ephla converter.pdf

7/23/2019 EpHLA Converter.pdf

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SOFTWARE EPHLA-CONVERTER - UM WEBSITE PARA AUTOMAÇÃO DAINFERÊNCIA DO HLA DE ALTA RESOLUÇÃO.

José Renato Pereira de Sousa Barroso (bolsista PIBIT/UFPI), Herton Luiz Ales Sales Fil!o("olaborador, bolsita PIBI#/UFPI), Se$ira$is Ja$il Hadad do %onte ("o&orientadora, 'eto

de Parasitolo*ia e %i"robiolo*ia) , Luiz #l+udio 'e$es de %ata Sousa (orientador, 'etode Inor$+ti"a e -stat.sti"a & UFPI)

Introdu!o

'einir HLA e$ alta resolu0o é i$ortante ara translante de $edula 1ssea entre indi.duos n0o

aarentados e ara an+lise de "o$atibilidade e$ a"ientes sensibilizados a*uardando translante

de 1r*0os s1lidos a"ilitando identii"a0o dos 2$is$at"!es3 a"eit+eis, utilizando o al*orit$o

HLA%at"!$a4er, re"ente$ente auto$atizado no sot5are -HLA (Sousa, Sales Fil!o et al, 6788)

#ontudo, "ustos eleados e alta de a"esso ao $étodo i$ede$ 9ue a tiii"a0o HLA de altaresolu0o se:a rotineira$ente ali"ada a todos os a"ientes sensibilizados "ontra ant.*enos HLA

Usual$ente, té"ni"as de $édia resolu0o *era$ tia*ens 9ue deine$ aenas *ruo aléli"o (6

ri$eiros d.*itos) e a lista de ossibilidades de alelos dentro desse *ruo ("1di*o ;%'P), onde o

alelo do a"iente est+ "ontido Utilizando dados de re9u<n"ias aléli"as des"ritos e$ oula=es de

reer<n"ia é oss.el inerir alelos HLA (alta resolu0o) a artir da tia*e$ e$ $édia resolu0o ;o

entanto, essa iner<n"ia deende de diersas "onsultas $anuais a tabelas de re9><n"ias de

oula=es e, tais "onsultas $anuais dii"ulta$ ou i$ede$ estudos de !isto"o$atibilidade

enolendo "entenas ou $il!ares de doadores e re"etores "u:as tia*ens HLA est0o dison.eis e$

$édia ou bai?a resolu0o

;o resente trabal!o, des"reere$os o ro*ra$a 5eb -HLA&#onerter 9ue er$ite inerir

auto$ati"a$ente tia*ens HLA e$ alta resolu0o a artir de tia*ens e$ $édia resolu0o de

$il!ares de doadores e/ou re"etores de u$a deter$inada oula0o A iner<n"ia, dessas $il!ares

de tia*ens, ode ser realizada or $eio de ro"essa$ento e$ lote Alé$ disso, o ro*ra$a é

le?.el o sui"iente ara 9ue 9ual9uer tabela de re9><n"ia de oula0o ossa ser a"res"entada e

utilizada, er$itindo iner<n"ias $ais a"uradas ara u$a oula0o ese".i"a @ ro*ra$a -HLA&

#onerter oi desenolido de or$a a er$itir a +"il inte*ra0o de erra$entas de ter"eiros Para

"o$roar essa a"ilidade, o -HLA oi inte*rado ao -HLA&#onerter utilizando&se a te"nolo*ia

JS@; JS@;, 6786

M"todo#o$%&

@ ro*ra$a -HLA&#onerter oi desenolido e$ lin*ua*e$ P!Cton PDTH@;, 8EE7 e u$a

framework bli"a Geb6C G-B6PD, 677 @ ro*ra$a utiliza "o$o dados de entrada as tia*ens

HLA e$ $édia ou bai?a resolu0o de doadores e/ou re"etores e retorna u$a lista de tia*ens e$

alta resolu0o Para inerir a tia*e$ de alta resolu0o a artir da tia*e$ de bai?a ou $édia

resolu0o, o ro*ra$a "onsulta ban"os de dados bli"os tais "o$o o I%T (I$%unoeneTi"s

ro*ra$) e o ;%'P (;ational %arro5 'onor Pro*ra$) ;o I%T, o -HLA&#onerter erii"a a

alidade de todos os alelos de alta resolu0o retornados (%ars!, Albert et al, 6787), be$ "o$o a



e9uial<n"ia entre a alta resolu0o e a sorolo*ia "orresondente ;o ;%'P o -HLA&#onerter

de"odii"a o "1di*o ;%'P e$ alelos e as rese"tias re9u<n"ias or etnias da oula0o a$eri"ana

(%aiers, ra*ert et al, 677), er$itindo ao usu+rio es"ol!er o $el!or alelo ara o "aso ;o ro"esso

de iner<n"ia da tia*e$ de alta resolu0o a artir de tia*ens e$ biolo*ia $ole"ular (ie locus

*ruo aléli"o "1di*o ;%'P) o usu+rio re"isa inor$ar os se*uintes dados de entradaK (i)

oula0o de reer<n"ia (ii) lo"us HLA (iii) *ruo aléli"o e (i) "1di*o ;%'P ;a iner<n"ia da

tia*e$ de alta resolu0o a artir de tia*ens e$ sorolo*ia (ie locus *ruo sorol1*i"o), o usu+rio

inor$aK (i) oula0o de reer<n"ia (ii) lo"us HLA e (iii) sorolo*ia -$ a$bos os "asos, o ro*ra$a

-HLA&#onerter retorna u$a lista "o$ os alelos e$ alto n.el ordenados or re9u<n"ia

R"'u#t&do' " D%'(u''!o

-studo 8

Utiliza$os o -HLA&#onerter ara inerir os alelos $ais ro+eis de u$ a"iente ara o lo"us A A

$édia resolu0o inor$ada oi AM76KBND, AM76KGH #onsiderando aenas o *ruo aléli"o (AM76),

ele seria "onsiderado !o$ozi*oto Utilizando o se*$ento !isOni"o da oula0o a$eri"ana "o$o

reer<n"ia, a tia*e$ HLA e$ alta resolu0o de $aior re9u<n"ia en"ontrada elo -HLA&#onerter

oi AM76K78 e AM76K76 #onsiderando 9ue o "1di*o GH "onte$la aenas os alelos AM76K76 /

AM76K, isso eli$ina a ossibilidade de !o$ozi*ozidade ara AM76K78 'e ato, a tia*e$ or alta

resolu0o realizada osterior$ente "onir$ou !eterozi*ozidadeK AM76K78 e AM76K76

-studo 6

Utiliza$os u$ ban"o de dados "o$osto or Q6 doadores de la9uetas, "adastrados no

Laborat1rio de I$unolo*ia Pla9uet+ria do He$o"entro&Uni"a$ (LIPH&Uni"a$), tiados e$ $édia

resolu0o ara HLA A e B e, "o$o oula0o de reer<n"ia, es"ol!e$os o se*$ento "au"as1ide

a$eri"ano @ ban"o de dados oi "onertido ara alta resolu0o utilizando&se duas aborda*ens

dierentesK -ntrada 8& Forne"eu&se ao -HLA&#onerter u$a lista de doadores e suas rese"tias

tia*ens HLA e$ $édia resolu0o -ntrada 6 & Forne"eu&se ao -HLA&#onerter u$a lista de

doadores de la9uetas e suas rese"tias tia*ens HLA e$ bai?a resolu0o As listas de alelos e$

alta resolu0o retornadas e$ a$bas aborda*ens ora$ "o$aradas e as dis"ordOn"ias entre elasora$ su$arizadas "onor$e $ostrado na T&)"#& *

T&)"#& * + Resultado da "oners0o do ban"o de dados do LIPH&Uni"a$

Locus #onsultas realizadas#onsultas dis"ordantes

(-ntrada 8 ? -ntrada 6)

'is"ordante

A

B

88

88

886E6

87,6Q,8

#o$arando as duas aborda*ens, dete"tou&se 9ue Q, dos doadores te$ elo $enos u$a

tia*e$ 9ue é $ais a"urada$ente inerida "o$ o uso da $édia resolu0o



-studo

@ -HLA é u$a erra$enta 9ue er$ite o estudo de !isto"o$atibilidade entre doadores e

re"etores utilizando o al*orit$o HLA%at"!$a4er e oi desenolida e atenteada na Uniersidade

Federal do Piau. @ -HLA re"isa de tia*ens e$ alta resolu0o ara oder "o$arar u$ doador a

u$ ou $ais re"etores e erii"ar a !isto"o$atibilidade entre eles ;o entanto, a tia*e$ e$ alta

resolu0o é "ara e, sendo assi$, a aborda*e$ utilizada é ineri&la a artir de tabelas de re9><n"ia de

oula0o ;o "aso e$ 9ue u$ doador re"isa ser estudado 9uanto V "o$atibilidade "o$ u$

re"etor, aenas doze iner<n"ias s0o ne"ess+riasK seis ara o re"etor e seis ara o doador,

"onsiderando aenas os loci A, B e 'R #onsultando as tabelas de re9><n"ia $anual$ente, o te$o

é "onsiderael$ente irreleante ;o entanto, 9uando utiliza&se o -HLA ara "o$arar u$ doador a

dezenas, "entenas ou $il!ares de re"etores e$ listas de translante, o *rande n$ero de

iner<n"ias torna a tarea rati"a$ente ini+el Para resoler esse roble$as, inte*rou&se o -HLA

ao -HLA&#onerter or $eio das te"nolo*ias R-ST R-ST, 6776 e JS@; A inte*ra0o é realizada

"onor$e $ostra a F%$ur& *

F%$ur& * & Inte*ra0o de u$ erra$enta de ter"eiro "o$ o -HLA&#onerter



Con(#u'!o

@ -HLA&#onerter er$ite inerir alelos HLA $ais ro+eis a artir de tia*ens e$ bai?a e $édia

resolu0o, utilizando ro"essa$ento e$ lote, a"ilitando estudos de !isto"o$atibilidade enolendo

$il!ares de doadores ou re"etores A iner<n"ia de tia*ens de alta resolu0o a artir de tia*ens

de $édia resolu0o reduz "ustos e er$ite a realiza0o de estudos de !isto"o$atibilidade $ais

a"urados Alé$ disso, as te"nolo*ias R-ST e JS@; utilizadas elo -HLA&#onerter er$ite$ a

+"il inte*ra0o de erra$entas de ter"eiros ao ro*ra$a desenolido

A,o%o UFPI, Laborat1rio de I$uno*enéti"a e Biolo*ia %ole"ular W UFPI

R""r/n(%&' )%)#%o$r0%(&'

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P&#&1r&' (2&1" sot5are HLA Translante-HLA Auto$a0o

ephla converter.pdf

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