bayesian analysis of power law models in high-energy ...dvandyk/presentations/... · bayesian data...

46
Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy Astrophysics and in Solar Physics David A. van Dyk Statistics Section, Imperial College London

Upload: others

Post on 17-Jun-2020

0 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Bayesian Analysis of Power Law Models inHigh-Energy Astrophysics and in Solar Physics

David A. van Dyk

Statistics Section, Imperial College London

Page 2: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Outline

1 Bayesian Data Analysis

2 X-ray Spectral Analysis

3 Bayesian Computation

4 Solar Physics

5 Calibration of X-ray Detectors

Page 3: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Outline

1 Bayesian Data Analysis

2 X-ray Spectral Analysis

3 Bayesian Computation

4 Solar Physics

5 Calibration of X-ray Detectors

Page 4: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Bayesian Renaissance in Astronomy

The use of Statistical Methods in general andBayesian Methods in particular is growing

exponentially in Astronomy.

Source: http://magazine.amstat.org/blog/2013/12/01/science-policy-intel/

Page 5: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Why Use Bayesian Methods?

Advantages of likelihood-based methods:Directly model complexities of sources and instruments.Allows science-driven modeling. (Not just predictive modeling.)

Combine multiple information sources and/or data streams.Allow hierarchical or multi-level structures in data/models.Bayesian methods have clear mathematical foundationsand can be used to derive principled statistical methods.Sophisticated computational methods available.

Challenges:Require us to specify “prior distributions” on unknownmodel parameters.

Page 6: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Bayesian Statistical Analyses: Likelihood

Many methods based on χ2 or Gaussian assumptions.Bayesian/Likelihood methods easily incorporate moreappropriate distributions.E.g., for count data, we use a Poisson likelihood:

χ2 fitting: −∑bins

(Yi − λi)2

σ2i

Gaussian Loglikelihood: −∑bins

σi −∑bins

(Yi − λi)2

σ2i

Poisson Loglikelihood: −∑bins

λi +∑bins

Yi logλi

... or Pareto distribution for continuous data following a power law.

Page 7: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Bayesian Statistical Analyses: Likelihood

Likelihood Functions: Distribution of data given modelparameters. Single bin detector: Y ∼ Poisson(λS):

likelihood(λS) = e−λSλYS/Y ! loglikelihood(λS) = −λS + Y log(λS)

Maximum Likelihood Estimation: Suppose Y = 3

0 2 4 6 8 10 12

0.00

0.10

0.20

lambda

likel

ihoo

d The likelihoodand its normalapproximation.

Can estimate λS and its error bars.

Page 8: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Bayesian Analyses: Prior and Posterior Dist’ns

Prior Distribution: Knowledge obtained prior to current data.

Bayes Theorem and Posterior Distribution:

posterior(λ) ∝ likelihood(λ)× prior(λ)

p(λ|Y ) = p(Y |λ)p(λ)/p(Y )

Combine past and current information:

0 2 4 6 8 10 120.00

0.10

0.20

0.30

lambda

prio

r

0 2 4 6 8 10 120.00

0.10

0.20

lambda

post

erio

r

Bayesian analyses rely on probability theory

Page 9: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Multi-Level Models

Example: Background contamination in a single bin detector

Contaminated source counts: Y = YS + YB

Background counts: XBackground exposure is 24 times source exposure.

A Poisson Multi-Level Model:LEVEL 1: Y |YB, λS

dist∼ Poisson(λS) + YB,

LEVEL 2: YB|λBdist∼ Pois(λB) and X |λB

dist∼ Pois(λB · 24),LEVEL 3: specify a prior distribution for λB, λS.

Each level of the model specifies a dist’n given unobservedquantities whose dist’ns are given in lower levels.

Page 10: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Posterior and Marginal Posterior Distributions

Summarizing the posterior distribution:We can plot the contours of the posterior distribution.Plot the marginal distributions of the parameters of interest:

p(λS | Y ,YB) =

∫p(λS, λB | Y ,YB)dλB

0 2 4 6 8

0.0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

prior

lamS0 2 4 6 8

0.0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

posterior

lamS

joint posterior with flat prior

lamS

lam

B 0.05

0.2

0.5

0.8

0 1 2 3 4

1.5

2.0

2.5

Page 11: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Markov Chain Monte Carlo

Exploring the posterior distribution via Monte Carlo.

prior

lamS

0 2 4 6 8

0.0

0.2

0.4

0.6

0 2 4 6 8 10

0.0

0.2

0.4

posterior

lamS

joint posterior with flat prior

lamS

lam

B

0 2 4 6 8

1.5

2.0

2.5

.

..

.

.

.

.

.

.

...

.

......

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

. .

.

..

.

..

.. .

.

.

..

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

.

.

. ... .

.

.

.

.

..

..

.

..

. .

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

...

.

.

..

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

..

..

.

...

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.. .... .

.

.

.

. . .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.....

..

.

.

.

. .

.

.

....

.

.

. .

.

..

..

..

..

.

.

.

.

.

. ...

.

.

.

.

.

..

.

...

.

..

. .

.

..

.

.

.

...

.

. .

.

.

.

..

..

..

.. . .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

.

..

.

.

.

..

. .

.

.

.

..

.

.

.

.

..

.

..

.

..

.

.

.

..

.

. ..

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

..

.

.

..

. .

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.. .

.

.

...

..

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

...

.. ..

.

. ..

..

.

..

.

.

.

.

.

.

.

..

.

...

.

.

.

.

..

. ..

.

.

.

. .

.. .

.

.

..

. ..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

....

..

.

.

.

.

.

.

. ...

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.. .

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

.

.

.

.

...

.

.

..

.

.

..

.

. ..

..

.

.

.

.

...

.

.

.

..

.

..

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

.

..

..

. ..

. ..

.

.

. .

..

.

..

.

..

..

.

..

.

.

.

. .

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

.

.

.

.

. ..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

..

.

.

..

..

...

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

..

...

.

.

..

.

.

.

..

.

..

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

...

.

.

.

.

..

.

.

.

...

.

..

.

.. .

.

..

..

.

.

.

.

.

.

..

.

...

.

.

.

...

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

..

.

.. .

.

..

..

.

.

.

.

...

..

.

.... ....

.

..

..

.

.

.

.

.

..

.

. .

.

. .

.

.

...

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

. .

.

.

..

.

..

.. ..

.

..

..

.

.

.

..

..

. .

...

.

.

..

.. .

.

.

.

.

.

.

.

...

.

..

.

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

..

..

.

. ..

..

.

.

..

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.. .

.

.

.

.. .

.

. .

..

.

..

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.. ...

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

.

..

.

.. .. .

.

.

.

.

..

.

..

..

.

.

..

.

.

...

.

.

. ..

.

.

.

.

.

..

.

... .

.

.

..

. ..

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.. .

..

.

. .

.

.

.

.

..

.

.

.

. .

.

. .

.

..

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

...

.

....

..

.

..

..

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

. .

..

.

.

..

.

. ..

..

.

. .

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

...

.

.

.

..

.

..

..

.

.

.

.

. ..

.

.

...

.

..

.

.

.

..

...

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

. .

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

...

.

.

...

..

.

.

.

.. .

.

.

.

.

. .

..

.

.. .

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

..

..

.

.

.

.

.

..

.

.

..

..

...

..

..

...

.

.

..

.

.

.

.

.

..

..

..

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

...

.

.

.

.

.

..

.

.

..

.

.

..

..

.

.

.

..

.

.

.

...

.

..

.

..

. ..

.

..

..

.

.

...

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

...

...

.

...

. .

.

. .

.

...

...

..

..

.

.

.

.

.

..

..

.

..

.

.

.

.

..

.

.

.

..

.

.

.

.

.

..

.

.

. ..

.

.

.

.

.

..

..

.

.

.

.

.

.

...

..

.

.

.

..

.

... .

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

. . .

.

....

.

.

..

.

..

...

.

.

.

...

.

.

.

.

.

.

.

..

..

.. .

.

.

.

.

.

.

..

..

....

.

.

.

..

...

.

.

.

.

..

. ..

.

.

.

...

.

..

.

..

.

..

.

.

.

.

. ..

..

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

... .

.

.

.

.

.

..

.

.

..

..

.

.. ..

..

.

..

.

.... .

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.. .

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

..

.

.

.

.

..

..

.

..

.

.

..

.

...

.

..

.

.

.

..

.

. .

.

.

.

..

.

.

. .

..

.

..

.

.

.

.

..

.

..... .

...

.

.

..

.

.

..

.

.

.

. ..

.

.. .

..

.

.

.

.

.. .

..

. ..

..

.

....

.

..

.

.

.

.

.

.

..

.

...

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

.

.

.

.. .

.

.

.

.

. ..

.

.

.

...

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. ..

. .

.

.

.

..

.

. .

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

.

..

.

.

..

. .

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

. .

..

...

.

.

.

.

.

..

.

. ...

.

.

.

.

..

.

.

..

..

..

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

..

.

. ..

.

.

..

...

.

.

.

.

.

...

.

..

.

.

..

Easily generalizes to higher dimensions.

Page 12: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Outline

1 Bayesian Data Analysis

2 X-ray Spectral Analysis

3 Bayesian Computation

4 Solar Physics

5 Calibration of X-ray Detectors

Page 13: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Science and Data

510

1520

2530

0.00000 0.00005 0.00010 0.00015

13259

wavelength

brightness

1000030000

5 10 15 20 25 30

time

wavelength

510

1520

2530

0.00002 0.00004 0.00006 0.00008 0.00010 0.00012

12357

wavelength

brightness

500015000

2500035000

5 10 15 20 25 30

time

wavelength

510

1520

2530

0.00005 0.00010 0.00015 0.00020

12299

wavelength

brightness

1000030000

5 10 15 20 25 30

time

wavelength

Fig

ure

3:Fits

forth

eFK

com

sdata.

For

each

plot,

the

spectru

ms

foreach

segmen

tare

plotted

inth

eleft

graph

(Black

,red

and

greencorresp

onds

toth

efirst,

second

and

third

segmen

t.)an

dth

efitted

values

of�

aresh

own

inth

erig

ht

graph.

13

Wavelength (A)

Pho

ton

Cou

nts

6 8 10 12 14 16 18 20

020

040

060

080

010

00

original EMC2 image

R-L 20 iterations R-L 100 iterations

The Chandra X-Ray ObservatoryImages > 30× sharper then any previous X-ray telescope.X-rays are produced by multi-millions degree matter, e.g.,by high magnetic fields, extreme gravity, explosive forces.

Data is collected for each arriving photon:Two-dimensional sky coordinates, energy, and arrival timeHigh resolution discrete variables:e.g., 4096× 4096 spatial and 1024 spectral binsFour-way table of photon counts.

Page 14: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

A Basic Spectral Models

Photon counts modeled with Poisson process:1 The continuum indicates the temperature of the source.2 Emission and absorption lines gives clues to composition.

0 1 2 3 4 5 6

0.5

1.0

1.5

2.0

2.5

3.0

energy

expe

ced

coun

t / b

in

Page 15: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Multi-Level Models: X-ray Spectral Analysis1

submaximal effective area

instrumentresponse

absorbtion and

pile-up

background

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

050

150

++++++++++++++++

+

+

+

+

+

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

040

8012

0

++++++++++++++++

+

+

+++

+

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

050

150

250

+

++

++++++++++++++

+

+

+

+

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

050

100

150

++++++++++++++++

+

+

++

+

+

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

040

8012

0

+++++++++++++

+++

+

+

+++

+

++++++++++++++++++

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

1van Dyk, Connors, Kashyap and Siemiginowska (2001). Analysis of energy spectra with low photon

counts via Bayesian posterior simulation. The Astrophysical Journal, 548, 224-243.

Page 16: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Modeling Data Collection Mechanism

submaximal effective area

instrumentresponse

absorbtion and

pile-up

background

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

050

150

++++++++++++++++

+

+

+

+

+

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

040

8012

0

++++++++++++++++

+

+

+++

+

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 60

5015

025

0

+

++

++++++++++++++

+

+

+

+

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

050

100

150

++++++++++++++++

+

+

++

+

+

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

040

8012

0

+++++++++++++

+++

+

+

+++

+

++++++++++++++++++

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

We can separate a complex problem into a sequence ofeasier-to-solve problems.Model source, absorption, instrumental effects, andbackground separately.

Page 17: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

What About Prior Distributions?original EMC2 image

R-L 20 iterations R-L 100 iterations

We can often use “objective prior distributions"1 Priors can be used

to incorporate information from outside the data, orto impose structure on the fitted model.2

2 Priors offer a principled compromise between “fixing” aparameter & letting it “float free”.

3 The common practice of setting min and max limits amounts tousing a flat prior over a specified range.

2Esch, Connors, Karovska, and van Dyk (2004). An image reconstruction technique with error

estimates. The Astrophysical Journal, 610 1213-1227.

Page 18: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Model Diagnostics (e.g., van Dyk and Kang, 2004)

•••

••

••

•••

•••

••

•••

••

•••••

••

••••

••

•••••

••

••••••

•••••••••

•••••••••••

••

•••••••••••

••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••

•••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

No Emission Line

Energy (keV)0 2 4 6 8

010

2030

Cou

nts

Gau

ssia

n E

rror

s

•••

••

••

•••

•••

••

•••

••

•••••

••

••••

••

•••••

••

••••••

•••••••••

•••••••••••

••

•••••••••••

••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••

•••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Emission Line Fixed at 2.835 keV

Energy (keV)

0 2 4 6 8

010

2030

Cou

nts

Gau

ssia

n E

rror

s

••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

•••

•••••

••

••

•••

•••••

••

••

•••

••

•••

••

••••••••••

••••

•••

•••

••••••

•••••

••••••••••

•••••••

•••••••••••

••

••

••

••••

••••••

••

••••••••••••

••

••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••

•••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Energy (keV)0 2 4 6 8

-10

-50

5

Res

idua

lsG

auss

ian

Err

ors

••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

•••

•••••

••

••

•••

•••••

••

•••

••

•••

••

••••••••••

••••

•••

•••

••••••

•••••

••••••••••

•••••••

•••••••••••

••

••

••

••••

••••••

••

••••••••••••

••

••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••

•••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Energy (keV)0 2 4 6 8

-10

-50

5

Res

idua

lsG

auss

ian

Err

ors

••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

•••

•••••

••

••

•••

•••••

••

••

•••

••

•••

••

••••••••••

••••

•••

•••

••••••

•••••

••••••••••

•••••••

•••••••••••

••

••

••

••••

••••••

••

••••••••••••

••

••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••

•••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Energy(keV)0 2 4 6 8

-10

-50

5

Res

idua

lsP

oste

rior P

redi

ctiv

e E

rror

s

••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

•••

•••••

••

••

•••

•••••

••

•••

••

•••

••

••••••••••

••••

•••

•••

••••••

•••••

••••••••••

•••••••

•••••••••••

••

••

••

••••

••••••

••

••••••••••••

••

••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••

•••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Energy(keV)0 2 4 6 8

-10

-50

5

Res

idua

lsP

oste

rior P

redi

ctiv

e E

rror

s

Bayesian methodscan incorporate specificerror characteristics ofdata models:

Compare

Gaussian Errors

Posterior PredictiveErrors.

Posterior Predictive Dist’n:p(Yrep | Y ) =∫

p(Yrep | θ) p(θ | Y )dθ

Page 19: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Model Diagnostics (e.g., van Dyk and Kang, 2004)

•••

••

••

•••

•••

••

•••

••

•••••

••

••••

••

•••••

••

••••••

•••••••••

•••••••••••

••

•••••••••••

••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••

•••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

No Emission Line

Energy (keV)0 2 4 6 8

010

2030

Cou

nts

Gau

ssia

n E

rror

s

•••

••

••

•••

•••

••

•••

••

•••••

••

••••

••

•••••

••

••••••

•••••••••

•••••••••••

••

•••••••••••

••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••

•••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Emission Line Fixed at 2.835 keV

Energy (keV)0 2 4 6 8

010

2030

Cou

nts

Gau

ssia

n E

rror

s

••

••

•••

••

••

••

•••

•••

••

••

•••

••

•••••

••

•••

•••

•••••

••

••

•••

••

•••

••

••••••••••

•••••••

•••

••••••

•••••

••••••••••

•••••••

•••••••••••

••

••

••

••••

••••••

••

••••••••••••

••

••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••

•••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Energy (keV)0 2 4 6 8

-10

-50

5

Res

idua

lsG

auss

ian

Err

ors

••

••

•••

••

••

••

•••

•••

••

••

•••

•••••

••

•••

•••

•••••

••

••

•••

••

•••

••

••••••••••

•••••••

•••

••••••

•••••

••••••••••

•••••••

•••••••••••

••

••

••

••••

••••••

••

••••••••••••

••

••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••

•••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Energy (keV)0 2 4 6 8

-10

-50

5

Res

idua

lsG

auss

ian

Err

ors

••

••

•••

••

••

••

•••

•••

••

••

•••

••

•••••

••

•••

•••

•••••

••

••

•••

••

•••

••

••••••••••

•••••••

•••

••••••

•••••

••••••••••

•••••••

•••••••••••

••

••

••

••••

••••••

••

••••••••••••

••

••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••

•••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Energy(keV)0 2 4 6 8

-10

-50

5

Res

idua

lsP

oste

rior P

redi

ctiv

e E

rror

s

••

••

•••

••

••

••

•••

•••

••

••

•••

•••••

••

•••

•••

•••••

••

••

•••

••

•••

••

••••••••••

•••••••

•••

••••••

•••••

••••••••••

•••••••

•••••••••••

••

••

••

••••

••••••

••

••••••••••••

••

••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••

•••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

•••••••••••••••••••••••••••••••

••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••

Energy(keV)0 2 4 6 8

-10

-50

5

Res

idua

lsP

oste

rior P

redi

ctiv

e E

rror

s

Page 20: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Posterior Predictive Checks: Is there a line?3

Model 0: no line Model 1: known location Model 2: unknown location

The Likelihood Ratio Test:

T (Yrep) = log{

supθ∈ΘiL(θ|Yrep)

supθ∈Θ0L(θ|yrep)

}, i = 1,2,

Sample Yrep from posterior predictive dist’n under Model 0.

Model 0 vs. Model 1

T(y.rep)

0 1 2 3 4 5 6 7

020

040

060

080

0

p = 0

T(y) = 5.62

Model 0 vs. Model 2

T(y.rep)

0 2 4 6 8 10

010

020

030

040

0

p = 0.013

T(y)= 5.63

Knowing line location increases strength of evidence.3

Protassov, van Dyk, Connors, Kashyap, and Siemiginowska (2002). Statistics: Handle with care —detecting multiple model components with the likelihood ratio test, The Astrophysical Journal, 571 545–559.

Page 21: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Outline

1 Bayesian Data Analysis

2 X-ray Spectral Analysis

3 Bayesian Computation

4 Solar Physics

5 Calibration of X-ray Detectors

Page 22: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

(Markov Chain) Monte Carloprior

lamS

0 2 4 6 8

0.0

0.2

0.4

0.6

0 2 4 6 8 10

0.0

0.2

0.4

posterior

lamS

joint posterior with flat prior

lamS

lam

B

0 2 4 6 8

1.5

2.0

2.5

.

..

.

.

.

.

.

.

...

.

......

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

. .

.

..

.

..

.. .

.

.

..

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

.

.

. ... .

.

.

.

.

..

..

.

..

. .

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

...

.

.

..

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

..

..

.

...

.

.

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.. .... .

.

.

.

. . .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.....

..

.

.

.

. .

.

.

....

.

.. .

.

..

..

..

..

.

.

.

.

.

. ...

.

.

.

.

.

...

...

.

..

. .

.

..

.

.

.

...

.

. .

.

.

.

..

..

..

.. . .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

.

..

.

.

.

..

. .

..

.

..

.

.

.

.

..

.

..

.

..

.

.

.

..

.

. ..

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

..

.

.

..

. .

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.. .

.

.

...

..

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

...

.. ..

.

. ..

..

.

..

.

.

.

.

.

.

.

..

.

...

.

.

.

.

..

. ..

.

.

.

. .

.. .

.

...

. ..

.

.

.

.

..

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

....

..

.

.

..

.

.

. ...

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.. .

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

..

.

.

...

.

.

..

.

.

..

.

. ..

..

.

.

.

.

...

.

.

.

..

.

..

.

.

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

.

..

..

. ..

. ..

.

.

. .

..

.

..

.

..

..

.

..

.

.

.

. .

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

.

.

.

.

. ..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

..

.

.

..

..

...

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

..

...

.

.

..

.

.

.

..

..

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

...

.

.

.

.

..

.

.

.

...

.

..

.

.. .

.

..

..

.

.

.

.

.

.

..

.

...

.

.

.

...

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

..

.

.. ..

..

..

.

.

.

.

...

..

.

.... ....

.

..

..

.

.

.

.

.

..

.

. .

.

. .

.

.

...

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

.

. .

.

.

..

.

..

.. ..

.

..

..

.

.

.

..

..

. .

...

.

.

..

.. .

..

.

.

.

.

.

...

.

..

.

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

..

..

.

. ..

..

.

.

..

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.. .

.

.

.

.. .

.

. .

..

.

..

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.. ...

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

.

..

.

.. .. .

.

.

.

.

..

.

..

..

.

.

..

.

.

...

.

.

. ..

.

.

.

.

.

..

.

... .

.

.

..

. ..

.

.

..

..

.

.

.

.

.

.

..

.. .

..

.

. .

.

.

.

.

..

.

.

.

. .

.

. .

.

..

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

...

.

....

..

.

..

..

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

. .

..

.

.

..

.

. ..

..

.

. .

.

..

..

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

.

...

.

.

.

..

.

..

..

.

.

.

.

. ..

.

.

...

.

..

.

.

.

..

...

.

.

.

.

.

.

.

. .

.

.

.

. .

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

...

.

.

...

..

.

.

.

.. .

.

.

.

.

. .

..

.

.. .

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

..

..

.

.

.

.

.

..

.

.

..

..

...

..

..

...

.

.

..

.

.

.

.

.

..

..

..

..

.

.

.

.

.

.

..

.

.

...

.

.

.

.

.

..

.

.

..

.

.

..

..

.

.

.

..

.

.

.

...

.

..

.

..

. ..

.

..

..

.

.

...

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

...

...

.

...

. .

.

. .

.

...

...

..

..

.

.

.

.

.

..

..

.

..

.

.

.

.

..

.

.

.

..

.

.

.

.

.

..

.

.

. ..

.

.

.

.

.

..

..

.

.

.

.

.

.

...

..

.

.

.

..

.

... .

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

. . .

.

....

.

.

..

.

..

...

.

.

.

...

.

.

.

.

.

.

.

..

..

.. .

.

.

.

.

.

.

..

..

....

.

.

.

..

...

.

.

.

.

..

. ..

.

.

.

...

.

..

.

..

.

..

.

.

.

.

. ..

..

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

... .

.

.

.

.

.

..

.

.

..

..

.

.. ..

..

.

..

.

.... .

. .

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.. .

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

..

.

.

.

.

..

..

.

..

.

.

..

.

...

.

..

.

.

.

..

.. .

.

.

.

..

.

.

. .

..

.

..

..

.

.

..

.

..... .

...

.

.

..

.

.

..

.

.

.

. ..

.

.. .

..

.

.

.

.

.. .

..

. ..

..

.

....

.

..

.

.

.

.

.

.

..

.

...

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

.

.

.

.. .

.

.

.

.

. ..

.

.

.

...

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

. ..

. .

.

.

.

..

.

. .

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

.

..

.

.

..

. .

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

..

.

.

.

..

.

.

.

.

.

. .

..

...

.

.

.

.

.

..

.

. ...

.

.

.

.

..

.

.

..

..

..

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

..

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

..

.

.

..

.

. ..

.

.

..

...

.

.

.

.

.

...

.

..

.

.

..

Goal: obtain a sample from the posterior distribution of θ.The sample may be independent or dependent.Markov chains can be used to obtain a dependent sample.Given θ(0), sample

θ(t) ∼ K(θ|θ(t−1)) for t = 1,2, . . .

Page 23: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

The Metropolis Sampler

Draw θ(0) from some starting distribution.

For t = 1,2,3, . . .Sample: θ∗ = θ(t−1)+ random noise

Compute: r = p(θ∗|Y )

p(θ(t−1)|Y )

Set: θ(t) =

{θ∗ with probability min(r ,1)

θ(t−1) otherwise

NoteRandom noise must be symmetric,e.g., Gaussian or uniform distribution centered at zero.If p(θ∗|Y ) > p(θ(t−1)|Y ), jump!

Page 24: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Complex Posterior Distributions I

Cannot be summarized with fitted value and error bars.

Page 25: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Complex Posterior Distributions I

Highly non-linear relationships among parameters.

Page 26: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Complex Posterior Distributions IIMultiple Modes

Page 27: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Complex Posterior Distributions III

0 2 4 6 8 10

0.0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

energy (keV)

post

erio

r den

sity

Page 28: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Complex Posterior Distributions III

2 4 6 8

24

68

energy of photon 1 (keV)

ener

gy o

f pho

ton

2 (k

eV)

energy of photon 2 (keV) energy of photon 1 (keV)

posterior

Page 29: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Outline

1 Bayesian Data Analysis

2 X-ray Spectral Analysis

3 Bayesian Computation

4 Solar Physics

5 Calibration of X-ray Detectors

Page 30: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Multilevel Models

Sequentially account for physical model, errors in recordedenergy, selection effects, data contamination, truncation, etc.

Model Parameters: θ.Physical Model: p(E |θ) is dist’n of true flare energies.Under-reported Energy: p(Eblur|θ).Data Truncation: p(Etrunc|θ)

Data Contamination: p(Eobs|θ).

Likelihood:

p(Eobs|θ) =

∫p(Eobs,Etrunc,Eblur,E |θ)dEtrunc dEblurdE

=

∫p(Eobs|Etrunc)p(Etrunc|Eblur)p(Eblur|E)p(E)dEtrunc dEblurdE

(Omitting θ in the last line to save space!)

Page 31: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Modeling Data Collection Mechanism

Recall:submaximal effective

area

instrumentresponse

absorbtion and

pile-up

background

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

050

150

++++++++++++++++

+

+

+

+

+

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

040

8012

0

++++++++++++++++

+

+

+++

+

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 60

5015

025

0

+

++

++++++++++++++

+

+

+

+

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

050

100

150

++++++++++++++++

+

+

++

+

+

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

energy (keV)

coun

ts p

er u

nit

1 2 3 4 5 6

040

8012

0

+++++++++++++

+++

+

+

+++

+

++++++++++++++++++

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

Likelihood:

p(Eobs|θ) =

∫p(Eobs|Etrunc)p(Etrunc|Eblur)p(Eblur|E)p(E)dEtrunc dEblurdE

(Omitting θ in the last line to save space!)

Page 32: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Power Law for the True Flares Energy

Choice of model:If events are are recorded as counts in energy bins,Poisson models are appropriate.If continuous energies are recorded, they should bemodeled directly:

p(E |θ) =

(γ − 1)

(EE0

)−γE−1

0 for E > E0

0 otherwise,

where γ > 1.In statistics this is called the Pareto distribution.Generalization: broken power-law, added features, etc.

Page 33: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Under-Reporting of Energy

Errors in recorded event energies:Under-reporting of energies:

Eblur = uE , with u ≤ 1

Parnell & Jupp (2000) suggest a Beta(φ+ 1,1) distribution:

p(u|θ) =

{(φ+ 1)uφ for 0 < u < 10 otherwise

,

with φ > −1. (Larger φ −→ less under-reporting.)

In principle, any distribution p(Eblur|E , θ) can be used.p(Eblur|θ) =

∫p(Eblur|E , φ)p(E |γ)dE . (e.g., skew-Laplace dist’n)

Page 34: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Data Truncation

Selection EffectsSome events are not observed:

Z =

{1 if event is observed0 otherwise

.

The probability of observation depend on energy:

p(Z = 1|Eblur, θ) = Pr(event is observed|Eblur)

Full Truncation: Observe if and only if Emin < Eblur < Emax.Stochastic Truncation: A probability of observing any event.

Page 35: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Data Truncation

Condition on Z = 1 to re-weight p(Eblur|θ):

p(Etrunc|θ) = p(Eblur|θ,Z = 1) =p(Eblur,Z = 1|θ)

p(Z = 1|θ)

=p(Eblur|θ)p(Z = 1|Eblur, θ)∫

p(Eblur|θ)p(Z = 1|Eblur, θ)dEblur

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

f(Eblur)

energy (ergs)

dist

ribut

ion

of E

_blu

r

1e+25 3e+25 5e+25 7e+25

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

Pr(observed)

energy (ergs)

prob

abili

ty o

bser

ved

1e+25 3e+25 5e+25 7e+25

0.0

0.2

0.4

0.6

0.8

1.0

●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●

f(Etrunc)

energy (ergs)

dist

n of

E_t

runc

1e+25 3e+25 5e+25 7e+25

Page 36: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Data Contamination

Two types of selection effectsTruncation Events of interest are not recorded.

Contamination Events are recorded that are not of interest.

p(Eobs|θ) = αp(Etrunc|θ) + (1− α)p(Ebkgd)

To identify underlying power law, must know something about:blurring function, p(Eblur|E , θ)

probability events of interest are included, p(Z = 1|Eblur, θ).distribution of contaminating events, p(Ebkgd|θ).

After specifying model and obtaining data, fit via MCMC.

Page 37: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Outline

1 Bayesian Data Analysis

2 X-ray Spectral Analysis

3 Bayesian Computation

4 Solar Physics

5 Calibration of X-ray Detectors

Page 38: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Calibration of X-ray Detectors

We must model both1 the scientifically interesting source and2 instrumental effects.

How well are the instruments understood?

Page 39: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Calibration Products

Analysis is highly dependent on Calibration Products:Effective area records sensitivity as a function of energyEnergy redistribution matrix can vary with energy/locationPoint Spread Functions can vary with energy and locationExposure Map shows how effective area varies in an image

In this talk we focus on uncertainty in the effective area.

E [keV]

AC

IS−

S e

ffect

ive

area

(cm

2 )0

200

400

600

800

0.2 1 10

A CHANDRA effective area.

Sample Chandra psf’s(Karovska et al., ADASS X)

EGERT exposure map(area × time)

Page 40: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Derivation of Calibration Products

Effective area records theinstrument sensitivity asfunction of energyAim to capture deteriorationof detectors over time.Complex computer models ofsubassembly components.Calibration scientists providea sample representinguncertaintyCalibration Sample istypically of size M ≈ 1000.

E [keV]

AC

IS−

S e

ffect

ive

are

a (

cm2 )

02

00

40

06

00

80

0

0.2 1 10

E [keV]

de

fau

lt su

btr

act

ed

effe

ctiv

e a

rea

(cm

2)

−5

00

50

0.2 1 10

Page 41: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Simple Emulation of Computer Model4

We use Principal Component Analysis to represent uncertainly:

A ∼ A0 + δ̄ +m∑

j=1

ej rjv j ,

A0: default effective area,δ̄: mean deviation from A0,

rj and v j : first m principle component eigenvalues & vectors,ej : independent standard normal deviations.

Capture 95% of variability with m = 6− 9.

4Lee, Kashyap, van Dyk, Connors, Drake, Izem, Meng, Min, Park, et al. (2011). Accounting for Calibration

Uncertainties in X-ray Analysis: Effective Areas in Spectral Fitting. The Astrophysical Journal, 731, 126–144.

Page 42: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Two Possible Target Distributions5

We consider inference under:A PRAGMATIC BAYESIAN TARGET: π0(A, θ) = p(A)p(θ|A,Y ).THE FULLY BAYESIAN POSTERIOR: π(A, θ) = p(A|Y )p(θ|A,Y ).

Concerns:Statistical Fully Bayesian target is “correct”.

Cultural Astronomers have concerns about letting thecurrent data influence calibration products.

Computational Both targets pose challenges,but pragmatic Bayesian target is easier to sample.

Practical How different are p(A) and p(A|Y )?

With MCMC we sample a different effective area curve at eachiteration according to its conditional distribution.

5Xu, van Dyk, Kashyap, Siemiginowska, Connors, Drake, et al. (2014). A Fully Bayesian Method for

Jointly Fitting Instrumental Calibration and X-ray Spectral Models. The Astrophysical Journal, to appear.

Page 43: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Implementing the Fully Bayesian Analysis

Direct MH sampling is difficult. (Case-by case tuning of jumping rules.)

Pragmatic Bayesian posteriorWe can easily sample from π0(A, θ).Well suited proposal dist’n: over-dispersed relative to π(A, θ).

But π0(A, θ) cannot be evaluated

π0(A, θ) = p(θ|Y ,A)p(A) =p(Y |θ,A)p(θ)

p(Y |A)p(A)

This is a doubly intractable distribution.We construct a normal approximation (∼ 20 dimensional).Use as jumping rule in an independence MH sampler.

Page 44: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

Sampling From the Full Posterior

0.90 0.95 1.00 1.05

1.96

2.00

2.04

Default Effective Area

θθ1

θθ 2

0.90 0.95 1.00 1.05

1.96

2.00

2.04

Pragmatic Bayes

θθ1

θθ 2●

0.90 0.95 1.00 1.05

1.96

2.00

2.04

Fully Bayes

θθ1

θθ 2

Spectral Model (purple bullet = truth):

power law: mean(Ej |θ) = θ1E−θ2j

Pragmatic Bayes is clearly better than standard method,but a Fully Bayesian Method is the ultimate goal.

Page 45: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

How it Works on a Sample of Radio-Loud Quasars

Pragmatic Bayes Fully Bayes

−3 −2 −1 0 1 2 3

0.02

0.05

0.10

0.20

0.50

(CIpB − Γ̂std) σ̂std(Γ)

σ̂ std(Γ

)

3778661602305530563097309831003101310231033104310531063107

−3 −2 −1 0 1 2 3

0.02

0.05

0.10

0.20

0.50

(CI fB − Γ̂std) σ̂std(Γ)

σ̂ std(Γ

)●

3778661602305530563097309831003101310231033104310531063107

Page 46: Bayesian Analysis of Power Law Models in High-Energy ...dvandyk/Presentations/... · Bayesian Data AnalysisX-ray Spectral AnalysisBayesian ComputationSolar PhysicsCalibration of X-ray

Bayesian Data Analysis X-ray Spectral Analysis Bayesian Computation Solar Physics Calibration of X-ray Detectors

For Further Reading I

van Dyk, D., Connors, A., Kashyap, V., and Siemiginowska, A.Analysis of Energy Spectra with Low Photon Counts via Bayesian PosteriorSimulation. The Astrophysical Journal, 548, 224–243, 2001.

Protassov, R., van Dyk, D., Connors, A., Kashyap, V., and Siemiginowska, A.Statistics: Handle with Care – Detecting Multiple Model Components with theLikelihood Ratio Test. The Astrophysical Journal, 571, 545–559, 2002.

van Dyk, D. and Kang, H.Highly Structured Models for Spectral Analysis in High-Energy Astrophysics.Statistical Science, 19, 275–293, 2004.

Lee, H., Kashyap, V., van Dyk, D., Connors, A., Drake, J., Izem, R., Min, S., Park,T., Ratzlaff, P., Siemiginowska, A., and Zezas, A.Accounting for Calibration Uncertainties in X-ray Analysis: Effective Area inSpectral Fitting. The Astrophysical Journal, 731, 126–144, 2011.

Xu, J., van Dyk, D., Kashyap, V., Siemiginowska, A., Connors, A., Drake, J.,Meng, X.L., Ratzlaff, P. and Yu, Y.A Fully Bayesian Method for Jointly Fitting Instrumental Calibration and X-raySpectral Models. Astrophysical Journal, to appear, 2014.