void TearDown () override• double CompareScoresForDisabledAndNoSolvent ()• double CompareScoresForSolventModes ()• bool testFlexAtomFactory (RbtModel ∗pModel, int expected[9][3])


5.74 Rbt::OverlapHHS Class Reference 51

Protected Attributes

• RbtBiMolWorkSpacePtr m_workSpace• RbtModelList m_solventList

Static Protected Attributes

• static double TINY = 1E-4

The documentation for this class was generated from the following files:

• OccupancyTest.h• OccupancyTest.cxx

5.74 Rbt::OverlapHHS Class Reference


• OverlapHHS (HHS_Solvation ∗pHHS, double p)• void operator() (HHS_Solvation ∗pHHSj)


• RbtSATypes.h

5.75 Rbt::OverlapVariableHHS Class Reference




• RbtSATypes.h

5.76 Rbt::PartitionHHS Class Reference


• PartitionHHS (double dd)• void operator() (HHS_Solvation ∗pHHS)


• RbtSATypes.h



5.77 PrettyPrintVisitor Class Reference

Inheritance diagram for PrettyPrintVisitor:

PrettyPrintVisitor



• PrettyPrintVisitor (RbtContextPtr)• virtual void VisitVbleExp (FilterVbleExp ∗)• virtual void VisitAddExp (FilterAddExp ∗)• virtual void VisitSubExp (FilterSubExp ∗)• virtual void VisitMulExp (FilterMulExp ∗)• virtual void VisitDivExp (FilterDivExp ∗)• virtual void VisitAndExp (FilterAndExp ∗)• virtual void VisitLogExp (FilterLogExp ∗)• virtual void VisitExpExp (FilterExpExp ∗)• virtual void VisitIfExp (FilterIfExp ∗)



5.78 PrintVisitor Class Reference

Inheritance diagram for PrintVisitor:

PrintVisitor



• PrintVisitor (RbtContextPtr)• virtual void VisitVbleExp (FilterVbleExp ∗)• virtual void VisitAddExp (FilterAddExp ∗)• virtual void VisitSubExp (FilterSubExp ∗)• virtual void VisitMulExp (FilterMulExp ∗)• virtual void VisitDivExp (FilterDivExp ∗)• virtual void VisitAndExp (FilterAndExp ∗)• virtual void VisitLogExp (FilterLogExp ∗)• virtual void VisitExpExp (FilterExpExp ∗)• virtual void VisitIfExp (FilterIfExp ∗)




5.79 RbtDihedral::prms Class Reference 53

5.79 RbtDihedral::prms Class Reference


• prms (double ss=3.0, double kk=0.2, double o=0.0)

Public Attributes

• double s• double k• double sign• double offset


• RbtDihedralSF.h

5.80 RbtAlignTransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtAlignTransform:

RbtAlignTransform

RbtBaseBiMolTransform

RbtBaseTransform

RbtBaseObject

RbtParamHandler RbtObserver RbtRequestHandler


• RbtAlignTransform (const std::string &strName="ALIGN")


• static std::string _CT• static std::string _COM• static std::string _AXES




• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupTransform ()• virtual void Execute ()



• RbtAlignTransform.h

5.81 Rbt::RbtAnn_Cmp_AtomId2 Class Reference


• bool operator() (RbtAnnotation ∗pAnn1, RbtAnnotation ∗pAnn2) const


• RbtAnnotation.h

5.82 RbtAnnotation Class Reference


• RbtAnnotation (const RbtAtom ∗pAtom1, const RbtAtom ∗pAtom2, double dist, double score)• const RbtAtom ∗ GetAtom1Ptr () const• const RbtAtom ∗ GetAtom2Ptr () const• double GetDistance () const• double GetScore () const• std::string GetFQResName () const• void SetAtom1Ptr (const RbtAtom ∗pAt1)• void SetAtom2Ptr (const RbtAtom ∗pAt2)• void SetDistance (double d)• void SetScore (double s)• std::string Render () const• void operator+= (const RbtAnnotation &ann)


• RbtAnnotation.h


5.83 RbtAnnotationHandler Class Reference 55

5.83 RbtAnnotationHandler Class Reference

Inheritance diagram for RbtAnnotationHandler:

RbtAnnotationHandler

RbtAromIdxSF RbtPMFIdxSF RbtPolarSF RbtSAIdxSF RbtVdwSF

RbtPolarIdxSF RbtPolarIntraSF RbtVdwIdxSF RbtVdwIntraSF


• bool isAnnotationEnabled () const• const RbtAnnotationList & GetAnnotationList () const• int GetNumAnnotations () const• void RenderAnnotationList (const std::string &strName, std::vector< std::string > &retVal) const


• static std::string _ANNOTATION_FIELD


• void AddAnnotation (RbtAnnotationPtr spAnnotation) const• void ClearAnnotationList () const• void EnableAnnotations (bool bEnabled) const


• RbtAnnotationHandler.h

5.84 RbtAromIdxSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtAromIdxSF:

RbtAromIdxSF

RbtBaseInterSF RbtBaseIdxSF RbtAnnotationHandler

RbtBaseSF RbtBaseSF

RbtBaseObject RbtBaseObject

RbtParamHandler RbtObserver RbtRequestHandler RbtParamHandler RbtObserver RbtRequestHandler


• RbtAromIdxSF (const std::string &strName="AROM")




• static std::string _CT• static std::string _INCR• static std::string _R12• static std::string _DR12MIN• static std::string _DR12MAX• static std::string _DAMIN• static std::string _DAMAX• static std::string _THRESHOLD


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void ClearReceptor ()• void ClearLigand ()• void ParameterUpdated (const std::string &strName)



• RbtAromIdxSF.h

5.85 RbtAssert Class Reference

Inheritance diagram for RbtAssert:

RbtAssert

RbtError



• RbtError.h


5.86 RbtAtom Class Reference 57

5.86 RbtAtom Class Reference

Inheritance diagram for RbtAtom:

RbtAtom

RbtPseudoAtom

Public Types

• enum eHybridState {UNDEFINED = 0, SP = 1, SP2 = 2, SP3 = 3,AROM = 4, TRI = 5 }


• RBTDLL_EXPORT RbtAtom (int nAtomId, int nAtomicNo=6, std::string strAtomName="C", std::string str←↩

SubunitId="1", std::string strSubunitName="RES", std::string strSegmentName="SEG1", eHybridState e←↩

State=UNDEFINED, unsigned int nHydrogens=0, int nFormalCharge=0)• RbtAtom (const RbtAtom &atom)• RbtAtom & operator= (const RbtAtom &atom)• virtual std::ostream & Print (std::ostream &s) const• RBTDLL_EXPORT bool GetEnabled () const• int GetAtomId () const• void SetAtomId (const int nAtomId)• int GetAtomicNo () const• void SetAtomicNo (const int nAtomicNo)• std::string GetName () const• void SetAtomName (const std::string &strAtomName)• RBTDLL_EXPORT std::string GetFullAtomName () const• std::string GetSubunitId () const• void SetSubunitId (const std::string &strSubunitId)• std::string GetSubunitName () const• void SetSubunitName (const std::string &strSubunitName)• std::string GetSegmentName () const• void SetSegmentName (const std::string &strSegmentName)• eHybridState GetHybridState () const• void SetHybridState (const eHybridState eState)• unsigned int GetNumImplicitHydrogens () const• void SetNumImplicitHydrogens (const unsigned int nHydrogens)• int GetFormalCharge () const• void SetFormalCharge (const int nFormalCharge)• bool GetCyclicFlag () const• void SetCyclicFlag (bool bCyclic=true)• bool GetSelectionFlag () const• void SetSelectionFlag (bool bSelected=true)• void InvertSelectionFlag ()• bool GetUser1Flag () const• void SetUser1Flag (bool bUser1=true)• double GetUser1Value () const



• void SetUser1Value (double dUser1=0.0)• double GetUser2Value () const• void SetUser2Value (double dUser2=0.0)• RbtModel ∗ GetModelPtr () const• void SetModelPtr (RbtModel ∗pModel=nullptr)• unsigned int GetNumBonds () const• const RbtBondMap & GetBondMap () const• bool AddBond (RbtBond ∗pBond)• bool RemoveBond (RbtBond ∗pBond)• unsigned int GetNumCyclicBonds () const• RbtBondMap GetCyclicBondMap () const• int GetTotalFormalBondOrder () const• int GetMaxFormalBondOrder () const• const RbtCoord & GetCoords () const• double GetX () const• double GetY () const• double GetZ () const• void SetCoords (const RbtCoord &coord)• void SetCoords (const double x, const double y, const double z)• void SetX (const double x)• void SetY (const double y)• void SetZ (const double z)• double GetPartialCharge () const• void SetPartialCharge (const double dPartialCharge)• double GetGroupCharge () const• void SetGroupCharge (const double dGroupCharge)• double GetAtomicMass () const• void SetAtomicMass (const double dAtomicMass)• double GetVdwRadius () const• void SetVdwRadius (const double dVdwRadius)• std::string GetFFType () const• void SetFFType (const std::string &strFFType)• RbtPMFType GetPMFType () const• void SetPMFType (RbtPMFType aType)• RbtTriposAtomType::eType GetTriposType () const• void SetTriposType (RbtTriposAtomType::eType aType)• void SaveCoords (unsigned int coordNum=0)• void RevertCoords (unsigned int coordNum=0)• void Translate (const RbtVector &vector)• void Translate (const double vx, const double vy, const double vz)• void RotateUsingQuat (const RbtQuat &q)• unsigned int GetCoordinationNumber () const• unsigned int GetCoordinationNumber (int nAtomicNo) const• unsigned int GetCoordinationNumber (const std::string &strFFType) const• unsigned int GetCoordinationNumber (eHybridState e) const

Friends

• RBTDLL_EXPORT friend std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtAtom &atom)


• RbtAtom.h


5.87 Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomicNo Class Reference 59

5.87 Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomicNo Class Reference


• bool operator() (RbtAtom ∗pAtom1, RbtAtom ∗pAtom2) const


• RbtAtom.h

5.88 Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomId Class Reference




• RbtAtom.h

5.89 Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomName Class Reference




• RbtAtom.h

5.90 Rbt::RbtAtomPtrCmp_Ptr Class Reference




• RbtAtom.h



5.91 RbtBadArgument Class Reference

Inheritance diagram for RbtBadArgument:

RbtBadArgument

RbtError


• RbtBadArgument (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtError.h

5.92 RbtBadReceptorFile Class Reference

Inheritance diagram for RbtBadReceptorFile:

RbtBadReceptorFile

RbtError


• RbtBadReceptorFile (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtError.h


5.93 RbtBaseBiMolTransform Class Reference 61

5.93 RbtBaseBiMolTransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseBiMolTransform:


RbtBaseTransform

RbtBaseObject


RbtAlignTransform RbtGATransform RbtRandPopTransform RbtSimAnnTransform RbtSimplexTransform


• RbtModelPtr GetReceptor () const• RbtModelPtr GetLigand () const• RbtModelList GetSolvent () const• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)


• static std::string _CT


• RbtBaseBiMolTransform (const std::string &strClass, const std::string &strName)• virtual void SetupReceptor ()=0• virtual void SetupLigand ()=0• virtual void SetupSolvent ()• virtual void SetupTransform ()=0



• RbtBaseBiMolTransform.h

5.94 RbtBaseFileSink Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseFileSink:

RbtBaseFileSink

RbtBaseMolecularFileSink

RbtCrdFileSink RbtCSVFileSink RbtMdlFileSink RbtPsfFileSink




• RbtBaseFileSink (const std::string &fileName)• std::string GetFileName () const• void SetFileName (const std::string &fileName)• bool StatusOK ()• RbtError Status ()• virtual void Render ()=0


• void Write (bool bClearCache=true)• void AddLine (const std::string &fileRec)• void ReplaceLine (const std::string &fileRec, unsigned int nRec)• bool isCacheEmpty () const• bool GetAppend () const• void SetAppend (bool bAppend)


• RbtBaseFileSink.h

5.95 RbtBaseFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseFileSource:

RbtBaseFileSource

RbtBaseMolecularFileSource RbtCharmmTypesFileSource RbtElementFileSource RbtNmrRestraintFileSource RbtParameterFileSource

RbtCrdFileSource RbtMdlFileSource RbtMOL2FileSource RbtPdbFileSource RbtPsfFileSource


• RbtBaseFileSource (const std::string &fileName)• RbtBaseFileSource (const std::string &fileName, const std::string &strRecDelim)• RBTDLL_EXPORT std::string GetFileName ()• void SetFileName (const std::string &fileName)• bool StatusOK ()• RBTDLL_EXPORT RbtError Status ()• RBTDLL_EXPORT bool FileStatusOK ()• RbtError FileStatus ()• bool isMultiRecordSupported ()• RBTDLL_EXPORT void NextRecord ()• void Rewind ()• RBTDLL_EXPORT std::size_t GetEstimatedNumRecords ()


• virtual void Parse ()=0• void Read (bool aDelimiterAtEnd=true)


5.96 RbtBaseGrid Class Reference 63


• bool m_bParsedOK• RbtFileRecList m_lineRecs


• RbtBaseFileSource.h

5.96 RbtBaseGrid Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseGrid:

RbtBaseGrid

RbtInteractionGrid RbtInteractionGridTemplate< T > RbtNonBondedGrid RbtNonBondedHHSGrid RbtRealGrid

RbtFFTGrid


• RbtBaseGrid (const RbtCoord &gridMin, const RbtVector &gridStep, unsigned int NX, unsigned int NY,unsigned int NZ, unsigned int NPad=0)

• RbtBaseGrid (std::istream &istr)• RbtBaseGrid (const RbtBaseGrid &)• RbtBaseGrid & operator= (const RbtBaseGrid &)• virtual void Print (std::ostream &ostr) const• virtual void Write (std::ostream &ostr) const• virtual void Read (std::istream &istr)• unsigned int GetNX () const• unsigned int GetNY () const• unsigned int GetNZ () const• unsigned int GetN () const• unsigned int GetStrideX () const• unsigned int GetStrideY () const• unsigned int GetStrideZ () const• int GetnXMin () const• int GetnYMin () const• int GetnZMin () const• int GetnXMax () const• int GetnYMax () const• int GetnZMax () const• const RbtCoord & GetGridMin () const• const RbtCoord & GetGridMax () const• const RbtVector & GetGridStep () const• RbtCoord GetGridCenter () const• RbtCoord GetGridSize () const• unsigned int GetPad () const• const RbtCoord & GetPadMin () const• const RbtCoord & GetPadMax () const• void SetGridMin (const RbtCoord &gridMin)



• void TranslateGrid (const RbtVector &vec)

• void SetGridCenter (const RbtCoord &gridCenter)

• void SetGridStep (const RbtVector &gridStep)

• void SetPad (unsigned int NPad=0)

• bool isValid (const RbtCoord &c) const

• bool isValid (unsigned int iX, unsigned int iY, unsigned int iZ) const

• bool isValid (unsigned int iXYZ) const

• unsigned int GetIX (const RbtCoord &c) const

• unsigned int GetIY (const RbtCoord &c) const

• unsigned int GetIZ (const RbtCoord &c) const

• unsigned int GetIX (double x) const

• unsigned int GetIY (double y) const

• unsigned int GetIZ (double z) const

• unsigned int GetIX (unsigned int iXYZ) const

• unsigned int GetIY (unsigned int iXYZ) const

• unsigned int GetIZ (unsigned int iXYZ) const

• unsigned int GetIXYZ (unsigned int iX, unsigned int iY, unsigned int iZ) const

• unsigned int GetIXYZ (const RbtCoord &c) const

• RbtCoord GetCoord (unsigned int iX, unsigned int iY, unsigned int iZ) const

• double GetXCoord (unsigned int iX) const

• double GetYCoord (unsigned int iY) const

• double GetZCoord (unsigned int iZ) const

• RbtCoord GetCoord (unsigned int iXYZ) const

• RbtCoordList GetCoordList (const std::set< unsigned int > &iXYZSet) const

• void GetSphereIndices (const RbtCoord &c, double radius, std::vector< unsigned int > &sIndices) const




• void OwnPrint (std::ostream &ostr) const

• void OwnWrite (std::ostream &ostr) const

• void OwnRead (std::istream &istr)

Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtBaseGrid &grid)


• RbtBaseGrid.h


5.97 RbtBaseIdxSF Class Reference 65

5.97 RbtBaseIdxSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseIdxSF:

RbtBaseIdxSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject


RbtAromIdxSF RbtNmrSF RbtPMFIdxSF RbtPolarIdxSF RbtSAIdxSF RbtVdwIdxSF


• double GetGridStep () const

• void SetGridStep (double step)

• double GetBorder () const

• void SetBorder (double border)



• static std::string _GRIDSTEP

• static std::string _BORDER


• RbtInteractionGridPtr CreateInteractionGrid () const

• RbtNonBondedGridPtr CreateNonBondedGrid () const

• RbtNonBondedHHSGridPtr CreateNonBondedHHSGrid () const

• double GetMaxError () const

• double GetCorrectedRange () const

• void OwnParameterUpdated (const std::string &strName)



• RbtBaseIdxSF.h



5.98 RbtBaseInterSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseInterSF:

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject


RbtAromIdxSF

RbtCavityFillSF

RbtCavityGridSF

RbtConstSF

RbtDihedralTargetSF

RbtNmrSF

RbtPharmaSF

RbtPMFGridSF

RbtPMFIdxSF

RbtPolarIdxSF

RbtRotSF

RbtSAIdxSF

RbtSetupPMFSF

RbtSetupPolarSF

RbtSetupSASF

RbtTetherSF

RbtVdwGridSF

RbtVdwIdxSF


• RbtModelPtr GetReceptor () const• RbtModelPtr GetLigand () const• RbtModelList GetSolvent () const• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)




• virtual void SetupReceptor ()=0• virtual void SetupLigand ()=0• virtual void SetupSolvent ()• virtual void SetupScore ()=0


5.99 RbtBaseIntraSF Class Reference 67



• RbtBaseInterSF.h

5.99 RbtBaseIntraSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseIntraSF:

RbtBaseIntraSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject


RbtDihedralIntraSF RbtPolarIntraSF RbtVdwIntraSF


• RbtModelPtr GetLigand () const• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)• virtual void ScoreMap (RbtStringVariantMap &scoreMap) const




• virtual void SetupScore ()=0



• RbtBaseIntraSF.h



5.100 RbtBaseMolecularDataSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseMolecularDataSource:

RbtBaseMolecularDataSource

RbtBaseMolecularFileSource



• RbtBaseMolecularDataSource (std::string strName)• std::string GetName ()• virtual bool isTitleListSupported ()• virtual bool isAtomListSupported ()• virtual bool isCoordinatesSupported ()• virtual bool isBondListSupported ()• virtual void Reset ()=0• virtual int GetNumTitles ()=0• virtual int GetNumAtoms ()=0• virtual int GetNumBonds ()=0• virtual int GetNumSegments ()=0• virtual std::vector< std::string > GetTitleList ()=0• virtual RbtAtomList GetAtomList ()=0• virtual RbtBondList GetBondList ()=0• virtual RbtSegmentMap GetSegmentMap ()=0• virtual bool isDataSupported ()• virtual int GetNumData ()=0• virtual std::vector< std::string > GetDataFieldList ()=0• virtual RbtStringVariantMap GetDataMap ()=0• virtual bool isDataFieldPresent (const std::string &strDataField)=0• virtual RbtVariant GetDataValue (const std::string &strDataField)=0


• RbtBaseMolecularDataSource.h

5.101 RbtBaseMolecularFileSink Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseMolecularFileSink:


RbtBaseFileSink

RbtCrdFileSink RbtCSVFileSink RbtMdlFileSink RbtPsfFileSink


5.102 RbtBaseMolecularFileSource Class Reference 69


• RbtBaseMolecularFileSink (const std::string &fileName, RbtModelPtr spModel, bool bUseModelSegment←↩

Names=true)

• virtual bool isMultiConfSupported ()

• RbtModelPtr GetModel () const

• RBTDLL_EXPORT void SetModel (RbtModelPtr spModel, bool bUseModelSegmentNames=false)

• void SetNextSegmentId (int nSegmentId)

• bool GetMultiConf () const

• void SetMultiConf (bool bMultiConf)

• void WriteMultiConf ()

• RbtModelList GetSolvent () const

• void SetSolvent (RbtModelList solventList)


• void Reset ()


• int m_nAtomId

• int m_nSubunitId

• int m_nSegmentId

• bool m_bUseModelSegmentNames


• RbtBaseMolecularFileSink.h

5.102 RbtBaseMolecularFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseMolecularFileSource:


RbtBaseFileSource RbtBaseMolecularDataSource





• RBTDLL_EXPORT RbtBaseMolecularFileSource (const std::string &fileName, const std::string &source←↩

Name)

• RbtBaseMolecularFileSource (const std::string &fileName, const std::string &strRecDelim, const std::string&sourceName)

• void Reset ()

• int GetNumTitles ()

• int GetNumAtoms ()

• int GetNumBonds ()

• int GetNumSegments ()

• std::vector< std::string > GetTitleList ()

• RbtAtomList GetAtomList ()

• RbtBondList GetBondList ()

• RbtSegmentMap GetSegmentMap ()

• virtual int GetNumData ()

• virtual std::vector< std::string > GetDataFieldList ()

• virtual RbtStringVariantMap GetDataMap ()

• virtual bool isDataFieldPresent (const std::string &strDataField)

• virtual RbtVariant GetDataValue (const std::string &strDataField)

• RbtSegmentMap GetSegmentFilterMap ()

• RBTDLL_EXPORT void SetSegmentFilterMap (const RbtSegmentMap &segmentFilterMap)

• void ClearSegmentFilterMap ()

• bool isSegmentFilterMapDefined ()


• void ClearMolCache ()

• void RemoveAtom (RbtAtomPtr spAtom)

• void RenumberAtomsAndBonds ()

• void SetupPartialIonicGroups (RbtAtomList &atoms, RbtParameterFileSourcePtr spParamSource)


• std::vector< std::string > m_titleList

• RbtAtomList m_atomList

• RbtBondList m_bondList

• RbtSegmentMap m_segmentMap

• RbtStringVariantMap m_dataMap


• RbtBaseMolecularFileSource.h


5.103 RbtBaseObject Class Reference 71

5.103 RbtBaseObject Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseObject:

RbtBaseObject


RbtBaseSF RbtBaseTransform RbtFilter RbtSiteMapper

RbtBaseIdxSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseIntraSF

RbtDihedralSF

RbtPolarSF

RbtSFAgg

RbtVdwSF


RbtBaseUniMolTransform

RbtNullTransform

RbtTransformAgg

RbtLigandSiteMapper

RbtSphereSiteMapper


• std::string GetClass () const• std::string GetName () const• void SetName (const std::string &)• virtual std::string GetFullName () const• void Enable ()• void Disable ()• bool isEnabled () const• int GetTrace () const• RBTDLL_EXPORT void SetTrace (int)• virtual void Register (RbtWorkSpace ∗)• virtual void Unregister ()• RbtWorkSpace ∗ GetWorkSpace () const• virtual void Deleted (RbtSubject ∗theDeletedSubject)• virtual void HandleRequest (RbtRequestPtr spRequest)• virtual void Print (std::ostream &s) const

Static Public Member Functions

• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetTraceStr ()


• static std::string _CT• static std::string _CLASS• static std::string _NAME• static std::string _ENABLED• static std::string _TRACE




• RbtBaseObject (const std::string &strClass, const std::string &strName)• void ParameterUpdated (const std::string &strName)


• RbtBaseObject.h

5.104 RbtBaseSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseSF:

RbtBaseSF

RbtBaseObject


RbtBaseIdxSF RbtBaseInterSF RbtBaseIntraSF RbtDihedralSF RbtPolarSF RbtSFAgg RbtVdwSF

RbtAromIdxSF

RbtNmrSF

RbtPMFIdxSF

RbtPolarIdxSF

RbtSAIdxSF

RbtVdwIdxSF

RbtAromIdxSF

RbtCavityFillSF

RbtCavityGridSF

RbtConstSF

RbtDihedralTargetSF

RbtNmrSF

RbtPharmaSF

RbtPMFGridSF

RbtPMFIdxSF

RbtPolarIdxSF

RbtRotSF

RbtSAIdxSF

RbtSetupPMFSF

RbtSetupPolarSF

RbtSetupSASF

RbtTetherSF

RbtVdwGridSF

RbtVdwIdxSF

RbtDihedralIntraSF

RbtPolarIntraSF

RbtVdwIntraSF

RbtDihedralIntraSF

RbtDihedralTargetSF

RbtPolarIdxSF

RbtPolarIntraSF

RbtVdwIdxSF

RbtVdwIntraSF


• std::string GetFullName () const• double GetWeight () const• void SetWeight (double)• double GetRange () const• RBTDLL_EXPORT void SetRange (double)• RBTDLL_EXPORT double Score () const• virtual void ScoreMap (RbtStringVariantMap &scoreMap) const• virtual void Add (RbtBaseSF ∗)• virtual void Remove (RbtBaseSF ∗)• virtual bool isAgg () const• virtual unsigned int GetNumSF () const• virtual RbtBaseSF ∗ GetSF (unsigned int iSF) const• void Orphan ()• RbtBaseSF ∗ GetParentSF () const


5.105 RbtBaseTransform Class Reference 73


• static std::string _CT• static std::string _WEIGHT• static std::string _RANGE• static std::string _SYSTEM_SF• static std::string _INTRA_SF


• RbtBaseSF (const std::string &strClass, const std::string &strName)• virtual double RawScore () const =0• void ParameterUpdated (const std::string &strName)• void AddToParentMapEntry (RbtStringVariantMap &scoreMap, double rs) const

Friends

• class RbtSFAgg



• RbtBaseSF.h

5.105 RbtBaseTransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseTransform:

RbtBaseTransform

RbtBaseObject


RbtBaseBiMolTransform RbtBaseUniMolTransform RbtNullTransform RbtTransformAgg

RbtAlignTransform RbtGATransform RbtRandPopTransform RbtSimAnnTransform RbtSimplexTransform RbtRandLigTransform


• std::string GetFullName () const• void Go ()• virtual void Add (RbtBaseTransform ∗)• virtual void Remove (RbtBaseTransform ∗)• virtual bool isAgg () const• virtual unsigned int GetNumTransforms () const• virtual RbtBaseTransform ∗ GetTransform (unsigned int) const• void Orphan ()• RbtBaseTransform ∗ GetParentTransform () const• void AddSFRequest (RbtRequestPtr)• void ClearSFRequests ()• void SendSFRequests ()






• RbtBaseTransform (const std::string &strClass, const std::string &strName)

Friends

• class RbtTransformAgg



• RbtBaseTransform.h

5.106 RbtBaseUniMolTransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtBaseUniMolTransform:


RbtBaseTransform

RbtBaseObject


RbtRandLigTransform


• RbtModelPtr GetLigand () const• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)




5.107 RbtBiMolWorkSpace Class Reference 75


• RbtBaseUniMolTransform (const std::string &strClass, const std::string &strName)• virtual void SetupTransform ()=0



• RbtBaseUniMolTransform.h

5.107 RbtBiMolWorkSpace Class Reference

Inheritance diagram for RbtBiMolWorkSpace:

RbtBiMolWorkSpace

RbtWorkSpace

RbtSubject RbtParamHandler


• RBTDLL_EXPORT RbtModelPtr GetReceptor () const• RBTDLL_EXPORT RbtModelPtr GetLigand () const• RBTDLL_EXPORT RbtModelList GetSolvent () const• RBTDLL_EXPORT bool hasSolvent () const• RBTDLL_EXPORT void SetReceptor (RbtModelPtr spReceptor)• RBTDLL_EXPORT void SetLigand (RbtModelPtr spLigand)• RBTDLL_EXPORT void SetSolvent (RbtModelList solventList)• RBTDLL_EXPORT void RemoveSolvent ()• RBTDLL_EXPORT void UpdateModelCoordsFromChromRecords (RbtBaseMolecularFileSource ∗p←↩

Source, int iTrace)• virtual void Save (bool bSaveScores=true)• virtual void SaveHistory (bool bSaveScores=true)



• RbtBiMolWorkSpace.h



5.108 RbtBond Class Reference


• RbtBond (int nBondId, RbtAtomPtr &spAtom1, RbtAtomPtr &spAtom2, int nFormalBondOrder=1)

• RbtBond (const RbtBond &bond)

• RbtBond & operator= (const RbtBond &bond)

• int GetBondId () const

• void SetBondId (const int nBondId)

• RbtAtomPtr GetAtom1Ptr () const

• RbtAtomPtr GetAtom2Ptr () const

• void SetAtom1Ptr (RbtAtomPtr &spAtom1)

• void SetAtom2Ptr (RbtAtomPtr &spAtom2)

• int GetFormalBondOrder () const

• void SetFormalBondOrder (const int nFormalBondOrder)

• double GetPartialBondOrder () const

• void SetPartialBondOrder (const double dPartialBondOrder)

• bool GetCyclicFlag () const

• void SetCyclicFlag (bool bCyclic=true)

• bool GetSelectionFlag () const

• void SetSelectionFlag (bool bSelected=true)

• double Length () const

Friends

• RBTDLL_EXPORT friend std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtBond &bond)


• RbtBond.h

5.109 Rbt::RbtBondPCmp_BondId Class Reference


• bool operator() (RbtBond ∗pBond1, RbtBond ∗pBond2) const


• RbtAtom.h


5.110 RbtCavity Class Reference 77

5.110 RbtCavity Class Reference


• RbtCavity (const RbtCoordList &coordList, const RbtVector gridStep)• RbtCavity (std::istream &istr)• virtual void Print (std::ostream &s) const• virtual void Write (std::ostream &ostr) const• virtual void Read (std::istream &istr)• RbtRealGridPtr GetGrid () const• const RbtCoord & GetCenterOfMass () const• const RbtPrincipalAxes & GetPrincipalAxes () const• int GetNumCoords () const• const RbtCoordList & GetCoordList () const• const RbtCoord & GetMinCoord () const• const RbtCoord & GetMaxCoord () const• const RbtVector & GetGridStep () const• double GetVolume () const

Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtCavity &cavity)


• RbtCavity.h

5.111 RbtCavityFillSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtCavityFillSF:

RbtCavityFillSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject



• RbtCavityFillSF (const std::string &strName="CAVFILL")






• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void ParameterUpdated (const std::string &strName)



• RbtCavityFillSF.h

5.112 RbtCavityGridSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtCavityGridSF:

RbtCavityGridSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject


Classes

• class HeavyAtomFactory


• RbtCavityGridSF (const std::string &strName="CAVITY")


• static std::string _CT• static std::string _RMAX• static std::string _QUADRATIC


5.113 Rbt::RbtCavityPtrCmp_Distance Class Reference 79


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupSolvent ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void ParameterUpdated (const std::string &strName)



• RbtCavityGridSF.h

5.113 Rbt::RbtCavityPtrCmp_Distance Class Reference


• RbtCavityPtrCmp_Distance (const RbtCoord &cc)• bool operator() (RbtCavityPtr spCav1, RbtCavityPtr spCav2) const


• RbtCavity.h

5.114 Rbt::RbtCavityPtrCmp_Volume Class Reference


• bool operator() (RbtCavityPtr spCav1, RbtCavityPtr spCav2) const


• RbtCavity.h

5.115 RbtCellContext Class Reference

Inheritance diagram for RbtCellContext:

RbtCellContext

RbtContext




• RbtCellContext (std::ifstream &ifile)• RbtCellContext (const RbtCellContext &c)• void Assign (int key, RbtReturnType val)• void Assign (std::string s, RbtReturnType val)• const RbtVble & GetVble (int key)• void SetVble (int key, const RbtVble &v)• const RbtVble & GetVble (std::string key)



• RbtContext.h

5.116 RbtCellTokenIter Class Reference

Inheritance diagram for RbtCellTokenIter:

RbtCellTokenIter

RbtTokenIter


• RbtCellTokenIter (const RbtCellTokenIter &)• RbtCellTokenIter (const RbtGPChromosomePtr, RbtContextPtr)• virtual void copy (const RbtCellTokenIter &)• void Next (RbtContextPtr)• RbtTokenPtr Current ()




• RbtCellTokenIter.h


5.117 RbtCharmmDataSource Class Reference 81

5.117 RbtCharmmDataSource Class Reference


• RbtCharmmDataSource (const std::string &strMassesFile=Rbt::GetRbtFileName("data", "masses.rtf"))• std::string AtomTypeString (int nAtomType)• int ImplicitHydrogens (const std::string &strFFType)• int AtomicNumber (const std::string &strFFType)• int FormalCharge (const std::string &strFFType)• RbtAtom::eHybridState HybridState (const std::string &strFFType)


• RbtCharmmDataSource.h

5.118 RbtCharmmTypesFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtCharmmTypesFileSource:

RbtCharmmTypesFileSource

RbtBaseFileSource


• RbtCharmmTypesFileSource (const char ∗fileName)• RbtCharmmTypesFileSource (const std::string fileName)• int GetNumTypes ()• RbtCharmmTypeList GetTypeList ()



• RbtCharmmTypesFileSource.h

5.119 RbtChrom Class Reference

Inheritance diagram for RbtChrom:

RbtChrom

RbtChromElement




• RbtChrom (const RbtModelList &modelList)

• virtual void Reset ()

• virtual void Randomise ()

• virtual void Mutate (double relStepSize)

• virtual void SyncFromModel ()

• virtual void SyncToModel ()

• virtual RbtChromElement ∗ clone () const

• virtual int GetLength () const

• virtual int GetXOverLength () const

• virtual void GetVector (std::vector< double > &v) const

• virtual void GetVector (RbtXOverList &v) const

• virtual void SetVector (const std::vector< double > &v, int &i)

• virtual void SetVector (const RbtXOverList &v, int &i)

• virtual void GetStepVector (std::vector< double > &v) const

• virtual double CompareVector (const std::vector< double > &v, int &i) const

• virtual void Print (std::ostream &s) const

• virtual void Add (RbtChromElement ∗pChromElement)





• RbtChrom.h

5.120 RbtChromDihedralElement Class Reference

Inheritance diagram for RbtChromDihedralElement:

RbtChromDihedralElement

RbtChromElement


5.121 RbtChromDihedralRefData Class Reference 83


• RBTDLL_EXPORT RbtChromDihedralElement (RbtBondPtr spBond, RbtAtomList tetheredAtoms, doublestepSize, RbtChromElement::eMode mode=RbtChromElement::FREE, double maxDihedral=0.0)

• virtual void Reset ()• virtual void Randomise ()• virtual void Mutate (double relStepSize)• virtual void SyncFromModel ()• virtual void SyncToModel ()• virtual RbtChromElement ∗ clone () const• virtual int GetLength () const• virtual int GetXOverLength () const• virtual void GetVector (std::vector< double > &v) const• virtual void GetVector (RbtXOverList &v) const• virtual void SetVector (const std::vector< double > &v, int &i)• virtual void SetVector (const RbtXOverList &v, int &i)• virtual void GetStepVector (std::vector< double > &v) const• virtual double CompareVector (const std::vector< double > &v, int &i) const• virtual void Print (std::ostream &s) const


• static double StandardisedValue (double dihedralAngle)




• RbtChromDihedralElement (RbtChromDihedralRefDataPtr spRefData, double value)• void CorrectTetheredDihedral ()



• RbtChromDihedralElement.h

5.121 RbtChromDihedralRefData Class Reference


• RbtChromDihedralRefData (RbtBondPtr spBond, RbtAtomList tetheredAtoms, double stepSize, Rbt←↩

ChromElement::eMode mode=RbtChromElement::FREE, double maxDihedral=0.0)• double GetStepSize () const• RbtChromElement::eMode GetMode () const• double GetMaxDihedral () const• double GetModelValue () const• void SetModelValue (double dihedralAngle)• double GetInitialValue () const






• RbtChromDihedralRefData.h

5.122 RbtChromElement Class Reference

Inheritance diagram for RbtChromElement:

RbtChromElement

RbtChrom RbtChromDihedralElement RbtChromOccupancyElement RbtChromPositionElement

Public Types

• enum eMode { FIXED = 0, TETHERED = 1, FREE = 2 }


• virtual void Reset ()=0• virtual void Randomise ()=0• virtual void Mutate (double relStepSize)=0• virtual void SyncFromModel ()=0• virtual void SyncToModel ()=0• virtual RbtChromElement ∗ clone () const =0• virtual int GetLength () const =0• virtual int GetXOverLength () const =0• virtual void GetVector (std::vector< double > &v) const =0• virtual void GetVector (RbtXOverList &v) const =0• virtual void SetVector (const std::vector< double > &v, int &i)=0• virtual void SetVector (const RbtXOverList &v, int &i)=0• virtual void GetStepVector (std::vector< double > &v) const =0• virtual double CompareVector (const std::vector< double > &v, int &i) const =0• virtual void Add (RbtChromElement ∗pChromElement)• virtual void Print (std::ostream &s) const• RbtRand & GetRand () const• void CauchyMutate (double mean, double variance)• RBTDLL_EXPORT double Compare (const RbtChromElement &c) const• bool Equals (const RbtChromElement &c, double threshold) const• void SetVector (const std::vector< double > &v)• void SetVector (const RbtXOverList &v)


5.123 RbtChromFactory Class Reference 85


• static RBTDLL_EXPORT double & GetThreshold ()• static eMode StrToMode (const std::string &modeStr)• static std::string RBTDLL_EXPORT ModeToStr (eMode mode)


• static std::string _CT• static double _THRESHOLD


• RBTDLL_EXPORT RbtChromElement (const RbtChromElement &c)• RBTDLL_EXPORT RbtChromElement & operator= (const RbtChromElement &c)• bool VectorOK (const std::vector< double > &v, unsigned int i) const• bool VectorOK (const RbtXOverList &v, unsigned int i) const

Friends

• RBTDLL_EXPORT friend bool operator== (const RbtChromElement &c1, const RbtChromElement &c2)• RBTDLL_EXPORT friend bool operator!= (const RbtChromElement &c1, const RbtChromElement &c2)• RBTDLL_EXPORT friend std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtChromElement &c)


• RbtChromElement.h

5.123 RbtChromFactory Class Reference

Inheritance diagram for RbtChromFactory:

RbtChromFactory

RbtFlexDataVisitor


• virtual void VisitReceptorFlexData (RbtReceptorFlexData ∗)• virtual void VisitLigandFlexData (RbtLigandFlexData ∗)• virtual void VisitSolventFlexData (RbtSolventFlexData ∗)• RbtChromElement ∗ GetChrom () const• RbtModelMutatorPtr GetModelMutator () const


• RbtChromFactory.h



5.124 RbtChromOccupancyElement Class Reference

Inheritance diagram for RbtChromOccupancyElement:

RbtChromOccupancyElement

RbtChromElement


• RBTDLL_EXPORT RbtChromOccupancyElement (RbtModel ∗pModel, double stepSize, double threshold)• virtual void Reset ()• virtual void Randomise ()• virtual void Mutate (double relStepSize)• virtual void SyncFromModel ()• virtual void SyncToModel ()• virtual RbtChromElement ∗ clone () const• virtual int GetLength () const• virtual int GetXOverLength () const• virtual void GetVector (std::vector< double > &v) const• virtual void GetVector (RbtXOverList &v) const• virtual void SetVector (const std::vector< double > &v, int &i)• virtual void SetVector (const RbtXOverList &v, int &i)• virtual void GetStepVector (std::vector< double > &v) const• virtual double CompareVector (const std::vector< double > &v, int &i) const• virtual void Print (std::ostream &s) const


• static double StandardisedValue (double occupancy)




• RbtChromOccupancyElement (RbtChromOccupancyRefDataPtr spRefData, double value)



• RbtChromOccupancyElement.h


5.125 RbtChromOccupancyRefData Class Reference 87

5.125 RbtChromOccupancyRefData Class Reference


• RbtChromOccupancyRefData (RbtModel ∗pModel, double stepSize, double threshold)• double GetStepSize () const• double GetModelValue () const• void SetModelValue (double occupancy)• double GetInitialValue () const




• RbtChromOccupancyRefData.h

5.126 RbtChromPositionElement Class Reference

Inheritance diagram for RbtChromPositionElement:

RbtChromPositionElement

RbtChromElement


• RBTDLL_EXPORT RbtChromPositionElement (const RbtModel ∗pModel, const RbtDockingSite ∗p←↩

DockSite, double transStepSize, double rotStepSize, RbtChromElement::eMode transMode=RbtChrom←↩

Element::FREE, RbtChromElement::eMode rotMode=RbtChromElement::FREE, double maxTrans=0.0, dou-ble maxRot=0.0)

• virtual void Reset ()• virtual void Randomise ()• virtual void Mutate (double relStepSize)• virtual void SyncFromModel ()• virtual void SyncToModel ()• virtual RbtChromElement ∗ clone () const• virtual int GetLength () const• virtual int GetXOverLength () const• virtual void GetVector (std::vector< double > &v) const• virtual void GetVector (RbtXOverList &v) const• virtual void SetVector (const std::vector< double > &v, int &i)• virtual void SetVector (const RbtXOverList &v, int &i)• virtual void GetStepVector (std::vector< double > &v) const• virtual double CompareVector (const std::vector< double > &v, int &i) const• virtual void Print (std::ostream &s) const




• static double StandardisedValue (double rotationAngle)




• RbtChromPositionElement (RbtChromPositionRefDataPtr spRefData, const RbtCoord &com, constRbtEuler &orientation)

• void RandomiseCOM ()• void RandomiseOrientation ()• void MutateCOM (double relStepSize)• void MutateOrientation (double relStepSize)• void CorrectTetheredCOM ()• void CorrectTetheredOrientation ()



• RbtChromPositionElement.h

5.127 RbtChromPositionRefData Class Reference


• RbtChromPositionRefData (const RbtModel ∗pModel, const RbtDockingSite ∗pDockSite, double trans←↩

StepSize, double rotStepSize, RbtChromElement::eMode transMode=RbtChromElement::FREE, Rbt←↩

ChromElement::eMode rotMode=RbtChromElement::FREE, double maxTrans=0.0, double maxRot=0.0)• int GetNumStartCoords () const• const RbtCoord & GetStartCoord (int iCoord) const• double GetTransStepSize () const• double GetRotStepSize () const• RbtChromElement::eMode GetTransMode () const• RbtChromElement::eMode GetRotMode () const• int GetLength () const• int GetXOverLength () const• bool IsTransFixed () const• bool IsRotFixed () const• double GetMaxTrans () const• double GetMaxRot () const• const RbtCoord & GetInitialCOM () const• const RbtEuler & GetInitialOrientation () const• const RbtQuat & GetInitialQuat () const• void GetModelValue (RbtCoord &com, RbtEuler &orientation) const• void SetModelValue (const RbtCoord &com, const RbtEuler &orientation)


5.128 RbtChromTest Class Reference 89


• static std::string _CT• static const RbtPrincipalAxes CARTESIAN_AXES


• RbtChromPositionRefData.h

5.128 RbtChromTest Class Reference

Inheritance diagram for RbtChromTest:

RbtChromTest

Test


• void SetUp () override• void TearDown () override• void setupWorkSpace ()• double rmsd (const RbtCoordList &rc, const RbtCoordList &c)• void measureRandOrMutateDiff (RbtChromElement ∗chrom, int nTrials, bool bMutate, double &meanDiff,

double &minDiff, double &maxDiff)• void measureCrossoverDiff (RbtChromElement ∗chrom, int nTrials, double &meanDiff, double &minDiff,

double &maxDiff)


• RbtModelPtr m_recep_1koc• RbtModelPtr m_lig_1koc• RbtDockingSitePtr m_site_1koc• RbtChromElementPtr m_chrom_1koc• RbtAtomList m_atomList• RbtBiMolWorkSpacePtr m_workSpace• RbtSFAggPtr m_SF

Static Protected Attributes

• static double TINY = 1E-4


• RbtChromTest.h• RbtChromTest.cxx



5.129 RbtCommands Class Reference

Public Types

• enum RbtCommName {ADD = 0, SUB = 1, MUL = 2, DIV = 3,IF = 4, LOG = 5, EXP = 6, RCTE = 7,AND = 8, NULLC = -1 }


• RbtCommands (const RbtCommands &c)

• RbtCommands (int ncomm)

• RbtCommName GetName () const

• int GetNArgs () const

• bool IsAdd () const

• bool IsSub () const

• bool IsMul () const

• bool IsDiv () const

• bool IsIf () const

• bool IsLog () const

• bool IsExp () const

• bool IsRCte () const

• bool IsAnd () const

• virtual void copy (const RbtCommands &c)


• RbtCommands.h

5.130 RbtConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtConstraint:


5.130 RbtConstraint Class Reference 91

RbtConstraint

RbtHBAConstraint

RbtHBDConstraint

RbtHeavyConstraint

RbtHydroAliphaticConstraint

RbtHydroAromaticConstraint

RbtHydroConstraint

RbtNegChargeConstraint

RbtPosChargeConstraint

RbtRingAromaticConstraint


• RbtConstraint (RbtCoord, double)• RbtConstraint (const RbtConstraint &)• void copy (const RbtConstraint &)• std::ostream & Print (std::ostream &) const• RbtCoord GetCoords () const• double GetTolerance () const• virtual void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)=0• double Score () const




• RbtCoord coord• double tolerance• RbtAtomList m_atomList

Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &, const RbtConstraint &)


• RbtConstraint.h



5.131 RbtConstSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtConstSF:

RbtConstSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject



• RbtConstSF (const std::string &strName="CONST")• virtual void ScoreMap (RbtStringVariantMap &scoreMap) const


• static std::string _CT• static std::string _SOLVENT_PENALTY





• RbtConstSF.h

5.132 RbtContext Class Reference

Inheritance diagram for RbtContext:

RbtContext

RbtCellContext RbtStringContext


5.133 RbtCoord Class Reference 93


• RbtContext (const RbtContext &c)

• virtual void Assign (std::string, RbtReturnType)=0

• virtual void Assign (int, RbtReturnType)=0

• virtual const RbtVble & GetVble (int)=0

• virtual const RbtVble & GetVble (std::string)=0

• virtual void SetVble (int key, const RbtVble &v)=0




• RbtContext.h

5.133 RbtCoord Class Reference


• RbtCoord (double x1, double y1, double z1)

• RbtCoord (Eigen::Vector3d xyz1)

• RbtCoord (const RbtCoord &coord)

• std::ostream & Write (std::ostream &ostr) const

• std::istream & Read (std::istream &istr)

• RbtCoord & operator= (const RbtCoord &coord)

• RbtCoord & operator= (const double &d)

• void operator+= (const RbtCoord &coord)

• void operator+= (const double &d)

• void operator-= (const RbtCoord &coord)

• void operator-= (const double &d)

• void operator∗= (const double &d)

• void operator/= (const double &d)

• double Length2 () const

• double Length () const

• RbtCoord Unit () const

• RbtCoord Cross (const RbtCoord &v2) const

• double Dot (const RbtCoord &v2) const

Public Attributes

• Eigen::Vector3d xyz



Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtCoord &coord)• std::istream & operator>> (std::istream &s, RbtCoord &coord)• bool operator== (const RbtCoord &coord1, const RbtCoord &coord2)• bool operator!= (const RbtCoord &coord1, const RbtCoord &coord2)• bool operator> (const RbtCoord &coord1, const RbtCoord &coord2)• bool operator>= (const RbtCoord &coord1, const RbtCoord &coord2)• bool operator< (const RbtCoord &coord1, const RbtCoord &coord2)• bool operator<= (const RbtCoord &coord1, const RbtCoord &coord2)• RbtCoord operator+ (const RbtCoord &coord1, const RbtCoord &coord2)• RbtCoord operator+ (const RbtCoord &coord1, double d)• RbtCoord operator+ (double d, const RbtCoord &coord1)• RbtCoord operator- (const RbtCoord &coord1, const RbtCoord &coord2)• RbtCoord operator- (const RbtCoord &coord1, double d)• RbtCoord operator- (double d, const RbtCoord &coord1)• RbtCoord operator- (const RbtCoord &coord)• RbtCoord operator∗ (const RbtCoord &coord, const double &d)• RbtCoord operator∗ (const double &d, const RbtCoord &coord)• RbtCoord operator∗ (const RbtCoord &coord1, const RbtCoord &coord2)• RbtCoord operator/ (const RbtCoord &coord, const double &d)


• RbtCoord.h

5.134 RbtCrdFileSink Class Reference

Inheritance diagram for RbtCrdFileSink:

RbtCrdFileSink


RbtBaseFileSink


• RBTDLL_EXPORT RbtCrdFileSink (const std::string &fileName, RbtModelPtr spModel)• virtual bool isMultiConfSupported ()• virtual void Render ()



• RbtCrdFileSink.h


5.135 RbtCrdFileSource Class Reference 95

5.135 RbtCrdFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtCrdFileSource:

RbtCrdFileSource




• RbtCrdFileSource (const char ∗fileName)• RbtCrdFileSource (const std::string fileName)• virtual bool isTitleListSupported ()• virtual bool isAtomListSupported ()• virtual bool isCoordinatesSupported ()• virtual bool isBondListSupported ()


• virtual void Parse ()



• RbtCrdFileSource.h

5.136 RbtCSVFileSink Class Reference

Inheritance diagram for RbtCSVFileSink:

RbtCSVFileSink


RbtBaseFileSink


• RBTDLL_EXPORT RbtCSVFileSink (const std::string &fileName, RbtModelPtr spModel, std::size_t nAtoms,std::size_t nDataFields)

• virtual void Render ()





• RbtCSVFileSink.h

5.137 RbtDihedral Class Reference

Classes

• class prms


• RbtDihedral (RbtAtom ∗pAtom1, RbtAtom ∗pAtom2, RbtAtom ∗pAtom3, RbtAtom ∗pAtom4, const prms&dihprms)

• double operator() () const• RbtAtom ∗ GetAtom1Ptr () const• RbtAtom ∗ GetAtom2Ptr () const• RbtAtom ∗ GetAtom3Ptr () const• RbtAtom ∗ GetAtom4Ptr () const• void AddTerm (const prms &dihprms)


• RbtDihedralSF.h

5.138 RbtDihedralIntraSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtDihedralIntraSF:

RbtDihedralIntraSF

RbtBaseIntraSF RbtDihedralSF

RbtBaseSF RbtBaseSF




• RbtDihedralIntraSF (const std::string &strName="DIHEDRAL")


5.139 RbtDihedralSF Class Reference 97




• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void ClearModel ()



• RbtDihedralIntraSF.h

5.139 RbtDihedralSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtDihedralSF:

RbtDihedralSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject


RbtDihedralIntraSF RbtDihedralTargetSF


• static std::string _CT• static std::string _IMPL_H_CORR


• RbtDihedralList CreateDihedralList (const RbtBondList &bondList)



• RbtDihedralSF.h



5.140 RbtDihedralTargetSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtDihedralTargetSF:

RbtDihedralTargetSF

RbtBaseInterSF RbtDihedralSF

RbtBaseSF RbtBaseSF




• RbtDihedralTargetSF (const std::string &strName="DIHEDRAL")




• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void ClearReceptor ()



• RbtDihedralTargetSF.h

5.141 RbtDirectorySource Class Reference

#include <RbtDirectorySource.h>

Inheritance diagram for RbtDirectorySource:

RbtDirectorySource

RbtPMFDirSource


5.142 RbtDirIsNotAccessible Class Reference 99


• RbtDirectorySource (const std::string &)




• void CheckDirectory (std::string &)


• struct stat fStat• int fNum• struct dirent ∗∗ fNameList• std::ifstream inFile• std::string thePath

5.141.1 Detailed Description

RbtDirectorySource Reads all (or the given number) of files into a <vector> that are in a directory. To extend withother file formasts include other ReadFiles () methods


• RbtDirectorySource.h

5.142 RbtDirIsNotAccessible Class Reference

Inheritance diagram for RbtDirIsNotAccessible:

RbtDirIsNotAccessible

RbtFileError

RbtError


• RbtDirIsNotAccessible (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")





• RbtFileError.h

5.143 RbtDockingError Class Reference

Inheritance diagram for RbtDockingError:

RbtDockingError

RbtError


• RbtDockingError (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")


• RbtDockingError (const std::string &strName, const std::string &strFile, int nLine, const std::string &str←↩

Message="")


• RbtDockingError.h

5.144 RbtDockingSite Class Reference

Classes

• class isAtomInRange


• RBTDLL_EXPORT RbtDockingSite (const RbtCavityList &cavList, double border)• RBTDLL_EXPORT RbtDockingSite (std::istream &istr)• virtual void Print (std::ostream &s) const• void Read (std::istream &istr)• RBTDLL_EXPORT void Write (std::ostream &ostr)• RBTDLL_EXPORT RbtRealGridPtr GetGrid ()• double GetBorder () const• RbtCoord GetMinCoord () const• RbtCoord GetMaxCoord () const• RbtCavityList GetCavityList () const• int GetNumCavities () const• RBTDLL_EXPORT double GetVolume () const• void GetCoordList (RbtCoordList &retVal) const• RBTDLL_EXPORT RbtAtomList GetAtomList (const RbtAtomList &atomList, double minDist, double max←↩

Dist)• RBTDLL_EXPORT RbtAtomList GetAtomList (const RbtAtomList &atomList, double maxDist)• unsigned int GetNumAtoms (const RbtAtomList &atomList, double minDist, double maxDist)


5.145 RbtElementData Class Reference 101



Friends

• RBTDLL_EXPORT friend std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtDockingSite &site)


• RbtDockingSite.h

5.145 RbtElementData Class Reference

Public Attributes

• int atomicNo• std::string element• int minVal• int maxVal• int commonVal• double mass• double vdwRadius


• RbtElementFileSource.h

5.146 RbtElementFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtElementFileSource:

RbtElementFileSource

RbtBaseFileSource


• RbtElementFileSource (const std::string &fileName)• RBTDLL_EXPORT std::string GetTitle ()• std::string GetVersion ()• unsigned int GetNumElements ()• std::vector< std::string > GetElementNameList ()• std::vector< int > GetAtomicNumberList ()• RbtElementData GetElementData (const std::string &strElementName)• RbtElementData GetElementData (int nAtomicNumber)• bool isElementNamePresent (const std::string &strElementName)• bool isAtomicNumberPresent (int nAtomicNumber)• double GetHBondRadiusIncr ()• double GetImplicitRadiusIncr ()





• RbtElementFileSource.h

5.147 RbtEnvNotDefined Class Reference

Inheritance diagram for RbtEnvNotDefined:

RbtEnvNotDefined

RbtFileError

RbtError

Public Member Functions• RbtEnvNotDefined (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtFileError.h

5.148 RbtError Class Reference

Inheritance diagram for RbtError:

RbtError

RbtAssert

RbtBadArgument

RbtBadReceptorFile

RbtDockingError

RbtFileError

RbtInvalidRequest

RbtLigandError

RbtModelError


5.149 RbtEuler Class Reference 103


• RbtError (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")• std::string File () const• int Line () const• std::string Message () const• std::string Name () const• bool isOK () const• void AddMessage (const std::string &strMessage)


• RbtError (const std::string &strName, const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")

Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtError &error)


• RbtError.h

5.149 RbtEuler Class Reference


• RbtEuler (double heading=0.0, double attitude=0.0, double bank=0.0)• RbtEuler (const RbtQuat &q)• bool isStandardised () const• void Standardise ()• double GetHeading () const• double GetAttitude () const• double GetBank () const• RBTDLL_EXPORT RbtQuat ToQuat () const• RBTDLL_EXPORT void FromQuat (const RbtQuat &q)• void Rotate (const RbtQuat &q)• void Rotate (const RbtVector &axis, double theta)

Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtEuler &euler)


• RbtEuler.h



5.150 RbtFFTGrid Class Reference

Inheritance diagram for RbtFFTGrid:

RbtFFTGrid

RbtRealGrid

RbtBaseGrid


• RbtFFTGrid (const RbtCoord &gridMin, const RbtCoord &gridStep, unsigned int NX, unsigned int NY, un-signed int NZ, unsigned int NPad=0)

• RbtFFTGrid (std::istream &istr)

• RbtFFTGrid (const RbtFFTGrid &)

• RbtFFTGrid (const RbtRealGrid &)

• RbtFFTGrid (const RbtBaseGrid &)

• RbtFFTGrid & operator= (const RbtFFTGrid &)

• RbtFFTGrid & operator= (const RbtRealGrid &)

• RbtFFTGrid & operator= (const RbtBaseGrid &)

• virtual void Print (std::ostream &ostr) const

• virtual void Write (std::ostream &ostr) const

• virtual void Read (std::istream &istr)

• RbtFFTPeakMap FindPeaks (double threshold, unsigned int minVol=1)

• RbtFFTPeak FindMaxPeak () const








• RbtFFTGrid.h


5.151 RbtFFTPeak Class Reference 105

5.151 RbtFFTPeak Class Reference

Public Attributes

• unsigned int index• RbtCoord coord• double height• unsigned int volume• std::set< unsigned int > points


• RbtFFTGrid.h

5.152 RbtFileError Class Reference

Inheritance diagram for RbtFileError:

RbtFileError

RbtError

RbtDirIsNotAccessible

RbtEnvNotDefined

RbtFileMissingParameter

RbtFileParseError

RbtFileReadError

RbtFileWriteError

RbtNoFileInDir

RbtStringTooLong


• RbtFileError (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")




• RbtFileError (const std::string &strName, const std::string &strFile, int nLine, const std::string &str←↩

Message="")


• RbtFileError.h

5.153 RbtFileMissingParameter Class Reference

Inheritance diagram for RbtFileMissingParameter:

RbtFileMissingParameter

RbtFileError

RbtError


• RbtFileMissingParameter (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtFileError.h

5.154 RbtFileParseError Class Reference

Inheritance diagram for RbtFileParseError:

RbtFileParseError

RbtFileError

RbtError


5.155 RbtFileReadError Class Reference 107


• RbtFileParseError (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtFileError.h

5.155 RbtFileReadError Class Reference

Inheritance diagram for RbtFileReadError:

RbtFileReadError

RbtFileError

RbtError


• RbtFileReadError (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtFileError.h

5.156 RbtFileWriteError Class Reference

Inheritance diagram for RbtFileWriteError:

RbtFileWriteError

RbtFileError

RbtError




• RbtFileWriteError (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtFileError.h

5.157 RbtFilter Class Reference

Inheritance diagram for RbtFilter:

RbtFilter

RbtBaseObject



• RBTDLL_EXPORT RbtFilter (std::string strfilter, bool filter=false)• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)• void SetupReceptor ()• void SetupLigand ()• void SetupScore ()• RBTDLL_EXPORT bool Write ()• RBTDLL_EXPORT bool Terminate ()• RbtModelPtr GetReceptor () const• RbtModelPtr GetLigand () const• void SetMaxNRuns (int n)





• RbtFilter.h


5.158 RbtFilterExpression Class Reference 109

5.158 RbtFilterExpression Class Reference

Inheritance diagram for RbtFilterExpression:

RbtFilterExpression

FilterAddExp

FilterAndExp

FilterDivExp

FilterExpExp

FilterIfExp

FilterLogExp

FilterMulExp

FilterSubExp

FilterVbleExp


• virtual void Print ()=0• virtual void Accept (RbtFilterExpressionVisitor &)=0• virtual int GetNOps ()=0• virtual SmartPtr< RbtFilterExpression > GetOp (int)=0• RbtReturnType GetValue ()• void SetValue (RbtReturnType v)




• RbtReturnType value





5.159 RbtFilterExpressionVisitor Class Reference

Inheritance diagram for RbtFilterExpressionVisitor:


EvaluateVisitor PrettyPrintVisitor PrintVisitor


• virtual void VisitVbleExp (FilterVbleExp ∗)=0• virtual void VisitAddExp (FilterAddExp ∗)=0• virtual void VisitSubExp (FilterSubExp ∗)=0• virtual void VisitMulExp (FilterMulExp ∗)=0• virtual void VisitDivExp (FilterDivExp ∗)=0• virtual void VisitAndExp (FilterAndExp ∗)=0• virtual void VisitLogExp (FilterLogExp ∗)=0• virtual void VisitExpExp (FilterExpExp ∗)=0• virtual void VisitIfExp (FilterIfExp ∗)=0



5.160 RbtFlexAtomFactory Class Reference

Inheritance diagram for RbtFlexAtomFactory:

RbtFlexAtomFactory

RbtFlexDataVisitor


• RbtFlexAtomFactory (RbtModel ∗)• RbtFlexAtomFactory (RbtModelList)• void Visit (RbtModel ∗)• void Clear ()• virtual void VisitReceptorFlexData (RbtReceptorFlexData ∗)• virtual void VisitLigandFlexData (RbtLigandFlexData ∗)• virtual void VisitSolventFlexData (RbtSolventFlexData ∗)• RbtAtomRList GetFixedAtomList () const• RbtAtomRList GetTetheredAtomList () const• RbtAtomRList GetFreeAtomList () const


• RbtFlexAtomFactory.h


5.161 RbtFlexData Class Reference 111

5.161 RbtFlexData Class Reference

Inheritance diagram for RbtFlexData:

RbtFlexData

RbtParamHandler

RbtLigandFlexData RbtReceptorFlexData

RbtSolventFlexData


• RbtModel ∗ GetModel () const• void SetModel (RbtModel ∗pModel)• RbtDockingSite ∗ GetDockingSite () const• virtual void Accept (RbtFlexDataVisitor &)=0


• RbtFlexData (RbtDockingSite ∗pDockSite)


• RbtFlexData.h

5.162 RbtFlexDataVisitor Class Reference

Inheritance diagram for RbtFlexDataVisitor:

RbtFlexDataVisitor

RbtCavityGridSF::HeavyAtomFactory RbtChromFactory RbtFlexAtomFactory


• virtual void VisitReceptorFlexData (RbtReceptorFlexData ∗)=0• virtual void VisitLigandFlexData (RbtLigandFlexData ∗)=0• virtual void VisitSolventFlexData (RbtSolventFlexData ∗)=0


• RbtFlexDataVisitor.h



5.163 RbtGATransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtGATransform:

RbtGATransform


RbtBaseTransform

RbtBaseObject



• RBTDLL_EXPORT RbtGATransform (const std::string &strName="GAGENRW")


• static std::string _CT• static std::string _NEW_FRACTION• static std::string _PCROSSOVER• static std::string _XOVERMUT• static std::string _CMUTATE• static std::string _STEP_SIZE• static std::string _EQUALITY_THRESHOLD• static std::string _NCYCLES• static std::string _NCONVERGENCE• static std::string _HISTORY_FREQ


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupTransform ()• virtual void Execute ()



• RbtGATransform.h


5.164 RbtGenome Class Reference 113

5.164 RbtGenome Class Reference


• RbtGenome (RbtChromElement ∗pChr)• RbtGenome (const RbtGenome &)• RbtGenome & operator= (const RbtGenome &)• RbtGenome ∗ clone () const• RbtChromElement ∗ GetChrom () const• void SetScore (RbtBaseSF ∗pSF)• double GetScore () const• double SetRWFitness (double sigmaOffset, double partialSum)• void NormaliseRWFitness (double total)• double GetRWFitness () const• bool Equals (const RbtGenome &g, double threshold) const• void Print (std::ostream &) const



Friends

• bool operator== (const RbtGenome &g1, const RbtGenome &g2)• std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtGenome &g)


• RbtGenome.h

5.165 RbtHBAConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtHBAConstraint:

RbtHBAConstraint

RbtConstraint


• RbtHBAConstraint (RbtCoord c, double t)• void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)




• static unsigned int counter



• RbtConstraint.h

5.166 RbtHBDConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtHBDConstraint:

RbtHBDConstraint

RbtConstraint


• RbtHBDConstraint (RbtCoord c, double t)• void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)





• RbtConstraint.h

5.167 RbtHeavyConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtHeavyConstraint:

RbtHeavyConstraint

RbtConstraint


5.168 RbtHHSType Class Reference 115


• RbtHeavyConstraint (RbtCoord c, double t)• void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)





• RbtConstraint.h

5.168 RbtHHSType Class Reference

Public Types

• enum eType {UNDEFINED = 0, C_sp3, CH_sp3, CH2_sp3,CH3_sp3, C_sp2, CH_sp2, CH2_sp2,C_sp2p, C_ar, CH_ar, C_sp,C_sp3_P, CH_sp3_P, CH2_sp3_P, CH3_sp3_P,C_sp2_P, CH_sp2_P, CH2_sp2_P, C_ar_P,CH_ar_P, H, HO, HN,HNp, HS, O_sp3, OH_sp3,OW, O_tri, OH_tri, O_sp2,ON, Om, N_sp3, NH_sp3,NH2_sp3, N_sp3p, N_tri, NH_tri,NH2_tri, N_sp2, N_sp2p, N_ar,N_sp, S_sp3, S_sp2, P,F, Cl, Br, I,Metal, MAXTYPES }


• eType operator() (RbtAtom ∗anAtom) const• std::string Type2Str (eType) const• eType Str2Type (const std::string &) const


• RbtSATypes.h



5.169 RbtHydroAliphaticConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtHydroAliphaticConstraint:

RbtHydroAliphaticConstraint

RbtConstraint


• RbtHydroAliphaticConstraint (RbtCoord c, double t)• void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)





• RbtConstraint.h

5.170 RbtHydroAromaticConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtHydroAromaticConstraint:

RbtHydroAromaticConstraint

RbtConstraint


• RbtHydroAromaticConstraint (RbtCoord c, double t)• void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)




5.171 RbtHydroConstraint Class Reference 117



• RbtConstraint.h

5.171 RbtHydroConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtHydroConstraint:

RbtHydroConstraint

RbtConstraint


• RbtHydroConstraint (RbtCoord c, double t)

• void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)





• RbtConstraint.h

5.172 RbtInteractionCenter Class Reference

Public Types

• enum eLP { NONE, PLANE, LONEPAIR }




• RbtInteractionCenter (RbtAtom ∗pAtom1=nullptr, RbtAtom ∗pAtom2=nullptr, RbtAtom ∗pAtom3=nullptr,eLP LP=NONE)

• RbtAtom ∗ GetAtom1Ptr () const• RbtAtom ∗ GetAtom2Ptr () const• RbtAtom ∗ GetAtom3Ptr () const• eLP LP () const• RbtAtomRList GetAtomList () const• bool isSelected () const



5.173 RbtInteractionGrid Class Reference

Inheritance diagram for RbtInteractionGrid:

RbtInteractionGrid

RbtBaseGrid


• RbtInteractionGrid (const RbtCoord &gridMin, const RbtCoord &gridStep, unsigned int NX, unsigned intNY, unsigned int NZ, unsigned int NPad=0)

• RbtInteractionGrid (std::istream &istr)• RbtInteractionGrid (const RbtInteractionGrid &)• RbtInteractionGrid (const RbtBaseGrid &)• RbtInteractionGrid & operator= (const RbtInteractionGrid &)• RbtInteractionGrid & operator= (const RbtBaseGrid &)• virtual void Print (std::ostream &ostr) const• virtual void Write (std::ostream &ostr) const• virtual void Read (std::istream &istr)• const RbtInteractionCenterList & GetInteractionList (unsigned int iXYZ) const• const RbtInteractionCenterList & GetInteractionList (const RbtCoord &c) const• void SetInteractionLists (RbtInteractionCenter ∗pIntn, double radius)• void ClearInteractionLists ()• void UniqueInteractionLists ()




5.174 RbtInteractionGridTemplate< T > Class Template Reference 119


• void OwnPrint (std::ostream &ostr) const• void OwnWrite (std::ostream &ostr) const• void OwnRead (std::istream &istr)



5.174 RbtInteractionGridTemplate< T > Class Template Reference

Inheritance diagram for RbtInteractionGridTemplate< T >:

RbtInteractionGridTemplate< T >

RbtBaseGrid


• RbtInteractionGridTemplate (const RbtCoord &gridMin, const RbtCoord &gridStep, unsigned int NX, un-signed int NY, unsigned int NZ, unsigned int NPad=0)

• RbtInteractionGridTemplate (std::istream &istr)• RbtInteractionGridTemplate (const RbtInteractionGridTemplate &aGrid)• RbtInteractionGridTemplate (const RbtBaseGrid &)• RbtInteractionGridTemplate & operator= (const RbtInteractionGridTemplate &aGrid)• RbtInteractionGridTemplate & operator= (const RbtBaseGrid &aGrid)• virtual void Print (std::ostream &ostr) const• virtual void Write (std::ostream &ostr) const• virtual void Read (std::istream &istr)• const RbtInteractionNodeList< T > & GetInteractionList (unsigned int iXYZ) const• const RbtInteractionNodeList< T > & GetInteractionList (const RbtCoord &c) const• void SetInteractionLists (T ∗pIntn, double radius)• void ClearInteractionLists ()






• RbtInteractionTemplate.h



5.175 RbtInteractionGridTemplatePtr< T > Class Template Reference

Inheritance diagram for RbtInteractionGridTemplatePtr< T >:

RbtInteractionGridTemplatePtr< T >

SmartPtr< RbtInteractionGridTemplate< T > >




5.176 RbtInteractionNode< T > Class Template Reference


• RbtInteractionNode (T aProperty)• T GetProperty () const• void SetProperty (T aProperty)



5.177 RbtInteractionNodeList< T > Class Template Reference

Inheritance diagram for RbtInteractionNodeList< T >:

RbtInteractionNodeList< T >

std::vector< RbtInteractionNode< T > * >




5.178 RbtInteractionNodeListMap< T > Class Template Reference 121

5.178 RbtInteractionNodeListMap< T > Class Template Reference

Inheritance diagram for RbtInteractionNodeListMap< T >:

RbtInteractionNodeListMap< T >

std::vector< RbtInteractionNodeList< T > >



5.179 RbtInteractionNodeListMapConstIter< T > Class TemplateReference

Inheritance diagram for RbtInteractionNodeListMapConstIter< T >:

RbtInteractionNodeListMapConstIter< T >

std::vector< T >::const_iterator



5.180 RbtInteractionNodeListMapIter< T > Class Template Reference

Inheritance diagram for RbtInteractionNodeListMapIter< T >:

RbtInteractionNodeListMapIter< T >

RbtInteractionNodeListMap< T >::iterator





5.181 RbtInvalidRequest Class Reference

Inheritance diagram for RbtInvalidRequest:

RbtInvalidRequest

RbtError


• RbtInvalidRequest (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtError.h

5.182 RbtLigandError Class Reference

Inheritance diagram for RbtLigandError:

RbtLigandError

RbtError


• RbtLigandError (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")


• RbtLigandError (const std::string &strName, const std::string &strFile, int nLine, const std::string &str←↩

Message="")


• RbtLigandError.h


5.183 RbtLigandFlexData Class Reference 123

5.183 RbtLigandFlexData Class Reference

Inheritance diagram for RbtLigandFlexData:

RbtLigandFlexData

RbtFlexData

RbtParamHandler

RbtSolventFlexData


• RBTDLL_EXPORT RbtLigandFlexData (RbtDockingSite ∗pDockSite)

• virtual void Accept (RbtFlexDataVisitor &v)


• static RBTDLL_EXPORT const std::string & GetTransMode ()

• static RBTDLL_EXPORT const std::string & GetRotMode ()


• static const std::string & _TRANS_STEP

• static const std::string & _ROT_STEP

• static const std::string & _DIHEDRAL_STEP

• static const std::string & _TRANS_MODE

• static const std::string & _ROT_MODE

• static const std::string & _DIHEDRAL_MODE

• static const std::string & _MAX_TRANS

• static const std::string & _MAX_ROT

• static const std::string & _MAX_DIHEDRAL



• RbtLigandFlexData.h



5.184 RbtLigandSiteMapper Class Reference

Inheritance diagram for RbtLigandSiteMapper:

RbtLigandSiteMapper

RbtSiteMapper

RbtBaseObject



• RbtLigandSiteMapper (const std::string &strName="LIGAND_MAPPER")• virtual RbtCavityList operator() ()


• static std::string _CT• static std::string _REF_MOL• static std::string _VOL_INCR• static std::string _SMALL_SPHERE• static std::string _GRIDSTEP• static std::string _RADIUS• static std::string _MIN_VOLUME• static std::string _MAX_CAVITIES



• RbtLigandSiteMapper.h

5.185 RbtMCStats Class Reference


• void Init (double score)• void InitBlock (double score)• void Accumulate (double score, bool bAccepted)• double Mean () const• double Variance () const• double AccRate () const


5.186 RbtMdlFileSink Class Reference 125

Public Attributes

• double _total

• double _total2

• double _blockInitial

• double _blockFinal

• double _blockMin

• double _blockMax

• double _initial

• double _final

• double _min

• double _max

• int _steps

• int _accepted


• RbtSimAnnTransform.h

5.186 RbtMdlFileSink Class Reference

Inheritance diagram for RbtMdlFileSink:

RbtMdlFileSink


RbtBaseFileSink


• RBTDLL_EXPORT RbtMdlFileSink (const std::string &fileName, RbtModelPtr spModel)

• virtual void Render ()



• RbtMdlFileSink.h



5.187 RbtMdlFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtMdlFileSource:

RbtMdlFileSource




• RBTDLL_EXPORT RbtMdlFileSource (const std::string &fileName, bool bPosIonisable=true, bool bNeg←↩

Ionisable=true, bool bImplHydrogens=true)• virtual bool isTitleListSupported ()• virtual bool isAtomListSupported ()• virtual bool isCoordinatesSupported ()• virtual bool isBondListSupported ()• virtual bool isDataSupported ()





• RbtMdlFileSource.h

5.188 RbtModel Class Reference


• RBTDLL_EXPORT RbtModel (RbtBaseMolecularFileSource ∗pMolSource)• RBTDLL_EXPORT RbtModel (RbtAtomList &atomList, RbtBondList &bondList)• std::string GetName () const• int GetNumTitles () const• std::vector< std::string > GetTitleList () const• int GetNumAtoms () const• RbtAtomList GetAtomList () const• int GetNumBonds () const• RbtBondList GetBondList () const• int GetNumSegments () const• RbtSegmentMap GetSegmentMap () const


5.188 RbtModel Class Reference 127

• int GetNumRings () const• RbtAtomListList GetRingAtomLists () const• int GetNumData () const• std::vector< std::string > GetDataFieldList () const• RbtStringVariantMap GetDataMap () const• bool isDataFieldPresent (const std::string &strDataField) const• RBTDLL_EXPORT RbtVariant GetDataValue (const std::string &strDataField) const• RBTDLL_EXPORT void SetDataValue (const std::string &strDataField, const RbtVariant &dataValue)• void ClearDataField (const std::string &strDataField)• RBTDLL_EXPORT void ClearAllDataFields (const std::string &strDataFieldPrefix)• void ClearAllDataFields ()• RbtPseudoAtomPtr AddPseudoAtom (const RbtAtomList &atomList)• void ClearPseudoAtoms ()• void UpdatePseudoAtoms ()• unsigned int GetNumPseudoAtoms () const• RbtPseudoAtomList GetPseudoAtomList () const• unsigned int GetNumTetheredAtoms () const• RbtAtomList GetTetheredAtomList () const• double GetOccupancy () const• bool GetEnabled () const• RBTDLL_EXPORT void SetOccupancy (double occupancy, double threshold=0.5)• void UpdateCoords (RbtBaseMolecularFileSource ∗pMolSource)• void Translate (const RbtVector &vector)• void Rotate (const RbtVector &axis, double thetaDeg)• void Rotate (const RbtVector &axis, double thetaDeg, const RbtCoord &center)• RBTDLL_EXPORT void RotateBond (RbtBondPtr spBond, double thetaDeg)• void RotateBond (RbtBondPtr spBond, double thetaDeg, RbtAtomPtr spFixedAtom)• RBTDLL_EXPORT void RotateBond (RbtBondPtr spBond, double thetaDeg, bool bSwap)• void SaveCoords (const std::string &coordName="")• RBTDLL_EXPORT void RevertCoords (const std::string &coordName="")• std::map< std::string, int > GetSavedCoordNames () const• int GetNumSavedCoords () const• int GetCurrentCoords () const• RBTDLL_EXPORT void RevertCoords (int)• RbtCoord GetCenterOfMass () const• void SetCenterOfMass (const RbtCoord &c)• RBTDLL_EXPORT double GetTotalAtomicMass () const• RbtPrincipalAxes GetPrincipalAxes () const• void AlignPrincipalAxes (const RbtPrincipalAxes &alignAxes=RbtPrincipalAxes(), bool bAlignCOM=true)• RBTDLL_EXPORT void SetFlexData (RbtFlexData ∗pFlexData)• RBTDLL_EXPORT RbtFlexData ∗ GetFlexData () const• RBTDLL_EXPORT RbtChromElement ∗ GetChrom () const• bool isFlexible () const• const RbtAtomRList & GetFlexIntns (RbtAtom ∗pAtom) const• RbtBondList GetFlexBonds () const• void SelectFlexAtoms ()• void SelectFlexAtoms (RbtAtom ∗pAtom)• void SetAtomSelectionFlags (bool bSelected=true)• unsigned int GetNumSelectedAtoms ()• RbtAtomList GetSelectedAtomList ()• void SetAtomCyclicFlags (bool bCyclic=true)• unsigned int GetNumCyclicAtoms ()• RbtAtomList GetCyclicAtomList ()• void SetAtomUser1Flags (bool bUser1=true)• void SetAtomUser1Values (double dUser1=0.0)



• void SetAtomUser2Values (double dUser2=0.0)• unsigned int GetNumHBondAcceptorAtoms ()• RbtAtomList GetHBondAcceptorAtomList ()• unsigned int GetNumHBondDonorAtoms ()• RbtAtomList GetHBondDonorAtomList ()• unsigned int GetNumChargedAtoms ()• RbtAtomList GetChargedAtomList ()• unsigned int GetNumPlanarAtoms ()• RbtAtomList GetPlanarAtomList ()• unsigned int GetNumAtomsWithAtomicNo_eq (int nAtomicNo)• RbtAtomList GetAtomListWithAtomicNo_eq (int nAtomicNo)• unsigned int GetNumAtomsWithFFType_eq (std::string strFFType)• RbtAtomList GetAtomListWithFFType_eq (std::string strFFType)• template<class Predicate >

unsigned int GetNumBonds (const Predicate &pred)• template<class Predicate >

RbtBondList GetBondList (const Predicate &pred)• void SetBondSelectionFlags (bool bSelected=true)• unsigned int GetNumSelectedBonds ()• RbtBondList GetSelectedBondList ()• void SetBondCyclicFlags (bool bCyclic=true)• unsigned int GetNumCyclicBonds ()• RbtBondList GetCyclicBondList ()• void GetMinMaxCoords (RbtCoord &minCoord, RbtCoord &maxCoord, bool bInit=true)• std::map< std::string, int > GetAtomTypeMap ()• std::map< std::string, int > GetBondTypeMap ()

Friends

• class RbtModelMutator


• RbtModel.h

5.189 RbtModelError Class Reference

Inheritance diagram for RbtModelError:

RbtModelError

RbtError


• RbtModelError (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")


5.190 RbtModelMutator Class Reference 129


• RbtModelError (const std::string &strName, const std::string &strFile, int nLine, const std::string &str←↩

Message="")


• RbtModelError.h

5.190 RbtModelMutator Class Reference


• RbtModelMutator (RbtModel ∗pModel, const RbtBondList &rotBonds, const RbtAtomList &tetheredAtoms)

• const RbtAtomRListList & GetFlexIntns () const

• const RbtAtomRListList & GetFlexAtoms () const

• RbtBondList GetFlexBonds () const


• RbtModelMutator.h

5.191 RbtMOEGrid Class Reference


• RbtMOEGrid (RbtMOEGridShape &, RbtMOEGridData &, std::string)

• void SetShape (RbtMOEGridShape &a_shape)

• void SetData (RbtMOEGridData &a_data)

• void SetOutputFileName (std::string &a_filename)

• RBTDLL_EXPORT void CalculateCommonExtents (std::vector< std::string > strPrmFiles)

• void GetDockingSiteExtents (std::string &a_strPrmFile)

• RbtCoord GetMinExtents ()

• RbtCoord GetMaxExtents ()

• RBTDLL_EXPORT long WriteGrid (std::ios_base::openmode mode)

• long ReadGrid ()


• RbtMOEGrid.h



5.192 RbtMOEGridPoint Class Reference


• RbtMOEGridPoint (std::vector< double >, double)• RbtMOEGridPoint (RbtCoord &, double)• double GetValue ()• const std::vector< double > & GetCoords ()• void SetCoords (double a_val)• void SetValue (double a_val)


• RbtMOEGrid.h

5.193 RbtMOEGridShape Class Reference


• RBTDLL_EXPORT RbtMOEGridShape (std::vector< double >, std::vector< double >, double)• const std::vector< double > & GetOrigin ()• const std::vector< double > & GetExtents ()• const std::vector< int > & GetIExtents ()• double GetStepSize ()• long GetDataSize ()


• RbtMOEGrid.h

5.194 RbtMOL2FileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtMOL2FileSource:

RbtMOL2FileSource




5.195 RbtMOL2Substructure Class Reference 131


• RbtMOL2FileSource (const std::string &fileName, bool bImplHydrogens=true)• bool isTitleListSupported ()• bool isAtomListSupported ()• bool isCoordinatesSupported ()• bool isBondListSupported ()• bool isDataSupported ()


• static std::string _CT• static std::string _TRIPOS_DELIM• static unsigned int _TRIPOS_DELIM_SIZE• static std::string _IDS_MOL2_RECDELIM





• RbtMOL2FileSource.h

5.195 RbtMOL2Substructure Class Reference


• RbtMOL2Substructure (const std::string &name, int rr, const std::string &cc, const std::string &ss)• std::string GetName () const• int GetRoot () const• std::string GetChain () const• std::string GetType () const


• RbtMOL2FileSource.h

5.196 RbtNegChargeConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtNegChargeConstraint:

RbtNegChargeConstraint

RbtConstraint




• RbtNegChargeConstraint (RbtCoord c, double t)

• void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)





• RbtConstraint.h

5.197 RbtNmrRestraintFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtNmrRestraintFileSource:

RbtNmrRestraintFileSource

RbtBaseFileSource


• RbtNmrRestraintFileSource (const std::string &fileName)

• unsigned int GetNumNoeRestraints ()

• RbtNoeRestraintNamesList GetNoeRestraintList ()

• unsigned int GetNumStdRestraints ()

• RbtStdRestraintNamesList GetStdRestraintList ()



• RbtNmrRestraintFileSource.h


5.198 RbtNmrSF Class Reference 133

5.198 RbtNmrSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtNmrSF:

RbtNmrSF

RbtBaseInterSF RbtBaseIdxSF

RbtBaseSF RbtBaseSF




• RbtNmrSF (const std::string &strName="NMR")


• static std::string _CT• static std::string _FILENAME• static std::string _QUADRATIC





• RbtNmrSF.h

5.199 RbtNoeEndAtoms Class Reference


• RbtNoeEndAtoms (const RbtNoeEndNames &n, const RbtAtomList &atomList)• bool isOK () const



Public Attributes

• RbtAtomList atoms• Rbt::eNoeType type


• RbtNoeRestraint.h

5.200 RbtNoeEndNames Class Reference


• bool isOK () const

Public Attributes

• std::vector< std::string > names• Rbt::eNoeType type



5.201 RbtNoeRestraintAtoms Class Reference


• RbtNoeRestraintAtoms (const RbtNoeRestraintNames &n, const RbtAtomList &atomList)• bool isOK () const• bool isSimple () const

Public Attributes

• RbtNoeEndAtoms from• RbtNoeEndAtoms to• double maxDist




5.202 RbtNoeRestraintNames Class Reference 135

5.202 RbtNoeRestraintNames Class Reference



Public Attributes

• RbtNoeEndNames from• RbtNoeEndNames to• double maxDist



5.203 RbtNoFileInDir Class Reference

Inheritance diagram for RbtNoFileInDir:

RbtNoFileInDir

RbtFileError

RbtError


• RbtNoFileInDir (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtFileError.h

5.204 RbtNonBondedGrid Class Reference

Inheritance diagram for RbtNonBondedGrid:

RbtNonBondedGrid

RbtBaseGrid




• RbtNonBondedGrid (const RbtCoord &gridMin, const RbtCoord &gridStep, unsigned int NX, unsigned intNY, unsigned int NZ, unsigned int NPad=0)

• RbtNonBondedGrid (std::istream &istr)

• RbtNonBondedGrid (const RbtNonBondedGrid &)

• RbtNonBondedGrid (const RbtBaseGrid &)

• RbtNonBondedGrid & operator= (const RbtNonBondedGrid &)

• RbtNonBondedGrid & operator= (const RbtBaseGrid &)

• virtual void Print (std::ostream &ostr) const

• virtual void Write (std::ostream &ostr) const

• virtual void Read (std::istream &istr)

• const RbtAtomRList & GetAtomList (unsigned int iXYZ) const

• const RbtAtomRList & GetAtomList (const RbtCoord &c) const

• void SetAtomLists (RbtAtom ∗pAtom, double radius)

• void ClearAtomLists ()

• void UniqueAtomLists ()








• RbtNonBondedGrid.h

5.205 RbtNonBondedHHSGrid Class Reference

Inheritance diagram for RbtNonBondedHHSGrid:

RbtNonBondedHHSGrid

RbtBaseGrid


5.206 RbtNullTransform Class Reference 137


• RbtNonBondedHHSGrid (const RbtCoord &gridMin, const RbtCoord &gridStep, unsigned int NX, unsignedint NY, unsigned int NZ, unsigned int NPad=0)

• RbtNonBondedHHSGrid (std::istream &istr)• RbtNonBondedHHSGrid (const RbtNonBondedHHSGrid &)• RbtNonBondedHHSGrid (const RbtBaseGrid &)• RbtNonBondedHHSGrid & operator= (const RbtNonBondedHHSGrid &)• RbtNonBondedHHSGrid & operator= (const RbtBaseGrid &)• virtual void Print (std::ostream &ostr) const• virtual void Write (std::ostream &ostr) const• virtual void Read (std::istream &istr)• const HHS_SolvationRList & GetHHSList (unsigned int iXYZ) const• const HHS_SolvationRList & GetHHSList (const RbtCoord &c) const• void SetHHSLists (HHS_Solvation ∗pHHS, double radius)• void ClearHHSLists (void)






• RbtNonBondedHHSGrid.h

5.206 RbtNullTransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtNullTransform:

RbtNullTransform

RbtBaseTransform

RbtBaseObject



• RbtNullTransform (const std::string &strName="NULL")• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)






• virtual void Execute ()



• RbtNullTransform.h

5.207 RbtObserver Class Reference

Inheritance diagram for RbtObserver:

RbtObserver

RbtBaseObject


RbtBaseIdxSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseIntraSF

RbtDihedralSF

RbtPolarSF

RbtSFAgg

RbtVdwSF



RbtNullTransform

RbtTransformAgg

RbtLigandSiteMapper

RbtSphereSiteMapper


• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)=0

• virtual void Deleted (RbtSubject ∗theDeletedSubject)=0


• RbtObserver.h


5.208 RbtParameterFileSource Class Reference 139

5.208 RbtParameterFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtParameterFileSource:

RbtParameterFileSource

RbtBaseFileSource


• RbtParameterFileSource (const char ∗fileName)• RBTDLL_EXPORT RbtParameterFileSource (const std::string &fileName)• RBTDLL_EXPORT std::string GetTitle ()• std::string GetVersion ()• unsigned int GetNumParameters ()• RBTDLL_EXPORT std::vector< std::string > GetParameterList ()• double GetParameterValue (const std::string &strParamName)• RBTDLL_EXPORT std::string GetParameterValueAsString (const std::string &strParamName)• bool isParameterPresent (const std::string &strParamName)• int GetNumSections ()• std::vector< std::string > GetSectionList ()• std::string GetSection () const• RBTDLL_EXPORT void SetSection (const std::string &strSection="")



• RbtParameterFileSource.h

5.209 RbtParamHandler Class Reference

Inheritance diagram for RbtParamHandler:

RbtParamHandler

RbtBaseObject RbtFlexData RbtWorkSpace

RbtBaseSF RbtBaseTransform RbtFilter RbtSiteMapper RbtLigandFlexData RbtReceptorFlexData RbtBiMolWorkSpace

RbtBaseIdxSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseIntraSF

RbtDihedralSF

RbtPolarSF

RbtSFAgg

RbtVdwSF



RbtNullTransform

RbtTransformAgg

RbtLigandSiteMapper

RbtSphereSiteMapper

RbtSolventFlexData




• unsigned int GetNumParameters () const• RbtVariant GetParameter (const std::string &strName) const• bool isParameterValid (const std::string &strName) const• std::vector< std::string > GetParameterNames () const• RbtStringVariantMap GetParameters () const• RBTDLL_EXPORT void SetParameter (const std::string &strName, const RbtVariant &vValue)• virtual void Print (std::ostream &s) const


• void AddParameter (const std::string &strName, const RbtVariant &vValue)• void DeleteParameter (const std::string &strName)• void ClearParameters ()• virtual void ParameterUpdated (const std::string &strName)


• RbtParamHandler.h

5.210 RbtParser Class Reference


• RbtParser (const RbtParser &)• RbtFilterExpressionPtr Parse (RbtTokenIterPtr, RbtContextPtr)




• RbtParser.h

5.211 RbtPdbFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtPdbFileSource:

RbtPdbFileSource




5.212 RbtPharmaSF Class Reference 141


• RbtPdbFileSource (const char ∗fileName)• RbtPdbFileSource (const std::string fileName)• virtual bool isTitleListSupported ()• virtual bool isAtomListSupported ()• virtual bool isCoordinatesSupported ()• virtual bool isBondListSupported ()





• RbtPdbFileSource.h

5.212 RbtPharmaSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtPharmaSF:

RbtPharmaSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject



• RbtPharmaSF (const std::string &strName="PHARMA")• virtual void ScoreMap (RbtStringVariantMap &scoreMap) const


• static std::string _CT• static std::string _CONSTRAINTS_FILE• static std::string _OPTIONAL_FILE• static std::string _NOPT• static std::string _WRITE_ERRORS







• RbtPharmaSF.h

5.213 RbtPlane Class Reference


• RbtPlane (const RbtVector &v, double d)• RbtPlane (const RbtCoord &c0, const RbtCoord &c1, const RbtCoord &c2)• double D () const• RbtVector VNorm () const• void Normalise ()

Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtPlane &plane)


• RbtPlane.h

5.214 RbtPMFDirSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtPMFDirSource:

RbtPMFDirSource

RbtDirectorySource


5.215 RbtPMFGridSF Class Reference 143


• RbtPMFDirSource (const std::string &)• virtual void ReadFiles (std::vector< std::vector< RbtPMFValue >> ∗aVect, std::vector< std::string > ∗a←↩

NameVect, std::vector< RbtPMFValue > ∗aSlopeVect)• virtual void ParseLines (std::vector< std::string > anStrVect, std::vector< RbtPMFValue > ∗aValueVect)



• RbtPMFDirSource.h

5.215 RbtPMFGridSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtPMFGridSF:

RbtPMFGridSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject



• RbtPMFGridSF (const std::string &strName="PMFGRID")


• static std::string _CT• static std::string _GRID• static std::string _SMOOTHED


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• unsigned int GetCorrectedType (RbtPMFType aType) const





• RbtPMFGridSF.h

5.216 RbtPMFIdxSF Class Reference

#include <RbtPMFIdxSF.h>

Inheritance diagram for RbtPMFIdxSF:

RbtPMFIdxSF


RbtBaseSF RbtBaseSF




• RbtPMFIdxSF (const std::string &strName="PMF")• virtual ∼RbtPMFIdxSF ()• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)


• static std::string _CT• static std::string _PMFDIR• static std::string _CC_CUTOFF• static std::string _SLOPE


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore (void) const• double GetLinearCloseRangeValue (double aDist, RbtPMFType aRecType, RbtPMFType aLigType) const



RbtPMFIdxSF class for PMF scoring.


5.216 RbtPMFIdxSF Class Reference 145

5.216.2 Constructor & Destructor Documentation

5.216.2.1 RbtPMFIdxSF()

RbtPMFIdxSF::RbtPMFIdxSF (

const std::string & strName = "PMF" )

The only one constructor

5.216.2.2 ∼RbtPMFIdxSF()

virtual RbtPMFIdxSF::∼RbtPMFIdxSF ( ) [virtual]

The virtual destructor

5.216.3 Member Function Documentation

5.216.3.1 GetLinearCloseRangeValue()

double RbtPMFIdxSF::GetLinearCloseRangeValue (

double aDist,

RbtPMFType aRecType,

RbtPMFType aLigType ) const [protected]

Estimate value for short distances instead of using plateau in PMFs

5.216.3.2 RawScore()

virtual double RbtPMFIdxSF::RawScore (

void ) const [protected], [virtual]

RawScore(void) returning with the actual PMF score

Implements RbtBaseSF.

5.216.3.3 SetupLigand()

virtual void RbtPMFIdxSF::SetupLigand ( ) [protected], [virtual]

determine PMF types for all ligand atoms

Implements RbtBaseInterSF.



5.216.3.4 SetupReceptor()

virtual void RbtPMFIdxSF::SetupReceptor ( ) [protected], [virtual]

Setting up receptor means atom typing for all the receptor atoms and create RbtNonBondedGrid for NN


5.216.3.5 SetupScore()

virtual void RbtPMFIdxSF::SetupScore ( ) [protected], [virtual]

Setting up scores


5.216.3.6 Update()

virtual void RbtPMFIdxSF::Update (

RbtSubject ∗ theChangedSubject ) [virtual]

Observer functionalities pure virtual, so it must be overloaded.

Reimplemented from RbtBaseInterSF.

5.216.4 Member Data Documentation

5.216.4.1 _CT

std::string RbtPMFIdxSF::_CT [static]

This string serves as a name for the weight factor of the PMF score. Should be read from the .prm file.

5.216.4.2 _PMFDIR

std::string RbtPMFIdxSF::_PMFDIR [static]

String pointing to the dir with PMF tables


• RbtPMFIdxSF.h


5.217 RbtPMFValue Struct Reference 147

5.217 RbtPMFValue Struct Reference

#include <RbtPMF.h>

Public Attributes

• float distance• float density


Basic data type to represent distance-value pairs of the PMF function


• RbtPMF.h

5.218 RbtPolarIdxSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtPolarIdxSF:

RbtPolarIdxSF

RbtBaseInterSF RbtBaseIdxSF RbtPolarSF

RbtBaseSF RbtBaseSF RbtBaseSF RbtAnnotationHandler

RbtBaseObject RbtBaseObject RbtBaseObject

RbtRequestHandler

RbtObserver

RbtParamHandler

RbtRequestHandler

RbtObserver

RbtParamHandler

RbtRequestHandler

RbtObserver

RbtParamHandler


• RBTDLL_EXPORT RbtPolarIdxSF (const std::string &strName="POLAR")• virtual void ScoreMap (RbtStringVariantMap &scoreMap) const


• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetIncr ()


• static std::string _CT• static std::string _INCR• static std::string _ATTR• static std::string _THRESHOLD_POS• static std::string _THRESHOLD_NEG




• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupSolvent ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void ClearReceptor ()• void ClearLigand ()• void ClearSolvent ()• void DeleteList (RbtInteractionCenterList &icList)• void ParameterUpdated (const std::string &strName)


• RbtPolarIdxSF.h

5.219 RbtPolarIntraSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtPolarIntraSF:

RbtPolarIntraSF

RbtBaseIntraSF RbtPolarSF

RbtBaseSF RbtBaseSF RbtAnnotationHandler




• RbtPolarIntraSF (const std::string &strName="POLAR")


• static std::string _CT• static std::string _ATTR


• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• virtual void HandleRequest (RbtRequestPtr spRequest)• void ClearModel ()• void ParameterUpdated (const std::string &strName)


5.220 RbtPolarSF Class Reference 149



• RbtPolarIntraSF.h

5.220 RbtPolarSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtPolarSF:

RbtPolarSF

RbtBaseSF RbtAnnotationHandler

RbtBaseObject


RbtPolarIdxSF RbtPolarIntraSF

Classes

• struct f1prms


• static std::string _CT• static std::string _INCR• static std::string _R12FACTOR• static std::string _R12INCR• static std::string _DR12MIN• static std::string _DR12MAX• static std::string _A1• static std::string _DA1MIN• static std::string _DA1MAX• static std::string _A2• static std::string _DA2MIN• static std::string _DA2MAX• static std::string _INCMETAL• static std::string _INCHBD• static std::string _INCHBA• static std::string _INCGUAN• static std::string _GUAN_PLANE• static std::string _ABS_DR12• static std::string _LP_OSP2• static std::string _LP_PHI• static std::string _LP_DPHIMIN• static std::string _LP_DPHIMAX• static std::string _LP_DTHETAMIN• static std::string _LP_DTHETAMAX




• RbtInteractionCenterList CreateAcceptorInteractionCenters (const RbtAtomList &atomList) const• RbtInteractionCenterList CreateDonorInteractionCenters (const RbtAtomList &atomList) const• void BuildIntraMap (const RbtInteractionCenterList &ICList1, const RbtInteractionCenterList &ICList2, Rbt←↩

InteractionListMap &intns) const• void BuildIntraMap (const RbtInteractionCenterList &ICList, RbtInteractionListMap &intns) const• double IntraScore (const RbtInteractionCenterList &posList, const RbtInteractionCenterList &negList, const

RbtInteractionListMap &prtIntns, bool attr) const• void Partition (const RbtInteractionCenterList &posList, const RbtInteractionCenterList &negList, const

RbtInteractionListMap &intns, RbtInteractionListMap &prtIntns, double dist=0.0) const• f1prms GetRprms () const• f1prms GetA1prms () const• f1prms GetA2prms () const• double PolarScore (const RbtInteractionCenter ∗intn, const RbtInteractionCenterList &intnList, const f1prms

&Rprms, const f1prms &A1prms, const f1prms &A2prms) const• void OwnParameterUpdated (const std::string &strName)



• RbtPolarSF.h

5.221 RbtPopulation Class Reference


• RBTDLL_EXPORT RbtPopulation (RbtChromElement ∗pChr, int size, RbtBaseSF ∗pSF)• int GetMaxSize () const• int GetActualSize () const• RBTDLL_EXPORT RbtGenomePtr Best () const• double GetScoreMean () const• double GetScoreVariance () const• const RbtGenomeList & GetGenomeList () const• RbtBaseSF ∗ GetSF () const• void SetSF (RbtBaseSF ∗pSF)• RBTDLL_EXPORT void GAstep (int nReplicates, double relStepSize, double equalityThreshold, double

pcross, bool xovermut, bool cmutate)• RBTDLL_EXPORT RbtGenomePtr RouletteWheelSelect () const• void Print (std::ostream &) const




5.222 RbtPosChargeConstraint Class Reference 151

Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &, const RbtPopulation &)


• RbtPopulation.h

5.222 RbtPosChargeConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtPosChargeConstraint:

RbtPosChargeConstraint

RbtConstraint


• RbtPosChargeConstraint (RbtCoord c, double t)• void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)





• RbtConstraint.h

5.223 RbtPrincipalAxes Class Reference

Public Attributes

• RbtCoord com• RbtVector axis1• RbtVector axis2• RbtVector axis3• double moment1• double moment2• double moment3


• RbtPrincipalAxes.h



5.224 RbtPRMFactory Class Reference


• RBTDLL_EXPORT RbtPRMFactory (RbtParameterFileSource ∗pParamSource)• RBTDLL_EXPORT RbtPRMFactory (RbtParameterFileSource ∗pParamSource, RbtDockingSite ∗pDS)• int GetTrace () const• void SetTrace (int iTrace)• RbtDockingSite ∗ GetDockingSite () const• void SetDockingSite (RbtDockingSite ∗pDS)• RBTDLL_EXPORT RbtModelPtr CreateReceptor ()• RBTDLL_EXPORT RbtModelPtr CreateLigand (RbtBaseMolecularFileSource ∗pSource)• RBTDLL_EXPORT RbtModelList CreateSolvent ()


• static const std::string & _CT• static const std::string & _REC_SECTION• static const std::string & _REC_FILE• static const std::string & _REC_TOPOL_FILE• static const std::string & _REC_COORD_FILE• static const std::string & _REC_NUM_COORD_FILES• static const std::string & _REC_FLEX_DISTANCE• static const std::string & _REC_DIHEDRAL_STEP• static const std::string & _LIG_SECTION• static const std::string & _SOLV_SECTION• static const std::string & _SOLV_FILE


• RbtPRMFactory.h

5.225 RbtPseudoAtom Class Reference

Inheritance diagram for RbtPseudoAtom:

RbtPseudoAtom

RbtAtom


• RbtPseudoAtom (const RbtAtomList &atomList, int nAtomId=-1, std::string strAtomName="PSEUDO")• virtual std::ostream & Print (std::ostream &s) const• unsigned int GetNumAtoms () const• RbtAtomList GetAtomList () const• void UpdateCoords ()


5.226 RbtPsfFileSink Class Reference 153



• RbtPseudoAtom.h

5.226 RbtPsfFileSink Class Reference

Inheritance diagram for RbtPsfFileSink:

RbtPsfFileSink


RbtBaseFileSink


• RBTDLL_EXPORT RbtPsfFileSink (const std::string &fileName, RbtModelPtr spModel)• virtual void Render ()



• RbtPsfFileSink.h

5.227 RbtPsfFileSource Class Reference

Inheritance diagram for RbtPsfFileSource:

RbtPsfFileSource






• RbtPsfFileSource (const std::string &fileName, const std::string &strMassesFile=Rbt::GetRbtFile←↩

Name("data", "masses.rtf"), bool bImplHydrogens=true)• virtual bool isTitleListSupported ()• virtual bool isAtomListSupported ()• virtual bool isCoordinatesSupported ()• virtual bool isBondListSupported ()





• RbtPsfFileSource.h

5.228 RbtQuat Class Reference


• RbtQuat (double s1, double vx, double vy, double vz)• RbtQuat (double s1, const RbtVector &v1)• RbtQuat (const RbtVector &axis, double phi)• RbtQuat (const RbtQuat &quat)• RbtQuat & operator= (const RbtQuat &quat)• void operator+= (const RbtQuat &quat)• void operator-= (const RbtQuat &quat)• void operator∗= (const double &d)• void operator/= (const double &d)• double Length () const• RbtQuat Unit () const• double Dot (const RbtQuat &quat) const• RbtQuat Conj () const• RbtCoord Rotate (const RbtCoord &w) const

Public Attributes

• double s• RbtVector v


5.229 RbtRand Class Reference 155

Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtQuat &quat)• bool operator== (const RbtQuat &quat1, const RbtQuat &quat2)• bool operator!= (const RbtQuat &quat1, const RbtQuat &quat2)• RbtQuat operator+ (const RbtQuat &quat1, const RbtQuat &quat2)• RbtQuat operator- (const RbtQuat &quat1, const RbtQuat &quat2)• RbtQuat operator- (const RbtQuat &quat)• RbtQuat operator∗ (const RbtQuat &quat1, const RbtQuat &quat2)• RbtQuat operator∗ (const RbtQuat &quat, const double &d)• RbtQuat operator∗ (const double &d, const RbtQuat &quat)• RbtQuat operator/ (const RbtQuat &quat, const double &d)


• RbtQuat.h

5.229 RbtRand Class Reference


• RBTDLL_EXPORT void Seed (int seed=0)• void SeedFromRandomDevice ()• RBTDLL_EXPORT int GetSeed ()• RBTDLL_EXPORT double GetRandom01 ()• int GetRandomInt (int nMax)• RbtVector GetRandomUnitVector ()• double GetGaussianRandom (double, double)• double GetCauchyRandom (double, double)


• RbtRand.h

5.230 RbtRandLigTransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtRandLigTransform:

RbtRandLigTransform


RbtBaseTransform

RbtBaseObject





• RbtRandLigTransform (const std::string &strName="RANDLIG")


• static std::string _CT• static std::string _TORS_STEP


• virtual void SetupTransform ()• virtual void Execute ()



• RbtRandLigTransform.h

5.231 RbtRandPopTransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtRandPopTransform:

RbtRandPopTransform


RbtBaseTransform

RbtBaseObject



• RBTDLL_EXPORT RbtRandPopTransform (const std::string &strName="RANDPOP")


• static std::string _CT• static std::string _POP_SIZE• static std::string _SCALE_CHROM_LENGTH


5.232 RbtRealGrid Class Reference 157


• virtual void SetupTransform ()• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupSolvent ()• virtual void Execute ()



• RbtRandPopTransform.h

5.232 RbtRealGrid Class Reference

Inheritance diagram for RbtRealGrid:

RbtRealGrid

RbtBaseGrid

RbtFFTGrid


• RBTDLL_EXPORT RbtRealGrid (const RbtCoord &gridMin, const RbtCoord &gridStep, unsigned int NX,unsigned int NY, unsigned int NZ, unsigned int NPad=0)

• RBTDLL_EXPORT RbtRealGrid (std::istream &istr)• RbtRealGrid (const RbtRealGrid &)• RbtRealGrid (const RbtBaseGrid &)• RbtRealGrid & operator= (const RbtRealGrid &)• RbtRealGrid & operator= (const RbtBaseGrid &)• virtual void Print (std::ostream &ostr) const• virtual void Write (std::ostream &ostr) const• virtual void Read (std::istream &istr)• float ∗ GetGridData ()• double GetTolerance () const• void SetTolerance (double tol)• double GetValue (const RbtCoord &c) const• double GetValue (unsigned int iX, unsigned int iY, unsigned int iZ) const• double GetValue (unsigned int iXYZ) const• RBTDLL_EXPORT double GetSmoothedValue (const RbtCoord &c) const• void SetValue (const RbtCoord &c, double val)• void SetValue (unsigned int iX, unsigned int iY, unsigned int iZ, double val)• void SetValue (unsigned int iXYZ, double val)• RBTDLL_EXPORT void SetAllValues (double val)



• void ReplaceValue (double oldVal, double newVal)• void ReplaceValueRange (double oldValMin, double oldValMax, double newVal)• void SetSphere (const RbtCoord &c, double radius, double val, bool bOverwrite=true)• void SetSurface (const RbtCoord &c, double innerRad, double outerRad, double val, bool bOverwrite=true)• void CreateSurface (double oldVal, double adjVal, double newVal)• bool isValueWithinSphere (const RbtCoord &c, double radius, double val)• void SetAccessible (double radius, double oldVal, double adjVal, double newVal, bool bCenterOnly=true)• unsigned int Count (double val) const• unsigned int CountRange (double valMin, double valMax) const• double MinValue () const• double MaxValue () const• unsigned int FindMinValue () const• unsigned int FindMaxValue () const• RBTDLL_EXPORT void PrintInsightGrid (std::ostream &s) const






• RbtRealGrid.h

5.233 RbtReceptorFlexData Class Reference

Inheritance diagram for RbtReceptorFlexData:

RbtReceptorFlexData

RbtFlexData

RbtParamHandler


• RBTDLL_EXPORT RbtReceptorFlexData (RbtDockingSite ∗pDockSite)• virtual void Accept (RbtFlexDataVisitor &v)


5.234 RbtRequest Class Reference 159


• static const std::string & _FLEX_DISTANCE• static const std::string & _DIHEDRAL_STEP



• RbtReceptorFlexData.h

5.234 RbtRequest Class Reference

Inheritance diagram for RbtRequest:

RbtRequest

RbtSFDisableRequest RbtSFEnableRequest RbtSFPartitionRequest RbtSFSetParamRequest


• RbtRequestID GetID () const• unsigned int GetNumParameters () const• RbtVariantList GetParameters () const• RbtRequest (RbtRequestID id)• void AddParameter (const RbtVariant &v)


• RbtRequest.h

5.235 RbtRequestHandler Class Reference

Inheritance diagram for RbtRequestHandler:

RbtRequestHandler

RbtBaseObject


RbtBaseIdxSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseIntraSF

RbtDihedralSF

RbtPolarSF

RbtSFAgg

RbtVdwSF



RbtNullTransform

RbtTransformAgg

RbtLigandSiteMapper

RbtSphereSiteMapper




• virtual void HandleRequest (RbtRequestPtr spRequest)


• RbtRequestHandler.h

5.236 RbtRingAromaticConstraint Class Reference

Inheritance diagram for RbtRingAromaticConstraint:

RbtRingAromaticConstraint

RbtConstraint


• RbtRingAromaticConstraint (RbtCoord c, double t)• void AddAtomList (RbtModelPtr, bool bCheck=true)





• RbtConstraint.h

5.237 RbtRotSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtRotSF:

RbtRotSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject



5.238 RbtSAIdxSF Class Reference 161


• RbtRotSF (const std::string &strName="ROT")


• static std::string _CT• static std::string _INCNH3• static std::string _INCOH





• RbtRotSF.h

5.238 RbtSAIdxSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtSAIdxSF:

RbtSAIdxSF


RbtBaseSF RbtBaseSF




• RBTDLL_EXPORT RbtSAIdxSF (const std::string &strName="SAIdxSF")• virtual void ScoreMap (RbtStringVariantMap &scoreMap) const• virtual void HandleRequest (RbtRequestPtr spRequest)


• static std::string _CT• static std::string _INCR




• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupSolvent ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore (void) const• void ClearReceptor (void)• void ClearLigand (void)• void ClearSolvent (void)• double GetASP (RbtHHSType::eType, double) const• double GetP_i (RbtHHSType::eType) const• double GetR_i (RbtHHSType::eType) const• void PrintWeightMatrix () const



• RbtSAIdxSF.h

5.239 RbtSetupPMFSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtSetupPMFSF:

RbtSetupPMFSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject



• RbtSetupPMFSF (const std::string &strName="SETUP_PMF")




5.240 RbtSetupPolarSF Class Reference 163


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void SetupReceptorPMFTypes (void)• void SetupLigandPMFTypes (void)• RbtPMFType GetPMFfor_lC (RbtAtomPtr)• RbtPMFType GetPMFfor_lN (RbtAtomPtr)• RbtPMFType GetPMFfor_lO (RbtAtomPtr)• RbtPMFType GetPMFfor_lS (RbtAtomPtr)• RbtPMFType GetPMFfor_rC (RbtAtomPtr)• RbtPMFType GetPMFfor_rN (RbtAtomPtr)• RbtPMFType GetPMFfor_rO (RbtAtomPtr)• RbtPMFType GetPMFfor_rS (RbtAtomPtr)• bool IsChargedNitrogen (RbtAtomPtr)



5.239.1.1 GetPMFfor_lC()

RbtPMFType RbtSetupPMFSF::GetPMFfor_lC (

RbtAtomPtr ) [protected]

Routines to figure out complex PMF types


• RbtSetupPMFSF.h

5.240 RbtSetupPolarSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtSetupPolarSF:

RbtSetupPolarSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject





• RBTDLL_EXPORT RbtSetupPolarSF (const std::string &strName="SETUP_POLAR")


• static std::string _CT• static std::string _RADIUS• static std::string _NORM• static std::string _POWER• static std::string _CHGFACTOR• static std::string _GUANFACTOR


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupSolvent ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const



• RbtSetupPolarSF.h

5.241 RbtSetupSASF Class Reference

Inheritance diagram for RbtSetupSASF:

RbtSetupSASF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject



• RbtSetupSASF (const std::string &strName="SETUP_SA")


5.242 RbtSFAgg Class Reference 165




• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void SetupReceptorSATypes (void)• void SetupLigandSATypes (void)



• RbtSetupSASF.h

5.242 RbtSFAgg Class Reference

Inheritance diagram for RbtSFAgg:

RbtSFAgg

RbtBaseSF

RbtBaseObject



• RBTDLL_EXPORT RbtSFAgg (const std::string &strName="SCORE")• virtual void ScoreMap (RbtStringVariantMap &scoreMap) const• virtual void Add (RbtBaseSF ∗)• virtual void Remove (RbtBaseSF ∗)• virtual bool isAgg () const• virtual unsigned int GetNumSF () const• virtual RbtBaseSF ∗ GetSF (unsigned int iSF) const• virtual void Register (RbtWorkSpace ∗)• virtual void Unregister ()• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)• virtual void HandleRequest (RbtRequestPtr spRequest)• virtual void Print (std::ostream &s) const






• virtual double RawScore () const



• RbtSFAgg.h

5.243 RbtSFDisableRequest Class Reference

Inheritance diagram for RbtSFDisableRequest:

RbtSFDisableRequest

RbtRequest


• RbtSFDisableRequest (const std::string &sfName)


• RbtSFRequest.h

5.244 RbtSFEnableRequest Class Reference

Inheritance diagram for RbtSFEnableRequest:

RbtSFEnableRequest

RbtRequest


5.245 RbtSFFactory Class Reference 167


• RbtSFEnableRequest (const std::string &sfName)


• RbtSFRequest.h

5.245 RbtSFFactory Class Reference


• virtual RbtBaseSF ∗ Create (const std::string &strSFClass, const std::string &strName)• virtual RbtSFAgg ∗ CreateAggFromFile (RbtParameterFileSourcePtr spPrmSource, const std::string &str←↩

Name, const std::string &strSFClasses=std::string())


• RbtSFFactory.h

5.246 RbtSFPartitionRequest Class Reference

Inheritance diagram for RbtSFPartitionRequest:

RbtSFPartitionRequest

RbtRequest


• RbtSFPartitionRequest (double dist)• RbtSFPartitionRequest (const std::string &sfName, double dist)


• RbtSFRequest.h

5.247 RbtSFSetParamRequest Class Reference

Inheritance diagram for RbtSFSetParamRequest:

RbtSFSetParamRequest

RbtRequest




• RbtSFSetParamRequest (const std::string &paramName, const RbtVariant &paramValue)• RbtSFSetParamRequest (const std::string &sfName, const std::string &paramName, const RbtVariant

&paramValue)


• RbtSFRequest.h

5.248 RbtSimAnnTransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtSimAnnTransform:

RbtSimAnnTransform


RbtBaseTransform

RbtBaseObject



• RBTDLL_EXPORT RbtSimAnnTransform (const std::string &strName="SIMANN")


• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetStartT ()• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetFinalT ()• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetBlockLength ()• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetNumBlocks ()• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetStepSize ()• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetPartitionDist ()• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetPartitionFreq ()


• static std::string _CT• static std::string _START_T• static std::string _FINAL_T• static std::string _BLOCK_LENGTH• static std::string _SCALE_CHROM_LENGTH• static std::string _NUM_BLOCKS• static std::string _STEP_SIZE• static std::string _MIN_ACC_RATE• static std::string _PARTITION_DIST• static std::string _PARTITION_FREQ• static std::string _HISTORY_FREQ


5.249 RbtSimpleSolvationParameters Struct Reference 169


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupTransform ()• void MC (double t, int blockLen, double stepSize)• virtual void Execute ()


• RbtSimAnnTransform.h

5.249 RbtSimpleSolvationParameters Struct Reference

Public Attributes

• double p• double r


• RbtSetupSASF.h

5.250 RbtSimplexCostFunction Class Reference

Public Types

• typedef double DataType• typedef Eigen::VectorXd ParameterType


• RbtSimplexCostFunction (RbtBaseSF ∗pSF, RbtChromElementPtr chrom)• double operator() (const ParameterType &parameters)

Public Attributes

• unsigned long int nCalls = 0


• RbtSimplexCostFunction.h



5.251 RbtSimplexTransform Class Reference

Inheritance diagram for RbtSimplexTransform:

RbtSimplexTransform


RbtBaseTransform

RbtBaseObject



• RBTDLL_EXPORT RbtSimplexTransform (const std::string &strName="SIMPLEX")


• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetMaxCalls ()• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetNCycles ()• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetStepSize ()


• static std::string _CT• static std::string _MAX_CALLS• static std::string _NCYCLES• static std::string _STOPPING_STEP_LENGTH• static std::string _PARTITION_DIST• static std::string _STEP_SIZE• static std::string _CONVERGENCE


• virtual void SetupTransform ()• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupSolvent ()• virtual void Execute ()


• RbtSimplexTransform.h


5.252 RbtSiteMapper Class Reference 171

5.252 RbtSiteMapper Class Reference

Inheritance diagram for RbtSiteMapper:

RbtSiteMapper

RbtBaseObject


RbtLigandSiteMapper RbtSphereSiteMapper


• RbtModelPtr GetReceptor () const• virtual RbtCavityList operator() ()=0• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)




• RbtSiteMapper (const std::string &strClass, const std::string &strName)



• RbtSiteMapper.h

5.253 RbtSiteMapperFactory Class Reference


• virtual RbtSiteMapper ∗ Create (const std::string &strMapperClass, const std::string &strName)• virtual RbtSiteMapper ∗ CreateFromFile (RbtParameterFileSourcePtr spPrmSource, const std::string &str←↩

Name)


• RbtSiteMapperFactory.h



5.254 RbtSolventFlexData Class Reference

Inheritance diagram for RbtSolventFlexData:

RbtSolventFlexData

RbtLigandFlexData

RbtFlexData

RbtParamHandler


• RbtSolventFlexData (RbtDockingSite ∗pDockSite)• virtual void Accept (RbtFlexDataVisitor &v)


• static const std::string & _OCCUPANCY• static const std::string & _OCCUPANCY_STEP



• RbtSolventFlexData.h

5.255 RbtSphereSiteMapper Class Reference

Inheritance diagram for RbtSphereSiteMapper:

RbtSphereSiteMapper

RbtSiteMapper

RbtBaseObject



5.256 RbtStdRestraintAtoms Class Reference 173


• RbtSphereSiteMapper (const std::string &strName="SPHERE_MAPPER")• virtual RbtCavityList operator() ()


• static std::string _CT• static std::string _VOL_INCR• static std::string _SMALL_SPHERE• static std::string _LARGE_SPHERE• static std::string _GRIDSTEP• static std::string _CENTER• static std::string _RADIUS• static std::string _MIN_VOLUME• static std::string _MAX_CAVITIES



• RbtSphereSiteMapper.h

5.256 RbtStdRestraintAtoms Class Reference


• RbtStdRestraintAtoms (const RbtStdRestraintNames &n, const RbtAtomList &atomList)• bool isOK () const• bool isSimple () const

Public Attributes

• RbtNoeEndAtoms from• double maxDist



5.257 RbtStdRestraintNames Class Reference





Public Attributes

• RbtNoeEndNames from• double maxDist



5.258 RbtStringContext Class Reference

Inheritance diagram for RbtStringContext:

RbtStringContext

RbtContext


• RbtStringContext (SmartPtr< std::ifstream > ifile)• RbtStringContext (const RbtStringContext &c)• void Assign (std::string key, RbtReturnType val)• void Assign (int i, RbtReturnType val)• double Get (RbtModelPtr lig, std::string name)• double Get (RbtModelPtr rec, RbtDockingSitePtr site, std::string name)• double Get (RbtBaseSF ∗spSF, std::string name, RbtModelPtr lig)• const RbtVble & GetVble (std::string key)• const RbtVble & GetVble (int key)• void SetVble (int key, const RbtVble &v)• void UpdateLigs (RbtModelPtr lig)• void UpdateSite (RbtModelPtr rec, RbtDockingSitePtr site)• void UpdateScores (RbtBaseSF ∗spSF, RbtModelPtr lig)



• RbtContext.h

5.259 RbtStringTokenIter Class Reference

Inheritance diagram for RbtStringTokenIter:

RbtStringTokenIter

RbtTokenIter


5.260 RbtStringTooLong Class Reference 175


• RbtStringTokenIter (const RbtStringTokenIter &)• RbtStringTokenIter (const istreamPtr, RbtContextPtr)• void copy (const RbtStringTokenIter &)• void Next (RbtContextPtr)• RbtTokenPtr Current ()




• RbtStringTokenIter.h

5.260 RbtStringTooLong Class Reference

Inheritance diagram for RbtStringTooLong:

RbtStringTooLong

RbtFileError

RbtError


• RbtStringTooLong (const std::string &strFile, int nLine, const std::string &strMessage="")



• RbtFileError.h

5.261 RbtSubject Class Reference

Inheritance diagram for RbtSubject:

RbtSubject

RbtWorkSpace

RbtBiMolWorkSpace




• virtual void Attach (RbtObserver ∗)• virtual void Detach (RbtObserver ∗)• virtual void Notify ()


• RbtSubject.h

5.262 RbtTetherSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtTetherSF:

RbtTetherSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject



• RbtTetherSF (const std::string &strName="TETHER")


• static std::string _CT• static std::string _REFERENCE_FILE





• RbtTetherSF.h


5.263 RbtToken Class Reference 177

5.263 RbtToken Class Reference


• RbtToken (const RbtVble &)• RbtToken (RbtCommands)• RbtToken (const RbtToken &)• const RbtVble & GetVble () const• bool IsVble ()• bool IsLog ()• bool IsExp ()• bool IsAdd ()• bool IsSub ()• bool IsMul ()• bool IsDiv ()• bool IsAnd ()• bool IsIf ()




• RbtToken.h

5.264 RbtTokenIter Class Reference

Inheritance diagram for RbtTokenIter:

RbtTokenIter

RbtCellTokenIter RbtStringTokenIter


• virtual void Next (RbtContextPtr)=0• virtual RbtTokenPtr Current ()=0


• RbtTokenIter.h



5.265 RbtTransformAgg Class Reference

Inheritance diagram for RbtTransformAgg:

RbtTransformAgg

RbtBaseTransform

RbtBaseObject



• RBTDLL_EXPORT RbtTransformAgg (const std::string &strName="DOCK")

• virtual void Add (RbtBaseTransform ∗)

• virtual void Remove (RbtBaseTransform ∗)

• virtual bool isAgg () const

• virtual unsigned int GetNumTransforms () const

• virtual RbtBaseTransform ∗ GetTransform (unsigned int iTransform) const

• virtual void Register (RbtWorkSpace ∗)

• virtual void Unregister ()

• virtual void Update (RbtSubject ∗theChangedSubject)

• virtual void HandleRequest (RbtRequestPtr spRequest)

• virtual void Print (std::ostream &s) const




• virtual void Execute ()



• RbtTransformAgg.h


5.266 RbtTransformFactory Class Reference 179

5.266 RbtTransformFactory Class Reference


• virtual RbtBaseTransform ∗ Create (const std::string &strTransformClass, const std::string &strName)• virtual RbtTransformAgg ∗ CreateAggFromFile (RbtParameterFileSourcePtr spPrmSource, const std::string

&strName, const std::string &strTransformClasses=std::string())


• RbtTransformFactory.h

5.267 RbtTriposAtomType Class Reference

Classes

• struct info

Public Types

• enum eType {UNDEFINED = 0, Al, Br, C_cat,C_1, C_1_H1, C_2, C_2_H1,C_2_H2, C_3, C_3_H1, C_3_H2,C_3_H3, C_ar, C_ar_H1, Ca,Cl, Du, F, H,H_P, I, K, Li,LP, N_1, N_2, N_3,N_4, N_am, N_ar, N_pl3,Na, O_2, O_3, O_co2,P_3, S_2, S_3, S_o,S_o2, Si, MAXTYPES }


• eType operator() (RbtAtom ∗pAtom, bool useExtendedTypes=false) const• RBTDLL_EXPORT std::string Type2Str (eType) const• int Type2Hybrid (eType) const• int Type2AtomicNo (eType) const• RBTDLL_EXPORT eType Str2Type (const std::string &) const


• RbtTriposAtomType.h



5.268 RbtVariant Class Reference


• RbtVariant (int i)• RbtVariant (double d)• RbtVariant (const std::string &s)• RbtVariant (const char ∗c)• RbtVariant (const std::vector< std::string > &sl)• RbtVariant (bool b)• RbtVariant (const RbtCoord &c)• RbtVariant (const std::vector< double > &dl, int maxCols, int precision)• RbtVariant & operator= (int i)• RbtVariant & operator= (double d)• RbtVariant & operator= (const std::string &s)• RbtVariant & operator= (const char ∗c)• RbtVariant & operator= (const std::vector< std::string > &sl)• RbtVariant & operator= (bool b)• RbtVariant & operator= (const RbtCoord &c)• void operator+= (const RbtVariant &v)• operator int () const• operator unsigned int () const• operator double () const• operator std::string () const• operator std::vector< std::string > () const• operator bool () const• operator RbtCoord () const• double Double () const• std::string String () const• std::vector< std::string > StringList () const• bool Bool () const• RbtCoord Coord () const• unsigned int Size () const• bool isEmpty () const

Friends

• std::ostream & operator<< (std::ostream &s, const RbtVariant &v)


• RbtVariant.h

5.269 RbtVble Class Reference

Public Types

• enum VbleType { CTE, LIG, SCORE, SITE }


5.270 RbtVdwGridSF Class Reference 181


• RbtVble (std::string s, RbtReturnType val=0.0)• RbtVble (const RbtVble &v)• void SetValue (RbtReturnType val)• RbtReturnType GetValue () const• RbtVble & operator= (const RbtVble &v)• void SetName (std::string nm)• std::string GetName () const• bool IsLig ()• bool IsScore ()• bool IsSite ()




• RbtVble.h

5.270 RbtVdwGridSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtVdwGridSF:

RbtVdwGridSF

RbtBaseInterSF

RbtBaseSF

RbtBaseObject



• RbtVdwGridSF (const std::string &strName="VDW")


• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetCt ()




• static std::string _CT• static std::string _GRID• static std::string _SMOOTHED


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupSolvent ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void ParameterUpdated (const std::string &strName)


• RbtVdwGridSF.h

5.271 RbtVdwIdxSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtVdwIdxSF:

RbtVdwIdxSF

RbtBaseInterSF RbtBaseIdxSF RbtVdwSF

RbtBaseSF RbtBaseSF RbtBaseSF RbtAnnotationHandler

RbtBaseObject RbtBaseObject RbtBaseObject

RbtRequestHandler

RbtObserver

RbtParamHandler

RbtRequestHandler

RbtObserver

RbtParamHandler

RbtRequestHandler

RbtObserver

RbtParamHandler


• RBTDLL_EXPORT RbtVdwIdxSF (const std::string &strName="VDW")• virtual void ScoreMap (RbtStringVariantMap &scoreMap) const


• static std::string _CT• static std::string _THRESHOLD_ATTR• static std::string _THRESHOLD_REP• static std::string _ANNOTATION_LIPO• static std::string _ANNOTATE• static std::string _FAST_SOLVENT


5.272 RbtVdwIntraSF Class Reference 183


• virtual void SetupReceptor ()• virtual void SetupLigand ()• virtual void SetupSolvent ()• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• double InterScore () const• double ReceptorScore () const• double SolventScore () const• double ReceptorSolventScore () const• double LigandSolventScore () const• void ParameterUpdated (const std::string &strName)



• RbtVdwIdxSF.h

5.272 RbtVdwIntraSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtVdwIntraSF:

RbtVdwIntraSF

RbtBaseIntraSF RbtVdwSF

RbtBaseSF RbtBaseSF RbtAnnotationHandler




• RBTDLL_EXPORT RbtVdwIntraSF (const std::string &strName="VDW")• virtual void HandleRequest (RbtRequestPtr spRequest)




• virtual void SetupScore ()• virtual double RawScore () const• void ParameterUpdated (const std::string &strName)





• RbtVdwIntraSF.h

5.273 RbtVdwSF Class Reference

Inheritance diagram for RbtVdwSF:

RbtVdwSF

RbtBaseSF RbtAnnotationHandler

RbtBaseObject


RbtVdwIdxSF RbtVdwIntraSF


• static RBTDLL_EXPORT std::string & GetEcut ()


• static std::string _CT• static std::string _USE_4_8• static std::string _USE_TRIPOS• static std::string _RMAX• static std::string _ECUT• static std::string _E0


• void OwnParameterUpdated (const std::string &strName)• double VdwScore (const RbtAtom ∗pAtom, const RbtAtomRList &atomList) const• double VdwScoreEnabledOnly (const RbtAtom ∗pAtom, const RbtAtomRList &atomList) const• double MaxVdwRange (const RbtAtom ∗pAtom) const• double MaxVdwRange (RbtTriposAtomType::eType t) const• void BuildIntraMap (const RbtAtomRList &atomList, RbtAtomRListList &intns) const• void BuildIntraMap (const RbtAtomRList &atomList1, const RbtAtomRList &atomList2, RbtAtomRListList

&intns) const• void Partition (const RbtAtomRList &atomList, const RbtAtomRListList &intns, RbtAtomRListList &prtIntns,

double dist=0.0) const


5.274 RbtWorkSpace Class Reference 185



• RbtVdwSF.h

5.274 RbtWorkSpace Class Reference

Inheritance diagram for RbtWorkSpace:

RbtWorkSpace

RbtSubject RbtParamHandler

RbtBiMolWorkSpace


• RbtWorkSpace (unsigned int nModels=2)• RBTDLL_EXPORT std::string GetName () const• RBTDLL_EXPORT void SetName (const std::string &)• RBTDLL_EXPORT unsigned int GetNumModels () const• RBTDLL_EXPORT RbtModelList GetModels () const• RBTDLL_EXPORT RbtModelPtr GetModel (unsigned int iModel) const• void SetModel (unsigned int iModel, RbtModelPtr spModel)• RbtModelList GetModels (unsigned int iModel) const• void AddModels (RbtModelList modelList)• void SetModels (unsigned int iModel, RbtModelList modelList)• void RemoveModels (unsigned int iModel)• RbtMolecularFileSinkPtr GetSink () const• RBTDLL_EXPORT void SetSink (RbtMolecularFileSinkPtr)• virtual void Save (bool bSaveScores=true)• RbtMolecularFileSinkPtr GetHistorySink () const• RBTDLL_EXPORT void SetHistorySink (RbtMolecularFileSinkPtr)• virtual void SaveHistory (bool bSaveScores=true)• RBTDLL_EXPORT RbtBaseSF ∗ GetSF () const• RBTDLL_EXPORT void SetSF (RbtBaseSF ∗)• RbtBaseTransform ∗ GetTransform () const• RBTDLL_EXPORT void SetTransform (RbtBaseTransform ∗)• virtual void Run ()• void SetPopulation (RbtPopulationPtr population)• RbtPopulationPtr GetPopulation () const• void ClearPopulation ()• RBTDLL_EXPORT RbtDockingSitePtr GetDockingSite () const• RBTDLL_EXPORT void SetDockingSite (RbtDockingSitePtr spDockSite)• RbtFilterPtr GetFilter () const• RBTDLL_EXPORT void SetFilter (RbtFilterPtr spFilter)




• static std::string _CT• static std::string _NAME



• RbtWorkSpace.h

5.275 RbtNM::RelativeValueCriterion< DataType > Class TemplateReference


• RelativeValueCriterion (DataType ftol)• template<class State >



• RbtNMCriteria.h

5.276 Rbt::RestoreHHS Class Reference




• RbtSATypes.h

5.277 Rbt::RotateAtomUsingQuat Class Reference


• RotateAtomUsingQuat (const RbtQuat &qq)• void operator() (RbtAtom ∗pAtom)


• RbtAtom.h


5.278 Rbt::RotateAtomUsingQuatIfSelected Class Reference 187

5.278 Rbt::RotateAtomUsingQuatIfSelected Class Reference


• RotateAtomUsingQuatIfSelected (const RbtQuat &qq)• void operator() (RbtAtom ∗pAtom)


• RbtAtom.h

5.279 Rbt::SaveHHS Class Reference




• RbtSATypes.h

5.280 SearchTest Class Reference

Inheritance diagram for SearchTest:

SearchTest

Test


• void SetUp () override• void TearDown () override• double rmsd (const RbtCoordList &rc, const RbtCoordList &c)


• RbtAtomList m_atomList• RbtBiMolWorkSpacePtr m_workSpace• RbtSFAggPtr m_SF


• SearchTest.h• SearchTest.cxx



5.281 Rbt::SelectAtom Class Reference


• SelectAtom (bool bb)• void operator() (RbtAtom ∗pAtom)


• RbtAtom.h

5.282 Rbt::SelectFlexAtoms Class Reference


• void operator() (RbtAtom ∗pAtom)


• RbtAtom.h

5.283 Rbt::SelectInteractionCenter Class Reference


• SelectInteractionCenter (bool bb)• void operator() (RbtInteractionCenter ∗pIC)



5.284 RbtNM::Simplex< DataType, ParameterType, Function, Criterion >

Class Template Reference

#include <RbtNMSimplex.h>


• Simplex (const Criterion &criterion)• void Optimize (Function &fun)• const ParameterType & GetBestParameters () const• DataType GetBestValue () const• void SetStartPoint (const ParameterType &point)• void SetDelta (DataType delta)• void SetDelta (ParameterType deltas)


template<class DataType, class ParameterType, class Function, class Criterion>class RbtNM::Simplex< DataType, ParameterType, Function, Criterion >

The Nelder-Mead Simplex algorithm Complies to a simple and standard interface


5.285 Singleton< singleton_type > Class Template Reference 189

Parameters

DataType is the type of inner values to consider

ParameterType is the type of ParameterType (Eigen if possible)

Function is the type of Function to optimize

Criterion is the type of the stopping Criterion


5.284.2.1 GetBestParameters()

template<class DataType , class ParameterType , class Function , class Criterion >

const ParameterType& RbtNM::Simplex< DataType, ParameterType, Function, Criterion >::GetBest←↩

Parameters ( ) const [inline]

Retrieves the best parameters

5.284.2.2 GetBestValue()

template<class DataType , class ParameterType , class Function , class Criterion >

DataType RbtNM::Simplex< DataType, ParameterType, Function, Criterion >::GetBestValue ( )

const [inline]

Retrieves the best final value


• RbtNMSimplex.h

5.285 Singleton< singleton_type > Class Template Reference


• static singleton_type & instance ()

Protected Types

• enum action { DESTROY, CREATE, GET }



Static Protected Member Functions

• static singleton_type ∗ object (const action &a)


• Singleton.h

5.286 SmartPtr< T > Class Template Reference


• SmartPtr (T ∗pT)• SmartPtr (const SmartPtr< T > &sp)• template<class T2 >

SmartPtr (const SmartPtr< T2 > &sp)• const SmartPtr< T > & operator= (const SmartPtr< T > &sp)• template<class T2 >

const SmartPtr< T > & operator= (const SmartPtr< T2 > &sp)• bool Null () const• unsigned ∗ GetCountPtr () const• T ∗ Ptr ()• const T ∗ Ptr () const• void SetNull ()• T ∗ operator-> ()• const T ∗ operator-> () const• T & operator∗ ()• const T & operator∗ () const• operator T∗ () const


• RbtSmartPointer.h

5.287 RbtNM::State< DataType, ParameterType > Struct TemplateReference

#include <RbtNMState.h>

Public Attributes

• ParameterType bestParameters• DataType bestValue• ParameterType currentParameters• DataType currentValue• ParameterType formerParameters• DataType formerValue• long iteration


5.288 Rbt::TranslateAtom Class Reference 191


template<class DataType, class ParameterType>struct RbtNM::State< DataType, ParameterType >

Optimization state for an optimizer


• RbtNMState.h

5.288 Rbt::TranslateAtom Class Reference


• TranslateAtom (const RbtVector &vv)• void operator() (RbtAtom ∗pAtom)


• RbtAtom.h

5.289 Rbt::TranslateAtomIfSelected Class Reference


• TranslateAtomIfSelected (const RbtVector &vv)• void operator() (RbtAtom ∗pAtom)


• RbtAtom.h


Chapter 6

File Documentation

6.1 RbtCSVFileSink.h File Reference

#include "RbtBaseMolecularFileSink.h"#include "RbtElementFileSource.h"

Classes

• class RbtCSVFileSink

Typedefs

• typedef SmartPtr< RbtCSVFileSink > RbtCSVFileSinkPtr


Outputs RbtModel(s) to CSV files.

194 File Documentation


Index

_CTRbtPMFIdxSF, 146

_PMFDIRRbtPMFIdxSF, 146

∼RbtPMFIdxSFRbtPMFIdxSF, 145

CharmmType, 21

EvaluateVisitor, 22

FilterAddExp, 23FilterAndExp, 23FilterDivExp, 24FilterExpExp, 24FilterIfExp, 25FilterLogExp, 25FilterMulExp, 26FilterSubExp, 26FilterVbleExp, 27

GetBestParametersRbtNM::Simplex< DataType, ParameterType,

Function, Criterion >, 189GetBestValue

RbtNM::Simplex< DataType, ParameterType,Function, Criterion >, 189

GetLinearCloseRangeValueRbtPMFIdxSF, 145

GetPMFfor_lCRbtSetupPMFSF, 163

HHS_Solvation, 28

OccupancyTest, 50

PrettyPrintVisitor, 52PrintVisitor, 52

RawScoreRbtPMFIdxSF, 145

Rbt::CyclicAtom, 22Rbt::GenomeCmp_Score, 27Rbt::InitHHS, 29Rbt::InteractionCenterCmp, 29Rbt::InvertSelectAtom, 30Rbt::isAtom_12Connected, 30Rbt::isAtom_13Connected, 30Rbt::isAtom_eq, 31Rbt::isAtomAnionic, 31Rbt::isAtomBridgehead, 31

Rbt::isAtomCationic, 32Rbt::isAtomCharged, 32Rbt::isAtomCyclic, 33Rbt::isAtomEnabled, 33Rbt::isAtomExtended, 33Rbt::isAtomGuanidiniumCarbon, 34Rbt::isAtomHBondAcceptor, 34Rbt::isAtomHBondDonor, 35Rbt::isAtomicNo_eq, 35Rbt::isAtomId_eq, 35Rbt::isAtomInsideCuboid, 36Rbt::isAtomInsideSphere, 37Rbt::isAtomIonic, 37Rbt::isAtomLipophilic, 37Rbt::isAtomMetal, 38Rbt::isAtomName_eq, 38Rbt::isAtomNearCoordList, 39Rbt::isAtomNegCharged, 39Rbt::isAtomPlanar, 39Rbt::isAtomPosCharged, 40Rbt::isAtomPtr_eq, 40Rbt::isAtomRNA, 41Rbt::isAtomSelected, 41Rbt::isBond_eq, 41Rbt::isBondAmide, 42Rbt::isBondCyclic, 42Rbt::isBondPtr_eq, 43Rbt::isBondRotatable, 43Rbt::isBondSelected, 43Rbt::isBondToNH3, 44Rbt::isBondToOH, 44Rbt::isCavityNearCoord, 45Rbt::isCoordinationNumber_eq, 45Rbt::isFFType_eq, 46Rbt::isGenome_eq, 46Rbt::isHHSSelected, 46Rbt::isHHSType_eq, 47Rbt::isHybridState_eq, 47Rbt::isInteractionCenterSelected, 48Rbt::isInteractionD_lt, 48Rbt::isPiAtom, 48Rbt::isSegmentName_eq, 49Rbt::isSubunitId_eq, 49Rbt::isSubunitName_eq, 50Rbt::OverlapHHS, 51Rbt::OverlapVariableHHS, 51Rbt::PartitionHHS, 51Rbt::RbtAnn_Cmp_AtomId2, 54Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomicNo, 59

196 INDEX

Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomId, 59Rbt::RbtAtomPtrCmp_AtomName, 59Rbt::RbtAtomPtrCmp_Ptr, 59Rbt::RbtBondPCmp_BondId, 76Rbt::RbtCavityPtrCmp_Distance, 79Rbt::RbtCavityPtrCmp_Volume, 79Rbt::RestoreHHS, 186Rbt::RotateAtomUsingQuat, 186Rbt::RotateAtomUsingQuatIfSelected, 187Rbt::SaveHHS, 187Rbt::SelectAtom, 188Rbt::SelectFlexAtoms, 188Rbt::SelectInteractionCenter, 188Rbt::TranslateAtom, 191Rbt::TranslateAtomIfSelected, 191RbtAlignTransform, 53RbtAnnotation, 54RbtAnnotationHandler, 55RbtAromIdxSF, 55RbtAssert, 56RbtAtom, 57RbtBadArgument, 60RbtBadReceptorFile, 60RbtBaseBiMolTransform, 61RbtBaseFileSink, 61RbtBaseFileSource, 62RbtBaseGrid, 63RbtBaseIdxSF, 65RbtBaseInterSF, 66RbtBaseIntraSF, 67RbtBaseMolecularDataSource, 68RbtBaseMolecularFileSink, 68RbtBaseMolecularFileSource, 69RbtBaseObject, 71RbtBaseSF, 72RbtBaseTransform, 73RbtBaseUniMolTransform, 74RbtBiMolWorkSpace, 75RbtBond, 76RbtCavity, 77RbtCavityFillSF, 77RbtCavityGridSF, 78RbtCavityGridSF::HeavyAtomFactory, 28RbtCellContext, 79RbtCellTokenIter, 80RbtCharmmDataSource, 81RbtCharmmTypesFileSource, 81RbtChrom, 81RbtChromDihedralElement, 82RbtChromDihedralRefData, 83RbtChromElement, 84RbtChromFactory, 85RbtChromOccupancyElement, 86RbtChromOccupancyRefData, 87RbtChromPositionElement, 87RbtChromPositionRefData, 88RbtChromTest, 89RbtCommands, 90

RbtConstraint, 90RbtConstSF, 92RbtContext, 92RbtCoord, 93RbtCrdFileSink, 94RbtCrdFileSource, 95RbtCSVFileSink, 95RbtCSVFileSink.h, 193RbtDihedral, 96RbtDihedral::prms, 53RbtDihedralIntraSF, 96RbtDihedralSF, 97RbtDihedralTargetSF, 98RbtDirectorySource, 98RbtDirIsNotAccessible, 99RbtDockingError, 100RbtDockingSite, 100RbtDockingSite::isAtomInRange, 36RbtElementData, 101RbtElementFileSource, 101RbtEnvNotDefined, 102RbtError, 102RbtEuler, 103RbtFFTGrid, 104RbtFFTPeak, 105RbtFileError, 105RbtFileMissingParameter, 106RbtFileParseError, 106RbtFileReadError, 107RbtFileWriteError, 107RbtFilter, 108RbtFilterExpression, 109RbtFilterExpressionVisitor, 110RbtFlexAtomFactory, 110RbtFlexData, 111RbtFlexDataVisitor, 111RbtGATransform, 112RbtGenome, 113RbtHBAConstraint, 113RbtHBDConstraint, 114RbtHeavyConstraint, 114RbtHHSType, 115RbtHydroAliphaticConstraint, 116RbtHydroAromaticConstraint, 116RbtHydroConstraint, 117RbtInteractionCenter, 117RbtInteractionGrid, 118RbtInteractionGridTemplate< T >, 119RbtInteractionGridTemplatePtr< T >, 120RbtInteractionNode< T >, 120RbtInteractionNodeList< T >, 120RbtInteractionNodeListMap< T >, 121RbtInteractionNodeListMapConstIter< T >, 121RbtInteractionNodeListMapIter< T >, 121RbtInvalidRequest, 122RbtLigandError, 122RbtLigandFlexData, 123RbtLigandSiteMapper, 124


INDEX 197

RbtMCStats, 124RbtMdlFileSink, 125RbtMdlFileSource, 126RbtModel, 126RbtModelError, 128RbtModelMutator, 129RbtMOEGrid, 129RbtMOEGridPoint, 130RbtMOEGridShape, 130RbtMOL2FileSource, 130RbtMOL2Substructure, 131RbtNegChargeConstraint, 131RbtNM::AndCriteria< Criteria1, Criteria2 >, 21RbtNM::IterationCriterion, 50RbtNM::RelativeValueCriterion< DataType >, 186RbtNM::Simplex< DataType, ParameterType, Function,

Criterion >, 188GetBestParameters, 189GetBestValue, 189

RbtNM::State< DataType, ParameterType >, 190RbtNmrRestraintFileSource, 132RbtNmrSF, 133RbtNoeEndAtoms, 133RbtNoeEndNames, 134RbtNoeRestraintAtoms, 134RbtNoeRestraintNames, 135RbtNoFileInDir, 135RbtNonBondedGrid, 135RbtNonBondedHHSGrid, 136RbtNullTransform, 137RbtObserver, 138RbtParameterFileSource, 139RbtParamHandler, 139RbtParser, 140RbtPdbFileSource, 140RbtPharmaSF, 141RbtPlane, 142RbtPMFDirSource, 142RbtPMFGridSF, 143RbtPMFIdxSF, 144

_CT, 146_PMFDIR, 146∼RbtPMFIdxSF, 145GetLinearCloseRangeValue, 145RawScore, 145RbtPMFIdxSF, 145SetupLigand, 145SetupReceptor, 145SetupScore, 146Update, 146

RbtPMFValue, 147RbtPolarIdxSF, 147RbtPolarIntraSF, 148RbtPolarSF, 149RbtPolarSF::f1prms, 22RbtPopulation, 150RbtPosChargeConstraint, 151RbtPrincipalAxes, 151

RbtPRMFactory, 152RbtPseudoAtom, 152RbtPsfFileSink, 153RbtPsfFileSource, 153RbtQuat, 154RbtRand, 155RbtRandLigTransform, 155RbtRandPopTransform, 156RbtRealGrid, 157RbtReceptorFlexData, 158RbtRequest, 159RbtRequestHandler, 159RbtRingAromaticConstraint, 160RbtRotSF, 160RbtSAIdxSF, 161RbtSetupPMFSF, 162

GetPMFfor_lC, 163RbtSetupPolarSF, 163RbtSetupSASF, 164RbtSFAgg, 165RbtSFDisableRequest, 166RbtSFEnableRequest, 166RbtSFFactory, 167RbtSFPartitionRequest, 167RbtSFSetParamRequest, 167RbtSimAnnTransform, 168RbtSimpleSolvationParameters, 169RbtSimplexCostFunction, 169RbtSimplexTransform, 170RbtSiteMapper, 171RbtSiteMapperFactory, 171RbtSolventFlexData, 172RbtSphereSiteMapper, 172RbtStdRestraintAtoms, 173RbtStdRestraintNames, 173RbtStringContext, 174RbtStringTokenIter, 174RbtStringTooLong, 175RbtSubject, 175RbtTetherSF, 176RbtToken, 177RbtTokenIter, 177RbtTransformAgg, 178RbtTransformFactory, 179RbtTriposAtomType, 179RbtTriposAtomType::info, 29RbtVariant, 180RbtVble, 180RbtVdwGridSF, 181RbtVdwIdxSF, 182RbtVdwIntraSF, 183RbtVdwSF, 184RbtWorkSpace, 185

SearchTest, 187SetupLigand

RbtPMFIdxSF, 145SetupReceptor

RbtPMFIdxSF, 145


198 INDEX

SetupScoreRbtPMFIdxSF, 146

Singleton< singleton_type >, 189SmartPtr< T >, 190

UpdateRbtPMFIdxSF, 146


rxdock...i 1 main page 1 1.1 introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ....

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