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/genomics

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SSH sur star8SSH sur star8

mon_pc_> ssh –l ripp –X titus.u-strasbg.fr titus_ripp_> ssh –l ripp –X star8 star8_ripp_> pwd/groupes/poch/ripp star8_ripp_> cd CoursUnix star8_CoursUnix_> lsMonPremierScript.tcsh star8_CoursTcl_> MonPremierScript.tcsh

Les commandes élémentairesLes commandes élémentaires

cd /home/ripp pwd ls cat /home/ripp/www/fifi.txt more ./www/fifi.txt rm ./www/fifi.txt mkdir /home/ripp/CoursUlp rmdir CoursUlp

...élémentaires toujours,...élémentaires toujours,

mv fifi.txt CoursUlp/toto.txt cp /home/depulp1/p.tcl prog.tcl cd CoursUlp cd .. chmod 755 fichier rwx r-x r-x chmod 644 fichier rw- r-- r-- chmod 640 fichier rw- r-- ---

...élémentaires encore ?...élémentaires encore ?

alias llt ls -rt setgscope man commande apropos truc

date logout

Une commande, c'est ...Une commande, c'est ...

ls commande UNIX

xplor fichier exécutable (compilation, link)

settex alias

sauvetout shell script

/home/ripp/p.exe avec chemin d'accès explicite

rehash shell built-in command

C'est toujours et uniquement...C'est toujours et uniquement...

un alias taper alias pour les connaitre tous

une Built-In Command du shell utilisé

un fichier qui se trouve dans le path

which commandecommande aliased to quelquechose

commande : shell built-in command

/usr/bin/commande

Un fichier exécutableUn fichier exécutable Fichier de commandes (shell script)

Ou fichier binaire obtenu par compilation et link– Fortran, C, C++ ... ou fichier système

on le reconnait par– son extension (.tcl, .csh, .pl, …)– file fichier coeff alpha executable binay

Un Un shell scriptshell script

sh, ksh, csh, tcsh, tclsh, perl, ............................................. shell que j'aime: tcsh

c'est un fichier texte contenant

.................................. des commandes la première ligne contient le nom du shell

#!/bin/tcsh................. qui est le programme qui interprète vos commandes

... le ... le shell scriptshell script

on y met des commandes on l'exécute en tapant le nom du fichier

– ça crée un sous-process qui exécute

– /etc/csh.cshrc

– ~/.cshrc

– les commandes du fichier

qui oublie tout avant de revenir au process

ou alors (pour les nuls) : source fichier

Le Le pathpath, quand on tape

une commande on exécute

un fichier qui se trouve

sur un disque dans un répertoire cité dans

le pathpath

le le path,path,

est un ensemble de répertoires– qui contient les fichiers exécutables

est prédefiniecho $path

est modifié par certaines commandessetmolscript

peut être modifié par set path=dir $path addpath dir (rr)

le le path.path.

si vous voulez qu'un fichier /bidule/chose/fifi

devienne une commande fifi

trois solutions– addpath /bidule/chose– cp /bidule/chose/fifi /home/bin/fifi

– ln -s /bidule/chose/fifi /home/ripp/bin/fifi

Les plaisirs du lienLes plaisirs du lien

ln -s fichier lien ln -s /home/ripp/moyenne /bin/moy

c'est comme si /home/ripp/moyenne était copié

on fait vraiment comme si /bin/moy existait ls -l /bin/moy (lrwx--... /bin/moy -> /home/ripp/moyenne)

rm /bin/moy (/home/ripp/moyenne reste)

rm /home/ripp/moyenne (le lien, seul, reste)

Input Output Pipeline 1/3Input Output Pipeline 1/3

Un programme « sympa »– lit des données en entrée ( input = stdin)– calcule– écrit les résultats en sortie ( output = stout)– signale les erreurs ( error = stderr)

xplor < fichin > fichout

Input Output Pipeline 2/3Input Output Pipeline 2/3

Si on ne met pas < ou >– l’entrée standart est le clavier– la sortie standart est l’écran– la sortie erreur est aussi l’écran (>2 ou >&)

… mais si on veut que :

la sortie de l’un est l’entrée de l’autre ?

Input Output Pipeline 3/3Input Output Pipeline 3/3

progA < fichin | progB progA | progB | progC > fichou

Attention tous les programmes n’acceptent pas ce mécanisme stdin stdout

Ne pas confondre

entrée standart (avec <) et arguments

... des questions?

... plus de question?

... merci !