BIOMOLEKULER PASCA SARJANA UNIVERSITAS UDAYANA

Nama : dr. Bagus Ngurah Mahasena Putera Awatara

NIM : 1514068104

Prodi : Ilmu Penyakit Saraf

RESUME : Association study between SNP rs150689919 in the DNA demethylation gene,

TET1, and Parkinson’s disease in Chinese Han population

Association study between SNP rs150689919 in the

DNA demethylation gene, TET1, and Parkinson’s

disease in Chinese Han population

Abstrak :

Latar belakang

Penelitian terbaru menunjukkan bahwa faktor epigenetik dapat memainkan peran penting

dalam patogenesis penyakit Parkinson (PD). Penelitian sebelumnya, mengurutkan exomes 16

pasien dari 8 keluarga PD Cina menggunakan seluruh teknologi exome sequencing, akibatnya 3

pasien dari silsilah yang berbeda ditemukan berbagi c.1460C varian> T (rs150689919) di

wilayah coding dari metil Tet sitosin dioksigenase 1 (TET1) gen.

Metode

Mengevaluasi hubungan antara PD sporadis dan single nucleotide polymorphism (SNP)

rs150689919 di TET1, studi kohort kasus-kontrol pada 514 pasien PD sporadis dan 529 kontrol.

Genotip ditentukan oleh PCR dan sequencing langsung.

Hasil

Tidak ada signifikansi statistik di TET1 rs150689919 genotipe atau alel antara kasus PD

dan kontrol, bahkan setelah dikelompokkan berdasarkan jenis kelamin dan usia saat onset.

Kesimpulan

Temuan kami menunjukkan bahwa rs150689919 di TET1 tidak dapat dikaitkan dengan

PD dalam populasi Cina. Namun, karena keterbatasan data dalam penelitian ini, studi dengan

sampel yang lebih besar dan populasi lain yang diperlukan.

Latar belakang

Penyakit Parkinson (PD) adalah gangguan neurodegenerative progresif terbanyak kedua

di dunia setelah Alzheimer. Manifestasi utama : tremor saat istirahat, kekakuan otot,

bradikinesia, instabilitas postur, dan respon positif terhadap terapi Dopamin penggantian. Bentuk

familial hanya 5 sampai 10% dari total, sedangkan sebagian besar PD sporadis.

Exome sequencing sebagai strategi biaya-efektif, dan high-throughput untuk deteksi

varian kode langka. Banyak penelitian telah menunjukkan bahwa beberapa gen penyebab untuk

Mendel-warisan PD, seperti SPMB dan PARK16, juga diidentifikasi dan dikonfirmasi sebagai

gen kerentanan untuk PD sporadis

Disfungsi epigenetik dapat berperan dalam patogenesis PD, dan frekuensi relatif tinggi

dalam kasus familial PD, kami memilih rs150689919 di TET1 sebagai varian untuk menyelidiki

hubungan antara SNP dan PD sporadis.

Metode subyek

Sebanyak 514 pasien Han Cina PD etnis (267 laki-laki, 247 perempuan) dari Departemen

Neurologi, Rumah Sakit Xiangya dan Laboratorium Gangguan neurodegenerative di Provinsi

Hunan yang terdaftar dalam penelitian ini.

Usia rata-rata di awal 54,82 ± 12,19 tahun (kisaran: 11-91 tahun). Penyakit Parkinson

Onset Dini (EOPD) onset kurang 50 tahun (166 orang), usia rata-rata 40,89 ± 8,46 tahun

(rentang: 11-50 tahun). Penyakit Onset Akhir Parkinson (LOPD) onset lebih dari 50 tahun (348

orang), dengan usia rata-rata di awal 61,47 ± 6,97 tahun (rentang: 51-91 tahun). Subjek

dievaluasi oleh 2 ahli saraf yang berpengalaman dan didiagnosis sebagai idiopatik PD

berdasarkan United Kingdom Parkinson’s Deasease Society Brain Bank Clinical Diagnostic

Criteria.Tidak ada pasien memiliki riwayat keluarga dilaporkan PD .

Selain itu, 529 individu yang tidak ada gejala Parkinsonisme, Alzheimer, penyakit

ekstrapiramidal lainnya serta riwayat keluarga parkinson, dicocokan dengan usia, jenis kelamin,

etnis, dan daerah tempat tinggal (261 laki-laki dan 268 perempuan; berarti usia 53,55 ± 6,26

tahun; kisaran 15-90 tahun).

Analisis Polymorphism

Sampel darah dikumpulkan dari subyek menggunakan (EDTA) pada tabung. Genomik

DNA diekstraksi dari leukosit darah perifer menggunakan metode ekstraksi fenol-kloroform.

Genotipe terdeteksi oleh sequencing langsung menggunakan ABI 3100 sequencer

Fragmen 637-bp mengandung varian itu diperkuat menggunakan primer berikut: meneruskan 5'-

AGTTTCTGATACCACCTCTTTCC-3 ', dan reverse 5'-GACCATTGGCACTGGCATAG-3'.

Polymerase chain reaction (PCR) dilakukan.

Hasil

Genotipe dan alel frekuensi untuk semua subyek 1058 (514 pasien dan 529 kontrol yang

sehat) yang ditunjukkan pada Tabel 1.Bahwa tidak ada perbedaan yang signifikan dalam

genotipe dan alel antara kasus dan kontrol (p = 0,137 untuk frekuensi genotipe; p = 0,361 untuk

frekuensi alel).

Genotipe dan alel frekuensi rs150689919 pada pasien dan kontrol dari kedua jenis

kelamin ditunjukkan pada Tabel 2. Bahwa tidak ada Perbedaan signifikan secara statistik

ditemukan di genotipe atau alel frekuensi antara laki-laki atau perempuan kasus dan kontrol

(laki-laki, p = 0,208 dan p = 0,261, masing-masing ; perempuan, p = 0,517 dan p = 0,871,

masing-masing).

Genotipe dan alel frekuensi rs150689919 di EOPD dan kasus LOPD ditunjukkan pada

Tabel 3. Bahwa tidak ada perbedaan yang signifikan alel atau distribusi genotipe EOPD atau

LOPD dibandingkan kontrol (EOPD, p = 0,296 dan p = 0,176, masing-masing ; LOPD, p =

0,671 dan p =0,176).

Diskusi

Tidak menemukan perbedaan yang signifikan secara statistik antara pasien PD dan

kontrol baik alel atau distribusi genotipe, bahkan setelah stratifikasi dengan jenis kelamin dan

usia saat onset. Data yang diperoleh sampai saat ini tidak mendukung hubungan antara SNP

rs150689919 dan PD sporadis pada populasi Cina.

Beberapa alasan yang mungkin untuk hasil negatif dalam penelitian ini.

Pertama, asal etnis atau geografis dari subyek dapat menjelaskan frekuensi SNP khusus

bertanggung jawab untuk PD kerentanan, subyek direkrut dalam penelitian ini berasal terutama

dari pertengahan selatan Cina.

Kedua, ukuran sampel yang terbatas dari silsilah PD dan frekuensi langka alel risiko pada

populasi, sehingga gagal untuk mengidentifikasi varian risiko PD. Karena itu, berbagai faktor

harus dipertimbangkan, seperti karakteristik populasi penelitian, heterogenitas genetik fenotip,

dan ukuran sampel.

Kesimpulan

Studi kohort untuk menilai frekuensi rs150689919 pada pasien PD Cina. Hasil penelitian

menunjukkan bahwa rs150689919 di TET1 tidak dapat dikaitkan dengan PD di etnis populasi

Han Cina.