new b probetec et mycoplasma pneumoniae (mp) amplified dna … · 2017. 5. 15. · 2 cf-plasmid,...

19
B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA Assay Amerikansk patentnr. 5,270,184; 5,547,861; 5,648,211; 5,712,124; 5,744,311; 5,846,726; 5,851,767; 5,866,336; 5,919,630; 5,928,869; 5,958,700; 6,054,279; 6,090,552; 6,117,635; 6,277,582; 6,316,200; 6,656,680; 6,743,582. BRUKSOMRÅDE BD ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA Assay, til bruk med BD ProbeTec ET System, bruker SDA-teknologi (trådforskyvningsamplifisering) for direkte, kvalitativ påvisning av Mycoplasma pneumoniae DNA. Analysen er indisert for testing av halspensler (med eller uten transportmedium), fra pasienter med kliniske tegn og symptomer og andre diagnostiske tegn på pneumoni. Analysen kan brukes som en hjelp til presumptiv diagnose av pneumoni assosiert med Mycoplasma pneumoniae. SAMMENDRAG OG FORKLARING Mycoplasma pneumoniae er en pleuropneumonia-lignende organisme med manglende cellevegg, som binder seg til epitelialceller i luftvegene, og forårsaker omtrent 15 til 20 % av alle pneumonier i befolkningen (CAP). Klinikken ved M. pneumoniae-infeksjon er ikke signifikant forskjellig fra det man ser ved infeksjoner forårsaket av andre luftveispatogener, som Chlamydophila pneumoniae, diagnosen avhenger primært av laboratorieundersøkelser. 1 M. pneumoniae-infeksjoner forekommer i alle aldersgrupper, og selv om den ofte oppfattes som en dominerende årsak til CAP hos unge voksne, er det vist at insidensen av M. pneumonia-lungebetennelse øker med alderen, noe som viser at dette patogenet er viktig hos de eldre. 2 Overføring skjer fra en person til en annen via dråpesmitte, og symptomene inkluderer feber, frysninger, hoste, brystsmerter, sår hals og forstørrede lymfeknuter. De kliniske symptomene ved M. pneumoniae-lungebetennelser er ofte milde og selvbegrensende. Likevel kan det forekomme signifikante lungekomplikasjoner, inkludert pleuravæske, pneumatocele, lungeabscess, pneumotoraks, bronkiektasi, kronisk interstitiell fibrose og respiratorisk distress-syndrom. En ofte oversett komplikasjon er bronchiolitis obliterans, som kan føre til respirasjonssvikt. 2 Alvorlige infeksjoner som krever hospitalisering kan forekomme, særlig hos middelaldrende og eldre individer. 3 Det er viktig å stille diagnosen pneumoni og avklare etiologien, ikke minst på grunn av økende bekymring for overforbruk av antibiotika. Imidlertid har det amerikanske panelet Infectious Diseases Society of Americas konkludert med at det ikke finnes noen tilgjengelig diagnostisk test som raskt og sikkert påviser M. pneumoniae 4 som trenger spesialisert, cellefritt medium og 2 – 3 ukers inkubering for å vokse in vitro. Retrospektiv diagnose av Mycoplasma-infeksjon er mulig ved hjelp av serologi. Imidlertid har denne metoden variabel sensitivitet og spesifisitet i tillegg til at den krever innsamling av serumprøver i rekonvalesensperioden for nøyaktig tolkning av resultatene. 2 Raske teknikker som bruker nukleinsyreamplifisering, er til hjelp i å stille diagnosen, noe som gir riktig administrasjon i rett tid av adekvat behandling. PRINSIPPER FOR PROSEDYREN BD ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA Assay er basert på samtidig amplifisering og påvisning av mål-DNA ved hjelp av amplifiseringsprimere og en fluorescensmerket detektorprobe. SDA reagensene blir tørket i to separate, engangsmikrobrønner. Den behandlede prøven tilføres i priming-brønnen som inneholder amplifiseringsprimerne, fluorescensmerket detektorprobe og andre reagenser som er nødvendige for amplifiseringen. Primerne er konstruert for å amplifisere en konservert region på 73 basepar av M. pneumoniae P1-genet. Etter inkubasjon blir reaksjonsblandingen overført til amplifiseringsbrønnen, som inneholder to enzymer (en DNA-polymerase og en restriksjonsendonuklease) som er nødvendige for SDA. Amplifiseringsbrønnene blir forseglet for å hindre kontaminering og deretter inkubert i en temperaturregulert, fluorescensavleser som overvåker hver reaksjon med hensyn til produksjon av amplifiserte produkter. Hver reaksjon koamplifiserer og påviser en intern amplifiseringskontroll (IAC). Hensikten med denne er å bekrefte at adekvate forhold for amplifisering er til stede og for å redusere muligheten for å rapportere et falsk negativt resultat på grunn av tilstedeværelse av analysehemmere. Tilstedeværelse eller fravær av M. pneumoniae-DNA bestemmes ved å beregne PAT-verdi (Passes After Threshold) for prøver basert på forutbestemte terskelverdier. Instrumentet rapporterer automatisk resultater som positive, negative eller ubestemte. REAGENSER OG MATERIALER BD ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA Assay-reagenspakke inneholder: Mycoplasma pneumoniae (MP) priming-brønner, (1 x 24) 6 Oligonukleotider 7,5 pmol, dNTP 15,2 nmol, 2 detektorprober 22,5 pmol, Syntetisk oligonukleotid 600 kopier Mycoplasma pneumoniae (MP) amplifiseringsmikrobrønner, (1 x 24) Restriksjonsenzym: 33 enheter, DNA-polymerase 14 enheter 10 priming-deksler, 16 selvklebende forseglere (1/2), 8 avfallsposer BD ProbeTec ET Respiratory and Media Diluent and Control Kit (CF*/LP**/MP): Innhold: Respiratorisk diluent og mediadiluent: Bicin, natriumfosfat, natriumhydroksid, DMSO og Proclin; 10 (CF/LP/MP) positive kontroller: 1 050 ng laksesperm-DNA, 47,3 µg Tris, 9,0 µg EDTA, 3 600 kopier 8010961 2006/04 Norsk U Se liste over symboler nederst i bilaget.

Upload: others

Post on 29-Oct-2020

2 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA Assay

Amerikansk patentnr. 5,270,184; 5,547,861; 5,648,211; 5,712,124; 5,744,311; 5,846,726; 5,851,767; 5,866,336; 5,919,630; 5,928,869; 5,958,700; 6,054,279; 6,090,552; 6,117,635; 6,277,582; 6,316,200; 6,656,680; 6,743,582.

BRUKSOMRÅDE

BD ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA Assay, til bruk med BD ProbeTec ET System, bruker SDA-teknologi (trådforskyvningsamplifisering) for direkte, kvalitativ påvisning av Mycoplasma pneumoniae DNA. Analysen er indisert for testing av halspensler (med eller uten transportmedium), fra pasienter med kliniske tegn og symptomer og andre diagnostiske tegn på pneumoni. Analysen kan brukes som en hjelp til presumptiv diagnose av pneumoni assosiert med Mycoplasma pneumoniae.

SAMMENDRAG OG FORKLARING

Mycoplasma pneumoniae er en pleuropneumonia-lignende organisme med manglende cellevegg, som binder seg til epitelialceller i luftvegene, og forårsaker omtrent 15 til 20 % av alle pneumonier i befolkningen (CAP). Klinikken ved M. pneumoniae-infeksjon er ikke signifikant forskjellig fra det man ser ved infeksjoner forårsaket av andre luftveispatogener, som Chlamydophila pneumoniae, så diagnosen avhenger primært av laboratorieundersøkelser.1 M. pneumoniae-infeksjoner forekommer i alle aldersgrupper, og selv om den ofte oppfattes som en dominerende årsak til CAP hos unge voksne, er det vist at insidensen av M. pneumonia-lungebetennelse øker med alderen, noe som viser at dette patogenet er viktig hos de eldre.2 Overføring skjer fra en person til en annen via dråpesmitte, og symptomene inkluderer feber, frysninger, hoste, brystsmerter, sår hals og forstørrede lymfeknuter.

De kliniske symptomene ved M. pneumoniae-lungebetennelser er ofte milde og selvbegrensende. Likevel kan det forekomme signifikante lungekomplikasjoner, inkludert pleuravæske, pneumatocele, lungeabscess, pneumotoraks, bronkiektasi, kronisk interstitiell fibrose og respiratorisk distress-syndrom. En ofte oversett komplikasjon er bronchiolitis obliterans, som kan føre til respirasjonssvikt.2 Alvorlige infeksjoner som krever hospitalisering kan forekomme, særlig hos middelaldrende og eldre individer.3

Det er viktig å stille diagnosen pneumoni og avklare etiologien, ikke minst på grunn av økende bekymring for overforbruk av antibiotika. Imidlertid har det amerikanske panelet Infectious Diseases Society of Americas konkludert med at det ikke finnes noen tilgjengelig diagnostisk test som raskt og sikkert påviser M. pneumoniae4 som trenger spesialisert, cellefritt medium og 2 – 3 ukers inkubering for å vokse in vitro. Retrospektiv diagnose av Mycoplasma-infeksjon er mulig ved hjelp av serologi. Imidlertid har denne metoden variabel sensitivitet og spesifisitet i tillegg til at den krever innsamling av serumprøver i rekonvalesensperioden for nøyaktig tolkning av resultatene.2 Raske teknikker som bruker nukleinsyreamplifisering, er til hjelp i å stille diagnosen, noe som gir riktig administrasjon i rett tid av adekvat behandling.

PRINSIPPER FOR PROSEDYREN

BD ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA Assay er basert på samtidig amplifisering og påvisning av mål-DNA ved hjelp av amplifiseringsprimere og en fluorescensmerket detektorprobe. SDA reagensene blir tørket i to separate, engangsmikrobrønner. Den behandlede prøven tilføres i priming-brønnen som inneholder amplifiseringsprimerne, fluorescensmerket detektorprobe og andre reagenser som er nødvendige for amplifiseringen. Primerne er konstruert for å amplifisere en konservert region på 73 basepar av M. pneumoniae P1-genet. Etter inkubasjon blir reaksjonsblandingen overført til amplifiseringsbrønnen, som inneholder to enzymer (en DNA-polymerase og en restriksjonsendonuklease) som er nødvendige for SDA. Amplifiseringsbrønnene blir forseglet for å hindre kontaminering og deretter inkubert i en temperaturregulert, fluorescensavleser som overvåker hver reaksjon med hensyn til produksjon av amplifiserte produkter. Hver reaksjon koamplifiserer og påviser en intern amplifiseringskontroll (IAC). Hensikten med denne er å bekrefte at adekvate forhold for amplifisering er til stede og for å redusere muligheten for å rapportere et falsk negativt resultat på grunn av tilstedeværelse av analysehemmere. Tilstedeværelse eller fravær av M. pneumoniae-DNA bestemmes ved å beregne PAT-verdi (Passes After Threshold) for prøver basert på forutbestemte terskelverdier. Instrumentet rapporterer automatisk resultater som positive, negative eller ubestemte.

REAGENSER OG MATERIALER

BD ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA Assay-reagenspakke inneholder:

Mycoplasma pneumoniae (MP) priming-brønner, (1 x 24)

6 Oligonukleotider ≥ 7,5 pmol, dNTP ≥ 15,2 nmol, 2 detektorprober ≥ 22,5 pmol,

Syntetisk oligonukleotid ≥ 600 kopier

Mycoplasma pneumoniae (MP) amplifiseringsmikrobrønner, (1 x 24)

Restriksjonsenzym: ≥ 33 enheter, DNA-polymerase ≥ 14 enheter

10 priming-deksler, 16 selvklebende forseglere (1/2), 8 avfallsposer

BD ProbeTec ET Respiratory and Media Diluent and Control Kit (CF*/LP**/MP):

Innhold: Respiratorisk diluent og mediadiluent: Bicin, natriumfosfat, natriumhydroksid, DMSO og Proclin; 10 (CF/LP/MP) positive kontroller: ≥ 1 050 ng laksesperm-DNA, ≥ 47,3 µg Tris, ≥ 9,0 µg EDTA, ≥ 3 600 kopier

8010961 2006/04

NorskUSe liste over symboler nederst i bilaget.

Page 2: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

2

CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller: ≥ 1 050 ng laksesperm-DNA, ≥ 47,3 µg Tris, ≥ 9,0 µg EDTA; 100 2-mL rør med propp

* Refererer til BD ProbeTec ET Chlamydiaceae Family (CF) Amplified DNA Assay

** Refererer til BD ProbeTec ET Legionella pneumophila (LP) Amplified DNA Assay

BD ProbeTec ET Swab Diluent and Control Kit (tCF/tMP)*:

Innhold: Penseldiluent: Bicin, natriumfosfat, natriumhydroksid, DMSO og Proclin 10 (tCF/tMP) positive kontroller: ≥ 1 750 ng laksesperm-DNA, ≥ 78,8 µg Tris, ≥ 15,0 µg EDTA, ≥ 6 000 kopier CF-plasmid, ≥ 8 000 kopier LP-plasmid, ≥ 9 000 kopier MP-plasmid; 10 (tCF/tMP) negative kontroller: ≥ 1 750 ng laksesperm-DNA, ≥ 78,8 µg Tris, ≥ 15,0 µg EDTA

* Anmerkningen ”t” refererer til reagenser som skal brukes med halspensel (uten transportmedium).

Instrument, utstyr og forbruksvarer: BD ProbeTec ET Instrument and Instrument Plate, BD ProbeTec ET Priming and Warming Heater, BD ProbeTec ET Lysing Heater, BD ProbeTec ET Lysing Rack, BD ProbeTec ET Pipettor, stativ og strømforsyn ing, BD ProbeTec ET Accessories Kit, BD ProbeTec ET 2 mL og 4 mL prøverørstativ og lokk, BD ProbeTec ET-pipettespisser

Nødvendige materialer som ikke følger med: Klasse II biologisk sikkerhetskabinett (BSC), vortexmixer, -20 °C og/eller -70 °C (eller kaldere) stabil ikke-temperaturs-syklusfryser, mikrosentrifuge som klarer 16 000 x g, vannbad, digitalt termometer, vannbadsstativ med påskrudd lokk, 2 mL prøverørstativ, og annet passende prøverørstativ, BBL CultureSwab EZ-pensler, engangshansker, mikropipetter som kan levere volum på 200 – 1 000 µL, aerosolresistente pipettespisser, destillert vann, vann til molekylærbiologi, 1 % (v/v) natriumhypokloritt med Alconox*

*Løs opp 7,5 g Alconox i 1 L 1 % (v/v) natriumhypoklorittoppløsning, og bland. Lages nytt daglig.

Oppbevarings- og håndteringsanvisninger: BD ProbeTec ET MP-reagenspakker kan oppbevares ved 2 − 33 °C. Uåpnede reagenspakker skal ikke brukes etter utløpsdato. Når en pose er åpnet, er mikrobrønnene stabile i 8 uker hvis de er ordentlig forseglet eller til utløpsdatoen, ettersom hva som kommer først. Skal ikke fryses.

BD ProbeTec ET Respiratory and Media Diluent and Control Kit (CF/LP/MP) kan oppbevares ved 2 − 33 °C. Reagensene skal ikke brukes etter utløpsdato. Skal ikke fryses.

BD ProbeTec ET Swab Diluent and Control Kit (tCF/tMP) kan oppbevares ved 2 − 33 °C. Reagensene skal ikke brukes etter utløpsdato. Skal ikke fryses.

Advarsler og forsiktighetsregler

Til in vitro-diagnostisk bruk.

1. Patogene mikroorganismer, blant annet hepatittvirus og humant immunsviktvirus, kan være til stede i kliniske prøver. ”Standard forsiktighetsregler”5-8 og institusjonelle retningslinjer skal følges ved håndtering av alle elementer som er kontaminert med blod og andre kroppsvæsker.

2. BD ProbeTec ET Swab Diluent and Media Diluent inneholder dimetylsvoveloksid (DMSO). DMSO er skadelig ved innånding, hudkontakt eller svelging. Unngå kontakt med øynene, og bruk alltid hansker ved håndtering. Dersom det kommer i kontakt med øynene, skyllumiddelbart med rikelige mengder vann i åpne øyne, og søk medisinsk hjelp hvis symptomene vedvarer. Dersom det kommer i kontakt med huden, vask umiddelbart med rikelige mengder såpe og vann.

3. Selv om egne arbeidsområder ikke er nødvendig fordi BD ProbeTec ETs design reduserer muligheten for ampliconkontaminering i testomgivelsene, er det nødvendig med andre forholdsregler for å kontrollere kontamineringen, særlig for å hindre kontaminering under prosessen.

4. Reagensposer som inneholder ubrukte priming-brønner og amplifiseringsbrønner MÅ forsegles godt igjen etter åpning. Kontroller at en tørkepose er til stede før reagensposen forsegles på nytt.

5. Platen som inneholder amplifiseringsbrønner, MÅ forsegles ordentlig med den selvklebende forseglingen før platen flyttes fra BD ProbeTec ET Priming & Warming Heater til BD ProbeTec ET Instrument. Forseglingen sørger for en lukket reaksjon for amplifiseringen og påvisning, og er nødvendig for å unngå kontaminering av instrumentet og arbeidsområdet med amplifiseringsprodukter. Forseglingen skal ikke på noe tidspunkt fjernes fra mikrobrønnene.

6. Priming-brønner med gjenværende væske (etter overføring av væske fra priming-brønnene til amplifiseringsbrønnene) utgjør en kilde til målkontaminering. Forsegl priming-brønnene godt med den selvklebende platen før de kastes.

7. For å forhindre kontaminering av arbeidsområdet med amplifiseringsprodukter, bruk avfallsposene som leveres i reagenspakken ved kasting av testede amplifiseringsbrønner. Pass på at posene er godt lukket før de kastes.

8. SKIFT HANSKER ved spesifiserte trinn under behandling av prøvene og analyseprosedyren for å unngå krysskontaminering av prøver. Hvis hansker kommer i kontakt med prøven, skal hanskene straks skiftes for å hindre kontaminering av andre prøver.

9. I tilfelle kontaminering av arbeidsområdet eller utstyret med prøver eller kontroller, rengjør det kontaminerte området grundig med 1 % (v/v) natriumhypokloritt med Alconox og skyll grundig med vann. La overflaten tørke fullstendig før videre testing.

10. Bruk bare BD ProbeTec ET Pipettor og BD ProbeTec ET Pipette-spisser til overføring av behandlede prøver til priming-brønnene og overføring av prøvene fra priming-brønnene til amplifiseringsbrønnene.

11. Følg etablert laboratoriepraksis når brukte pipetter, prøverør, priming-brønner og annet engangsutstyr skal kasseres. Kasser engangsutstyr forsvarlig. Forsegl og kast avfallsbeholdere når de er ¾ fulle eller daglig (det som skjer først).

Page 3: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

3

12. Ikke bland eller bytt mikrobrønner, kontroller eller behandlingsreagenser fra kit med forskjellige partinumre (lot).

13. Kontakt den lokale BD-representanten i tilfelle en uvanlig situasjon, slik som søl i BD ProbeTec ET-instrumentet eller DNA-kontaminering som ikke kan fjernes ved rengjøring.

PRØVETAKING OG TRANSPORT

1. Prøveinnsamling

Prøver må samles inn som anbefalt i Clinical Microbiology Procedures Handbook9 eller ditt laboratoriums prosedyrehåndbok. BBL CultureSwab EZ (BD kat. nr. 220144) skal brukes til innsamling av halspensler oppbevart uten transportmedium.

2. Oppbevaring og transport av prøver

Halspensler (uten transportmedium):

• Prøvene kan oppbevares/transporteres ved 18 − 33 °C i maksimalt 2 dager.

• Prøver kan kjøles ned ved 2 − 8 °C i maksimalt 3 dager.

• Prøver kan oppbevares ved -20 °C eller lavere i maksimalt 14 uker.

Halspensler i 2SP-medium:9

• Prøvene skal straks kjøles ned til 2 − 8 °C. Transport på våt is eller kuldepakninger hvis transporttiden er på mer enn noen få minutter.

• Prøver kan kjøles ned ved 2 − 8 °C i maksimalt 2 dager.

• Prøver som krever lengre oppbevaringsperioder, må oppbevares ved -70 °C.

TESTPROSEDYRE

Se brukerhåndboken for BD ProbeTec ET System for spesifikke anvisninger om bruk og vedlikehold av systemkomponentene.

A. Forberedelse av instrumentene:

1. Strømmen må være slått på og instrumentene må få tid til å varmes opp før analysen starter.

a. Lysator og Priming & Warming Heater trenger omtrent 90 min til oppvarming og stabilisering.

Settpunktet for lysator er 114 °C.

Settpunktet for priming-komponenten i Priming & Warming Heater er 72,5 °C.

Settpunktet for varmekomponenten i Priming & Warming Heater er 54 °C.

b. BD ProbeTec ET-instrumentet er under programvarekontroll og trenger omlag 30 min. til oppvarming.

2. Temperaturen på varmere må kontrolleres før målingen starter. Noter temperaturene i BD ProbeTec ET System Maintenance Log (systemvedlikeholdslogg).

a. Lysator

Fjern plastlokket og la temperaturen stabilisere seg i 15 min.

Termometeret skal vise mellom 112 og 116 °C.

b. Priming & Warming Heater

Priming Heater-termometeret skal vise mellom 72 og 73 °C.

Warming Heater-termometeret skal vise mellom 53,5 og 54,5 °C.

3. Kontroller temperaturen som vises på skjermen på BD ProbeTec ET. Temperaturen må vise mellom 47,5 og 55,0 °C. Noter temperaturen i BD ProbeTec ET System Maintenance Log.

B. Pipettor:

Se brukerhåndboken for BD ProbeTec ET System for å få detaljert forklaring av tastaturfunksjonene på BD ProbeTec ET Pipettor. I tillegg må BD ProbeTec ET Pipettor rengjøres etter hver bruk. Kontakt den lokale BD-representanten for veiledning om hvordan BD ProbeTec ET Pipettor skal rengjøres og vedlikeholdes.

Følgende programmer er nødvendige for å utføre BD ProbeTec ET MP Assay. Program 1 overfører væske fra de behandlede prøvene til MP-priming-brønnene. Program 5 overfører væske fra MP-priming-brønner til MP-amplifiseringsbrønner. Programmer pipetten som følger:

Program 1:

1. Slå PÅ pipetten. Pipetten piper en gang, blinker ”ZERO”, blinker Software Version # (programvareversjonsnr.) og piper en gang til.

2. Trykk på den blå ”Prog”-knappen (program). Trykk på ”Vol”-knappen (volum) til ”1” vises på skjermen for å velge program 1. Trykk på ”Enter”.

3. Gå inn i programmeringsmodus ved å trykke på og holde ”Prog”-knappen inne. Mens du trykker på ”Prog”-knappen, trykk samtidig på spesialfunksjonsknappen med en pipettespiss eller enden på en binders.

4. Trykk på ”Fill” (fyll). Trykk på pil opp inntil 200 vises på skjermen. Trykk på ”Enter”.

5. Trykk på ”Disp” (dispenser). Trykk på pil opp inntil 150 vises på skjermen. Trykk på ”Enter”.

6. Trykk en gang til på “Enter” for å lagre programmet og avslutte. Da skal du høre et pip som indikerer at programmeringen er fullført.

Page 4: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

4

7. Kontroller programmet ved å trykke på utløserknappen for å gå gjennom hvert trinn. Mens du går gjennom hvert trinn, sett farten på aspirasjon/fylling med ”Vol”-knappen. Ved hvert trinn vil fartsindikatoren vises. Bruk ”Vol”-knappen til å justere fartsindikatoren til å vise 2 firkanter for ”Fill”- og ”Disp”-trinnene.

Program 5:

1. Trykk på ”Prog”-knappen. Trykk på ”Vol”-knappen til ”5” vises på skjermen for å velge program 5. Trykk på “Enter”.

2. Gå inn i programmeringsmodus ved å trykke på og holde ”Prog”-knappen inne. Mens du trykker på ”Prog”-knappen, trykk samtidig på spesialfunksjonsknappen med en pipettespiss eller enden på en binders.

3. Trykk på ”Fill” (fyll). Trykk på pil opp inntil 100 vises på skjermen. Trykk på ”Enter”.

4. Trykk på ”Disp”. Trykk på pil opp inntil 100 vises på skjermen. Trykk på ”Enter”.

5. Trykk på ”Mix” (bland). Trykk på pil opp inntil 50 vises på skjermen. Trykk på ”Enter”.

6. Trykk en gang til på “Enter” for å lagre programmet og avslutte. Da skal du høre et pip som indikerer at programmeringen er fullført.

7. Kontroller programmet ved å trykke på utløserknappen for å gå gjennom hvert trinn. Mens du går gjennom hvert trinn, sett farten på aspirasjon/fylling/blanding med ”Vol”-knappen. Ved hvert trinn vil fartsindikatoren vises. Bruk ”Vol”-knappen til å justere fartsindikatoren til å vise 2 firkanter for ”Fill”- og ”Disp”-trinnene. Bruk ”Vol”-knappen til å justere farten på blandingen så den viser 3 firkanter.

Programgjennomgang

Programmene skal gjennomgås før prosedyren startes. Gå gjennom programmet ved å skru PÅ pipetten. Trykk på den blå ”Prog”-knappen (program). Trykk på ”Vol”-knappen (volum) til det riktige programnummeret (1 eller 5) vises. Trykk på ”Enter”-knappen. Bruk pipetteutløseren til å gå gjennom programmet skritt for skritt.

Program 1: Dette programmet aspirerer 200 µL, og dispenserer 150 µL i MP-mikrobrønnen. Pipettor-skjermen skal vise følgende:

Fill 200 µL – SII

Dispense 150 µL – SII

Program 5: Dette programmet aspirerer 100 µL; fyller 100 µL; og mikser 50 µL tre ganger. Pipettor-skjermen skal vise følgende:

Fill 100 µL – SII

Dispense 100 µL – SII

Mix 50 µL – SIII

Zero (blinker av og på)

C. Plate Layout

Rapport om layout på platen blir generert fra BD ProbeTec ET-instrumentet etter at analysetype, identifikasjon av prøver, kontrollpartinumre (lot) og kitpartinumre (lot) er logget inn i systemet. Platelayoutrapporten viser den fysiske layouten til prøver og kontroller for hver plate som skal testes. Denne organiseringen brukes både i priming-platen og amplifiseringsplaten. For MP-analysen er Priming-brønnene ensfarget mørkerøde stripser med brønner. Amplifiserings-brønnene er mørkerøde stripete stripser med brønner.

D. Behandling av halspenselprøver (uten transportmedium):

MERK: La BD ProbeTec ET Swab Diluent (tCF/tMP) komme til romtemperatur og bland med å snu den forsiktig før bruk.

Mål opp nødvendig BD ProbeTec ET Swab Diluent (tCF/tMP) i en ren beholder. For å vurdere mengden som trengs, bruk 1 mL til hver prøve og legg til 1 – 2 mL ekstra for lettere pipettering. Unngå kontaminering av Diluent ved å la være å helle tiloversbliven væske tilbake på flasken.

1. Merk et 4 mL prøverør for hver halspensel som skal behandles.

2. La prøvene nå romtemperatur.

3. Pipetter 1 mL penseldiluent (tCF/tMP) til hvert prøverør.

4. Sett inn penselen. Bland med å snurre penselen i diluent i 5 – 10 s.

5. Klem penselen mot siden av røret slik at væsken renner tilbake til bunnen av røret.

6. Fjern penselen forsiktig for å unngå sprut.

MERK: Dråper kan gi kontaminering av arbeidsområdet.

7. Plasser penselen tilbake i transportrøret og kast det.

8. Sett korken tett på.

9. Vortex røret i 5 s.

10. Gjenta trinn 3 – 9 for ytterligere prøvepensler.

11. Gjør i stand kontrollene. Se Klargjøring av kontroll for halspensler (avsnitt F).

12. Bruk platelayoutrapporten og plasser prøvene og kontrollene i riktig rekkefølge på lyseringsstativet.

13. Lås prøvene på plass i BD ProbeTec ET Lysing Rack.

14. Sett inn BD ProbeTec ET-lyseringsstativet i BD ProbeTec ET Lysing Heater.

15. Varm prøvene i 10 min.

Page 5: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

5

16. Etter 10 min, fjern BD ProbeTec ET-lyseringsstativet fra BD ProbeTec ET Lysing Heater og la det kjøles ned i minst 15 min. Bank stativet forsiktig mot benken for å samle så mye kondensat som mulig i bunnen av røret.

MERK: Etter at prøvene er lysert:

a. De kan oppbevares ved 18 – 33°C i opptil 6 t og kan testes uten ny lysering.

b. De kan oppbevares i opptil 3 dager ved 2 – 8 °C. Prøvene må vortexes og lyseres på nytt forut for testing.

c. De kan oppbevares i opptil 14 dager ved ≤ -20 °C. Prøvene må tines ved romtemperatur, vortexes og lyseres på nytt forut for testing.

17. Prøvene er nå klare for Testprosedyre for BD ProbeTec ET MP Assay (avsnitt G).

E. Behandling av halspenselprøver (2SP-medium)

Notater om prosedyren:

• Skift pipettespiss mellom alle væskeoverføringer. Det anbefales å bruke aerosol-barrierespisser.

• La BD ProbeTec ET Respiratory and Media Diluent (CF/LP/MP) komme til romtemperatur og bland ved å snu den forsiktig før bruk.

• Fyll nødvendig mengde BD ProbeTec ET Respiratory and Media Diluent (CF/LP/MP) i en ren beholder. For å vurdere mengden som trengs, bruk 0.4 mL til hver prøve og legg til 1 – 2 mL ekstra for lettere pipettering. Unngå kontaminering av Diluent ved å la være å helle tiloversbliven væske tilbake på flasken.

1. La prøvene nå romtemperatur.

2. Merk et 2 mL rør med skrukork for hver prøve som skal testes.

3. Overfør 400 µL Respiratory and Media Diluent (CF/LP/MP) til hvert prøverør med skrukork.

Følgende trinn 4 – 6 skal gjøres i et biologisk sikkerhetskabinett (BSC):

4. Pulsvortex prøvene i 5 – 15 s for å blande godt.

5. Pipetter 200 µL av prøven i det merkede røret.

MERK: Hvis prøvevolumet er mindre enn 200 µL (prøven må være minst 100 µL), bring volumet til 200 µL ved hjelp av vann til molekylærbiologi.

6. Skift hansker etter tilsetting av prøver.

MERK: Fyll et vannbad med destillert vann, og bring det til kokepunktet før du fortsetter til trinn 7.

7. Pulsvortex i 5 sekunder

8. Gjør i stand kontrollene. Se Klargjøring av kontroll for 2SP-medium (Avsnitt F).

9. Overfør prøvene og kontrollene til et kokestativ.

10. Plasser kokestativet i kokende vann i 10 min.

11. Etter 10 min, fjern kokestativet og la rørene avkjøles ved romtemperatur i 15 min.

ADVARSEL: Pass på å unngå brannskader fra det kokende vannet, vannbadstativet eller overflatene på vannbadet som kan være varme.

12. Etter avkjøling sentrifuger (16 000 x g) i om lag 5 s.

MERK: Etter at prøvene er kokt:

• De kan oppbevares ved 18 – 33 °C i opptil 6 t og kan testes uten ny koking.

• De kan oppbevares i opptil 3 dager ved 2 – 8 °C. Prøvene må vortexes og lyseres på nytt forut for testing.

• De kan oppbevares i opptil 14 dager ved ≤ -20 °C. Prøvene må tines ved romtemperatur, vortexes og kokes på nytt forut for testing.

13. Prøvene er nå klare for Testprosedyre for BD ProbeTec ET MP Assay (avsnitt G).

F. Kontrollklargjørig:

Klargjøring av kontroller for halspensler

1. For hver runde (plate) som skal testes, gjør i stand et negativt kontrollrør (tCF/tMP) og et positivt kontrollrør (tCF/tMP). Hvis en plate inneholder mer enn et partinummer (lot) for reagenspakke, må kontroller testes for hvert parti (lot).

2. Fjern korken fra det negative kontrollrøret (tCF/tMP).

3. Bruk en ny pipette, og tilsett 2,0 mL penseldiluent.

4. Sett korken tett på.

5. Fjern korken fra det positive kontrollrøret (tCF/tMP).

6. Bruk en ny pipette, og tilsett 2,0 mL penseldiluent.

7. Sett korken tett på.

8. Vortex kontrollrørene i 5 s.

9. Kontrollrørene er nå klare til lysering. Se Behandling av halspenselprøver (avsnitt D).

Klargjøring av 2SP-mediumkontroll:

1. For hver runde (plate) som skal testes, gjør i stand et negativt kontrollrør (CF/LP/MP) og et positivt kontrollrør (CF/LP/MP). Hvis en plate inneholder mer enn et partinummer (lot) for reagenspakke, må kontroller testes for hvert parti (lot).

Page 6: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

6

2. Vend Respiratory and media Diluent forsiktig før bruk.

3. Fjern korken fra det negative kontrollrøret (CF/LP/MP).

4. Bruk en ny pipettespiss for hvert kontrollrør og tilsett 200 µL vann til molekylærbiologi.

5. Bruk en ny pipettespiss for hvert kontrollrør og tilsett 400 µL Respiratory and media Diluent.

6. Sett korken tett på.

7. Fjern korken fra det positive kontrollrøret (CF/LP/MP).

8. Bruk en ny pipettespiss for hvert kontrollrør og tilsett 200 µL vann til molekylærbiologi.

9. Bruk en ny pipettespiss for hvert kontrollrør og tilsett 400 µL Respiratory and Media Diluent.

10. Sett korken tett på.

11. Vortex kontrollrørene i 5 s.

12. Kontrollene er nå klare til koking. Se Behandling av 2SP-mediumprøver (Avsnitt E).

G. Testprosedyre for BD ProbeTec ET MP Assay:

MERK: Før prøveprosedyren utføres, arranger de behandlede prøvene og kontrollene i et stativ som kan håndtere 2 mL og 4 mL prøverør, slik som BD ProbeTec ET 2 mL Sample Tube Rack eller BD ProbeTec ET Lysing Rack som begge er kompatible med BD ProbeTec ET Pipettor.

1. Fjern og kast lokkene fra de avkjølte prøvene og kontrollene.

2. SKIFT HANSKER før du fortsetter, for å hindre kontaminering.

3. Gjør i stand Priming-brønnplaten ved hjelp av platelayoutrapporten – se Platelayout (Avsnitt C).

4. Gjenforsegle mikrobrønnposene som følger.

a. Plasser posen på et plant underlag. Hold den åpne enden flatt med en hånd.

b. Mens du trykker, la fingeren gli langs det ytre seglet fra en ende av posen til den andre.

c. Inspiser for å være sikker på at posen er forseglet.

5. Velg Program 1 på BD ProbeTec ET Pipettor.

6. Ta opp pipettespissene. Åpne BD ProbeTec ET System Pipettor ved å trekke avstandsknappen helt ut. MERK: Pass på at spissene er satt godt på pipetten for å forhindre lekkasje.

7. Aspirer 200 µL fra den første kolonnen med prøver.

8. Utløs pipetten forsiktig, la spissen berøre sidene av brønnene og dispenser 150 µL i den korresponderende kolonnen med priming-brønner (1 A – H).

MERK: Utløs ikke pipetten over prøver eller mikrobrønner, da dette kan forårsake kontaminering. Brå bevegelser kan forårsake dråpe- eller aerosoldannelse.

9. Kast spissene. Trykk på pipettens utløser for å tilbakestille pipetten. MERK: Kast spissene forsiktig for å unngå dråper eller aerosoler som kan kontaminere arbeidsflaten.

10. Ta opp nye spisser, utvid pipetten og aspirer 200 µL fra andre kolonne med prøver.

11. Utløs pipetten forsiktig, la spissen berøre sidene av brønnene og dispenser 150 µL i den korresponderende kolonnen med priming-brønner (2 A – H).

12. Kast spissene.

13. Fortsett å overføre resten av prøvene for kjøringen.

14. Dekk til priming-platen med engangsplastlokk og inkuber platen ved romtemperatur i minst 20 min (kan inkuberes i opptil 6 t).

MERK: Sett nye lokk på de behandlede prøvene. SKIFT HANSKER.

15. På slutten av priming-inkubasjonstiden gjøres amplifiseringsplaten i stand. Konfigurer amplifiseringsbrønnene på en plate som samsvarer med platelayoutrapporten (på samme måte som priming-platen) Forsegle mikrobrønnposen på nytt som beskrevet i trinn 4.

16. Fjern plastlokket fra priming-platen og plasser platen på Priming Heater. Plasser STRAKS amplifiseringsplaten i fremste posisjon i Priming & Warming Heater for å forvarme denne.

17. Sett tidsuret på 10 min. (MERK: Dette trinnet er kritisk med hensyn til tid.)

18. Etter 10 min (+/- 1 min) lang inkubering velg Program 5 på pipetten.

19. Ta opp pipettespisser og overfør 100 µL fra kolonne 1 på priming-platen til kolonne 1 på amplifiseringsplaten. La pipettespissen berøre sidene av brønnene når væsken has i. Etter dispensering la pipetten automatisk blande væsken i brønnene. Løft pipetten forsiktig fra platen. Unngå berøring av andre brønner.

20. Kast spissene. Ta opp nye spisser og fortsett å overføre reagensblanding fra priming-brønnene til amplifiseringsbrønnene, kolonne etter kolonne, med nye spisser for hver kolonne.

21. Når siste kolonne er overført, fjern baksiden fra en selvklebende forsegler (en amplifiseringsforsegler [1/2] vil dekke opp til 6 kolonner. Hvis platen inneholder mer enn 6 kolonner MÅ det brukes et fullt forseglingsark). Hold forseglingen i kantene og legg den over mikrobrønnene. Bruk rammen på Warming Heater til å hjelpe deg med å legge på forseglingen. Trykk ned forseglingen for å sikre at alle mikrobrønnene er fullstendig forseglet.

22. Ved BD ProbeTec ET-brukerpanelet skal du flytte transportvognen ut og åpne døren. Flytt STRAKS (innen 30 s), den forseglede amplifiseringsplaten til BD ProbeTec ET-instrumentet og start kjøringen. (Se bruksanvisningen for BD ProbeTec ET System for detaljerte anvisninger.)

Page 7: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

7

23. Etter at kjøringen er startet fortsett med følgende del av rengjøringsprosedyren:

a. Forsegle priming-brønnene med en selvklebende forsegling og fjern platen fra Priming & Warming Heater. ADVARSEL: Temperaturen er over 70 °C. Bruk en varmebeskyttende hanske for å fjerne platen.

b. La platen kjøles ned på benken i 5 min.

c. Fjern de forseglede priming-brønnene fra platen ved å holde i forseglingen på begge sider, og løft brønnene rett opp som en enhet. Plasser de forseglede mikrobrønnene i en avfallspose og forsegle.

d. Rengjøring av metallbrettet:

Skyll platen med 1 % (v/v) natriumhypokloritt – Alconox-oppløsning.

Skyll platen med vann.

Pakk platen i et rent papirhåndkle og la den tørke fullstendig før den brukes på nytt.

24. Når kjøringen er ferdig, genereres det en utskrift av testresultatene.

25. Kjør transportvogna frem, åpne døren og fjern platen. Lukk døren og kjør transportvogna tilbake i instrumentet.

26. Fjern de forseglede amplifiseringsbrønnene fra platen. ADVARSEL: Ikke fjern forseglingsmaterialet fra mikrobrønnene. De forseglede mikrobrønnene kan lett fjernes som en enhet ved å holde forseglingen i topp og bunn og løfte rett opp og ut fra brettet. Plasser de forseglede mikrobrønnene i avfallsposen. Forsegle posen.

27. Rengjøring av metallbrettet:

Skyll brettet med 1 % (v/v) natriumhypokloritt – Alconox-oppløsning.

Skyll brettet med vann.

Pakk brettet i et rent papirhåndkle og la det tørke fullstendig før det brukes på nytt.

28. Etter dagens siste kjøring utføres følgende rengjøringsprosedyre:

a. Fukt papirhåndklær eller gaskompresser med 1 % (v/v) natriumhypokloritt med Alconox-oppløsning og påfør benkeplater og de ytre overflatene til lysator, Priming & Warming Heater, stativ for prøverør, vannbad, sentrifuge og BD ProbeTec ET-instrumentet. La oppløsningen forbli på overflatene i 2 – 3 min. Fukt papirhåndklær eller gaskompresser med vann og fjern rengjøringsmidlet. Skift håndklær eller gaskompress ofte når rengjøringsmiddelet påføres og når det skylles med vann. Fukt papirhåndklær eller gaskompresser med 1 % (v/v) natriumhypokloritt med Alconox, og tørk av pipettehåndtaket (BARE HÅNDTAKET). Etter 2 – 3 min tørkes håndtaket av med papirhåndklær eller gaskompresser fuktet med vann.

b. Dypp lyseringsstativet, lyseringsstativsokkelen, lyseringsstativdekselet og platene i 1 % (v/v) natriumhypokloritt med Alconox i 1 – 2 min. Skyll grundig med vann og la det lufttørke.

c. Gjenopplad pipetten.

d. Kast den forseglede avfallsposen og posen med biologisk avfall i henhold til etablerte prosedyrer for avfallsbehandling av smittefarlig, biologisk avfall.

29. Minst en gang i uken utføres følgende prosedyre:

a. Kast vannet i vannbadene.

b. Skyll vannbadene med 1 % (v/v) natriumhypokloritt – Alconox-oppløsning. Skyll med vann og la dem tørke.

c. Fyll på destillert vann.

Kvalitetskontroll

Kvalitetskontroll må utføres i henhold til lokale og/eller nasjonale retningslinjer eller akkrediteringskrav og ditt laboratoriums standard kvalitetskontrollprosedyrer. Det anbefales at brukeren refererer til aktuelle CLSI-retningslinjer (tidligere NCCLS) og CLIA-bestemmelser for egnede kvalitetskontrollprosedyrer.

Penseldiluent og kontroller leveres sammen i Swab Diluent and control Kit (tCF/tMP). Respiratory and Media Diluent and Controls leveres sammen i Respiratory and Media Diluent and Control Kit (CF/LP/MP). En positiv og en negativ kontroll må inkluderes i hver kjøring for hver prøvetype og analysekjøring på en plate og for hvert nytt reagenspartinummer (lot). Kontrollene kan plasseres tilfeldig. Den positive kontrollen overvåker for betydelig reagenssvikt. Den negative kontroll overvåker for kontaminering av reagensene og/eller miljøet. De positive og negative kontrollene må teste respektivt positivt og negativt, for å kunne rapportere prøveresultatene. Hvis kontrollene ikke oppfører seg som ventet, må analysene anses for ugyldige, og pasientresultatene blir ikke rapportert av instrumentet. Hvis kontrollene ikke oppnår forventede resultater, skal du gjenta hele prosedyren med et nytt sett kontroller, nye mikrobrønner og de behandlede prøvene. Hvis inadekvate, behandlede prøver er igjen for en gjentatt prøve, behandle på nytt en ny fortynning av primærprøven. Hvis gjentatte kontroller ikke gir forventede resultater, kontakt den lokale BD-representanten (se ”Tolkning av resultater”).

En intern amplifiseringskontroll (IAC) er tørket inn i priming-brønnen. IAC inneholder nukleinsyremål som er amplifisert i nærvær av prøveblandingen. IAC er designet for å bekrefte verdien av amplifiseringsreaksjonen og identifisere potensiell hemming av den behandlede prøven.

Prøveprosesskontroller:

Kontroller av prøveprosessen kan testes i samsvar med kravene fra de relevante godkjenningsmyndighetene. En positiv og negativ kontroll skal teste hele analysesystemet. Av denne grunn kan kjente, positive prøver tjene som kontroller ved å behandles sammen med og testes i tilknytning til ukjente prøver. Prøver som brukes som behandlingskontroller må oppbevares, behandles og testes i henhold til pakningsvedlegget. De positive og negative kontrollene er designet for å kontrollere

Page 8: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

8

effektiviteten av prøvebehandlingsprosedyrene når man tester halspensler (enten med eller uten transportmedium, Swab Control og Respiratory and Media Controls) fordi kontrollene behandles på samme måte som prøvene i seg selv.

Overvåkning av forekomst av DNA-kontaminering

Minst en gang i måneden skal følgende testprosedyre gjennomføres for å overvåke arbeidsplassen og utstyret med henblikk på forekomst av DNA-kontaminering. Miljøovervåkning er avgjørende for å påvise kontaminering før det utvikler seg til et problem.

1. For hvert område* som skal testes, bruk BBL CultureSwab EZ-pensel.

2. Merk et prøverør for hvert område som skal testes og pipetter 1 mL penseldiluent (tCF/tMP) i hvert rør.

3. Dypp den første penselen i diluent og stryk over det første området med en bred, penslende bevegelse.

4. Bland penselen i diluent, klem ut penselen, sett korken på røret igjen og vortex i 5 s. Kast penslene.

5. Gjenta for hvert område som testes.

6. Plasser rørene i lyseringsstativet og varm i lysatoren i 10 min. Fjern stativet fra varmerne og la prøvene avkjøles i 15 min før du fortsetter.

7. Mens rørene varmes opp, bruk rene håndklær fuktet i vann for å fjerne gjenværende bufferblanding fra de avtørkede overflatene.

8. Så snart prøvene er avkjølt, fortsett med Testprosedyre for BD ProbeTec ET MP Assay (avsnitt G).

* Anbefalte områder å teste omfatter: Overflater på lyseringsstativet, lysatoren, vannbadstativ, mikrosentrifuge, Priming & Warming Heater, svarte metallplater, pipettehåndtak, instrumentknapper, instrumenttastatur, tørre overflater på vannbad, overflater på prøvestativ og arbeidsbenker inkludert prøvebehandlingsområder.

Hvis et område viser positivt resultat, skal du rengjøre området med nylaget 1 % (v/v) natriumhypokloritt med Alconox. Sørg for at hele området vætes med rengjøringsoppløsningen, og la den forbli på overflaten i minst 2 minutter, eller til den er tørr. Om nødvendig, skal du fjerne overflødig rengjøringsoppløsning med et rent håndkle. Tørk av området med et rent håndkle dyppet i vann, og la overflaten tørke. Test området på nytt. Gjenta inntil et negativt resultat oppnås. Hvis kontamineringen ikke forsvinner, skal du kontakte den lokale BD-representanten for ytterligere informasjon.

TOLKNING AV PRØVERESULTATER

Tilstedeværelse eller fravær av M. pneumoniae-DNA bestemmes ved å beregne PAT-verdi (Passes After Threshold) for prøver basert på forutbestemte terskelverdier. PAT-verdien er et mål som brukes til å vurdere størrelsen på signalet som genereres som resultat av reaksjonen. For denne målingen, indikerer større tall at terskelvedien ble nådd i tidlig fase av amplifiseringen, mens mindre tall betyr at terskelverden ble nådd seinere under reaksjonen. Størrelsen på PAT-verdien er ikke indikativ på nivået av M. pneumoniae-DNA i prøven.

Hvis prøvekontrollresultatene ikke er som ventet, skal pasientresultatene ikke rapporteres. Se kvalitetskontrollavsnittet for forventede kontrollverdier. Rapporterte resultater bestemmes som følger:

PAT-verdiMP-mål IAC-mål Resultat Tolkning Rapport> 0 > 0 eller = 0 Positiv M. pneumoniae-DNA

påvist ved SDA.Positiv for M.pneumoniae-art, tyder på pågående eller nylig infeksjon.

= 0 > 0 Negativ M. pneumoniae-DNA ikke påvist ved SDA.

Antatt negativ for M. pneumoniae. Infeksjon med M. pneumoniae kan ikke utelukkes fordi nivået på tilstedeværende DNA kan være under grensen for påvisning.

= 0 = 0 Ubestemt Amplifiseringskontroll hemmet. Tilleggstesting er nødvendig for å tolke resultatet.a

a Gjenta BD ProbeTec ET MP Assay fra det behandlede prøverøret. Hvis det er for lite volum igjen fra den behandlede prøven, gjenta fra originalprøven eller ta en ny prøve om nødvendig. Hvis det gjentatte resultatet er enten positivt eller negativt, skal du tolke det som beskrevet ovenfor. Hvis resultatet gjentas som ubestemt, skal det rekvireres en ny prøve.

Bestemmelse av MP- og IAC-terskel:

Terskelverdiene for M. pneumoniae-mål-DNA og -IAC ble opprinnelig fastslått med mottakeroperatorkarakteristiske kurveanalyser av data som er samlet inn fra positive og negative kontroller. Disse terskelverdiene ble verifisert og validert i kliniske studier.

PROSEDYRENS BEGRENSNINGER

1. BD ProbeTec ET MP Assay er evaluert for halspensler (med og uten 2SP-transportmedium). Resultater med andre prøvetyper er ikke vurdert.

2. BD ProbeTec ET MP Assay er bare evaluert for pasienter som er minst ett år gamle.

3. Som med mange diagnostiske tester skal resultatene av BD ProbeTec ET MP Assay tolkes i sammenheng med andre laboratoriemessige og kliniske data som er tilgjengelige for legen. Et positivt resultat ved denne analysen kombinert med andre kliniske tegn og symptomer og diagnostisk bevis for pneumoni er indikativt for Mycoplasma pneumoniae-assosiert pneumoni.

Page 9: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

9

4. Et negativt resultat skal ikke brukes til å utelukke diagnosen Mycoplasma pneumoniae-assosiert pneumoni fordi testresultatene kan påvirkes av feilaktig prøvetakingsteknikk, teknisk svikt, forbytting av prøver, samtidig antibiotikabehandling eller tilstedeværelse av et nivå av Mycoplasma pneumoniaea-DNA i prøven som er under den analytiske sensitiviteten til prøven. Derfor kan det være nødvendig med ytterligere, diagnostiske tester, som kultur, serologi og /eller en validert nukelinsyreamplifiseringstest.

5. BD ProbeTec ET MP Assay kan ikke brukes til å vurdere om behandlingen er vellykket eller mislykket siden nukleinsyrer fra M. pneumoniae kan vedvare etter antimikrobiell behandling.

6. Optimale testresultater forutsetter adekvat prøveinnsamling og -håndtering.

7. Bruk av BD ProbeTec ET MP Assay skal begrenses til personale som har opplæring i analyseprosedyrene og BD ProbeTec ET System.

8. BD ProbeTec ET MP Assay gir kvalitative resultater. Det kan ikke trekkes noen sammenheng mellom størrelsen på PAT-verdien og mengden M. pneumoniae-DNA i prøven.

FORVENTEDE RESULTATER

A: Prevalens

Positivitetsraten som observeres ved M. pneumoniae-testing vil variere, avhengig av testmetoden som brukes, alderen på pasienten, underliggende risikofaktorer, geografisk område, og viktigst – lokal sykdomsprevalens.

B: Frekvensdistribusjon for PAT-verdi

Prospektiv studie

Merk: Alle BD ProbeTec ET MP Assay-resultater ble sammenlignet med dyrkningsresultatet ved en halspensel presset ut i 2SP-transportmedium. Se ”Egenskaper ved prøveutførelsen” for detaljert beskrivelse av studiedesignet.

Totalt 316 halspensler (oppbevart uten transportmedium) samlet inn prospektivt fra 316 pasienter ved sju kliniske steder innen USA og Canada ble analysert med BD ProbeTec ET MP Assay. En frekvensdistribusjon av initiale MP PAT-verdier sammenlignet med dyrkningsresultatene er vist i figur 1.

Sekstifire av halspenslene som ble samlet inn prospektivt og presset ut i 2SP-transportmedium ble også testet med BD ProbeTec ET MP Assay. En frekvensdistribusjon av initiale MP PAT-verdier sammenlignet med dyrkningsresultatene er vist i figur 2.

Retrospektiv studie

Syttiåtte retrospektive halspensler ble presset ut i 2SP-transportmedium og oppbevart frosne og testet med BD ProbeTec ET MP Assay ved en klinikk i Europa. En frekvensdistribusjon av den initiale MP PAT-verdien sammenlignet med det originale kulturresultatet er vist i figur 3. En frekvensdistribusjon av den initiale MP PAT-verdien sammenlignet med det originale PCR-resultatet fra den samme prøven er vist i figur 4.

Figur 1: Frekvensdistribusjon for MP PAT-verdi – Prospektive halspenselresultater (uten transportmedium) sammenlignet med dyrkning

0 01 0 0

0

50

300

350

0 1 - 19 20 - 39 40 - 60

(-) (+)

313

2 0

100

150

200

250

Frek

ven

s

MP PAT-verdi

Kultur (–)

Kultur (+)

Dyrkningsresultat 0 1 – 19 20 – 39 40 – 60 TotalNegativ

Positiv

313

1

0

0

0

0

2

0

315

1Total 314 0 0 2 316

Page 10: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

10

Figur 2: Frekvensdistribusjon for MP PAT-verdi – Prospektive halspenselresultater (2SP-medium) sammenlignet med dyrkning

0 01 0 0

0

10

60

70

0 0 0 0

(-) (+)

62

1 0

20

30

40

50

Frek

vens

MP PAT-verdi

Kultur (+)

Kultur (–)

Dyrkningsresultat 0 1 – 19 20 – 39 40 – 60 TotalNegativ

Positiv

62

1

0

0

0

0

1

0

63

1Total 63 0 0 1 64

Figur 3: MP PAT-verdi Frekvensdistribusjon - Retrospektive halspenselresultater (2SP-medium) sammenlignet med kultur (2SP-medium)

0 0

0 1 - 19 20 - 39 40 - 60

(-) (+)

0

12

3

0

0

2

12

14

4

6

8

10

3

1

Frek

ven

s

Kultur (–)

Kultur (+)

MP PAT-verdi

Kulturresultat 0 1 – 19 20 – 39 40 – 60 TotalNegativ

Positiv

0

3

0

1

0

3

0

12

0

19Total 3 1 3 12 19

Page 11: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

11

Figur 4: MP PAT-verdi Frekvensdistribusjon – Retrospektive halspenselresultater (2SP-medium) sammenlignet med PCR (2SP-medium)

0 0

0 1 - 19 20 - 39 40 - 60

(-) (+)

15

0

39

9

0

5

25

30

35

10

15

20

45

40

11

4

PCR (+)

Frek

vens

MP PAT-verdi

PCR (–)

PCR Resultat 0 1 – 19 20 – 39 40 – 60 TotalNegativ

Positiv

15

11

0

4

0

9

0

39

15

63Total 26 4 9 39 78

C. Kontroller

Under den kliniske evalueringen ble det utført totalt 47 kjøringer med respiratorisk og mediakontroller (CF/LP/MP). Alle kjøringene hadde akseptable kontrollresultater.

Totalt 78 kjøringer ble utført med penselkontroller (tCF/tMP). Sviktraten ved kjøringer av halspensler var 2,6 % (2/78). To av kjøringene hadde kontrollsvikt, både den positive og den negative kontrollen sviktet i en kjøring, kun den negative kontrollen sviktet i den andre kjøringen. Den ene svikten skyldtes prosedyrefeil, den andre skyldtes at operatøren ikke vortexet kontrollene som beskrevet i pakningsvedlegget for BD ProbeTec ET MP Assay.

PAT-verdi for CF/LP/MP kontroller og tCF/tMP kontroller er oppsummert i henholdsvis tabell 1 og 2

Tabell 1: MP PAT-verdioppsummering for Respiratory and media (CF/LP/MP) Controls

Kontroll N Variasjonsområde 5. persentil Gjennomsnittlig Median 95. persentilMP Negativ 47 0 – 0 0 0 0 0MP Positiv 47 21,7 – 49,9 27,5 42,2 44,2 48,5

Tabell 2: MP PAT-verdioppsummering for penselkontroller (tCF/tMP)

Kontroll N Variasjonsområde 5. persentil Gjennomsnittlig Median 95. persentilMP Negativ 76 0 – 0 0 0 0 0MP Positiv 77 21 – 51,6 34,7 45,4 46,4 50,4

FUNKSJONSEGENSKAPER

Prospektiv studie

BD ProbeTec ET MP Assay ble evaluert prospektivt ved sju kliniske steder innenfor USA og Canada i løpet av 2002-2003 sesongen. Disse kliniske sentrene vurderte halspenselprøver. En halspensel (CultureSwab EZ oppbevart uten transportmedium) og en polyesterpensel ble tatt fra hver pasient. En halspensel (CultureSwab EZ – oppbevart uten transportmedium) ble samlet inn for testing med BD ProbeTec ET MP Assay på BD ProbeTec ET Systemet. Etter prøvetakingen ble polyesterpenselen suspendert i SP-4 medium for referanse Mycoplasma dyrkning og PCR testing. Derfor ble alle BD ProbeTec ET MP Assay-resultater fra prospektivt innsamlede prøver sammenlignet med halspenselkulturresultat fra SP-4 medium.

Et åttende klinisk senter ble valgt, på grunn av sin kompetanse på Mycoplasma testmetoder, til å utføre alle referansetestene på alle de prospektive prøvene i studien. Polyesterhalspenselen fra alle pasientene ble presset ut i SP-4 medium, deretter ble den kastet og det inokulerte røret ble umiddelbart oppbevart ved - 70 °C. Så snart de inokulerte, frosne SP-4 rørene kom til referanseteststedet, ble de tint opp og serielt fortynnet i SP-4 buljongmedium. En porsjon av den originale SP-4 prøven og en porsjon av hver fortynning ble inokulert på SP-4 agar. Alle positive SP-4 buljongkulturer og organismer som ble isolert på SP-4 agarplatemedium ble bekreftet som M. pneumoniae ved en PCR metode for M. pneumoniae 16s rRNA genet.

Alle ubestemte resultater skulle gjentas fra den behandlede prøven, eller fra den originale prøven (dersom det var for lite av den behandlede prøven tilgjengelig). En prøve som ga et ubestemt resultat både i utgangspunktet og ved gjentatt (endelig) testing, ble ikke inkludert i egenskapene ved utførelsen. En prøve som ga et ubestemt resultat i utgangspunktet og ga et positivt eller negativt resultat ved gjentagelse ble inkludert i egenskapene ved utførelsen. En prøve som ga et ubestemt resultat i utgangspunktet, men som ikke kunne gjentas på grunn av for lite prøvevolum forble et ”initialt ubestemt” resultat og ble ikke inkludert i egenskapene ved utførelsen.

Page 12: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

12

Totalt 316 halspensler (oppbevart uten transportmedium) som ble samlet inn fra 316 pasienter tilfredsstilte inklusjonskriterine i studien (dvs. radiografiske tegn på pneumoni, pasienter ≥ 1 år gamle, på antibiotika ≤ 14 dager, godkjente prøvetyper samlet inn, adekvate referansemetoder anvendt etc.).

For å vurdere ytelsesegenskapene til BD ProbeTec ET MP Assay, ble resultater fra halspensler (uten transportmedium) sammenlignet med dyrkningsresultat fra en parallell halspensel presset ut i SP-4 medium. En prøve ble ansett som positiv hvis dyrkningsresultatet var positivt. En prøve ble ansett som negativ hvis dyrkningsresultatet var negativt. Resultatet av halspenslene (uten transportmedium) er oppsummert i tabell 3.

Tabell 3: BD ProbeTec ET MP Assay Prospektiv halspenselresultater (uten transportmedium) sammenlignet med kultur

Kultur

Sted MP Assay Positiv Negativ Total Sensitivitet (95 % Kl)

Spesifisitet (95 % Kl)

UbestemtInitial/Endelig

1 Positiv 0 0 0Negativ 0 83 83

Total 0 83 83 NA100 % (83/83)

(95,7 % – 100 %)0/0

2 Positiv 0 1a 1Negativ 0 25 25

Total 0 26 26 NA96,2 % 25/26)

(80,4 % – 99,9 %)0/0

3 Positiv 0 0 0Negativ 1b 89 90

Total 1 89 900 % (0/1)

(0 % – 97,5 %)100 % (89/89)

(95,9 % – 100 %)1/0c

4 Positiv 0 0 0Negativ 0 21 21

Total 0 21 21 NA100 % (21/21)

(83,9 % – 100 %)0/0

6 Positiv 0 0 0Negativ 0 29 29

Total 0 29 29 NA100 % (29/29)

(88,1 % – 100 %)0/0

7 Positiv 0 1a 1Negativ 0 66 66

Total 0 67 67 NA98,5 % (66/67)(92 % – 100 %)

0/0

Til sammen Positiv 0 2 2Negativ 1 313 314

Total 1 315 3160 % (0/1)

(0 % – 97,5 %)99,4 % (313/315)(97,7 % – 99,9 %)

1/0

NA= Passer ikkea Direkte PCR testing ble utført på de to SP-4 prøvene, begge prøvene var PCR positive. b Direkte PCR testing ble utført på den ene SP-4 prøven, prøven var PCR negativ. c Et initialt ubestemt resultat, prøven testet på nytt som negativ.

Page 13: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

13

Sekstifire av halspenslene som ble samlet inn prospektivt og presset ut i 2SP-transportmedium for dyrkningstesting ble også testet med BD ProbeTec ET MP Assay. Resultater fra halspensler presset ut i 2SP-medium ble sammenlignet med dyrkningsresultater fra SP-4 medium. En prøve ble ansett som positiv hvis dyrkningsresultatet var positivt. En prøve ble ansett som negativ hvis dyrkningsresultatet var negativt. Resultatet av halspenslene oppbevart i 2SP transportmedium er oppsummert i tabell 4.

Tabell 4: BD ProbeTec ET MP Assay prospektiv halspenselresultater (2SP-medium) sammenlignet med kultur

Kultur

Sted MP Assay Positiv Negativ Total Sensitivitet (95 % Kl)

Spesifisitet (95 % Kl)

UbestemtInitial/Endelig

2 Positiv 0 1a 1Negativ 0 29 29

Total 0 30 30 NA96,7 % (29/30)

(82,8 % – 99,9 %)1/1

3 Positiv 0 0 0Negativ 1b 33 34

Total 1 33 340 % (0/1)

(0 % – 97,5 %)100 % (33/33)

(89,4 % – 100 %)0/0

Til sammen Positiv 0 1 1Negativ 1 62 63

Total 1 63 640 % (0/1)

(0 % – 97,5 %)98,4 % (62/63)

(91,5 % – 100 %)1/1c

NA= Passer ikkea Direkte PCR testing ble utført på den ene SP-4 prøven, prøven var PCR positiv. b Direkte PCR testing ble utført på den ene SP-4 prøven, prøven var PCR negativ.c Et initialt ubestemt resultat, prøven testet på nytt som ubestemt.

En av penslene som ble samlet inn fra hver pasient som var innrullert i BD ProbeTec ET MP Assaystudien ble presset ut i SP-4 medium for dyrkning og PCR testing. Alle positive, avvikende (MP Assay positive, dyrkningsnegative eller vice versa) og omtrent 10 % av de sammenfallende negative prøvene ble testet med en etablert M. pneumoniae-spesifikk PCR metode. All PCR testing ble utført ved en klinikk. Totalt 21 pasienter hadde prøver som ble testet med M. pneumoniae PCR analyse. Tabell 5 oppsummerer det resultatkombinasjonene fra dyrkning BD ProbeTec ET MP Assay og PCR analyse.

Tabell 5: Oppsummering av prospektive testmetoder for pasienter og MP Assay-resultater

Kulturresultat

BD ProbeTec ET MP Assay-resultater

PCR-resultat PasientantallHalspensel 2SP-medium

+ – – – 1

– + + + 1

– + I + 1

– – – + 1

– – N/A N/A 242

– – – N/A 53

– – N/A – 10

– – – – 7

– N/A – N/A 1

Tekst:

N/A = Ikke tilgjengelig

+ viser et positivt resultat

– viser et negativt resultat

I = ubestemt

Retrospektiv studie

På grunn av det lave antall positive prøver som ble påvist i den prospektive studien, identifiserte BD et sted i Europa som hadde 78 halspenselprøver utpresset og oppbevart frosne i 2SP-transportmedium. Disse retrospektive prøvene hadde vært oppbevart frosne i opptil åtte år, men de fleste av prøvene (69 %, 54/78) var oppbevart mindre enn tre år. De 78 retrospektive prøvene ble karakterisert ved en kombinasjon av dyrkning og PCR eller bare PCR. Av de 78 prøvene hadde alle PCR resultater (63 positive, 15 negative). Av de 63 PCR positive prøvene hadde bare fire positive M. pneumoniae dyrkningsresultater. For de gjenværende 44 PCR positive prøvene og 15 PCR negative prøvene, ble det ikke gjort noen dyrkningstesting. BD ProbeTec ET MP Assay hadde 84,2 % (16/19) positive prosent sammenfall med retrospektive dyrkningsresultater.

Page 14: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

14

En prøve ble ansett som positiv hvis enten dyrkningsresultatet eller PCR resultatet var positivt. En prøve ble ansett som negativ hvis tilgjengelig PCR resultatet var negativt. Prosentandelen som stemte overens ved BD ProbeTec ET MP Assay fra halspensler oppbevart i 2SP-transportmedium sammenlignet med tilgjengelig dyrkning og/eller PCR resultater er oppsummert i tabell 6.

Tabell 6: BD ProbeTec ET CF Analyse Retrospektiv halspensel (2SP-medium) Resultater sammenlignet med dyrkning (2SP-medium) og/eller PCR (2SP-medium)

Dyrkning og/eller PCR

Sted MP Assay Positiv Negativ Total Positiv prosentvis overensstemmelse

Negativ prosent overensstemmelse

Total prosent overensstemmelse

Positiv 52a 0 52Negativ 11b 15 26

Total 63 15 7882,5 % (52/63)

(70,9 % – 90,9 %)100 % (15/15)

(78,2 % – 100 %)85,9 % (67/78)

(76,2 % – 92,7 %)a 16 av de 52 prøvene ble også dyrket for M. pneumoniae, alle 16 prøvene var dyrknings-positive.b 3 av de 11 prøvene ble også dyrket for M. pneumoniae, alle 3 prøvene var dyrknings-positive.

Analytiske Studier

BD ProbeTec ET MP Assay amplifiseringsreaksjonsvolum er 100 µL av behandlet prøve.

Analytisk sensitivitet

Den analytiske sensitiviteten for BD ProbeTec ET MP Assay ble bestemt av et testpanel på åtte M. pneumoniae organismer. For hver organisme ble bakterielle suspensjoner fortynnet til nivåer på 400, 800 og 1200 celler pr reaksjon.

Analytisk sensitivitet ved BD ProbeTec ET MP Assay i nærvær av en halspenselprøve ble bestemt ved å så ut pensler med 20 µL fortynnet M. pneumoniae stamme (ATCC 29342) for å gi nivåer på 0, 400, 800 og 1200 celler pr reaksjon.

Analytisk sensitivitet ved BD ProbeTec ET MP Assay i nærvær av en 2SP-transportmedium ble bestemt ved å så ut 2SP-medium med fortynnet M. pneumoniae (ATCC 29342) stamme for å gi nivåer på 0, 400, 800, 1 600, 3 200 og 4 800 celler pr reaksjon.

Alle prøver ble behandlet og målt i tre eksemplarer. Basert på 100 % positivitet er analytisk sensitivitet for forskjellige organismer og specimen-dyrkningsstoffer oppsummert i tabell 7. Grense for påvisning (LOD), kan imidlertid være lavere enn det laveste nivået som er testet.

Tabell 7: BD ProbeTec ET MP Assay - Analytisk Sensitivitet for isolater

M. pneumoniae stamme Analytisk sensitivitet (celler/reaksjon)ATCC 29342 400ATCC 15531 400ATCC 15293 400ATCC 15377 400ATCC 29085 400ATCC 39505 400ATCC 49894 400ATCC 15492 400Behandlede halspensler 4002SP Transport Medium 400

Page 15: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

15

Analytisk spesifisitet

Totalt 79 mikroorganismer (64 bakterier, 6 fungi og 9 vira) ble vurdert med BD ProbeTec ET MP Assay. Bakterielle isolater ble testet ved konsentrasjoner som varierte fra 1,33 x 107 til 2,67 x 109 CFU/mL eller celler/mL, bortsett fra for Coccidioides immitis som ble testet med en bakteriell suspensjon ekvivalent til en McFarland 5 standard. Vira ble testet ved en konsentrasjon på 1 x 106 viruspartikler (VP) eller genomer/mL. Ingen av mikroorganismene som ble testet ga et positivt resultat eller hemmet IAC (tabell 8).

Tabell 8: BD ProbeTec ET MP Assay-resultater – analytisk spesifisitet

Acholeplasma laidlawii Haemophilus parainfluenzae Mycoplasma synoviaeAcinetobacter calcoaceticus Herpes simplex virus-1 Neisseria gonorrhoeaeActinomyces israelii Histoplasma capsulatum Neisseria meningitidisAdenovirus-5 Influenza virus A Neisseria mucosaAeromonas hydrophila Influenza virus B Parainfluenza I virusBlastomyces dermatitidis Kingella kingae Peptostreptococcus anaerobiusBordetella bronchiseptica Klebsiella pneumoniae subsp.

ozaenae type 4Porphyromonas asaccharolytica

Bordetella parapertussis Prevotella melaninogenicusBordetella pertussis Klebsiella pneumoniae subsp.

pneumoniaePseudomonas aeruginosa

Branhamella catarrhalis Respiratorisk syncytialt virus, lang stammeLactobacillus acidophilusCandida albicans

Chylamydophila pneumoniae, AR-39

Legionella pneumophilaRhinovirusSalmonella choleraesuis serotype enteritidis

Chlamydia trachomatis, sero L2 Moraxella osloensis Salmonella choleraesuis serotype typhiCitrobacter freundii Mycobacterium tuberculosis

Coccidioides immitis Mycoplasma argininiSerratia marcescens

Corynebacterium diphtheriae Mycoplasma buccale

Corynebacterium jeikeium Mycoplasma fauciumStaphylococcus aureus, protein A-producerende

Cryptococcus neoformans Mycoplasma fermentans Staphylococcus aureus, non-protein A-produserendeCytomegalovirus Mycoplasma gallinarum

Eikenella corrodens Mycoplasma gallisepticumStaphylococcus epidermidis

Enterobacter aerogenes Mycoplasma genitaliumEnterobacter cloacae Mycoplasma hominis Stenotrophomonas maltophiliaEnterococcus faecalis Mycoplasma hyorhinis Streptococcus Gruppe BEnterococcus faecium Mycoplasma lipophilium Streptococcus mutansEnterovirus (Echovirus) Mycoplasma orale Streptococcus pneumoniaeEscherichia coli Mycoplasma penetrans Streptococcus pyogenesFusobacterium nucleatum Mycoplasma primatum Tatlockia (Legionella) micdadeiHaemophilus influenzae Mycoplasma salivarium Ureaplasma urealyticum

Veillonella parvula

Page 16: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

16

Forstyrrende stoffer

Potensielt forstyrrende substanser som kan finnes i halspenselprøver ble testet med BD ProbeTec ET MP Assay i fravær av MP DNA eller med tilstedeværelse av 2 000 celler/reaksjon (halspensler uten transportmedium) av M. pneumoniae stamme ATCC 29342. Ved fravær av MP DNA, var det ingen av substansene som ble testet som produserte et positivt resultat ved konsentrasjonene som er listet opp i tabell 9. Når MP DNA var til stede sammen med substansene ved konsentrasjonene som er listet opp i tabell 9, alle testene produserte et positivt resultat.

Tabell 9: BD ProbeTec ET MP Assay – Stoffer testet for påvirkning

HalspenselprøverStoffer testet Konsentrasjon i prøven

HostesaftRobitussin DM 25 %Triaminic (drue) 25 %Nesespray (alle)Vicks Sinex 10 %Neo-Synephrine (vanlig styrke) 10 %HalssprayCepacol (kjølig mentol) 25 %Vicks Chloraseptic (kirsebær) 25 %MunnskyllevæskeScope (original mint) 25 %Listerine (original) 25 %*HostedropsHalls Sugar Free Citrus Blend 25 %Cold-Eeze Zinc 25 %OrganismerChlamydophila pneumoniae 107 EB/mLLegionella pneumophila 107 CFU/mLChlamydophila pneumoniae og Legionella pneumophila

Henholdsvis 107 EB/mL og 107 CFU/mL

* Tre av de 24 initiale resultatene ble funnet å være ubestemte

Prøver med tilsetninger

For å supplementere antallet positive prøver påtruffet i den kliniske studien, var det 25 halspensler som ble tilsatt 5 x 104 celler/mL av M. pneumoniae (positive prøver). På samme måte, for å simulere Mycoplasma-negative halspensler, ble 50 pensler tilsatt en bakteriell suspensjon som bare inneholdt L. pneumophila og C. pneumoniae. Alle prøvene ble testet med BD ProbeTec ET MP Assay. Resultatene er oppsummert i tabell 10. Total nøyaktighet var 100 % (75/75).

Tabell 10: BD ProbeTec ET MP Assay – resultater for halspensler med tilsetninger

TilsetningsnivåPositiv Negativ Total

BD ProbeTec ET MP Assay-resultaterPositiv 25 0 25Negativ 0 50 50Total 25 50 75

Reproduserbarhet

Reproduserbarhet ved BD ProbeTec ET MP Assay ble vurdert for halspensler ved tre laboratorier med testpaneler som inneholdt 24 prøver (12 negative og 12 positive) som ble preparert i PBS/BSA.

Panelet inneholdt 12 prøver som var negative for M. pneumoniae i tillegg til tre lave og tre høye M. pneumoniae positive prøver (henholdsvis 600 og 1 000 celler/reaksjon). I tillegg var det tre lave positive prøver som inneholdt henholdsvis 45 EB, 400 CFU og 600 celler/reaksjon av C. pneumoniae (CP), L. pneumophila (LP) og M. pneumoniae (MP) og tre høye, positive prøver som hver inneholdt henholdsvis 75 EB, 650 CFU og 1 000 celler/reaksjon av disse organismene. En operatør på hvert sted testet panelet en gang om dagen i tre dager. Resultatene er oppsummert i tabell 11.

Page 17: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

17

Tabell 11: BD ProbeTec ET MP Assay – Halspensel reproduserbarhet

Mellom dagerInnenfor sted

Mellom steder

Panelmedlem N % Riktig Gjennomsnittlig PAT SD % CV SD % CVMP-HØY 26* 100 % 50,5 0,00 0,00 0,00 0,00MP-LAV 27 100 % 47,5 1,32 2,78 0,31 0,65CP/LP/MP-HØY 27 100 % 50,5 0,61 1,22 0,00 0,00CP/LP/MP-LAV 27 100 % 48,7 0,00 0,00 0,00 0,00Negativ 107* 100 % 0,0 – – – –IAC med MP-negative prøver 107* 100 % 51,9 0,15 0,28 0,07 0,13

* En prøve ble ekskludert fra analysen på grunn av en prosedyrefeil.

TILGJENGELIGHET

Følgende BD ProbeTec ET-produkter er tilgjengelige:

Kat. nr. Beskrivelse

440729 BD ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA Assay

440731 BD ProbeTec ET Respiratory and Media Diluent and Control Kit

440730 BD ProbeTec ET Swab Diluent and Control Kit

440457 BD ProbeTec ET Accessories Kit

440710 BD ProbeTec ET Accessories II Kit

440458 BD ProbeTec ET Pipette Tips, 6 x 120

440661 BD ProbeTec ET 2 mL Sample Tubes, Caps and Labels, 200

440679 BD ProbeTec ET 2 mL Caps, 100

440477 BD ProbeTec ET Instrument, utenfor USA

440478 BD ProbeTec ET Instrument, USA og Canada

440479 BD ProbeTec ET Priming & Warming Heater, 220 V

440480 BD ProbeTec ET Priming & Warming Heater, 120 V

440482 BD ProbeTec ET Lysing Heater, 220 V

440483 BD ProbeTec ET Lysing Heater, 120 V

440487 BD ProbeTec ET Pipettor

440502 BD ProbeTec ET Lysing Rack

REFERANSER

1. Waring, A.L., et.al. 2001. Development of a genomics-based PCR assay for detection of Mycoplasma pneumoniae in a large outbreak in New York State. J Clin Micro 39:1385-1390.

2. File T.M., Tan J.S., Plouffe J.F. 1998. The role of atypical pathogens: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, and Legionella pneumophila in respiratory infection. Infect Dis Clin of NA 12:569-592.

3. Murray et al. 1999. Manual of clinical microbiology, 7th edition, ASM Press.

4. Bartlett, J.G., Dowell, S. F., Mandell, L.A., File, T.M., Musher, D.M., Fine, M.J. 2000. Guidelines from the Infectious Diseases Society of America - Practice guidelines for the management of community-acquired pneumonia in adults. Clin Infect Dis. 31:347-82.

5. National Committee for Clinical Laboratory Standards. 2001. Approved Guideline M29-A2. Protection of laboratory workers from occupationally acquired infections, 2nd ed. NCCLS, Wayne, Pa.

6. Garner. J.S. 1996. Hospital Infection Control Practices Advisory Committee, U.S. Department of Health and Human Services, Centers for Disease Control and Prevention. Guideline for isolation precautions in hospitals. Infect. Control Hospital Epidemiol. 17: 53-80.

7. U.S. Department of Health and Human Services. 1999. Biosafety in microbiological and biomedical laboratories, HHS Publication (CDC), 4th ed. U.S. Government Printing Office, Washington, D.C.

8. Directive 2000/54/EC of the European Parliament and of the Council of 18 September 2000 on the protection of workers from risks related to exposure to biological agents at work (seventh individual directive within the meaning of Article 16(1) of Directive 89/391/EEC). Official Journal L262, 17/10/2000, p. 0021-0045.

9. Isenberg, H.D. (ed.) 1992. Clinical microbiology procedures handbook. Vol. 1. American Society for Microbiology, Washington, D.C.

Page 18: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

18

Manufacturer / Výrobce / Producent / Fabrikant / Tootja / Valmistaja / Fabricant / Hersteller / ÊáôáóêåõáóôÞò / Gyártó / Ditta produttrice / Gamintojas / Producent / Fabricante / Výrobca / Tillverkare / Производител / Producãtor / ÜreticiUse by / Spotøebujte do / Anvendes før / Houdbaar tot / Kasutada enne / Viimeinkäyttöpäivä / A utiliser avant / Verwendbar bis / Çìåñïìçßá ëÞîçò / Felhasználhatóság dátuma / Usare entro / Naudokite iki / Brukes før / Stosowaæ do / Utilizar em / Použite do / Usar antes de / Använd före / Използвайте до / A se utiliza pânã la / Son kullanma tarihi YYYY-MM-DD / YYYY-MM (MM = end of month) / RRRR-MM-DD / RRRR-MM (MM = konec mìsíce)ÅÅÅÅ-MM-DD / ÅÅÅÅ-MM (MM = slutning af måned) / JJJJ-MM-DD / JJJJ-MM (MM = einde maand)AAAA-KK-PP / AAAA-KK (KK = kuu lõpp)VVVV-KK-PP / VVVV-KK (kuukauden loppuun mennessä)AAAA-MM-JJ / AAAA-MM (MM = fin du mois) / JJJJ-MM-TT / JJJJ-MM (MM = Monatsende) / ÅÅÅÅ-ÌÌ-ÇÇ / ÅÅÅÅ-ÌÌ (ÌÌ = ôÝëïò ôïõ ìÞvá) /ÉÉÉÉ-HH-NN / ÉÉÉÉ-HH (HH = hónap utolsó napja)AAAA-MM-GG / AAAA-MM (MM = fine mese) / MMMM-MM-DD / MMMM-MM (MM = mënesio pabaiga)ÅÅÅÅ-MM-DD / ÅÅÅÅ-MM (MM = slutten av måneden)RRRR-MM-DD / RRRR-MM (MM = koniec miesi¹ca)AAAA-MM-DD / AAAA-MM (MM = fim do mês) / RRRR-MM-DD / RRRR-MM (MM = koniec mesiaca)aaaa-mm-dd / aaaa-mm (mm = fin del mes) / ÅÅÅÅ-MM-DD / ÅÅÅÅ-MM (MM = slutet på månaden) / ГГГГ-ММ-ДД / ГГГГ-ММ (ММ = края на месеца) / AAAA-LL-ZZ / AAAA-LL (LL = sfârºitul lunii) / YYYY-AA-GG / YYYY-AA (AA = ayın sonu)

Authorized Representative in the European Community / Autorizovaný zástupce pro Evropskou unii / Autoriseret repræsentant i EU / Erkend vertegenwoordiger in de Europese Unie / Volitatud esindaja Euroopa Nõukogus / Valtuutettu edustaja Euroopan yhteisössä / Représentant agréé pour la C.E.E. / Autorisierte EG-Vertretung / ÅîïõóéïäïôçìÝíïò áíôéðñüóùðïò óôçí ÅõñùðáúêÞ Êïéíüôçôá / Hivatalos képviselet az Európai Unióban / Rappresentante autorizzato nella Comunità europea / Ágaliotasis atstovas Europos Bendrijoje / Autorisert representant i EU / Autoryzowane przedstawicielstwo w Unii Europejskiej / Representante autorizado na União Europeia / Autorizovaný zástupca v Európskom spoloèenstve / Representante autorizado en la Comunidad Europea / Auktoriserad representant i EU / Оторизиран представител в ЕU / Reprezentant autorizat în Uniunea Europeanã / Avrupa Topluluğu Yetkili Temsilcisi

Catalog number / Katalogové èíslo / Katalognummer / Catalogusnummer / Kataloogi number / Tuotenumero / Numéro catalogue / Bestellnummer / Áñéèìüò êáôáëüãïõ / Katalógusszám / Numero di catalogo / Katalogo numeris / Numer katalogowy / Número do catálogo / Katalógové èíslo / Número de catálogo / Каталожен номер / Numãr de catalog / Katalog numarası

In Vitro Diagnostic Medical Device / Lékaøské zaøízení urèené pro diagnostiku in vitro / In vitro diagnostisk medicinsk anordning / Medisch hulpmiddel voor in vitro diagnose / In vitro diagnostika meditsiiniaparatuur / Lääkinnällinen in vitro -diagnostiikkalaite / Dispositif médical de diagnostic in vitro / Medizinisches In-vitro-Diagnostikum / In vitro äéáãíùóôéêÞ éáôñéêÞ óõóêåõÞ / In vitro diagnosztikai orvosi eszköz / Dispositivo medico diagnostico in vitro. / In vitro diagnostikos prietaisas / In vitro diagnostisk medisinsk utstyr / Urz¹dzenie medyczne do diagnostyki in vitro / Dispositivo médico para diagnóstico in vitro / Medicínska pomôcka na diagnostiku in vitro / Dispositivo médico de diagnóstico in vitro / Medicinsk anordning för in vitro-diagnostik / Медицински уред за диагностика ин витро / Aparaturã medicalã de diagnosticare in vitro / In Vitro Diyagnostik Tıbbi Cihaz

Batch Code (Lot) / Kód (èíslo) šarže / Batch kode (Lot) / Chargenummer (lot) / Partii kood / Eräkoodi (LOT) / Code de lot (Lot) / Chargencode (Chargenbezeichnung) / Êùäéêüò ðáñôßäáò (Ðáñôßäá) / Tétel száma (Lot) / Codice del lotto (partita) / Partijos numeris (Lot) / Batch-kode (Serie) / Kod partii (seria) / Código do lote (Lote) / Kód série (šarža) / Código de lote (Lote) / Satskod (parti) / Код (Партида) / Numãr lot (Lotul) / Parti Kodu (Lot)

Positive control / Pozitivní kontrola / Positiv kontrol / Positieve controle / Positiivne kontroll / Positiivinkontrolli / Contrôle positif / Positive Kontrolle / èåôéêüò Ýëåã÷ïò / Pozitív kontroll / Controllo positivo / Teigiama kontrolë / Positiv kontroll / Kontrola dodatnia / Controlo positivo / Pozitívna kontrola / Control positivo / Положителен контрол / Etalon pozitiv / Pozitif kontrol

Temperature limitation / Teplotní omezení / Temperaturbegrænsning / Temperatuurlimiet / Temperatuuri piirang / Lämpötilarajoitus / Température limite / Zulässiger Temperaturenbereich / ¼ñéï èåñìïêñáóßáò / Hõmérsékleti határ / Temperatura limite / Laikymo temperatûra / Temperaturbegrensning / Ograniczenie temperatury / Limitação da temperatura / Ohranièenie teploty / Limitación de temperatura / Temperaturbegränsning / Температурни ограничения / Limitare de temperaturã / Sıcaklık sınırlaması

Consult Instructions for Use / Prostudujte pokyny k použití / Læs brugsanvisningen / Raadpleeg gebruiksaanwijzing / Lugeda kasutusjuhendit / Tarkista käyttöohjeista / Consulter la notice d’emploi / Gebrauchsanweisung beachten / Óõìâïõëåõôåßôå ôéò ïäçãßåò ÷ñÞóçò / Olvassa el a használati utasítást / Consultare le istruzioni per l'uso / Skaitykite naudojimo instrukcijas / Se i bruksanvisningen / Zobacz instrukcja u¿ytkowania / Consulte as instruções de utilização / Pozri Pokyny na používanie / Consultar las instrucciones de uso / Se bruksanvisningen / Направете справка в инструкциите за употреба / Consultaþi instrucþiunile de utilizare / Kullanım Talimatları’na başvurun

Page 19: New B ProbeTec ET Mycoplasma pneumoniae (MP) Amplified DNA … · 2017. 5. 15. · 2 CF-plasmid, ≥ 4 800 kopier LP-plasmid, ≥ 5 400 kopier MP-plasmid; 10 (CF/LP/MP) negative kontroller:

Contains sufficient for <n> tests / Dostateèné množství pro <n> testù / Indeholder tilstrækkeligt til <n> test / Voldoende voor <n> tests / Küllaldane <n> testide jaoks / Sisältöon riittävä <n> testejä varten / Contenu suffisant pour <n> tests / Ausreichend für <n> Tests / ÐåñéÝ÷åé åðáñêÞ ðïóüôçôá <n> åîåôÜóåéò / <n> teszthez elegendõ / Contenuto sufficiente per <n> test / Pakankamas kiekis atlikti <n> testø / Innholder tilstrekkelig for <n> tester / Zawiera iloœæ wystarczaj¹c¹ do <n> testów / Contémo suficiente para <n> testes / Obsah vystaèí na <n> testov / Contenido suficiente para <n> pruebas / Räckertill <n> antal tester / Съдържанието е достатъчно за <n> теста / Conþine suficient pentru <n> teste / <n> testleri için yeterli miktarda içerir

Negative control / Negativní kontrola / Negativ kontrol / Negatieve controle / Negatiivne kontroll / Negatiivinkontrolli / Contrôle négatif / Negative Kontrolle / Áñíçôéêüò Ýëåã÷ïò / Negatív kontroll / Controllo negativo / Neigiama kontrolë / Negativ kontroll / Kontrola ujemna / Controlo negativo / Negatívna kontrola / Control negativo / Отрицателен контрол / Etalon negativ / Negatif kontrol

Becton, Dickinson and Company BENEX Limited 7 Loveton Circle Bay K 1a/d, Shannon Industrial Estate Sparks, Maryland 21152 USA Shannon, County Clare, Ireland 800-638-8663 Tel: 353-61-47-29-20 Fax: 353-61-47-25-46

ATCC is a trademark of the American Type Culture Collection.Proclin is a trademark of Rohm and Haas Co.Alconox is a trademark of Alconox, Inc.CultureSwab is a trademark of Difco Laboratories, a subsidiary of Becton, Dickinson and Company.BD, BD Logo, BBL and BD ProbeTec are trademarks of Becton, Dickinson and Company. © 2006 BD