irene villalta josé maría jiménez , josé miguel martínez-zapater … · 2011. 11. 3. · hacia...
TRANSCRIPT
-
Hacia el establecimiento de
una conexión fenotipo-genotipo
en tomate
Irene Villalta1
José María Jiménez2, José Miguel Martínez-Zapater2
Emilio Carbonell1 & María J. Asins1
1. IVIA, Apdo. Oficial, 46113 Moncada (Valencia)
2. CNB-UAM, Cantoblanco, 28049 Madrid
-
L. pimpinellifolium
L. cheesmanii
(P population)
(C population)L. esculentum var. cerasiforme x
....
F1 self-pollination
F2 self-pollination
RIL1 RIL2 RIL3 RILnRIL3
F7
-
“The killing tomatoes”
-
L. esculentum x
L. cheesmanii
C population117 lines
L. esculentum x
L. pimpinellifolium
P population142 lines
-
VENTAJAS DE LAS POBLACIONES DE RILs
• CADA LÍNEA, UN GENOTIPO QUE SE PUEDE EVALUAR PARA TANTOS CARACTERES, MOLÉCULAS Y CONDICIONES COMO SE NECESITE
• MÍNIMA DISTANCIA ENTRE PUNTOS DE RECOMBINACIÓN (CARTOGRAFÍA FINA)
• HACE POSIBLE ESTUDIOS GXE Y AXA• MÁXIMA INFORMACIÓN DE VARIACIÓN
GENÉTICA (NATURAL) PARA UN MISMO TAMAÑO DE FAMILIA
-
SSRW9_180SSR13_6000
SSR41_20021
SSRW75_17532
CT167_53053 SSRW26_75054SSRW44_70057 SSR30_30059
P1
SSRW136_1480
SSRW223_8009
SSR41_20023
SSRW75_17530
C1
SSR12_7500SSRW92_1802
CT233_17007
SSR12_1400
SSR9_22012
SSRW26_17521
CT156_87026
SSRW104_90038SSRW66_20041TG30_32044
CT143_42054 SSRW11_515CT283_83055SSR22_95057
SSR12_1400
TG48_3503
SSRW26_17512
SSRW356_28025
P2 C2
CT283_2900
SSR3_22012
SSR19_900SSRW19_40019SSR11_90020CT167_340SSR24_25021SSR6_18023
SSR14_18031SSR10_13033
SSRW11_6500
SSRW70_31510SSRW356_23011SSR6_18013CT211_53014SSRW19_40015
SSR24_250
17
SSR10_13021
SSR14_18023
P3 C3
P4 C4
21
25
37383940414243
C6bCT141_3200
SSR22_2002
SSRW19_7505
SSRW47_2206
SSRW565_3107
SSRW26_950
CT283_7007
SSRW11_490CT167_800
SSR5_220
SSRW306_450CT141_320SSR22_200TG16_380SSRW19_750SSRW47_220CT176_280SSRW47_285CT283_500
SSRW350_298SSRW350_2980
CT206_2905
SSRW26_9515
P6 C6a
SSRW244_550
SSRW45_2800
SSR24_5106
SSRW565_39612
TG35_506SSR33_90031 SSR22_530SSRW356_90032 SSR12_83033
SSRW285_29044
SSRW108_16059
SSR24_7500
SSRW45_28010
SSR16_39617SSRW565_39622
SSR23_39647SSRW19_760SSR41_800SSR1_800TG43_130048SSR20_700SSRW306_340SSR30_52049SSRW26_50050 SSR34_75052SSR22_34461
SSRW285_29072SSRW241_20073
SSRW108_16087
P7 C7 CT149b_2500
SSRW38_25015SSRW594_31016 SSRW63_24017 SSRW92_50019
SSRW344_75028
SSRW47_28045 SSR37_1200SSR26_34446SSR22_325SSR37_530SSR13_46648 SSR13_298SSRW318_50049 SSRW15_192SSRW19_120050CD40_70056SSRW244_22057
SSRW344_29866
SSRW38_2500
SSRW63_2403
SSRW344_7509
SSR33_160016SSRW70_500SSRW28_37019CT156_770SSR27_101520 CT211_65021TG15_90022CD40_70024SSRW244_22025
SSRW344_29839
P8 C8 SSRW70_1200
SSRW69_1304
SSRW104_29013 SSRW28_175
15 TG16_50716 SSR20_34017 SSR27_600CT167_65018SSR13_29019 SSRW19_22020CT206_87021 SSRW19_19022
SSR42_18049
P9 C9SSR38_1540
SSRW69_13012
SSRW19_220SSRW104_290SSR19_19024 SSR30_450SSRW565_98025
SSRW383_27037
SSR42_18055
CT156_8500
SSRW11_6003
SSRW248_2706
CD40_5309SSR24_85010
SSR29_25019
12
SSR16_6000SSRW450_490CT156_850TG16_1000CT156_3441
SSRW248_2702
SSR24_8507
SSR29_250
SSRW223_230SSRW74_2400
SSRW74_2400
SSRW223_2301
P10 C10 SSRW76_2300
SSR35_420SSRW244_310 15SSRW63_530SSR1_175 16CT234_320TG16_80017SSR20_52018
SSRW20_7200
TG30_32019
SSRW104_56031
SSRW344_46039SSRW104_55042
SSR1_17548TG16_80050 TG35_51452
SSRW46_34057SSRW46_27560
P11 C11
SSRW43_4500SSRW43_2401
TG43_60010CT206_40011CT156_36512TG43_75013SSR31_13014SSRW306_31015SSRW565_30016
SSRW94_19019
TG15_48025
TG43_7500
SSR31_130SSRW450_310SSRW306_3101
CT118_3300
TG69_62010
SSRW43_460SSRW344_430
12
SSR21_90015
SSR35_29817
SSR27_4800
SSRW344_430TG69_6004 SSR21_9005SSR17_3206SSR35_2988
SSR27_31026
SSRW115_24038
SSR36_3200
SSRW223_37017SSR22_1018TG69_950CT167_650SSRW44_25019 CT156_1200SSRW94_45020CT176_29621
TG16_53023
P12C12
TG16_4400
TG48_5102
SSR30_3754
TG48_3406
C13CT206_16360
SSRW223_7009
C14
SSRW20_1600
CT156_12001
TG69_6002
SSR33_3963
SSRW44_2504
SSR22_517TG69_9505
SSR22_1018SSRW28_4406
TG16_5309
CT118_470
P5 C5
-
0
1
2
3
4
5
SSRW350_298
SSRW26_95
CT283_700
SSRW11_490
CT167_800
SSR5_220
SSRW306_450
CT141_320
SSR22_200
TG16_380
SSRW19_750
SSRW47_220
CT176_280
SSRW47_285
CT283_500
Map (cM)
0
1
2
3
4
5
6
SSR12_140
SSR9_220
SSRW26_175
CT156_870
SSRW104_900
SSRW66_200
TG30_320
CT143_420
SSRW11_515
CT283_830
SSR22_950
Map (cM)
0
1
2
3
4
5
SSR12_140
SSR9_220
SSRW26_175
CT156_870
SSRW104_900
SSRW66_200
TG30_320
CT143_420
SSRW11_515
CT283_830
SSR22_950
Map (cM)
-
GENES CANDIDATOS ASOCIADOS CON TIEMPO DE FLORACIÓN
Control
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 390
5
10
15
20
25
30
Salinity
0
5
10
15
20
B5 B1
B8
SALINIDAD CONTROL
Menos días hasta floración más frutos
-
GC GC2
GC1 (B5)
SALINIDAD CONTROL
GC6 (B1)GC2aGC3a (B8)
-
EPISTASIAS ENTRE GENES CANDIDATOS PARA TIEMPO DE
FLORACIÓN EN CONTROLSALINIDAD
SL
GC1GC2aGC3a
GC5b
GC4GC3b
GC5a
GC2aGC3a GC2b
GC5b
GC2c
GC4GC3b
GC5a
FW FW
FW
SLFW
SLFW
FN FNGC6
GXERW
-
¿Y A CONTINUACIÓN QUÉ?
• CLONACIÓN Y SECUENCIACIÓN DE POLIMORFISMOS RELEVANTES
• MISMO ESTUDIO EN POBLACION P (COMPROBACIÓN EN MUESTRA INDEPENDIENTE)
• ANÁLISIS DE EXPRESIÓN DE SECUENCIAS CONCRETAS
• ...
-
AGRADECIMIENTOS• JESÚS CUARTERO Y M. CARMEN
BOLARÍN DEL CSIC
• PERSONAL DEL LAB E INVERNADERO (PLACI, PEPE, JAIME)
• SERVICIO DE SECUENCIACIÓN DEL IBMCP (EUGENIO GRAU)
• GUILLERMO BERNET
VENTAJAS DE LAS POBLACIONES DE RILs