p.#falciparum#sample’data’for’malariagen
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P. falciparum sample data for MalariaGEN Plasmodium falciparum Community Project, Genomic epidemiology of artemisinin resistant malaria, eLife, 2016. Terms and conditions of use
This document lists ENA accession numbers, country of origin, year, and name and contact of contributing investigators for the samples included in MalariaGEN Plasmodium falciparum Community Project publication Genomic epidemiology of artemisinin resistant malaria, eLife, 2016 (DOI: 10.7554/eLife.08714). The samples and data used in this publication form part of the MalariaGEN Plasmodium falciparum Community Project (http://www.malariagen.net/projects/parasite/pf), which is building a catalogue of variants and allele frequencies as part of its goal to characterize common forms of genetic variation in Plasmodium falciparum. It is expected that the Project will have many scientific and translational applications, including its ultimate goal to foster the uses of parasite sequencing and genotyping to guide malaria control and elimination strategies. This involves sequencing thousands of parasite isolates contributed by independent research groups working in malaria endemic countries from around the world, and developing statistical and computational methods that allow the most common and important forms of variation to be reliably and cost-‐effectively determined in large numbers of sequenced samples. Plasmodium falciparum has a number of unusual and complex genomic features – e.g. highly repetitive regions, exceptionally variable regions and genetically mixed infections – that make this a particularly interesting and challenging analytical problem. The data used in MalariaGEN Plasmodium falciparum Community Project, Genomic epidemiology of artemisinin resistant malaria, eLife, 2016 (DOI: 10.7554/eLife.08714), were generated by the Project to investigate a number of scientific questions that go beyond the scope of this particular publication. Similarly, many of the investigators and groups who contributed samples used in this publication have planned independent analyses of their datasets that have not yet been completed or reported. The contributing investigators have agreed to release the sequence data and country of origin of these samples in the expectation that other researchers will find this useful and will respect the data-‐ sharing principles outlined below. Guided by the principles of the Fort Lauderdale Agreement (www.genome.gov/Pages/Research/WellcomeReport0303.pdf), other researchers are encouraged to use these data in their own work, but are expected to allow the Project and its contributing investigators to make the first presentations and publications reporting on their intended scientific analyses. The terms for data use are set out below, and are based on those established by the human 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org). Usage of any data contained in this document implies your acceptance of these terms and conditions.
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== Use of the Project data, presentations and publications, and authorship == * Global analyses of Project data The Project and its contributing investigators plan to publish global analyses of: sequence data and quality; SNPs and structural variants; haplotypes and LD patterns; population genetic phenomena such as population comparisons, mutation and recombination rates, signals of selection and demographic analyses; functional annotations; and analyses of regions of general interest such as var genes and genes implicated in drug resistance. Since the data is derived from blood samples of infected individuals in a natural setting, some samples will include mixed infections of P. falciparum with other Plasmodium species, and this will form part of the Project analysis.
Talks, posters, and papers on all such analyses are to be published first by approved presenters on behalf of the Project. When these planned analyses have been published by the Project, then other researchers are free to present and publish using the Project data. Groups within the Project may make presentations and publish papers on more extensive analyses of specific topics coincident with the main Project analysis presentations and publications.
*Local analyses of Project data In many cases contributing investigators intend to perform analyses beyond those described above using the genomic data from their samples. External researchers who wish to investigate patterns of variation at particular study sites are respectfully asked to contact the relevant contributing groups to discuss their intentions and, if appropriate, to identify opportunities for collaboration. This should be done via the contacts named in the accompanying list of studies and samples. * Methods development using Project data Researchers who have used small amounts of Project data (<= one chromosome) may present methods development posters, talks, and papers that include these data prior to the main Project publications, without needing Project approval or authorship. The Project should be acknowledged and cited using the format given below. Methods presentations or papers on global analyses or analyses using large amounts of Project data would be similar to large-‐scale analyses of Project data: researchers within the Project may make presentations or submit papers at the same time as the main Project presentations and papers, and others could do so after the Project publishes on the global analyses.
*Candidate region studies using Project data Researchers may present and publish on use of Project data in specific chromosome regions (that are not of general interest) or as summaries (such as the total number of variants) without Project approval, prior to the main Project publications. The Project should be acknowledged and cited using the format given below.
* Population comparisons using Project data Researchers may use Project data as controls or additional information for comparisons with their samples from other populations, prior to the main Project publications, as long as the analyses that the Project plans to do are not included. The Project should be acknowledged and cited using the format given below.
* Acknowledging and citing the source of the data Publications using these data should acknowledge and cite the source of the data using the following format: "This publication uses data from the MalariaGEN Plasmodium falciparum Community Project as described in Genomic epidemiology of artemisinin resistant malaria, eLife, 2016 (DOI: 10.7554/eLife.08714)."
* Uses of the data to study other organisms The sequence read data may only be used for Plasmodium genome analysis. It is prohibited to attempt to recover information about humans or other organisms.
== Queries == Researchers who have questions about whether they may make presentations or submit papers using Project data may contact Vikki Cornelius ([email protected]) or Olivo Miotto ([email protected]). == Project Updates == The MalariaGEN Community Project on Plasmodium falciparum population genomics is an active collaboration. For the latest information on Project developments, analyses and publications, visit the Project page (http://www.malariagen.net/projects/parasite/pf).
The data The following tables provide provenance metadata for the 3,411 samples used in MalariaGEN Plasmodium falciparum Community Project, Genomic epidemiology of artemisinin resistant malaria, eLife, 2016 (DOI: 10.7554/eLife.08714). Table 1 gives information about partner studies that contributed samples to this dataset. The columns show: (1) the identifier of the partner study; (2) the name and affiliation; and (3) the email address of the contact person who represents the group who conducted the partner study. Table 2 gives information about the 3,411 samples that were used in the analyses. In these tables, the columns show: (1) sample number; (2) the accession number(s) for the sequencing reads data relevant to the sample, stored at the European Nucleotide Archive (ENA); (3) the country of origin of the sample; (4) the year of collection of the sample; (5) the identifier of the partner study that contributed the sample; (6) the identifier of the sample. Read sequences can be downloaded from http://www.ebi.ac.uk/ena/data/search/?query=plasmodium using the accession numbers provided. Some samples have multiple accession numbers, each referring to a dataset generated by a separate sequencing experiment on the sample. Sequence read data from Indonesia cannot be made publically available because of national export restrictions and is marked below as N/A. Year of collection is provided for all samples. Where this is approximate it has been annotated as follows † the study was conducted between 2011 and 2012.
Table 1 – Partner studies that contributed samples used in this study Study Contact Email
1001 Abdoulaye Djimdé Malaria Research and Training Centre University of Bamako, Mali
1004 Jean-‐Bosco Ouedraogo Institut de Recherche en Sciences de la Santé Bobo-‐Dioulasso, Burkina Faso
1006 Alfred Amambua-‐Ngwa Medical Research Council Unit Banjul, The Gambia
1007 Patrick Duffy NIH National Institute of Allergy and Infectious Diseases Rockville, Maryland, USA
1008 Pascal Ringwald Global Malaria Programme World Health Organization, Geneve, Switzerland
1010 Timothy J.C. Anderson Southwest Foundation for Biomedical Research, San Antonio, TX, USA
1011 Xin-‐zhuan Su National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA
1012 Nick J. White Mahidol-‐Oxford Tropical Medicine Research Unit, Bangkok, Thailand
1013 Julian Rayner Wellcome Trust Sanger Institute Hinxton, UK
1015 Kevin Marsh KEMRI-‐Wellcome Trust Research Programme, Kenya Kilifi, Kenya
kmarsh@kemri-‐wellcome.org
1016 Francois Nosten Shoklo Malaria Research Unit, Mae Sot, Thailand
1017 Lucas Amenga-‐Etego Navrongo Health Research Centre Navrongo, Ghana
1020 Hien Tinh Tran Oxford University Clinical Research Unit, Ho Chi Minh City, Vietnam
1021 Ivo Mueller Walter and Eliza Hall Institute, Australia Barcelona Centre for International Health Research, Spain
1022 Alister Craig Liverpool School of Tropical Medicine Liverpool, UK
1023 Diego F Echeverri-‐Garcia Purdue University, USA International Center for Medical Research and Training, Colombia
1024 Teun Bousema London School of Hygiene and Tropical Medicine
London, UK
1026 David Conway MRC Laboratories, The Gambia London School of Hygiene and Tropical Medicine, UK
1027 Peter C Bull KEMRI-‐Wellcome Trust Research Programme, Kenya University of Oxford
pbull@kemri-‐wellcome.org
1031 Chris Plowe Howard Hughes Medical Institute and University of Maryland Baltimore, MD, USA
1044 Rick Fairhurst NIH National Institute of Allergy and Infectious Diseases Bethesda, MD, USA
1052 Elizabeth Ashley Mahidol-‐Oxford Tropical Medicine Research Unit, Bangkok, Thailand
1083 Gordon Awandare University of Ghana Ghana
1093 Tobias Apinjoh University of Buea Cameroon
1094 Lucas Amenga-‐Etego Navrongo Health Research Centre Navrongo, Ghana
1095 Deus Ishengoma National Institute for Medical Research Tanzania
1101 Caterina Fanello Mahidol-‐Oxford Tropical Medicine Research Unit, Bangkok, Thailand
1102 Milijaona Randrianarivelojosia Institut Pasteur de Madagascar Antananarivo, Madagascar
1125 Francois Nosten Shoklo Malaria Research Unit, Mae Sot, Thailand
1146 Sarah Auburn Menzies School of Health Research Darwin, Australia
Table 2 – Samples used in the analyses
# Sequencing Reads Country Year Study Sample ID 1 ERS024153 Bangladesh 2008 1031 PR0001-‐CW 2 ERS024154 Bangladesh 2008 1031 PR0002-‐CW 3 ERS024155 Bangladesh 2008 1031 PR0003-‐CW 4 ERS024156 Bangladesh 2008 1031 PR0004-‐CW 5 ERS024157 Bangladesh 2008 1031 PR0005-‐CW 6 ERS024158 Bangladesh 2008 1031 PR0006-‐CW 7 ERS024159 Bangladesh 2008 1031 PR0007-‐CW 8 ERS024160 Bangladesh 2008 1031 PR0008-‐CW 9 ERS024161 Bangladesh 2008 1031 PR0009-‐CW
10 ERS010785 Bangladesh 2008 1031 PR0010-‐C 11 ERS010781 Bangladesh 2008 1031 PR0012-‐C 12 ERS032096 Bangladesh 2008 1031 PR0013-‐C 13 ERS032642 Bangladesh 2008 1031 PR0014-‐CW 14 ERS032080 Bangladesh 2008 1031 PR0015-‐C 15 ERS032072 Bangladesh 2008 1031 PR0016-‐C 16 ERS032094 Bangladesh 2008 1031 PR0017-‐C 17 ERS032124 Bangladesh 2008 1031 PR0020-‐C 18 ERS032643 Bangladesh 2008 1031 PR0022-‐CW 19 ERS032644 Bangladesh 2008 1031 PR0024-‐CW 20 ERS032070 Bangladesh 2008 1031 PR0032-‐C 21 ERS032139 Bangladesh 2008 1031 PR0033-‐C 22 ERS032078 Bangladesh 2008 1031 PR0039-‐C 23 ERS032645 Bangladesh 2008 1031 PR0040-‐CW 24 ERS032027 Bangladesh 2008 1031 PR0042-‐C 25 ERS032024 Bangladesh 2008 1031 PR0043-‐C 26 ERS031996 Bangladesh 2008 1031 PR0044-‐C 27 ERS157468 Bangladesh 2008 1031 PR0045-‐C 28 ERS174507 Bangladesh 2012 1052 PR0114-‐C 29 ERS174561 Bangladesh 2012 1052 PR0115-‐C 30 ERS174562 Bangladesh 2012 1052 PR0116-‐C 31 ERS174508 Bangladesh 2012 1052 PR0117-‐C 32 ERS174563 Bangladesh 2012 1052 PR0118-‐C 33 ERS174564 Bangladesh 2012 1052 PR0119-‐C 34 ERS174565 Bangladesh 2012 1052 PR0120-‐C 35 ERS347446 Bangladesh 2012 1052 PR0121-‐C 36 ERS347454 Bangladesh 2012 1052 PR0122-‐C 37 ERS347462 Bangladesh 2012 1052 PR0123-‐C 38 ERS347515 Bangladesh 2012 1052 PR0124-‐C 39 ERS347523 Bangladesh 2012 1052 PR0125-‐C 40 ERS347531 Bangladesh 2012 1052 PR0126-‐C 41 ERS347452 Bangladesh 2012 1052 PR0128-‐C 42 ERS347460 Bangladesh 2012 1052 PR0129-‐C 43 ERS347468 Bangladesh 2012 1052 PR0130-‐C 44 ERS347476 Bangladesh 2012 1052 PR0131-‐C 45 ERS347484 Bangladesh 2012 1052 PR0132-‐C 46 ERS347492 Bangladesh 2012 1052 PR0133-‐C 47 ERS347500 Bangladesh 2012 1052 PR0134-‐C 48 ERS347508 Bangladesh 2012 1052 PR0135-‐C
# Sequencing Reads Country Year Study Sample ID 49 ERS347516 Bangladesh 2012 1052 PR0136-‐C 50 ERS347524 Bangladesh 2012 1052 PR0137-‐C 51 ERS347532 Bangladesh 2012 1052 PR0138-‐C 52 ERS347461 Bangladesh 2012 1052 PR0141-‐C 53 ERS347469 Bangladesh 2012 1052 PR0142-‐C 54 ERS347477 Bangladesh 2012 1052 PR0143-‐C 55 ERS347485 Bangladesh 2012 1052 PR0144-‐C 56 ERS347493 Bangladesh 2012 1052 PR0145-‐C 57 ERS347501 Bangladesh 2012 1052 PR0146-‐C 58 ERS347509 Bangladesh 2012 1052 PR0147-‐C 59 ERS347517 Bangladesh 2012 1052 PR0148-‐C 60 ERS347525 Bangladesh 2012 1052 PR0149-‐C 61 ERS347533 Bangladesh 2012 1052 PR0150-‐C 62 ERS347541 Bangladesh 2012 1052 PR0151-‐C 63 ERS347550 Bangladesh 2012 1052 PR0153-‐C 64 ERS347558 Bangladesh 2012 1052 PR0154-‐C 65 ERS347566 Bangladesh 2012 1052 PR0155-‐C 66 ERS347574 Bangladesh 2012 1052 PR0156-‐C 67 ERS347582 Bangladesh 2012 1052 PR0157-‐C 68 ERS347590 Bangladesh 2012 1052 PR0158-‐C 69 ERS347598 Bangladesh 2012 1052 PR0159-‐C 70 ERS347606 Bangladesh 2012 1052 PR0160-‐C 71 ERS347622 Bangladesh 2012 1052 PR0162-‐C 72 ERS347630 Bangladesh 2012 1052 PR0163-‐C 73 ERS347543 Bangladesh 2012 1052 PR0164-‐C 74 ERS347551 Bangladesh 2012 1052 PR0165-‐C 75 ERS347559 Bangladesh 2012 1052 PR0166-‐C 76 ERS154525 Burkina Faso 2008 1004 PK0002-‐C 77 ERS010434 Burkina Faso 2008 1004 PK0007-‐C 78 ERS157507 Burkina Faso 2008 1004 PK0009-‐C 79 ERS010432 Burkina Faso 2008 1004 PK0011-‐C 80 ERS010446 Burkina Faso 2008 1004 PK0012-‐C 81 ERS010061 Burkina Faso 2008 1004 PK0017-‐C 82 ERS010449 Burkina Faso 2008 1004 PK0018-‐C 83 ERS154519 Burkina Faso 2008 1004 PK0019-‐C 84 ERS154510 Burkina Faso 2008 1004 PK0020-‐C 85 ERS010442 Burkina Faso 2008 1004 PK0021-‐C 86 ERS010208 Burkina Faso 2008 1004 PK0023-‐C 87 ERS010060 Burkina Faso 2008 1004 PK0025-‐C 88 ERS010440 Burkina Faso 2008 1004 PK0026-‐C 89 ERS010441 Burkina Faso 2008 1004 PK0027-‐C 90 ERS010206 Burkina Faso 2008 1004 PK0028-‐C 91 ERS010611; ERS010439 Burkina Faso 2008 1004 PK0029-‐C 92 ERS157459 Burkina Faso 2008 1004 PK0030-‐C 93 ERS010447 Burkina Faso 2008 1004 PK0031-‐C 94 ERS154509 Burkina Faso 2008 1004 PK0034-‐C 95 ERS010204 Burkina Faso 2008 1004 PK0035-‐C 96 ERS010209 Burkina Faso 2008 1004 PK0036-‐C 97 ERS010450; ERS010603 Burkina Faso 2008 1004 PK0037-‐C 98 ERS010616 Burkina Faso 2008 1004 PK0038-‐C
# Sequencing Reads Country Year Study Sample ID 99 ERS010205 Burkina Faso 2008 1004 PK0040-‐C
100 ERS010443 Burkina Faso 2008 1004 PK0041-‐C 101 ERS010210 Burkina Faso 2008 1004 PK0042-‐C 102 ERS010448 Burkina Faso 2008 1004 PK0043-‐C 103 ERS010201; ERS010636 Burkina Faso 2008 1004 PK0044-‐C 104 ERS010445 Burkina Faso 2008 1004 PK0045-‐C 105 ERS010433 Burkina Faso 2008 1004 PK0046-‐C 106 ERS154513 Burkina Faso 2008 1004 PK0047-‐C 107 ERS010202 Burkina Faso 2008 1004 PK0048-‐C 108 ERS010200 Burkina Faso 2008 1004 PK0049-‐C 109 ERS010444 Burkina Faso 2008 1004 PK0050-‐C 110 ERS010188 Burkina Faso 2008 1004 PK0051-‐C 111 ERS010203 Burkina Faso 2008 1004 PK0052-‐C 112 ERS010186 Burkina Faso 2008 1004 PK0053-‐C 113 ERS010207 Burkina Faso 2008 1004 PK0054-‐C 114 ERS010617 Burkina Faso 2008 1004 PK0055-‐C 115 ERS010189 Burkina Faso 2008 1004 PK0056-‐C 116 ERS010618 Burkina Faso 2008 1004 PK0059-‐C 117 ERS010187 Burkina Faso 2008 1004 PK0060-‐C 118 ERS010174 Burkina Faso 2008 1004 PK0062-‐C 119 ERS010175 Burkina Faso 2008 1004 PK0063-‐C 120 ERS010176 Burkina Faso 2008 1004 PK0064-‐C 121 ERS010177 Burkina Faso 2008 1004 PK0065-‐C 122 ERS010178; ERS010574;
ERS010577 Burkina Faso 2008 1004 PK0066-‐C
123 ERS010179;ERS010627;ERS010628;ERS010629;ERS010630;ERS010681;ERS010683
Burkina Faso 2008 1004 PK0067-‐C
124 ERS010631; ERS010632; ERS010633; ERS010180
Burkina Faso 2008 1004 PK0068-‐C
125 ERS164633 Burkina Faso 2008 1004 PK0069-‐C 126 ERS010578; ERS010181;
ERS010575 Burkina Faso 2008 1004 PK0070-‐C
127 ERS010182 Burkina Faso 2008 1004 PK0072-‐C 128 ERS010183 Burkina Faso 2008 1004 PK0073-‐C 129 ERS051049;ERS164636 Burkina Faso 2008 1004 PK0074-‐C 130 ERS010619 Burkina Faso 2008 1004 PK0075-‐C 131 ERS010579;ERS051051 Burkina Faso 2008 1004 PK0076-‐C 132 ERS032109 Cambodia 2008 1031 PH0232-‐C 133 ERS032135 Cambodia 2008 1031 PH0233-‐C 134 ERS032148 Cambodia 2008 1031 PH0234-‐C 135 ERS032146 Cambodia 2008 1031 PH0235-‐C 136 ERS032137 Cambodia 2008 1031 PH0236-‐C 137 ERS010318 Cambodia 2007 1011 PH0001-‐C 138 ERS010319 Cambodia 2007 1011 PH0002-‐C 139 ERS010320 Cambodia 2007 1011 PH0003-‐C 140 ERS010321 Cambodia 2007 1011 PH0004-‐C 141 ERS010322 Cambodia 2007 1011 PH0005-‐C 142 ERS010323 Cambodia 2007 1011 PH0006-‐C 143 ERS010324 Cambodia 2007 1011 PH0007-‐C 144 ERS010325 Cambodia 2007 1011 PH0008-‐C
# Sequencing Reads Country Year Study Sample ID 145 ERS010327 Cambodia 2007 1011 PH0010-‐C 146 ERS010328 Cambodia 2007 1011 PH0011-‐C 147 ERS010329; ERS010346 Cambodia 2007 1011 PH0012-‐C 148 ERS010330 Cambodia 2007 1011 PH0013-‐C 149 ERS010331 Cambodia 2007 1011 PH0014-‐C 150 ERS010332 Cambodia 2007 1011 PH0015-‐C 151 ERS010333 Cambodia 2007 1011 PH0016-‐C 152 ERS010334 Cambodia 2007 1011 PH0017-‐C 153 ERS010335 Cambodia 2007 1011 PH0018-‐C 154 ERS010336 Cambodia 2007 1011 PH0019-‐C 155 ERS010337 Cambodia 2007 1011 PH0020-‐C 156 ERS010598 Cambodia 2007 1011 PH0024-‐C 157 ERS010490 Cambodia 2007 1011 PH0026-‐C 158 ERS010491 Cambodia 2007 1011 PH0027-‐C 159 ERS010590 Cambodia 2007 1011 PH0028-‐Cx 160 ERS010591 Cambodia 2007 1011 PH0029-‐Cx 161 ERS010592 Cambodia 2007 1011 PH0031-‐Cx 162 ERS010503 Cambodia 2007 1011 PH0042-‐C 163 ERS010213;ERS010216;ERS010
516;ERS013843;ERS017412;ERS017414
Cambodia 2007 1012 PH0021-‐C
164 ERS010517; ERS013844; ERS010214; ERS010217
Cambodia 2007 1012 PH0022-‐C
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