introduction - chiang mai university · isoelectric point (ppiipi)))) ( "ˆ& $ i ......
Post on 11-Aug-2018
227 Views
Preview:
TRANSCRIPT
Introduction
�������������� ����������� ������������� ���
��"�#����$��%���&�� '�( amino acid �� �����$ amide linkage ���(
peptide linkage
R
CH CH2N OH
O
NH CH C
R
OH
O
R
CH CH2N
O
�'�����(��'�����(��'�����(��'�����(����( ���( ���( ���( "�� "�� "�� "��
���� ������������������������ ��������������������� ��������������������� ��������������������� ����������������� �������� 20202020 ������������
���� ������������������������������������������������������������������������������ !�"������������������ !�"������������������ !�"������������������ !�" ----COOHCOOHCOOHCOOH '(�!�"'(�!�"'(�!�"'(�!�" ----NHNHNHNH2222
������������������������ *�+�� ����������+!,���� *�+�� ����������+!,���� *�+�� ����������+!,���� *�+�� ����������+!, �-��-��-��-� ����.(/�����.(/�����.(/�����.(/� ( ( ( (aaaa----aminoaminoaminoamino acidacidacidacid))))
������������ R R R R ���������������� ������� ������� ������� ������� aminoaminoaminoamino acidacidacidacid ����������������������������
R
CH CH2N OH
O
α-C
9�!�"9�!�"9�!�"9�!�" R R R R ;�+�����;�+�����;�+�����;�+����� ������� ������� ������� ������� �=�'!��.(/��=�'!��.(/��=�'!��.(/��=�'!��.(/�����������������;��.(;��.(;��.(;��.(�������������������� �=��=��=��=�+!����+!����+!����+!����/����/����/����/�����.�.�.�. 2222 '��'��'��'�� �-��-��-��-� DDDD----configuration configuration configuration configuration '(�'(�'(�'(� LLLL----configuration configuration configuration configuration
R
C
H2N
OH
O
H
DDDD----aminoaminoaminoamino acidacidacidacidR
C
H
OH
O
NH2
LLLL----aminoaminoaminoamino acidacidacidacid
�����$���&(�����$���&(�����$���&(�����$���&(���( ���( ���( ���( "�� "�� "�� "��
������ ��- ������� ��- ������� ��- ������� ��- ����������������������������� � ���� ����- ����.,� ���� ����- ����.,� ���� ����- ����.,� ���� ����- ����., '(��.���� �.,(.�FG'(��.���� �.,(.�FG'(��.���� �.,(.�FG'(��.���� �.,(.�FG'�� +��.�F� �'�� +��.�F� �'�� +��.�F� �'�� +��.�F� � 3333 �.��.��.��.� !�-�!�-�!�-�!�-� 1111 �.��.��.��.� �.��J�.��J�.��J�.��J
H
CH CH3N O
O
CH3
CH CH3N O
O
Glycine, Gly Alanine, Ala
��"��(���"��(���"��(���"��(����( ���( ���( ���( "�� "�� "�� "��
�����9�����9�����9�����9�=�'�������=�'�������=�'�������=�'�������������������������� side chain side chain side chain side chain ;���;���;���;��� 4444 �(���(���(���(�� �-��-��-��-�
1. Non-polar side chain:� Side chain ���GH���'��(� # G � �$�I�
2. Polar, neutral side chain:� Side chain ������ �����
3. Acidic side chain:� Side chain # ��� #��������& pH 7.0 ���&(�#� �� Q -COOH
4. Basic side chain:� Side chain # ��� #���������& pH 7.0 ���&(�#� �� Q -NH2
���( ���( ���( ���( "��#I��� "��#I��� "��#I��� "��#I��� (E(E(E(Essentialssentialssentialssential aminoaminoaminoamino acidacidacidacids)s)s)s)
���� ����� ;������9�������;������ ;������9�������;������ ;������9�������;������ ;������9�������;� ���;��.������!�����;��.������!�����;��.������!�����;��.������!��
���� ��� "��� "��� "��� " 8888 ������������ ;�'�;�'�;�'�;�'� IleIleIleIle,,,, LeuLeuLeuLeu,,,, LysLysLysLys,,,, MetMetMetMet,,,, PhePhePhePhe,,,, ThrThrThrThr,,,, TrpTrpTrpTrp '(�'(�'(�'(� ValValValVal
NH3+
CH CCH O-
O
CH2
CH3
CH3
IleIleIleIle
NH3+
CH CCH2 O-
O
CHCH3
CH3
LeuLeuLeuLeu
NH3+
CH CCH2 O-
O
CH2CH2CH2NH3+
LysLysLysLys
NH3+
CH CCH2 O-
O
CH2SH3C
MetMetMetMet
NH3+
CH CCH2 O-
O
PhePhePhePheNH3
+
CH CCH O-
O
H3C
OH
ThrThrThrThr
N
NH3+
CH CH2C O-
O
H
TrpTrpTrpTrpNH3
+
CH CCH O-
O
H3C
CH3
ValValValVal
H2C
CH CH2N OH
O
CH2CH2 NH C
NH
NH2CH2
CH CH2N OH
O
N
N H
HisHisHisHis ArgArgArgArg
���������(����������(����������(����������(����( ���( ���( ���( "�� "�� "�� "��
���( "�������� �(���&������G�� �&(� �$�I� ���&(�#� ������ Q
'��(�\"� (���) �� � Q( "�� (��) �I����"��]"�"�"$���-��
^$��� �����
dipolar ionzwitterion
NH3
CH CR O
O
NH2
CH CR OH
O
���( "����&($Q��^�� �$�I���& pH ������ �����# ($Q���Q��(� zwitterion
����&���G���������� ��
���� �$������ �$������ �$������ �$�� zwitterionzwitterionzwitterionzwitterion # ���'� ������# ���'� ������# ���'� ������# ���'� ������ ��$� Q��$� Q��$� Q��$� Q�( � ���$ �( � ���$ �( � ���$ �( � ���$ # ������(�# ������(�# ������(�# ������(�
NH3
CH CR O
O
+ OH-
+ H2O
NH2
CH CR O
O
���� �$������� �$������� �$������� �$��� zwitterionzwitterionzwitterionzwitterion # ���'� �����# ���'� �����# ���'� �����# ���'� ����� ��$� Q��$� Q��$� Q��$� Q'�'�'�'��(��(��(��(�\"���\"���\"���\"����I�I�I�I����&�������(�����&�������(�����&�������(�����&�������(�
NH3
CH CR O
O
+ H3O+
NH3
CH CR OH
O
+ H2O
IsoelectricIsoelectricIsoelectricIsoelectric pointpointpointpoint ((((pIpIpIpI))))
��$��&�G����( "����& side chain G ��� #����� � �&(� �$�I�# ($Q���Q��(� zwitterion \a&� ��� #���b"���cQ�$ #a�G �'��&(���&��� Gdd
f zwitterion ������(� ���( "������# ��� #���
�'��&(���&�������Gdd���
NH3
CH CR O
O
NH2
CH CR O
O
��f��" �����G����� �$��f��" �����G����� �$��f��" �����G����� �$��f��" �����G����� �$ �%# ��"��%# ��"��%# ��"��%# ��"� zwitterionzwitterionzwitterionzwitterion �� (��'������ (��'������ (��'������ (��'����
NH2
CH CR O
O
NH3
CH CR O
O
+ H+
��- ��������(�+���(�(� ��- ��������(�+���(�(� ��- ��������(�+���(�(� ��- ��������(�+���(�(� �������������������� pHpHpHpH ��!Y ��� ��!Y ��� ��!Y ��� ��!Y ��� �=��=��=��=�+!+!+!+!��������������������������������������������������������
���Z���[" ���Z���[" ���Z���[" ���Z���[" \Y �;��� ����!��.J�;//�\Y �;��� ����!��.J�;//�\Y �;��� ����!��.J�;//�\Y �;��� ����!��.J�;//� ��� ������ ������ ������ ��� pHpHpHpH ������(�(� �J������(�(� �J������(�(� �J������(�(� �J ��������
isoelectricisoelectricisoelectricisoelectricisoelectricisoelectricisoelectricisoelectric point (point (point (point (point (point (point (point (pIpIpIpIpIpIpIpI))))))))
�����( "����&� �$���I���� zwitterion �������(� ��"����G(((����
NH3
CH CR OH
O
�'��&(���&�������Gdd��NH3
CH CR O
O
��f��" ����G����� �$ �%# ��"� zwitterion �� (��'����
NH3
CH CR O
O
+ OH-
NH3
CH CR OH
O
�������� pHpHpHpH �� �� �� �� �=��=��=��=�+!+!+!+!��������������������������������Z���[" ������������Z���[" ������������Z���[" ������������Z���[" ��� ������ ������ ������ ��� pIpIpIpI
�� �� �� �� pIpIpIpI ���(�(� ������(�(� ������(�(� ������(�(� ����������������������������������= ����= ����= ����= ��� ����� ����� ����� ���
9���9���9���9��� pH pH pH pH ������(�(� �"��YJ!�-�������(�(� �"��YJ!�-�������(�(� �"��YJ!�-�������(�(� �"��YJ!�-��= ��= ��= ��= �(�(�(�(� ���(�(� ������(�(� ������(�(� ������(�(� ����������������������������������������*� �����YJ�*� �����YJ�*� �����YJ�*� �����YJ
������������������������ �������������� �������������� �������������� ���������� pIpIpIpI �������������������������������� ���������� �"������������� �"������������� �"������������� �"��� � ��������##����$�� � ��������##����$�� � ��������##����$�� � ��������##����$�������������������������%����%����%����%�
� Non-polar side chain: pI ~5.0-6.5 � Acidic side chain: pI ~ 2.5-3.5� Basic side chain: pI ~ 7.5-11
������������ alaninealaninealaninealanine �' �' �' �' pIpIpIpI = 6.0= 6.0= 6.0= 6.0
+���(�(� �� ����+���(�(� �� ����+���(�(� �� ����+���(�(� �� ���� pHpHpHpH �����G�����G�����G�����G 6 6 6 6.0 .0 .0 .0 alaninealaninealaninealanine ��� "+�"���� "+�"���� "+�"���� "+�"� zwitterionzwitterionzwitterionzwitterion
+���(�(� ���+���(�(� ���+���(�(� ���+���(�(� ��� ( ( ( (pH > 7.0pH > 7.0pH > 7.0pH > 7.0) ) ) ) alaninealaninealaninealanine ���������(����������(����������(����������(�
+���(�(� ���+���(�(� ���+���(�(� ���+���(�(� ��� ( ( ( (pH < 6.0)pH < 6.0)pH < 6.0)pH < 6.0)alaninealaninealaninealanine ������������������������������������������������
NH3
CH CCH3 O
O
NH2
CH CCH3 O
O
NH3
CH CCH3 OH
O
ElectrophoresisElectrophoresisElectrophoresisElectrophoresis
������� +�' ����e������������ +�' ����e������������ +�' ����e������������ +�' ����e���������������������������!�-�������!�-�������!�-�������!�-����� ��������������Z�f��������������Z�f��������������Z�f��������������Z�f
+����e�����+����e�����+����e�����+����e�������������������������������(��'e�����F������(��'e�����F������(��'e�����F������(��'e�����F !�-�!�-�!�-�!�-���(��(��(��( �� �� �� �� �=��=��=��=�+!�� ������ +!�� ������ +!�� ������ +!�� ������ ���(�(� �./�/���� �����(�(� �./�/���� �����(�(� �./�/���� �����(�(� �./�/���� �� pHpHpHpH ��!Y ���!Y ���!Y ���!Y �
��- �+!���'�;//���*�����- �+!���'�;//���*�����- �+!���'�;//���*�����- �+!���'�;//���*��� �����������������������������.����(- ��� �� �.�����h����������.����(- ��� �� �.�����h����������.����(- ��� �� �.�����h����������.����(- ��� �� �.�����h�����.����.����.����. �YJ�.��YJ�.��YJ�.��YJ�.� pIpIpIpI '(�'(�'(�'(� pH pH pH pH ������������ bufferbufferbufferbuffer
pHpHpHpH <<<< pIpIpIpI �������������������������������)*�������������)*�������������)*�������������)*�� ��� +��,-$�.�%//� * ��� +��,-$�.�%//� * ��� +��,-$�.�%//� * ��� +��,-$�.�%//� *pHpHpHpH <<<< pIpIpIpI �������������������������������)*�������������)*�������������)*�������������)*�� ��� +��,-$�.�%//� * ��� +��,-$�.�%//� * ��� +��,-$�.�%//� * ��� +��,-$�.�%//� *
pHpHpHpH >>>> pIpIpIpI �������������������������������) *�����������) *�����������) *�����������) * ��� +��,-$�.�%//�*�� ��� +��,-$�.�%//�*�� ��� +��,-$�.�%//�*�� ��� +��,-$�.�%//�*��pHpHpHpH >>>> pIpIpIpI �������������������������������) *�����������) *�����������) *�����������) * ��� +��,-$�.�%//�*�� ��� +��,-$�.�%//�*�� ��� +��,-$�.�%//�*�� ��� +��,-$�.�%//�*��
pHpHpHpH ==== pIpIpIpI �������������������������������)��4- �%��� +��5��,-$�.�%//������������)��4- �%��� +��5��,-$�.�%//������������)��4- �%��� +��5��,-$�.�%//������������)��4- �%��� +��5��,-$�.�%//�pHpHpHpH ==== pIpIpIpI �������������������������������)��4- �%��� +��5��,-$�.�%//������������)��4- �%��� +��5��,-$�.�%//������������)��4- �%��� +��5��,-$�.�%//������������)��4- �%��� +��5��,-$�.�%//�
�����������������������6,���#������6,���#������6,���#������6,���#��� Ala (Ala (Ala (Ala (pIpIpIpI = 6.0)= 6.0)= 6.0)= 6.0) His (10.0) His (10.0) His (10.0) His (10.0) � � � � Asp Asp Asp Asp (2.0) (2.0) (2.0) (2.0) ��+����+����+����+��C��� ��� �5���C��� ��� �5���C��� ��� �5���C��� ��� �5��� electrophoresis electrophoresis electrophoresis electrophoresis ",�� � � *�/�/��",�� � � *�/�/��",�� � � *�/�/��",�� � � *�/�/�� pH 6.0pH 6.0pH 6.0pH 6.0 ����������������� �� � �� ��%���������� �� � �� ��%���������� �� � �� ��%���������� �� � �� ��%�
�]"�"�"$�(��]"�"�"$�(��]"�"�"$�(��]"�"�"$�(����( ���( ���( ���( "�� "�� "�� "��
�j����� �����j����� �����j����� �����j����� �������������������������������.J��� �����.�!�"�������.J��� �����.�!�"�������.J��� �����.�!�"�������.J��� �����.�!�" ----NHNHNHNH2222 !�"!�"!�"!�" ----COOH COOH COOH COOH !�-��� !�-��� !�-��� !�-��� side chainside chainside chainside chain
�]"�"�"$����]"�"�"$����]"�"�"$����]"�"�"$����]"�"�"$����]"�"�"$����]"�"�"$����]"�"�"$��� NinhydrinNinhydrinNinhydrinNinhydrinNinhydrinNinhydrinNinhydrinNinhydrin
NinhydrinNinhydrinNinhydrinNinhydrin �f((�\"G�\ �f((�\"G�\ �f((�\"G�\ �f((�\"G�\���( ���( ���( ���( "�� "�� "�� "�� ��k�"� �̂lm��& �� ����I��"���k�"� �̂lm��& �� ����I��"���k�"� �̂lm��& �� ����I��"���k�"� �̂lm��& �� ����I��"�
R-CHO + CO2 + 3 H2O
OH
O O
O
N
NH2
CH CR OH
O
O
O
OH
OH
++++++++
�]"�"�"$����"����b �(�]"�"�"$����"����b �(�]"�"�"$����"����b �(�]"�"�"$����"����b �(�]"�"�"$����"����b �(�]"�"�"$����"����b �(�]"�"�"$����"����b �(�]"�"�"$����"����b �(G �G �G �G �G �G �G �G �
�]"�"�"$� ���� Q'��(�\"��(����( "����� �������a&��I
�]"�"�"$���� Q( "���(�(��� ����� ��"����b �(G � (amide linkage)
���( ���b ���G�� (peptide linkage)
CH2 CH2N OH
O
CH3
CH CH2N OH
O
+
CH2 CH2N
O
CH3
CH CNH OH
O
�]"�"�"$����"����b G�\��Gd��]"�"�"$����"����b G�\��Gd��]"�"�"$����"����b G�\��Gd��]"�"�"$����"����b G�\��Gd��]"�"�"$����"����b G�\��Gd��]"�"�"$����"����b G�\��Gd��]"�"�"$����"����b G�\��Gd��]"�"�"$����"����b G�\��Gd�
��"��o� ���( "����& �� Q thiol (-SH) ��� cystein f cysteine 2
���$�� ($Q������ # ��"� oxidation �(� thiols G����b G�
\��Gd� (-S- S-)
CH2
CH CH2N OH
O
SH
H2C
CH CH2N OH
O
SH
CH2
CH CH2N OH
O
S
H2C
CH CH2N OH
O
S
++++
���G�����G�����G�����G���� �������� �������� �������� ������
���;�����;�����;�����;��������� �������������� �������������� �������������� ������������������������������������=��=��=��=��j����� ��.�j����� ��.�j����� ��.�j����� ��. � +�!�"� +�!�"� +�!�"� +�!�"������������������������\�(\�(\�(\�(�.��.��.��.�!�"��!�"��!�"��!�"����������
;����;��;����;��;����;��;����;�� ((((dipeptidedipeptidedipeptidedipeptide))))
Glycine Alanine
Glycylalanine
CH2 CH3N
O
CH3
CH CNH O
O
CH2 CH3N O
O
CH3
CH CH3N O
O
+
DipeptideDipeptideDipeptideDipeptide �����9����.��.������9����.��.������9����.��.������9����.��.�������������������������(��(�- k����(��(�- k����(��(�- k����(��(�- k ��;�;������;�;������;�;������;�;����
HC
CH CH3N O
O
CH3
CH3
TriTriTriTripeptidepeptidepeptidepeptide
Valine
Glycylalanylvaline
CH2 CH3N
O
CH3
CH CNH O
O
Glycylalanine
CH2 CH3N
O
CH3
CH CNH
O
HC
CH CNH O
O
CH3
CH3
++++
tripeptidetripeptidetripeptidetripeptide �����9����.��.������9����.��.������9����.��.������9����.��.�������������������������;��������;��������;��������;���� ;�;�;�;� tetrapeptidetetrapeptidetetrapeptidetetrapeptide, , , , pentapeptidepentapeptidepentapeptidepentapeptide ������������
9��� 9��� 9��� 9��� peptide peptide peptide peptide ��������������������������������������������������!(� k��!(� k��!(� k��!(� k !� !� !� !� ��;���(��(�����;���(��(�����;���(��(�����;���(��(���+!,+!,+!,+!, ��� ������ ������ ������ ��� polypeptidepolypeptidepolypeptidepolypeptide !�-�����. ���!�-�����. ���!�-�����. ���!�-�����. ���
�����$�Q���'�����(������$�Q���'�����(������$�Q���'�����(������$�Q���'�����(����G�����G�����G�����G��
+!��� !�"+!��� !�"+!��� !�"+!��� !�"'����� �'����� �'����� �'����� ������� "���\� ������ "���\� ������ "���\� ������ "���\� ��� ������ ������ ������ ��� NNNN----terminalterminalterminalterminal ��!�"��!�"��!�"��!�"������������
���\��(������� "���������\��(������� "���������\��(������� "���������\��(������� "������ ��� ������ ������ ������ ��� CCCC----terminalterminalterminalterminal
��� ��- ���� ��- ���� ��- ���� ��- ���� �(=��.���� �(=��.���� �(=��.���� �(=��.����\� ;�������\� ;�������\� ;�������\� ;���� � ��(� � ��(� � ��(� � ��(� �=��=��=��=�(��� ���(��� ���(��� ���(��� ��� ““““----ineineineine”””” �������� ““““----ylylylyl””””
��- �9Y���- �9Y���- �9Y���- �9Y� C C C C----terminalterminalterminalterminal �Y���� ��- ��Y���� ��- ��Y���� ��- ��Y���� ��- �����������������������.Jk��.Jk��.Jk��.Jk ����������������������������
CH2 CH3N
O
CH3
CH CNH O
O
N-terminal C-terminal
Glycylalanine
Glutamylcysteylglycine
CH2 CH3N
O
CH2
CH CNH
O
CH2
CH CNH O
O
CHH3N
COO
SH
Glu-Cys-Gly
Glycylvalylphenylalanine Gly-Val-Phe
�'�����(��������'�����(��������'�����(��������'�����(�������
��������������'���������������������'���������������������'���������������������'������� 4444 ������������ \Y ��������(.�\.�\�'������.\Y ��������(.�\.�\�'������.\Y ��������(.�\.�\�'������.\Y ��������(.�\.�\�'������. �.��J�.��J�.��J�.��J
�'������"��r Q̂ "�'������"��r Q̂ "�'������"��r Q̂ "�'������"��r Q̂ "�'������"��r Q̂ "�'������"��r Q̂ "�'������"��r Q̂ "�'������"��r Q̂ " ((((((((primaryprimaryprimaryprimaryprimaryprimaryprimaryprimary structurestructurestructurestructurestructurestructurestructurestructure))))))))
'���'���'���'���(=��.�(=��.�(=��.�(=��.�����������������������������������������k��������k��������k��������k �� �.��.����(��(��������� �.��.����(��(��������� �.��.����(��(��������� �.��.����(��(������� !�-�!�-�!�-�!�-� polypeptidepolypeptidepolypeptidepolypeptide
Gly Ile Val Gln Cys Cys Ala Ser Val Cys Ser Leu
Asp Asp Asp Asp ---- ArgArgArgArg ---- Val Val Val Val ---- TyrTyrTyrTyr ---- IleIleIleIle ---- His His His His ---- Pro Pro Pro Pro ---- PhePhePhePheAsp Asp Asp Asp ---- ArgArgArgArg ---- Val Val Val Val ---- TyrTyrTyrTyr ---- IleIleIleIle ---- His His His His ---- Pro Pro Pro Pro ---- PhePhePhePhe
�'������"����"$ Q̂ "�'������"����"$ Q̂ "�'������"����"$ Q̂ "�'������"����"$ Q̂ "�'������"����"$ Q̂ "�'������"����"$ Q̂ "�'������"����"$ Q̂ "�'������"����"$ Q̂ " ( ( ( ( ( ( ( (secondasecondasecondasecondasecondasecondasecondasecondaryryryryryryryry structurestructurestructurestructurestructurestructurestructurestructure)))))))) '�������.��.������(��(�� ��'�������.��.������(��(�� ��'�������.��.������(��(�� ��'�������.��.������(��(�� ���"�'����= ��"�'����= ��"�'����= ��"�'����= ����������������� �� *�����-��� *�����-��� *�����-��� *�����-� '����(� �'����(� �'����(� �'����(� ��.(/��.(/��.(/��.(/� '(�'��'e'(�'��'e'(�'��'e'(�'��'e
*.�*.�*.�*.�����������������������������
��*.Z�;o����p� +��*.Z�;o����p� +��*.Z�;o����p� +��*.Z�;o����p� +
��(��(��(��(��(��(��(��( '(�'(�'(�'(�////!�-�!�-�!�-�!�-� ��!�����!�����!�����!���
��(��(��(��(��(��(��(��(
αααααααα--------HelixHelixHelixHelixHelixHelixHelixHelix ββββββββ--------Pleated SheetPleated SheetPleated SheetPleated SheetPleated SheetPleated SheetPleated SheetPleated Sheet
�'������"���"$ Q̂ "�'������"���"$ Q̂ "�'������"���"$ Q̂ "�'������"���"$ Q̂ "�'������"���"$ Q̂ "�'������"���"$ Q̂ "�'������"���"$ Q̂ "�'������"���"$ Q̂ " ( ( ( ( ( ( ( (tertiatertiatertiatertiatertiatertiatertiatertiaryryryryryryryry structurestructurestructurestructurestructurestructurestructurestructure))))))))
�������������.����!��.����������������.����!��.����������������.����!��.����������������.����!��.��� 2222oooo structurestructurestructurestructure
��������!��.��������!��.��������!��.��������!��.�=��=��=��=�+!���� ���.J��� +!���� ���.J��� +!���� ���.J��� +!���� ���.J��� ���=J����=J����=J����=J� ((((hudrophilichudrophilichudrophilichudrophilic) ) ) ) � "����� "����� "����� "���� '(���'(���'(���'(����� ;����.J��� ;����.J��� ;����.J��� ;����.J� (hydrophobic) (hydrophobic) (hydrophobic) (hydrophobic) � "��+� "��+� "��+� "��+
��9� �;��*�����'��!(� ��9� �;��*�����'��!(� ��9� �;��*�����'��!(� ��9� �;��*�����'��!(� ������������ ;�'�;�'�;�'�;�'� ---- *.Z�;o����*.Z�;o����*.Z�;o����*.Z�;o���� ---- *.Z�*.Z�*.Z�*.Z�����(�����(�����(�����(� - ��*���(-���*���(-���*���(-���*���(-� - HydrophobicHydrophobicHydrophobicHydrophobic interactioninteractioninteractioninteraction
collagencollagencollagencollagenhemoglobinhemoglobinhemoglobinhemoglobin
�'������"�#��� Q̂ "�'������"�#��� Q̂ "�'������"�#��� Q̂ "�'������"�#��� Q̂ "�'������"�#��� Q̂ "�'������"�#��� Q̂ "�'������"�#��� Q̂ "�'������"�#��� Q̂ " ( ( ( ( ( ( ( (quaternaryquaternaryquaternaryquaternaryquaternaryquaternaryquaternaryquaternary structurestructurestructurestructurestructurestructurestructurestructure))))))))
����������� \.�\������������������� \.�\������������������� \.�\������������������� \.�\�������� polypeptidepolypeptidepolypeptidepolypeptide !(� !� �������(���.!(� !� �������(���.!(� !� �������(���.!(� !� �������(���. !�-��.��.�!� �- !�-��.��.�!� �- !�-��.��.�!� �- !�-��.��.�!� �- �� ;�+��� ;�+��� ;�+��� ;�+� peptidepeptidepeptidepeptide
The four levels of protein structureThe four levels of protein structureThe four levels of protein structureThe four levels of protein structure
���"�'� ��'�����r Q̂ "�(����������"�'� ��'�����r Q̂ "�(����������"�'� ��'�����r Q̂ "�(����������"�'� ��'�����r Q̂ "�(�������
Amino acid analysisAmino acid analysisAmino acid analysisAmino acid analysisAmino acid analysisAmino acid analysisAmino acid analysisAmino acid analysis
���� �������������� �(���$ amino acid ��"����� ��
��� l��G�
���� �I hydrolysis ��$�������������� �I�� amide linkage ���
((��� amino acid ����� �
���� �I���$��� �"Q#��(����ul�(� amino acid ��$�� amino
acid analyzer
Sequence determinationSequence determinationSequence determinationSequence determinationSequence determinationSequence determinationSequence determinationSequence determination� ��I������(����(� amino acid� ��$�"�'� �����$����(��(������� �� ��� partial hydrolysis
�"�'� ��"�'� ��"�'� ��"�'� � NNNN----terminal:terminal:terminal:terminal:� �� phenyl isothiocyanate (Edman reagent) \a&�# �I�]"�"�"$���� Q amino �� thiourea derivative
� �I phenylthiohydantoin G��$��� �"Q#� #I�I�������"��(� amino acid ��& N-terminal G�
� hydrolysis of thiourea �� phenylthiohydantoin �� polypeptide �� ��& � amino acid �($�� polypeptide ������ 1 ���$
NH3
+CH C
OR1
NH CH C
OR2
NH CH C
OR3
N C S
NH C
S
NH CH C
OR1
NH CH C
OR2
NH CH C
OR3
HCl, H2O
NCS
NH
CH
C O
R1
NH3
+CH C
OR2
NH CH C
OR3
+
phenylthiohydantoin
�"�'� ��"�'� ��"�'� ��"�'� � C C C C----terminal:terminal:terminal:terminal:
� �I hydrolysis ������ ��$�� enzyme carboxypeptidase
� ���b ��& C-terminal # ���((� G� polypeptide �� ��& � amino
acid �($�� polypeptide ������ 1 ���$
NH CH C
OR3
NH CH C
OR2
NH CH C
OR1
O-
+ H2O
carboxypeptidase
NH CH C
OR3
NH CH C
OR2
O-+ NH3
+CH C
OR1
O-
���]"���"���]"���"���]"���"���]"���"���]"���"���]"���"���]"���"���]"���" ���"�'� �#� hydrolysis ��&� ���� G �f�IG���(�$ peptide
�(��I partial hydrolysis ���&(��G� polypeptide �������� ��
�"�'� ���$�����$��(���
�"b� hydrolysis ��&�o� G��� ���� enzyme �� reagent ����"� ��&�$���b peptide ���I����
f�� enzyme ��$��"� # G��$$($ (fragment) ��& ���"��(� amino acid �� �(����
� �&(��I����(� amino acid �� fragment ����I����&�� �(���� \(���� # G��I��� �Q�l�(� peptide G�
GlyGlyGlyGly ---- GluGluGluGlu ---- PhePhePhePhe GluGluGluGlu ---- PhePhePhePhe ---- GlyGlyGlyGly PhePhePhePhe ---- GlyGlyGlyGly ---- ArgArgArgArg
GlyGlyGlyGly ---- GluGluGluGlu ---- PhePhePhePheGluGluGluGlu ---- PhePhePhePhe ---- GlyGlyGlyGly
PhePhePhePhe ---- GlyGlyGlyGly ---- ArgArgArgArg
Hydrolyse pentapeptide ��"���a&� G� tripeptide
��������I����(� amino acid '�( GlyGlyGlyGly ---- GluGluGluGlu ---- PhePhePhePhe ---- GlyGlyGlyGly ---- ArgArgArgArg
�I tripeptide ���� ���$���� ��$�� amino acid ��&�� �(����\(����
top related