nska i moroloŠka prof. dr. sc. karakterizacija jerko gunjačabeanqual.agr.hr/genetic and...
TRANSCRIPT
![Page 1: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/1.jpg)
GENSKA I MORFOLOŠKA KARAKTERIZACIJA
HRVATSKIH TRADICIJSKIH
KULTIVARA GRAHA
prof. dr. sc. Jerko Gunjača
Zavod za oplemenjivanje bilja, genetiku i biometriku
Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet
![Page 2: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/2.jpg)
BeanQual
projekt
• Puni naslov: „Genetic basis of bioactive nutrient content inCroatian common bean landraces”
• Izvor financiranja: HRZZ – trajanje: 16/06/2014 - 15/06/2017
• Ciljevi:• Porijeklo i struktura populacija
• Nutritivna vrijednost
• Analiza povezanosti između istraživanih svojstava i molekularnih biljega
• Materijal – kolekcija od 300 primki hrvatskih tradicijskih kultivara pohranjena u Zavodu za sjemenarstvo Sveučilišta u Zagrebu Agronomskog fakulteta
![Page 3: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/3.jpg)
Struktura populacija
• Morfotipovi (boja i oblik zrna)• šest glavnih (n > 10) i deset ostalih
• Tip rasta• determinirani (niski) ili indeterminirani (visoki)
• Genska struktura (SSR – 300 primki = 183 genotipa)
• Porijeklo (fazeolin tip)• mezoameričko
• tip I – „S” – 28.96%
• andsko
• tip II – „H” ili „C” – 22.95%
• tip III – „T” – 48.09%
![Page 4: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/4.jpg)
Morfotipovi
Biser
n = 11(18)
Kukuruzar
n = 39(43)
Zelenčec
n = 34(37)
Tetovac
n = 25(27)
Puter
n = 10(17)
Trešnjevac
n = 78+29(128)
Ostali n = 30
![Page 5: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/5.jpg)
Genska struktura / fazeolin
• mikrosateliti (SSR) – 26 početnica
• 300 primki = 183 genotipa
• klaster analiza• Fitch-Margoliash algoritam – PHYLIP (Felsenstein,
2004) / pouzdanost raspodjele – bootstrap(Felsenstein, 1985) – MICROSAT/PHYLIP
• STRUCTURE ver 2.3.3 (Pritchard et al., 2000) / STRUCTURE HARVESTER v0.6.92 (Earl and van Holdt, 2012) / CLUMPAK (Kopelman et al., 2015)
• Podudaranje klasifikacija: test omjera vjerodostojnosti (SAS v 9.2) – Cramér's V
![Page 6: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/6.jpg)
Morfo/fazeolin/tipovi rasta
Biser (S)Kukuruzar (S)
Zelenčec (T) Puter (T)Trešnjevac (T/H)
Tetovac (S)
The complex domestication history of the common beanBrandon S Gaut
Nature Genetics 46, 663–664 (2014) doi:10.1038/ng.3017Published online 26 June 2014
Visoki
86%
Niski
69%
![Page 7: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/7.jpg)
Nutritivna vrijednost
• Makro i mikroelementi: N, P, K, Ca, Mg, Fe, Zn, Mn
• Fitinska kiselina
• Proteini
• Korelacije
• Analiza varijance – modeli:• morfotip + tip rasta
• morfotip + fazeolin tip
![Page 8: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/8.jpg)
KORELACIJE
P K Ca Mg Fe Zn Mn PA
N 0.295 0.065 -0.089 -0.031 0.058 -0.068 -0.390 -0.252
P 0.172 -0.125 0.062 0.073 0.257 0.004 0.054
K -0.009 -0.006 0.018 0.149 0.088 -0.044
Ca 0.257 0.055 0.090 0.079 0.149
Mg 0.088 0.176 0.017 0.294
Fe 0.317 0.284 0.065
Zn 0.221 0.281
Mn 0.193
![Page 9: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/9.jpg)
Razlike između tipova
• Dvije grupe trešnjevaca (N/V, odnosno T/H) – ukupno 7 morfo/fazeolin/tipova rasta
• Razlike između tipova su signifikantne za proteine i sve elemente osim Ca i Mg
• Za P su razlike signifikantne samo između, ali ne i unutar fazeolin tipova
S
SS
H
TT
T
Visoki
Niski
![Page 10: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/10.jpg)
20 30 40 50 60 70
24
68
10
12
14
b*
a*
B
B
B
B
B
BB
B
B BB
K
K
K
K
K
K
KK
K
K
K
K
KK
K
K
K
K
K
K
K
K
K
KK
K
K
K
K
K
K
K
K
K
K
K
KK
K
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
T2
P
P
PP
P
PP
P
P
P
T3T3
T3
T3T3
T3
T3
T3
T3T3
T3
T3
T3
T3
T3T3
T3
T3
T3 T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3
T3T3
T3
T3T3
T3T3
T3
T3
T3
T3
T3T3
T3
T3
T3
Z
ZZ
Z
Z
Z
Z
Z
Z
Z
Z
Z
ZZ
Z
Z
Z
Z
Z
Z
Z
Z
Z
Z
ZZZ
Z
Z ZZ
Z
Z
Z
Proteini / boja
• Odnos proteina (veličina točke) s a* i b* komponentama boje u Lab sustavu
• Bez tetovaca i inverznihtrešnjevaca (inverzija osnovne boje i boje mozaika)
• Količina proteina raste s intenzitetom crvene i žute boje
![Page 11: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/11.jpg)
Pridružujuće kartiranje
• DArTseq
• Mineralni sastav, proteini …
![Page 12: NSKA I MOROLOŠKA prof. dr. sc. KARAKTERIZACIJA Jerko Gunjačabeanqual.agr.hr/Genetic and morphological diversity of... · 2017-05-09 · NSKA I MOROLOŠKA KARAKTERIZACIJA HRVATSKIH](https://reader033.vdocuments.us/reader033/viewer/2022041813/5e59502a5303cb716402f780/html5/thumbnails/12.jpg)
• Instituto de Tecnologia Química e Biológica Universidade Nova de Lisboa• Maria Carlota Moraies e Cunha Vaz
Patto
• Institut za poljoprivredu i turizam Poreč
Projektni tim
• Sveučilište u Zagrebu Agronomski fakultet + Monika Vidak
+ Ana Barešić
• Sveučilište u Zagrebu Prirodoslovno - matematički fakultet