Assessment of the psoriatic transcriptome in a large sample: additional regulated genes and comparisons with in vitro models

Evaluación del Transcriptoma psoriático en una muestra grande: Genes regulados adicionales y comparaciones con los modelos in vitro

Johann E Gudjonsson, Jun Ding, Andrew Johnston, Trilokraj Tejasvi, Andrew M Guzman, Rajan P Nair, John J Voorhees, Goncalo R Abecasis and James T Elder

Journal of Investigative Dermatology (2010) 130, 1829–1840

Psoriasis es una enfermedad inflamatoria crónica determinada genéticamente, caracterizada por una hiperproliferación y diferenciación alterada de la epidermis.

Las alteraciones son de índole inmunológico, bioquímico, vascular y neurológico.

El tratamiento ha sido dirigido principalmente al componente inmunológico.

Algunas moléculas asociadas con la enfermedad son:TGF-alfa, S100A7, S100A8, S100A9, P13 (inhibidor 3 de proteasa - SKALP, elafina), IFN-gamma, IL-8 (CXCL8).

Patogénesis de la Psoriasis

Microarrays

Expresión génica en psoriasis por microarreys

• 159 genes - n = 8 (2001) • 177 genes - n = 15 (2001)• 62 genes sobreregulados - n = 14 (2003) • 1000 genes (2003 y 2006) • Mapas de expresión génica basados en estimulación de queratinocitos por citocinas (2004, 2005, 2006, 2007, 2008 y 2009)

Objetivos

1) Delinear el perfil de la expresión génica en psoriasis, comparando piel lesionada (PP), piel adyacente (PN) y piel normal (NN) en un grupo grande de pacientes.

2) Comparar los resultados con otros estudios publicados de microarray en psoriasis.

3) Explorar como los mapas de trascritos publicados de queratinocitos en cultivo estimulados con citocinas representan las alteraciones observadas en PP.

Agrupación de la muestraMapa de transcriptos

regulados entre PP y NN

Resultados

Rojo = alta expresiónAzul = baja expresión

Diagrama Venn de los genes sobre- y bajoregulados en piel psoriática

Resultados

PN y PP son similares

Resultados

Confirmación por QRT-PCR de algunos genes expresados en forma diferencial

Resultados

Categorización ontológica de los trascriptos génicos sobre- y bajoregulados

Resultados

Comparación del transcriptoma psoriático con el trascriptoma de queratinocitos estimulados con citocinas

Sumario de Resultados

•La comparación entre PP y NN identificó 1326 transcriptos de regulación diferentes, los cuales codifican 918 genes únicos (549 sobreregulados y 369 bajoregulados), 600 de los cuales fueron identificados por primera vez, incluyendo S100A7A, THRSP y ELOVL3.

• Genes muy sobreregulados incluye SERPINB4, PI3, DEFB4, y varios miembros de la familia S100.

• Genes muy bajoregulados incluye factor de inhibición 1 Wnt (WIF1), beta celulina (BTC) y CCL27.

Sumario de Resultados

•Las categorías de ontología génicas sobrereguladas fueron respuesta inmunitaria, respuesta de defensa y diferenciación de queratinocitos.

• Las bajoreguladas fueron regulación de ácidos grasos y metabolismo de lípidos.

• La comparación del transcriptoma psoriático con el transcriptoma de queratinocitos estimulados con citocinas (IL-17, IL-22, IL-1a, IFN-g, TNF-a y OSM), mostró muy poca sobreposición con la expresión génica de queratinocitos estimulados con citocinas dando valores de 2,5, 0,7, 1,5, 5,6, 5,0 y 1,9% para el transcriptoma PP, respectivamente.