dipresentasikan oleh: anastasia riany (10503008) anna sanawati (10503058)
DESCRIPTION
New insights into allosteric mechanisms from trapping unstable protein conformations in silica gels Cristiano Viappiani, Stefano Bettati, Stefano Bruno, Luca Ronda, Stefania Abbruzzetti, Andrea Mozzarelli, and William A. Eaton PNAS 101(2004) 14414-14419. Dipresentasikan oleh: - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
New insights into allosteric mechanisms from trapping unstable protein conformations in silica gels
Cristiano Viappiani, Stefano Bettati, Stefano Bruno, Luca Ronda, Stefania Abbruzzetti, Andrea Mozzarelli, and William
A. Eaton
PNAS 101(2004) 14414-14419
Dipresentasikan oleh:Anastasia Riany (10503008)Anna Sanawati (10503058)
Pendahuluan
Mekanisme Monod-Wyman-Changeux (MWC)
Pengikatan oksigen oleh hemoglobin kooperatif
Perubahan afinitas oksigen
Tujuan
Menentukan kinetika pengikatan ligan dan
kesetimbangan hemoglobin yang diperangkap
silika gel dalam struktur kuartener T atau R
Hemoglobin
Heme ; globin
Tetramer
Metalo protein
C2952H4664N812O832S8Fe4
Terdapat dalam sel darah merah
Skema Stuktur Hemoglobin
Perubahan konformasi kuartener R dan T rotasi 15
Proses pengikatan dan pelepasan O2
Mekansime kooperatif
Melalui perubahan konfomasi sterik
Kurva pengikatan oksigen sigmoid
Kurva Pengikatan O2
Dari penelitian Mozzarelli, et.al., 1997 diketahui pengikatan hemoglobin terhadap O2 dalam gel dan kristal non kooperatif
Penyiapan Sampel
T- : Hepes/EDTA + tetrametil ortosilikat Deoksigenasi dengan menyemprotkan
helium selama 90 menit Deoksihemoglobin, Hepes, natrium
ditionin, EDTA Gelifikasi selama 10 menit
T+ : Allosterik efektor : inositol heksafosfat,
bezafibrat, ion klorida
Efektor Hemoglobin
Inositol heksafosfat Asam phitat C6H18O24P6
Bezafibrate C19H20NClO4
Pengukuran Kesetimbangan dan Kinetika
Kurva pengikatan O2 diukur dengan mikrospektrofotometer dan elektroda O2
Studi kinetik, Q-swicthed Nd : YAG laser (Ar+) pada 532 nm
untuk fotolisis Fotodioda untuk deteksi
Kinetika Pengikatan Kembali Ligan (1)
Pada R gel, terdapat 2 fasa : 100 ns dan 100 µs
Pada T+ gel, terdapat 1 fasa : 10 ms
Kinetika Pengikatan Kembali Ligan (2)
Pada setiap kondisi, fraksi utama pada struktur kuartener T mempunyai kinetika seperti struktur kuartener R
Hasil Geminasi pada T- gel
Pada saat kejenuhan awal 100% ada kenaikan amplitudo
Pada kejenuhan awal 50% tidak ada perubahan
Eksperimen Pengikatan O2 pada Kesetimbangan
Pada T- gel, afinitas meningkat karena terjadi perubahan struktur tersier t-r, tetapi struktur kuartener tetap T
Eksperimen fotolisis CO
Pada T+ gel, subunit yang berikatan dengan CO berada pada konformasi t
Pada T- gel, pengikatan CO mengubah beberapa fraksi subunit menjadi korfomasi r
Setelah fotodisosiasi, konformasi subunit r tetap
Simulasi Kinetika pada Kesetimbangan
Disosiasi oksigen lebih cepat daripada disosiasi CO
O2CO
Kesimpulan
Adanya subunit sejenis R dalam struktur tersier T
Menjelaskan sifat kesetimbangan dan kinetika hemoglobin dalam kristal, larutan, dan gel
Saran : Mengaplikasikan model TTS