isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

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T AXOL (PACLITAXEL) É uma das drogas mais potentes e mais bem sucedidas comercialmente; Isolada da casca do teixo; 2 até 4 árvores adultas para extração de dosagem para 1 pessoa Limitações por síntese química devido à complexidade estrutural (levedura e bactéria)

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Page 1: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

TAXOL (PACLITAXEL)

É uma das drogas mais potentes e mais bem

sucedidas comercialmente;

Isolada da casca do teixo;

2 até 4 árvores adultas para extração de dosagem para

1 pessoa

Limitações por síntese química devido à complexidade

estrutural (levedura e bactéria)

Page 2: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli
Page 3: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

TAXOL (PACLITAXEL)

É uma das drogas mais potentes e mais bem

sucedidas comercialmente;

Isolada da casca do teixo;

2 até 4 árvores adultas para extração de dosagem para

1 pessoa

Limitações por síntese química devido à complexidade

estrutural

Outros estudos: ↑expressão do módulo upstream

Baixo rendimento (10mg/L)

Via metabólica de taxol → Via de isoprenóides

Nativa em E. coli (Upstream module)

Parte heteróloga (Downstream module)

Page 4: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ESQUEMA PARA PRODUÇÃO BIOSSINTÉTICA DE

TAXOL

Page 5: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ESQUEMA PARA PRODUÇÃO BIOSSINTÉTICA DE

TAXOL

Page 6: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

MULTIVARIATE-MODULAR PATHWAY

ENGINEERING

Idéia: Dividir a via em pequenos módulos e variar

simultaneamente a expressão desses módulos.

Objetivo: Achar o balanço ótimo para a via.

Retirar a idéia de aumento linear da produção.

Page 7: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

CONSTRUÇÃO DE BIOBRICKS

Operon dxs-idi-ispDF

Operon GT ou TG

Promotor dxs idi ispD ispF

GGPP

Synthase

Taxadiene

SynthasePromotor

Page 8: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli
Page 9: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

BIOBRICKS CONSTRUÍDOS

Page 10: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ABORDAGEM MODULAR MULTIVARIADA

Força

Número de

cópias/plasmídeos

Trc

T5

T7

Page 11: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ABORDAGEM MODULAR MULTIVARIADA 1/3

Linhagem K12MG1655 ΔrecA

ΔendA

1 cópia no cromossomo

5 cópias do plasmídeo

10 cópias do plasmídeo

20 cópias do plasmídeo

Promotor Trc Promotor T5

Estirpe pronta!

(Total = 16)

Page 12: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ABORDAGEM MODULAR MULTIVARIADA 1/3

↑ Upstream module

─ Downstream module

ECh1TrcMEP = ↑ 20.000 vezes

Via nativa de MEP

Page 13: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ABORDAGEM MODULAR MULTIVARIADA 1/3

─ Upstream module

↑ Downstream module

GT ou TG aumento = ↑ 2 a 3 vezes

Page 14: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

Conclusão: Um controle mais fino e acurado

dos módulos upstream e downstream podem

gerar mudanças substanciais na expressão

de taxol.

Page 15: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ABORDAGEM MODULAR MULTIVARIADA 2/3

Linhagem K12MG1655 ΔrecA ΔendA

com o gene DE3 T7 RNA polimerase no

cromossomo

1 cópia no cromossomo

5 cópias do plasmídeo

10 cópias do plasmídeo

20 cópias do plasmídeo

Promotor Trc Promotor T5

Estirpe pronta!

(Total = 8)

Promotor T7

Page 16: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ABORDAGEM MODULAR MULTIVARIADA 2/3

“Resposta monótona”

Manutenção dos níveis

máximos de taxadiene.

Page 17: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ABORDAGEM MODULAR MULTIVARIADA 3/3

Linhagem K12MG1655 ΔrecA ΔendA

com o gene DE3 T7 RNA polimerase no

cromossomo

1 cópia no cromossomo

5 cópias do plasmídeo

10 cópias do plasmídeo

20 cópias do plasmídeo

Promotor Trc Promotor T5

Estirpe pronta!

(Total = 8)

Promotor T7

Baixa expressão

da via MEP

Page 18: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ABORDAGEM MODULAR MULTIVARIADA 3/3

Esse aumento pode

estar atribuído à

diminuição da carga

metabólica celular.

EDE3Ch1TrcMEPp5T7TG

Page 19: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

QUANTIFICAÇÃO DO MRNA

25 à 32, 17 e 22 (estirpes que mais produziram

taxadiene)

Dxs (upstream pathway)

Taxadiene synthase (downtream pathway)

Houve correlação entre o nível de RNA e os níveis da

via.

Page 20: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ANÁLISE METABÓLICA

Através de GC-MS foi identificado uma substância

(Indol) que inibe a síntese de taxadiene;

A estirpe 26 foi severamente inibida.

Page 21: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

EFEITO NO CRESCIMENTO CELULAR

Fig. 6. Effect of externally-introduced indole on cell growth for engineered strains of E. coli.

Data are mean +/- SD for three replicates. Strains devoid of the downstream pathway and

with different strengths of the upstream pathway (1, 2, 6, 21, 40 and 100) were selected.

Strain 26, the high taxadiene producer, exhibits the strongest inhibition.

Page 22: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

CRESCIMENTO EM BIORREATORES

Crescimento em batelada das 3 estirpes que mais

produziram taxadiene (22, 17, 26)

~60mg/L, ~125mg/L, ~300mg/L

Posteriormente foi feito um crescimento em meio

definido com alimentação controlada de glicerol.

Page 23: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

ESTIRPES USADAS PARA CRESCIMENTO EM

BIORREATOR

Page 24: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

CRESCIMENTO EM BATELADA

Page 25: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

OXIDATION-CHEMISTRY OF TAXOL

BIOSYNTHESIS

Taxadiene 5α hydroxylase → CYP450

Problemas: falta de maquinaria de transferência de

elétrons, CYP450 reductase e falta de um retículo

endoplasmático.

Page 26: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

CRIAÇÃO DE ENZIMAS QUIMÉRICAS

Resultado: Produção de 3 quimeras.

At8T5aOH-tTCPR

At24T5aOH-tTCPR

At42T5aOH-tTCPR

Page 27: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

REDUÇÃO NA PRODUÇÃO DE TAXADIENE

Principais fatores da redução:

Introdução de novo plasmídeo

Elevada produção de álcool (2.400x maior que em

leveduras)

Page 28: Isoprenoid pathway optimization for taxol precursor overproduction in escherichia coli

CONCLUSÕES

Foi possível construir uma via metabolicamente

viável para formação dos precursores IPP e

DMAPP;

Carotenóide, sesquiterpenóide e diterpenóide

Indole inibe a atividade da via de isoprenóides;

Utilização da abordagem modular multivariada para

o controle fino da via;

Possível utilizar a mesma abordagem para

continuar produzindo enzimas quiméricas para o

restante da via;