analizzatore genetico abi prism 3100tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/cms_039734.pdf ·...

Analizzatore geneticoABI PRISM® 3100

Guida introduttiva al sequenziamento

© Copyright 2001, Applied Biosystems

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

FOR LIMITED LICENSE INFORMATION, PLEASE SEE THE ABI PRISM® 3100 GENETIC ANALYZER USER’S MANUAL.

The ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer includes patented technology licensed from Hitachi, Ltd. as part of a strategic partnership between AppliedBiosystems and Hitachi, Ltd., as well as patented technology of Applied Biosystems.

ABI PRISM and its design, Applied Biosystems, BioLIMS, GeneScan, Genotyper, and MicroAmp are registered trademarks of Applera Corporation or itssubsidiaries in the U.S. and certain other countries.

ABI, BigDye, Factura, Hi-Di, POP, POP-4, and POP-6 are trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries.

AmpliTaq is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.

Microsoft, Windows, and Windows NT are registered trademarks of the Microsoft Corporation in the United States and other countries.

Oracle is a registered trademark of the Oracle Corporation.

pGEM is a registered trademark of Promega Corporation.

All other trademarks are the sole property of their respective owners.

Applied Biosystems vast distribution and service network, composed of highly trained support and applications personnel, reaches into 150 countries onsix continents. For international office locations, please call our local office or refer to our web site at www.appliedbiosystems.com.

Applera Corporation is committed to providing the world’s leading technology and information for life scientists. Applera Corporation consists of theApplied Biosystems and Celera Genomics businesses.

Indice

1 IntroduzioneDati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1

Il presente manuale. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

Ulteriori informazioni. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

Assistenza tecnica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3

Sicurezza. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-7

2 Esecuzione di una corsa di sequenziamentoDati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1

Prima di cominciare . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2

Avvio del software 3100 Data Collection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3

Impostazione delle preferenze del software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-5

Uso del gruppo piastra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-7

Controllo e aggiunta dei fluidi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-9

Posizionamento della piastra sull’autocampionatore . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-13

Creazione di un record della piastra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-14

Collegamento di una piastra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-20

Avvio e monitoraggio della corsa. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-23

Arresto di una corsa e recupero dei dati . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-24

Visualizzazione, modifica o creazione di un modulo di corsa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-25

Visualizzazione e modifica di un modulo di analisi. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-27

3 Visualizzazione e analisi dei datiDati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1

Visualizzazione nel software Data Collection dei dati grezzi di una corsa completata . . . . . . . 3-2

Visualizzazione dei dati analizzati . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5

Analisi o rianalisi dei dati. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-11

4 Calibrazioni spaziale e spettraleDati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1

Esecuzione di una calibrazione spaziale. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2

Esecuzione di una calibrazione spettrale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6

i

5 Manutenzione dello strumentoDati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1

Elenco delle operazioni di manutenzione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-2

Rimozione delle bolle d’aria dalla camera superiore del polimero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-4

Controllo dello spazio disponibile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-5

Pulizia e controllo delle siringhe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-7

Rimozione delle camere del polimero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-9

Pulizia delle camere del polimero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-10

Aggiunta di polimero fresco allo strumento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-11

Prima di installare un set di capillari precedentemente utilizzato . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-12

Installazione e rimozione del set di capillari . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-13

Conservazione di un set di capillari. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-14

Arresto dello strumento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-15

Indice analitico

ii

1
Introduzione 1
Dati generali

Questo capitolo Il presente capitolo tratta i seguenti argomenti.

ArgomentoVedere pagina

Il presente manuale 1-2

Ulteriori informazioni 1-2

Assistenza tecnica 1-3

Sicurezza 1-7

Introduzione 1-1

Il presente manuale

Scopo Lo scopo del presente manuale è quello di fornire all’operatore le istruzioni fondamentali per:

♦ l’esecuzione di una corsa di sequenziamento

♦ l’analisi dei dati risultanti

♦ la calibrazione e le operazioni di manutenzione ordinaria dell’ABI PRISM® analizzatore genetico 3100

Ulteriori informazioni

Dove reperireulteriori

informazioni

La seguente tabella riporta i manuali e le guide correlati all’analizzatore genetico 3100.

Per ottenere... Consultare… P.N.

informazioni sulla sicurezza o sulla preparazione del laboratorio per l’installazione dell’analizzatore genetico 3100

Guida per la preparazione del sito di installazione e per la sicurezza dell’analizzatore genetico 3100 ABI PRISM

4324535

informazioni particolareggiate sull’analizzatore genetico 3100

Manuale d’uso dell’analizzatore genetico 3100 ABI PRISM

4315834

informazioni sulla preparazione dei campioni e sulla selezione e ottimizzazione dei metodi chimici per il sequenziamento mediante l’analizzatore genetico 3100

Guida alla chimica del sequenziamento dell’analizzatore genetico 3100 ABI PRISM

4315831

informazioni particolareggiate sull’analisi e la visualizzazione dei dati di sequenziamento mediante il software DNA Sequencing Analysis

Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis v. 3.7

4308924

una procedura breve per l’esecuzione di una tipica corsa di analisi dei frammenti, la visualizzazione e l’analisi dei dati della corsa e l’esecuzione delle operazioni di manutenzione ordinaria

Guida introduttiva all’analisi dei frammenti dell’analizzatore genetico 3100 ABI PRISM

431532

1-2 Introduzione

Assistenza tecnica

Come contattare ilservizio di assistenza

tecnica

Il servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems è disponibile via telefono, fax, posta elettronica o tramite Internet. È possibile ordinare 24 ore al giorno i documenti per gli operatori Applied Biosystems, le schede di sicurezza dei materiali (MSDS), i certificati di analisi e altri documenti correlati. Inoltre, è possibile scaricare documenti in formato PDF dal sito Web della Applied Biosystems (a questo proposito, consultare la sezione “Documenti su richiesta” più avanti in questo capitolo).

Per contattare ilservizio di assistenzatecnica tramite posta

elettronica

Gli indirizzi di posta elettronica del servizio di assistenza tecnica sono forniti nella seguente tabella in base alle diverse aree di prodotto.

Orari del servizio diassistenza tecnica

telefonica

Negli Stati Uniti e in Canada il servizio di assistenza tecnica è disponibile nei seguenti orari.

Per contattareil servizio di

assistenza tecnicaper telefono o fax

Nella Nord America

Per contattare il servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems, servirsi dei numeri telefonici e di fax elencati qui sotto (per una chiamata di assistenza relativa ad altre esigenze, o in caso di emergenza, comporre il numero 1-800-831-6844 e premere 1).

Area di prodotto Indirizzo di posta elettronica

Analisi genetica (sequenziamento del DNA) [email protected]

Sistemi di determinazione della sequenza e PCR

[email protected]

Sequenziamento delle proteine,sintesi peptidica e del DNA

[email protected]

Biocromatografia, sistemi PerSeptive per la sintesi del DNA, del PNA e peptidica, spettrometri di massa CytoFluor®, FMAT™, Voyager™ e Mariner™

[email protected]

Applied Biosystems/MDS Sciex [email protected]

Chemiluminescenza (Tropix) [email protected]

Prodotto Orari

Chemiluminescenza dalle 8:30 alle 17:30, ora di New York

Centro assistenza Framingham dalle 8:00 alle 18:00, ora di New York

Tutti gli altri prodotti dalle 5:30 alle 17:00, ora della California

Prodotto oarea di prodotto

Per telefonarecomporre il...

Per inviare un faxcomporre il...

Analizzatore di DNA ABI PRISM® 3700 1-800-831-6844,quindi premere 8

1-650-638-5981

Sintesi del DNA 1-800-831-6844,quindi premere 21

1-650-638-5981

Sequenziamento del DNA mediante rilevamento della fluorescenza

1-800-831-6844,quindi premere 22

1-650-638-5981

Introduzione 1-3

In tutti gli altri Paesi

Analisi dei frammenti mediante rilevamento della fluorescenza (incluse le applicazioni GeneScan®)


1-650-638-5981

Dispositivi integrati per il controllo termico (strumenti ABI PRISM® 877 e Catalyst 800)


1-650-638-5981

Analizzatore genetico ABI PRISM® 3100 1-800-831-6844,quindi premere 26

1-650-638-5981

BioInformatics (incluse le applicazioni BioLIMS®, BioMerge® e SQL GT®)


1-505-982-7690

Sintesi peptidica (sistemi 433 e 43X) 1-800-831-6844,quindi premere 31

1-650-638-5981

Sequenziamento delle proteine (sistemi di sequenziamento delle proteine Procise®)


1-650-638-5981

PCR e rilevamento della sequenza 1-800-762-4001,quindi premere 1 per PCR, 2 per il 7700 o 5700, 6 per il 6700o comporre il numero 1-800-831-6844, quindi premere 5

1-240-453-4613

Stazioni di lavoro per biospettrometria MALDI-TOF Voyager™ e per spettrometria di massa ESI-TOF Mariner™


1-508-383-7855

Biocromatografia (stazioni di lavoro BioCAD® e prodotti per cromatografia di perfusione Poros®)


1-508-383-7855

Sistemi Expedite™ per la sintesi dell’acido nucleico


1-508-383-7855

Sintesi peptidica (sintetizzatori peptidici Pioneer™ e 9050 Plus)


1-508-383-7855

PNA su ordinazione e sintesi 1-800-899-5858,quindi premere 15

1-508-383-7855

Sistema FMAT™ 8100 HTS e lettore di piastre in fluorescenza CytoFluor® 4000


1-508-383-7855

Chemiluminescenza (Tropix) 1-800-542-2369 (solo per chi chiama dagli USA), o +1-781-271-0045

1-781-275-8581

Applied Biosystems/MDS Sciex 1-800-952-4716 1-508-383-7899

RegionePer telefonarecomporre il...


Africa e Medio Oriente

Africa (anglofona) e Asia Orientale (Fairlands, Repubblica Sudafricana)

27 11 478 0411 27 11 478 0349

Repubblica Sudafricana (Johannesburg) 27 11 478 0411 27 11 478 0349

Prodotto oarea di prodotto

Per telefonarecomporre il...


1-4 Introduzione

Paesi del Medio Oriente e Nordafrica (Monza, Italia)

39 (0)39 8389 481 39 (0)39 8389 493

Estremo Oriente, Cina, Oceania

Australia (Scoresby, Victoria) 61 3 9730 8600 61 3 9730 8799

Cina (Pechino) 86 10 64106608 86 10 64106617

Hong Kong 852 2756 6928 852 2756 6968

Corea (Seoul) 82 2 593 6470/6471 82 2 593 6472

Malesia (Petaling Jaya) 60 3 758 8268 60 3 754 9043

Singapore 65 896 2168 65 896 2147

Taiwan (Taipei Hsien) 886 2 22358 2838 886 2 2358 2839

Tailandia (Bangkok) 66 2 719 6405 66 2 319 9788

Europa

Austria (Vienna) 43 (0)1 867 35 75 0 43 (0)1 867 35 75 11

Belgio 32 (0)2 712 5555 32 (0)2 712 5516

Repubblica Ceca e Slovacchia (Praga) 420 2 61 222 164 420 2 61 222 168

Danimarca (Naerum) 45 45 58 60 00 45 45 58 60 01

Finlandia (Espoo) 358 (0)9 251 24 250 358 (0)9 251 24 243

Francia (Parigi) 33 (0)1 69 59 85 85 33 (0)1 69 59 85 00

Germania (Weiterstadt) 49 (0) 6150 101 0 49 (0) 6150 101 101

Ungheria (Budapest) 36 (0)1 270 8398 36 (0)1 270 8288

Italia (Milano) 39 (0)39 83891 39 (0)39 838 9492

Norvegia (Oslo) 47 23 12 06 05 47 23 12 05 75

Polonia, Lituania, Lettonia ed Estonia (Varsavia)

48 (22) 866 40 10 48 (22) 866 40 20

Portogallo (Lisbona) 351 (0)22 605 33 14 351 (0)22 605 33 15

Russia (Mosca) 7 095 935 8888 7 095 564 8787

Europa Sudorientale (Zagabria, Croazia) 385 1 34 91 927 385 1 34 91 840

Spagna (Tres Cantos) 34 (0)91 806 1210 34 (0)91 806 1206

Svezia (Stoccolma) 46 (0)8 619 4400 46 (0)8 619 4401

Svizzera (Rotkreuz) 41 (0)41 799 7777 41 (0)41 790 0676

Paesi Bassi (Nieuwerkerk a/d IJssel) 31 (0)180 331400 31 (0)180 331409

Regno Unito (Warrington, Cheshire) 44 (0)1925 825650 44 (0)1925 282502

Tutti gli altri Paesi non elencati(Warrington, UK)

44 (0)1925 282481 44 (0)1925 282509

Giappone

Giappone (Hacchobori, Chuo-Ku, Tokyo) 81 3 5566 6230 81 3 5566 6507

America Latina

Del.A. Obregon, Messico 305-670-4350 305-670-4349

RegionePer telefonarecomporre il...


Introduzione 1-5

Per contattare ilservizio di assistenza

tecnica via Internet

Per ottenere le risposte alle domande più frequenti e ulteriori informazioni sui nostri prodotti, consigliamo vivamente di visitare il nostro sito Web. Tale sito consente inoltre di ordinare documenti tecnici o un indice dei documenti disponibili e di richiederne l’invio tramite fax o posta elettronica. L’indirizzo del sito Web della Applied Biosystems è:

http://www.appliedbiosystems.com/techsupp

Documenti surichiesta

L’accesso gratuito e ininterrotto alla documentazione tecnica della Applied Biosystems (incluse le MSDS) è disponibile via fax, posta elettronica o tramite il sito Web.

Per inoltrare domande di carattere tecnico dal Nord America o dall’Europa, attenersi alle seguenti istruzioni.

Passa Procedura

1 Accedere al sito Web di assistenza tecnica della Applied Biosystems.

2 Sotto l’intestazione Troubleshooting (Risoluzione dei problemi), fare clic su Support Request Forms (Moduli per la richiesta di assistenza), quindi selezionare la regione di assistenza pertinente per l’area di prodotto in questione.

3 Immettere le informazioni richieste e la propria domanda nel modulo visualizzato, quindi fare clic sul pulsante blu con testo giallo Ask Us RIGHT NOW (Inoltra adesso).

4 Immettere le informazioni richieste nel modulo successivo (se non lo si è ancora fatto), quindi fare clic su Ask Us RIGHT NOW.

Entro 24–48 ore, uno degli specialisti del servizio di assistenza tecnica invierà per posta elettronica una risposta all’operatore.

Per ordinare i documenti... Procedura

per numero d’indice

a. Accedere al sito Web del servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems all’indirizzo http://www.appliedbiosystems.com/techsupp

b. Fare clic sul collegamento Index (Indice) relativo al tipo di documento desiderato, quindi individuare il documento in questione e annotarne il numero d'indice.

c. Utilizzare i numeri d'indice per richiedere i documenti in base alle procedure descritte qui di seguito.

per telefono, per la consegna via fax

a. Dagli USA o dal Canada, comporre il numero 1-800-487-6809; da tutti gli altri Paesi, comporre il numero +1-858-712-0317.

b. Per ordinare i documenti desiderati, attenersi alle istruzioni vocali fornite.

Nota Vi è un limite di cinque documenti per richiesta.

1-6 Introduzione

Sicurezza

Note cautelativeper l’operatoreutilizzate nella

documentazione

Le note cautelative utilizzate nella documentazione della Applied Biosystems destinata agli operatori sono cinque. Ciascuna nota presuppone un particolare livello di osservanza o l’esecuzione di una particolare operazione da parte dell’operatore, secondo quanto descritto qui di seguito.

Nota Richiama l’attenzione dell’operatore su informazioni utili.

IMPORTANTE Indica informazioni necessarie ai fini del corretto funzionamento dello strumento.

Indica una situazione potenzialmente pericolosa che, se non evitata, potrebbe causare lesioni di minore o moderata entità. Può inoltre essere usata per mettere in guardia l’operatore nei confronti di pratiche pericolose.

Indica una situazione potenzialmente pericolosa che, se non evitata, potrebbe causare lesioni gravi o decesso.

Indica una situazione di pericolo incombente che, se non evitata, causerà decesso o lesioni gravi. Questa nota cautelativa viene usata esclusivamente nelle situazioni di estremo pericolo.

Avvertenze relativealle sostanze

chimiche pericolose

SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. Alcune delle sostanze chimiche utilizzate con gli strumenti e i protocolli Applied Biosystems sono potenzialmente pericolose e possono provocare lesioni, malattie o decesso.

♦ Leggere e comprendere a fondo le informazioni contenute nelle MSDS fornite dalla ditta produttrice delle sostanze chimiche o dei materiali pericolosi, prima di riporli in magazzino, manipolarli o utilizzarli.

tramite Internet, per la consegna via fax o posta elettronica

a. Accedere al sito Web del servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems all’indirizzo http://www.appliedbiosystems.com/techsupp

b. Sotto Resource Libraries (Librerie di consultazione), fare clic sul tipo di documento desiderato.

c. Immettere o selezionare le informazioni desiderate nel modulo visualizzato, quindi fare clic su Search (Cerca).

d. Nei risultati della ricerca visualizzati, selezionare la casella corrispondente al metodo di consegna desiderato per ciascun documento corrispondente ai criteri specificati, quindi fare clic su Deliver Selected Documents Now (Consegna i documenti selezionati adesso); in alternativa, fare clic sull’icona PDF corrispondente al documento desiderato per scaricarlo immediatamente.

e. Completare il modulo di informazioni (se non lo si è ancora fatto), quindi fare clic su Deliver Selected Documents Now per inoltrare il proprio ordine.

Nota La consegna via fax prevede un limite di cinque documenti per richiesta; la consegna per posta elettronica non è invece soggetta ad alcun limite per quanto riguarda il numero di documenti ordinabili.

Per ordinare i documenti... Procedura

ATTENZIONE!

AVVERTENZA!

PERICOLO!

AVVERTENZA!

Introduzione 1-7

♦ Ridurre al minimo il contatto e l’inalazione delle sostanze chimiche. Durante la manipolazione delle scorie chimiche, indossare gli opportuni corredi di protezione personale (come occhiali di protezione, guanti e indumenti protettivi). Per ulteriori indicazioni relative alla sicurezza, consultare le MSDS.

♦ Non lasciare aperti i contenitori delle sostanze chimiche e usare tali sostanze solo in ambienti adeguatamente ventilati.

♦ Verificare regolarmente l'eventuale presenza di perdite o fuoriuscite. In caso di perdite o fuoriuscite, attenersi alle procedure per la pulizia fornite dalla ditta produttrice della sostanza chimica in questione nella MSDS ad essa corrispondente.

♦ Rispettare tutte le leggi e le norme locali, regionali/provinciali e statali relative alla conservazione, alla manipolazione e allo smaltimento delle sostanze chimiche.

\

Avvertenze relativealle scorie chimiche

pericolose

RIFIUTI CHIMICI PERICOLOSI. Le scorie generate dagli strumenti Applied Biosystems sono potenzialmente pericolose e possono provocare lesioni, malattie o decesso.

♦ Prima di riporre in magazzino, manipolare o smaltire le scorie chimiche, leggere e comprendere a fondo le informazioni contenute nelle MSDS fornite dalle ditte produttrici delle sostanze chimiche presenti nel contenitore delle scorie.

♦ Manipolare le scorie chimiche all’interno di una cappa aspirante.

♦ Ridurre al minimo il contatto e l’inalazione delle scorie chimiche. Durante la manipolazione delle scorie chimiche, indossare gli opportuni corredi di protezione personale (come occhiali di protezione, guanti e indumenti protettivi).

♦ Dopo avere vuotato il contenitore delle scorie, chiuderlo ermeticamente con il tappo fornito.

♦ Smaltire il contenuto della vaschetta e del flacone delle scorie chimiche in osservanza delle prassi di sicurezza del laboratorio e delle norme locali, regionali/provinciali e statali relative alla tutela dell’ambiente e della salute.

Guida per lapreparazione del sitodi installazione e per

la sicurezza

La guida per la preparazione del sito di installazione e per la sicurezza è un documento separato che viene inviato a tutti gli acquirenti e gli utilizzatori degli strumenti Applied Biosystems. Per informazioni sulla preparazione del sito di installazione, sulla sicurezza dello strumento, sulla sicurezza delle sostanze chimiche e sulle caratteristiche delle scorie, consultare la guida specifica per lo strumento in dotazione.

Schede di sicurezzadei materiali

Alcune delle sostanze chimiche utilizzate con il presente strumento sono classificate come pericolose dalle rispettive ditte produttrici. In questo caso, le etichette dei contenitori di tali sostanze recano in posizione ben visibile le apposite avvertenze.

Prima della consegna o all’atto della consegna delle sostanze chimiche pericolose, le rispettive ditte produttrici forniranno una MSDS ai nuovi clienti e ne allegheranno una copia aggiornata alla prima consegna di una sostanza chimica pericolosa la cui la scheda abbia subito delle modifiche. Le MSDS forniscono all’operatore le informazioni necessarie per garantire la sicurezza della conservazione, la manipolazione, il trasporto e lo smaltimento delle sostanze chimiche.

AVVERTENZA!

1-8 Introduzione

Qualora, alla consegna di un lotto di sostanze chimiche pericolose si riceva una scheda aggiornata, si consiglia di sostituirla a quella in archivio.

SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. Prima di procedere all’uso di reagenti o solventi, leggere con attenzione le rispettive MSDS.

Per ordinare leschede MSDS

Utilizzare le seguenti informazioni per ordinare copie supplementari gratuite delle MSDS relative alle sostanze chimiche prodotte o distribuite dalla Applied Biosystems.

Per le sostanze chimiche non prodotte o distribuite dalla Applied Biosystems, rivolgersi alle rispettive ditte produttrici.

AVVERTENZA!

Per ordinare le MSDS... Procedura

via Internet a. visitare il sito Web www.appliedbiosystems.com/techsupp

b. fare clic su MSDSs

c. è possibile aprire e scaricare una versione in formato PDF (utilizzando Adobe® Acrobat® Reader™) del documento desiderato; in alternativa, è possibile richiede che il documento venga consegnato via fax o per posta elettronica.

via servizio telefonico automatizzato

consultare il paragrafo “Documenti su richiesta” della sezione “Come contattare il servizio di assistenza tecnica”.

per telefono negli Stati Uniti

comporre il numero 1-800-327-3002, quindi premere 1.

per telefono in Canada

per telefono in qualsiasi altro Paese

vedere la regione specifica nel paragrafo “Per contattare il servizio di assistenza tecnica per telefono o fax” nella sezione “Come contattare il servizio di assistenza tecnica”.

Se si possiede... Allora…

il numero della MSDS o il suo numero all’interno dell’indice del servizio Document on Demand (Documenti su richiesta)

digitare uno di questi numeri nel campo apposito su questa pagina

il numero di catalogo del prodotto

selezionare Click Here (Fare clic qui), quindi digitare il numero di catalogo o le parole chiave nel campo apposito della pagina visualizzata

una parola/e chiave

Per ordinare in lingua...

Comporre il numero 1-800-668-6913 e...

inglese premere 1, quindi 2quindi nuovamente 1

francese premere 2, quindi 2, quindi 1

Introduzione 1-9

Etichette relativealla sicurezza dello

strumento

Lo strumento è dotato di etichette contenenti informazioni di sicurezza. Ciascuna etichetta si articola in tre sezioni.

♦ Una sezione contenente una segnalazione verbale, che presuppone un particolare livello di osservanza o l’esecuzione di una particolare operazione da parte dell’operatore (ad esempio, ATTENZIONE o AVVERTENZA). Se l’etichetta è relativa a più pericoli, la segnalazione verbale del livello di pericolo riportata corrisponde al pericolo maggiore.

♦ Una sezione contenente un messaggio di spiegazione del pericolo e gli interventi necessari da parte dell’operatore.

♦ Un simbolo di sicurezza che indica un potenziale pericolo per l’incolumità della persona. Per ottenere la definizione di tutti i simboli di sicurezza nelle varie lingue in cui vengono forniti, consultare la Guida per la preparazione del sito di installazione e per la sicurezza dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100.

Informazioni sullosmaltimento delle

scorie

Poiché l’uso dello strumento genera scorie potenzialmente pericolose, è responsabilità dell’operatore eseguire le operazioni descritte qui di seguito.

♦ Caratterizzare (se necessario, anche tramite analisi) le scorie generate dalle applicazioni, dai reagenti e dai substrati utilizzati nel laboratorio.

♦ Tutelare la salute e la sicurezza di tutto il personale di laboratorio.

♦ Verificare che le scorie generate dallo strumento vengano conservate, trasferite, trasportate e smaltite in conformità a tutte le norme locali, regionali/provinciali e statali vigenti.

Nota I materiali radioattivi o biologicamente pericolosi possono richiedere speciali tecniche di manipolazione ed essere soggetti a limitazioni relative allo smaltimento.

Prima di utilizzarelo strumento

Verificare che tutto il personale che utilizza lo strumento abbia:

♦ ricevuto la necessaria formazione riguardante le prassi di sicurezza nell’ambito dei laboratori

♦ ricevuto la necessaria formazione riguardante le prassi di sicurezza specifiche per lo strumento

♦ letto e compreso tutte le MSDS pertinenti

Evitare di utilizzare il presente strumento in un modo non espressamente indicato dalla Applied Biosystems. Sebbene lo strumento sia stato progettato in modo da proteggere l’operatore, l’uso improprio dello stesso rischia di comprometterne il grado di protezione.

ATTENZIONE!

1-10 Introduzione

Uso del computernel rispetto

dell’ergonomia

Il corretto utilizzo del computer evita i potenziali effetti da sforzo, come l’affaticamento, il dolore e la tensione.

Per ridurre al minimo questi effetti sulla schiena, gli arti inferiori, gli occhi e le estremità superiori (collo, spalle, braccia, polsi, mani e dita), disporre la propria stazione di lavoro in modo da garantire una posizione di lavoro naturale e rilassata. A questo scopo è necessario prendere anche in considerazione l’adeguatezza di fattori quali il riscaldamento, il condizionamento dell’aria, la ventilazione e l’illuminazione dell’ambiente. Attenersi alle indicazioni riportate qui di seguito.

PERICOLO PER IL SISTEMA MUSCOLOSCHELETRICO DOVUTO A MOVIMENTI RIPETITIVI. Questi pericoli sono causati dai seguenti potenziali fattori di rischio che includono, in modo non esclusivo, il movimento ripetitivo, una posizione scorretta, sforzi accentuati, il mantenimento di posizioni statiche non salutari, la pressione da contatto e altri fattori ambientali correlati alla stazione di lavoro.

♦ Adottare una posizione da seduti che garantisca il massimo equilibrio tra comfort, facilità di accesso alla tastiera e assenza di pressioni e sollecitazioni in grado di indurre affaticamento.

– In questa posizione, la maggior parte del peso corporeo dell’individuo deve essere sostenuto dai glutei, non dalle cosce.

– I piedi devono poggiare piatti sul pavimento e il peso delle gambe deve gravare sul pavimento, non sulle cosce.

– Al fine di mantenere la corretta posizione concava della spina dorsale, è necessario disporre di un adeguato supporto lombare.

♦ Collocare la tastiera su una superficie dotata delle seguenti caratteristiche.

– L’altezza della superficie deve essere tale da consentire di posizionare gli avambracci orizzontalmente e le braccia verticalmente.

– La superficie deve supportare gli avambracci e le mani per evitare l’affaticamento muscolare delle braccia.

♦ Posizionare lo schermo ad un’altezza che consenta di mantenere una posizione naturale del corpo e del capo. Tale altezza dipende dalla taglia corporea dell’operatore.

♦ Regolare le caratteristiche di visualizzazione in modo da ottimizzare il comfort e l’efficienza.

– Regolare le variabili dello schermo, come la luminosità, il contrasto e il colore in base alle preferenze personali e all’illuminazione dell’ambiente.

– Posizionare lo schermo in modo da ridurre al minimo i riflessi dovuti a sorgenti luminose presenti nell’ambiente.

– Posizionare lo schermo ad una distanza che prenda in considerazione l’eventuale miopia, presbiopia, astigmatismo e gli effetti delle lenti correttive indossate dall’operatore.

♦ Nel considerare la distanza dell’operatore dallo schermo, attenersi alle seguenti indicazioni.

– La distanza tra gli occhi dell’operatore e lo schermo deve essere circa uguale alla distanza tra i suoi occhi e la tastiera.

– Per la maggior parte delle persone, la distanza di lettura più comoda è di circa 50 cm.

ATTENZIONE!

Introduzione 1-11

– Per consentire un’adeguata regolazione della distanza, la superficie della stazione di lavoro deve avere una profondità minima di 91,5 cm.

– Regolare l’inclinazione dello schermo in modo da ridurre al minimo i riflessi e il riverbero ed evitare di utilizzare una stazione di lavoro dotata di superfici altamente riflettenti.

♦ Usare un leggio di forma adatta, regolabile sia orizzontalmente che verticalmente, che consenta il posizionamento del materiale cartaceo di consultazione alla medesima distanza dagli occhi dello schermo e della tastiera.

♦ Disporre i cavi e i fili in modo che non intralcino gli operatori e il resto del personale.

♦ Selezionare una stazione di lavoro dotata di una superficie sufficientemente ampia da consentire l’esecuzione di altre operazioni e che fornisca inoltre uno spazio adeguato per garantire la libertà di movimento delle gambe dell’operatore seduto.

Avvertenze relativeal pericolo difolgorazione

PERICOLO DI FOLGORAZIONE. Lavorando su uno strumento alimentato da una fonte di alimentazione ad alta tensione è possibile subire forti scosse elettriche, che possono causare lesioni o decesso. Per evitare il pericolo di folgorazione, prima di intervenire sullo strumento, scollegarlo dalla rete di alimentazione, disinserire il cavo di alimentazione e attendere almeno 1 minuto.

PERICOLO DI FOLGORAZIONE. Per ridurre il rischio di folgorazione, non rimuovere i pannelli di copertura che richiedono l’impiego di particolari utensili per la rimozione. Lo strumento non contiene alcun componente riparabile o sostituibile dall’operatore. Affidare tali interventi al personale qualificato della Applied Biosystems.

Avvertenza relativaal laser

PERICOLO DI USTIONI DOVUTE AL LASER. Un laser surriscaldato, se viene a contatto con la pelle, può provocare gravi ustioni. NON usare il laser se non è possibile raffreddarlo mediante la sua ventola di raffreddamento. Indossare sempre occhiali di protezione laser.

AVVERTENZA!

AVVERTENZA!

AVVERTENZA!

1-12 Introduzione

2
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2
Dati generali



Prima di cominciare 2-2

Avvio del software 3100 Data Collection 2-3

Impostazione delle preferenze del software 2-5

Uso del gruppo piastra 2-7

Controllo e aggiunta dei fluidi 2-9

Posizionamento della piastra sull’autocampionatore 2-13

Creazione di un record della piastra 2-14

Collegamento di una piastra 2-20

Avvio e monitoraggio della corsa 2-23

Arresto di una corsa e recupero dei dati 2-24

Visualizzazione, modifica o creazione di un modulo di corsa 2-25

Visualizzazione e modifica di un modulo di analisi 2-27

Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-1

Prima di cominciare

Premessa Le procedure descritte nel presente capitolo presuppongono che:

♦ il computer e lo strumento siano stati correttamente configurati;

♦ lo strumento sia stato sottoposto alle calibrazioni spaziale e spettrale con esito positivo. Se necessario, consultare il Capitolo 4 del presente manuale;

♦ vi sia spazio libero sufficiente sul disco rigido del computer. Se necessario, consultare il Capitolo 5 del presente manuale;

♦ i campioni siano stati correttamente preparati e risospesi. Per informazioni sulla preparazione dei campioni, consultare la Guida alla chimica del sequenziamento mediante l’ABI PRISM analizzatore genetico 3100 (P.N. 4315831).

2-2 Esecuzione di una corsa di sequenziamento

Avvio del software 3100 Data Collection

Prima di cominciare Prima di avviare il software Data Collection, eseguire le seguenti operazioni.

Passa Procedura

1 Accertarsi che il computer e il monitor siano accesi.

IMPORTANTE Il computer deve essere sempre acceso prima dello strumento.

Il nome utente predefinito è “3100User” e la password non è impostata.

2 Verificare che l’analizzatore genetico ABI PRISM® 3100 sia acceso e che l’indicatore luminoso di stato verde sia acceso (non lampeggiante).

3 Verificare che OrbixWeb Daemon sia attivo individuando il pulsante corrispondente sulla barra delle applicazioni di Windows NT.

Se OrbixWeb Daemon non è in attivo, accedere al menu Start, fare clic su Applied Biosystems, quindi selezionare OrbixWeb Daemon.

Nota Per creare un collegamento a tale programma: (a) individuare il file orbixd.exe nella directory D:\dbtools\iona\orbixweb3.2\bin; (b) fare clic con il pul-sante destro del mouse su tale file; (c) fare clic su Create Shortcut. Ciò crea un col-legamento denominato Shortcut to orbixd.exe; (d) trascinare tale collegamento sul desktop.

IMPORTANTE OrbixWeb Daemon deve essere avviato per rendere possibile l’esecuzione del software 3100 Data Collection.


Avvio del softwareData Collection

Per avviare il software Data Collection, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nel menu Start, selezionare Applied Biosystems, quindi 3100 Data Collection.

Nota Per creare un collegamento a tale programma: (a) individuare il file 3100Collection.bat nella directory D:\AppliedBio\3100\Bin; (b) fare clic con il pul-sante destro del mouse su tale file; (c) fare clic su Create Shortcut. Ciò crea un col-legamento denominato Shortcut to 3100 Collection Software; (d) trascinare tale collegamento sul desktop.

Si lancia il software 3100 Data Collection e viene visualizzata la seguente finestra.


Impostazione delle preferenze del software

Introduzione Le preferenze del software Data Collection vengono impostate durante l’installazione dello strumento; in seguito è tuttavia possibile visualizzarle o modificarle dalla finestra di dialogo Setting Preferences (Impostazione preferenze).

Visualizzazione dellafinestra di dialogo

Setting Preferences

Finestra DataCollection

Per visualizzare la finestra di dialogo Setting Preferences, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nel menu View, selezionare Preferences o fare clic su Preferences.

La finestra di dialogo è composta da due schede, come descritto qui di seguito.

Preferenza Descrizione

Instrument Name In questo campo viene automaticamente inserito il nome demo_3100.

È possibile inserirvi un nome qualsiasi (ad esempio, il numero di serie dello strumento).


Finestra DataAnalysis

Preferenza Descrizione

AutoAnalysis On Selezionare questa casella per far analizzare automaticamente i campioni dal software di analisi alla conclusione della corsa.

Nota La selezione di questa opzione non impedisce di ripetere l’analisi dei dati dei campioni.

BioLIMS Utilizzare queste impostazioni per esportare i dati in un database BioLIMS invece che nei file dei campioni.

Sample File Name Prefix Format

Specificare il formato da utilizzare per i nomi dei file dei campioni usando i menu.

Nota Oltre ai quattro identificatori impostati nei menu a discesa, a tutti i nomi vengono automaticamente accodati il numero del capillare e un’estensione di file. Quindi, nell’esempio della finestra Data Analy-sis mostrato qui sopra, il nome del campione diventa: Sample Name_Well Position_Capillary Number.ab1

Identificatore Origine

Run ID Generato dal software Data Collection

Sample Name Tratto dai dati immessi nel foglio elettronico del Plate Editor

Well Position Ottenuta dalla posizione del campione sulla piastra (le lettere designano le colonne, i numeri designano le righe: ad esempio, C3)

Plate Name Tratto dai dati immessi nella finestra di dialogo del Plate Editor

Instrument ID Tratto dai dati immessi nella finestra Data Collection delle preferenze

Array ID Tratto dai dati immessi nel programma guidato Install Capillary Array (Installa set di capillari)


Uso del gruppo piastra

Componenti delgruppo piastra

I componenti del gruppo piastra sono i seguenti.

Preparazione delgruppo piastra

Fermapiastra

Piastra per campioni

Base della piastra

Setti copripiastra

1 2 3

Per preparare un gruppo piastra, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Fissare i setti copripiastra puliti e asciutti sulla piastra dei campioni.

IMPORTANTE Non utilizzare mai piastre deformate.

IMPORTANTE Accertarsi che i setti copripiastra siano ben piatti sulla piastra.

2 Collocare la piastra per campioni sulla base della piastra.

3 Fare scattare il fermapiastra sulla piastra per campioni e sulla base della piastra.


4 Verificare che i fori del fermapiastra siano allineati ai setti copripiastra.

IMPORTANTE L’inadeguato allineamento dei fori del fermapiastra e dei setti copripiastra danneggia le estremità dei capillari.

Per preparare un gruppo piastra, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

I fori del fermapiastra devono essere allineati a quelli dei setti copripiastra.


Controllo e aggiunta dei fluidi

Aggiunta osostituzione del

polimero

Prima di procedere alla preparazione dello strumento, determinare se aggiungere o sostituire il polimero.

IMPORTANTE Se ha più di una settimana, il polimero va sostituito.

IMPORTANTE Prima di procedere, verificare che non vi siano bolle d’aria nella camera superi-ore del polimero. Per la rimozione delle bolle d’aria, vedere pagina 5-4.

Quando sostituireil tampone

Il tampone di corsa 1X nei serbatoi per anodo e catodo va sostituito giornalmente o prima di ciascuna corsa.

IMPORTANTE La mancata sostituzione del tampone può dare luogo a un calo della risoluzi-one e della qualità dei dati.

IMPORTANTE Per le operazioni di aggiunta del tampone e di posizionamento della piastra, l’autocampionatore deve essere in posizione estesa, con le estremità dei capillari fuori dalla soluzione tampone. Per evitare l’essiccamento dei capillari, non lasciare l’autocampionatore in questa posizione per più di 30 minuti.

Se il polimero sullo strumento... Allora…

ha meno di una settimana ed

è in quantità sufficiente per completare le corsea

a. Sono necessari >0,5 ml di polimero. Una corsa utilizza 50–80 µl di polimero: ciò equivale a 60–100 corse da una siringa da 5 ml.

Verificare che non vi siano bolle d’aria, quindi procedere con la preparazione dello strumento.

Nota Per la rimozione delle bolle d’aria, vedere pagina 5-4.

ha più di una settimana, oppure

è in quantità insufficiente per completare le corse

Riempire di polimero le siringhe e la camera superiore del polimero in base alle istruzioni fornite dal programma guidato Change Polymer (Cambia polimero). Per le istruzioni, vedere pagina 5-11.

SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. Il polimero POP può irritare gli occhi, la cute e le vie respiratorie. Leggere le MSDS e attenersi rigorosamente alle istruzioni relative alla manipolazione di questa sostanza. Indossare adeguata protezione oculare, indumenti e guanti di protezione. Il presente prodotto va usato esclusivamente a scopi di ricerca e sviluppo.

ATTENZIONE!


Preparazione deltampone per una

singola corsa

Riempimento deiserbatoi dell’acqua edel tampone catodico

Per preparare 30 ml di tampone di corsa 1X, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Dosare 3,0 ml di tampone di corsa 10X in un cilindro graduato.

2 Aggiungere una quantità sufficiente di acqua deionizzata per portare il volume complessivo a 30 ml.

3 Miscelare bene.

Per riempire i serbatoi dell’acqua e del tampone catodico, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Chiudere gli sportelli dello strumento.

2 Premere il pulsante Tray (Vassoio) dello strumento per portare l’autocampionatore in posizione estesa.

3 Attendere l’arresto dell’autocampionatore, quindi aprire gli sportelli dello strumento.

4 Estrarre dallo strumento il serbatoio del tampone catodico e i serbatoi dell’acqua.

5 Eliminare i fluidi residui e sciacquare i serbatoi con acqua deionizzata.

Nota I fluidi di scarto sono alquanto diluiti; tuttavia, è necessario attenersi a quanto previsto dall’azienda di appartenenza in merito alle procedure di smalti-mento.

6 Sciacquare il serbatoio del tampone catodico con tampone di corsa 1X, quindi riempirlo con lo stesso tampone fino alla linea di riempimento (circa 17 ml).

7 Riempire i serbatoi dell’acqua fino alla linea di riempimento con acqua deionizzata di qualità (circa 17 ml).

Pulsante Tray


Riempimento delserbatoio del

tampone anodico

Sostituire il tampone anodico:

♦ prima di ciascuna corsa, o almeno ogni 24 ore

♦ ogni volta che si riempie la camera del polimero con nuovo polimero

8 Collocare una striscia di setti pulita su ciascun serbatoio e asciugare la superficie esterna.

Nota Per evitare di confonderli tra loro, si consiglia di etichettare oppor-tunamente i serbatoi.

Per evitare di danneggiare le estremità dei capillari, accertarsi che le strisce di setti copripiastra siano fissate saldamente e siano aderenti alle sommità dei serbatoi.

9 Posizionare nuovamente i serbatoi sull’autocampionatore, come mostrato qui di seguito.

Per riempire i serbatoi dell’acqua e del tampone catodico, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

ATTENZIONE!

Striscia di setti copripiastra ben piatta serbatoio

Linea di riempimento

Serbatoio dell’acqua(risciacquo)

Serbatoio del tampone catodico

(tampone di corsa 1X)

Serbatoio dell’acqua(scarto)

Serbatoio dell’acqua

1

2

3

4

Per riempire il serbatoio del tampone anodico fino alla linea di riempimento con tampone di corsa 1X, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Estrarre il serbatoio del tampone anodico tirandolo con decisione verso il basso e svitandolo lentamente.

2 Gettare il tampone usato in base alle prassi previste.

3 Pulire e sciacquare il serbatoio con acqua deionizzata, quindi sciacquarlo con il tampone.


4 Riempire il serbatoio fino alla linea di riempimento con tampone di corsa 1X fresco (circa 8 ml).

5 Inserire il serbatoio.

Nota Il menisco deve essere allineato alla linea di riempimento.

6 Se il serbatoio si riempie di polimero, ripetere questa procedura per eliminare e sostituire il tampone di corsa.

Nota È possibile che questo serbatoio si riempia durante lo spurgo delle bolle.

Per riempire il serbatoio del tampone anodico fino alla linea di riempimento con tampone di corsa 1X, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Linea diriempimento


Posizionamento della piastra sull’autocampionatore

Posizionamento dellapiastra sull’auto-

campionatore

Per posizionare la piastra sull’autocampionatore, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Posizionare il gruppo della piastra sull’autocampionatore come mostrato qui sotto.

Nota La piastra può essere orientata solo in una direzione: con la tacca sull’estremità della base rivolta in direzione opposta rispetto all’operatore.

IMPORTANTE Verificare che il gruppo piastra sia posizionato in piano sull’auto-campionatore. In caso contrario le estremità dei capillari potrebbero sollevare il gruppo piastra dall’autocampionatore.

2 Quando la piastra è correttamente posizionata, il colore dell’apposito indicatore sulla pagina Plate View (Visualizzazione piastra) cambia dal grigio al giallo.

Verificare che ciò sia accaduto.


Nota La chiusura degli sportelli riporta l’autocampionatore alla posizione in cui si trovava immediatamente prima dell’apertura degli sportelli.

Piastra collocata nella posizione A

Nessuna piastra collocata nella posizione B


Creazione di un record della piastra

Informazioni suirecord delle piastre

I record delle piastre sono tabelle di dati nel database dello strumento che memorizzano le informazioni relative alle piastre e ai campioni in esse contenuti.

Nota Un record della piastra è simile a un sample sheet o a un injection list probabilmente usato in precedenza con altri strumenti ABI PRISM.

Uso del Plate Editorper la creazione di

un record dellapiastra

Per creare un record della piastra mediante il Plate Editor, utilizzare una delle due procedure delineate qui di seguito.

Per ottenere ulteriori informazioni sull’importazione e l’esportazione dei record delle piastre e riguardo ad altri metodi per la loro creazione, consultare il Manuale d’uso dell’ABI PRISM analizzatore genetico 3100 ( P.N. 4315834).

Immissione delleinformazioni del

record della piastra

Nota Durante una corsa, non è possibile creare alcun record della piastra.

Per immettere le informazioni del record della piastra, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Fare clic sulla scheda Plate View (Visualizzazione piastra) nella finestra del 3100 Data Collection Software per aprire la pagina Plate View.

2 Fare clic sul pulsante Plate Editor della barra degli strumenti.

Viene visualizzata la finestra di dialogo Plate Editor.

Scheda Plate View


Immissione delleinformazioni relative

al campione

3 Nella finestra di dialogo Plate Editor:

♦ assegnare un nome alla piastra

♦ specificare l’applicazione

♦ selezionare il tipo di piastra

♦ digitare eventuali commenti (facoltativo)

IMPORTANTE Quando si assegna un nome alla piastra, è possibile utilizzare i car-atteri alfanumerici e i seguenti segni di punteggiatura: -_(){}#.+. Non utilizzare spazi.

4 A operazione completata, fare clic su Finish (Finito).

Viene visualizzato il foglio elettronico del Plate Editor.

Per immettere le informazioni del record della piastra, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Per immettere le informazioni relative al campione e salvare il record della piastra, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nel foglio elettronico del Plate Editor, digitare i nomi di tutti i campioni nella colonna Sample Name (Nome campione).

Nota Il formato predefinita utilizzata per la denominazione dei campioni prevede l’incorporamento del nome del campione digitato dall’operatore nel nome del file del campione. Ad esempio:

\

La convenzione utilizzata per la denominazione dei file dei campioni può essere modificata nella finestra di dialogo Preferences (Preferenze). Per informazioni particolareggiate, vedere pagina 2-6.

IMPORTANTE Per l’assegnazione di un nome al campione, è possibile utilizzare i caratteri alfanumerici e i seguenti segni di punteggiatura: -_(){}#.+. Non utilizzare spazi.

IMPORTANTE I nomi dei file dei campioni non devono superare i 59 caratteri. Il sistema non prevede il controllo automatico degli errori nel caso di nomi dei campi-oni composti da un numero maggiore di caratteri. Il software di analisi non è in grado di aprire i file dei campioni con nomi eccessivamente lunghi.

campione_A01_.ab1

Nome del campione digitato

Posizione del pozzetto


2 Per ciascun campione, selezionare il Dye Set (Set di fluorocromi) opportuno nel menu a discesa.Per il software ABI PRISM® DNA Sequencing Analysis, selezionare il set di fluorocromi E.

IMPORTANTE Accertarsi di selezionare il set di fluorocromi adatto per la corsa. Se i dati vengono raccolti utilizzando un set di fluorocromi sbagliato, occorre ripetere la corsa.

3 Per ciascun campione, selezionare l’opportuno Mobility File (File di mobilità) nel menu a discesa.

Nota Per visualizzare il nome del file per intero, può essere necessario ridimen-sionare la colonna. A questo scopo, collocare il cursore tra le intestazioni delle col-onne (dove si trasforma in una doppia freccia), fare clic, e trascinarlo verso destra.

La seguente tabella indica il file di mobilità da selezionare in base alla chimica del sequenziamento.

Per immettere le informazioni relative al campione e salvare il record della piastra, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Chimica del sequenziamento del DNA File di mobilità

Chimica ABI PRISM® BigDye™ Primer, con l’uso del primer -21m13

DP3100POP6{BD-21M13}v1.mob

Chimica BigDye Primer, con l’uso del “reverse” primer

DP3100POP6{BD-M13Rev}v1.mob

Chimica ABI PRISM® BigDye™ Terminator DT3100POP6{BD}v2.mob

Chimica ABI PRISM® dRhodamine Terminator

DT3100POP6{dRhod}v1.mob


4 Immettere un progetto BioLIMS.

IMPORTANTE Un progetto BioLIMS è richiesto per ciascun campione, anche se il database BioLIMS non viene utilizzato.

a. Fare clic nella cella BioLIMS Project (Progetto BioLIMS) per il pozzetto A1.

b. Selezionare un nome di progetto nel menu a discesa.

Nota Per ottenere ulteriori informazioni sull’impostazione di un progetto BioLIMS, consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100.

c. Per assegnare lo stesso nome di progetto a ciascun campione presente nel record della piastra, procedere come segue.

– Fare clic sull’intestazione di colonna per selezionare l’intera colonna.

– Premere CTRL+D.

Nota Premere CTRL+D ogni volta che un campo è identico per tutti i campioni pre-senti nel record della piastra.

5 Per ciascun campione, selezionare il Run Module (Modulo di corsa) opportuno nel menu a discesa.

Nota Qualora fosse necessario visualizzare o modificare un file di modulo di corsa, vedere pagina 2-25.

La seguente tabella riporta il modulo di corsa da selezionare in base al tipo di corsa.

Nota Se si selezionano differenti moduli per i diversi campioni, i campioni vengono automaticamente raggruppati in modo che tutti i campioni con il medesimo modulo di corsa vengano analizzati contemporaneamente. Le corse vengono programmate alfanumericamente in base al nome del modulo di corsa, non in base all’ordine indi-cato sul record della piastra, né in base ai nomi dei campioni.


Passa Procedura

IMPORTANTE È necessario immettere un progetto BioLIMS.

Tipo di corsa Modulo di corsa

Sequenziamento standard del DNA StdSeq50_POP6DefaultModule

Sequenziamento rapido del DNA RapidSeq36_POP6DefaultModule


6 Per ciascun campione, selezionare l’opportuno Analysis Module (Modulo di analisi) dal menu a discesa.

IMPORTANTE Per effettuare automaticamente l’analisi dopo la corsa, la preferenza AutoAnalysis (Autoanalisi) deve essere selezionata (vedere pagina 2-6).

La seguente tabella indica il modulo di analisi da selezionare in base al tipo di corsa.

Nota È possibile esaminare le impostazioni di tutti questi file mediante il software DNA Sequencing Analysis. I significati delle varie impostazioni sono descritti nel Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis.(P.N. 4308924).

7 Per rianalizzare il medesimo campione, selezionare un secondo modulo di corsa e un secondo modulo di analisi. È possibile analizzare un campione fino a cinque volte.

I campioni vengono automaticamente raggruppati in modo da analizzare in sequenza tutti quelli con lo stesso modulo di corsa.


Passa Procedura

Tipo di corsa Modulo di analisi

Sequenziamento standard del DNA BC-3100_SeqOffFtOff.saz

Sequenziamento rapido del DNA BC-3100RRv2_SeqOffFtOff.saz


8 Verificare che il record della piastra sia corretto, quindi fare clic su OK.

Nota Occorre qualche istante per salvare il nuovo record della piastra nel data-base e aggiungerlo alla tabella Pending Plate Records (Record delle piastre in attesa) mostrata qui sotto.

Nota Prima di poter utilizzare lo stesso nome per un altro record della piastra, occorre eliminare dal database il record originale.


Passa Procedura


Collegamento di una piastra

Introduzione La seguente procedura descrive come collegare una piastra presente sull’autocampionatore al record della piastra creato dall’operatore. Eseguire questa operazione prima di avviare la corsa sulla piastra.

IMPORTANTE Il collegamento di una piastra è possibile anche se non vi è alcun modulo di corsa selezionato per i rispettivi campioni. In questo caso, non viene visualizzato alcun messag-gio di errore, ma le analisi dei campioni presenti nella piastra non vengono programmate.

Collegamento di unapiastra a un record

della piastra

Per collegare una piastra a un record della piastra, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Fare clic sulla scheda Plate View (Visualizzazione piastra) nella finestra del 3100 Data Collection Software per aprire la pagina Plate View.

2 Nella pagina Plate View, eseguire le seguenti operazioni.

a. Nella tabella Pending Plate Records, fare clic sul record della piastra corrispondente alla piastra da collegare.

b. Fare clic sull’indicatore di posizione della piastra corrispondente alla piastra da collegare.

Scheda Plate View

Fare clic sull’indicatore di posizione della piastra

Fare clic sul record della piastra


3 Verificare l’avvenuto collegamento della piastra.

Dopo il collegamento della piastra:

♦ il pulsante Run Instrument (Avvia strumento) della barra degli strumenti è abilitato. Lo strumento è cioè pronto a partire;

♦ l’indicatore di posizione della piastra corrispondente alla piastra collegata diventa verde;

♦ il record della piastra si sposta dalla tabella Pending Plate Records (Record delle piastre in attesa) alla tabella Linked Plate Records (Record delle piastre collegate).

4 Per collegare una seconda piastra, se necessario, ripetere gli passa da 1 a 3.

Per collegare una piastra a un record della piastra, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Il pulsante Run Instrument è abilitato

L’indicatore di posizione della piastra è verde

Il record della piastra passa alla tabella Linked Plate


5 Fare clic sulla scheda Run View (Visualizzazione corsa) per visualizzare la programmazione della corsa.

Nota Sebbene sia possibile eliminare singole corse, l’ordine in base al quale le corse sono programmate non può essere modificato. La programmazione delle corse dipende da vari fattori; per ottenere informazioni in merito, consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100.

Per collegare una piastra a un record della piastra, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura


Avvio e monitoraggio della corsa

Avvio di una corsa

Monitoraggiodi una corsa

Per avviare una corsa, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Fare clic sul pulsante verde Run Instrument per avviare le corse programmate.

Pulsante Run Instrument

Per monitorare una corsa, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Fare clic sulla scheda Status View (Visualizzazione stato) per monitorare lo stato dello strumento durante la corsa.

2 Durante la corsa, è possibile visualizzare i dati usando le pagine Array View (Visualizzazione set) e Capillary View (Visualizzazione capillari).

IMPORTANTE Le finestre Array View e Capillary View vanno sempre richiuse: per evitare irrimediabili problemi legati all’aggiornamento dello schermo, non lasciarle mai aperte per lunghi periodi di tempo durante l’esecuzione di una corsa. Lasciare aperta la finestra Status View.

Per ottenere ulteriori informazioni sulle finestre Array View e Capillary View, consultare la sezione “Visualizzazione nel software Data Collection dei dati grezzi di una corsa completata” a pagina 3-2.


Arresto di una corsa e recupero dei dati

Arresto o salto diuna corsa

Quando una corsa è in esecuzione, sono visibili i pulsanti Skip to Next Run (Salta alla corsa successiva), Pause (Pausa) e Stop (Arresta) della barra degli strumenti.

Se l’autoestrazionenon riesce

L’autoestrazione dei dati di una corsa arrestata dovrebbe avvenire automaticamente. In caso contrario, usare il comando Extract data into sample files (Estrai dati in file campioni) in base a quanto descritto qui sotto.

Per arrestare la corsa in atto e... Fare clic...

continuare con le altre corse programmate

sul pulsante Skip.

arrestare le altre corse programmate a. sul pulsante Stop;

b. sul pulsante Now (Adesso) nella finestra di dialogo Question (Domanda).

Pulsante Stop

Pulsante Skip to Next Run

Pulsante Pause

Per recuperare i dati da una corsa arrestata, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nel menu Instrument (Strumento), selezionare Data Acquisition (Acquisizione dati) e quindi Extract data into sample files (Estrai dati in file campioni).

Osservare la comparsa del messaggio “Sample Files Successfully Extracted” (Estrazione file campioni riuscita) nella barra di stato.

Nota I dati estratti non sono stati analizzati. Per analizzare i file dei campioni, servirsi del software GeneScan Analysis.


Visualizzazione, modifica o creazione di un modulo di corsa

Introduzione Il modulo di corsa specifica le informazioni relative alle modalità di corsa del campione (ad esempio, la durata della corsa, la temperatura e il tempo di iniezione).

Visualizzazione di unmodulo di corsa

Modifica o creazionedi un modulo di

corsa

Per visualizzare un modulo di corsa, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Fare clic sul pulsante Module Editor della barra degli strumenti.

Viene visualizzata la finestra di dialogo del Module Editor.

2 Nella casella Modules (Moduli), fare clic sulla scheda Sequencing.

3 Per visualizzare i parametri di un modulo specifico, selezionare il nome del modulo desiderato nell’elenco. Vengono così visualizzati tutti i parametri del modulo di corsa selezionato.

Per modificare un modulo di corsa esistente o per crearne uno nuovo, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Fare clic sul pulsante Module Editor della barra degli strumenti.

Viene visualizzata la finestra di dialogo del Module Editor.

2 Selezionare il modulo di corsa da usare come modello.


3 Modificare i valori dei parametri desiderati.

IMPORTANTE Vengono accettati solo numeri interi.

IMPORTANTE Accertarsi che tutti i valori immessi siano visualizzati in rosso: i valori in nero non vengono salvati.

4

5 Alla fine di queste operazioni, care clic sul pulsante Close (Chiudi, ) per uscire dal Module Editor.

Per modificare un modulo di corsa esistente o per crearne uno nuovo, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Se si desidera... Allora…

salvare le modifiche apportate al modulo corrente

fare clic su Save (Salva).

Nota Il comando Save non funziona con i moduli di corsa predefiniti.

creare un nuovo modulo di corsa a. fare clic su Save As (Salva con nome);

b. immettere un nome descrittivo esclusivo e fare clic su OK.


Visualizzazione e modifica di un modulo di analisi

Introduzione Il modulo di analisi specifica le modalità di autoanalisi dei dati grezzi alla fine di una corsa (ad esempio, i parametri relativi all’intervallo di analisi e al size standard).

Visualizzazione emodifica di un

modulo di analisi

Per visualizzare o modificare un modulo di analisi (file .saz), procedere come segue.

Passa Procedura

1 Avviare il software Sequencing Analysis.

È possibile che un’icona di programma sia situata nel menu Start. In caso contrario, è possibile reperire il file di programma dell’applicazione DNA Sequencing Analysis (SeqA.exe) nella seguente directory:

D:\AppliedBio\SeqAnal\Bin

2 Nel menu File, selezionare Open (Apri), quindi selezionare Seq. AZ Settings (Impostazioni seq. AZ).

3 Selezionare il modulo di analisi da visualizzare o modificare.

I moduli di analisi sono memorizzati nella seguente directory:

D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Basecaller\Params

4 Fare clic su Open.

Questa operazione apre il file delle impostazioni del software DNA Sequencing Analysis.


5

Volendo, è possibile modificare le seguenti impostazioni.

♦ Basecaller Type (Tipo Basecaller) può essere impostato su Basecaller-3100 (per il sequenziamento standard) o su Basecaller-3100RR (per il sequenziamento rapido). Questi file sono memorizzati nella seguente directory:D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Basecaller\Params.

♦ Le Basecaller Settings (Impostazioni Basecaller) sono specificate nella finestra di dialogo Preferences (accessibile attraverso il menu Edit).

♦ Se la casella Write .Seq Files (Scrivi file .seq) è selezionata, i file di testo della sequenza elaborati mediante Basecaller vengono scritti in formato ABI o FASTA.

♦ Se l’opzione Factura Settings File (File di impostazioni Factura) è selezionata, l’analisi si basa invece sull’elaborazione Factura.

– Per visualizzare o modificare un file di impostazioni Factura, procedere come segue. Nel menu File, selezionare Open, quindi Factura Settings (Impostazioni Factura).

– Questi file sono memorizzati nella seguente directory:D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Factura

6

Per visualizzare o modificare un modulo di analisi (file .saz), procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Se è stato modificato il modulo di analisi e si desidera… Allora…

salvare le modifiche in un nuovo modulo di analisi

a. nel menu File, selezionare Save As;

b. immettere un nome descrittivo esclusivo e fare clic su OK.

salvare le modifiche apportate al modulo di analisi corrente

nel menu File, selezionare Save.

eliminare le modifiche apportate

fare clic sul pulsante Close per chiudere la finestra.


3
Visualizzazione e analisi dei dati 3
Dati generali


Nota Il presente capitolo presuppone che i dati della corsa siano stati estratti in file di campioni. Se si sta utilizzando l’ABI PRISM® analizzatore genetico 3100 unitamente al sistema di database BioLIMS®, è consigliabile consultare il Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis (P.N. 4308924) per ottenere informazioni su come accedere al database attraverso il programma di analisi.


Visualizzazione nel software Data Collection dei dati grezzi di una corsa completata

3-2

Visualizzazione dei dati analizzati 3-5

Analisi o rianalisi dei dati 3-11

Visualizzazione e analisi dei dati 3-1

Visualizzazione nel software Data Collection dei dati grezzi di una corsa completata

Introduzione I dati grezzi sono dati suddivisi in componenti multipli (corretti per la sovrapposizione spettrale) ma non corretti per la mobilità. Nel software 3100 Data Collection, esistono due formati per la visualizzazione dei dati grezzi.

♦ Sulla pagina Array View (Visualizzazione set), allo stesso modo in cui si visualizzano gli output dei file dei gel da uno strumento slab-gel ABI PRISM®.

♦ Sulla pagina Capillary View (Visualizzazione capillari), capillare per capillare.

IMPORTANTE Le finestre Array View e Capillary View vanno sempre richiuse: durante una corsa, non lasciarle aperte per lunghi periodi di tempo, in quanto ciò può provocare irrimediabili problemi di aggiornamento dello schermo. Lasciare aperta la finestra Status View.

Visualizzazione deidati grezzi

Per visualizzare i dati grezzi di una corsa completata, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nel software 3100 Data Collection, fare clic sulla scheda Array View per visualizzare la pagina Array View.

2 Nel menu Instrument (Strumento), selezionare Data Acquisition (Acquisizione dati) e quindi Display Run Data (Visualizza dati corsa).

Viene visualizzata la finestra di dialogo Select the run to display (Seleziona corsa da visualizzare).

3 Nel menu a discesa, selezionare la corsa da visualizzare e fare clic su OK.

Nota È possibile visualizzare qualsiasi corsa completata presente nel database dello strumento.

Nota Il richiamo dei dati richiede alcuni istanti.

3-2 Visualizzazione e analisi dei dati

4 Per visualizzare tutti i dati, servirsi delle funzioni di scorrimento della pagina Array View.


Per visualizzare i dati grezzi di una corsa completata, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Visualizzazione dei dati dei capillari/colori

Visualizzazione dell’elettroferogramma non elaborato per il capillare selezionato

Il capillare selezionato viene visualizzato al centro del tracciato

Utilizzare questa barra di scorrimento per visualizzare i dati blocco per blocco


5 In alternativa, per visualizzare contemporaneamente i dati dell’elettroferogramma per più capillari, fare clic sulla scheda Capillary View (Visualizzazione capillari) per visualizzare la pagina Capillary View.


Per visualizzare i dati grezzi di una corsa completata, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Selezionare le caselle corrispondenti ai capillari da visualizzare


Visualizzazione dei dati analizzati

Introduzione Dopo l’estrazione di una corsa in file di campioni, è possibile usare il software ABI PRISM® DNA Sequencing Analysis per visualizzare i dati dell’elettroferogramma, sia non elaborati che analizzati.

Per ottenere informazioni particolareggiate sulla visualizzazione e l’analisi dei dati Sequencing Analysis, consultare il Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis.

Individuazione deifile dei campioni

Al completamento di una corsa, i file dei campioni analizzati vengono esportati nella cartella della corsa situata, insieme al registro della corsa, nella seguente directory:

D:\AppliedBio\3100\DataExtractor\ExtractedRuns

Qui di seguito è mostrato un esempio di cartella della corsa.

Nome predefinitodella cartella

di corsa

Il nome predefinito della cartella della corsa è:Run_<Nome strumento>_<data>_<ID corsa>.

Qui di seguito è mostrato un esempio di nome della cartella della corsa.

Nome dello strumento

Anno-mese-giorno

Numero della corsa nella giornata


Visualizzazione deidati di un filedel campione

Per visualizzare i dati di un file del campione, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Avviare il software Sequencing Analysis.

È possibile che un’icona di programma del software Sequencing Analysis sia situata nel menu Start. In caso contrario, è possibile reperire il file di programma dell’applicazione Sequencing Analysis (SeqA.exe) nella seguente directory:

D:\AppliedBio\SeqAnal\Bin

Può essere utile ingrandire le dimensioni della finestra Sample Manager (Gestione campioni). A questo scopo, usare il pulsante Ingrandisci ( ) situato nell’angolo superiore destro della finestra.

2 Nella finestra Sample Manager, selezionare Add files (Aggiungi file) per aprire la finestra di dialogo Add Sample Files (Aggiungi file campioni).


3 Selezionare i file da aggiungere alla finestra Sample Manager.

a. Nel riquadro superiore, individuare e aprire la cartella contenente i file da aggiungere.

b. Fare doppio clic sui nomi dei file desiderati per aggiungerli alla casella di testo File name (Nome file).

c. Usare il pulsante Add All (Aggiungi tutti), Remove (Rimuovi) o Remove All (Rimuovi tutti) per elencare tutti i file da includere nella casella di testo File Name. Questi file sono quelli che verranno aggiunti al Sample Manager.

4 Una volta inseriti tutti i file desiderati nell’elenco File Name, fare clic sul pulsante Finish (Finito) per chiudere la finestra di dialogo Add Sample Files.

I file dei campioni vengono aggiunti alla finestra Sample Manager.

Nota Nella finestra Sample Manager vengono visualizzati solo i primi 20 caratteri dei nomi dei file dei campioni.

Per visualizzare i dati di un file del campione, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Riquadro File Name

Casella di testo File Name

Individuare i nomi dei file nel riquadro della directory e fare clic su Add (Aggiungi) per aggiungerli alla casella di testo File name.


5 Fare doppio clic sul nome del file del campione per aprirlo e visualizzarne il contenuto.

In alternativa, è possibile aprire contemporaneamente più file di campioni evidenziandoli nella finestra Sample Manager e facendo clic sul pulsante Open Files (Apri file).

Se è stato analizzato, il file del campione si apre e mostra l’elettroferogramma.

Se il file del campione non è stato analizzato, si apre e mostra i dati grezzi. Per ottenere informazioni sull’analisi dei dati, consultare la sezione “Analisi o rianalisi dei dati” a pagina 3-11.


Passa Procedura


6 Utilizzare i pulsanti situati nell’angolo inferiore sinistro della finestra per cambiare il tipo di visualizzazione.

7 Nei tipi di visualizzazione elettroferogramma, dati grezzi o EPT, è possibile usare i comandi del menu Window (Finestra) per ingrandire o rimpicciolire la visualizzazione.


Passa Procedura

21 3 4 5 6

Pulsante

Nome della visualizza-zione Descrizione

1 Annotazione Informazioni di riepilogo relative al campione e alla corsa.

2 Sequenza Il testo della sequenza nucleotidica (di base).

3 Funzione Funzioni aggiunte dall’elaborazione Factura™.

4 Elettrofero-gramma

Dati analizzati con i picchi che rappresentano le basi (se i dati non sono stati analizzati, questo tipo di visualizzazione non è disponibile).

5 Dati non elaborati

Suddivisi in componenti multipli, dati senza correzione della linea di base o della mobilità (se il file del campione non è stato analizzato, questo tipo di visualizzazione è quello predefinito).

6 EPT Grafici della tensione, della temperatura, della corrente e della potenza della corsa (se i dati EPT non sono disponibili, quest’area può essere vuota).


8 Per stampare un file del campione, procedere come segue.

a. Nel menu File, selezionare Print (Stampa) per aprire la finestra di dialogo Printing options (Opzioni di stampa).

b. Contrassegnare i tipi di visualizzazione che si desidera stampare.

c. Fare clic su OK.

In alternativa, è possibile stampare contemporaneamente più file di campioni contrassegnando la casella di stampa corrispondente ai file che si desidera stampare e facendo clic sul pulsante Start (Avvia).


Passa Procedura


Analisi o rianalisi dei dati

Introduzione Quando analizzare i dati con il software Sequencing Analysis

Il file del campione non contiene dati analizzati se:

♦ non è stato specificato un modulo di analisi durante la creazione del record della piastra; vedere il step 6 a pagina 2-18.

♦ la casella AutoAnalysis On (Analisi automatica attivata) non è stata contrassegnata nella finestra di dialogo Preferences (Preferenze); vedere la pagina 2-6.

Se il file del campione non contiene dati analizzati, è necessario analizzarlo come descritto qui di seguito.

Quando rianalizzare i dati con il software Sequencing Analysis

I parametri di analisi utilizzati dall’analizzatore automatico sono determinati dai file dei moduli di analisi del software Sequencing Analysis (dotati dell’estensione .saz).

Rianalizzare i file dei campioni con il software Sequencing Analysis:

♦ se è stato selezionato il modulo di analisi sbagliato durante la creazione del record della piastra; vedere il step 6 a pagina 2-18).

♦ se si desidera vedere l’effetto della variazione dei parametri di analisi sui dati.

Analisi o rianalisidei file dei campioni

Per analizzare o rianalizzare i file dei campioni, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Aggiungere alla finestra Sample Manager i file che si desidera analizzare.

Nota Vedere gli passa da 1 a 4, da pagina 3-6 a pagina 3-7, per ottenere istruzioni in merito all’aggiunta di file alla finestra Sample Manager.

2 Per tutti i file dei campioni da analizzare, contrassegnare la casella A.

Nota Premere CTRL+D (comando di riempimento) per riempire un’intera colonna per tutti i file dei campioni.

3 Se si desidera analizzare il file del campione in base all’elaborazione Factura, contrassegnare la casella F e selezionare il file opportuno nell’elenco Factura Settings File (File di impostazioni Factura).

Per ottenere ulteriori informazioni sull’elaborazione Factura, consultare il Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis.


Impostazioni dianalisi nella finestra

Sample Manager

4 Contrassegnare la casella P solo se si desidera che tutti i file dei campioni vengano stampati immediatamente dopo l’analisi (Questa operazione è sconsigliata).

Se si contrassegna la casella P, accertarsi che le preferenze di stampa siano correttamente impostate. Per visualizzare tali preferenze, nel menu Edit (Modifica), selezionare Preferences, quindi Printing Preferences.

5 Esaminare le impostazioni nella finestra Sample Manager. Per ulteriori informazioni, consultare la sezione “Analysis Settings” più avanti.

6 Verificare che il file DyeSet/Primer (Set di fluorocromi/primer) sia corretto per la chimica del sequenziamento.

Il file DyeSet/Primer è identico al file di mobilità selezionato al step 3 a pagina 2-16.

7 Fare clic sul pulsante Start.

8 Esaminare i dati analizzati. Se necessario, modificare i parametri di analisi e rianalizzare.

Per analizzare o rianalizzare i file dei campioni, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Impostazioni di analisi

Articolo Descrizione

Basecaller Esistono due opzioni Basecaller:

♦ Basecaller-3100.bcp (sequenziamento standard, range di separazione predefinito di 10–15)

♦ Basecaller-3100RRv2.bcp (sequenziamento rapido, separazione predefinita di 15–22)

Spacing La separazione deve corrispondere a quella del Basecaller utilizzato. I valori di separazione sono tipicamente calcolati in modo automatico, ma è possibile sovrascriverli digitando un nuovo valore nella casella Spacing.

Basecaller Settings Il parametro Basecaller Settings (Impostazioni Basecaller) può essere utilizzato per arrestare l’analisi prima del raggiungimento dello Stop Point (Punto di arresto) impostato in Sample Manager. Per usare le impostazioni Basecaller, aprire la pagina Basecaller Settings Preference (Preferenza impostazioni Basecaller) facendo clic su Preferences nel menu Edit e selezionando Basecaller Settings (non viene applicato alcun endpoint in maniera predefinita).

Peak 1 Location Questo è il punto che contrassegna il primo picco di base nei dati. Per ottenere ulteriori informazioni sulla determinazione della Peak 1 Location (Posizione picco 1) ottimale, consultare il Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis.

Start Point È il numero di scansione corrispondente all’avvio dell’analisi del Basecaller. In maniera predefinita, è identico al valore di Peak 1 Location; è tuttavia possibile immettere un numero superiore.


Stop Point È il numero di scansione al quale si arresta l’analisi del Basecaller. In maniera predefinita, questo è l’ultimo punto nel file del campione; volendo, è tuttavia possibile immettere un numero inferiore.

DyeSet/Primer File Questo è il file di mobilità usato durante l’analisi dei dati.

Factura Settings File I parametri dell’elaborazione Factura sono contenuti in questo file.

Impostazioni di analisi (Continua)

Articolo Descrizione


4
Calibrazioni spaziale e spettrale 4
Dati generali



Esecuzione di una calibrazione spaziale 4-2

Esecuzione di una calibrazione spettrale 4-6

Calibrazioni spaziale e spettrale 4-1

Esecuzione di una calibrazione spaziale

Quando eseguire unacalibrazione spaziale

Una calibrazione spaziale va eseguita ogni volta che:

♦ si installa o si sostituisce il set di capillari

♦ si rimuove temporaneamente il set di capillari dalla camera del rivelatore

Esecuzione di unacalibrazione spaziale

Per eseguire una calibrazione spaziale, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nel menu Tools (Strumenti), selezionare Perform Spatial Calibration (Esegui calibrazione spaziale).

Viene visualizzata la seguente finestra di dialogo.

2 Selezionare la casella di controllo Fill capillaries (Riempi capillari) se:

♦ i capillari non contengono polimero (cioè, se si tratta di un nuovo set di capillari), o

♦ il polimero nei capillari è stato utilizzato in una corsa

Nota Non è necessario riempire i capillari ogni volta che si esegue una calibrazione spaziale.

3 Fare clic su Start (Avvia). La calibrazione dura approssimativamente:

♦ 2 minuti senza il riempimento dei capillari

♦ 8,5 minuti con il riempimento dei capillari

4-2 Calibrazioni spaziale e spettrale

4 Se la calibrazione... Allora…

riesce viene visualizzata la seguente finestra di dialogo.

a. Fare clic su Details per visualizzare la finestra Spatial Calibration Profile.

b. Passare alla sezione “Visualizzazione dei risultati positivi e salvataggio dei dati” riportata qui di seguito.

non riesce viene visualizzata una finestra riportante un messaggio di errore e informazioni sulla ragione dell’insuccesso della calibrazione.

a. Fare clic su Details per visualizzare la finestra Spatial Calibration Profile.

b. Eseguire una delle seguenti operazioni.

– Fare clic su Cancel (Annulla), quindi fare clic su Start per ripetere la calibrazione.

– Intraprendere le opportune azioni correttive come delineato a pagina 4-5.

Per eseguire una calibrazione spaziale, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura


Visualizzazione deirisultati positivi e

salvataggio dei dati

Per visualizzare i risultati della calibrazione spaziale e salvare i dati, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Valutare il profilo della calibrazione spaziale.

Nota Per ottenere informazioni sulla valutazione del profilo della calibrazione, consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100 (P.N. 4315834).

Una volta terminata questa operazione, fare clic su OK per chiudere la finestra Spatial Calibration Profile.

2

3 Fare clic su OK per chiudere la finestra Perform Spatial Calibration.

Viene visualizzata la finestra di dialogo Question (Domanda).

Se il profilo della cali-brazione spaziale è… Allora…

soddisfacente proseguire con il passa 3.

insoddisfacente a. fare clic su Cancel per chiudere la finestra Details, quindi fare clic su Start per ripetere la calibrazione, oppure

b. riposizionare una o più delle crocette rosse. Per spostare una crocetta, modificare il valore nella casella Capillary Position (Posizione capillare), quindi fare clic all’esterno di tale casella.

Se la calibrazione continua a fornire risultati insoddisfacenti, consultare la sezione “Se la calibrazione non riesce” a pagina 4-5.


Se la calibrazionenon riesce

Se la calibrazione ha esito negativo, o se il profilo della calibrazione riuscita non è convincente, attuare una o più delle seguenti azioni correttive.

♦ Ripetere la calibrazione.

♦ Riempire i capillari di polimero, quindi ripetere la calibrazione.

♦ Pulire la finestra del set, quindi ripetere la calibrazione.

♦ Riposizionare la finestra del set nella cella del rivelatore, quindi ripetere la calibrazione.

4

Per visualizzare i risultati della calibrazione spaziale e salvare i dati, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Per… Allora…

salvare i dati di calibrazione nel database del software 3100 Data Collection

fare clic su Yes (Sì).

cancellare questi dati e usare i dati di una corsa precedente

a. fare clic su No;

b. Sostituire la mappa di calibrazione spaziale corrente. Consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100.


Esecuzione di una calibrazione spettrale

Introduzione L’esecuzione di una calibrazione spettrale si articola in tre fasi principali:

♦ l’impostazione degli standard

♦ l’avvio della calibrazione spettrale

♦ il controllo della calibrazione spettrale

Nota La presente sezione descrive l’esecuzione della calibrazione spettale per il set di fluorocromi E mediante il set Matrix Standard Set DS-01. Per informazioni sull’esecuzione della calibrazione spettrale per un altro set di fluorocromi, consultare il Manuale d’uso dell’ABI PRISM analizzatore genetico 3100.

La calibrazione spettrale viene eseguita allo scopo di creare una matrice per la correzione della sovrapposizione degli spettri delle emissioni in fluorescenza dei fluorocromi. L’applicazione di questa matrice ai dati grezzi è denominata multicomponenting. Per una spiegazione più dettagliata della calibrazione spettrale, consultare il Manuale d’uso dell’ABI PRISM analizzatore genetico 3100.

Quando eseguire unacalibrazione

spettrale

La calibrazione spettrale va eseguita:

♦ quando si usa un nuovo set di fluorocromi sullo strumento

♦ dopo il riallineamento del laser o della telecamera CCD da parte di un tecnico qualificato

♦ se si comincia a notare una riduzione nella separazione degli spettri (picchi pull-up e/o pull-down)


Preparazione deglistandard matrice per

le matrici delDye Set E

Per preparare gli standard matrice per le matrici del Dye Set E, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Scongelare e mescolare bene su vortex le provette dei quattro standard matrice DS-01 (P.N. 4315974).

2 Centrifugare brevemente le provette.

3 Preparare il Matrix Standard Set DS-01 per il set di fluorocromi E combinando le seguenti sostanze in una provetta per microcentrifuga da 1,5-ml opportunamente etichettata.

SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. La formammide è nociva se assorbita attraverso la cute e può irritare gli occhi, la pelle e le vie respiratorie. Può danneggiare il sistema nervoso centrale, i sistemi riproduttivi maschile e femminile e costituisce un rischio potenziale di difetti congeniti. Leggere le MSDS e attenersi rigorosamente alle istruzioni relative alla manipolazione di questa sostanza. Indossare adeguata protezione oculare, indumenti e guanti di protezione.

4 Agitare bene con Vortex.

5 Agitare brevemente la miscela in una microcentrifuga.

6 Riscaldare la provetta dello standard a 95 °C per 3–5 minuti per denaturare il DNA.

7 Collocare immediatamente le provette su ghiaccio per 2 minuti.

Reagente Volume (µl)

Set DS-01 di standard matrice (Matrix Standard Set DS-01; dROX, dTAMRA, dR6G, dR110)

5

Formammide Hi-DiTM (P.N. 4311320) 195

Volume finale 200

AVVERTENZA!


Caricamento deglistandard

Per caricare gli standard, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Dosare 10 µl dello standard matrice denaturato in:

♦ una piastra a 96 pozzetti, nei pozzetti da A1 a H2, come illustrato

♦ una piastra a 384 pozzetti, nei pozzetti A1, A3, C1, C3, E1, E3 e così via, come illustrato

2 Centrifugare la piastra in modo che ciascuno standard vada a depositarsi sul fondo del rispettivo pozzetto. I campioni devono:

avere questo aspetto...

non avere questo aspetto...

non avere questo aspetto...

Il campione è depositato correttamente sul fondo del pozzetto.

Il campione si trova sulla parete del pozzetto perché la piastra non è stata centrifugata.

Una bolla d’aria si trova in fondo al pozzetto perché la piastra non è stata:

♦ centrifugata con forza sufficiente, oppure

♦ centrifugata per un periodo di tempo sufficiente


Preparazione dellapiastra e dello

strumento

Attenersi alle istruzioni da pagina 2-7 a pagina 2-13 per:

♦ assemblare le piastre

♦ controllare e aggiungere i fluidi sullo strumento

♦ posizionare la piastra sull’autocampionatore

Creazione di unrecord della piastra

Per creare un record della piastra per gli standard matrice denaturati, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Sulla pagina Plate View (Visualizzazione piastra) del software 3100 Data Collection, fare clic su New (Nuovo).

Viene visualizzata la finestra di dialogo del Plate Editor.

2 Nella finestra di dialogo Plate Editor:

a. assegnare un nome alla piastra

b. selezionare Spectral Calibration (Calibrazione spettrale)

c. accertarsi che siano state selezionate le dimensioni corrette della piastra

d. Fare clic su Finish (Finito).

Questa operazione apre il foglio elettronico del Plate Editor.


3 Completare il foglio elettronico del Plate Editor per i pozzetti caricati.

a. Digitare il nome da attribuire ai campioni.

b. Selezionare Dye Set E (Set di fluorocromi E).

c. Selezionare il modulo di corsa in base alla lunghezza del set di capillari:

– 36 cm: Spect36_POP6DefaultModule

– 50 cm: Spect50_POP6DefaultModule

d. Selezionare il parametro spettrale MtxStd{Sequencing-SetE}.par.

e. Fare clic su OK.

IMPORTANTE Verificare che sia stato selezionato il file dei parametri spettrali corretto per il tipo di fluorocromi utilizzati. La selezione del file di parametri sbagliato impedisce la riuscita della calibrazione spettrale.

Ciò crea un record della piastra nel database per la corsa di calibrazione. Dopo pochi secondi, il nome del record della piastra compare nella tabella Pending Plate Records (Record delle piastre in attesa) della pagina Plate Setup (Impostazione piastra).

Per creare un record della piastra per gli standard matrice denaturati, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura


Collegamento di unapiastra

Avvio dellacalibrazione

Per collegare una piastra al record della piastra, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nella tabella Pending Plate Records, fare clic sul record della piastra appena creato.

2 Fare clic sull’immagine grafica della piastra corrispondente alla piastra sull’autocampionatore.

Nota Dopo il collegamento della piastra:

– il colore dell’immagine grafica della piastra cambia dal giallo al verde

– il record della piastra si sposta dalla tabella Pending Plate Records alla tabella Linked Plate Records (Record delle piastre collegate) (questa operazione può richiedere fino a 30 secondi)

– il pulsante Run Instrument (Avvia strumento) della barra degli strumenti è abilitato e lo strumento è pronto a partire.

Per avviare la calibrazione, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Per riesaminare la programmazione della corsa prima di avviarla, fare clic sulla scheda Run View (Visualizzazione corsa).

2 Fare clic sul pulsante Run Instrument della barra degli strumenti per avviare la corsa.


Tempi di corsa La seguente tabella elenca i tempi di corsa per la calibrazione spettrale.

Finestra SpectralCalibration Result

(Risultatocalibrazione

spettrale)

Alla fine della corsa, durante l’analisi dei dati, viene visualizzata la finestra Spectral Calibration Result per indicare i capillari che hanno avuto esito positivo e quelli che hanno avuto esito negativo.

IMPORTANTE Riesaminare e valutare il profilo di calibrazione spettrale per ciascun capillare, anche se la casella Spectral Calibration Result ha indicato la riuscita della calibrazione per tutti i capillari. Vedere il Manuale d’uso dell’ABI PRISM analizzatore genetico 3100.

Quando lacalibrazione di uncapillare ha esito

negativo

Al capillare con esito negativo viene automaticamente assegnato il profilo spettrale del più vicino capillare con esito positivo situato alla sua sinistra. Se a sinistra non vi è alcun capillare con esito positivo, al capillare viene assegnato il profilo del più vicino capillare con esito positivo situato alla sua destra. I capillari sono contrassegnati in giallo invece che in verde nella finestra Array View (vedere pagina 3-3).

IMPORTANTE Per le applicazioni in cui i pull-up e i pull-down causano errori critici, si consiglia di ripetere la calibrazione spettrale e di usare una spettrale unica per ciascun capillare.

Lunghezza del set di capillari (cm)

Tempo di corsa appros-simativo (min)

36 40

50 65

Per prendere atto del completamento della corsa di calibrazione, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nella finestra Spectral Calibration Result, fare clic su OK.

Capillare con esito positivo (.)

Capillare con esito negativo (X)


Esame di un profilodi calibrazione

spettrale per il set difluorocromi E

Dopo aver completato la calibrazione spettrale, è bene controllare sempre la qualità dei dati spettrali relativi a ciascun capillare.

Per visualizzare un profilo di calibrazione spettrale corrente per un set di fluorocromi, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nel menu Tools (Strumenti), selezionare Display Spectral Calibration (Visualizza calibrazione spettrale).

Viene visualizzata la finestra di dialogo Question (Domanda).

2 Fare clic su Dye set (Set di fluorocromi).

Viene visualizzata la finestra di dialogo Select the source to display (Seleziona origine da visualizzare).

Menu a discesa dei set di fluorocromi


3 Selezionare il set di fluorocromi E e fare clic su OK.

Questa operazione visualizza la finestra Matrices for dye set E (Matrici per set di fluorocromi E).

4 Usare i tasti freccia o il cursore a scorrimento per riesaminare i dati relativi a ciascun capillare.

Per una calibrazione di buona qualità, la calibrazione di ciascun capillare deve avere:

♦ un valore Q superiore a 0,95

♦ un numero di condizione da 3 a 5

5 Fare clic su Cancel per chiudere la finestra.

Nota Il software sostituisce automaticamente i capillari con esito negativo. Tuttavia, se l’operatore non è soddisfatto di un profilo particolare, lo può sostituire con un profilo prescelto. Per ulteriori informazioni, consultare il Manuale d’uso dell’ABI PRISM analizzatore genetico 3100.

Per visualizzare un profilo di calibrazione spettrale corrente per un set di fluorocromi, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura


5
Manutenzione dello strumento 5
Dati generali

Questo capitolo Il presente capitolo contiene informazioni sulle operazioni volte alla manutenzione dell’ABI PRISM® analizzatore genetico 3100.


Elenco delle operazioni di manutenzione 5-2

Rimozione delle bolle d’aria dalla camera superiore del polimero 5-4

Controllo dello spazio disponibile 5-5

Pulizia e controllo delle siringhe 5-7

Rimozione delle camere del polimero 5-9

Pulizia delle camere del polimero 5-10

Aggiunta di polimero fresco allo strumento 5-11

Prima di installare un set di capillari precedentemente utilizzato 5-12

Installazione e rimozione del set di capillari 5-13

Conservazione di un set di capillari 5-14

Arresto dello strumento 5-15

Manutenzione dello strumento 5-1

Elenco delle operazioni di manutenzione

Dati generali La presente sezione elenca le operazioni ordinarie necessarie per mantenere l’analizzatore genetico 3100 in condizioni di esercizio ottimali. Gli elenchi sono articolati in base alla frequenza con la quale è necessario eseguire ciascuna operazione.

Operazioniquotidiane

Le seguenti operazioni vanno eseguite almeno una volta al giorno.

Operazione di manutenzione Frequenza Vedere...

Accertarsi che le strisce di setti sui serbatoi siano ben salde e piatte.

Prima di ciascuna corsa

—

Verificare che i gruppi piastra siano stati correttamente assemblati.

IMPORTANTE Per evitare di danneggiare le estremità dei capillari, i fori del fermapiastra devono essere allineati a quelli dei setti copripiastra.


pagina 2-7

Accertarsi che i gruppi piastra siano posizionati correttamente sul portapiastre. Le piastre devono inserirsi saldamente sul portapiastre.

IMPORTANTE Non utilizzare mai piastre deformate.


—

Rabboccare i serbatoi dell’acqua e del tampone di corsa 1X 3100 dello strumento.

Quotidianamente o prima di

ciascuna corsa

pagina 2-9

Verificare che non vi siano bolle nella camera del polimero e nei rispettivi canali; le eventuali bolle presenti vanno eliminate.


ciascuna corsa

pagina 5-4

Controllare la testata dell’estremità di caricamento per verificare che le estremità dei capillari non siano schiacciate o danneggiate.


ciascuna corsa

—

Controllare il livello del polimero nella siringa della riserva del polimero, che deve contenerne almeno 1 ml.


ciascuna corsa

—

Controllare la camera del polimero per verificare che sia saldamente inserita sullo strumento.

Quotidianamente —

Pulire le superfici dello strumento. Quotidianamente —

Verificare che non vi siano residui di polimero essiccato attorno alla camera del polimero; gli eventuali residui presenti vanno asportati.

Quotidianamente —

Verificare l’assenza di perdite attorno alle siringhe e ai dadi.

Quotidianamente –

Controllare la quantità di spazio libero sul disco fisso. Eliminare i record delle piastre dal database dello strumento e archiviare i file dei campioni.

Quotidianamente pagina 5-5

5-2 Manutenzione dello strumento

Operazionisettimanali

Operazioni daeseguire quando

necessario

Le seguenti operazioni vanno eseguite almeno una volta alla settimana.


Pulire le siringhe. Settimanalmente o secondo le

necessità

pagina 5-7

Pulire i serbatoi dell’acqua e dei tamponi con acqua tiepida.

Settimanalmente —

Pulire le camere superiore e inferiore del polimero. Settimanalmente pagina 5-10

Sostituire il polimero nelle siringhe, nella camera superiore del polimero e nel set di capillari.

Settimanalmente o secondo le

necessità

pagina 5-11

Controllare le condizioni di conservazione dei set utilizzati. Settimanalmente —

Le seguenti operazioni vanno eseguite quando necessario.


Pulire le vaschette di gocciolamento. Quando necessario

—

Sostituire il set. Quando necessario

pagina 5-13

Rimuovere il polimero residuo dalle estremità dei capillari. Usare una salvietta priva di lanugine inumidita con acqua deionizzata.

Quando necessario

—

Calibrare l’autocampionatore. Molto raramente

Manuale d’uso



Rimozione delle bolle d’aria dalla camera superiore del polimero

Rimozione dellebolle d’aria

Per ottenere informazioni sul programma guidato Change Polymer (Cambia polimero), consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM.

Per rimuovere le bolle d’aria dalla camera superiore del polimero utilizzando il programma guidato Change Polymer (Cambia polimero), procedere come segue.

Passa Procedura

1 Abbassare la siringa della riserva del polimero per convogliare le bolle d’aria verso la parte inferiore destra della camera. Spingere lentamente (o picchiettare) per ridurre al minimo lo spreco di polimero.

2 Abbassare lentamente la siringa di riempimento del set per convogliare le bolle d’aria nel canale. Le bolle si raccolgono nel punto di giunzione dei canali.

3 a. Tenere premuta la valvola a perno del tampone anodico e abbassare simultaneamente la siringa di riempimento del set per creare pressione all’interno dei canali.

b. Rilasciare la valvola a perno del tampone (continuando ad abbassare la siringa di riempimento del set) per convogliare le bolle nel tubo della camera del polimero.

4 Ripetere il step 3 secondo la necessità.

Tubo della camera del polimero

Le bolle si raccolgono qui

Controllo dello spazio disponibile

Introduzione Ogni settimana, controllare lo spazio disponibile su disco fisso per verificare che sia sufficiente per la memorizzazione dei dati che verranno generati.

Le seguenti procedure indicano come controllare lo spazio disponibile:

♦ sul disco fisso (generalmente D:) per i file dei campioni estratti

♦ nel database dello strumento (generalmente sull’unità E:) per i dati grezzi

Controllo dellospazio libero sul

disco fisso

Per controllare lo spazio libero sul disco fisso per i file dei campioni, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Fare doppio clic sull’icona My Computer del desktop per visualizzare le unità disponibili.

2 Fare clic con il pulsante destro del mouse sull’unità D: e selezionare Properties (Proprietà).

Viene visualizzata la finestra di dialogo Properties, che riporta lo spazio utilizzato e lo spazio libero.


Controllo dellospazio libero nel

database

Nota Le dimensioni del database dello strumento variano automaticamente da 2 a 9 GB, a seconda dei dati da memorizzare.

3 Stimare la quantità di spazio libero necessaria utilizzando le informazioni fornite qui di seguito.

4 Se lo spazio disponibile è insufficiente, procedere come segue.

a. Archiviare i file dei campioni su un altro volume.

b. Eliminare i file originali dall’unità.

Per controllare lo spazio libero sul disco fisso per i file dei campioni, procedere come segue. (Continua)

Passa Procedura

Tipo di file

Spazio libero approssi-mativo richiesto per

file (KB)a

File dei campioni analizzati per l’analisi del sequenziamento del DNA

250

File dei campioni non analizzati 100

a. I valori forniti sono stime approssimative. Le dimensioni reali dei file dipendono dal modulo di corsa selezionato.

Per controllare lo spazio disponibile nel database, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Eseguire l’utilità Diskspace.

Per istruzioni in proposito, consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100 (P.N. 4315834).

2 Se lo spazio utilizzato è superiore a 8 GB, cancellare alcuni o tutti i record delle piastre memorizzati.

Per istruzioni in proposito, consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100.


Pulizia e controllo delle siringhe

Quando pulire lesiringhe

Pulire accuratamente le siringhe:

♦ ogni volta che vengono rimosse dallo strumento, o almeno una volta alla settimana

♦ ad ogni sostituzione del polimero, anche quando si tratta di un nuovo tipo o lotto di polimero

s

Rimozione dellesiringhe

Pulizia delle siringhe

Per rimuovere le siringhe dallo strumento, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Tenere la siringa della riserva del polimero appena sopra il raccordo o alla base e ruotarla in senso antiorario.

IMPORTANTE Fare attenzione a non rimuovere il raccordo per evitare la fuoriuscita dei diversi anelli e delle valvole di ritenzione.

2 Afferrare la siringa di riempimento del set e ruotarla in senso antiorario.

3 Eliminare a norma l’eventuale polimero residuo.

4 Passare alla sezione Pulizia delle siringhe riportata qui di seguito.

Nel rimuovere la siringa, non allentare questo raccordo.

Per pulire a fondo le siringhe, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Pulire bene la siringa sciacquandone l’interno, l’esterno e la punta con acqua tiepida.

Per ottenere maggiori informazioni sulla pulizia delle siringhe, consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM.

Non usare acqua bollente. L’acqua troppo calda può deformare il Teflon presente nella punta della siringa.

IMPORTANTE Accertarsi che non vi sia alcun residuo di polimero essiccato all’interno della siringa.

2 Sciacquare il cilindro e la punta della siringa con acqua deionizzata.

3 Asciugare con aria compressa.

4 Riassemblare la siringa e controllarla come descritto a pagina 5-8.

ATTENZIONE!


Controllo dellesiringhe

IMPORTANTE Dopo la pulizia, per evitare perdite durante le corse, le siringhe vanno sempre esaminate per determinare l’eventuale assenza di O-ring.

Per controllare le siringhe, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Accertarsi che la siringa sia dotata di due O-ring (P.N. 221102): uno dietro il puntale e uno attorno al puntale.

2 Verificare che il puntale sia saldamente in posizione nell’estremità della siringa.

O-ring


Rimozione delle camere del polimero

Rimozione dellacamera superiore del

polimero

Rimozione dellacamera inferiore del

polimero

Per rimuovere la camera superiore del polimero, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Rimuovere le siringhe come descritto a pagina 5-7.

2 Scollegare il set di capillari dalla camera del polimero come segue.

a. Premere il pulsante Tray (Vassoio).

b. Aprire gli sportelli dello strumento, del forno e della camera del rivelatore.

c. Allentare il dado del set di capillari.

d. Estrarre parzialmente la camera del polimero.

e. Rimuovere la cella del rivelatore dalla camera del rivelatore.

f. Rimuovere il manicotto del set di capillari dalla camera del polimero.

g. Se si prevede di riutilizzare il set di capillari, riporlo come descritto a pagina 5-14.

3 Scollegare la camera inferiore del polimero svitando il raccordo del tubo della camera del polimetro situato sotto il lato destro della camera del polimero superiore.

4 Afferrare con due mani la camera superiore del polimero ed estrarla.

5 La camera superiore del polimero scorre su due perni in acciaio e si estrae facilmente una volta che la molla supera il punto di arresto.

Per rimuovere la camera inferiore del polimero, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Rimuovere il serbatoio dell’anodo ed eliminare correttamente il tampone residuo.

2 Afferrare la camera inferiore del polimero ed estrarla.

3 Scollegare il raccordo del tubo della camera del polimero.


Pulizia delle camere del polimero

Quando pulire lecamere del polimero

Pulire le camere superiore e inferiore del polimero:

♦ prima di sostituire il polimero nello strumento

♦ quando il polimero è nello strumento da più di una settimana

Nota Un polimero caricato da più di una settimana può provocare un aumento transitorio della corrente durante l’elettroforesi a causa della decomposizione dell’urea.

Pulizia delle cameredel polimero

IMPORTANTE Non esporre le camere del polimero all’azione di solventi organici.

Pulizia del serbatoioall’anodo e del tubo

del polimero

Lavare le camere superiore e inferiore del polimero come segue.

Passa Procedura

1 Rimuovere le camere del polimero dallo strumento come descritto a pagina 5-9.

2 Usare acqua corrente o un contenitore a spruzzo per sciacquare bene con acqua tiepida la camera superiore del polimero.

3 Esaminare a vista i canali per determinare l’eventuale presenza di residui bianchi (polimero essiccato). Continuare a lavare i canali fino ad eliminare completamente gli eventuali residui.

4 Sciacquare la camera e i rispettivi canali con acqua deionizzata.

5 Eliminare l’acqua residua dalla camera del polimero e dai raccordi per evitare la diluizione del polimero di corsa. Usando una bomboletta di aria compressa, forzare un getto d’aria attraverso i canali fino ad asciugarli completamente.

Lavare il serbatoio all’anodo e il tubo del polimero come segue.

Passa Procedura

1 Usare un contenitore a spruzzo per irrigare il tubo della camera del polimero con acqua deionizzata.

2 Lavare il serbatoio all’anodo con acqua tiepida, quindi sciacquarlo con acqua deionizzata.

3 Asciugare entrambi i componenti con aria compressa.


Aggiunta di polimero fresco allo strumento

Quando sostituire ilpolimero

Si consiglia di sostituire il polimero settimanalmente. Il polimero mantiene invariate le sue proprietà alla temperatura di 25 °C per circa 7 giorni.

Aggiunta osostituzione del

polimero

SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. POP può irritare gli occhi, la pelle e le vie respiratorie. Leggere le MSDS e attenersi rigorosamente alle istruzioni relative alla manipolazione di questa sostanza. Indossare adeguata protezione oculare, indumenti e guanti di protezione. Il presente prodotto va usato esclusivamente a scopi di ricerca e sviluppo.

Per aggiungere polimero fresco allo strumento, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Nel menu Tools (Strumenti), selezionare Change Polymer Wizard (Programma guidato Cambia polimero).

2 Viene visualizzato un messaggio di avvertenza.

Se la lunghezza del set sullo strumento è uguale alla lunghezza riportata nel messaggio di avvertenza, fare clic su OK per avviare il programma guidato Change Polymer.

3 Attenersi alle istruzioni fornite dal programma guidato in merito all’aggiunta di polimero fresco allo strumento.

ATTENZIONE!


Prima di installare un set di capillari precedentemente utilizzato

Introduzione Prima di reinstallare il set di capillari, si consiglia di:

♦ pulire la parte anteriore della cella del rivelatore

♦ verificare che la barra del catodo sia asciutta

Pulizia della celladel rivelatore

La presente procedura non è necessaria per i set nuovi, a meno che la cella del rivelatore non sia stata accidentalmente toccata.

Controllo dellabarra del catodo

Durante il collocamento di un set usato nello strumento, accertarsi che la barra del catodo sia asciutta. Una barra umida può provocare la formazione di archi elettrici.

PERICOLO DI FOLGORAZIONE/INCENDIO. Non lasciare alcun residuo liquidi sulla barra del catodo. Ciò può provocare scosse elettriche o incendi.

Per pulire la cella del rivelatore, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Dispensare una goccia di metanolo sulla superficie anteriore della cella del rivelatore.

SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. Il metanolo è una sostanza liquida o un vapore infiammabile. L’esposizione a questa sostanza può causare irritazione degli occhi, della cute e delle vie respiratorie, depressione del sistema nervoso centrale e cecità. Leggere le MSDS e attenersi rigorosamente alle istruzioni relative alla manipolazione di questa sostanza. Indossare adeguata protezione oculare, indumenti e guanti di protezione.

2 Asciugare la cella con un getto di aria compressa pulita.

Superficie anteriore della cella del rivelatore

AVVERTENZA!

AVVERTENZA!

Verificare che la barra del catodo sia asciutta, specialmente al centro


Installazione e rimozione del set di capillari

Quando sostituire ilset di capillari

Il set di capillari va sostituito dopo circa 100 corse.

I seguenti problemi possono indicare la necessità di sostituzione del set di capillari.

♦ una scarsa risoluzione e/o un calo dell’intensità del segnale

Installazione orimozione del set di

capillari mediante ilprogramma guidato

SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. POP può irritare gli occhi, la pelle e le vie respiratorie. Leggere le MSDS e attenersi rigorosamente alle istruzioni relative alla manipolazione di questa sostanza. Indossare adeguata protezione oculare, indumenti e guanti di protezione. Il presente prodotto va usato esclusivamente a scopi di ricerca e sviluppo.

Per sostituire o installare il set di capillari nello strumento, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Chiudere gli sportelli del forno e dello strumento, quindi premere il pulsante Tray.

2 Nel menu Tools, selezionare Install Capillary Array Wizard (Programma guidato Installa set di capillari).

Questa operazione apre il programma guidato in questione.

3 Attenersi alle istruzioni fornite dal programma guidato in merito alla sostituzione o all’installazione di un set.

4 Passare alla sezione “Sostituzione del tampone” riportata qui di seguito.

ATTENZIONE!


Sostituzione deltampone

Dopo avere installato un nuovo set di capillari, è necessario sostituire il tampone. Una volta completata questa operazione, sostituire il tampone e l’acqua nei serbatoi dopo 12 ore di funzionamento.

Per istruzioni in merito, consultare la sezione “Controllo e aggiunta dei fluidi” a pagina 2-9.

Conservazione di un set di capillari

Quando conservareil set fuori dallo

strumento

Conservare il set di capillari fuori dallo strumento quando si prevede che resterà inutilizzato per più di una settimana.

Prima di riporre il set di capillari per lunghi periodi di tempo, si consiglia di riempire i capillari con polimero fresco.

Conservazione delset di capillari fuori

dallo strumento

IMPORTANTE Se si intende riutilizzare il set di capillari, non lasciare che i capillari si asciughino. Conservare il set di capillari con entrambe le estremità immerse in tampone di corsa 1X.

Per conservare il set di capillari fuori dallo strumento, procedere come segue.

Passa Procedura

1 Riempire il set di capillari con polimero fresco mediante il programma guidato Change Polymer (Cambia polimero).

2 Rimuovere la protezione della siringa.

3 Rimuovere entrambe le siringhe dalla camera superiore del polimero e smaltire correttamente l’eventuale polimero residuo.

4 Lavare le siringhe.

5 Rimuovere il set di capillari dallo strumento mediante il programma guidato Install Capillary Array (Installa set di capillari).

Per istruzioni in merito, consultare la sezione “Installazione e rimozione del set di capillari” a pagina 5-13.

6 Ricollocare il pannello di copertura sulla cella del rivelatore.

7 Riempire un serbatoio di tampone con tampone di corsa 1X e coprirlo con una striscia di setti copripiastra. Immergere le estremità dei capillari nel tampone.

8 Riempire una provetta conica da 1,5 ml con acqua deionizzata e inserirvi l’estremità del rivelatore del set di capillari.

9 Avvolgere la provetta con pellicola da laboratorio (come Parafilm) per impedire l’evaporazione dell’acqua deionizzata.

10 Riporre il set di capillari in posizione verticale.

11 Il livello del tampone di corsa 1X nel serbatoio e nella provetta va controllato settimanalmente.


Arresto dello strumento

Quando eseguire leopportune

procedure di arresto

Eseguire le seguenti procedure di arresto nella situazione opportuna.

Esecuzione di unarresto a breve

termine

Esecuzione di unarresto a lungo

termine

Se lo strumento verrà lasciato non sorvegliato per... Eseguire questa procedura di arresto...

non più di una settimana con un serbatoio di tampone pieno

a breve termine

IMPORTANTE Per la riuscita di un arresto a breve termine è necessario mantenere i capillari nel tampone. Ciò evita l’essiccamento del polimero nei capillari.

per più di una settimana a lungo termine

Eseguire un arresto a breve termine come segue.

Passa Procedura

1 Riempire i capillari con polimero fresco mediante gli appositi comandi manuali.

2 Premere il pulsante Tray per portare l’autocampionatore in posizione estesa.

3 Riempire con tampone di corsa 1X il serbatoio del tampone appena sotto la sommità.

4 Fissare una striscia di setti copripiastra sul serbatoio e collocarlo nella posizione 1 dell’autocampionatore.

5 Con gli sportelli dello strumento aperti, premere il pulsante Tray.

6 Chiudere gli sportelli dello strumento. L’autocampionatore si sposta alla posizione 1, lasciando le estremità dei capillari all’interno del serbatoio del tampone.

7 Spegnere il computer e lo strumento.

Eseguire un arresto a lungo termine come segue.

Passa Procedura

1 Per la rimozione e la conservazione del set di capillari fuori dallo strumento, vedere la procedura a pagina 5-14.

2 Rimuovere i seguenti componenti dallo strumento.

♦ Le siringhe dalla camera superiore del polimero. Per istruzioni in merito, vedere pagina 5-7.

♦ La camera superiore del polimero. Per istruzioni in merito, vedere pagina 5-9.

♦ La camera inferiore del polimero. Per istruzioni in merito, vedere pagina 5-9.

3 Rimuovere i seguenti componenti dall’autocampionatore.

♦ I gruppi piastra.

♦ I serbatoi.

4 Pulire l’autocampionatore e le vaschette di gocciolamento con salviette in carta prive di lanugine imbevute d’acqua.


6 Spegnere il computer e lo strumento.

7 Lavare con acqua tiepida le siringhe, le camere del polimero e i serbatoi. Risciacquare con acqua deionizzata.


Indice analitico

Aaggiunta di file al Sample Manager 3-6 a 3-7analisi dei dati, software Sequencing Analysis 3-11 a 3-13assistenza clienti. Vedere assistenza tecnica 1-3assistenza tecnica 1-3 a 1-7

indirizzo di posta elettronica 1-3indirizzo Internet 1-6telefono/fax (in tutti gli altri Paesi) 1-4telefono/fax (Nord America) 1-3uffici regionali di vendita 1-4 a 1-5

assistenza. Vedere assistenza tecnica 1-3autocampionatore

posizionamento delle piastre 2-13posizioni dei serbatoi 2-11

autoestrazione, non riuscita 2-24avvertenza relativa al laser 1-12avvertenze relative al pericolo di folgorazione 1-12

Bbolle d’aria, rimozione dalla camera superiore del

polimero 5-4

Ccalibrazione spaziale, trattazione 4-2 a 4-5calibrazione spettrale, trattazione 4-6 a 4-14camera superiore del polimero, rimozione delle bolle

d’aria 5-4camere del polimero

pulizia 5-10rimozione dallo strumento 5-9rimozione delle bolle d’aria 5-4

campo BioLIMS Project (nel record della piastra) 2-17capillare giallo nella finestra Array View 4-12cella del rivelatore, pulizia 5-12collegamento di una piastra 2-20comando Display Run Data 3-2comando Fill Down 2-17computer

controllo dello spazio libero nel database 5-6controllo dello spazio libero sul disco fisso 5-5

corsaavvio 2-23monitoraggio 2-23salto, pausa, arresto 2-24

Ddati

analisi o rianalisi 3-11estrazione 2-24visualizzazione dei dati analizzati 3-5visualizzazione dei dati grezzi 3-2

dati EPT, visualizzazione nel software Sequencing Analysis 3-9

dati grezzi (colore), visualizzazione nel software Data Collection 3-2 a 3-3

dati, analisi. Vedere analisi dei datidocumenti su richiesta 1-6

FFactura

analisi, impostazione 3-11visualizzazione delle funzioni 3-9

file dei campioninumero massimo di caratteri 2-15stampa 3-10visualizzazione 3-6visualizzazione nel software Sequencing

Analysis 3-10finestra Sample Manager 3-6

aggiunta di file 3-6 a 3-7

Ggruppo piastra, posizionamento

sull’autocampionatore 2-13

Iindirizzo Internet

documenti su richiesta 1-6indirizzo Web

Applied Biosystems 1-6documenti su richiesta 1-6

Mmanuali, set 3100 1-2manutenzione, trattazione 5-2 a 5-15modulo di analisi

selezione 2-18visualizzazione e modifica 2-27

modulo di corsaselezione 2-17visualizzazione, modifica e creazione 2-25

MSDS, ordinazione 1-9

Nnumeri di parte

parti di ricambio e materiali consumabili.Vedere manuale d’uso

OOrbixWeb, avvio 2-3

Ppagina Array View 3-3polimero, aggiunta o sostituzione 2-9, 5-11

Indice analitico-1

posta elettronica, indirizzo dell’assistenza tecnica 1-3preferenze 2-5preferenze del software 2-5preparazione dei campioni

Guida alla chimica del sequenziamento 1-2pulsante Pause 2-24pulsante Skip to Next Run 2-24pulsante Stop 2-24

Rrecord della piastra

collegamento di una piastra 2-20creazione 2-14 a 2-19creazione per la calibrazione spettrale 4-9

SScheda Plate View 2-14, 2-20finestra di dialogo "Select the run to display" 3-2serbatoi

posizioni sull’autocampionatore 2-11riempimento 2-9 a 2-12

serbatoi dell’acqua e del tampone catodico, riempimento 2-9 a 2-12

set di capillari, installazione, rimozione, conservazione 5-12 a 5-14

set di fluorocromi, selezione 2-16sicurezza

manuale 1-2trattazione 1-7 a 1-12

sicurezza delle scorie 1-8sicurezza delle sostanze chimiche 1-7siringhe, trattazione 5-7software Data Collection, avvio 2-3software Sequencing Analysis

descrizione dei tipi di visualizzazione della finestra del campione 3-9

manuale d’uso 1-2percorso della directory del file SeqA.exe 2-27, 3-6visualizzazione dei dati 3-5

spazio libero nel database, controllo 5-6spazio libero sul disco fisso, controllo 5-5stampa dei file dei campioni 3-10standard matrice, preparazione 4-7strumento

arresto 5-15utilizzo 2-23

Ttampone di corsa 1X, preparazione per una singola

corsa 2-10tampone, preparazione per una singola corsa 2-10tipi di visualizzazione della finestra del campione

(Sequencing Analysis), descrizione 3-9

Vvisualizzazione

dati grezzi (colore) nel software Data Collection3-2 a 3-3

file dei campioni nel software Sequencing Analysis 3-6 a 3-10

Indice analitico-2

Sede centrale850 Lincoln Centre DriveFoster City, CA 94404 USA

Telefono: +1 650.638.5800Linea verde U.S.A.: +1 800.345.5224Fax: +1 650.638.5884

Uffici di vendita nel mondoLa vasta rete di distribuzione ed assistenza della Applied Biosystems raggiunge 150 Paesi in sei

continenti e si avvale di personale di supporto e applicativo altamente qualificato. Per le ubicazioni degli uffici internazionali, rivolgersi alla sede centrale o visitare il sito Web www.appliedbiosystems.com.

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Applera Corporation si impegna a mettere a disposizione dei ricercatori di life science le tecnologie e le informazioni più avanzate. Applera Corporation comprende le ditte Applied Biosystems e Celera Genomics.

Stampato negli Stati Uniti, 02/2001

an Applera business