Homologi Urutan Nukleotida DNA Mitokondria pada Fragmen D-Loop dari Lapisan Endoderm

Homologi Urutan Nukleotida DNA Mitokondria pada Fragmen D-Loop dari Lapisan Endoderm

Adritia Suci Wijayanti10506103

Adritia Suci Wijayanti10506103

Pembimbing: Achmad Saifuddin Noer, Ph.DPembimbing: Achmad Saifuddin Noer, Ph.D

1/201/20

Agenda Presentasi

More Free PowerPoint Templates at SmileTemplates.com26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan

Metode

Hasil

Pembahasan

Kesimpulan

2/20

Pendahuluan

• Pengungkapan kasus kriminal forensik DNA

• Belum dilaporkan ada tidaknya perbedaan urutan nukleotida mtDNA pada berbagai jaringan.

3/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Tujuan

Menganalisis homologi urutan

nukleotida DNA mitokondria pada

fragmen D-Loop dari lapisan

endoderm pada 2 jaringan, yaitu

usus halus dan pankreas yang

berasal dari satu individu.4/204/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Embriogenesis

5/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

DNA Mitokondria

6/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Heteroplasmi

• Heteroplasmi disebabkan laju mutasi tinggi.

• Pada daerah pengode dan daerah yang tidak mengode.

• Heteroplasmi berupa variasi panjang:HVSI T16189C poli-C [Bendall et al.,1995] HVSII pada posisi 66 dan 246 poli-G [Cavalier et al., 2000].

• Dapat menguntungkan dan merugikan dibidang forensik. 7/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Metode

Sampel

Templat DNA

Fragmen hasil PCR

Elektroforegram

Perbandingan urutan nukleotida

8/20

PCR

Sequencing

Elektroforesis

Lisis

Analisis in silico

26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Kondisi PCR

94°C 94°C 72°C 72°C

5:00 1:00 1:00 4:00 50°C 4°C

1:00 !!

denaturasi

annealing

elongasi

Primer Urutan (5’ 3’) Posisi Ukuran

M-1 CACCATTAGCACCCAAACT L 15978 – 15997 20 nt

HV2R CTGTTAAAAGTGCATACCGCC H 429 - 409 21 nt

9/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Sequencing

• Terminasi DNA polimerase melalui penambahan ddNTP yang kehilangan gugus hidroksi pada karbon 3’ dari gula ribosa.

• DNA polimerase tidak dapat membentuk ikatan fosfodiester antara dNTP sebelumnya dengan ddNTP. [Sanger et al., 1977].

26/05/10 Seminar Tugas Akhir 10/20

Tahap Sequencing

• Denaturasi templat DNA• Penempelan primer (annealing) • Polimerisasi• Terminasi oleh ddNTP yang telah

diberi senyawa fluororesent • Elektroforesis

11/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

26/05/10 Seminar Tugas Akhir 12/20

1419 pb ± 0,9 kb

517 pb

397 pb 214 pb

marker + Usus

halus

pankreas-

Hasil elektroforesis

13/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Elektroforegram

14/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Analisis hasil sequencing

15/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Perbandingan antar jaringan

• Tidak ada perbedaan urutan nukleotida antara usus halus dengan pankreas.

16/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Perbandingan Sampel dengan rCRS

No Usus Halus Pankreas

1 T16519C T16519C

2 C16189T C16189T

3 A16183C A16183C

4 T16172C T16172C

5 C16168T C16168T

6 C16111T C16111T

7 T310TC T310TC

8 A263G A263G

9 C253T C253T

10 T152C T152C

11 C132T C132T

12 A73G A73G

17/2017/20

26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Pembahasan

• Sampel usus halus dan pankreas individu A: tidak ada perbedaan urutan nukleotida.

• Individu A: tidak ada perbedaan urutan nukleotida antar jaringan pada lapisan mesoderm [Unwakoly,2010].

• Individu B: perbedaan urutan nukleotida pada lapisan mesoderm dan endoderm [Yuniarti, 2009] dan pada lapisan ektoderm [Masykura, 2009].

• Tidak ada mutasi saat pembentukan lapisan embrionik pada individu tertentu.

18/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Pembahasan

• rCRS 9 C dan 1 T pada posisi 16184-16193

• Perubahan urutan nukleotida T16189C poli-C 10 basa [Faika, 2006]

• Perubahan urutan nukleotida A16183C, T16189C, dan A16194C poli-C 12 basa.

• Adanya sub populasi (heteroplasmi) menyebabkan tidak terbacanya urutan nukleotida setelah poli-C.

19/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir

Kesimpulan

• Diperoleh homologi 100% urutan nukleotida antara sampel usus halus dan pankreas pada individu A.

• Terdapat 12 perbedaan urutan nukleotida antara sampel dengan rCRS.

• Kedua sampel termasuk heteroplasmi

20/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir