Open Science Data Cloud 

Robert Grossman Open Cloud Consor7um University of Chicago Open Data Group 

March 10, 2011 

Astronomical data Biological data (Bionimbus) 

NSF‐PIRE OSDC Data Challenge 

The image cannot be displayed. Your computer may not have enough memory to open the image, or the image may have been corrupted. Restart your computer, and then open the file again. If the red x still appears, you may have to delete the image and then insert it again.

Earth science data (& disaster relief) 

Open Science  Data Cloud 

Who are we? 

4 www.opencloudconsor7um.org 

•  U.S based not‐for‐profit corpora7on. •  Manages cloud compu7ng infrastructure to 

support scien7fic research: Open Science Data Cloud. 

•  Manages cloud compu7ng testbeds: Open Cloud Testbed. 

•  Develop reference implementa7ons, benchmarks and standards. 

 

OCC Members 

•  Companies: Cisco, Citrix, Yahoo!, … •  Universi7es:  University of Chicago, Calit2, Johns Hopkins, Northwestern Univ., ORNL, University of Illinois at Chicago, … 

•  Federal agencies: NASA •  Other: Na7onal Lambda Rail •  Beginning to add interna7onal partners in 2011. 

5 

Infrastructure 

•  2010 Proof‐of‐Concept Infrastructure –  450+ nodes –  3000+ cores –  2+ PB –  Four data centers (two more to come in 2011) – Data centers have 10G network connec7ons to StarLight (some 100G links in 2011) 

•  Plan to add approximately 1 PB of data in 2011. •  With current funding, we will refresh 1/3 of the infrastructure in 2011 and 2012. 

 

Why Another Cloud Project? 

Small  Medium to Large   Very Large 

Data Size 

Low 

Med 

Wide 

Variety of analysis 

No infrastructure  Dedicated infrastructure General infrastructure 

Scien7st with laptop 

Open Science Data Cloud 

High energy physics, astronomy 

Single worksta7ons 

Small to medium clusters 

HPC 

Cycles 

Small 

Med 

Large 

Persistent data 

data clouds 

Large & spec. clusters 

databases 

What is the  Open Science Data Cloud? 

Hosted, managed, distributed facility to: •  Manage & archive your medium and large datasets •  Provide computa7onal resources to analyze it •  Provide networking to share it with your colleagues and the public. 

Long Time Goal 

Build a (small) data center for science. 

And preserve your data the same way that libraries preserve books & 

museums preserve art. 

OSDC Perspec7ve •  Take a long term point of view (think like a library not a cloud service provider) 

•  Operate infrastructure at the scale of a small data center 

•  Interoperate with public clouds 

•  Open, interoperable architecture 

•  Experiment at scale •  Vendor neutral 

OSDC Projects 

Project 1.  Bionimbus 

www.bionimbus.org 

Case Study:  Public Datasets in Bionimbus 

What Could You Do With 1 PB of Genomics Data? 

•  The NIH in the U.S. currently makes available for download approximately 2PB of data. 

•  Bionimbus today consists of 6 racks, 212 nodes, 1568 cores and 0.9 PB of storage. 

•  We plan to add approximately 1 PB of genomics and other data from the biological sciences to Bionimbus in 2011.  

Case Study:  ModENCODE 

•  Bionimbus is used to process the modENCODE data from the White lab (over 1000 experiments). 

•  Bionimbus VMs were used for some of the integra7ve analysis. 

•  Bionimbus is used as a backup for the modENCODE DCC 

Project Matsu 2: An Elastic Cloud For Disaster Response

Daniel Mandl - NASA/GSFC, Lead

20

Provide Fire / Flood Data to Rescue Workers 

Short Term Pilot for 2011 •   Colored areas represent catchments where rainfall collects and drains to river basins  •   River gauges displayed as small circles •   Detailed measurements are available on the display by clicking on the river gauge sta7ons.  

21

Note blue bars indicating a surge of rainfall upstream

Then a flood wave appears downstream at Rundu river gauge days later

Flood Dashboard

Zambezi basin consisting of upper, middle and lower catchments

Project 3:  OSDC PIRE Project 

OSDC PIRE Project Overview 

•  Research – Cloud middleware for data intensive compu7ng – Wide area clouds 

•  Training and educa7on workshops  – Data intensive compu7ng using the OSDC – Cloud compu7ng for scien7fic compu7ng 

•  Outreach – OSDC Data Challenge 

Foreign Partners 

•  Na7onal Ins7tute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), Japan 

•  Beijing Ins7tute of Genomics (BIG) •  Edinburgh University •  Korea Ins7tute of Science & Technology •  San Paulo State University •  Universidade Federal Fluminense, Brasil •  University of Amsterdam 

OSDC Data Challenge 

•  Annual contest to select 3 to 4 datasets each year  to add to the OSDC. 

•  Looking for the most interes7ng datasets to add. 

 

Research Focus 

•  Cloud architectures for data intensive compu7ng 

•  Wide area clouds •  Con7nuous learning •  Scanning queries 

Ways to Par7cipate 

•  Nominate one of your graduate students to spend a summer working with one of the OSDC PIRE Foreign Partners 

•  Send one of your graduate students to hands‐on Workshops, such as Introduc7on to Data Intensive Compu7ng 

•  Submit your most impressive dataset to the OSDC Data Challenge 

•  Buy a container of computers and join the OSDC 

Open Science Data Cloud Sustainability Model 

Towards a Long Term,  Sustainable Model 

•  Capital Exp about $1M/year •  Opera7ng Exp about $1M/year •  Moore Founda7on providing $1M/year for 2011 and 2012 to support the Cap Exp. 

! "#$$! "#$"! "#$%! "#$&! "#$'!

!"#$%&'()$ $ *$ *$ *$ *$

+,-&.$%&'()$ /$ 01$ 12$ 1*$ 1*$

!"#$3&4&'5-6$789:$ 2$ ;<=>$ ></?$ *<10$ 01<;0$

+,-&.$3&4&'5-6$789:$ 0<11$ /<*=$ 02<;/$ 0?<;;$ 1/<?*$

!@AB"%$3,%")$ 01*2$ ;*/2$ 01*22$ 0?C12$ ;>*/2$

$

Who do you most trust to manage your data for 100 years? 

Companies may not be here tomorrow. 

Think of a not for profit with that mission. 

Government agencies have a role, but not always easy to use. 

Buy A Container and Join the OCC 

•  Use 2/3 of the container for your own purposes. 

•  Provide 1/3 of the container to the OCC for a share replica space. 

To Get Involved 

Join the Open Cloud Consor7um: www.opencloudconsor7um.org 

Ques7ons?