![Page 1: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/1.jpg)
LABORATUVAR MATEMATİĞİ
Dr. Zafer KÜÇÜKODACIGATA HEH Patoloji Servisi
22. ULUSAL PATOLOJİ KONGRESİ7 Kasım 2012
Manavgat
![Page 2: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/2.jpg)
2.3. DNA extraction by boiling :Total DNA was extracted by a boiling method (Bell et al., 1998). Strains
were grown overnight at 37°C on blood sheep agar plates(BioMe´rieux, France). Three to five colonies of each sample werescraped from the surface of the agar plates and resuspended in 1 mL ofsterile distilled water. The cell suspension was heated for 15 min at100°C and was then centrifuged at 15,000 g for 10 min. Thesupernatant containing DNA was stored at 20°C until used astemplate for PCR reactions.
2.4. PCR amplification:Multiplex PCR (MPCR) assays were all directly performed from the
supernatant obtained after the rapid DNA extraction method describedabove. An aliquot of 20 µL of this supernatant was added to 80 µL of aPCR mixture consisting of: 1x reaction buffer [16 mM (NH4)2SO4, 67mM Tris-HCl (pH 8.8)], 0.2 mM concentration of each of the fourdeoxyribonucleoside triphosphates (dATP, dCTP, dGTP and dTTP)(Promega Corp., Madison, WI), 2.5 mM MgCl2, 50 pmol of each Vanprimer and 4 pmol of each Ent primer, and 1.2 u of TaqDNApolymerase (Bioline, UK)…………
After PCR amplification, 5 µL were removed and subjected to agarose gel electrophoresis (1.5% agarose, 1x TBE, 100V) to estimate the size of the amplified products by comparison with a 100-bp molecular size standard ladder (Roche Diagnostics, Germany).
Claverie-Martin F et al. Diagn Microbiol Infect Dis. 2002;42:273-7
AMAÇ
![Page 3: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/3.jpg)
Laboratuvar matematiği 15000 g
50 pmol
%1.5 agaroz jel
16 mM (NH4)2SO4
1x buffer
Santrifügasyon
Ölçü birimleri
Molarite kavramı
Konsantrasyon
x faktörü
![Page 4: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/4.jpg)
AMAÇ
1. Santrifugasyon birimlerini birbirine dönüştürme (rpm g)
2. Ölçü birimlerini birbirine dönüştürme (M μM)3. Liyofilize maddeden istenilen konsantrasyonda
hazırlama (primer)4. Yüksek konsantrasyonlu çözeltiden düşük
konsantrasyonlu kullanma (MgCl2)5. Konsantre çözeltilerin sulandırılması (10X X)
![Page 5: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/5.jpg)
Komponent Volüm/reaksiyon Final konsantrasyon10X PCR Buffer ? 1X25mM MgCI2 ? 2.5 mMdNTPs (10 mM) ? 200 MPrimer A(liyofilize 855 g )
? 0.2 M
Primer B(liyofilize 424 g )
? 0.2 M
DNA Polym(d=5U/L)
? 2.5U/reaksiyon
Template DNA(d=2ng/L)
? 20ng
ddH20Toplam volüm 50 L
![Page 6: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/6.jpg)
Santrifügasyon Yerçekimi etkisi yaratılarak maddelerin
çökertilmesi Farklı kütleye sahip maddelerin ayrımı
![Page 7: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/7.jpg)
Santrifügasyon Hız: RPM (Revolution per minute) RCF = Relative centrifugal forces = g
RCF= (1.118 x 10-6) (rpm)2 r
RCF: Relative centrifugal forces (g)rpm: Revolution per minuter: Rotor yarıçapı
![Page 8: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/8.jpg)
Nomogram
![Page 9: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/9.jpg)
Laboratuvar matematiği 15000 g
50 pmol
Santrifügasyon
Ölçü birimleri
![Page 10: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/10.jpg)
Ölçü birimleri Uzunluk = metre(m) Kütle = kilogram(kg) Madde birimi = mol(mol) Zaman = saniye(s) Elektrik akımı = amper(A) Isı = kelvin(K) Işık yoğunluğu = kandela(cd)
International System of Units (SI)
![Page 11: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/11.jpg)
Ölçü birimleri Mol: Bir maddenin avogadro sayısı (6,02x1023)
kadar molekül içeren miktarı Metre: Işığın bir vakum içerisinde saniyenin
1/299 792 458’sinde kat ettiği mesafedir. Kilogram: Kenarları 1 desimetre uzunluğunda
olan bir küpün içerisindeki suyun kütlesidir.
Litre: Kenarları 1 desimetre uzunluğunda olan bir küpün içerisindeki suyun hacmidir.
![Page 12: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/12.jpg)
Yotta Y 1024
Zetta Z 1021
Exa E 1018
Peta P 1015
Tera T 1012
Giga G 109
Mega M 106
Kilo k 103
Hekto h 102
Deka da 101
Desi d 10-1
Santi c 10-2
Mili m 10-3
Mikro μ 10-6
Nano n 10-9
Piko p 10-12
Femto f 10-15
Atto a 10-18
Zepto z 10-21
Yocto y 10-24
Metrik önekler
![Page 13: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/13.jpg)
Örnek 1 dL = 10-1 L 1 L = 103 mL = 106 μl = 109 nL 1 μg = 10-6 g 1 g = 103 mg = 106 μg 1 mol = 1012 pmol
1 g/L = 100 mg/dL 1 mol/L = 103 nmol/μL
![Page 14: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/14.jpg)
Laboratuvar matematiği 15000 g
50 pmol
%1.5 agaroz jel
Santrifügasyon
Ölçü birimleri
Konsantrasyon
![Page 15: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/15.jpg)
Konsantrasyon Bir çözeltinin konsantrasyonu, çözeltinin belirli
bir volümü içinde çözünmüş olan madde miktarıdır.
Çözücü (solvent) denen dağıtıcı bir faz ile bir veya birçok dağıtılmış fazdan (çözünen, solüt) kurulan sıvı bir örnek durum çözelti (solüsyon) olarak tanımlanır
![Page 16: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/16.jpg)
Konsantrasyon birimleri Formalite Molarite Molalite Normalite Mol kesri Yüzde Binde (ppt) Milyonda (ppm) Milyarda (ppb)
![Page 17: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/17.jpg)
Yüzde miktar Total hacim içerisindeki miktar % olarak ifade
edilmektedir. %W/V : Suda çözünen katılar için kullanılır.
50 mL %2’lik agaroz hazırlanması %V/V : Dilüe edilen solüsyonlar için kullanılır.
500 mL %70’lik etil alkol hazırlanması
Çözünen madde kütlesiHacim ağırlıkça yüzde = X100
Çözeltinin toplam hacmi
![Page 18: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/18.jpg)
Örnek: 500 mL %70’lik etil alkol nasıl hazırlanır?
100 mL’de 70 mL500 mL’de ? mL? = 500x70 / 100 = 350 mL
350 mL etil alkol 150 mL su eklenerek 500mL’ ye tamamlanır.
%70 = Çözünen madde hacmi / 500 mL? = 0.70 x 500 mL? = 350 mL
![Page 19: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/19.jpg)
Örnek: 50 mL %2’lik agaroz nasıl hazırlanır?
100 mL’de 2 g50 mL’de ? g? = 2x50 / 100 = 1 g
50 mL sıvı içerisinde 1 g agaroz çözdürülür.
%2 = Çözünen madde kütlesi (m) / 50 mLm = 0.02 g/mL x 50 mLm = 1 g
![Page 20: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/20.jpg)
Laboratuvar matematiği 15000 g
50 pmol
%1.5 agaroz jel
16 mM (NH4)2SO4
Santrifügasyon
Ölçü birimleri
Molarite kavramı
Konsantrasyon
![Page 21: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/21.jpg)
Molarite Bir litre çözelti içerisindeki çözünen maddenin
mol sayısıdır M ile gösterilir
Molarite =Çözünen madde mol sayısı
Toplam hacim (L)
![Page 22: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/22.jpg)
Molarite Çözünenin gram ağırlığının moleküler
ağırlığına bölünmesine bir mol denir
Bir çözeltinin molaritesi 3 kısım içerir Maddenin gram ağırlığı Maddenin moleküler ağırlığı Çözücü miktarı
![Page 23: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/23.jpg)
ELEMENTLERİN ATOMİK AĞIRLIKLARIElement Sembolü Atomik ağırlığıAliminyum Al 27.0Baryum Ba 137.3Demir Fe 55.9Fosfor P 31.0Hidrojen H 1.0Kalsiyum Ca 40.1Karbon C 12.0Klorür Cl 35.5Magnezyum Mg 24.3Oksijen O 16.0Sodyum Na 23.0Potasyum K 39.1
![Page 24: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/24.jpg)
Örnek: 500 mL 0.1M NaOH çözeltisi nasıl hazırlanır?
M = 0.1V = 500 mL = 0.5 litreM = Çözünen(mol) / Çözelti(litre)
0.1 = Çözünen / 0.5 LÇözünen = 0.1 X 0.5 = 0.05 mol veya0.05 X 40 = 2g NaOH
2g NaOH tartılır. 500mL’lik balon jojeye konur. Az miktarda suda çözdükten sonra hacim çizgisine kadar saf su ile doldurulur
![Page 25: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/25.jpg)
Örnek: 3,6 nmol miktarındaki oligonükleotitten 50 pmol/L konsantrasyonda olacak şekilde sulandırınız
1 L’de 50 pmol? L’de 3,6 nmol
3,6x103 pmol / 50 pmol = 72 L
M = Mol / Hacim (V) M = 50 pmol/L mol = 3.6 nmol V = ?V = mol / MV = 3,6x10-9 mol / 5x10-11mol/L V= 72 L
![Page 26: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/26.jpg)
Değişen konsantrasyon hesaplamaları
Yüksek konsantrasyolu bir çözeltiden düşük konsantrasyonlu bir çözelti hazırlanmak istendiğinde
C1 X V1 = C2 X V2 formülü kullanılır
![Page 27: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/27.jpg)
Örnek: %70’lik alkolden, 100 mL %40’lık alkol nasıl hazırlanır?
Çözeltiyi hazırlayabilmek için 57.14 mL %70’lik alkol alınır ve saf su ile 100 mL’ye tamamlanır
C1 x V1 = C2 x V2
%70 x V1 = %40 x 100 mLV1 = %40 x 100 / %70V1 = 57.14 mL
![Page 28: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/28.jpg)
Örnek: 10mM kontrasyonundaki dNTP miks solüsyonundan ne kadar konursa 50 µL master miks içerisinde 200 M final konsantrasyona ulaşılır?
C1 x V1 = C2 x V2
10 mM x V1 = 200 M x 50 LV1 = 0,2 mM x 50 L / 10 mM V1 = 1 L
![Page 29: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/29.jpg)
Laboratuvar matematiği 15000 g
50 pmol
%1.5 agaroz jel
16 mM (NH4)2SO4
1X buffer
Santrifügasyon
Ölçü birimleri
Molarite kavramı
Konsantrasyon
X faktörü
![Page 30: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/30.jpg)
X faktörü 10x, 5x, 20x konsantre solüsyonlar Kullanım öncesi, çalışma konsantrasyonuna
dilüe edilir.
![Page 31: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/31.jpg)
![Page 32: LABORATUVAR MATEMATİĞİ [Uyumluluk Modu] · PDF fileLaboratuvar matematiği 15000 g 50 pmol %1.5 agaroz jel 16 mM (NH 4) 2SO 4 1x buffer Santrifügasyon Ölçü birimleri Molarite](https://reader034.vdocuments.us/reader034/viewer/2022052406/5a7bfedd7f8b9a2e358c5b65/html5/thumbnails/32.jpg)
Komponent Volüm/reaksiyon Final konsantrasyon10x PCR Buffer ? 1X25mM MgCI2 ? 2.5 mMdNTPs (10 mM) ? 200 MPrimer A(liyofilize 855 g )
? 0.2 M
Primer B(liyofilize 424 g )
? 0.2 M
DNA Polym(d=5U/L)
? 2.5U/reaksiyon
Template DNA(2ng/L)
? 20ng
ddH20Toplam volüm 50 L
5 L5 L1 L
10 pmol0.062 g10 pmol0.061 g
0.5 L
10 L