03.21.2014.visualizing.the.structure.and.interactions.in.microbial.communities
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Mitch FernandezPresentation for
March 21st, 2014
VISUALIZING THE STRUCTURE AND INTERACTIONS IN MICROBIAL COMMUNITIES
Metagenomics
Whole Genome Shotgun Sequencing
http://ssbaseball2.wordpress.com/
Amplicon Sequencing
http://ssbaseball2.wordpress.com/
Human Microbiome Project
C Huttenhower et al. Nature 486, 207-214 (2012) doi:10.1038/nature11234
Diversity of the human microbiome is concordant amongmeasures, unique to each individual, and strongly determined by microbial habitat.
OTU Level Distributions in the LungsBin Frequency Bin Frequency
100 1 1 0350 12 2.7 0600 6 4.4 0950 9 6.1 3
1200 6 7.8 31450 4 9.5 51700 7 11.2 01950 2 12.9 22200 2 14.6 22450 0 16.3 22700 1 18 42950 1 19.7 43200 1 21.4 33450 1 23.1 43700 1 24.8 33950 1 26.5 4
More 0 More 16
Richness Mean 1135.17 Diversity Mean 18.41Richness Standard Deviation 899.14 Diversity Standard Deviation 8.18Richness Skew 1.28 Diversity Skew -0.06
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
20
500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 4000
Freq
uenc
y
Estimated OTUs (Species Level)
Richness (Species Level)
0
2
4
6
8
10
12
14
5.00 10.00 15.00 20.00 25.00 30.00 35.00
Freq
uenc
y
Inverse Simpson Diversity Index
Diversity (Species Level)
Richness/Diversity - Smoking Status
MIC_019
MIC_044
MIC_022
MIC_010
MIC_018
MIC_047
MIC_023
MIC_030
MIC_014
MIC_032
MIC_012
MIC_017
MIC_034
MIC_036
MIC_037
MIC_021
MIC_058
MIC_020
MIC_003
MIC_053
MIC_063
MIC_050
MIC_054
MIC_045
MIC_029
MIC_059
MIC_027
MIC_052
0.00
500.00
1,000.00
1,500.00
2,000.00
2,500.00
3,000.00
3,500.00
4,000.00
0.00
5.00
10.00
15.00
20.00
25.00
30.00
35.00
Patient ID
Estim
ated
Spe
cies
Inve
rse
Sim
pson
Div
ersit
y In
dex
Richness/Diversity – Various Groups
MIC_019
MIC_011
MIC_010
MIC_062
MIC_023
MIC_067
MIC_032
MIC_039
MIC_034
MIC_009
MIC_021
MIC_049
MIC_003
MIC_040
MIC_050
MIC_005
MIC_029
MIC_028
MIC_052
0.00500.00
1,000.001,500.002,000.002,500.003,000.003,500.004,000.00
0.005.0010.0015.0020.0025.0030.0035.00
Clinical Status
Patient ID
Estim
ated
Spe
cies
Inve
rse
Sim
pson
Div
ersi
ty In
dex
MIC_019
MIC_011
MIC_010
MIC_062
MIC_023
MIC_067
MIC_032
MIC_039
MIC_034
MIC_009
MIC_021
MIC_049
MIC_003
MIC_040
MIC_050
MIC_005
MIC_029
MIC_028
MIC_052
0.00500.00
1,000.001,500.002,000.002,500.003,000.003,500.004,000.00
0.005.0010.0015.0020.0025.0030.0035.00
Age
Patient ID
Estim
ated
Spe
cies
Inve
rse
Sim
pson
Div
ersi
ty In
dex
MIC_019
MIC_011
MIC_010
MIC_062
MIC_023
MIC_067
MIC_032
MIC_039
MIC_034
MIC_009
MIC_021
MIC_049
MIC_003
MIC_040
MIC_050
MIC_005
MIC_029
MIC_028
MIC_052
0.00500.00
1,000.001,500.002,000.002,500.003,000.003,500.004,000.00
0.00
5.00
10.00
15.00
20.00
25.00
30.00
35.00
Ethnicity
Patient ID
Estim
ated
Spe
cies
Inve
rse
Sim
pson
Div
ersi
ty In
dex
MIC_019
MIC_011
MIC_010
MIC_062
MIC_023
MIC_067
MIC_032
MIC_039
MIC_034
MIC_009
MIC_021
MIC_049
MIC_003
MIC_040
MIC_050
MIC_005
MIC_029
MIC_028
MIC_052
0.00500.00
1,000.001,500.002,000.002,500.003,000.003,500.004,000.00
0.00
5.00
10.00
15.00
20.00
25.00
30.00
35.00
Gender
Patient ID
Estim
ated
Spe
cies
Inve
rse
Sim
pson
Div
ersi
ty In
dex
C Huttenhower et al. Nature 486, 207-214 (2012) doi:10.1038/nature11234
Carriage of microbial taxa varies while metabolic pathwaysremain stable within a healthy population.
C Huttenhower et al. Nature 486, 207-214 (2012) doi:10.1038/nature11234
Microbial carriage varies between subjects down to the speciesand strain level.
Carriage in the Lungs
Patient 01 Patient 02 Patient 03 Patient 05 Patient 06 Patient 09 Patient 12 Patient 18 Patient 22 Patient 250
1000
2000
3000
4000
5000
6000
MoraxellaMegasphaeraGemellaTreponemaKlebsiellaGranulicatellaPasteurellaRothiaNeisseriaTropherymaStenotrophomonasActinomycesSneathiaHaemophilusPorphyromonasRalstoniaVeillonellaFusobacteriumPropionibacteriumDelftiaPseudomonasStreptococcusPrevotellaHalomonas
C Huttenhower et al. Nature 486, 207-214 (2012) doi:10.1038/nature11234
Abundant taxa in the human microbiome that have beenmetagenomically and taxonomically well defined in the HMP population.
Number of Reads per Genus in the Lungs
Halomonas
Strep
toco
ccus
Fuso
bacter
ium
unclassi
fied (O
rder
Clostridial
es 001)
unclassi
fied (P
hylum Pro
teobac
teria
001)
Solobac
terium
Gemell
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Campylo
bacter
Mogibac
terium
Carnobac
terium
Metasca
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unclassi
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Bacilla
les 001)
Rhizobium
unclassi
fied (O
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Altero
monadale
s 001)
unclassi
fied (C
lass C
lostridia
001)
unclassi
fied (F
amily
Micr
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unclassi
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ctinobac
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001)
unclassi
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amily
Ruminococc
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unclassi
fied (F
amily
Pepto
strep
toco
ccac
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01)
Pedioco
ccus
Herbasp
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m
Turic
ella
Solir
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unclassi
fied (F
amily
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ae 001)
Ethan
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Desulfo
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Moryella
Simka
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Clostridium_X
IX
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othrix
Anoxybac
illus
unclassi
fied (O
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Myxoco
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s 001)
Anaero
vibrio
unclassi
fied (P
hylum Acid
obacter
ia 001)
Novosp
hingobium
Aggreg
atibac
ter
Clostridium_X
lVa
Desulfo
sporo
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Alishew
anell
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Citrobac
ter
unclassi
fied (F
amily
Suttere
llace
ae 001)
Gardnere
lla
Carnim
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Vagoco
ccus
0
10000
20000
30000
40000
50000
60000
70000
Genus
Read
s
Halomonas
unclassi
fied (Family
Halomonadace
ae 001)
Propionibacte
rium
Prevote
lla
Ralstonia
TM7_genus_
incerta
e_sedis
unclassi
fied (Class
Gammaprote
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001)
Strepto
coccu
s
unclassi
fied (Ord
er Oce
anospiri
llales 0
01)
Neisseria
unclassi
fied (Family
Pseudomonadace
ae 001)
Staphyloco
ccus
Actinomyce
s
unclassi
fied (Family
Pasteure
llace
ae 001)
Fusobacte
rium
Parvim
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Veillonella
unclassi
fied (Ord
er Acti
nomyceta
les 001)
Selenomonas
Peptostr
eptoco
ccus
Atopobium
unclassi
fied (Ord
er Clostr
idiales 001)
Porphyro
monas
unclassi
fied (Family
Comamonadaceae 001)
Alicyclo
bacillus
unclassi
fied (Family
Prevote
llace
ae 001)
Peptoniphilu
s
Burkholderia
unclassi
fied (Phylum Pro
teobacte
ria 001)
Gp2
Corynebacte
rium
unclassi
fied (Phylum Firm
icute
s 001)
unclassi
fied (Class
Betapro
teobacte
ria 001)
unclassi
fied (Ord
er Bacte
roidales 0
01)
unclassi
fied (Ord
er Burk
holderiales 0
01)
Solobacteriu
m
Pseudomonas
0
10000
20000
30000
40000
50000
60000
70000
Genus
Read
s
Relative Abundance of Select OTUs
Morris, et al. Am Thoracic Soc 187, 1067-1075 (2013) doi:10.1164/rccm.201210-1913OC
Relative Abundance of Select OTUs Never (n=9) Active (n=22)
Difference in Relative Abundance
OTU ReadsRelative
Abundance VarianceStd.
Error ReadsRelative
Abundance VarianceStd.
Error p-value q-value
Prevotella_009 0 0.00E+000.00E+0
00.00E+0
0 56 5.70E-04 1.00E-06 2.49E-04 -5.70E-04 4.00E-03 1.40E-03
Corynebacterium_002 0 0.00E+000.00E+0
00.00E+0
0 41 6.94E-04 2.00E-06 3.19E-04 -6.94E-04 5.00E-03 1.75E-03
Family_Prevotellaceae_003 10 3.56E-040.00E+0
0 1.53E-04 103 1.13E-03 1.00E-06 2.44E-04 -7.78E-04 1.30E-02 4.52E-03
Class_Gammaproteobacteria_006 7 1.39E-040.00E+0
0 1.18E-04 54 6.96E-04 1.00E-06 2.38E-04 -5.57E-04 1.70E-02 5.89E-03
Class_Gammaproteobacteria_010 21 9.90E-050.00E+0
0 9.90E-05 74 7.08E-04 1.00E-06 1.88E-04 -6.09E-04 2.10E-02 7.26E-03Order_Actinomycetales_001 243 9.91E-03 3.90E-05 2.10E-03 293 4.19E-03 1.20E-05 7.40E-04 5.73E-03 3.30E-02 1.13E-02
Class_Gammaproteobacteria_001 6 2.53E-040.00E+0
0 1.37E-04 162 4.78E-03 3.24E-04 3.84E-03 -4.53E-03 3.40E-02 1.17E-02Neisseria_001 1,334 6.00E-02 2.70E-03 1.73E-02 1,353 2.00E-02 2.55E-04 3.41E-03 3.99E-02 4.70E-02 1.61E-02Staphylococcus_001 244 1.25E-02 3.90E-05 2.08E-03 2,753 2.21E-02 5.26E-04 4.89E-03 -9.67E-03 4.80E-02 1.64E-02
Peptoniphilus_003 1 6.80E-050.00E+0
0 6.80E-05 31 3.54E-040.00E+0
0 1.15E-04 -2.86E-04 5.99E-02 2.03E-02
UniFrac Distance
Correlations
CLIN
ICA
L.G
ROU
P
SMO
KIN
G.S
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S
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SEX
RACE
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Azo
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Bact
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vora
x
Bact
eroi
des
Bifid
obac
teriu
m
CLINICAL.GROUPSMOKING.STATUS 0.50AGE -0.16 0.13SEX 0.20 0.10 -0.09RACE -0.17 -0.21 0.16 0.07Acidovorax 0.08 -0.08 -0.10 0.15 0.50Acinetobacter 0.08 -0.18 -0.19 -0.04 0.21 0.40Actinobacillus -0.09 -0.29 -0.05 0.11 0.19 -0.07 0.06Actinobaculum 0.02 0.04 0.15 0.17 0.24 -0.03 0.10 0.58Actinomyces 0.04 -0.09 -0.11 0.05 0.02 -0.04 0.07 0.44 0.15Aggregatibacter 0.02 -0.15 -0.01 -0.11 -0.05 -0.03 -0.07 0.03 -0.02 -0.07Albidiferax 0.02 -0.15 0.06 -0.11 -0.05 -0.03 0.02 0.31 -0.02 0.25 -0.02Alicyclobacillus 0.00 -0.20 -0.11 -0.13 -0.03 -0.03 0.78 -0.02 -0.03 -0.04 -0.03 0.00Alishewanella 0.02 0.04 -0.01 0.17 -0.05 0.17 0.05 0.13 -0.02 0.19 -0.02 -0.02 0.01Anaerococcus -0.01 -0.16 0.05 -0.06 -0.06 -0.03 0.12 0.23 -0.06 0.37 -0.03 0.63 0.03 0.20Anaeroglobus 0.02 0.04 -0.10 -0.11 -0.05 -0.03 -0.07 0.08 -0.02 0.06 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.04Anaerovibrio 0.03 -0.08 -0.19 0.04 -0.08 -0.04 -0.02 0.29 -0.03 0.29 -0.03 -0.03 -0.03 -0.03 -0.04 0.70Anoxybacillus 0.03 0.06 0.09 0.10 0.19 0.00 0.07 0.49 0.89 0.16 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 -0.05 -0.03 -0.04Aquabacterium 0.04 -0.01 -0.05 0.14 -0.10 -0.06 0.00 -0.06 -0.04 -0.05 -0.04 0.10 -0.03 -0.04 0.09 -0.04 -0.05 -0.05Arcanobacterium 0.02 -0.15 -0.16 0.17 -0.05 -0.03 -0.05 0.30 -0.02 0.01 -0.02 -0.02 0.00 -0.02 -0.02 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04Arenibacter 0.02 0.04 0.15 0.17 0.24 -0.03 0.10 0.58 1.00 0.15 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.06 -0.02 -0.03 0.89 -0.04 -0.02Armatimonadetes_gp5 0.03 0.01 -0.05 0.20 -0.07 -0.04 -0.04 -0.09 -0.02 0.48 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.06 -0.02 -0.03 -0.03 -0.05 -0.02 -0.02Armatimonas_Armatimonadetes_gp1 -0.19 0.04 0.39 -0.11 -0.05 -0.03 -0.06 -0.06 -0.02 -0.07 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02Atopobium -0.03 -0.06 -0.14 -0.05 -0.02 0.01 0.04 0.21 -0.06 0.64 -0.10 0.15 -0.02 0.16 0.31 -0.04 0.04 0.11 0.30 0.07 -0.06 0.01 -0.05Azoarcus 0.23 0.24 0.03 0.17 -0.05 -0.03 -0.07 -0.07 -0.02 -0.05 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.07 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.09Azotobacter -0.04 -0.22 -0.23 -0.22 -0.10 -0.06 0.12 0.03 -0.04 0.21 -0.04 -0.04 0.04 -0.04 0.34 -0.04 -0.05 -0.05 0.09 -0.04 -0.04 -0.04 -0.04 0.24 -0.04Bacteriovorax -0.19 0.04 -0.01 0.17 -0.05 -0.03 -0.03 -0.07 -0.02 0.03 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.00 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.22 -0.02 -0.04Bacteroides -0.17 -0.12 0.08 0.10 0.52 -0.06 -0.08 0.17 -0.04 0.00 -0.04 -0.04 0.03 -0.04 -0.01 0.08 0.03 -0.03 -0.04 0.08 -0.04 -0.05 -0.04 0.06 -0.04 0.05 0.00Bifidobacterium 0.00 0.01 -0.03 0.12 -0.10 -0.04 -0.01 -0.06 -0.04 -0.06 -0.04 0.03 -0.04 0.03 0.00 -0.04 -0.05 -0.04 0.89 -0.04 -0.04 0.00 -0.02 0.32 0.00 -0.03 0.03 -0.04
CLIN
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CLINICAL.GROUPSMOKING.STATUS 0.50AGE -0.16 0.13SEX 0.20 0.10 -0.09RACE -0.17 -0.21 0.16 0.07Acidovorax 0.08 -0.08 -0.10 0.15 0.50Acinetobacter 0.08 -0.18 -0.19 -0.04 0.21 0.40Actinobacillus -0.09 -0.29 -0.05 0.11 0.19 -0.07 0.06Actinobaculum 0.02 0.04 0.15 0.17 0.24 -0.03 0.10 0.58Actinomyces 0.04 -0.09 -0.11 0.05 0.02 -0.04 0.07 0.44 0.15Aggregatibacter 0.02 -0.15 -0.01 -0.11 -0.05 -0.03 -0.07 0.03 -0.02 -0.07Albidiferax 0.02 -0.15 0.06 -0.11 -0.05 -0.03 0.02 0.31 -0.02 0.25 -0.02Alicyclobacillus 0.00 -0.20 -0.11 -0.13 -0.03 -0.03 0.78 -0.02 -0.03 -0.04 -0.03 0.00Alishewanella 0.02 0.04 -0.01 0.17 -0.05 0.17 0.05 0.13 -0.02 0.19 -0.02 -0.02 0.01Anaerococcus -0.01 -0.16 0.05 -0.06 -0.06 -0.03 0.12 0.23 -0.06 0.37 -0.03 0.63 0.03 0.20Anaeroglobus 0.02 0.04 -0.10 -0.11 -0.05 -0.03 -0.07 0.08 -0.02 0.06 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.04Anaerovibrio 0.03 -0.08 -0.19 0.04 -0.08 -0.04 -0.02 0.29 -0.03 0.29 -0.03 -0.03 -0.03 -0.03 -0.04 0.70Anoxybacillus 0.03 0.06 0.09 0.10 0.19 0.00 0.07 0.49 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0.07 -0.02 -0.02Burkholderia 0.12 0.06 -0.16 -0.11 0.02 -0.08 0.30 0.06 -0.06 0.06 -0.07 0.09 0.17 0.04 0.31 -0.04 -0.09 -0.05 0.00 -0.01 -0.06 -0.01 -0.07 0.09 -0.06 0.18 0.12 0.19 -0.02 -0.07 0.81 0.04 -0.12 0.21 -0.01 -0.01Buttiauxella 0.23 0.24 -0.12 -0.11 -0.05 -0.03 0.18 -0.03 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.11 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 -0.04 -0.02 0.97 -0.05 -0.04 -0.08 -0.03 -0.04 0.84Caldilinea 0.02 -0.15 0.06 -0.11 -0.05 -0.03 0.02 0.31 -0.02 0.25 -0.02 1.00 0.00 -0.02 0.63 -0.02 -0.03 -0.03 0.10 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.15 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 0.03 -0.02 -0.03 0.29 -0.04 -0.03 -0.03 -0.01 0.09 -0.02Campylobacter -0.06 -0.24 -0.11 0.03 0.07 -0.03 0.15 0.39 0.07 0.82 -0.03 0.24 -0.02 0.12 0.54 -0.02 0.26 0.06 -0.01 0.01 0.07 0.30 0.01 0.49 -0.04 0.49 0.01 0.02 -0.08 -0.03 -0.05 0.24 0.14 0.15 -0.03 0.34 0.12 -0.09 0.24Capnocytophaga -0.10 -0.04 0.09 0.08 0.23 0.04 0.14 0.69 0.85 0.43 -0.06 0.13 -0.06 0.14 0.16 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-0.01 0.17 0.91 -0.02 0.06 0.02 -0.03 -0.02 -0.05 -0.01 -0.02 -0.04 0.51 0.26 -0.08 -0.04 0.88 -0.01 -0.05 0.02 0.41 0.25 0.31 0.02 -0.04Caulobacter 0.15 0.24 -0.12 -0.15 -0.07 -0.04 0.16 -0.06 -0.02 -0.07 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.03 -0.02 -0.04 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.09 -0.02 -0.05 -0.02 -0.05 -0.04 -0.02 0.89 -0.06 0.04 -0.05 -0.03 0.00 0.77 0.93 -0.02 -0.08 -0.07 -0.05 -0.02 -0.08 0.02Centipeda -0.23 -0.36 -0.04 -0.24 0.07 -0.03 0.08 0.39 -0.08 0.47 -0.08 0.38 0.00 0.26 0.67 0.15 0.13 0.00 0.01 -0.08 -0.08 -0.09 0.04 0.44 -0.08 0.47 -0.08 0.12 -0.05 -0.08 -0.07 0.11 -0.08 0.25 0.05 0.06 0.18 -0.08 0.38 0.68 0.25 -0.11 0.49 0.27 -0.01 -0.06Cetobacterium -0.19 -0.15 0.19 -0.11 0.24 -0.03 0.01 0.08 -0.02 0.24 -0.02 -0.02 -0.01 -0.02 0.01 -0.02 -0.03 -0.03 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.27 -0.02 -0.04 -0.02 0.00 -0.02 -0.02 -0.03 -0.05 0.01 0.01 -0.03 -0.01 0.03 -0.02 -0.02 0.19 0.12 0.09 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 0.15Chelonobacter 0.02 -0.15 0.06 -0.11 -0.05 -0.03 0.02 0.31 -0.02 0.25 -0.02 1.00 0.00 -0.02 0.63 -0.02 -0.03 -0.03 0.10 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.15 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 0.03 -0.02 -0.03 0.29 -0.04 -0.03 -0.03 -0.01 0.09 -0.02 1.00 0.24 0.13 -0.04 -0.02 0.14 0.02 -0.02 0.38 -0.02Chromohalobacter -0.05 -0.14 -0.21 -0.22 -0.03 0.18 0.40 0.08 -0.11 0.21 -0.07 0.24 0.22 0.36 0.54 -0.07 -0.13 0.03 -0.02 0.03 -0.11 -0.14 -0.09 0.36 -0.11 0.48 0.05 0.10 -0.07 -0.07 0.36 0.12 -0.15 0.42 0.08 -0.08 0.61 0.36 0.24 0.40 0.17 -0.05 0.53 0.47 -0.08 0.34 0.55 -0.04 0.24Chryseobacterium 0.19 0.04 -0.11 -0.09 0.09 0.34 0.28 0.14 -0.05 0.09 -0.02 0.54 -0.03 0.20 0.34 -0.05 -0.07 -0.06 0.01 -0.03 -0.05 -0.04 -0.05 0.03 -0.05 0.04 -0.05 -0.01 -0.02 -0.02 0.65 0.20 -0.08 -0.06 -0.06 -0.04 0.63 0.68 0.54 0.07 0.05 -0.09 -0.05 0.00 -0.02 0.63 0.18 -0.05 0.54 0.54Citrobacter 0.02 0.04 -0.02 0.17 -0.05 -0.03 -0.01 -0.07 -0.02 -0.09 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.07 -0.02 -0.03 -0.03 0.34 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.11 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 -0.04 -0.02 -0.03 0.62 -0.04 -0.08 -0.03 -0.04 -0.05 -0.02 -0.02 -0.10 -0.08 -0.04 -0.02 -0.06 -0.05 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.09 -0.05Cloacibacterium 0.04 -0.10 -0.10 -0.26 -0.07 -0.07 0.15 0.19 -0.06 0.33 -0.06 0.56 0.00 -0.06 0.65 0.10 0.03 -0.01 0.10 -0.06 -0.06 -0.07 -0.06 0.32 -0.06 0.61 0.10 0.03 -0.03 -0.06 0.27 0.10 -0.12 0.21 -0.01 0.00 0.44 0.25 0.56 0.54 0.15 -0.07 0.56 0.28 -0.02 0.21 0.65 -0.06 0.56 0.65 0.51 -0.06Clostridium_sensu_stricto 0.23 0.24 0.14 -0.11 -0.05 0.17 -0.07 -0.07 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.08 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 -0.04 -0.02 -0.03 -0.05 -0.04 -0.08 -0.03 -0.01 -0.08 -0.02 -0.02 -0.10 -0.07 -0.04 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.02 -0.05 -0.02 -0.06Clostridium_XI -0.19 -0.15 0.19 -0.11 0.24 -0.03 0.01 0.08 -0.02 0.24 -0.02 -0.02 -0.01 -0.02 0.01 -0.02 -0.03 -0.03 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.27 -0.02 -0.04 -0.02 0.00 -0.02 -0.02 -0.03 -0.05 0.01 0.01 -0.03 -0.01 0.03 -0.02 -0.02 0.19 0.12 0.09 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 0.15 1.00 -0.02 -0.04 -0.05 -0.02 -0.06 -0.02Clostridium_XIX 0.04 0.07 -0.18 0.04 0.15 0.03 -0.06 0.03 -0.03 0.02 -0.03 -0.03 -0.01 -0.03 -0.01 -0.03 -0.04 0.34 -0.05 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 0.31 -0.03 -0.06 -0.03 0.39 -0.04 -0.03 -0.04 -0.07 -0.03 0.13 -0.04 -0.04 0.07 -0.03 -0.03 0.03 0.13 -0.05 -0.03 0.06 -0.03 -0.04 0.16 -0.03 -0.03 0.24 -0.07 -0.03 0.03 -0.03 -0.03Clostridium_XlVa 0.23 0.24 0.24 -0.11 0.24 -0.03 0.00 -0.07 -0.02 0.04 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 0.06 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.04 -0.02 0.08 -0.04 -0.02 0.04 -0.05 -0.04 -0.08 -0.03 -0.04 0.02 -0.02 -0.02 0.08 0.07 -0.01 -0.02 -0.06 0.07 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.09 -0.03 -0.02 0.10 -0.02 -0.02 -0.03Comamonas -0.19 -0.15 0.13 -0.11 0.24 -0.03 -0.03 -0.07 -0.02 -0.09 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.07 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.10 -0.02 -0.04 -0.02 0.04 -0.04 -0.02 -0.03 -0.05 -0.04 -0.08 -0.03 -0.04 -0.08 -0.02 -0.02 -0.06 -0.07 0.17 -0.02 -0.02 -0.04 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.09 -0.05 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02Corynebacterium -0.01 -0.09 -0.07 0.14 -0.02 -0.02 0.09 -0.12 -0.09 -0.04 -0.04 -0.01 0.13 0.13 0.44 -0.03 -0.08 -0.06 0.13 0.00 -0.09 -0.05 -0.05 0.06 -0.07 0.16 0.13 0.12 -0.07 -0.04 -0.06 0.34 -0.10 0.18 -0.08 -0.06 0.28 -0.06 -0.01 -0.03 -0.11 -0.04 0.09 0.26 -0.06 -0.01 0.09 -0.01 -0.01 0.20 0.01 0.45 0.02 -0.07 -0.01 0.05 -0.02 -0.04Cryptobacterium -0.12 0.06 0.02 0.04 -0.08 -0.04 -0.07 -0.11 -0.03 0.33 -0.03 -0.03 -0.02 -0.03 -0.05 -0.03 -0.04 -0.04 -0.05 -0.03 -0.03 0.68 -0.03 -0.02 -0.03 -0.05 -0.03 -0.03 -0.02 -0.03 -0.04 0.33 0.02 -0.11 -0.04 0.61 -0.01 -0.03 -0.03 0.22 0.00 0.23 -0.03 -0.06 0.65 -0.04 -0.11 -0.03 -0.03 -0.06 -0.06 -0.03 -0.08 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 -0.03 -0.10Cupriavidus 0.02 -0.14 0.03 -0.11 0.18 -0.08 0.09 0.32 -0.06 0.25 0.00 0.79 0.07 0.00 0.62 -0.06 -0.09 -0.09 0.07 -0.03 -0.06 -0.08 -0.06 0.19 -0.06 0.23 -0.03 0.45 -0.02 0.00 0.05 0.18 -0.10 0.22 -0.06 -0.07 0.27 0.04 0.79 0.36 0.08 -0.07 0.21 0.29 -0.02 0.02 0.50 -0.03 0.79 0.42 0.50 -0.06 0.67 -0.03 -0.03 0.16 0.07 0.00 0.04 -0.09Dechloromonas -0.09 0.10 -0.07 0.20 0.00 -0.05 -0.05 -0.02 -0.03 0.01 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 -0.01 -0.03 -0.05 -0.04 -0.05 0.13 -0.03 -0.04 -0.03 0.20 -0.03 -0.06 0.92 0.03 0.00 -0.03 -0.04 0.13 -0.07 -0.12 0.03 -0.06 0.10 -0.03 -0.03 0.03 0.04 0.21 -0.03 -0.01 -0.02 -0.04 -0.08 -0.03 -0.03 0.00 -0.07 -0.03 0.09 -0.03 -0.03 0.08 0.13 -0.03 0.08 -0.05 0.01Deinococcus 0.04 -0.03 0.14 -0.19 0.02 -0.05 -0.06 -0.01 -0.03 -0.06 0.88 -0.03 -0.04 -0.03 -0.02 -0.03 -0.04 -0.04 -0.06 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 -0.11 -0.03 -0.06 -0.03 -0.02 -0.04 0.88 0.20 -0.08 0.39 0.15 0.19 -0.01 -0.06 -0.03 -0.03 -0.01 0.03 -0.06 -0.03 -0.03 0.00 -0.04 -0.11 -0.03 -0.03 -0.05 -0.04 -0.03 -0.04 -0.03 -0.03 -0.05 0.36 -0.03 -0.07 -0.04 0.01 0.01Delftia 0.02 -0.15 0.13 0.17 -0.05 -0.03 -0.06 -0.07 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.07 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 0.23 -0.02 -0.09 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 -0.04 -0.02 0.04 -0.05 -0.04 -0.08 -0.03 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.07 -0.05 -0.04 -0.02 -0.06 -0.03 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.11 -0.05 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 0.03 -0.03 -0.06 -0.03 -0.03Desulfosporosinus -0.19 -0.15 0.05 -0.11 0.24 -0.03 -0.06 0.02 -0.02 -0.05 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.05 -0.02 -0.04 -0.02 0.00 -0.04 -0.02 -0.03 -0.05 -0.04 -0.08 0.43 -0.04 -0.03 -0.02 -0.02 0.03 -0.04 -0.01 -0.02 -0.06 -0.03 -0.02 0.26 -0.02 -0.02 -0.07 -0.05 -0.02 0.10 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 -0.06 -0.03 0.00 0.13 -0.03 -0.02Desulfovibrio -0.01 -0.08 -0.16 0.01 -0.11 -0.03 0.04 0.09 -0.04 0.63 -0.04 0.25 0.00 -0.04 0.29 -0.04 -0.05 0.08 0.01 -0.04 -0.04 0.80 -0.04 0.29 -0.04 0.26 -0.04 -0.06 -0.01 -0.04 -0.03 0.48 0.02 0.06 -0.05 0.75 0.11 -0.04 0.25 0.58 0.18 0.27 0.25 0.15 0.81 -0.05 0.33 -0.04 0.25 0.23 0.09 -0.04 0.37 -0.04 -0.04 0.18 -0.04 -0.04 -0.03 0.57 0.22 -0.06 -0.06 -0.04 -0.04Devosia 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00Dialister 0.04 0.02 -0.14 0.11 -0.10 -0.02 -0.05 0.02 -0.04 0.57 -0.04 0.14 -0.03 0.00 0.07 -0.02 0.00 0.13 -0.05 0.12 -0.04 0.86 -0.04 0.24 0.00 -0.06 -0.02 -0.04 -0.01 -0.04 -0.06 0.49 0.05 -0.06 -0.04 0.81 0.01 -0.04 0.14 0.38 0.15 0.31 -0.02 0.00 0.87 -0.04 0.06 -0.04 0.14 0.06 0.03 -0.04 0.08 -0.04 -0.04 0.27 -0.02 0.02 -0.05 0.61 0.04 -0.02 -0.05 -0.04 -0.04 0.89 0.00Dolosigranulum -0.07 -0.07 0.06 0.10 0.17 -0.03 0.17 0.67 0.87 0.39 -0.04 0.19 -0.02 0.17 0.26 -0.04 0.05 0.78 -0.02 -0.01 0.87 -0.06 -0.05 0.15 -0.06 0.15 0.01 -0.03 -0.03 -0.04 -0.05 0.06 0.72 0.12 0.00 -0.04 0.00 -0.06 0.19 0.40 0.93 -0.09 0.24 0.11 0.16 -0.06 0.29 0.01 0.19 0.20 0.07 -0.06 0.21 -0.06 0.01 -0.02 -0.06 -0.06 -0.07 -0.04 0.17 -0.02 -0.03 -0.05 -0.02 0.08 0.00 -0.01Dyella -0.08 -0.02 0.10 0.21 0.03 -0.07 -0.03 -0.02 -0.05 -0.04 -0.03 0.02 -0.02 -0.01 0.54 -0.05 -0.07 -0.06 0.23 0.01 -0.05 -0.02 -0.03 0.08 -0.04 0.02 0.06 0.16 0.26 -0.03 -0.05 -0.03 -0.07 0.00 -0.03 -0.03 0.24 -0.04 0.02 -0.01 -0.08 0.01 0.03 -0.01 -0.02 -0.01 0.14 -0.03 0.02 0.05 -0.04 -0.05 0.02 -0.05 -0.03 0.03 -0.02 -0.05 0.65 -0.02 0.07 0.05 -0.05 -0.05 0.04 0.00 0.00 -0.03 -0.05Elizabethkingia 0.02 0.04 -0.01 0.17 -0.05 0.17 0.05 0.13 -0.02 0.19 -0.02 -0.02 0.01 1.00 0.20 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.16 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 0.03 -0.02 -0.03 0.40 -0.04 -0.08 -0.03 0.04 0.04 -0.02 -0.02 0.12 0.14 -0.01 -0.02 0.02 0.06 -0.02 0.26 -0.02 -0.02 0.36 0.20 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 0.13 -0.03 0.00 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 -0.04 0.00 0.00 0.17 -0.01Enhydrobacter 0.05 -0.11 -0.23 0.05 -0.11 0.09 0.13 0.16 -0.04 0.45 -0.04 -0.04 0.01 0.49 0.33 -0.04 0.32 0.18 0.01 -0.04 -0.04 -0.05 -0.04 0.47 -0.04 0.33 -0.04 -0.06 -0.03 -0.04 -0.02 0.14 0.02 0.12 -0.05 0.00 0.07 -0.04 -0.04 0.60 0.23 -0.06 0.49 0.19 0.03 -0.05 0.48 -0.04 -0.04 0.55 0.03 -0.04 0.28 -0.04 -0.04 0.37 -0.04 -0.04 0.09 -0.06 0.04 -0.07 -0.06 -0.04 -0.04 0.22 0.00 0.18 0.26 -0.03 0.49Enterococcus 0.01 0.06 0.10 -0.11 -0.06 -0.03 -0.05 -0.06 0.01 -0.07 -0.02 -0.02 -0.01 0.01 -0.06 -0.02 -0.03 0.02 0.05 -0.02 0.01 -0.03 -0.01 -0.04 -0.02 0.35 -0.01 0.27 0.02 -0.02 -0.03 -0.04 0.00 0.16 -0.03 -0.04 -0.01 -0.02 -0.02 -0.09 -0.04 -0.04 -0.02 -0.07 -0.03 -0.01 -0.07 -0.02 -0.02 0.09 0.18 -0.02 0.25 -0.02 -0.02 0.01 -0.02 -0.02 0.06 -0.03 0.20 -0.01 -0.04 -0.02 -0.02 -0.04 0.00 -0.03 -0.02 0.02 0.01 -0.01Escherichia_Shigella 0.23 0.24 -0.03 0.17 -0.05 -0.03 -0.03 -0.07 -0.02 -0.07 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.07 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.07 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 -0.04 -0.02 -0.03 -0.05 -0.04 -0.08 -0.03 -0.02 -0.07 -0.02 -0.02 -0.06 -0.06 -0.04 -0.02 -0.06 0.01 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.11 -0.03 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 -0.05 -0.03 -0.03 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 -0.04 0.00 -0.04 -0.05 -0.05 -0.02 -0.04 -0.02Ethanoligenens 0.23 0.21 -0.10 -0.09 -0.06 -0.03 0.17 -0.04 -0.02 -0.09 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.04 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 0.01 -0.02 -0.12 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 -0.04 -0.02 0.96 -0.05 -0.05 -0.09 -0.03 -0.04 0.82 0.99 -0.02 -0.10 -0.07 -0.05 -0.02 -0.07 -0.05 0.92 -0.09 -0.02 -0.02 0.34 0.67 -0.02 0.24 -0.02 -0.02 -0.04 -0.02 -0.02 -0.05 -0.03 0.03 -0.04 -0.04 0.12 -0.02 -0.04 0.00 -0.05 -0.06 -0.05 -0.02 -0.04 -0.03 -0.02Eubacterium 0.09 0.14 0.09 0.07 0.17 -0.03 0.04 0.53 0.68 0.62 -0.02 0.07 -0.08 0.04 0.05 0.18 0.17 0.60 -0.11 0.05 0.68 0.14 0.00 0.43 -0.03 -0.04 0.10 -0.02 -0.09 -0.02 -0.08 0.15 0.59 -0.07 -0.02 0.22 -0.06 -0.08 0.07 0.32 0.72 0.04 0.01 -0.10 0.31 -0.07 0.07 0.15 0.07 -0.07 -0.03 -0.08 0.06 -0.08 0.15 -0.07 0.11 -0.08 -0.08 0.11 0.01 0.10 0.02 -0.08 -0.04 0.16 0.00 0.17 0.66 -0.09 0.04 0.04 -0.05 -0.08 -0.09Exiguobacterium 0.02 -0.15 0.06 -0.11 -0.05 -0.03 0.02 0.31 -0.02 0.25 -0.02 1.00 0.00 -0.02 0.63 -0.02 -0.03 -0.03 0.10 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.15 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 0.03 -0.02 -0.03 0.29 -0.04 -0.03 -0.03 -0.01 0.09 -0.02 1.00 0.24 0.13 -0.04 -0.02 0.14 0.02 -0.02 0.38 -0.02 1.00 0.24 0.54 -0.02 0.56 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 -0.01 -0.03 0.79 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 0.25 0.00 0.14 0.19 0.02 -0.02 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 0.07Facklamia 0.04 -0.27 -0.10 -0.20 -0.09 -0.05 0.59 0.10 -0.03 0.27 -0.03 0.57 0.61 -0.03 0.63 -0.03 -0.05 -0.05 0.12 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 0.21 -0.03 0.40 -0.03 -0.07 -0.01 -0.03 -0.01 0.12 -0.08 0.40 -0.05 -0.02 0.22 -0.03 0.57 0.47 0.08 -0.07 0.57 0.67 0.00 -0.04 0.46 -0.03 0.57 0.53 0.26 -0.03 0.63 -0.03 -0.03 -0.06 -0.03 -0.03 0.10 -0.05 0.59 -0.06 -0.06 -0.03 -0.03 0.28 0.00 0.05 0.23 0.01 -0.03 0.24 -0.04 -0.03 -0.04 0.00 0.57Filifactor -0.25 -0.16 -0.10 -0.12 -0.06 0.04 0.12 0.06 -0.06 0.40 -0.06 0.02 -0.01 0.10 0.36 -0.06 -0.03 -0.05 0.03 0.10 -0.06 0.09 -0.06 0.34 -0.06 0.49 -0.06 -0.08 -0.06 -0.06 -0.05 0.04 0.08 0.19 -0.08 0.18 0.07 -0.06 0.02 0.59 0.13 -0.03 0.60 0.20 0.25 0.17 0.48 0.19 0.02 0.41 0.00 -0.06 0.35 0.02 0.19 -0.03 -0.06 -0.06 0.07 0.09 0.13 -0.08 -0.10 -0.06 -0.06 0.33 0.00 0.15 0.16 0.03 0.10 0.39 -0.03 -0.06 -0.07 0.06 0.02 0.33Finegoldia -0.06 0.09 0.09 0.06 -0.12 -0.06 -0.12 -0.03 -0.04 -0.10 -0.04 -0.04 -0.06 -0.04 -0.10 -0.04 -0.06 -0.06 -0.07 0.24 -0.04 0.02 -0.04 -0.07 -0.04 -0.08 0.24 -0.03 -0.05 -0.04 -0.04 -0.04 -0.09 -0.11 -0.06 -0.07 -0.08 -0.04 -0.04 -0.12 -0.07 -0.01 -0.04 -0.06 -0.04 -0.05 -0.17 -0.04 -0.04 -0.14 -0.10 -0.04 -0.08 -0.04 -0.04 0.05 -0.04 -0.04 -0.06 -0.06 -0.02 0.32 -0.07 0.24 -0.04 -0.08 0.00 -0.01 -0.08 -0.06 -0.04 -0.09 -0.04 -0.04 -0.01 -0.07 -0.04 -0.07 0.12Flavobacterium 0.23 0.21 -0.07 -0.10 -0.14 -0.04 0.39 0.06 -0.05 0.08 -0.05 0.12 0.30 0.12 0.07 -0.05 0.05 -0.06 -0.07 -0.05 -0.05 -0.06 -0.05 0.03 0.12 -0.09 -0.05 -0.09 -0.06 -0.05 0.77 0.04 -0.04 0.10 0.24 -0.07 0.72 0.81 0.12 -0.01 -0.01 -0.09 -0.05 0.12 -0.06 0.74 -0.04 -0.05 0.12 0.44 0.64 -0.05 0.25 -0.05 -0.05 -0.08 -0.05 -0.05 -0.05 -0.07 0.11 -0.08 0.01 -0.05 -0.05 -0.05 0.00 -0.03 0.00 -0.09 0.12 0.08 -0.05 -0.05 0.79 0.02 0.12 0.22 -0.10 -0.11Francisella 0.03 -0.18 -0.26 -0.14 -0.07 -0.04 -0.04 -0.04 -0.02 -0.03 -0.02 0.09 -0.01 -0.02 0.06 -0.02 -0.03 -0.03 -0.01 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 0.04 -0.02 0.43 -0.02 -0.05 -0.04 -0.02 -0.03 -0.02 -0.05 -0.05 -0.03 -0.04 0.09 -0.02 0.09 0.00 -0.05 -0.05 0.09 0.00 -0.04 -0.03 0.02 -0.02 0.09 0.11 0.10 -0.02 0.07 -0.02 -0.02 -0.04 -0.02 -0.02 0.25 -0.03 0.05 -0.04 -0.04 -0.02 -0.02 0.02 0.00 -0.03 -0.01 -0.02 -0.02 0.01 -0.03 -0.02 -0.03 -0.07 0.09 0.09 0.01 -0.05 -0.04Fusobacterium 0.04 0.01 -0.06 0.14 -0.03 -0.06 0.01 0.22 0.17 0.69 -0.05 0.10 -0.07 0.15 0.15 0.10 0.09 0.16 0.27 0.01 0.17 0.72 -0.04 0.40 -0.05 0.04 0.04 -0.03 0.36 -0.05 -0.06 0.46 0.22 -0.08 -0.05 0.78 0.03 -0.06 0.10 0.52 0.32 0.43 0.12 -0.03 0.84 -0.02 0.20 -0.01 0.10 0.01 0.01 -0.10 0.13 -0.07 -0.01 -0.03 0.12 -0.06 -0.12 0.49 0.07 0.03 -0.01 -0.08 -0.05 0.73 0.00 0.73 0.25 0.06 0.15 0.15 -0.08 -0.02 -0.07 0.40 0.10 0.08 0.26 -0.11 -0.05 -0.07Gardnerella 0.02 0.04 -0.08 0.17 -0.05 -0.03 -0.07 -0.07 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.07 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.06 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 0.00 -0.02 -0.03 -0.05 -0.04 -0.08 -0.03 0.08 -0.06 -0.02 -0.02 0.00 -0.06 -0.04 -0.02 -0.06 -0.01 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.11 -0.05 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 -0.07 -0.03 -0.06 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 -0.04 0.00 0.00 -0.05 -0.04 -0.02 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.08 -0.02 -0.03 -0.06 -0.04 -0.05 -0.02 0.03Gemella 0.03 0.01 -0.09 0.15 -0.09 -0.03 -0.01 0.02 -0.04 0.60 0.00 0.10 -0.02 0.06 0.10 0.11 0.08 -0.05 0.17 -0.04 -0.04 0.88 -0.02 0.21 -0.03 0.04 -0.02 -0.06 0.24 0.00 -0.05 0.50 0.05 -0.06 -0.04 0.90 0.02 -0.05 0.10 0.46 0.08 0.37 0.09 0.00 0.90 -0.04 0.12 0.00 0.10 -0.03 0.01 -0.07 0.09 0.00 0.00 -0.05 0.03 -0.01 -0.11 0.62 0.03 -0.04 0.00 -0.04 -0.07 0.85 0.00 0.85 0.00 0.03 0.06 0.07 -0.07 0.04 -0.06 0.18 0.10 0.09 0.21 -0.10 -0.05 -0.05 0.91 0.07Geobacter -0.09 0.04 0.24 0.01 -0.03 0.15 -0.02 0.14 -0.04 0.19 -0.04 -0.04 -0.02 0.82 0.14 -0.04 -0.06 0.02 -0.07 0.13 -0.04 -0.05 0.30 0.26 -0.04 -0.02 -0.04 0.00 -0.01 -0.04 -0.06 0.27 -0.02 -0.03 0.09 0.01 0.00 -0.04 -0.04 0.13 0.18 -0.02 -0.04 -0.02 0.02 -0.06 0.26 0.30 -0.04 0.35 0.14 -0.04 -0.06 0.13 0.30 0.07 -0.04 -0.04 0.08 -0.06 -0.02 -0.05 -0.03 -0.04 -0.04 -0.04 0.00 0.03 0.11 -0.04 0.82 0.44 0.16 -0.04 -0.05 0.06 -0.04 -0.08 0.13 -0.05 0.09 -0.05 0.08 -0.04 0.02Geovibrio 0.01 -0.19 -0.16 -0.08 -0.13 -0.07 0.02 -0.15 -0.05 -0.01 -0.05 -0.05 0.05 -0.05 0.16 -0.05 -0.07 -0.06 -0.01 -0.05 -0.05 -0.03 -0.05 -0.03 -0.05 0.28 -0.05 -0.08 -0.07 -0.05 -0.03 -0.08 -0.06 0.44 0.04 -0.05 0.14 -0.05 -0.05 0.16 -0.07 -0.01 0.43 0.61 -0.05 -0.02 0.09 -0.05 -0.05 0.26 -0.11 -0.05 0.15 -0.05 -0.05 -0.08 -0.05 -0.05 0.21 -0.07 0.02 -0.08 -0.05 0.07 -0.05 0.04 0.00 -0.09 0.03 -0.05 -0.05 0.15 -0.05 -0.05 -0.04 -0.11 -0.05 0.20 0.27 -0.07 -0.08 0.00 -0.08 -0.05 -0.05 -0.09Gordonia 0.00 -0.20 -0.22 -0.16 -0.08 -0.04 -0.06 0.06 -0.03 -0.01 -0.03 0.30 -0.02 -0.03 0.14 -0.03 -0.04 -0.04 -0.01 -0.03 -0.03 -0.03 -0.03 0.05 -0.03 0.35 -0.03 -0.05 -0.03 -0.03 -0.04 0.04 -0.06 -0.08 -0.04 -0.05 0.08 -0.03 0.30 -0.01 -0.03 -0.06 -0.03 -0.02 -0.04 -0.04 0.07 -0.03 0.30 0.10 0.21 -0.03 0.14 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 -0.03 0.22 -0.04 0.19 -0.05 -0.04 -0.03 -0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 -0.02 -0.03 -0.06 -0.03 -0.03 -0.03 -0.05 0.30 0.14 -0.02 0.01 -0.01 0.97 -0.06 -0.03 -0.03 -0.06 -0.07Gp1 0.02 0.04 -0.10 -0.11 -0.05 0.07 -0.03 -0.07 -0.02 0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.00 -0.02 -0.03 0.43 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.37 -0.02 -0.04 -0.02 0.00 -0.02 -0.02 -0.03 -0.05 0.01 0.05 -0.03 -0.01 0.00 -0.02 -0.02 0.01 0.18 -0.01 -0.02 -0.01 -0.01 -0.02 0.15 -0.02 -0.02 0.29 -0.05 -0.02 0.10 -0.02 -0.02 0.81 -0.02 -0.02 0.03 -0.03 -0.06 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 0.25 0.00 0.36 0.00 -0.03 -0.02 0.49 0.01 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.03 0.02 -0.04 -0.05 -0.02 0.00 -0.02 -0.02 0.13 -0.05 -0.03Gp2 0.01 -0.08 -0.02 0.09 -0.01 -0.06 0.22 -0.05 -0.07 -0.05 -0.06 0.01 0.21 0.00 0.55 -0.03 -0.07 -0.09 0.35 -0.01 -0.07 -0.08 -0.06 0.12 -0.07 0.17 0.00 0.17 0.35 -0.06 0.17 -0.09 -0.12 0.28 -0.06 -0.08 0.51 0.18 0.01 0.05 -0.12 0.01 0.22 0.35 -0.10 0.17 0.17 0.01 0.01 0.30 0.13 -0.07 0.18 -0.07 0.01 0.01 -0.06 -0.07 0.65 -0.09 0.15 -0.03 -0.09 -0.06 -0.05 0.00 0.00 -0.10 -0.03 0.86 0.00 0.06 0.07 -0.06 0.17 -0.15 0.01 0.24 0.09 -0.11 0.16 -0.04 0.03 -0.07 0.01 -0.03 0.24 -0.07 -0.05Gp4 0.06 0.03 -0.06 0.17 -0.08 -0.03 -0.07 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 0.13 -0.03 0.03 0.03 -0.03 -0.04 -0.01 -0.03 -0.03 -0.03 -0.03 -0.03 -0.06 -0.03 -0.05 -0.03 -0.05 -0.04 -0.03 -0.04 0.02 -0.06 -0.05 -0.04 -0.05 -0.05 -0.03 0.13 -0.06 -0.05 -0.06 -0.03 0.04 -0.05 -0.04 0.00 -0.03 0.13 -0.06 0.04 -0.03 0.02 -0.03 -0.03 0.00 -0.03 -0.03 -0.07 -0.04 0.06 -0.05 -0.05 -0.03 -0.03 0.01 0.00 -0.01 -0.02 -0.06 0.03 0.00 -0.03 -0.03 -0.03 -0.07 0.13 0.05 -0.06 -0.06 -0.03 -0.02 -0.07 -0.03 -0.06 -0.01 -0.04 0.01 0.03 -0.06Gp6 0.02 0.04 -0.07 0.17 -0.05 -0.03 -0.07 -0.07 -0.02 -0.09 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.07 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.10 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 -0.04 -0.02 -0.03 -0.05 -0.04 -0.03 -0.03 -0.04 -0.06 -0.02 -0.02 -0.10 -0.08 -0.04 -0.02 0.03 -0.05 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 -0.11 -0.05 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 -0.06 -0.03 -0.06 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 -0.04 0.00 -0.04 -0.06 -0.05 -0.02 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.08 -0.02 -0.03 -0.06 -0.04 -0.05 -0.02 -0.10 -0.02 -0.07 -0.04 -0.05 -0.03 -0.02 -0.05 0.98Gp7 -0.19 0.04 0.28 -0.11 -0.05 -0.03 -0.04 0.01 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 0.00 -0.02 -0.02 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.00 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 -0.04 -0.02 -0.03 -0.05 0.06 0.17 0.89 0.00 0.00 -0.02 -0.02 -0.05 0.10 -0.04 -0.02 0.00 -0.02 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 0.12 -0.05 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 -0.06 -0.03 -0.06 -0.03 0.23 -0.02 -0.02 -0.04 0.00 -0.02 0.01 -0.05 -0.02 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 0.00 -0.02 -0.03 -0.06 -0.04 0.29 -0.02 -0.03 -0.02 -0.01 0.13 0.07 -0.03 -0.02 -0.04 -0.03 -0.02GpI 0.02 -0.15 0.13 -0.11 -0.05 -0.03 -0.06 0.00 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.04 -0.02 -0.03 -0.03 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.06 -0.02 -0.04 -0.02 -0.04 -0.02 -0.02 -0.03 -0.05 0.01 -0.08 -0.03 -0.02 -0.08 -0.02 -0.02 0.03 0.00 -0.04 -0.02 -0.06 -0.04 -0.02 0.15 -0.02 -0.02 -0.04 -0.05 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 -0.03 -0.02 -0.02 -0.09 -0.03 -0.03 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 -0.04 0.00 -0.04 -0.03 -0.05 -0.02 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.05 -0.02 -0.03 -0.06 -0.04 -0.05 -0.02 -0.06 -0.02 -0.04 -0.04 -0.05 -0.03 -0.02 -0.05 -0.03 -0.02 -0.02Granulicatella -0.01 -0.15 0.06 -0.07 0.01 -0.06 -0.08 0.13 0.22 0.11 0.89 0.00 -0.06 0.00 -0.04 -0.05 -0.07 0.19 -0.08 -0.05 0.22 0.21 -0.05 -0.06 -0.05 -0.04 0.04 -0.07 -0.07 0.89 0.18 0.06 0.59 -0.02 -0.03 0.16 -0.10 -0.05 0.00 0.08 0.18 0.04 0.00 -0.07 0.22 -0.06 -0.07 0.00 0.00 -0.11 -0.05 -0.05 -0.05 0.00 0.00 -0.05 0.04 0.00 -0.07 0.09 -0.01 0.03 0.79 0.17 0.04 0.13 0.00 0.13 0.17 -0.07 0.00 -0.03 -0.05 -0.05 -0.02 0.20 0.00 -0.04 -0.07 -0.02 -0.10 -0.01 0.16 -0.05 0.16 -0.05 -0.07 -0.01 0.00 -0.13 -0.06 -0.05 -0.05 -0.05Haemophilus 0.02 -0.02 0.17 0.11 0.22 -0.04 0.10 0.65 0.95 0.22 -0.03 0.30 -0.03 -0.03 0.14 -0.03 -0.04 0.84 -0.01 -0.03 0.95 -0.03 -0.03 -0.01 -0.03 -0.05 -0.03 -0.05 -0.03 -0.03 -0.04 0.05 0.76 -0.09 0.00 -0.04 -0.03 -0.03 0.30 0.14 0.85 -0.05 -0.03 -0.02 0.17 -0.03 0.06 -0.03 0.30 -0.03 0.12 -0.03 0.13 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 -0.03 -0.09 -0.04 0.19 -0.03 -0.04 -0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.89 -0.04 -0.03 -0.05 0.00 -0.03 -0.03 0.66 0.30 0.15 -0.06 -0.06 -0.01 0.01 0.20 -0.03 -0.02 -0.06 -0.06 0.07 -0.03 -0.06 0.01 -0.03 -0.03 -0.03 0.21Halobacillus -0.19 -0.15 0.19 -0.11 0.24 -0.03 0.01 0.08 -0.02 0.24 -0.02 -0.02 -0.01 -0.02 0.01 -0.02 -0.03 -0.03 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.27 -0.02 -0.04 -0.02 0.00 -0.02 -0.02 -0.03 -0.05 0.01 0.01 -0.03 -0.01 0.03 -0.02 -0.02 0.19 0.12 0.09 -0.02 -0.06 -0.02 -0.02 0.15 1.00 -0.02 -0.04 -0.05 -0.02 -0.06 -0.02 1.00 -0.03 -0.02 -0.02 -0.01 -0.03 -0.03 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 -0.04 0.00 -0.04 0.01 -0.03 -0.02 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 0.15 -0.02 -0.03 0.19 -0.04 -0.05 -0.02 -0.01 -0.02 0.00 0.30 -0.05 -0.03 -0.02 0.01 -0.03 -0.02 -0.02 -0.02 0.00 -0.03Herbaspirillum 0.10 0.14 -0.14 -0.04 0.06 -0.05 0.15 0.12 -0.04 0.01 -0.04 0.06 -0.02 -0.04 0.03 -0.04 0.08 -0.01 -0.06 -0.04 -0.04 -0.05 -0.04 -0.02 -0.04 -0.03 -0.04 0.21 -0.06 -0.04 0.87 -0.06 -0.05 0.00 -0.05 -0.07 0.82 0.91 0.06 0.03 -0.03 -0.08 -0.04 -0.02 -0.07 0.84 0.04 -0.04 0.06 0.39 0.65 -0.04 0.28 -0.04 -0.04 0.14 -0.04 -0.04 -0.05 -0.05 0.19 -0.06 -0.06 -0.04 -0.04 0.01 0.00 -0.01 -0.02 0.00 -0.04 0.07 -0.04 -0.04 0.90 -0.09 0.06 -0.01 -0.04 -0.08 0.75 -0.03 -0.07 -0.04 -0.06 -0.07 -0.05 -0.02 0.06 0.19 -0.03 -0.04 -0.04 -0.04 -0.08 -0.02 -0.04Howardella 0.03 -0.08 -0.19 0.24 -0.08 -0.04 0.01 0.18 -0.03 0.61 -0.03 -0.03 -0.02 -0.03 -0.05 -0.03 0.48 -0.04 -0.05 -0.03 -0.03 0.68 -0.03 0.09 -0.03 -0.05 -0.03 -0.05 -0.02 -0.03 -0.04 0.33 0.13 -0.08 -0.04 0.61 -0.05 -0.03 -0.03 0.50 0.06 0.23 -0.03 -0.06 0.66 -0.04 -0.03 -0.03 -0.03 -0.16 -0.06 -0.03 -0.08 -0.03 -0.03 -0.04 -0.03 -0.03 -0.10 0.48 -0.09 -0.05 -0.04 -0.03 -0.03 0.57 0.00 0.65 0.03 -0.04 -0.03 0.32 -0.03 -0.03 -0.03 0.16 -0.03 -0.05 0.09 -0.06 0.05 -0.03 0.56 -0.03 0.66 -0.06 -0.07 -0.04 -0.03 -0.09 -0.04 -0.03 -0.03 -0.03 0.09 -0.04 -0.03 0.08
Network of Pairwise Complex Relationships
Faust, et al. Nature Reviews: Microbiology 10, 538-550 (2012) doi:10.1038/nrmicro2832
Network of Association Rules
Faust, et al. Nature Reviews: Microbiology 10, 538-550 (2012) doi:10.1038/nrmicro2832
Adjusted p-value
Network of Abundant OTUs
Never vs. Active Smokers
Adjusted p-value
Abundant OTUs
vs. Active Smokers
vs. COPD Subjects
vs. Former Smokers
vs. Smokers
Adjusted p-value
Rival Gangs
Rival Gangs
Phylum.Firmicutes.
001
Porphyromonas.002
Porphyromonas.003
Order.Bacteroidales
.001
Peptostreptococcus.
001
Prevotella.01
1
Solobacterium.001
Parvimonas.0
01
Fusobacterium.001
Prevotella.00
2
Streptococcus.
001
Selenomonas.
002
Actinomyces.
001
Veillonella.00
1
Atopobium.0
01
Order.Clostridiales.
002
Campylobacter.001
Dolosigranulum.001
TM7.001
Selenomonas.
001
Selenomonas.
003TM7.0
04
Propionibacterium.001
TM7.002
Propionibacterium.002
Family.Alcaligenaceae.0
01
Paracoccus.
001
Microbacterium.0
01
Class.Gammaproteobacteria.002
Class.Gammaproteobacteria.003
Class.Gammaproteobacteria.004
Class.Gammaproteobacteria.010
Class.Gammaproteobacteria.022
Family.Pseudomonadaceae.0
01
Family.Pseudomonadaceae.0
02
Family.Coma
monadaceae.001
Phylum.Firmicutes.001
Porphyromonas.002 0.85
Porphyromonas.003 0.65 0.86
Order.Bacteroidales.001 0.88 0.98 0.84
Peptostreptococcus.001 0.84 0.87 0.77 0.92
Prevotella.011 0.78 0.92 0.73 0.89 0.76
Solobacterium.001 0.56 0.63 0.76 0.69 0.80 0.48
Parvimonas.001 0.67 0.73 0.66 0.80 0.89 0.66 0.74
Fusobacterium.001 0.64 0.78 0.73 0.80 0.77 0.83 0.69 0.74
Prevotella.002 0.59 0.67 0.62 0.68 0.54 0.63 0.47 0.43 0.73
Streptococcus.001 0.07 0.03 0.05 0.04 0.05 0.15 0.04 0.22 0.46 0.44
Selenomonas.002 0.10 0.01 0.00 0.05 0.14 0.01 0.15 0.06 0.26 0.35 0.36
Actinomyces.001 0.33 0.30 0.20 0.32 0.30 0.27 0.18 0.24 0.41 0.44 0.45 0.68
Veillonella.001 0.43 0.35 0.38 0.40 0.47 0.26 0.44 0.44 0.52 0.54 0.58 0.73 0.88
Atopobium.001 0.03 -0.12 -0.10 -0.06 -0.01 -0.11 0.04 -0.02 0.06 0.21 0.25 0.69 0.74 0.67
Order.Clostridiales.002 -0.15 -0.22 -0.19 -0.20 -0.13 -0.26 0.00 -0.26 0.02 0.15 0.27 0.71 0.64 0.56 0.74
Campylobacter.001 -0.15 -0.24 -0.11 -0.20 -0.21 -0.22 0.04 -0.22 0.09 0.28 0.42 0.85 0.59 0.62 0.71 0.76
Dolosigranulum.001 0.01 -0.21 -0.23 -0.15 -0.10 -0.12 -0.15 -0.12 0.14 0.25 0.54 0.80 0.54 0.60 0.59 0.60 0.76
TM7.001 -0.10 -0.24 -0.19 -0.19 -0.15 -0.25 -0.05 -0.25 -0.01 0.35 0.29 0.64 0.46 0.46 0.74 0.78 0.70 0.64
Selenomonas.001 -0.02 -0.18 -0.17 -0.15 -0.07 -0.22 0.01 -0.25 0.02 0.27 0.28 0.88 0.69 0.67 0.73 0.84 0.85 0.75 0.76
Selenomonas.003 -0.11 -0.23 -0.19 -0.20 -0.09 -0.25 -0.07 -0.18 0.03 0.21 0.37 0.85 0.62 0.63 0.69 0.81 0.79 0.84 0.81 0.88
TM7.004 -0.08 -0.18 -0.07 -0.12 -0.10 -0.22 0.01 -0.20 0.04 0.46 0.25 0.67 0.40 0.47 0.61 0.63 0.69 0.67 0.90 0.76 0.78
Propionibacterium.001 -0.36 -0.26 -0.06 -0.32 -0.34 -0.25 -0.26 -0.29 -0.45 -0.64 -0.42 -0.65 -0.67 -0.65 -0.61 -0.58 -0.52 -0.55 -0.70 -0.61 -0.64 -0.61
TM7.002 -0.10 -0.15 -0.24 -0.08 0.03 -0.18 0.05 0.15 -0.19 -0.38 -0.49 -0.21 -0.36 -0.34 -0.04 -0.30 -0.29 -0.27 -0.31 -0.30 -0.32 -0.29 0.19
Propionibacterium.002 -0.13 -0.13 -0.20 -0.07 -0.03 -0.15 -0.01 0.05 -0.21 -0.34 -0.50 -0.22 -0.29 -0.32 0.00 -0.27 -0.27 -0.22 -0.30 -0.25 -0.30 -0.23 0.23 0.93
Family.Alcaligenaceae.001 -0.07 -0.09 -0.14 -0.10 -0.12 -0.10 -0.12 -0.06 -0.28 -0.31 -0.42 -0.32 -0.35 -0.37 -0.07 -0.37 -0.31 -0.39 -0.41 -0.33 -0.44 -0.41 0.37 0.78 0.83
Paracoccus.001 -0.11 -0.11 -0.13 -0.14 -0.19 -0.14 -0.25 -0.19 -0.37 -0.29 -0.45 -0.19 -0.25 -0.29 0.04 -0.19 -0.19 -0.26 -0.26 -0.19 -0.23 -0.28 0.34 0.62 0.72 0.92
Microbacterium.001 -0.09 -0.15 -0.20 -0.21 -0.24 -0.13 -0.24 -0.27 -0.37 -0.23 -0.28 -0.15 -0.24 -0.29 0.04 -0.14 -0.09 -0.30 -0.19 -0.11 -0.24 -0.31 0.25 0.44 0.45 0.83 0.85
Class.Gammaproteobacteria.002 -0.18 -0.20 -0.28 -0.22 -0.23 -0.26 -0.33 -0.23 -0.51 -0.53 -0.60 -0.37 -0.47 -0.53 -0.21 -0.29 -0.39 -0.36 -0.41 -0.35 -0.40 -0.42 0.55 0.71 0.77 0.83 0.86 0.66
Class.Gammaproteobacteria.003 -0.20 -0.21 -0.32 -0.23 -0.22 -0.20 -0.36 -0.21 -0.50 -0.62 -0.67 -0.34 -0.45 -0.56 -0.22 -0.35 -0.42 -0.34 -0.47 -0.37 -0.36 -0.47 0.55 0.73 0.76 0.77 0.80 0.61 0.93
Class.Gammaproteobacteria.004 -0.25 -0.23 -0.28 -0.30 -0.27 -0.32 -0.29 -0.38 -0.63 -0.51 -0.65 -0.41 -0.43 -0.54 -0.30 -0.18 -0.43 -0.53 -0.31 -0.23 -0.28 -0.34 0.47 0.35 0.40 0.54 0.64 0.63 0.70 0.72
Class.Gammaproteobacteria.010 -0.20 -0.21 -0.17 -0.21 -0.17 -0.24 -0.16 -0.27 -0.45 -0.49 -0.71 -0.22 -0.43 -0.47 -0.10 -0.10 -0.26 -0.33 -0.24 -0.17 -0.27 -0.17 0.55 0.52 0.58 0.55 0.60 0.41 0.79 0.77 0.65
Class.Gammaproteobacteria.022 -0.10 -0.20 -0.28 -0.22 -0.20 -0.26 -0.21 -0.23 -0.51 -0.46 -0.54 -0.24 -0.46 -0.49 -0.16 -0.23 -0.24 -0.41 -0.27 -0.24 -0.37 -0.42 0.38 0.56 0.50 0.74 0.73 0.82 0.79 0.71 0.64 0.58
Family.Pseudomonadaceae.001 -0.21 -0.23 -0.33 -0.24 -0.27 -0.26 -0.37 -0.26 -0.56 -0.56 -0.67 -0.37 -0.45 -0.56 -0.23 -0.36 -0.41 -0.34 -0.44 -0.34 -0.36 -0.38 0.55 0.69 0.78 0.77 0.80 0.57 0.95 0.96 0.74 0.78 0.69
Family.Pseudomonadaceae.002 -0.20 -0.25 -0.38 -0.27 -0.28 -0.30 -0.44 -0.35 -0.64 -0.57 -0.74 -0.30 -0.43 -0.56 -0.19 -0.25 -0.38 -0.30 -0.30 -0.24 -0.25 -0.27 0.48 0.58 0.64 0.62 0.72 0.52 0.90 0.93 0.80 0.82 0.69 0.95
Family.Comamonadaceae.001 -0.28 -0.21 -0.21 -0.22 -0.21 -0.17 -0.11 -0.16 -0.29 -0.44 -0.52 -0.33 -0.43 -0.50 -0.11 -0.19 -0.29 -0.42 -0.39 -0.34 -0.40 -0.40 0.46 0.73 0.77 0.83 0.77 0.65 0.80 0.78 0.58 0.75 0.62 0.77 0.64
Challenges
• How to deal with noisy data• How do classify subjects based on microbial
profiles• How to construct networks so that node
positions in space tell the best story• How to identify “rival gangs”
Dr. Mathee, Dr. Mills, Dr. GiriMcNair Scholars Program, MBRS-RISE,
NSF GRFP
THANK YOU
Diversity Measures
• Alpha Diversity
• Beta Diversity
𝑺𝒉𝒂𝒓𝒆𝒅𝑻𝒂𝒙𝒂𝑻𝒐𝒕𝒂𝒍𝑻𝒂𝒙𝒂
=𝑼𝒏𝒊𝑭𝒓𝒂𝒄 𝑴𝒆𝒂𝒔𝒖𝒓𝒆