MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus equi subsp. zooepidemicus

MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus equi subsp. zooepidemicus

For each pair of adjacent genes on the same strand,we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features.Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

A tab-delimited list of all genes in the genomeA tab-delimited version of this tableA tab-delimited list of gene neighbor scoresPredictions for other genomesInformation about the method

ColumnDescriptionGene1VIMSS id of 1st gene in pairSysName1Systematic name of 1st gene in pairName1Ordinary name of 1st gene in pairGene2VIMSS id of 2nd gene in pairSysName2Systematic name of 2nd gene in pairName2Ordinary name of 2nd gene in pairbOpWhether the pair is predicted to lie in the same operon or notpOpEstimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.SepDistance between the two genes, in base pairsMOGScoreConservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)GOScoreSmallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterizedCOGSimWhether the genes share a COG category or notExprSimCorrelation of expression patterns (not available for most genomes)

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