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ｄｏｉ：１０３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２－５５６５．２０１３．０２．１０

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Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ａｔｈｒｅｅ－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｐｏｒｃｉｎｅＡｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅＩ（ｐＡＣＹ１）ｗａｓｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｂｙｈｏｍｏｌｏｇｙｍｏｄｅｌｌｉｎｇ．Ｔｈｅｍｏｄｅｌｓａｆｔｅｒｅｎｅｒｇｙｍｉｎｉｚａｔｉｏｎｗｅｒｅｕｎｄｅｒｔｈｅｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｙｎａｍｉｃｓ（ＭＤ）ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎａｎｄｒａｔｉｏｎａｌｅｖａｌｕａｔｉｏｎ．５０ｍｏｄｅｌｓｗｅｒｅｂｕｉｌｄｅｄｂｙｈｏｍｏｌｏｇｙｍｏｄｅｌｌｉｎｇ．Ａｍｏｎｇｔｈｅｍｔｈｅｂｅｓｔｔｗｏｍｏｄｅｌｓ（ｍｏｄｅｌＡ，Ｂ）ｗｅｒｅｃｈｏｏｓｅｄｂｙＰＲＯＣＨＥＣＫａｎｄｗｅｒｅｆｕｔｈｅｒｒｅｆｉｎｅｄｂｙｅｎｅｒｇｙｍｉｎｉｚａｔｉｏｎ．ＴｈｅｒｅｆｉｎｅｄｍｏｄｅｌｓｗｅｒｅｓｉｇｎｅｄａｓｍｏｄｅｌＡ１ａｎｄｍｏｄｅｌＢ１ｆｒｏｍｍｏｄｅｌＡａｎｄｍｏｄｅｌＢｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．ＭｏｄｅｌＢ１ｈａｓｔｈｅｂｅｔｔｅｒｓｔａｂｌｉｔｉｙｔｈａｎｍｏｄｅｌＡ１ｄｕｒｉｎｇＭＤｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ．ＴｈｅｅｖａｌｕａｔｉｏｎｓｉｌｌｕｓｔｒａｔｅｄｍｏｄｅｌＢ１ｗａｓａｒｅａｓｏｎａｂｌｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅｂｙＰＲＯＣＨＥＣＫ，ＰｒｏＳａａｎｄＷＨＡＴＩＦ．Ｗｅｇｅｔａｒｅａｓｏｎａｂｌｅ３ＤｓｔｒｕｃｕｒｅｏｆｐＡＣＹ１，ｗｈｉｃｈｃｏｕｌｄｂｅｆｕｒｔｈｅｒａｐｐｌｉｅｄｔｏｓｔｕｄｙｔｈｅｒｅｌａｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎｏｆｐＡＣＹ１．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ１；ＨｏｍｏｌｏｇｙＭｏｄｅｌｉｎｇ；ＥｎｅｒｇｙＭｉｎｉｚａｔｉｏｎ；ＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｙｎａｍｉｃｓＳｉｍｕｌａｔｉｏｎ

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１Ｑ７ＬｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｔｈｅｃｈａｉｎｓＡ，ＢａｎｄＣ，Ｄ．１ＶＧＹｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓｔｈｅｃｈａｉｎｓＡ，Ｂ．Ｔｈｅｄｅｌｅｔｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎ１Ｑ７Ｌａｒｅｉｎｄｉｃａｔｅｄｉｎｉｔａｌｉｃｓ

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Ｂ ９１．７ ７．６ ０．４ ０．２ －０．０６ －０．４７ －０．２１

Ａ１ａ ８９．２ ９．２ １．５ ０．１ －０．１８ ０．０４ －０．１０

Ｂ１ａ ９０．５ １．３ ０．２ ０ －０．１５ ０．０４ －０．０８

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Ｆｉｇ２　ＥｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆｔｈｅｄｉｍｅｒｉｃｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｐＡＣＹ１ｄｕｒｉｎｇＭＤｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ

Ｎｏｔｅｓ：ＲＭＳＤｓｆｒｏｍｔｈｅｓｔａｒｔｉｎｇｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｓｆｏｒｔｈｅＭｏｄｅｌｓＡ１ａｎｄＢ１ａｒｅｓｈｏｗｎｏｎｔｈｅｐｌｏｔｓ（ａ）ａｎｄ（ｂ），ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｖａｌｕｅｓ

ｆｏｒｔｈｅｍｏｎｏｍｅｒｓａｎｄｔｈｅｗｈｏｌｅｄｉｍｅｒａｒｅｉｎｄｉｃａｔｅｄｂｙｇｒａｙａｎｄｂｌａｃｋｌｉｎｅｓ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ

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Ｆｉｇ３　ＲａｍａｃｈａｎｄｒａｎｐｌｏｔｔｈｅΨ／ΦｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｏｆＭｏｄｅｌＢ１

Ｎｏｔｅｓ：ｐｒｏｄｕｃｅｄｂｙＰＲＯＣＨＥＣＫ．９０．５％ ｒｅｓｉｄｕｅｓａｒｅｉｎｍｏｓｔｆａｖｏｒｅｄｒｅｇｉｏｎｓ；

８．３％ ｒｅｓｉｄｕｅｓａｒｅｉｎａｄｄｉｔｉｏｎａｌａｌｌｏｗｅｄｒｅｇｉｏｎｓ；

１．２％ ｒｅｓｉｄｕｅｓａｒｅｉｎｇｅｎｅｒａｌｒｅｇｉｏｎｓ

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Ｆｉｇ４　ＰｒｏＳａｅｎｅｒｇｙｐｒｏｆｉｌｅｓｃａｌｃｕｌａｔｅｄｆｏｒＭｏｄｅｌＡ１，Ｂ１

Ｎｏｔｅｓ：Ｔｈｅｖａｌｕｅｏｆｅｎｅｒｇｙｓｈｏｕｌｄｂｅｕｎｄｅｒ０ｆｏｒａｒｅｌｉａｂｌｅｍｏｄｅｌ．Ｂｏｌｄｌｉｎｅ：

ＰａｉｒｅｎｅｒｇｙｇｒａｐｈｓｏｆＭｏｄｅｌＡ１；Ｄｏｔｔｅｄｌｉｎｅ：

ＰａｉｒｅｎｅｒｇｙｇｒａｐｈｓｏｆＭｏｄｅｌＢ１

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Ｆｉｇ５　ＷＨＡＴＩＦｑｕａｌｉｔｙｃｏｎｔｒｏｌｖａｌｕｅｓｃａｌｃｕｌａｔｅｄｆｏｒＭｏｄｅｌＢ１

Ｎｏｔｅｓ：Ｔｈｅｓｃｏｒｅｓｓｈｏｕｌｄｂｅａｂｏｖｅª

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Ｆｉｇ６　ＲｉｂｂｏｎｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｏｆｔｈｅｆｉｎａｌｐＡＣＹ１ｍｏｄｅｌ

Ｎｏｔｅｓ：ＴｈｅｂａｃｋｂｏｎｅｏｆＭｏｄｅｌＢ１ｉｓｃｏｌｏｒｅｄｂｙｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｔｈｅｚｉｎｃｉｏｎｉｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄａｓｔｈｅｒｅｄｓｐｈｅｒｅ．

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（Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ）［１］　Ｍｉｔｔａ，Ｍ．，Ｋａｔｏ，Ｉ．，Ｔｓｕｎａｓａｗａ，Ｓ．Ｔｈｅｍｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆ

ｈｕｍａｎａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ１［Ｊ］．ＢｉｏｃｈｉｍｉｃａｅｔＢｉｏｐｈｙｓｉｃａＡｃｔａ，

１９９３，１１７４：２０１２０３．

［２］　Ｔｓｕｎａｓａｗａ，Ｓ．Ｄｏｅｓｕｎｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄｓｕｒｖｉｖａｌｏｆａｃｅｔｙｌａｔｅｄｐｅｐｔｉｄｅｓ

ｌｅａｄｔｏｃｅｌｌｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ？ＤｅｌｅｔｉｏｎｏｆＮｔｅｒｍｉｎａｌｄｅａｃｅｔｙｌａｔｉｎｇｓｙｓ

ｔｅｍｆｏｒｐｒｏｔｅｉｎ／ｐｅｐｔｉｄｅｉｎｓｍａｌｌｌｕｎｇｃａｒｃｉｎｏｍａｃｅｌｌｓ［Ｊ］．Ｊ．

Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．，１９９２，１２０：５０５５０６．

［３］　 Ｓｃａｌｏｎｉ，Ａ．，Ｊｏｎｅｓ，Ｗ．Ｍ．，Ｐｏｓｐｉｓｃｈｉｌ，Ｍ．，Ｓａｓｓａ，Ｓ．，

Ｓｃｈｎｅｅｗｉｎｄ，Ｏ．，Ｐｏｐｏｗｉｃｚ，ＡＭ．，Ｂｏｓｓａ，Ｆ．，Ｇｒａｚｉａｎｏ，ＳＬ．，

Ｍａｎｎｉｎｇ，ＪＭ．Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙｏｆａｃｙｌｐｅｐｔｉｄｅｈｙｄｒｏｌａｓｅｉｎｓｍａｌｌｃｅｌｌ

ｌｕｎｇｃａｒｃｉｎｏｍａｃｅｌｌｌｉｎｅｓ［Ｊ］．Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．，１９９２，

１２０：５４６５５２．

［４］　Ｍａｃｅｙｋａ，Ｍ．，Ｎａｖａ，Ｖ．Ｅ．，Ｍｉｌｓｔｉｅｎ，Ｓ．，Ｓｐｉｅｇｅｌ，Ｓ．Ａｍｉｎｏ

ａｃｙｌａｓｅ１ｉｓａｓｐｈｉｎｇｏｓｉｎｅｋｉｎａｓｅ１ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎ［Ｊ］．ＦＥＢＳ

Ｌｅｔｔｅｒｓ，２００４，５６８：３０３４．

［５］　Ｓａｓｓ，Ｊ．Ｏ．，Ｏｌｂｒｉｃｈ，Ｈ．，Ｍｏｈｒ，Ｖ．Ｏ．，Ｈａｒｔ，Ｃ．，Ｗｏｌｄｓｅｔｈ，

Ｂ．，Ｋｒｙｗａｗｙｃｈ，Ｓ．，Ｂｊｕｒｕｌｆ，Ｂ．，Ｌａｋｈａｎｉ，ＰＫ．，Ｂｕｃｈｄａｈｌ，

ＲＭ．，Ｏｍｒａｎ．Ｈ．Ｎｅｕｒｏｌｏｇｉｃａｌｆｉｎｄｉｎｇｓｉｎａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ１ｄｅｆｉ

ｃｉｅｎｃｙ［Ｊ］．Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００７，６８：２１５１２１５３．

［６］　ＴｙｌｋｉＳｚｙｍａｎｓｋａ，Ａ．，Ｇｒａｄｏｗｓｋａ，Ｗ．，Ｓｏｍｍｅｒ，Ａ．，Ｈｅｅｒ，

Ａ．，Ｗａｌｔｅｒ，Ｍ．，Ｒｅｉｎｈａｒｄ，Ｃ．，Ｏｍｒａｎ，Ｈ．，Ｓａｓｓ，ＪＯ．，Ｊｕ

ｒｅｃｋａ，Ａ．Ａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ１ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈａｕｔｉｓｔｉｃｂｅ

ｈａｖｉｏｒ［Ｊ］．ＪＩｎｈｅｒｉｔＭｅｔａｂＤｉｓ．，２０１０，３３：１４

［７］　Ｓｏｍｍｅｒ，Ａ．，Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎ，Ｅ．，Ｓｃｈｗｅｎｇｅｒ，Ｓ．，Ｓｅｕｌ，Ｒ．，

Ｈａａｓ，Ｄ．，Ｏｌｂｒｉｃｈ，Ｈ．，Ｏｍｒａｎ，Ｈ．，Ｓａｓｓ，ＪＯ．Ｔｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒ

ｂａｓｉｓｏｆａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ１ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ［Ｊ］．ＢｉｏｃｈｉｍｉｃａｅｔＢｉｏｐｈｙｓｉｃａ

Ａｃｔａ，２０１１，１８１２：６８５６９０．

［８］　Ｈｅｅｓｅ，Ｄ．，Ｂｅｒｇｅｒ，Ｓ．，ＲｈｍＫ．Ｈ．Ｎｕｃｌｅａｒｍａｇｎｅｔｉｃｒｅｌａｘａｔｉｏｎ

ｓｔｕｄｉｅｓｏｆｔｈｅｒｏｌｅｏｆｔｈｅｍｅｔａｌｉｏｎｉｎＭ２＋ｎ ｓｕｂｔｉｔｕｔｅｄａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ

１［Ｊ］．Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９０，１８８：１７５１８０．

［９］　Ｔａｎｇ，Ｚ．Ｙ．，Ｙｕ，Ｊ．Ｙ．，Ｚｈｏｕ，Ｑ．，Ｈｅ，Ｂ．，Ｗａｎｇ，ＺＦ．，

Ｚｈｏｕ，ＨＭ．Ｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｈｏｌｏａｎｄａｐｏａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ

ｆｒｏｍｐｒｅｄｉｃａｔｉｏｎ，ｃｉｒｃｕｌａｒｄｉｃｈｒｏｉｓｍ，ａｎｄｆｔｒａｍａｎｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ

［Ｊ］．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９５，１１８：７０６７０９．

［１０］　Ｚｈａｏ，ＨＹ．，Ｍｅｎｇ，ＷＹ．，Ｌｉｎ，ＺＪ．，ＺｈｏｕＨＭ．Ｃｒｙｓｔａｌｌｉｚａｔｉｏｎ

ａｎｄｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙＸｒａｙｓｔｕｄｉｅｓｏｆｐｏｒｃｉｎｅｋｉｄｎｅｙａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ１

［Ｊ］．ＣｈｉｎｅｓｅＳｃｉｅｎｃｅＢｕｌｌｅｔｉｎ，１９９７，４２：１７５０１７５２．

［１１］　Ｌｉｎｄｎｅｒ，Ｈ．，Ｌｕｎｉｎ，Ｖ．Ｖ．，Ａｌａｒｙ，Ａ．，Ｈｅｃｋｅｒ，Ｒ．，Ｃｙｇｌｅｒ，

Ｍ．，Ｍéｎａｒｄ，Ｒ．Ｅｓｓｅｎｔｉａｌｒｏｌｅｓｏｆｚｉｎｃｌｉｇａｔｉｏｎａｎｄｅｎｚｙｍｅｄｉｍ

ｅｒｉｚａｔｉｏｎｆｏｒｃａｔａｌｙｓｉｓｉｎｔｈｅａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ１／Ｍ２０ｆａｍｉｌｙ［Ｊ］．Ｊ．

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ＡｃｙｌＢｉｎｄｉｎｇＰｏｃｋｅｔｏｆＡｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ１［Ｊ］．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，

２００８，４７：４２６６４２７５．

［１３］　Ｌａｒｋｉｎ，ＭＡ．，Ｂｌａｃｋｓｈｉｅｌｄｓ，Ｇ．，Ｂｒｏｗｎ，ＮＰ．，Ｃｈｅｎｎａ，Ｒ．，

ＭｃＧｅｔｔｉｇａｎ，ＰＡ．，ＭｃＷｉｌｌｉａｍ，Ｈ．，Ｖａｌｅｎｔｉｎ，Ｆ．，Ｗａｌｌａｃｅ，

ＩＭ．，Ｗｉｌｍ，Ａ．，Ｌｏｐｅｚ，Ｒ．，Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，ＪＤ．，Ｇｉｂｓｏｎ，ＴＪ．，

Ｈｉｇｇｉｎｓ，ＤＧ．ＣｌｕｓｔａｌＷａｎｄＣｌｕｓｔａｌＸｖｅｒｓｉｏｎ２．０［Ｊ］．Ｂｉｏｉｎ

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ｃｏｌｓ，２００９，４：３６３３７１．

［１５］　Ｌａｓｋｏｗｓｋｉ，ＲＡ．，ＭａｃＡｒｔｈｕｒ，ＭＷ．，Ｍｏｓｓ，ＤＳ．，Ｔｈｏｒｎｔｏｎ，

４３１!

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ＪＭ．ＰＲＯＣＨＥＣＫ：ａｐｒｏｇｒａｍｔｏｃｈｅｃｋｔｈｅｓｔｅｒｅｏｃｈｅｍｉｃａｌｑｕａｌｉｔｙ

ｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ［Ｊ］．Ｊ．Ａｐｐ．Ｃｒｙｓｔ．，１９９３，２６：２８３２９１．

［１６］　Ｗａｎｇ，Ｊ．，Ｃｉｅｐｌａｋ，Ｐ．，Ｋｏｌｌｍａｎ，ＰＡ．Ｈｏｗｗｅｌｌｄｏｅｓａｒｅ

ｓｔｒａｉｎｅｄｅｌｅｃｔｒｏｓｔａｔｉｃｐｏｔｅｎｔｉａｌ（ＲＥＳＰ）ｍｏｄｅｌｐｅｒｆｏｒｍｉｎｃａｌｃｕ

ｌａｔｉｎｇｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌｅｎｅｒｇｉｅｓｏｆｏｒｇａｎｉｃａｎｄｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｍｏｌｅ

ｃｕｌｅｓ？［Ｊ］．Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ．，２０００，２１：１０４９１０７４．

［１７］　Ｐａｎｇ，Ｙ．Ｐ．，Ｘｕ，Ｋ．，Ｙａｚａｌ，ＪＥ．，Ｐｒｅｎｄｅｒｇａｓ，ＦＧ．Ｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌ

ｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｙｎａｍｉｃｓｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｏｆｔｈｅｚｉｎｃｂｏｕｎｄｆａｒｎｅｓｙｌｔｒａｎｓ

ｆｅｒａｓｅｕｓｉｎｇｔｈｅｃａｔｉｏｎｉｃｄｕｍｍｙａｔｏｍａｐｐｒｏａｃｈ［Ｊ］．ＰｒｏｔｅｉｎＳｃｉ

ｅｎｃｅ，２０００，９：１８５７１８６５．

［１８］　Ｗｉｅｄｅｒｓｔｅｉｎ，Ｍ．，Ｓｉｐｐｌ，ＭＪ．ＰｒｏＳＡｗｅｂ：ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅｗｅｂｓｅｒｖ

ｉｃｅｆｏｒｔｈｅｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｏｆｅｒｒｏｒｓｉｎｔｈｒｅｅｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓｏｆ

ｐｒｏｔｅｉｎｓ［Ｊ］．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，２００７，３５：Ｗ４０７Ｗ４１０．

［１９］　Ｖｒｉｅｎｄ，Ｇ．Ａｍｏｌｅｃｕｌａｒｍｏｄｅｌｉｎｇａｎｄｄｒｕｇｄｅｓｉｇｎｐｒｏｇｒａｍ［Ｊ］．

Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈ．，１９９０，８：５２５６．

［２０］　Ｐｉｔｔｅｌｋｏｗ，Ｓ．，Ｌｉｎｄｎｅｒ，Ｈ．，Ｒｈｍ，ＫＨ．Ｈｕｍａｎａｎｄｐｏｒｃｉｎｅ

ａｍｉｎｏａｃｙｌａｓｅ１ｏｖｅｒｐｒｏｄｕｃｅｄｉｎａｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｖｅｃｔｏｒ

ｓｙｓｔｅｍ：ｅｖｉｄｅｎｃｅｆｏｒｓｔｒｕｃｔｕｒａｌａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｄｅｎｔｉｔｙｗｉｔｈｅｎ

ｚｙｍｅｓｉｓｏｌａｔｅｄｆｒｏｍｋｉｄｎｅｙ［Ｊ］．ＰｒｏｔｅｉｎＥｘｐｒ．Ｐｕｒｉｆ．，１９９８，

１２：２６９２７６．

［２１］　Ｂｉａｇｉｎｉ，Ａ．，Ｐｕｉｇｓｅｒｖｅｒ，Ａ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅａｍｉｎｏａｃｙ

ｌａｓｅ１ｆａｍｉｌｙ．Ａｎｅｗｐｒｏｐｏｓｅｄｓｉｇｎａｔｕｒｅｆｏｒｍｅｔａｌｌｏｅｘｏｐｅｐｔｉｄａｓｅｓ

［Ｊ］．Ｃｏｍｐ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．ＰａｒｔＢ，２００１，１２８：４６９４８１．

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