nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · osnova...

35
Nekovalentn´ ı interakce Jan ˇ Rez´ c UOCHB AV ˇ CR 31. ˇ ıjna 2017 Jan ˇ Rez´ c (UOCHB AV ˇ CR) Nekovalentn´ ı interakce 31. ˇ ıjna 2017 1 / 28

Upload: vongoc

Post on 24-Aug-2019

217 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Nekovalentnı interakce

Jan Rezac

UOCHB AV CR

31. rıjna 2017

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 1 / 28

Page 2: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Osnova

1 Teorie

2 Typy nekovalentnıch interakcı

3 Projevy v chemii

4 Vypocty a experiment

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 2 / 28

Page 3: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Teorie

Definice

Nekovalentnı interakce

Interakce molekul nebo castı molekuly vyjma kovalentnı vazby.

Drıve tez ”Slabe interakce”

Van der Waalsovy sıly - obecny termın pro interakci nenabitychmolekul

Potencialnı energie interakcı - sıla je derivace podle souradnic

Dulezita je zavislost E (rAB)

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 3 / 28

Page 4: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Teorie

Zakladnı sıly

Ktere (dve) elementarnı pusobı na elektrony v molekule?

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 4 / 28

Page 5: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Teorie

Zakladnı sıly - Elektrostaticka interakce

Coulombuv zakon

E =1

4πε

qiqjrij

Ruzne prıpady:

Nabite casticeDipol a vyssı elektrostaticke momentyIndukovany dipolOkamzity indukovany dipol - Londonova disperze

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 5 / 28

Page 6: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Teorie

Zakladnı sıly - Pauliho repulze

tez vymenna interakce (exchange interaction)

dusledek Pauliho principu (platı pro vsechmy fermiony)

(vlnova funkce musı byt antisymetricka vzhledem k vymene dvoucastic)

narust energie pri prekryvu orbitalu se stejnymi kvantovymi cısly

exponencialnı prubeh (prekryv orbitalu, radialnı cast exponencialnı)

nema analogii v klasicke mechanice

silnejsı nez pritazlive sıly, ale kratky dosah

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 6 / 28

Page 7: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Teorie

Zakladnı sıly - Pauliho repulze

tez vymenna interakce (exchange interaction)

dusledek Pauliho principu (platı pro vsechmy fermiony)

(vlnova funkce musı byt antisymetricka vzhledem k vymene dvoucastic)

narust energie pri prekryvu orbitalu se stejnymi kvantovymi cısly

exponencialnı prubeh (prekryv orbitalu, radialnı cast exponencialnı)

nema analogii v klasicke mechanice

silnejsı nez pritazlive sıly, ale kratky dosah

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 6 / 28

Page 8: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Teorie

Termodynamika

Zde se zabyvame jen vnitrnı (potencialnı) energiı

Realne systemy pri nenulove teplote

Ztrata translacnıch a rotacnıch stupnu volnostiMezimolekulove vibracnı modyPrumerovanı pres existujıcı konfiguraceStatisticke termodynamika

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 7 / 28

Page 9: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Interakce nabitych castic

Velmi silna (srovnatelna s kovalentnı vazbou)

Velky vliv prostredı

permitivita εspecificke interakce s molekulami rozpoustedla

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 8 / 28

Page 10: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Dipol-dipol

Neutralnı molekuly

Zavisı na orientaci - urcuje strukturu

Zavislost na vzdalenosti 1/r3

Nejjednodussı prıklad - halogenovodıky

Keesomovy sıly - termodynamicky prumer pri nenulove teplote

Zavislost na vzdalenosti 1/r6

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 9 / 28

Page 11: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Multipoly

Neutralnı, symetricke molekuly

Benzen vs. hexafluorobenzen

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 10 / 28

Page 12: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Indukce

Debyeova sıla, polarizace

Naboj nebo dipol indukuje dipoolovy moment v molekule kteranemusı mıt permanentnı dipolovy moment

Prıklad: FH ... Ar

Sıla interakce zavisı na polarizovatelnosti molekuly

Komplexnı vzajemne pusobenı ve slozitejsıch systemech

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 11 / 28

Page 13: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Jak se gekon udrzı na skle?

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 12 / 28

Page 14: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Jak se gekon udrzı na skle?

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 13 / 28

Page 15: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Londonova disperze

Interakce okamzitych dipolu pri korelovanem pohybu elektronu

E =C6

r6

Sıla interakce zavisı na polarizovatelnosti molekul

Univerzalnı pritazliva sıla, slaba ale pusobı vsude

Jedina pritazliva sıla v nepolarnıch systemech

10 kJ/mol benzen, uhlovodıky

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 14 / 28

Page 16: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Vodıkova vazba

Specificky typ elektrostaticke interakce

Castecne kovalentnı charakter

Presun elektronove hustoty z X-H vazebneho MO

Cerveny posuv ve vibracnım spektru

Dimer vody: 21 kJ/mol

HF−2 : 160 kJ/mol

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 15 / 28

Page 17: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Vodıkova vazba – dimer vody

∆E = 5.02kcal/mol = 21kJ/mol

(teckovane: hustota nizsı)

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 16 / 28

Page 18: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Vodıkova vazba – dimer vody

∆E = 5.02kcal/mol = 21kJ/mol

(teckovane: hustota nizsı)

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 16 / 28

Page 19: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Vodıkova vazba H-H

Muze existovat?

Divodıkova vazba

Vodıkova vazba mezi vodıky s kladnym a zapornym parcialnımnabojem

BH3 −HCl: 5 kJ/mol

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 17 / 28

Page 20: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Vodıkova vazba H-H

Muze existovat?

Divodıkova vazba

Vodıkova vazba mezi vodıky s kladnym a zapornym parcialnımnabojem

BH3 −HCl: 5 kJ/mol

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 17 / 28

Page 21: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Halogenova vazba

Interakce Cl, Br, I s elektronegativnımi atomy

Nehomogennı elektronova hustota, σ-dıra

az 20 kJ/mol

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 18 / 28

Page 22: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Typy nekovalentnıch interakcı

Vıcecasticove systemy

Nekovalentnı interakce jsou z velke casti aditivnı

Jen male zmeny elektronove struktury

Nejvetsı rozdıly - polarizace

Kooperativnı efekty

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 19 / 28

Page 23: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Termodynamika

Neidealnı chovanı(p +

a

v2)(V − b) = kT

Vylouceny objem bKoheznı tlak a

v2

Statisticka termodynamika

Konfiguracnı integral

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 20 / 28

Page 24: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Termodynamika

Neidealnı chovanı(p +

a

v2)(V − b) = kT

Vylouceny objem bKoheznı tlak a

v2

Statisticka termodynamika

Konfiguracnı integral

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 20 / 28

Page 25: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Intramolekularnı interakce

Urcujı a stabilizujı konformace flexibilnıch molekul

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 21 / 28

Page 26: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Biochemie

Struktura DNA

parovanı bazı - vodıkove vazvypatrove interakce - disperze

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 22 / 28

Page 27: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Biochemie

Struktura DNA

parovanı bazı - vodıkove vazvypatrove interakce - disperze

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 22 / 28

Page 28: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Biochemie

Struktura proteinu

sekundarnı struktura -vodıkove vazbydalsı urovne - ruzne interakce,disperze dulezita

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 23 / 28

Page 29: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Biochemie

Struktura proteinu

sekundarnı struktura -vodıkove vazbydalsı urovne - ruzne interakce,disperze dulezita

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 23 / 28

Page 30: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Biochemie

Mnoho procesu rızeno nekovalentnımi procesy

Proc?

reverzibilnı

stabilnı pri normalnı teplote,ale energeticky nenarocne

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 24 / 28

Page 31: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Biochemie

Mnoho procesu rızeno nekovalentnımi procesy

Proc?

reverzibilnı

stabilnı pri normalnı teplote,ale energeticky nenarocne

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 24 / 28

Page 32: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Projevy v chemii

Fyzikalnı chemie

Molekulove krystaly

Adsorpce

Materialy

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 25 / 28

Page 33: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Vypocty a experiment

Experiment

Prıme studium interakcı nenı jednoduche

Vibracnı excitace + detekce energie fragmentu

Neprımo - zmeny ve vibracnım spektru

Geometrie - rotacnı konstanty

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 26 / 28

Page 34: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Vypocty a experiment

Vypocty

Interakcnı energie - rozdıl energie komplexu a monomeru

∆Eint = E (AB) − E (A) − E (B)

Deformacnı energie - zmena geometrie monomeru

Experiment pri 0 K - enthalpie, vcetne energie nulove vibrace

D0 = ∆Hint = ∆Eint + ZPE

Disperze - jen post-HF metody, nebo empiricky

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 27 / 28

Page 35: Nekovalentn interakce - marge.uochb.cas.czmarge.uochb.cas.cz/~rezac/docs/fch3_2017/04.pdf · Osnova 1 Teorie 2 Typy nekovalentn ch interakc 3 Projevy v chemii 4 V ypo cty a experiment

Vypocty a experiment

Vypocty - dekompozice

Lze zıskat jednotlive komponenty:

ElektrostatikaVymenna interakceIndukceDisperze

Umoznuje kategorizaci interakcı

Jan Rezac (UOCHB AV CR) Nekovalentnı interakce 31. rıjna 2017 28 / 28