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Paulino Gomez-Puertas Bioinformática
INTRODUCCIÓN A LA BIOINFORMÁTICA
2012
Bases de datos en Biología Molecular
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Paulino Gomez-Puertas Bioinformática
genes
interactions
Consequences of the use of high throughput techniques
Gene expression
polimorphisms
Information
Databases
The new tools: Clustering
Feature extraction
Multiple correlation
Datamining
Information
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genes
interactions
Consequences of the use of high throughput techniques
Gene expression
polimorphisms
Information
Databases
The new tools: Clustering
Feature extraction
Multiple correlation
Datamining
Information
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt
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similitud
similitud
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En 2012 tiene 1380 bases de datos:
http://www3.oup.co.uk/nar/database/c/
http://www3.oup.co.uk/nar/database/a/
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(Unidas actualmente en la base de datos UniprotKB).
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- En Abril de 2012 había:
151,824,421 entradas de secuencia
139,266,481,398 pares de bases
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http://www.insdc.org
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El 22 de Agosto de 2005 se alcanzó la cifra de 100 Gigabases en
las bases de datos de DNA y RNA disponibles públicamente.
April 15 2012: 139,266,481,398 bases, from 151,824,421 reported sequences
(source: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt)
nucleotides entries
Crecimiento de DDBJ, EMBL, GenBank
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The International Nucleotide Sequence Database
Collaboration (INSDC) Feature Table Definition Document:
http://www.insdc.org/files/feature_table.html
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>sequence_name
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Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase?
¿Cuál es el aminoácido número 61 de la proteína humana:
Ejercicio:
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....
Peroxisomal carnitine O-octanoyltransferase?
¿Cuál es el aminoácido número 61 de la proteína humana:
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Cuestiones…